The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
287
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structure length |
287
|
Chain Sequence |
MMKNILAIQSHVVYGHAGNSAAEFPMRRLGANVWPLNTVQFSNHTQYGKWTGCVMPPSHLTEIVQGIAAIDKLHTCDAVLSGYLGSAEQGEHILGIVRQVKAANPQAKYFCDPVMGHPEKGCIVAPGVAEFHVRHGLPASDIIAPNLVELEILCEHAVNNVEEAVLAARELIAQGPQIVLVKHLARAGYSRDRFEMLLVTADEAWHISRPLVDFGMRQPVGVGDVTSGLLLVKLLQGATLQEALEHVTAAVYEIMVTTKAMQEYELQVVAAQDRIAKPEHYFSATKL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the PdxY Protein from Escherichia coli
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pyridoxamine kinase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
96
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| structure length |
287
|
| sequence length |
287
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.35: Pyridoxal kinase. |
| pdb deposition date | 2004-05-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08543 | Phos_pyr_kin | Phosphomethylpyrimidine kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YXT A; 3H74 A; 3MBH A; 4K8C A; 3RS9 A; 1C3Q A; 2A9Y A; 3NL5 A; 3B1Q A; 3MBJ A; 3QA2 A; 3UQ9 A; 2ABQ A; 2HLZ A; 2PKK A; 5EYN A; 5C41 A; 4C5K A; 4XCK A; 4YL5 A; 1GQT A; 4JKS A; 3UQD A; 3KD6 A; 3IKH A; 4K9C A; 2AA0 A; 3RU2 A; 4E69 A; 5BYC A; 1YGK A; 2QCV A; 3RTB A; 3NM1 A; 4WJM A; 3NC9 A; 3UBO A; 3RRJ A; 3FHX A; 2V78 A; 3GO6 A; 3RQ2 A; 3GBU A; 4K9I A; 3IBQ A; 3B1P A; 3EWM A; 4PVV A; 1BX4 A; 2DDW A; 2JG5 A; 3IN1 A; 3RSG A; 3RT7 A; 1RFT A; 1LIJ A; 3VAQ A; 5BYD A; 2QHP A; 3LKI A; 4LCA A; 1L2L A; 1TZ6 A; 2R3E A; 3BGK A; 4U7X A; 3RQ6 A; 3HIC A; 4JKU A; 2AX3 A; 1LII A; 2PKM A; 5EY7 A; 1RKD A; 3RSS A; 3KEU A; 4KAD A; 2Q5R A; 2XTB A; 3B1N A; 3RTC A; 4UBE A; 1V19 A; 1EKQ A; 4C5N A; 1JXH A; 5CM5 A; 3KZH A; 1RKA A; 4K93 A; 4C5L A; 3UMP A; 4K8K A; 3HYO A; 3OTX A; 4N08 A; 3RPH A; 3IE7 A; 5C3Y A; 4S1I A; 1RFU A; 5C3Z A; 4GM6 A; 5F0Z A; 5B6A A; 1YHJ A; 2AJR A; 3B3L A; 2R3B A; 3H49 A; 3LOO A; 3NL2 A; 3RSF A; 4E8W A; 5BYE A; 5C40 A; 3ZS7 A; 1LHR A; 3PZS A; 3RY7 A; 2RBC A; 2HQQ A; 3NCA A; 3B1R A; 3NM3 A; 3UQ6 A; 1RFV A; 1DGM A; 4YWR A; 3RQ5 A; 5BYF A; 4KAL A; 3RQQ A; 1LIK A; 4XDA A; 4C5J A; 2AFB A; 1VM7 A; 1GC5 A; 3RT9 A; 3RS8 A; 3DZV A; 4DU5 A; 4O1L A; 2JG1 A; 3RSQ A; 4KAN A; 2JGV A; 4X8F A; 3CQD A; 4EN4 A; 4B8S A; 2FV7 A; 2NWH A; 3NBV A; 4JJP A; 3I3Y A; 3RRF A; 4KAH A; 3QAI A; 4E8Y A; 2A9Z A; 5CGE A; 3K5W A; 2F7K A; 3RO4 A; 2AWD A; 1LHP A; 2PKN A; 5TQI A; 1KYH A; 4K8T A; 3RTG A; 3RU3 A; 3K9E A; 4E8Z A; 3GO7 A; 3IH0 A; 3BF5 A; 4EBU A; 3W4S A; 3DRW A; 3NBW A; 1U2X A; 4LBG A; 3PL2 A; 1YGJ A; 1WYE A; 3LJS A; 4B8R A; 3RTD A; 2DDO A; 1RK2 A; 2PKF A; 1TYY A; 2I6B A; 1VI9 A; 4LC4 A; 4O1G A; 4XF6 A; 3NL3 A; 3UQE A; 3VAS A; 1UA4 A; 3NC2 A; 3UMO A; 5CGA A; 2VAR A; 3LHX A; 4S1H A; 3JUL A; 2ABS A; 2DCN A; 2HW1 A; 1RKS A; 3FHY A; 2DDM A; 3N1C A; 4EUM A; 1TZ3 A; 1V1B A; 4S1I B; 1VK4 A; 1TD2 A; 2F02 A; 1ESJ A; 3RRE A; 5TRW A; 1UB0 A; 4KBE A; 5COJ A; 2AB8 A; 3NL6 A; 4C5M A; 2I6A A; 4E3A A; 3RM5 A; 2C4E A; 4XF7 A; 3IQ0 A; 3RQX A; 1V1A A; 1ESQ A; 1JXI A; 1LIO A; 3RQ8 A; 3RQH A; 4EOH A; 3HPD A; 2YXU A; 3KTN A; 4DC3 A; 4LBX A; 3B1O A; 3Q1Y A; 4N09 A; 3RRB A; 3RTA A; 2AJP A; 3RTE A; 4K8P A; 4E84 A; 3Q92 A; 1V1S A; 4S1M A; 3RPZ A; 5F11 A; 1EKK A; 2C49 A; 2I5B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EYN A; 5C41 A; 1E8C A; 3IKH A; 4E69 A; 1YGK A; 3RTB A; 3NM1 A; 4WJM A; 2AM2 A; 2UAG A; 1BX4 A; 1LIJ A; 3VAQ A; 2QHP A; 2R3E A; 5A5E A; 4JKU A; 3LK7 A; 2F00 A; 1W7K A; 3KEU A; 4C5N A; 1JXH A; 3KZH A; 1RKA A; 4K93 A; 2UUP A; 3ZM6 A; 3RPH A; 3IE7 A; 5C3Y A; 1YHJ A; 2AJR A; 3RSF A; 5BYE A; 1LHR A; 2HQQ A; 3UQ6 A; 1RFV A; 5BYF A; 3QCZ A; 1LIK A; 4XDA A; 1VM7 A; 4KAN A; 2JGV A; 4X8F A; 1JBV A; 3CQD A; 4EN4 A; 2FV7 A; 2NWH A; 3NBV A; 3PYZ A; 4KAH A; 2A9Z A; 5TQI A; 3K9E A; 4E8Z A; 3GO7 A; 3BF5 A; 1U2X A; 1YGJ A; 1WYE A; 4B8R A; 2PKF A; 1TYY A; 2I6B A; 3UMO A; 5CGA A; 2VAR A; 3LHX A; 1RKS A; 1TZ3 A; 1TD2 A; 1ESJ A; 5TRW A; 1UB0 A; 4C5M A; 3IQ0 A; 4EOH A; 1ESQ A; 1JXI A; 4CVL A; 2YXU A; 4DC3 A; 4LBX A; 3RRB A; 3RTA A; 3RPZ A; 4KBE A; 1EKK A; 2YXT A; 2WJP A; 1C3Q A; 3UQ9 A; 2ABQ A; 2HLZ A; 4C5K A; 4YL5 A; 4JKS A; 1JBW A; 3KD6 A; 1EEH A; 3UAG A; 3FHX A; 2V78 A; 3HN7 A; 4K9I A; 1RFT A; 2Y67 A; 1L2L A; 1TZ6 A; 4QF5 A; 3RQ6 A; 3HIC A; 2PKM A; 4KAD A; 3B1N A; 3RTC A; 3UMP A; 4K8K A; 4S1I A; 4CVM A; 4CVK A; 3B3L A; 3NL2 A; 5C40 A; 3ZS7 A; 3NCA A; 3B1R A; 1DGM A; 2VTD A; 3RT9 A; 3DZV A; 2JG1 A; 4QDI A; 4B8S A; 3QAI A; 5CGE A; 2F7K A; 1LHP A; 1J6U A; 4BUB A; 3HJ6 A; 3IH0 A; 4EBU A; 3LJS A; 2DDO A; 1RK2 A; 4LC4 A; 2VTE A; 5EY7 A; 2HW1 A; 3FHY A; 2DDM A; 1V1B A; 4S1I B; 4XF7 A; 3RQX A; 1LIO A; 1P31 A; 3RQH A; 3B1O A; 4E84 A; 3Q92 A; 1V1S A; 4S1M A; 3H74 A; 3MBH A; 1E0D A; 3B1Q A; 5A5F A; 4XCK A; 1GQT A; 3NRS A; 5BYC A; 2QCV A; 3NC9 A; 3RRJ A; 3GO6 A; 3GBU A; 3IBQ A; 3B1P A; 1UAG A; 3RSG A; 4LCA A; 3BGK A; 2VOR A; 4U7X A; 1FGS A; 2AX3 A; 2XJA A; 4UBE A; 1EKQ A; 5CM5 A; 4C5L A; 2VOS A; 3OTX A; 5C3Z A; 4GM6 A; 4C13 A; 3H49 A; 2R3B A; 3RY7 A; 3NM3 A; 4KAL A; 2JFH A; 4C5J A; 4DU5 A; 3RSQ A; 3RRF A; 2JFG A; 2PKN A; 1KYH A; 3RTG A; 3RU3 A; 3W4S A; 3NBW A; 2GC6 A; 2Y66 A; 3RTD A; 2AM1 A; 3VAS A; 1VI9 A; 4XF6 A; 3NC2 A; 3N2A A; 4S1H A; 2ABS A; 3N1C A; 4EUM A; 2Y1O A; 3RRE A; 2WTZ A; 5COJ A; 2AB8 A; 3NL6 A; 4E3A A; 3RM5 A; 2C4E A; 3ZL8 A; 3KTN A; 3RTE A; 4BUC A; 5F11 A; 2C49 A; 2UUO A; 2I5B A; 4K8C A; 2GC5 A; 3RS9 A; 2A9Y A; 3NL5 A; 3MBJ A; 3QA2 A; 2PKK A; 1GQQ A; 3EAG A; 3UQD A; 4K9C A; 2AA0 A; 3RU2 A; 1GQY A; 4UAG A; 2XPC A; 3UBO A; 3RQ2 A; 3EWM A; 4PVV A; 2DDW A; 2JG5 A; 3IN1 A; 3RT7 A; 5BYD A; 3LKI A; 1LII A; 1RKD A; 3RSS A; 2Q5R A; 2XTB A; 1V19 A; 3HYO A; 4N08 A; 1RFU A; 5F0Z A; 5B6A A; 3LOO A; 4E8W A; 3PZS A; 2RBC A; 3ZM5 A; 3RQ5 A; 4YWR A; 3RQQ A; 2AFB A; 1GC5 A; 3RS8 A; 2JFF A; 4O1L A; 2X5O A; 1P3D A; 4JJP A; 3I3Y A; 4E8Y A; 3K5W A; 3RO4 A; 2AWD A; 2GCB A; 4K8T A; 2Y68 A; 3DRW A; 4LBG A; 3PL2 A; 4HV4 A; 1W78 A; 3UQE A; 4O1G A; 3NL3 A; 1UA4 A; 3JUL A; 4ZIY A; 2DCN A; 1VK4 A; 2F02 A; 4C12 A; 1O5Z A; 2I6A A; 1GG4 A; 2GCA A; 1V1A A; 3RQ8 A; 3HPD A; 3Q1Y A; 4N09 A; 2AJP A; 4K8P A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2YXT A; 3H74 A; 3MBH A; 4K8C A; 3RS9 A; 1C3Q A; 2A9Y A; 3NL5 A; 3B1Q A; 3MBJ A; 3QA2 A; 3UQ9 A; 2ABQ A; 2HLZ A; 2PKK A; 5EYN A; 5C41 A; 4C5K A; 4XCK A; 4YL5 A; 1GQT A; 4JKS A; 3UQD A; 3KD6 A; 3IKH A; 4K9C A; 2AA0 A; 3RU2 A; 4E69 A; 5BYC A; 1YGK A; 2QCV A; 3RTB A; 3NM1 A; 4WJM A; 3NC9 A; 3UBO A; 3RRJ A; 3FHX A; 2V78 A; 3GO6 A; 3RQ2 A; 3GBU A; 4K9I A; 3IBQ A; 3B1P A; 3EWM A; 4PVV A; 1BX4 A; 2DDW A; 2JG5 A; 3IN1 A; 3RSG A; 3RT7 A; 1RFT A; 1LIJ A; 3VAQ A; 5BYD A; 2QHP A; 3LKI A; 4LCA A; 1L2L A; 1TZ6 A; 2R3E A; 3BGK A; 4U7X A; 3RQ6 A; 3HIC A; 4JKU A; 2AX3 A; 1LII A; 2PKM A; 5EY7 A; 1RKD A; 3RSS A; 3KEU A; 4KAD A; 2Q5R A; 2XTB A; 3B1N A; 3RTC A; 4UBE A; 1V19 A; 1EKQ A; 4C5N A; 1JXH A; 5CM5 A; 3KZH A; 1RKA A; 4K93 A; 4C5L A; 3UMP A; 4K8K A; 3HYO A; 3OTX A; 4N08 A; 3RPH A; 3IE7 A; 5C3Y A; 4S1I A; 1RFU A; 5C3Z A; 4GM6 A; 5F0Z A; 5B6A A; 1YHJ A; 2AJR A; 3B3L A; 2R3B A; 3H49 A; 3LOO A; 3NL2 A; 3RSF A; 4E8W A; 5BYE A; 5C40 A; 3ZS7 A; 1LHR A; 3PZS A; 3RY7 A; 2RBC A; 2HQQ A; 3NCA A; 3B1R A; 3NM3 A; 3UQ6 A; 1RFV A; 1DGM A; 4YWR A; 3RQ5 A; 5BYF A; 4KAL A; 3RQQ A; 1LIK A; 4XDA A; 4C5J A; 2AFB A; 1VM7 A; 1GC5 A; 3RT9 A; 3RS8 A; 3DZV A; 4DU5 A; 4O1L A; 2JG1 A; 3RSQ A; 4KAN A; 2JGV A; 4X8F A; 3CQD A; 4EN4 A; 4B8S A; 2FV7 A; 2NWH A; 3NBV A; 4JJP A; 3I3Y A; 3RRF A; 4KAH A; 3QAI A; 4E8Y A; 2A9Z A; 5CGE A; 3K5W A; 2F7K A; 3RO4 A; 2AWD A; 1LHP A; 2PKN A; 5TQI A; 1KYH A; 4K8T A; 3RTG A; 3RU3 A; 3K9E A; 4E8Z A; 3HJ6 A; 3GO7 A; 3IH0 A; 3BF5 A; 4EBU A; 3W4S A; 3DRW A; 3NBW A; 1U2X A; 4LBG A; 3PL2 A; 1YGJ A; 1WYE A; 3LJS A; 4B8R A; 3RTD A; 2DDO A; 1RK2 A; 2PKF A; 1TYY A; 2I6B A; 1VI9 A; 4LC4 A; 4O1G A; 4XF6 A; 3NL3 A; 3UQE A; 3VAS A; 1UA4 A; 3NC2 A; 3UMO A; 5CGA A; 2VAR A; 3LHX A; 4S1H A; 3JUL A; 2ABS A; 2DCN A; 2HW1 A; 1RKS A; 3FHY A; 2DDM A; 3N1C A; 4EUM A; 1TZ3 A; 1V1B A; 4S1I B; 1VK4 A; 1TD2 A; 2F02 A; 1ESJ A; 3RRE A; 5TRW A; 1UB0 A; 4KBE A; 5COJ A; 2AB8 A; 3NL6 A; 4C5M A; 2I6A A; 4E3A A; 3RM5 A; 2C4E A; 4XF7 A; 3IQ0 A; 3RQX A; 1V1A A; 1ESQ A; 1JXI A; 1LIO A; 3RQ8 A; 3RQH A; 4EOH A; 3HPD A; 2YXU A; 3KTN A; 4DC3 A; 4LBX A; 3B1O A; 3Q1Y A; 4N09 A; 3RRB A; 3RTA A; 2AJP A; 3RTE A; 4K8P A; 4E84 A; 3Q92 A; 1V1S A; 4S1M A; 3RPZ A; 5F11 A; 1EKK A; 2C49 A; 2I5B A;
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