The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
265
|
structure length |
252
|
Chain Sequence |
MNYLNNIRIENPLTICYTNDVVKNFTANGLLSIGASPAMSEAPEEAEEFYKVAQALLINIGTLTAQNEQDIIAIAQTANEAGLPIVFDPVAVGASTYRKQFCKLLLKSAKVSVIKGNASEILALIDLDAVTIAKKAYAIYKTAIVITGKEDVIVQGDKAIVLANGSPLLARVTGAGCLLGGIIAGFLFRETEPDIEALIEAVSVFNIAAEVAAENENCGGPGTFSPLLLDTLYHLNETTYQQRIRIQEVEEN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of ThiM from Vitamin B1 biosynthetic pathway of Staphylococcus aureus - Insights into a novel pro-drug approach addressing MRSA infections.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Staphylococcus aureus
|
| molecule keywords |
Hydroxyethylthiazole kinase
|
| total genus |
93
|
| structure length |
252
|
| sequence length |
265
|
| chains with identical sequence |
B, C, E, F, H
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.50: Hydroxyethylthiazole kinase. |
| pdb deposition date | 2015-07-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02110 | HK | Hydroxyethylthiazole kinase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2V78 A; 2DCN A; 5BYE A; 3IE7 A; 3NBW A; 3UBO A; 1LIJ A; 3RTB A; 4B8R A; 3RQ2 A; 3RRE A; 1L2L A; 2ABQ A; 3NL3 A; 3RQX A; 3RS9 A; 5C3Y A; 3B1O A; 4C5J A; 5C40 A; 4EN4 A; 1RKD A; 2R3B A; 4K8T A; 2QCV A; 2DDO A; 2F02 A; 4GM6 A; 3BGK A; 4K93 A; 3LJS A; 4XDA A; 4E8W A; 3NM3 A; 1JXI A; 2A9Y A; 1LIO A; 3RQ6 A; 2VAR A; 4U7X A; 5TRW A; 2AX3 A; 3EWM A; 1RFU A; 3Q1Y A; 2I5B A; 4C5K A; 3B1Q A; 1C3Q A; 2JGV A; 1LHP A; 2HLZ A; 3KEU A; 4O1L A; 3UMO A; 4E84 A; 4C5M A; 1TD2 A; 1EKK A; 1VI9 A; 3RSS A; 3UQE A; 1RK2 A; 2PKK A; 4WJM A; 4XF6 A; 3IKH A; 4E8Z A; 2YXU A; 2ABS A; 4N09 A; 3FHY A; 1UB0 A; 3GBU A; 4YL5 A; 4LCA A; 4N08 A; 1BX4 A; 4EBU A; 2HW1 A; 2R3E A; 1V1B A; 3UQ6 A; 3I3Y A; 1GC5 A; 3RSQ A; 2YXT A; 4KAL A; 4EUM A; 3GO7 A; 1RKA A; 3HPD A; 4JKU A; 2JG5 A; 5TQI A; 5BYD A; 2AA0 A; 3LHX A; 5B6A A; 1ESJ A; 4S1I A; 2HQQ A; 3RTG A; 2FV7 A; 2F7K A; 1VK4 A; 3HIC A; 3DZV A; 2NWH A; 2PKF A; 3VAQ A; 3QA2 A; 1V19 A; 3RT7 A; 4PVV A; 3RTD A; 3DRW A; 3RQH A; 4E69 A; 4KAH A; 2JG1 A; 3B1R A; 3IH0 A; 4K8P A; 3RPZ A; 3RRB A; 3IN1 A; 3B3L A; 1LIK A; 1JXH A; 4LBX A; 1ESQ A; 1RKS A; 2AJR A; 3N1C A; 3NL6 A; 3K9E A; 4KBE A; 3VAS A; 3RSF A; 3NL2 A; 1YGJ A; 4O1G A; 5COJ A; 5CGA A; 1LHR A; 1YHJ A; 4XCK A; 3BF5 A; 4C5N A; 3RRF A; 5EYN A; 3RTA A; 2PKM A; 3NM1 A; 4JJP A; 3RQ8 A; 3LKI A; 4K9C A; 3RRJ A; 3NBV A; 3RTC A; 3PL2 A; 2Q5R A; 2A9Z A; 2AJP A; 5F0Z A; 1U2X A; 3PZS A; 4E8Y A; 3NL5 A; 5CGE A; 3RU2 A; 4S1H A; 3B1N A; 1RFT A; 3RSG A; 3UQ9 A; 4LBG A; 3RQ5 A; 3QAI A; 5F11 A; 4S1M A; 4JKS A; 5EY7 A; 3KTN A; 2XTB A; 1LII A; 4UBE A; 3LOO A; 3NC2 A; 2AB8 A; 2AWD A; 3Q92 A; 4B8S A; 3B1P A; 5CM5 A; 4DC3 A; 4C5L A; 3CQD A; 4EOH A; 3K5W A; 5BYF A; 5C3Z A; 1VM7 A; 2C4E A; 4LC4 A; 4E3A A; 4K8K A; 3GO6 A; 3RQQ A; 3HYO A; 1YGK A; 4KAD A; 3RU3 A; 3RS8 A; 4K8C A; 3H49 A; 1GQT A; 3NCA A; 3UMP A; 3JUL A; 3ZS7 A; 4KAN A; 3NC9 A; 3RO4 A; 3OTX A; 2I6B A; 3RTE A; 3FHX A; 5C41 A; 2AFB A; 2DDM A; 4K9I A; 3RM5 A; 3KZH A; 1TYY A; 1KYH A; 1V1A A; 3MBJ A; 4S1I B; 1DGM A; 3IQ0 A; 1V1S A; 3KD6 A; 3W4S A; 3RPH A; 4DU5 A; 4XF7 A; 3RY7 A; 1RFV A; 2QHP A; 2RBC A; 5BYC A; 1UA4 A; 2PKN A; 4X8F A; 4YWR A; 2DDW A; 2C49 A; 3MBH A; 3IBQ A; 3UQD A; 2I6A A; 1TZ6 A; 3RT9 A; 1WYE A; 1EKQ A; 1TZ3 A; 3H74 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2V78 A; 2DCN A; 5BYE A; 3RQ2 A; 2GCA A; 2AM2 A; 4EN4 A; 2A9Y A; 5TRW A; 2Y67 A; 2AX3 A; 2JGV A; 2HLZ A; 1E0D A; 2VOR A; 3KEU A; 2WJP A; 4E84 A; 2XJA A; 1TD2 A; 1EKK A; 1VI9 A; 1RK2 A; 4LCA A; 4EBU A; 1W78 A; 1GC5 A; 3RSQ A; 2YXT A; 4KAL A; 1RKA A; 3HPD A; 4JKU A; 3LHX A; 1J6U A; 2JFF A; 3DRW A; 2JG1 A; 3RPZ A; 4K8P A; 3B3L A; 1LIK A; 1JXH A; 2F00 A; 2AJR A; 3N1C A; 3K9E A; 3NL2 A; 1LHR A; 4XCK A; 3BF5 A; 4C5N A; 2A9Z A; 2GC6 A; 5CGE A; 3RU2 A; 2X5O A; 1RFT A; 3B1N A; 4JKS A; 1EEH A; 3NC2 A; 2Y68 A; 3GO6 A; 4KAD A; 3RS8 A; 4K8C A; 3JUL A; 4KAN A; 1E8C A; 2Y1O A; 3NC9 A; 2I6B A; 3OTX A; 5A5F A; 1O5Z A; 3UAG A; 3KZH A; 4S1I B; 3HN7 A; 5BYC A; 4YWR A; 2DDW A; 4QF5 A; 3IBQ A; 2I6A A; 2GCB A; 2ABQ A; 3RS9 A; 1W7K A; 3B1O A; 1RKD A; 1GQQ A; 2Y66 A; 4K93 A; 4ZIY A; 4E8W A; 3NM3 A; 2WTZ A; 1JXI A; 1LIO A; 3RQ6 A; 3ZM6 A; 3Q1Y A; 2I5B A; 4C5M A; 3RSS A; 4WJM A; 4XF6 A; 3IKH A; 2YXU A; 4YL5 A; 1UB0 A; 4N08 A; 2HW1 A; 4HV4 A; 4EUM A; 2UUP A; 3DZV A; 2NWH A; 2PKF A; 3RT7 A; 3RTD A; 4CVM A; 4CVK A; 3IH0 A; 3RRB A; 3N2A A; 3NL6 A; 4KBE A; 3VAS A; 5COJ A; 4O1G A; 4C13 A; 3RRF A; 5EYN A; 3RTA A; 3NM1 A; 3NBV A; 3RTC A; 1P3D A; 1U2X A; 3PZS A; 3NL5 A; 2VOS A; 4S1H A; 3RSG A; 3UQ9 A; 4LBG A; 3HJ6 A; 1LII A; 4UBE A; 2AB8 A; 2AWD A; 3Q92 A; 5CM5 A; 3K5W A; 3ZL8 A; 4LC4 A; 3UMP A; 1GQT A; 5C41 A; 3RTE A; 2AM1 A; 2AFB A; 1V1S A; 4DU5 A; 3RPH A; 4XF7 A; 3RY7 A; 1RFV A; 2QHP A; 2RBC A; 1JBW A; 1WYE A; 3RSF A; 1TZ3 A; 3NBW A; 1LIJ A; 3RTB A; 4B8R A; 3RRE A; 1L2L A; 3NL3 A; 3RQX A; 1GG4 A; 5C3Y A; 4C5J A; 3ZM5 A; 4CVL A; 2R3B A; 2QCV A; 2DDO A; 2F02 A; 3BGK A; 3LJS A; 4BUC A; 1RFU A; 1C3Q A; 1LHP A; 3UMO A; 4QDI A; 3UQE A; 4UAG A; 1BX4 A; 1V1B A; 3PYZ A; 2JG5 A; 5BYD A; 2AA0 A; 3HIC A; 4C12 A; 2UUO A; 1V19 A; 4PVV A; 4E69 A; 2XPC A; 4KAH A; 4LBX A; 1ESQ A; 3RQ8 A; 3RRJ A; 3LKI A; 4K9C A; 5F0Z A; 3RQ5 A; 3KTN A; 2XTB A; 1JBV A; 3B1P A; 3CQD A; 4EOH A; 5BYF A; 5C3Z A; 2JFH A; 1VM7 A; 2C4E A; 4E3A A; 4K8K A; 3RU3 A; 3ZS7 A; 3H49 A; 3NCA A; 3FHX A; 2DDM A; 3RM5 A; 1TYY A; 1KYH A; 3MBJ A; 3W4S A; 1P31 A; 4X8F A; 2C49 A; 3MBH A; 3UQD A; 1TZ6 A; 3RT9 A; 3H74 A; 3IE7 A; 3UBO A; 1FGS A; 5C40 A; 4K8T A; 4XDA A; 4GM6 A; 2VAR A; 4U7X A; 4C5K A; 3EWM A; 5A5E A; 3B1Q A; 4O1L A; 3EAG A; 2VTD A; 2PKK A; 3NRS A; 4E8Z A; 4N09 A; 2ABS A; 4BUB A; 3FHY A; 3GBU A; 2R3E A; 3UQ6 A; 3I3Y A; 3GO7 A; 5TQI A; 5B6A A; 1ESJ A; 4S1I A; 2HQQ A; 3RTG A; 2FV7 A; 2F7K A; 1VK4 A; 3VAQ A; 3QA2 A; 3RQH A; 2UAG A; 3B1R A; 3IN1 A; 1RKS A; 1YGJ A; 5CGA A; 1YHJ A; 2PKM A; 4JJP A; 3PL2 A; 2Q5R A; 2AJP A; 4E8Y A; 3QAI A; 5F11 A; 4S1M A; 5EY7 A; 2JFG A; 1GQY A; 3LOO A; 4B8S A; 4DC3 A; 4C5L A; 2GC5 A; 3RQQ A; 3QCZ A; 3HYO A; 1YGK A; 3RO4 A; 2VTE A; 3LK7 A; 1UAG A; 4K9I A; 1V1A A; 1DGM A; 3IQ0 A; 3KD6 A; 1UA4 A; 2PKN A; 1EKQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2V78 A; 2DCN A; 5BYE A; 3IE7 A; 3NBW A; 3UBO A; 1LIJ A; 3RTB A; 4B8R A; 3RQ2 A; 3RRE A; 1L2L A; 2ABQ A; 3NL3 A; 3RQX A; 3RS9 A; 5C3Y A; 3B1O A; 4C5J A; 5C40 A; 4EN4 A; 1RKD A; 2R3B A; 4K8T A; 2QCV A; 2DDO A; 2F02 A; 4GM6 A; 3BGK A; 4K93 A; 3LJS A; 4XDA A; 4E8W A; 3NM3 A; 1JXI A; 2A9Y A; 1LIO A; 3RQ6 A; 2VAR A; 4U7X A; 5TRW A; 2AX3 A; 3EWM A; 1RFU A; 3Q1Y A; 2I5B A; 4C5K A; 3B1Q A; 1C3Q A; 2JGV A; 1LHP A; 2HLZ A; 3KEU A; 4O1L A; 3UMO A; 4E84 A; 4C5M A; 1TD2 A; 1EKK A; 1VI9 A; 3RSS A; 3UQE A; 1RK2 A; 2PKK A; 4WJM A; 4XF6 A; 3IKH A; 4E8Z A; 2YXU A; 2ABS A; 4N09 A; 3FHY A; 1UB0 A; 3GBU A; 4YL5 A; 4LCA A; 4N08 A; 1BX4 A; 4EBU A; 2HW1 A; 2R3E A; 1V1B A; 3UQ6 A; 3I3Y A; 1GC5 A; 3RSQ A; 2YXT A; 4KAL A; 4EUM A; 3GO7 A; 1RKA A; 3HPD A; 4JKU A; 2JG5 A; 5TQI A; 5BYD A; 2AA0 A; 3LHX A; 5B6A A; 1ESJ A; 4S1I A; 2HQQ A; 3RTG A; 2FV7 A; 2F7K A; 1VK4 A; 3HIC A; 3DZV A; 2NWH A; 2PKF A; 3VAQ A; 3QA2 A; 1V19 A; 3RT7 A; 4PVV A; 3RTD A; 3DRW A; 3RQH A; 4E69 A; 4KAH A; 2JG1 A; 3B1R A; 3IH0 A; 4K8P A; 3RPZ A; 3RRB A; 3IN1 A; 3B3L A; 1LIK A; 1JXH A; 4LBX A; 1ESQ A; 1RKS A; 2AJR A; 3N1C A; 3NL6 A; 3K9E A; 4KBE A; 3VAS A; 3RSF A; 3NL2 A; 1YGJ A; 4O1G A; 5COJ A; 5CGA A; 1LHR A; 1YHJ A; 4XCK A; 3BF5 A; 4C5N A; 3RRF A; 5EYN A; 3RTA A; 2PKM A; 3NM1 A; 4JJP A; 3RQ8 A; 3LKI A; 4K9C A; 3RRJ A; 3NBV A; 3RTC A; 3PL2 A; 2Q5R A; 2A9Z A; 2AJP A; 5F0Z A; 1U2X A; 3PZS A; 4E8Y A; 3NL5 A; 5CGE A; 3RU2 A; 4S1H A; 3B1N A; 1RFT A; 3RSG A; 3UQ9 A; 4LBG A; 3RQ5 A; 3HJ6 A; 3QAI A; 5F11 A; 4S1M A; 4JKS A; 5EY7 A; 3KTN A; 2XTB A; 1LII A; 4UBE A; 3LOO A; 3NC2 A; 2AB8 A; 2AWD A; 3Q92 A; 4B8S A; 3B1P A; 5CM5 A; 4DC3 A; 4C5L A; 3CQD A; 4EOH A; 3K5W A; 5BYF A; 5C3Z A; 1VM7 A; 2C4E A; 4LC4 A; 4E3A A; 4K8K A; 3GO6 A; 3RQQ A; 3HYO A; 1YGK A; 4KAD A; 3RU3 A; 3RS8 A; 4K8C A; 3H49 A; 1GQT A; 3NCA A; 3UMP A; 3JUL A; 3ZS7 A; 4KAN A; 3NC9 A; 3RO4 A; 3OTX A; 2I6B A; 3RTE A; 3FHX A; 5C41 A; 2AFB A; 2DDM A; 4K9I A; 3RM5 A; 3KZH A; 1TYY A; 1KYH A; 1V1A A; 3MBJ A; 4S1I B; 1DGM A; 3IQ0 A; 1V1S A; 3KD6 A; 3W4S A; 3RPH A; 4DU5 A; 4XF7 A; 3RY7 A; 1RFV A; 2QHP A; 2RBC A; 5BYC A; 1UA4 A; 2PKN A; 4X8F A; 4YWR A; 2DDW A; 2C49 A; 3MBH A; 3IBQ A; 3UQD A; 2I6A A; 1TZ6 A; 3RT9 A; 1WYE A; 1EKQ A; 1TZ3 A; 3H74 A;
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