The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
284
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structure length |
284
|
Chain Sequence |
GMRFLAYFGHLNIDVLISVDSIPREGSVNVKDLRPRFGGTAGNFAIVAQKFRIPFDLYSAVGMKTHREYLAMIESMGINTGHVEKFEDESGPICYIATDGKKQVSFMHQGAMAAWAPQLADEYEYVHFSTGPNYLDMAKSIRSKIIFDPSQEIHKYSKDELKKFHEISYMSIFNDHEYRVFREMTGLSSPKVTTIVTNGERGSSLFMDGKKYDFPAIPSSGDTVGAGDSFRAGLYLALYNRRSIEKGMIYGTIIAHHVIDDGIENFSLNMEDLERETENYRRMF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of putative ribokinase (10640157) from Thermoplasma acidophilum at 1.91 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Ribokinase related protein
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Thermoplasma acidophilum dsm 1728
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| total genus |
79
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| structure length |
284
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| sequence length |
284
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.20: Adenosine kinase. |
| pdb deposition date | 2007-11-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | putative 5-dehydro-2- deoxygluconokinase like fold | putative 5-dehydro-2- deoxygluconokinase | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RT9 A; 3PZS A; 3KZH A; 4K8P A; 1RFT A; 5TQI A; 1LII A; 3RO4 A; 3UMP A; 3UQ6 A; 2AA0 A; 3I3Y A; 4S1I A; 3H49 A; 1V1A A; 4U7X A; 3B3L A; 4JJP A; 2PKK A; 2R3E A; 1RK2 A; 3HIC A; 3IN1 A; 1WYE A; 3RSS A; 1C3Q A; 2JGV A; 1ESJ A; 3RTA A; 4K8K A; 2QCV A; 4LC4 A; 2DCN A; 1YGK A; 1L2L A; 3NM3 A; 3H74 A; 1VI9 A; 3LJS A; 1VM7 A; 2AB8 A; 2XTB A; 3K5W A; 1LIK A; 2VAR A; 3MBH A; 3Q1Y A; 1TD2 A; 2YXT A; 4K93 A; 3RTD A; 4E84 A; 4K9I A; 1ESQ A; 2FV7 A; 4LBG A; 5CGE A; 3UMO A; 2A9Z A; 3QA2 A; 3HYO A; 3K9E A; 2I6A A; 3RM5 A; 5TRW A; 3RRB A; 2AWD A; 4X8F A; 3GBU A; 3RSG A; 2NWH A; 3RQ6 A; 3IH0 A; 3NM1 A; 3UQD A; 3B1N A; 1EKK A; 2C49 A; 4DC3 A; 2F7K A; 2DDW A; 3RSQ A; 5C3Z A; 3RQH A; 1V1S A; 2PKF A; 4KBE A; 3RRE A; 3RU3 A; 3RY7 A; 1LIJ A; 1RKA A; 1GQT A; 3BGK A; 3CQD A; 3KTN A; 3ZS7 A; 4E8Z A; 5BYD A; 2R3B A; 3DRW A; 1GC5 A; 2I5B A; 4S1I B; 3RTB A; 3LHX A; 3RTC A; 2V78 A; 4PVV A; 2ABS A; 1TYY A; 5BYE A; 4XF6 A; 2DDO A; 4E3A A; 5BYC A; 1BX4 A; 1U2X A; 1V1B A; 1YGJ A; 2F02 A; 3KEU A; 4XCK A; 3RRJ A; 1UB0 A; 2AJP A; 3B1R A; 3UQE A; 3VAS A; 4YWR A; 3EWM A; 3RPZ A; 4E8W A; 3FHY A; 1V19 A; 1LIO A; 4JKS A; 4C5N A; 2I6B A; 4N09 A; 2ABQ A; 2YXU A; 3RQ5 A; 3DZV A; 5F0Z A; 3B1O A; 4JKU A; 3GO7 A; 1TZ3 A; 1LHP A; 3RS8 A; 4KAL A; 1JXH A; 1TZ6 A; 3W4S A; 5CM5 A; 4DU5 A; 4EBU A; 4K9C A; 1LHR A; 3PL2 A; 2RBC A; 3LKI A; 4LBX A; 4YL5 A; 1DGM A; 3B1Q A; 2AJR A; 1JXI A; 1EKQ A; 1KYH A; 5BYF A; 4EOH A; 3UQ9 A; 5EYN A; 3RPH A; 3NC2 A; 3NBV A; 3NL3 A; 4KAN A; 3RQX A; 1UA4 A; 3RQ8 A; 4B8R A; 4E69 A; 4EUM A; 3GO6 A; 5B6A A; 2JG1 A; 4GM6 A; 4K8T A; 2QHP A; 2HW1 A; 4S1M A; 4S1H A; 3RQ2 A; 3NC9 A; 3QAI A; 4UBE A; 2HLZ A; 2Q5R A; 4KAH A; 4XF7 A; 5EY7 A; 3RT7 A; 3UBO A; 4K8C A; 5COJ A; 4LCA A; 2HQQ A; 3RTE A; 3RU2 A; 2JG5 A; 3NCA A; 3Q92 A; 3IBQ A; 3KD6 A; 4XDA A; 3BF5 A; 3FHX A; 4B8S A; 2AFB A; 3NL6 A; 2C4E A; 1RKS A; 4O1G A; 3RS9 A; 2A9Y A; 3NBW A; 3IQ0 A; 4WJM A; 5C41 A; 4C5L A; 1VK4 A; 1RFV A; 3RQQ A; 3B1P A; 1YHJ A; 3LOO A; 3MBJ A; 4KAD A; 3RRF A; 4C5M A; 5C40 A; 5CGA A; 3NL2 A; 4C5J A; 3VAQ A; 4O1L A; 1RFU A; 3IKH A; 3RTG A; 1RKD A; 3HPD A; 3RSF A; 2AX3 A; 2DDM A; 2PKM A; 5F11 A; 3JUL A; 4C5K A; 3NL5 A; 3OTX A; 3IE7 A; 4N08 A; 4E8Y A; 2PKN A; 4EN4 A; 5C3Y A; 3N1C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RO4 A; 1V1A A; 4JJP A; 1RK2 A; 2UUP A; 3IN1 A; 3RSS A; 2VTD A; 3RTA A; 1C3Q A; 1O5Z A; 2DCN A; 3NM3 A; 3H74 A; 3LK7 A; 3Q1Y A; 4E84 A; 1ESQ A; 4LBG A; 3HYO A; 2I6A A; 3RRB A; 4X8F A; 3RSG A; 2F7K A; 3RSQ A; 3RQH A; 2WJP A; 1RKA A; 3CQD A; 5BYD A; 4S1I B; 2Y67 A; 3N2A A; 4XF6 A; 1U2X A; 2AJP A; 3NRS A; 3UQE A; 1GG4 A; 4BUC A; 2I6B A; 4HV4 A; 1JXH A; 1TZ6 A; 5CM5 A; 4EBU A; 3LKI A; 1EKQ A; 1KYH A; 4KAN A; 3RQX A; 1UA4 A; 4UAG A; 5B6A A; 4S1M A; 2HW1 A; 3QAI A; 1W78 A; 4K8C A; 3Q92 A; 3KD6 A; 1GQY A; 3RS9 A; 1P31 A; 4C5L A; 1YHJ A; 4KAD A; 3RRF A; 4C5M A; 3VAQ A; 3RTG A; 1RKD A; 2DDM A; 5F11 A; 3JUL A; 3NL5 A; 3OTX A; 4C12 A; 3RT9 A; 2AA0 A; 3H49 A; 2Y66 A; 3ZM6 A; 4K8K A; 1L2L A; 1VM7 A; 2AB8 A; 3K5W A; 3PYZ A; 4K9I A; 1W7K A; 1J6U A; 5CGE A; 3K9E A; 2NWH A; 3IH0 A; 2GC6 A; 3NM1 A; 3UQD A; 3UAG A; 5C3Z A; 1V1S A; 2PKF A; 4KBE A; 2JFH A; 1GQT A; 3ZS7 A; 4E8Z A; 2R3B A; 1GC5 A; 3LHX A; 4BUB A; 5BYE A; 5BYC A; 2F02 A; 3VAS A; 1E8C A; 4YWR A; 4E8W A; 3FHY A; 2X5O A; 4N09 A; 2ABQ A; 2YXU A; 3RQ5 A; 2VOS A; 2Y68 A; 4LBX A; 2GC5 A; 1JXI A; 1GQQ A; 3UQ9 A; 3RQ8 A; 2QHP A; 3RQ2 A; 2Q5R A; 3RT7 A; 2XJA A; 2GCB A; 4O1G A; 5C41 A; 3LOO A; 3MBJ A; 2VOR A; 5C40 A; 4C5J A; 2PKM A; 4E8Y A; 2PKN A; 3PZS A; 3KZH A; 3UQ6 A; 3HN7 A; 3I3Y A; 4U7X A; 2PKK A; 2R3E A; 4ZIY A; 2QCV A; 1UAG A; 4LC4 A; 1YGK A; 3EAG A; 1VI9 A; 2XTB A; 2VTE A; 3MBH A; 4K93 A; 2YXT A; 2FV7 A; 3UMO A; 2A9Z A; 3QCZ A; 3GBU A; 2AM2 A; 3B1N A; 1EKK A; 2C49 A; 4DC3 A; 2WTZ A; 3RY7 A; 1LIJ A; 3ZM5 A; 4QDI A; 1FGS A; 4C13 A; 3DRW A; 1JBW A; 4PVV A; 2DDO A; 4E3A A; 1BX4 A; 1YGJ A; 4XCK A; 1UB0 A; 3RPZ A; 2Y1O A; 4C5N A; 1JBV A; 3DZV A; 5F0Z A; 3B1O A; 3GO7 A; 1LHP A; 1WTH D; 4DU5 A; 3PL2 A; 1DGM A; 2AJR A; 5BYF A; 1EEH A; 4EOH A; 5EYN A; 3RPH A; 3NC2 A; 4B8R A; 4EUM A; 4GM6 A; 3NC9 A; 1K28 D; 4UBE A; 2AM1 A; 4KAH A; 4XF7 A; 3UBO A; 2F00 A; 5COJ A; 4LCA A; 2JG5 A; 3NCA A; 3IBQ A; 4XDA A; 3BF5 A; 3FHX A; 4B8S A; 2C4E A; 3NBW A; 2UUO A; 3RQQ A; 3B1P A; 5CGA A; 3NL2 A; 4QF5 A; 2JFF A; 3N1C A; 2XPC A; 4K8P A; 1P3D A; 1RFT A; 5TQI A; 1LII A; 3UMP A; 4S1I A; 3B3L A; 3HIC A; 1WYE A; 2JGV A; 1ESJ A; 3LJS A; 1LIK A; 2VAR A; 1TD2 A; 2UAG A; 3RTD A; 3QA2 A; 3RM5 A; 3ZL8 A; 5TRW A; 2AWD A; 5A5F A; 3RQ6 A; 2GCA A; 2DDW A; 3RU3 A; 3RRE A; 3BGK A; 3KTN A; 2I5B A; 3RTB A; 4CVL A; 3RTC A; 2V78 A; 2ABS A; 1TYY A; 1V1B A; 3KEU A; 3RRJ A; 3B1R A; 3EWM A; 1V19 A; 1LIO A; 4JKS A; 4JKU A; 4CVK A; 1TZ3 A; 3RS8 A; 4KAL A; 3W4S A; 4K9C A; 1LHR A; 2RBC A; 4YL5 A; 3B1Q A; 1E0D A; 3NBV A; 3NL3 A; 4E69 A; 3GO6 A; 2JG1 A; 4K8T A; 4S1H A; 2HLZ A; 5EY7 A; 2Z6B D; 3RU2 A; 2HQQ A; 3RTE A; 2AFB A; 3NL6 A; 2JFG A; 1RKS A; 2A9Y A; 3IQ0 A; 4WJM A; 3HJ6 A; 4CVM A; 1VK4 A; 1RFV A; 4O1L A; 1RFU A; 3IKH A; 3HPD A; 3RSF A; 2AX3 A; 4C5K A; 3IE7 A; 4N08 A; 4EN4 A; 5C3Y A; 5A5E A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3RT9 A; 3PZS A; 3KZH A; 4K8P A; 1RFT A; 5TQI A; 1LII A; 3RO4 A; 3UMP A; 3UQ6 A; 2AA0 A; 3I3Y A; 4S1I A; 3H49 A; 1V1A A; 4U7X A; 3B3L A; 4JJP A; 2PKK A; 2R3E A; 1RK2 A; 3HIC A; 3IN1 A; 1WYE A; 3RSS A; 1C3Q A; 2JGV A; 1ESJ A; 3RTA A; 4K8K A; 2QCV A; 4LC4 A; 2DCN A; 1YGK A; 1L2L A; 3NM3 A; 3H74 A; 1VI9 A; 3LJS A; 1VM7 A; 2AB8 A; 2XTB A; 3K5W A; 1LIK A; 2VAR A; 3MBH A; 3Q1Y A; 1TD2 A; 2YXT A; 4K93 A; 3RTD A; 4E84 A; 4K9I A; 1ESQ A; 2FV7 A; 4LBG A; 5CGE A; 3UMO A; 2A9Z A; 3QA2 A; 3HYO A; 3K9E A; 2I6A A; 3RM5 A; 5TRW A; 3RRB A; 2AWD A; 4X8F A; 3GBU A; 3RSG A; 2NWH A; 3RQ6 A; 3IH0 A; 3NM1 A; 3UQD A; 3B1N A; 1EKK A; 2C49 A; 4DC3 A; 2F7K A; 2DDW A; 3RSQ A; 5C3Z A; 3RQH A; 1V1S A; 2PKF A; 4KBE A; 3RRE A; 3RU3 A; 3RY7 A; 1LIJ A; 1RKA A; 1GQT A; 3BGK A; 3CQD A; 3KTN A; 3ZS7 A; 4E8Z A; 5BYD A; 2R3B A; 3DRW A; 1GC5 A; 2I5B A; 4S1I B; 3RTB A; 3LHX A; 3RTC A; 2V78 A; 4PVV A; 2ABS A; 1TYY A; 5BYE A; 4XF6 A; 2DDO A; 4E3A A; 5BYC A; 1BX4 A; 1U2X A; 1V1B A; 1YGJ A; 2F02 A; 3KEU A; 4XCK A; 3RRJ A; 1UB0 A; 2AJP A; 3B1R A; 3UQE A; 3VAS A; 4YWR A; 3EWM A; 3RPZ A; 4E8W A; 3FHY A; 1V19 A; 1LIO A; 4JKS A; 4C5N A; 2I6B A; 4N09 A; 2ABQ A; 2YXU A; 3RQ5 A; 3DZV A; 5F0Z A; 3B1O A; 4JKU A; 3GO7 A; 1TZ3 A; 1LHP A; 3RS8 A; 4KAL A; 1JXH A; 1TZ6 A; 3W4S A; 5CM5 A; 4DU5 A; 4EBU A; 4K9C A; 1LHR A; 3PL2 A; 2RBC A; 3LKI A; 4LBX A; 4YL5 A; 1DGM A; 3B1Q A; 2AJR A; 1JXI A; 1EKQ A; 1KYH A; 5BYF A; 4EOH A; 3UQ9 A; 5EYN A; 3RPH A; 3NC2 A; 3NBV A; 3NL3 A; 4KAN A; 3RQX A; 1UA4 A; 3RQ8 A; 4B8R A; 4E69 A; 4EUM A; 3GO6 A; 5B6A A; 2JG1 A; 4GM6 A; 4K8T A; 2QHP A; 2HW1 A; 4S1M A; 4S1H A; 3RQ2 A; 3NC9 A; 3QAI A; 4UBE A; 2HLZ A; 2Q5R A; 4KAH A; 4XF7 A; 5EY7 A; 3RT7 A; 3UBO A; 4K8C A; 5COJ A; 4LCA A; 2HQQ A; 3RTE A; 3RU2 A; 2JG5 A; 3NCA A; 3Q92 A; 3IBQ A; 3KD6 A; 4XDA A; 3BF5 A; 3FHX A; 4B8S A; 2AFB A; 3NL6 A; 2C4E A; 1RKS A; 4O1G A; 3RS9 A; 2A9Y A; 3NBW A; 3IQ0 A; 4WJM A; 3HJ6 A; 5C41 A; 4C5L A; 1VK4 A; 1RFV A; 3RQQ A; 3B1P A; 1YHJ A; 3LOO A; 3MBJ A; 4KAD A; 3RRF A; 4C5M A; 5C40 A; 5CGA A; 3NL2 A; 4C5J A; 3VAQ A; 4O1L A; 1RFU A; 3IKH A; 3RTG A; 1RKD A; 3HPD A; 3RSF A; 2AX3 A; 2DDM A; 2PKM A; 5F11 A; 3JUL A; 4C5K A; 3NL5 A; 3OTX A; 3IE7 A; 4N08 A; 4E8Y A; 2PKN A; 4EN4 A; 5C3Y A; 3N1C A;
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