The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
277
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structure length |
276
|
Chain Sequence |
MIIDDLLTKKIIKPRPLNSHKGTFGRVLLIGGNYPYGGAIIMAALACVNSGAGLVTVATHKDNITALHSHLPEAMAFDMVEKDRLSEQITAADVVLMGPGLAEDDLAQTTFDVVWQAIEPKQTLIIDGSAINLLAKRKAIWPTKQIILTPHQKEWERLSGLTIPEQIEAATQTALAHFPKETILVAKSHQTKIYQGQKIGHIQVGGPYQATGGMGDTLAGMIAGFVAQFHTDRFEVAAAAVFLHSYIADQLSKEAYVVLPTRISAEITRVMKEMSE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of Streptococcus mutans protein SMU.573 solved from the anomalous signal measured with in-house chromium radiation
rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
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| molecule tags |
Unknown function
|
| source organism |
Streptococcus mutans
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| total genus |
72
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| structure length |
276
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| sequence length |
277
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01256 | Carb_kinase | Carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NL5 A; 3HIC A; 4EUM A; 1RK2 A; 4E8Y A; 5BYC A; 4WJM A; 3RU3 A; 4LBG A; 4XF6 A; 3RS8 A; 1RKD A; 3BGK A; 5BYD A; 1C3Q A; 3ZS7 A; 3RPZ A; 4KBE A; 1V1S A; 3IKH A; 2PKK A; 4S1I A; 3RTG A; 1VM7 A; 1TYY A; 3NL2 A; 3RTE A; 3UQE A; 3VAS A; 3NC9 A; 2V78 A; 3GO7 A; 5F0Z A; 3NM1 A; 3IBQ A; 5CM5 A; 3B1N A; 1V1B A; 2R3E A; 2I6B A; 3FHX A; 1JXH A; 2HW1 A; 3PL2 A; 4KAD A; 3RQH A; 3Q1Y A; 2R3B A; 1GQT A; 2AWD A; 1EKQ A; 3B1Q A; 4YWR A; 5CGA A; 1V1A A; 2QCV A; 3HPD A; 3NL6 A; 3KZH A; 1YGJ A; 2F02 A; 1JXI A; 2DDO A; 3NBW A; 3UQ9 A; 4B8S A; 4C5J A; 2DCN A; 3EWM A; 5TQI A; 4S1I B; 4DC3 A; 4B8R A; 3NC2 A; 3FHY A; 2XTB A; 3NBV A; 3RQ2 A; 3LKI A; 3RT9 A; 5C41 A; 5CGE A; 3UQ6 A; 3RTA A; 3I3Y A; 3NCA A; 1YHJ A; 4K8K A; 3RRB A; 1LIJ A; 2AJP A; 4KAH A; 4LCA A; 4UBE A; 1UA4 A; 3MBH A; 3RQ5 A; 4C5K A; 4E3A A; 2AFB A; 2PKM A; 2ABQ A; 2DDM A; 5B6A A; 4EOH A; 3UQD A; 3NM3 A; 4O1L A; 1TZ6 A; 2YXU A; 3W4S A; 4DU5 A; 5BYF A; 3RS9 A; 3Q92 A; 3RSQ A; 1UB0 A; 3RTD A; 1LIO A; 3KEU A; 2AB8 A; 4N08 A; 2RBC A; 1LHR A; 3B1O A; 3DRW A; 1V19 A; 5EYN A; 2JGV A; 4EN4 A; 1RKA A; 3LHX A; 2PKN A; 4KAN A; 3UBO A; 3LJS A; 1ESJ A; 5BYE A; 4K8P A; 2NWH A; 2QHP A; 1RFU A; 3H49 A; 3MBJ A; 2VAR A; 5EY7 A; 1LHP A; 3B1R A; 2JG5 A; 4U7X A; 3B1P A; 1TD2 A; 3RT7 A; 5C3Y A; 1VI9 A; 3B3L A; 4EBU A; 2AX3 A; 5COJ A; 1ESQ A; 3GO6 A; 2I5B A; 4C5M A; 5F11 A; 3IE7 A; 3VAQ A; 3KD6 A; 1WYE A; 4N09 A; 4XF7 A; 1LII A; 1U2X A; 3RRF A; 1KYH A; 4XDA A; 1TZ3 A; 4K9C A; 3UMO A; 4E84 A; 5C40 A; 4XCK A; 1L2L A; 3RRE A; 3IQ0 A; 4LC4 A; 1YGK A; 2PKF A; 4O1G A; 3RQQ A; 3K5W A; 5C3Z A; 1BX4 A; 3PZS A; 4GM6 A; 2YXT A; 3JUL A; 4K8T A; 3RQ6 A; 2C49 A; 2HQQ A; 3HYO A; 1GC5 A; 3H74 A; 3RSS A; 3BF5 A; 4PVV A; 3IH0 A; 2ABS A; 4KAL A; 3LOO A; 3RU2 A; 3UMP A; 3RTC A; 2C4E A; 4K8C A; 3RQ8 A; 1RFV A; 4E69 A; 5TRW A; 3RM5 A; 3IN1 A; 3RQX A; 4E8Z A; 4JJP A; 2DDW A; 4JKS A; 2FV7 A; 4K93 A; 3RSG A; 2JG1 A; 3RPH A; 2F7K A; 3RSF A; 2A9Z A; 1DGM A; 2AJR A; 1EKK A; 2Q5R A; 4YL5 A; 3OTX A; 3QA2 A; 4X8F A; 3RRJ A; 3GBU A; 1LIK A; 2A9Y A; 3KTN A; 2AA0 A; 3RO4 A; 4C5L A; 3DZV A; 4JKU A; 1VK4 A; 1RFT A; 4S1H A; 3CQD A; 3RTB A; 1RKS A; 4C5N A; 2HLZ A; 4LBX A; 4S1M A; 3RY7 A; 3K9E A; 3QAI A; 4K9I A; 2I6A A; 3N1C A; 4E8W A; 3NL3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EUM A; 4WJM A; 4XF6 A; 2GC6 A; 3RS8 A; 1RKD A; 4HV4 A; 5BYD A; 1C3Q A; 3ZS7 A; 3RPZ A; 4S1I A; 1V1S A; 3IKH A; 3UQE A; 3RTG A; 1TYY A; 3IBQ A; 3B1N A; 3FHX A; 3PL2 A; 2HW1 A; 4KAD A; 2GC5 A; 2R3B A; 1GQT A; 1O5Z A; 1EKQ A; 3B1Q A; 2QCV A; 3NL6 A; 1JBW A; 4CVL A; 2XTB A; 2AM1 A; 3RTA A; 1UA4 A; 3MBH A; 2DDM A; 3RS9 A; 3Q92 A; 1EEH A; 1LHR A; 3B1O A; 3DRW A; 1V19 A; 5EYN A; 2JGV A; 3UBO A; 5BYE A; 2NWH A; 2QHP A; 3H49 A; 1LHP A; 1VI9 A; 3GO6 A; 3VAQ A; 4XF7 A; 1LII A; 3RRE A; 1YGK A; 3K5W A; 3ZL8 A; 2HQQ A; 3N2A A; 2GCA A; 4PVV A; 4QDI A; 4KAL A; 2C4E A; 4JKS A; 4K93 A; 3ZM6 A; 3RPH A; 2F7K A; 2A9Z A; 1EKK A; 2Q5R A; 4X8F A; 3RRJ A; 2A9Y A; 3RO4 A; 4JKU A; 1VK4 A; 2VOS A; 1RFT A; 3CQD A; 4C5N A; 4K9I A; 3N1C A; 3HIC A; 2UUP A; 4LBG A; 3VAS A; 3PYZ A; 2V78 A; 5F0Z A; 5CM5 A; 2R3E A; 3UAG A; 2AWD A; 4YWR A; 5CGA A; 3KZH A; 2F02 A; 2DDO A; 4C5J A; 2DCN A; 5TQI A; 3RQ2 A; 5C41 A; 1P31 A; 4K8K A; 4E3A A; 2AFB A; 5B6A A; 3UQD A; 1TZ6 A; 3RTD A; 1LIO A; 2AB8 A; 2JFH A; 2Y66 A; 3LJS A; 3MBJ A; 2JFF A; 4U7X A; 5C3Y A; 4EBU A; 2AX3 A; 5COJ A; 2I5B A; 2XJA A; 3IE7 A; 1U2X A; 1KYH A; 4K9C A; 1L2L A; 4LC4 A; 4O1G A; 1BX4 A; 4GM6 A; 3JUL A; 2VTE A; 2C49 A; 3HYO A; 3IH0 A; 2ABS A; 3LOO A; 1GQY A; 3RU2 A; 3RTC A; 3RQ8 A; 5TRW A; 3RM5 A; 3IN1 A; 4UAG A; 4JJP A; 3RSG A; 2VOR A; 3RSF A; 2AJR A; 4ZIY A; 3GBU A; 4C5L A; 2HLZ A; 4LBX A; 3RY7 A; 3K9E A; 3RT9 A; 1RK2 A; 4E8Y A; 5BYC A; 3RU3 A; 2VTD A; 4KBE A; 3RTE A; 1VM7 A; 3NL2 A; 3NM1 A; 1P3D A; 1W7K A; 3RQH A; 1V1A A; 3NBW A; 1JXI A; 3UQ9 A; 4DC3 A; 4S1I B; 4B8R A; 3NC2 A; 1J6U A; 1JBV A; 1GQQ A; 5CGE A; 3UQ6 A; 3I3Y A; 4LCA A; 4UBE A; 4KAH A; 3RQ5 A; 2PKM A; 2ABQ A; 3HN7 A; 4EOH A; 3W4S A; 5BYF A; 3RSQ A; 1UB0 A; 3KEU A; 2WJP A; 4N08 A; 1W78 A; 1E8C A; 2Y68 A; 1RKA A; 2F00 A; 3LHX A; 1ESJ A; 4CVM A; 2AM2 A; 4QF5 A; 1RFU A; 2VAR A; 2JG5 A; 3B1P A; 5F11 A; 3HJ6 A; 3KD6 A; 3NRS A; 3RRF A; 4XDA A; 5C40 A; 2UAG A; 2WTZ A; 3LK7 A; 3RQQ A; 5C3Z A; 2YXT A; 4C12 A; 4C13 A; 3H74 A; 3RSS A; 1UAG A; 3UMP A; 4E69 A; 3RQX A; 2DDW A; 1DGM A; 1GG4 A; 2Y1O A; 3ZM5 A; 4CVK A; 2UUO A; 1LIK A; 3KTN A; 2AA0 A; 4BUC A; 5A5F A; 2JFG A; 1RKS A; 3QAI A; 4C5K A; 3NL5 A; 3BGK A; 1E0D A; 2PKK A; 3NC9 A; 3GO7 A; 1V1B A; 1FGS A; 2I6B A; 1JXH A; 3Q1Y A; 3HPD A; 1YGJ A; 4B8S A; 3EWM A; 3FHY A; 3NBV A; 3LKI A; 3NCA A; 1YHJ A; 3RRB A; 1LIJ A; 2AJP A; 3NM3 A; 4O1L A; 2YXU A; 4DU5 A; 2RBC A; 4EN4 A; 2PKN A; 4KAN A; 4K8P A; 5EY7 A; 3B1R A; 1TD2 A; 3RT7 A; 3B3L A; 1ESQ A; 4BUB A; 4C5M A; 2XPC A; 1WYE A; 4N09 A; 3QCZ A; 5A5E A; 1TZ3 A; 3UMO A; 4E84 A; 4XCK A; 3IQ0 A; 2PKF A; 2X5O A; 3PZS A; 4K8T A; 3RQ6 A; 1GC5 A; 3BF5 A; 4K8C A; 1RFV A; 4E8Z A; 2FV7 A; 2JG1 A; 2Y67 A; 4YL5 A; 2GCB A; 3OTX A; 3QA2 A; 3DZV A; 3EAG A; 4S1H A; 3RTB A; 4S1M A; 2I6A A; 4E8W A; 3NL3 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3NL5 A; 3HIC A; 4EUM A; 1RK2 A; 4E8Y A; 5BYC A; 4WJM A; 3RU3 A; 4LBG A; 4XF6 A; 3RS8 A; 1RKD A; 3BGK A; 5BYD A; 1C3Q A; 3ZS7 A; 3RPZ A; 4KBE A; 1V1S A; 3IKH A; 2PKK A; 4S1I A; 3RTG A; 1VM7 A; 1TYY A; 3NL2 A; 3RTE A; 3UQE A; 3VAS A; 3NC9 A; 2V78 A; 3GO7 A; 5F0Z A; 3NM1 A; 3IBQ A; 5CM5 A; 3B1N A; 1V1B A; 2R3E A; 2I6B A; 3FHX A; 1JXH A; 2HW1 A; 3PL2 A; 4KAD A; 3RQH A; 3Q1Y A; 2R3B A; 1GQT A; 2AWD A; 1EKQ A; 3B1Q A; 4YWR A; 5CGA A; 1V1A A; 2QCV A; 3HPD A; 3NL6 A; 3KZH A; 1YGJ A; 2F02 A; 1JXI A; 2DDO A; 3NBW A; 3UQ9 A; 4B8S A; 4C5J A; 2DCN A; 3EWM A; 5TQI A; 4S1I B; 4DC3 A; 4B8R A; 3NC2 A; 3FHY A; 2XTB A; 3NBV A; 3RQ2 A; 3LKI A; 3RT9 A; 5C41 A; 5CGE A; 3UQ6 A; 3RTA A; 3I3Y A; 3NCA A; 1YHJ A; 4K8K A; 3RRB A; 1LIJ A; 2AJP A; 4KAH A; 4LCA A; 4UBE A; 1UA4 A; 3MBH A; 3RQ5 A; 4C5K A; 4E3A A; 2AFB A; 2PKM A; 2ABQ A; 2DDM A; 5B6A A; 4EOH A; 3UQD A; 3NM3 A; 4O1L A; 1TZ6 A; 2YXU A; 3W4S A; 4DU5 A; 5BYF A; 3RS9 A; 3Q92 A; 3RSQ A; 1UB0 A; 3RTD A; 1LIO A; 3KEU A; 2AB8 A; 4N08 A; 2RBC A; 1LHR A; 3B1O A; 3DRW A; 1V19 A; 5EYN A; 2JGV A; 4EN4 A; 1RKA A; 3LHX A; 2PKN A; 4KAN A; 3UBO A; 3LJS A; 1ESJ A; 5BYE A; 4K8P A; 2NWH A; 2QHP A; 1RFU A; 3H49 A; 3MBJ A; 2VAR A; 5EY7 A; 1LHP A; 3B1R A; 2JG5 A; 4U7X A; 3B1P A; 1TD2 A; 3RT7 A; 5C3Y A; 1VI9 A; 3B3L A; 4EBU A; 2AX3 A; 5COJ A; 1ESQ A; 3GO6 A; 2I5B A; 4C5M A; 5F11 A; 3HJ6 A; 3IE7 A; 3KD6 A; 3VAQ A; 1WYE A; 4N09 A; 4XF7 A; 1LII A; 1U2X A; 3RRF A; 1KYH A; 4XDA A; 1TZ3 A; 4K9C A; 3UMO A; 4E84 A; 5C40 A; 4XCK A; 1L2L A; 3RRE A; 3IQ0 A; 4LC4 A; 1YGK A; 2PKF A; 4O1G A; 3RQQ A; 3K5W A; 5C3Z A; 1BX4 A; 3PZS A; 4GM6 A; 2YXT A; 3JUL A; 4K8T A; 3RQ6 A; 2C49 A; 2HQQ A; 3HYO A; 1GC5 A; 3H74 A; 3RSS A; 3BF5 A; 4PVV A; 3IH0 A; 2ABS A; 4KAL A; 3LOO A; 3RU2 A; 3UMP A; 3RTC A; 2C4E A; 4K8C A; 3RQ8 A; 1RFV A; 4E69 A; 5TRW A; 3RM5 A; 3IN1 A; 3RQX A; 4E8Z A; 4JJP A; 2DDW A; 4JKS A; 2FV7 A; 4K93 A; 3RSG A; 2JG1 A; 3RPH A; 2F7K A; 3RSF A; 2A9Z A; 1DGM A; 2AJR A; 1EKK A; 2Q5R A; 4YL5 A; 3OTX A; 3QA2 A; 4X8F A; 3RRJ A; 3GBU A; 1LIK A; 2A9Y A; 3KTN A; 2AA0 A; 3RO4 A; 4C5L A; 3DZV A; 4JKU A; 1VK4 A; 1RFT A; 4S1H A; 3CQD A; 3RTB A; 1RKS A; 4C5N A; 2HLZ A; 4LBX A; 4S1M A; 3RY7 A; 3K9E A; 3QAI A; 4K9I A; 2I6A A; 3N1C A; 4E8W A; 3NL3 A;
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