The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
290
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structure length |
280
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Chain Sequence |
QGKLISVKTDVLDLTINTRGGDVEQALLPAYPKELNSTQPFQLLETSPQFIYQAQSGLTGRDGPDNPANGPRPLYNVEKDAYVLAEGQNELQVPMTYTDAAGNTFTKTFVLKRGDYAVNVNYNVQNAGEKPLEISSFGQLKQSITLPPHLTFRGAAYSTPDAAYAAYAFDTIADNENLNISSKGGWVAMLQQYFATAWIPHNDGTNNFYTANLGNGIAAIGYKSQPVLVQPGQTGAMNSTLWVGPEIQDKMAAVAPHLDLTVDYGWLWFISQPLLVPRGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Major Periplasmic Domain of the Bacterial Membrane Protein Assembly Facilitator YidC.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Inner membrane protein oxaA
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| molecule tags |
Chaperone,protein transport
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| source organism |
Escherichia coli k12
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| total genus |
56
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| structure length |
280
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| sequence length |
290
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WVF A; 3BLC A; 3BS6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C10 A; 2CWT A; 5JMF A; 1HMU A; 2BRW A; 3DX4 A; 2CFD A; 1LOH A; 1HMW A; 1JZ5 A; 3T0B A; 1N9E A; 3MWX A; 3X3Y A; 4BZE A; 1RWH A; 2CQS A; 2JKE A; 2WW0 A; 4DUX A; 3I3D A; 1MMX A; 1TQV A; 3BVT A; 5CA3 A; 1K1X A; 2Y74 A; 4KTP A; 1C82 A; 3EJT A; 2WVY A; 3X40 A; 3DX1 A; 1NS7 A; 1HM3 A; 1WMO A; 2E2U A; 2WVX B; 3VSN A; 3NJX A; 4DUV A; 1R34 A; 3WIQ A; 2OW7 A; 3EJS A; 2WO0 A; 1F1S A; 1H54 A; 1W7C A; 3BVV A; 2YX9 A; 3ALA A; 3BUP A; 1JOV A; 1SII A; 3T08 A; 3EJQ A; 3X3X A; 1W2Z A; 1LUR A; 3IAP A; 3VD3 A; 1OJP A; 3DX0 A; 2E2T A; 3DX3 A; 5GW7 A; 3CZJ A; 3MV1 1; 1K1Y A; 4J5T A; 3MV0 1; 1K1W A; 2CFK A; 1EKM A; 3LOY A; 3D50 A; 1IQY A; 3DDG A; 1NKG A; 4UFC A; 2PNC A; 2CFW A; 2EAD A; 2WVZ A; 1V7W A; 2XN1 A; 1UI8 A; 1YQ2 A; 4FNT A; 1N7R A; 1PS3 A; 3D51 A; 3BVX A; 2ALW A; 3D4Z A; 4BTX A; 1J0N A; 3NJV A; 4RNL A; 2WW2 A; 5KBP A; 3DYO A; 1TU5 A; 1N7Q A; 3HII A; 3CZN A; 1W4N A; 2WDA A; 1NSZ A; 3X3Z A; 3K5T A; 3E80 A; 1RWG A; 2JKP A; 3HI7 A; 1QAK A; 3DEC A; 3OBA A; 3S4D A; 1J0M A; 1IVV A; 3E7J A; 1NSX A; 1TQS A; 1YGA A; 1W3Y A; 4AQ0 A; 3SXX A; 3EJU A; 1HN1 A; 1JYN A; 3VD5 A; 5JMD A; 4TTG A; 3WA3 A; 2HTB A; 2WOH A; 3J7H A; 2CIR A; 1HWW A; 2BRP A; 2Q1F A; 2WW1 A; 4EV5 A; 3AFJ A; 1NS2 A; 3WFA A; 1X1H A; 2OW6 A; 4OK4 A; 3RSY A; 1Z45 A; 1TXK A; 1RJO A; 2CWU A; 3A24 A; 3BLB A; 1D6Y A; 2CFL A; 1IVX A; 2E24 A; 4BZG A; 2XN0 A; 3X41 A; 1JZ7 A; 4K35 A; 3WVF A; 3DYP A; 4FNP A; 4FNR A; 3VD7 A; 4KFF A; 3BS6 A; 3AMO A; 3N9H A; 2FYV A; 3D4Y A; 3X42 A; 1V7V A; 2D73 A; 3E1F 1; 1ULV A; 3QFZ A; 3CZS A; 1RW9 A; 1AVL A; 1TQW A; 1L7J A; 3OB8 A; 1I8Q A; 2F7P A; 2EAE A; 2BRV X; 1NS0 A; 2FUT A; 2ZXQ A; 1LF6 A; 1MMZ A; 1W6G A; 2CG1 A; 1V7X A; 1JZ6 A; 3OS7 A; 3MUZ 1; 1MMY A; 3T0D A; 1W5Z A; 1DYU A; 1A2V A; 4NEI A; 3DX2 A; 1PU4 A; 2OOV C; 2XSG A; 4FNS A; 2BT3 A; 3ACS A; 3BUD A; 2OOV A; 3A0O A; 1WMP A; 2YFO A; 1NSM A; 3T0U A; 1L7K A; 3DDF A; 1N7P A; 1WMN A; 5E1Q A; 3D3I A; 2D1W A; 3T09 A; 1JYW A; 2YFN A; 4DUW A; 3ECQ A; 3WA2 X; 1JYX A; 1O7D D; 3EJP A; 2WOF A; 1SIH A; 3DYM A; 1N7N A; 2WGQ A; 3SX1 A; 1KSI A; 2CQT A; 1UG9 A; 1AVK A; 2JKA A; 2FUQ A; 1NSV A; 4OJZ A; 1SPU A; 1F4H A; 2CIQ A; 1OJM A; 2F18 A; 2E2V A; 3BGA A; 1JZ2 A; 1SO0 A; 1X1J A; 1QWU A; 2F1A A; 4BTW A; 3T2O A; 1JRQ A; 2CG0 A; 1EGU A; 2ZQ0 A; 3K25 A; 2X03 A; 3AMO B; 3PGB A; 4BZF A; 3S4A A; 4MMI A; 1CB8 A; 4KFD A; 1AV4 A; 4KFE A; 3MUY 1; 3NBJ A; 2F7O A; 3CV5 A; 1MMU A; 3I3B A; 1UI7 A; 4MMH A; 3VD4 A; 1JZ8 A; 3VDC A; 3I3E A; 3QFY A; 3IAQ A; 3TY1 A; 1IVW A; 1LF9 A; 1DP0 A; 1OAC A; 2WCO A; 3BUI A; 3KII A; 3QG0 A; 5A1A A; 2F7Q A; 1LXM A; 1PX3 A; 2WYH A; 4BZH A; 1IQX A; 1RKY A; 1QAL A; 4K3A A; 3VDA A; 2WYI A; 3QDE A; 3DCD A; 2CFG A; 1RWA A; 1QWN A; 2XHN A; 1NSR A; 2Y73 A; 1TQU A; 4FNQ A; 1F9G A; 2C11 A; 3VDB A; 3BLC A; 2F1B A; 2CWV A; 3BVW A; 3S4B A; 2HTA A; 1SNZ A; 1NS4 A; 4FNU A; 3W7U A; 2F7R A; 1IU7 A; 1PX4 A; 1TQT A; 3W7X A; 2OQE C; 2RDY A; 3T0A A; 1X1I A; 4BTY A; 2WVX A; 2OQE A; 3W7W A; 1HM2 A; 3WIR A; 1OJO A; 2EAB A; 3D52 A; 1LXK A; 2ZL8 A; 3IMH A; 1RWF A; 3MI6 A; 2CIS A; 1OJN A; 3VD9 A; 1HN0 A; 3NRE A; 1D6U A; 1HXK A; 3BUQ A; 3BVU A; 2XN2 A; 2WZS A; 1JZ4 A; 3LVT A; 4EV2 A; 3T2P A; 1D6Z A; 1MN0 A; 3S4C A; 1JZ3 A; 2WW3 A; 1N7O A; 3HIG A; 1F4A A; 4KTR A; 3KN4 A; 3AFL A; 3EJR A; 1NS8 A; 2EAC A; 3BUB A; 1W6C A; 3ACT A; 3RRS A; 3W7S A; 1LVN A; 1QX1 A; 3Q1N A; 1IVU A; 1R33 A; 1NSS A; 1HTY A; 1NSU A; 4FNV A; 1US1 A; 3T2Q A; 3VSM A; 1QAF A; 3MPH A; 1RWC A; 2W0Q A; 4OK2 A; 3SEP A; 1JYV A; 3NBB A; 2E22 A; 3W7T A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1MMZ A; 5A1A A; 1LXM A; 1JZ6 A; 3OS7 A; 1N7Q A; 1PX3 A; 3MUZ 1; 5JMF A; 1MMY A; 2WDA A; 1HMU A; 4BZH A; 1NSZ A; 3T0D A; 2BRW A; 3E80 A; 1LOH A; 1RWG A; 2JKP A; 1HMW A; 3DEC A; 4NEI A; 2XSG A; 3OBA A; 1JZ5 A; 3T0B A; 3VDA A; 1J0M A; 3DCD A; 1RWA A; 2XHN A; 3A0O A; 1NSR A; 3E7J A; 3MWX A; 1NSX A; 1NSM A; 1YGA A; 1W3Y A; 4AQ0 A; 4BZE A; 1RWH A; 2JKE A; 2WW0 A; 1L7K A; 1HN1 A; 1JYN A; 1F9G A; 3VD5 A; 3VDB A; 4DUX A; 1N7P A; 1MMX A; 3BLC A; 3I3D A; 5E1Q A; 5JMD A; 4TTG A; 2HTB A; 2HTA A; 1K1X A; 1SNZ A; 3T09 A; 1JYW A; 1NS4 A; 3J7H A; 1C82 A; 2CIR A; 3ECQ A; 4DUW A; 2WVY A; 1JYX A; 2BRP A; 2Q1F A; 2WW1 A; 1PX4 A; 3DYM A; 1NS7 A; 1N7N A; 1HM3 A; 2WVX B; 3VSN A; 3NJX A; 1NS2 A; 3T0A A; 1X1I A; 3WFA A; 4DUV A; 2WVX A; 1X1H A; 1UG9 A; 4OK4 A; 1HM2 A; 1OJO A; 1TXK A; 1Z45 A; 2JKA A; 2FUQ A; 1LXK A; 1NSV A; 4OJZ A; 1F1S A; 3IMH A; 1RWF A; 2CIS A; 1F4H A; 2CIQ A; 1OJN A; 1OJM A; 3A24 A; 3VD9 A; 1HN0 A; 3NRE A; 3BGA A; 1JZ2 A; 1SO0 A; 2E24 A; 4BZG A; 2WZS A; 1X1J A; 1JZ4 A; 1JOV A; 3T2P A; 3T08 A; 1MN0 A; 1LUR A; 1JZ3 A; 3IAP A; 3T2O A; 3VD3 A; 1OJP A; 1JZ7 A; 2WW3 A; 1EGU A; 1N7O A; 2ZQ0 A; 3K25 A; 3CZJ A; 2X03 A; 3MV1 1; 3WVF A; 1K1Y A; 3DYP A; 1F4A A; 4J5T A; 3MV0 1; 3VD7 A; 3AFL A; 1K1W A; 4BZF A; 3BS6 A; 1NS8 A; 4MMI A; 1CB8 A; 1NKG A; 3Q1N A; 2WVZ A; 3MUY 1; 1YQ2 A; 1NSS A; 1MMU A; 1NSU A; 3I3B A; 4FNV A; 2D73 A; 4MMH A; 1N7R A; 3E1F 1; 3VD4 A; 3T2Q A; 3VSM A; 1ULV A; 1JZ8 A; 3VDC A; 3I3E A; 1RW9 A; 3IAQ A; 3TY1 A; 1RWC A; 4OK2 A; 3SEP A; 1L7J A; 3OB8 A; 1I8Q A; 1J0N A; 3NJV A; 4RNL A; 1LF9 A; 1DP0 A; 1NS0 A; 2BRV X; 1JYV A; 2FUT A; 2WCO A; 2WW2 A; 2ZXQ A; 1LF6 A; 2E22 A; 3DYO A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
