The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
110
|
sequence length |
348
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structure length |
330
|
Chain Sequence |
GPMRVFAIGNPILDLVAEVPSSFLDEFFLKRGDATLATPEQMRIYSTLDQFNPTSLPGGSALNSVRVVQKLLRKPGSAGYMGAIGDDPRGQVLKELCDKEGLATRFMVAPGQSTGTCAVLINEKERTLCTHLGACGSFRIPENWTTFASGALIFYATAYTLTATPKNALEVAGYAHGIPNAIFTLNLSAPFCVELYKDAMQSLLLHTNILFGNEEEFAHLAKVHNLVKVALSVANKEHAVTGATKLVVMTRGHNPVIAAEQTADGTVVVHEVGVPVVAAEKIVDTNGAGDAFVGGFLYGLSQGKTVKQCIMCGNACAQDVIQHVGFSLSF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of Toxoplasma gondii adenosine kinase reveal a novel catalytic mechanism and prodrug binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Toxoplasma gondii
|
| molecule keywords |
adenosine kinase
|
| total genus |
110
|
| structure length |
330
|
| sequence length |
348
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.20: Adenosine kinase. |
| pdb deposition date | 2002-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Adenosine kinase, small domain | Adenosine kinase, small domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LIO A; 1TD2 A; 4K9C A; 4KAD A; 3MBH A; 3RTD A; 1RKA A; 3NC2 A; 4K8P A; 2C4E A; 2V78 A; 3BGK A; 3RTG A; 3HYO A; 5TQI A; 3NCA A; 3UBO A; 4O1L A; 4EBU A; 3DZV A; 4K8T A; 4JKU A; 1GQT A; 2VAR A; 2C49 A; 2R3B A; 3RTC A; 5BYD A; 4XCK A; 4C5M A; 2XTB A; 2JGV A; 1YGK A; 2JG5 A; 3RRJ A; 3NC9 A; 3NL6 A; 1UA4 A; 3RRB A; 3UMO A; 4E3A A; 4N09 A; 4C5J A; 5F0Z A; 3IH0 A; 3JUL A; 1BX4 A; 3UQ6 A; 1VK4 A; 3ZS7 A; 5C40 A; 5EYN A; 3RS8 A; 5F11 A; 4KAH A; 5C41 A; 3LJS A; 1ESQ A; 1ESJ A; 1JXI A; 1V1A A; 3FHX A; 3KZH A; 5CGA A; 1RKS A; 2HLZ A; 4KAL A; 1TZ6 A; 3NL2 A; 3B3L A; 3LKI A; 2ABS A; 2FV7 A; 4O1G A; 3NBV A; 3RQ2 A; 1VM7 A; 3DRW A; 4DU5 A; 3BF5 A; 2DDW A; 1UB0 A; 5TRW A; 3GBU A; 3B1N A; 3Q92 A; 1LHR A; 3NL3 A; 2DDO A; 4S1M A; 1C3Q A; 4GM6 A; 3RSQ A; 3Q1Y A; 3RSG A; 3RQ5 A; 4K8C A; 3RSS A; 2AX3 A; 4LC4 A; 3MBJ A; 3RU2 A; 5BYF A; 3RQH A; 1TYY A; 4S1I A; 3RO4 A; 2PKF A; 3RPH A; 3UQE A; 4KBE A; 4LCA A; 4B8R A; 2HW1 A; 3LHX A; 3IKH A; 1LHP A; 1LIK A; 3HIC A; 2HQQ A; 4EN4 A; 2A9Z A; 5CGE A; 3EWM A; 1V1B A; 4C5L A; 3RM5 A; 3VAQ A; 1RKD A; 2I6A A; 2AA0 A; 3NL5 A; 3NM1 A; 1RFT A; 1VI9 A; 2RBC A; 4LBX A; 1V19 A; 4XDA A; 1U2X A; 3IN1 A; 4PVV A; 3RSF A; 3RQQ A; 1RK2 A; 2I6B A; 4E8Z A; 3IE7 A; 3K9E A; 2QHP A; 3RPZ A; 2PKN A; 4DC3 A; 3CQD A; 2PKM A; 4X8F A; 2AB8 A; 3W4S A; 4WJM A; 3KD6 A; 2DDM A; 1L2L A; 1RFU A; 2AJP A; 2AJR A; 1TZ3 A; 5C3Y A; 4EOH A; 5CM5 A; 2I5B A; 3GO6 A; 3PZS A; 4U7X A; 2DCN A; 3UQ9 A; 1JXH A; 2AWD A; 3IQ0 A; 3QAI A; 4JKS A; 3RS9 A; 3RY7 A; 5EY7 A; 1LIJ A; 3RQX A; 3LOO A; 1GC5 A; 3FHY A; 3PL2 A; 3RU3 A; 3RTB A; 4S1I B; 4EUM A; 3RT7 A; 3B1O A; 5BYE A; 3H49 A; 4N08 A; 3HPD A; 2NWH A; 4JJP A; 4S1H A; 2Q5R A; 3RTE A; 4K93 A; 3UQD A; 2F7K A; 2JG1 A; 3RRE A; 2PKK A; 3K5W A; 4XF6 A; 3B1P A; 3KEU A; 2ABQ A; 1LII A; 2YXU A; 4E8W A; 2F02 A; 4E84 A; 3RQ6 A; 2QCV A; 3NM3 A; 3NBW A; 4E8Y A; 1YGJ A; 3UMP A; 3KTN A; 5COJ A; 2R3E A; 4C5N A; 2A9Y A; 1EKK A; 4YWR A; 3N1C A; 5C3Z A; 3RRF A; 1KYH A; 3I3Y A; 4YL5 A; 3IBQ A; 5BYC A; 3B1R A; 3GO7 A; 3RQ8 A; 3RTA A; 3RT9 A; 3OTX A; 4LBG A; 4B8S A; 4XF7 A; 3H74 A; 2AFB A; 1YHJ A; 1RFV A; 3QA2 A; 4UBE A; 4E69 A; 3VAS A; 4C5K A; 3B1Q A; 1EKQ A; 4K9I A; 5B6A A; 2YXT A; 4K8K A; 4KAN A; 1V1S A; 1WYE A; 1DGM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LIO A; 4KAD A; 3MBH A; 1RKA A; 4QF5 A; 2C4E A; 3RTG A; 3UBO A; 3HYO A; 1O5Z A; 4XCK A; 2JGV A; 2JG5 A; 3RRJ A; 3RRB A; 4C5J A; 5F0Z A; 3FHX A; 1UAG A; 4KAL A; 2GCA A; 3RQ2 A; 1W78 A; 3DRW A; 3HJ6 A; 3N2A A; 3LK7 A; 3Q92 A; 1LHR A; 2DDO A; 1C3Q A; 4LC4 A; 2Y68 A; 4BUC A; 2HW1 A; 3LHX A; 3IKH A; 1LHP A; 1LIK A; 2HQQ A; 2Y1O A; 2I6A A; 1RFT A; 1V19 A; 4PVV A; 2VTE A; 3RQQ A; 4E8Z A; 2QHP A; 2JFH A; 3W4S A; 2VOS A; 2AJR A; 4EOH A; 4U7X A; 3IQ0 A; 2AWD A; 3RS9 A; 3HN7 A; 3FHY A; 4S1I B; 3RT7 A; 2NWH A; 2F7K A; 3KEU A; 2ABQ A; 2YXU A; 3RQ6 A; 5COJ A; 1EEH A; 1J6U A; 3GO7 A; 3RT9 A; 4LBG A; 4B8S A; 3H74 A; 1YHJ A; 1RFV A; 4UBE A; 3NRS A; 2UAG A; 4K8K A; 4KAN A; 3RTD A; 4K8T A; 4C12 A; 2C49 A; 1YGK A; 1UA4 A; 4QDI A; 4N09 A; 1P31 A; 2X5O A; 3IH0 A; 1BX4 A; 3PYZ A; 2F00 A; 5F11 A; 4KAH A; 3LJS A; 2HLZ A; 3LKI A; 2FV7 A; 2DDW A; 3GBU A; 3ZM5 A; 3Q1Y A; 3RSG A; 2AX3 A; 5BYF A; 1TYY A; 3RPH A; 3RO4 A; 4KBE A; 4B8R A; 2JFF A; 5CGE A; 3EWM A; 1V1B A; 3UAG A; 3VAQ A; 1RKD A; 4LBX A; 3RSF A; 1W7K A; 2I6B A; 3K9E A; 3CQD A; 2AB8 A; 4WJM A; 4CVK A; 2DDM A; 3ZM6 A; 1L2L A; 1TZ3 A; 5CM5 A; 2I5B A; 3PZS A; 3RY7 A; 3LOO A; 2XPC A; 3PL2 A; 3RU3 A; 3RTB A; 3B1O A; 4N08 A; 4JJP A; 4S1H A; 2Q5R A; 3RTE A; 4K93 A; 3RRE A; 4E8W A; 3QCZ A; 3KTN A; 2R3E A; 2AM2 A; 2GC6 A; 2AM1 A; 3N1C A; 3B1R A; 2JFG A; 3B1Q A; 1JBW A; 4K9I A; 1TD2 A; 3NC2 A; 4EBU A; 2V78 A; 3BGK A; 5TQI A; 3NCA A; 4O1L A; 3DZV A; 4JKU A; 1GQT A; 2R3B A; 3RTC A; 2XTB A; 3NC9 A; 3NL6 A; 3UMO A; 3JUL A; 3UQ6 A; 1VK4 A; 5EYN A; 1V1A A; 1ESJ A; 1JXI A; 3KZH A; 1TZ6 A; 3NL2 A; 3B3L A; 3NBV A; 1GQQ A; 1VM7 A; 4DU5 A; 3BF5 A; 5TRW A; 3B1N A; 3NL3 A; 4S1M A; 4GM6 A; 3RSS A; 3RU2 A; 3RQH A; 4S1I A; 4LCA A; 4EN4 A; 3HIC A; 4C13 A; 3RM5 A; 1VI9 A; 4CVL A; 1U2X A; 3IE7 A; 5BYC A; 3RPZ A; 2PKN A; 4DC3 A; 2VOR A; 2PKM A; 1GG4 A; 4CVM A; 1GQY A; 5C3Y A; 1JXH A; 3QAI A; 2Y67 A; 4EUM A; 2GCB A; 5BYE A; 3HPD A; 2Y66 A; 2UUP A; 5A5F A; 4E84 A; 2QCV A; 4E8Y A; 4C5N A; 4YWR A; 3RRF A; 1KYH A; 1FGS A; 4YL5 A; 3IBQ A; 3RTA A; 3RQ8 A; 3OTX A; 3QA2 A; 3VAS A; 4C5K A; 2WTZ A; 1EKQ A; 2YXT A; 1V1S A; 4K9C A; 4K8P A; 2VAR A; 5BYD A; 3EAG A; 4C5M A; 5A5E A; 2VTD A; 4E3A A; 4BUB A; 3ZS7 A; 5C40 A; 3RS8 A; 2UUO A; 1ESQ A; 5CGA A; 4ZIY A; 1RKS A; 2ABS A; 4O1G A; 2XJA A; 1UB0 A; 4UAG A; 3RSQ A; 3RQ5 A; 4HV4 A; 4K8C A; 1JBV A; 3MBJ A; 1P3D A; 1E0D A; 2PKF A; 3UQE A; 2GC5 A; 2A9Z A; 4C5L A; 2AA0 A; 3NL5 A; 3NM1 A; 2RBC A; 4XDA A; 3IN1 A; 1RK2 A; 3ZL8 A; 4X8F A; 3KD6 A; 1RFU A; 2AJP A; 3GO6 A; 5C41 A; 2DCN A; 3UQ9 A; 4JKS A; 5EY7 A; 1LIJ A; 3RQX A; 1GC5 A; 3H49 A; 3UQD A; 2JG1 A; 2PKK A; 3K5W A; 4XF6 A; 3B1P A; 1LII A; 2F02 A; 3NM3 A; 3NBW A; 1YGJ A; 3UMP A; 1E8C A; 2A9Y A; 1EKK A; 5C3Z A; 3I3Y A; 2WJP A; 4XF7 A; 2AFB A; 4E69 A; 5B6A A; 1WYE A; 1DGM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1LIO A; 1TD2 A; 4K9C A; 4KAD A; 3MBH A; 3RTD A; 1RKA A; 3NC2 A; 4K8P A; 2C4E A; 2V78 A; 3BGK A; 3RTG A; 3HYO A; 5TQI A; 3NCA A; 3UBO A; 4O1L A; 4EBU A; 3DZV A; 4K8T A; 4JKU A; 1GQT A; 2VAR A; 2C49 A; 2R3B A; 3RTC A; 5BYD A; 4XCK A; 4C5M A; 2XTB A; 2JGV A; 1YGK A; 2JG5 A; 3RRJ A; 3NC9 A; 3NL6 A; 1UA4 A; 3RRB A; 3UMO A; 4E3A A; 4N09 A; 4C5J A; 5F0Z A; 3IH0 A; 3JUL A; 1BX4 A; 3UQ6 A; 1VK4 A; 3ZS7 A; 5C40 A; 5EYN A; 3RS8 A; 5F11 A; 4KAH A; 5C41 A; 3LJS A; 1ESQ A; 1ESJ A; 1JXI A; 1V1A A; 3FHX A; 3KZH A; 5CGA A; 1RKS A; 2HLZ A; 4KAL A; 1TZ6 A; 3NL2 A; 3B3L A; 3LKI A; 2ABS A; 2FV7 A; 4O1G A; 3NBV A; 3RQ2 A; 1VM7 A; 3DRW A; 3HJ6 A; 3BF5 A; 4DU5 A; 2DDW A; 1UB0 A; 5TRW A; 3GBU A; 3B1N A; 3Q92 A; 1LHR A; 3NL3 A; 2DDO A; 4S1M A; 1C3Q A; 4GM6 A; 3RSQ A; 3Q1Y A; 3RSG A; 3RQ5 A; 4K8C A; 3RSS A; 2AX3 A; 4LC4 A; 3MBJ A; 3RU2 A; 5BYF A; 3RQH A; 1TYY A; 4S1I A; 3RO4 A; 2PKF A; 3RPH A; 3UQE A; 4KBE A; 4LCA A; 4B8R A; 2HW1 A; 3LHX A; 3IKH A; 1LHP A; 1LIK A; 3HIC A; 2HQQ A; 4EN4 A; 2A9Z A; 5CGE A; 3EWM A; 1V1B A; 4C5L A; 3RM5 A; 3VAQ A; 1RKD A; 2I6A A; 2AA0 A; 3NL5 A; 3NM1 A; 1RFT A; 1VI9 A; 2RBC A; 4LBX A; 1V19 A; 4XDA A; 1U2X A; 3IN1 A; 4PVV A; 3RSF A; 3RQQ A; 1RK2 A; 2I6B A; 4E8Z A; 3IE7 A; 3K9E A; 2QHP A; 3RPZ A; 2PKN A; 4DC3 A; 3CQD A; 2PKM A; 4X8F A; 2AB8 A; 3W4S A; 4WJM A; 3KD6 A; 2DDM A; 1L2L A; 1RFU A; 2AJP A; 2AJR A; 1TZ3 A; 5C3Y A; 4EOH A; 5CM5 A; 2I5B A; 3GO6 A; 3PZS A; 4U7X A; 2DCN A; 3UQ9 A; 1JXH A; 2AWD A; 3IQ0 A; 3QAI A; 4JKS A; 3RS9 A; 3RY7 A; 5EY7 A; 1LIJ A; 3RQX A; 3LOO A; 1GC5 A; 3FHY A; 3PL2 A; 3RU3 A; 3RTB A; 4S1I B; 4EUM A; 3RT7 A; 3B1O A; 5BYE A; 3H49 A; 4N08 A; 3HPD A; 2NWH A; 4JJP A; 4S1H A; 2Q5R A; 3RTE A; 4K93 A; 3UQD A; 2F7K A; 2JG1 A; 3RRE A; 2PKK A; 3K5W A; 4XF6 A; 3B1P A; 3KEU A; 2ABQ A; 1LII A; 2YXU A; 4E8W A; 2F02 A; 4E84 A; 3RQ6 A; 2QCV A; 3NM3 A; 3NBW A; 4E8Y A; 1YGJ A; 3UMP A; 3KTN A; 5COJ A; 2R3E A; 4C5N A; 2A9Y A; 1EKK A; 4YWR A; 3N1C A; 5C3Z A; 3RRF A; 1KYH A; 3I3Y A; 4YL5 A; 3IBQ A; 5BYC A; 3B1R A; 3GO7 A; 3RQ8 A; 3RTA A; 3RT9 A; 3OTX A; 4LBG A; 4B8S A; 4XF7 A; 3H74 A; 2AFB A; 1YHJ A; 1RFV A; 3QA2 A; 4UBE A; 4E69 A; 3VAS A; 4C5K A; 3B1Q A; 1EKQ A; 4K9I A; 5B6A A; 2YXT A; 4K8K A; 4KAN A; 1V1S A; 1WYE A; 1DGM A;
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