The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
111
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sequence length |
306
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structure length |
306
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Chain Sequence |
MNKLVVLGSVNADHVLQVPSFPRPGETLHGRNYQVIPGGKGANQAVAAARMQADVGFIACVGDDSFGINIRESFKLDGINTAGVKLQPNCPTGIAMIQVSDSGENSICISAEANAKLTAAAIEPDLAAIRDARYLLMQLETPLDGILKAAQEAKTAKTNVILNPAPARELPDELLKCVDLITPNETEAEVLTGITVYDDSSAQQAADALHCKGIEIVIITLGSKGVWLSQNGRGQRIPGFVVKATDTTAAGDTFNGALVTGLLQEMPLESAIKFAHAAAAISVTRFGAQTSIPTRAEVEAFLAEHS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Apo and Ligand Bound Vibrio cholerae Ribokinase (Vc-RK): Role of Monovalent Cation Induced Activation and Structural Flexibility in Sugar Phosphorylation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Vibrio cholerae serotype o1 (strain atcc 39541 / classical ogawa 395 / o395)
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| molecule keywords |
Ribokinase
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| total genus |
111
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| structure length |
306
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| sequence length |
306
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.15: Ribokinase. |
| pdb deposition date | 2014-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HPD A; 5BYC A; 4KAN A; 3NM1 A; 3RS9 A; 3VAQ A; 5F11 A; 4KAL A; 5TRW A; 2AJR A; 2AX3 A; 3RSS A; 2PKM A; 3IQ0 A; 3IBQ A; 4S1H A; 3VAS A; 3RQX A; 1WYE A; 3H49 A; 2HW1 A; 2NWH A; 3LHX A; 4WJM A; 3PZS A; 1VM7 A; 1DGM A; 2PKK A; 3RQQ A; 1RK2 A; 2QHP A; 3RT7 A; 3RTD A; 1V1B A; 1UA4 A; 2I5B A; 1LIK A; 3HIC A; 4K9C A; 1KYH A; 3FHX A; 2DCN A; 3RTC A; 2Q5R A; 5CGA A; 1LHR A; 2JG1 A; 2C4E A; 3UQE A; 4EN4 A; 1ESJ A; 2AJP A; 4LC4 A; 2YXT A; 3NM3 A; 3IE7 A; 3MBJ A; 3QAI A; 4LBG A; 4LBX A; 4C5J A; 4E84 A; 4E8W A; 4JKS A; 2HLZ A; 4DU5 A; 5EY7 A; 3B3L A; 4DC3 A; 1VI9 A; 5C3Z A; 3RRJ A; 5C3Y A; 3RO4 A; 2AA0 A; 4B8S A; 2HQQ A; 3RQ8 A; 4K8P A; 2PKN A; 3RU2 A; 1RFV A; 4O1L A; 5C40 A; 3UQ9 A; 3GO7 A; 2AB8 A; 1VK4 A; 3B1N A; 4C5M A; 5F0Z A; 1TYY A; 3UQD A; 4LCA A; 1C3Q A; 3GBU A; 3RTE A; 4E3A A; 2ABS A; 3LJS A; 3RSQ A; 3RQ6 A; 3NL5 A; 1LII A; 4X8F A; 3CQD A; 3EWM A; 3KZH A; 1L2L A; 2DDM A; 4S1I A; 4UBE A; 5BYD A; 4K9I A; 3KD6 A; 3QA2 A; 4JJP A; 3H74 A; 1TZ3 A; 3B1R A; 3NL6 A; 1V19 A; 1LIO A; 3N1C A; 2A9Y A; 4XDA A; 3JUL A; 4B8R A; 3RTG A; 2QCV A; 3NBW A; 4KAD A; 1U2X A; 1TZ6 A; 4XF7 A; 2A9Z A; 2AFB A; 3BGK A; 2I6A A; 4U7X A; 3UMO A; 2VAR A; 2XTB A; 1YHJ A; 2R3B A; 2R3E A; 4EBU A; 4S1I B; 1GC5 A; 4EOH A; 3LOO A; 3OTX A; 4K93 A; 5BYE A; 1UB0 A; 1RFU A; 3NCA A; 3IH0 A; 3RSG A; 3RM5 A; 1YGJ A; 4K8T A; 3DZV A; 4PVV A; 2YXU A; 3B1O A; 3RQH A; 2DDW A; 3IN1 A; 1V1A A; 3RPZ A; 5C41 A; 5TQI A; 3NBV A; 3RRF A; 4K8K A; 3RSF A; 3B1P A; 4C5L A; 3K9E A; 3KTN A; 3RS8 A; 3IKH A; 3Q1Y A; 3UMP A; 4YWR A; 4XF6 A; 3GO6 A; 5EYN A; 4C5K A; 1V1S A; 3NC2 A; 5COJ A; 4E8Y A; 1EKK A; 3RRB A; 4JKU A; 3FHY A; 4KAH A; 1RKS A; 3Q92 A; 5CM5 A; 5BYF A; 4EUM A; 4XCK A; 1RKD A; 4K8C A; 4N09 A; 3RQ5 A; 3RTB A; 3KEU A; 3RU3 A; 3RQ2 A; 3HYO A; 3I3Y A; 4E8Z A; 3DRW A; 4YL5 A; 2F02 A; 2PKF A; 1RKA A; 2JGV A; 3UQ6 A; 2V78 A; 4N08 A; 2FV7 A; 3NL2 A; 2C49 A; 3NC9 A; 3RT9 A; 3UBO A; 1JXH A; 2AWD A; 4KBE A; 4GM6 A; 3K5W A; 1EKQ A; 2DDO A; 2JG5 A; 2RBC A; 3B1Q A; 4C5N A; 2I6B A; 3BF5 A; 3RTA A; 1ESQ A; 3RRE A; 3W4S A; 3NL3 A; 3PL2 A; 5CGE A; 1LIJ A; 1TD2 A; 4S1M A; 2ABQ A; 1GQT A; 5B6A A; 4O1G A; 1BX4 A; 1JXI A; 1YGK A; 3RPH A; 3LKI A; 3RY7 A; 3ZS7 A; 2F7K A; 1LHP A; 4E69 A; 1RFT A; 3MBH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4S1H A; 2HW1 A; 3LHX A; 3QCZ A; 2PKK A; 2AM1 A; 3RT7 A; 3RTD A; 2I5B A; 4K9C A; 2XPC A; 2C4E A; 1ESJ A; 2AJP A; 2VTE A; 3IE7 A; 4QF5 A; 4E84 A; 4LBX A; 5EY7 A; 1E8C A; 2AA0 A; 3RU2 A; 2PKN A; 1RFV A; 1P3D A; 3B1N A; 1TYY A; 1C3Q A; 3RTE A; 3RQ6 A; 3NL5 A; 2DDM A; 5BYD A; 1E0D A; 3ZM5 A; 3H74 A; 3NL6 A; 4XDA A; 3JUL A; 2QCV A; 3NBW A; 4KAD A; 1TZ6 A; 3BGK A; 2I6A A; 2XTB A; 1W7K A; 2R3E A; 2F00 A; 4S1I B; 3LOO A; 4K93 A; 4HV4 A; 3IH0 A; 3RSG A; 1YGJ A; 4PVV A; 3RQH A; 1V1A A; 2GC5 A; 5TQI A; 3RRF A; 3UMP A; 2GCA A; 4C5K A; 1V1S A; 1RKD A; 3RTB A; 3KEU A; 3RQ2 A; 3HYO A; 3N2A A; 1RKA A; 2FV7 A; 3NL2 A; 3RT9 A; 3NC9 A; 2Y66 A; 3UBO A; 3K5W A; 2RBC A; 3BF5 A; 1LIJ A; 4O1G A; 1JXI A; 4C5J A; 3HPD A; 4KAN A; 3NM1 A; 2AJR A; 4ZIY A; 3VAS A; 4QDI A; 2UAG A; 1LIK A; 1KYH A; 2DCN A; 2JG1 A; 4LC4 A; 4LBG A; 3B3L A; 5C3Y A; 3RQ8 A; 3ZM6 A; 3EAG A; 5F0Z A; 3GO7 A; 3UQD A; 4LCA A; 4E3A A; 3LJS A; 3RSQ A; 1LII A; 4X8F A; 3KZH A; 4UBE A; 4C13 A; 1JBW A; 3QA2 A; 1TZ3 A; 2A9Y A; 4B8R A; 4XF7 A; 2A9Z A; 2AFB A; 2VAR A; 1YHJ A; 1GC5 A; 3OTX A; 2WTZ A; 3DZV A; 2YXU A; 3IN1 A; 4K8K A; 3KTN A; 3RS8 A; 3IKH A; 3Q1Y A; 4E8Y A; 4CVL A; 1EKK A; 2Y68 A; 3FHY A; 5BYF A; 4EUM A; 3DRW A; 4YL5 A; 2PKF A; 2JGV A; 3UAG A; 2C49 A; 1JXH A; 2DDO A; 3B1Q A; 3RRE A; 3W4S A; 3PL2 A; 5CGE A; 4S1M A; 2UUP A; 2Y67 A; 3RY7 A; 4BUB A; 4E69 A; 5BYC A; 3VAQ A; 5F11 A; 1UAG A; 2PKM A; 3IQ0 A; 3HJ6 A; 5A5F A; 3RQX A; 1WYE A; 3H49 A; 2NWH A; 3PZS A; 3RQQ A; 2QHP A; 1W78 A; 3PYZ A; 1GG4 A; 3ZL8 A; 5CGA A; 3UQE A; 4EN4 A; 2YXT A; 1JBV A; 4DU5 A; 1VI9 A; 2UUO A; 4CVK A; 5C40 A; 4C5M A; 1VK4 A; 2ABS A; 4S1I A; 3NRS A; 3KD6 A; 3B1R A; 1V19 A; 3N1C A; 4U7X A; 4EBU A; 2R3B A; 2VOS A; 4EOH A; 1RFU A; 3NCA A; 3RM5 A; 4K8T A; 3B1O A; 5C41 A; 3RPZ A; 2JFH A; 3NBV A; 4C5L A; 3B1P A; 4UAG A; 1P31 A; 4XF6 A; 3NC2 A; 5COJ A; 1RKS A; 5CM5 A; 4XCK A; 4K8C A; 4N09 A; 3RQ5 A; 3I3Y A; 2F02 A; 2V78 A; 4N08 A; 4KBE A; 4GM6 A; 1EKQ A; 2I6B A; 2ABQ A; 1GQT A; 2GCB A; 4C12 A; 1YGK A; 3RPH A; 3ZS7 A; 4O1L A; 1RFT A; 3MBH A; 3RS9 A; 4KAL A; 5TRW A; 3RSS A; 2AX3 A; 1GQQ A; 3IBQ A; 2GC6 A; 4WJM A; 1VM7 A; 1DGM A; 1RK2 A; 1V1B A; 1UA4 A; 3HIC A; 3FHX A; 3RTC A; 2Q5R A; 1LHR A; 2XJA A; 4BUC A; 3NM3 A; 3MBJ A; 3QAI A; 2WJP A; 4E8W A; 4JKS A; 2HLZ A; 4DC3 A; 5C3Z A; 3RRJ A; 3RO4 A; 4B8S A; 2HQQ A; 4K8P A; 3LK7 A; 3UQ9 A; 2AB8 A; 3GBU A; 2AM2 A; 3CQD A; 5A5E A; 2VTD A; 3EWM A; 1L2L A; 4K9I A; 4JJP A; 1LIO A; 3RTG A; 1U2X A; 3UMO A; 5BYE A; 1GQY A; 1UB0 A; 4CVM A; 1FGS A; 2DDW A; 3RSF A; 3K9E A; 1EEH A; 4YWR A; 3GO6 A; 5EYN A; 3RRB A; 4JKU A; 4KAH A; 3Q92 A; 3RU3 A; 4E8Z A; 3UQ6 A; 2Y1O A; 1O5Z A; 2AWD A; 3HN7 A; 1J6U A; 2JG5 A; 4C5N A; 3RTA A; 1ESQ A; 3NL3 A; 2JFF A; 1TD2 A; 2VOR A; 2JFG A; 5B6A A; 2X5O A; 1BX4 A; 3LKI A; 2F7K A; 1LHP A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3HPD A; 5BYC A; 4KAN A; 3NM1 A; 3RS9 A; 3VAQ A; 5F11 A; 4KAL A; 5TRW A; 2AJR A; 2AX3 A; 3RSS A; 2PKM A; 3IQ0 A; 3HJ6 A; 3IBQ A; 4S1H A; 3VAS A; 3RQX A; 1WYE A; 3H49 A; 2HW1 A; 2NWH A; 3LHX A; 4WJM A; 3PZS A; 1VM7 A; 1DGM A; 2PKK A; 3RQQ A; 1RK2 A; 2QHP A; 3RT7 A; 3RTD A; 1V1B A; 1UA4 A; 2I5B A; 1LIK A; 3HIC A; 4K9C A; 1KYH A; 3FHX A; 2DCN A; 3RTC A; 2Q5R A; 5CGA A; 1LHR A; 2JG1 A; 2C4E A; 3UQE A; 4EN4 A; 1ESJ A; 2AJP A; 4LC4 A; 2YXT A; 3NM3 A; 3IE7 A; 3MBJ A; 3QAI A; 4LBG A; 4LBX A; 4C5J A; 4E84 A; 4E8W A; 4JKS A; 2HLZ A; 4DU5 A; 5EY7 A; 3B3L A; 4DC3 A; 1VI9 A; 5C3Z A; 3RRJ A; 5C3Y A; 3RO4 A; 2AA0 A; 4B8S A; 2HQQ A; 3RQ8 A; 4K8P A; 2PKN A; 3RU2 A; 1RFV A; 4O1L A; 5C40 A; 3UQ9 A; 3GO7 A; 2AB8 A; 1VK4 A; 3B1N A; 4C5M A; 5F0Z A; 1TYY A; 3UQD A; 4LCA A; 1C3Q A; 3GBU A; 3RTE A; 4E3A A; 2ABS A; 3LJS A; 3RSQ A; 3RQ6 A; 3NL5 A; 1LII A; 4X8F A; 3CQD A; 3EWM A; 3KZH A; 1L2L A; 2DDM A; 4S1I A; 4UBE A; 5BYD A; 4K9I A; 3KD6 A; 3QA2 A; 4JJP A; 3H74 A; 1TZ3 A; 3B1R A; 3NL6 A; 1V19 A; 1LIO A; 3N1C A; 2A9Y A; 4XDA A; 3JUL A; 4B8R A; 3RTG A; 2QCV A; 3NBW A; 4KAD A; 1U2X A; 1TZ6 A; 4XF7 A; 2A9Z A; 2AFB A; 3BGK A; 2I6A A; 4U7X A; 3UMO A; 2VAR A; 2XTB A; 1YHJ A; 2R3B A; 2R3E A; 4EBU A; 4S1I B; 1GC5 A; 4EOH A; 3LOO A; 3OTX A; 4K93 A; 5BYE A; 1UB0 A; 1RFU A; 3NCA A; 3IH0 A; 3RSG A; 3RM5 A; 1YGJ A; 4K8T A; 3DZV A; 4PVV A; 2YXU A; 3B1O A; 3RQH A; 2DDW A; 3IN1 A; 1V1A A; 3RPZ A; 5C41 A; 5TQI A; 3NBV A; 3RRF A; 4K8K A; 3RSF A; 3B1P A; 4C5L A; 3K9E A; 3KTN A; 3RS8 A; 3IKH A; 3Q1Y A; 3UMP A; 4YWR A; 4XF6 A; 3GO6 A; 5EYN A; 4C5K A; 1V1S A; 3NC2 A; 5COJ A; 4E8Y A; 1EKK A; 3RRB A; 4JKU A; 3FHY A; 4KAH A; 1RKS A; 3Q92 A; 5CM5 A; 5BYF A; 4EUM A; 4XCK A; 1RKD A; 4K8C A; 4N09 A; 3RQ5 A; 3RTB A; 3KEU A; 3RU3 A; 3RQ2 A; 3HYO A; 3I3Y A; 4E8Z A; 3DRW A; 4YL5 A; 2F02 A; 2PKF A; 1RKA A; 2JGV A; 3UQ6 A; 2V78 A; 4N08 A; 2FV7 A; 3NL2 A; 2C49 A; 3NC9 A; 3RT9 A; 3UBO A; 1JXH A; 2AWD A; 4KBE A; 4GM6 A; 3K5W A; 1EKQ A; 2DDO A; 2JG5 A; 2RBC A; 3B1Q A; 4C5N A; 2I6B A; 3BF5 A; 3RTA A; 1ESQ A; 3RRE A; 3W4S A; 3NL3 A; 3PL2 A; 5CGE A; 1LIJ A; 1TD2 A; 4S1M A; 2ABQ A; 1GQT A; 5B6A A; 4O1G A; 1BX4 A; 1JXI A; 1YGK A; 3RPH A; 3LKI A; 3RY7 A; 3ZS7 A; 2F7K A; 1LHP A; 4E69 A; 1RFT A; 3MBH A;
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