The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
145
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sequence length |
451
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structure length |
432
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Chain Sequence |
WESLYEKALDKVEASIRKVRGVLLAYNTNIDAIKYLKREDLEKRIEKVGKEEVLRYSEELPKEIETIPQLLGSILWSIKRGKAAELLVVSREVREYMRKWGWDELRMGGQVGIMANLLGGVYGIPVIAHVPQLSELQASLFLDGPIYVPTRLIHPREFEDCIHYIYEFPRNFKVLDFEAPRENRFIGAADDYNPILYVREEWIERFEEIAKRSELAIISGLHPLTQENHGKPIKLVREHLKILNDLGIRAHLEFAFTPDEVVRLEIVKLLKHFYSVGLNEVELASVVSVMGEKELAERIISKDPADPIAVIEGLLKLIKETGVKRIHFHTYGYYLALTREKGEHVRDALLFSALAAATKAMKGNIEKLSDIREGLAVPIGEQGLEVEKILEKEFSLRDGIGSIEDYQLTFIPTKGIGDTISSSAFVSEFSLH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the ADP-dependent glucokinase from Pyrococcus horikoshii at 2.0-A resolution: a large conformational change in ADP-dependent glucokinase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ADP-dependent Glucokinase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
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| total genus |
145
|
| structure length |
432
|
| sequence length |
451
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.147: ADP-specific glucokinase. |
| pdb deposition date | 2002-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04587 | ADP_PFK_GK | ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Adenosine kinase, small domain | Adenosine kinase, small domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GBU A; 1DGM A; 5EY7 A; 4DC3 A; 1C3Q A; 4LBG A; 3LJS A; 3NCA A; 2I6B A; 2PKK A; 5C40 A; 1YGK A; 4K9C A; 4KAH A; 2YXT A; 2HW1 A; 4GM6 A; 3RPH A; 3RRB A; 4K8T A; 2ABS A; 3RU3 A; 1V1B A; 3RTA A; 3GO7 A; 3KEU A; 3CQD A; 2HLZ A; 2PKM A; 3UMP A; 3H49 A; 4XCK A; 3NL6 A; 2PKF A; 2FV7 A; 5CGE A; 3RT9 A; 2AJP A; 1KYH A; 4S1H A; 2AA0 A; 4E8W A; 3RTB A; 4K93 A; 3RRF A; 3VAS A; 4C5L A; 3W4S A; 4E3A A; 1RFT A; 3RTD A; 3UQ9 A; 2V78 A; 3EWM A; 3NC2 A; 1EKK A; 3NL5 A; 1U2X A; 4JKS A; 3RQX A; 1ESJ A; 1UB0 A; 3FHX A; 4EOH A; 1JXH A; 4B8R A; 4XF7 A; 3B1N A; 4EUM A; 1TYY A; 3KD6 A; 2YXU A; 4C5K A; 4K8C A; 1JXI A; 5C3Y A; 4N08 A; 3RQH A; 5C3Z A; 1TZ3 A; 3PZS A; 3B3L A; 3KZH A; 1YHJ A; 1ESQ A; 4C5N A; 3LHX A; 1V19 A; 3DRW A; 3IH0 A; 3RQ8 A; 3KTN A; 2RBC A; 3N1C A; 3NM3 A; 3UQ6 A; 4O1L A; 1VI9 A; 3MBJ A; 4KBE A; 3VAQ A; 4K8K A; 5CM5 A; 3RTC A; 3RSQ A; 5BYE A; 1TD2 A; 3LOO A; 4C5M A; 3RRJ A; 4LC4 A; 5BYF A; 3QA2 A; 3RPZ A; 1YGJ A; 4XF6 A; 3IKH A; 3RT7 A; 3Q92 A; 2NWH A; 1V1S A; 2R3E A; 3IBQ A; 3NBV A; 3NL2 A; 1LIO A; 2AJR A; 3RQ6 A; 4UBE A; 3RSS A; 5F11 A; 3ZS7 A; 3B1O A; 3Q1Y A; 1RKD A; 2DDO A; 3B1P A; 2XTB A; 5CGA A; 4C5J A; 5TRW A; 3RO4 A; 1RFU A; 3HYO A; 3RS9 A; 4YWR A; 1GQT A; 3LKI A; 3OTX A; 1L2L A; 4E8Z A; 3BF5 A; 3IQ0 A; 4KAN A; 3RM5 A; 3UMO A; 2DDM A; 4KAD A; 4E8Y A; 3NC9 A; 3UQD A; 1TZ6 A; 2R3B A; 2AWD A; 3RQ5 A; 5C41 A; 4S1M A; 5BYD A; 2QHP A; 2I5B A; 1RK2 A; 2HQQ A; 1GC5 A; 2AX3 A; 3RY7 A; 3H74 A; 1RFV A; 3HIC A; 3NL3 A; 4E84 A; 1LHR A; 1LII A; 1LIJ A; 2AB8 A; 2DCN A; 3B1Q A; 3UBO A; 4LCA A; 3RTE A; 2C49 A; 1LHP A; 4O1G A; 4XDA A; 2JGV A; 3NM1 A; 1RKS A; 3PL2 A; 3JUL A; 3RU2 A; 2A9Y A; 4N09 A; 2F02 A; 4EBU A; 4S1I A; 3K5W A; 2PKN A; 4KAL A; 1VK4 A; 4E69 A; 4JKU A; 3RS8 A; 5BYC A; 1V1A A; 3B1R A; 3FHY A; 1VM7 A; 3IE7 A; 4S1I B; 3MBH A; 3K9E A; 4K8P A; 4B8S A; 4K9I A; 3RSF A; 5TQI A; 2JG5 A; 4X8F A; 3RRE A; 1BX4 A; 4EN4 A; 2AFB A; 3RSG A; 2F7K A; 3I3Y A; 3GO6 A; 2DDW A; 4LBX A; 4WJM A; 3RQQ A; 3RTG A; 4DU5 A; 5B6A A; 3NBW A; 3UQE A; 2Q5R A; 3IN1 A; 1UA4 A; 1EKQ A; 1LIK A; 1RKA A; 2C4E A; 2A9Z A; 2QCV A; 3BGK A; 5EYN A; 2VAR A; 3QAI A; 1WYE A; 4U7X A; 5F0Z A; 5COJ A; 2ABQ A; 2JG1 A; 3RQ2 A; 4PVV A; 4YL5 A; 4JJP A; 2I6A A; 3DZV A; 3HPD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DC3 A; 1C3Q A; 4BUC A; 4BUB A; 3RPH A; 2ABS A; 3RU3 A; 3GO7 A; 2HLZ A; 3H49 A; 4XCK A; 3RT9 A; 3QCZ A; 3RTB A; 3UQ9 A; 2V78 A; 4B8R A; 4XF7 A; 4EUM A; 4QF5 A; 3KD6 A; 1JBW A; 1J6U A; 3RQ8 A; 2JFG A; 3RRJ A; 3QA2 A; 2R3E A; 2JFF A; 1LIO A; 2Y66 A; 3RSS A; 5F11 A; 3ZS7 A; 1RKD A; 5CGA A; 5TRW A; 3RO4 A; 1P3D A; 3HYO A; 3LKI A; 1E8C A; 3RM5 A; 3UMO A; 2DDM A; 2AWD A; 2GC6 A; 3RQ5 A; 1RK2 A; 3H74 A; 4E84 A; 4LCA A; 2VTE A; 2C49 A; 4O1G A; 1O5Z A; 2JGV A; 3PL2 A; 2A9Y A; 3K5W A; 1VK4 A; 1VM7 A; 4S1I B; 3MBH A; 3RRE A; 2AFB A; 3RSG A; 3I3Y A; 2DDW A; 3RTG A; 3NBW A; 2GC5 A; 4PVV A; 5EY7 A; 4HV4 A; 3LJS A; 2PKK A; 4K9C A; 4KAH A; 3RRB A; 1V1B A; 2XJA A; 3RTA A; 3KEU A; 3CQD A; 3UMP A; 3NL6 A; 5CGE A; 1FGS A; 2JFH A; 4C5L A; 3VAS A; 3NC2 A; 1ESJ A; 1UB0 A; 4EOH A; 2UUO A; 4C5K A; 3HN7 A; 5C3Z A; 1TZ3 A; 3KZH A; 4CVL A; 3IH0 A; 3NM3 A; 3UQ6 A; 4K8K A; 2XPC A; 5CM5 A; 4LC4 A; 3RPZ A; 1YGJ A; 3RT7 A; 3IBQ A; 1V1S A; 3RQ6 A; 2GCB A; 2XTB A; 3RS9 A; 4YWR A; 3OTX A; 4E8Z A; 1W78 A; 2Y68 A; 2I5B A; 2HQQ A; 1P31 A; 3HIC A; 1LIJ A; 2AB8 A; 2DCN A; 3B1Q A; 3UBO A; 3RTE A; 1LHP A; 3NM1 A; 3RU2 A; 3ZL8 A; 4KAL A; 3RS8 A; 2AM2 A; 4K8P A; 2Y1O A; 3GO6 A; 4DU5 A; 4CVM A; 3UQE A; 3IN1 A; 1EKQ A; 1LIK A; 1RKA A; 2A9Z A; 2QCV A; 5EYN A; 2VAR A; 1WYE A; 4U7X A; 5COJ A; 2ABQ A; 4JJP A; 3HJ6 A; 2I6A A; 3DZV A; 4LBG A; 5C40 A; 2YXT A; 2HW1 A; 4GM6 A; 2VOR A; 4K8T A; 4ZIY A; 2PKM A; 2FV7 A; 1UAG A; 2AJP A; 3PYZ A; 2AA0 A; 4E8W A; 4K93 A; 1RFT A; 1JBV A; 1W7K A; 3RTD A; 3NL5 A; 1EKK A; 3RQX A; 2UUP A; 4UAG A; 3B1N A; 1TYY A; 4K8C A; 3RQH A; 2GCA A; 3PZS A; 4C5N A; 3DRW A; 1GQQ A; 2VOS A; 3KTN A; 5A5E A; 4O1L A; 3MBJ A; 4KBE A; 3VAQ A; 3RSQ A; 5BYF A; 4XF6 A; 1EEH A; 2AJR A; 4UBE A; 3B1O A; 2DDO A; 3B1P A; 1RFU A; 3BF5 A; 4KAN A; 3ZM6 A; 4KAD A; 4E8Y A; 3NC9 A; 5C41 A; 5BYD A; 2QHP A; 3RY7 A; 1RFV A; 1LII A; 2AM1 A; 4XDA A; 1RKS A; 3JUL A; 4EBU A; 4S1I A; 4E69 A; 1E0D A; 1V1A A; 3B1R A; 3FHY A; 3K9E A; 4B8S A; 3RSF A; 4EN4 A; 2Y67 A; 2F7K A; 3RQQ A; 4WJM A; 5B6A A; 2Q5R A; 2X5O A; 3BGK A; 3QAI A; 5F0Z A; 3RQ2 A; 1YHJ A; 3UQD A; 3GBU A; 1DGM A; 2UAG A; 1GG4 A; 3NCA A; 2I6B A; 1YGK A; 2PKF A; 1KYH A; 4S1H A; 3RRF A; 3W4S A; 4E3A A; 4JKS A; 3EWM A; 1U2X A; 3UAG A; 3FHX A; 1JXH A; 2YXU A; 1JXI A; 5C3Y A; 3ZM5 A; 4N08 A; 3B3L A; 1ESQ A; 3LHX A; 1V19 A; 2RBC A; 3N1C A; 1VI9 A; 3RTC A; 5BYE A; 1TD2 A; 3LOO A; 4C5M A; 4C13 A; 3IKH A; 3Q92 A; 2NWH A; 3NBV A; 3NL2 A; 1GQY A; 3LK7 A; 3Q1Y A; 4C5J A; 1GQT A; 1L2L A; 3IQ0 A; 3N2A A; 4QDI A; 2WTZ A; 1TZ6 A; 2R3B A; 4S1M A; 1GC5 A; 2AX3 A; 3NL3 A; 3NRS A; 1LHR A; 3EAG A; 2F00 A; 2WJP A; 5A5F A; 4N09 A; 2F02 A; 4C12 A; 2VTD A; 2PKN A; 4JKU A; 5BYC A; 3IE7 A; 4K9I A; 5TQI A; 2JG5 A; 4X8F A; 1BX4 A; 4LBX A; 4CVK A; 1UA4 A; 2C4E A; 2JG1 A; 4YL5 A; 3HPD A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3GBU A; 1DGM A; 5EY7 A; 4DC3 A; 1C3Q A; 4LBG A; 3LJS A; 3NCA A; 2I6B A; 2PKK A; 5C40 A; 1YGK A; 4K9C A; 4KAH A; 2YXT A; 2HW1 A; 4GM6 A; 3RPH A; 3RRB A; 4K8T A; 2ABS A; 3RU3 A; 1V1B A; 3RTA A; 3GO7 A; 3KEU A; 3CQD A; 2HLZ A; 2PKM A; 3UMP A; 3H49 A; 4XCK A; 3NL6 A; 2PKF A; 2FV7 A; 5CGE A; 3RT9 A; 2AJP A; 1KYH A; 4S1H A; 2AA0 A; 4E8W A; 3RTB A; 4K93 A; 3RRF A; 3VAS A; 4C5L A; 3W4S A; 4E3A A; 1RFT A; 3UQ9 A; 3RTD A; 2V78 A; 3EWM A; 3NC2 A; 1EKK A; 3NL5 A; 1U2X A; 4JKS A; 3RQX A; 1ESJ A; 1UB0 A; 3FHX A; 4EOH A; 1JXH A; 4B8R A; 4XF7 A; 3B1N A; 4EUM A; 1TYY A; 3KD6 A; 2YXU A; 4C5K A; 4K8C A; 1JXI A; 5C3Y A; 4N08 A; 3RQH A; 5C3Z A; 1TZ3 A; 3PZS A; 3B3L A; 3KZH A; 4C5N A; 1ESQ A; 3LHX A; 1V19 A; 3DRW A; 3IH0 A; 3RQ8 A; 3KTN A; 2RBC A; 3N1C A; 3NM3 A; 3UQ6 A; 4O1L A; 1VI9 A; 3MBJ A; 3VAQ A; 4KBE A; 4K8K A; 5CM5 A; 3RTC A; 3RSQ A; 5BYE A; 1TD2 A; 3LOO A; 2I6A A; 3RRJ A; 4LC4 A; 4C5M A; 5BYF A; 3QA2 A; 3RPZ A; 1YGJ A; 4XF6 A; 3IKH A; 3RT7 A; 3Q92 A; 2NWH A; 1V1S A; 2R3E A; 3IBQ A; 3NBV A; 3NL2 A; 1LIO A; 2AJR A; 3RQ6 A; 4UBE A; 3RSS A; 5F11 A; 4JJP A; 3ZS7 A; 3B1O A; 3Q1Y A; 1RKD A; 2DDO A; 3B1P A; 2XTB A; 5CGA A; 4C5J A; 5TRW A; 3RO4 A; 1RFU A; 3HYO A; 3RS9 A; 4YWR A; 3OTX A; 1GQT A; 3LKI A; 1L2L A; 4E8Z A; 3BF5 A; 3IQ0 A; 4KAN A; 3RM5 A; 3UMO A; 2DDM A; 4KAD A; 4E8Y A; 3NC9 A; 3UQD A; 1TZ6 A; 2R3B A; 2AWD A; 3RQ5 A; 5C41 A; 4S1M A; 5BYD A; 2QHP A; 2I5B A; 1RK2 A; 2HQQ A; 1GC5 A; 2AX3 A; 3RY7 A; 3H74 A; 1RFV A; 3HIC A; 3NL3 A; 4E84 A; 1LII A; 1LIJ A; 2AB8 A; 1LHR A; 2DCN A; 3B1Q A; 3UBO A; 4LCA A; 3RTE A; 2C49 A; 1LHP A; 4O1G A; 4XDA A; 2JGV A; 3NM1 A; 1RKS A; 3PL2 A; 3JUL A; 3RU2 A; 2A9Y A; 4N09 A; 2F02 A; 4EBU A; 4S1I A; 3K5W A; 2PKN A; 4KAL A; 1VK4 A; 4E69 A; 4JKU A; 3RS8 A; 5BYC A; 1V1A A; 3B1R A; 3FHY A; 1VM7 A; 3IE7 A; 4S1I B; 3MBH A; 3K9E A; 4K8P A; 4B8S A; 4K9I A; 3RSF A; 5TQI A; 2JG5 A; 4X8F A; 3RRE A; 1BX4 A; 4EN4 A; 2AFB A; 3RSG A; 2F7K A; 3I3Y A; 3GO6 A; 2DDW A; 4LBX A; 4WJM A; 3RQQ A; 3RTG A; 4DU5 A; 5B6A A; 3NBW A; 3UQE A; 2Q5R A; 3IN1 A; 1UA4 A; 1EKQ A; 1LIK A; 1RKA A; 2C4E A; 2A9Z A; 2QCV A; 3BGK A; 5EYN A; 2VAR A; 3QAI A; 1WYE A; 4U7X A; 5F0Z A; 5COJ A; 2ABQ A; 2JG1 A; 3RQ2 A; 4PVV A; 4YL5 A; 3HJ6 A; 1YHJ A; 3DZV A; 3HPD A;
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