The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
198
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sequence length |
737
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structure length |
736
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Chain Sequence |
AECVSNENVEIEAPKTNIWTSLAKEEVQEVLDLLHSTYNITEVTKADFFSNYVLWIETLKPNKTEALTYLDEDGDLPPRNARTVVYFGEGEEGYFEELKVGPLPVSDETTIEPLSFYNTNGKSKLPFEVGHLDRIKSAAKSSFLNKNLNTTIMRDVLEGLIGVPYEDMGCHSAAPQLHDPATGATVDYGTCNINTENDAENLVPTGFFFKFDMTGRDVSQWKMLEYIYNNKVYTSAEELYEAMQKDDFVTLPKIDVDNLDWTVIQRNDSAPVRHLDDRKSPRLVEPEGRRWAYDGDEEYFSWMDWGFYTSWSRDTGISFYDITFKGERIVYELSLQELIAEYGSDDPFNQHTFYSDISYGVGNRFSLVPGYDCPSTAGYFTTDTFEYDEFYNRTLSYCVFENQEDYSLLRHTGASYSAITQNPTLNVRFISTIGNDYNFLYKFFLDGTLEVSVRAAGYIQAGYWNPETSAPYGLKIHDVLSGSFHDHVLNYKVDLDVGGTKNRASQYVMKDVDVEYPWAPGTVYNTKQIAREVFENEDFNGINWPENGQGILLIESAEETNSFGNPRAYNIMPGGGGVHRIVKNSRSGPETQNWARSNLFLTKHKDTELRSSTALNTNALYDPPVNFNAFLDDESLDGEDIVAWVNLGLHHLPNSNDLPNTIFSTAHASFMLTPFNYFDSENSRDTTQQVFYTYDDETEESNWEFYGNDWSSCGVEVAEPNFEDYTYGRGTRINKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 1.23 A Structure of Pichia Pastoris Lysyl Oxidase Reveals a Lysine-Lysine Cross-Link
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
LYSYL OXIDASE
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| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Pichia pastoris
|
| total genus |
198
|
| structure length |
736
|
| sequence length |
737
|
| ec nomenclature |
ec
1.4.3.13: Protein-lysine 6-oxidase. |
| pdb deposition date | 2004-09-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01179 | Cu_amine_oxid | Copper amine oxidase, enzyme domain |
| A | PF02727 | Cu_amine_oxidN2 | Copper amine oxidase, N2 domain |
| A | PF09248 | DUF1965 | Domain of unknown function (DUF1965) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Copper amine oxidase, catalytic domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AVK A; 1LVN A; 1IVV A; 2CG0 A; 1IVX A; 2CWU A; 2CFW A; 3HII A; 2OQE A; 1TU5 A; 3NBB A; 1W5Z A; 2OOV C; 3X3Z A; 3NQZ A; 4BTX A; 3X40 A; 2WGQ A; 1RJO A; 2GU3 A; 4EV2 A; 2CG1 A; 3SX1 A; 1IVU A; 1A2V A; 2WOF A; 1SPU A; 3PGB A; 1W6C A; 4BTY A; 4EXR A; 1KSI A; 2Y73 A; 4BTW A; 2YX9 A; 3X42 A; 2E2T A; 3X3X A; 2W0Q A; 3LOY A; 2E2V A; 3KN4 A; 1IQY A; 1IVW A; 1SII A; 4KFD A; 3N9H A; 4EV5 A; 1WMN A; 3WA2 X; 1UI8 A; 2OOV A; 3AMO A; 2Y74 A; 1PU4 A; 1OAC A; 1DYU A; 1WMP A; 2WO0 A; 3X41 A; 3NBJ A; 1W4N A; 1RKY A; 1AV4 A; 2CWT A; 2CFL A; 2ZL8 A; 1EKM A; 1D6U A; 2CFD A; 1AVL A; 1WMO A; 1D6Y A; 2WOH A; 1IU7 A; 3KII A; 2BT3 A; 3K5T A; 2D1W A; 2E2U A; 3WA3 A; 1QAL A; 3MPH A; 1US1 A; 3SXX A; 1D6Z A; 3AMO B; 1UI7 A; 2OQE C; 2CFG A; 1W2Z A; 5IW9 A; 3ALA A; 4KFF A; 1QAK A; 3X3Y A; 2PNC A; 1N9E A; 1W6G A; 2CWV A; 3HIG A; 1JRQ A; 2C11 A; 2K0M A; 1QAF A; 1W7C A; 2CFK A; 1SIH A; 3T0U A; 2IA7 A; 3HI7 A; 3NQY A; 1IQX A; 2C10 A; 4KFE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BVT A; 3MKI A; 3CME 3; 3UB1 A; 3T0A A; 3ECF A; 1W3Y A; 1LNI A; 3BLB A; 5GW7 A; 2EAC A; 3D52 A; 3VDB A; 1GMR A; 2ZQ0 A; 3EC9 A; 5LC7 A; 3K0Z A; 1SPU A; 3LT9 A; 3DGM A; 1CQS A; 5BXQ A; 2HML B; 3EJS A; 4X2H A; 5IER A; 3X3X A; 3TY1 A; 4HAA A; 4GL6 A; 3T2Q A; 3EF8 A; 3LTB A; 4LYL B; 4KFD A; 5G2G A; 3STD A; 3A76 A; 1HTY A; 5HOH A; 1JZ2 A; 2XEP A; 1PU4 A; 2Y74 A; 5E1Q A; 3DX0 A; 1VQM 3; 3BUB A; 1LOY A; 2XSO B; 1AVL A; 2CIU A; 1I3F A; 1IYY A; 1GMQ A; 1KD1 4; 1DVD A; 4FR9 A; 1O7M B; 3FH1 A; 1RGC A; 2ALW A; 1G0T A; 3SXX A; 4RZM A; 1QAK A; 1V74 A; 3FLJ A; 3SEP A; 2F7P A; 3AHS A; 1STD A; 1A2K A; 5AI1 A; 3SOY A; 2K0M A; 3T8U A; 1Z45 A; 3PYJ A; 4BL3 A; 1HWW A; 3G8Z A; 3DDG A; 3DX3 A; 3IMH A; 2BRP A; 1BGS A; 2WW0 A; 1IV9 A; 2HTA A; 1U5O A; 1GS3 A; 3ZFZ A; 2GEX A; 2WGQ A; 4BU4 A; 5KP3 A; 3VD9 A; 4R9K A; 1JZ6 A; 4HM4 B; 3EBY A; 4EV2 A; 1RWA A; 4LMI A; 4U13 A; 1KWI A; 3WOD G; 2OTL 3; 2FNQ A; 3NV0 B; 5IG3 A; 5M1A A; 3B4P A; 3FCS B; 4ZM8 A; 5AII A; 5ELJ A; 5M19 A; 3PXM A; 1SII A; 2IMJ A; 5KBP A; 4IPB A; 1RN4 A; 1O7D D; 3MV1 1; 1LQM B; 5DRE A; 1ASK A; 1YVS A; 1HM3 A; 3O8Y A; 3WMD A; 6GSP A; 2CFD A; 4HJL B; 4WYK A; 2BRW A; 1N7Q A; 1D6Y A; 5JMF A; 1DE3 A; 3E80 A; 3TDG A; 3RDE A; 1N7O A; 3I55 3; 4MMZ B; 4K1V A; 5JPU A; 2BIR A; 5FGO A; 2RFR A; 1K1W A; 3WR2 A; 2QA4 3; 1OPY A; 5IG0 A; 1RSN A; 5IG4 A; 1O7H B; 1VQK 3; 3S4C A; 1JZ3 A; 2WGO A; 4BL2 A; 2Z77 A; 1J0M A; 3WVF A; 5LC6 A; 1NB5 I; 3PZW A; 4Q53 A; 1N5H A; 4FNS A; 1NSM A; 1M1K 4; 2GU3 A; 3MUY 1; 1UDI I; 2MC8 A; 3S28 A; 1GSP A; 1MGR A; 1LXK A; 1G02 A; 1X1I A; 1BNG A; 3MG3 A; 1LF9 A; 4QWT A; 3NBR A; 7RNT A; 1NWW A; 2OW6 A; 2F1B A; 1RWF A; 2XR8 B; 3IJE B; 3EJV A; 1M90 4; 1R4C A; 2QEX 3; 4EV5 A; 1CYU A; 1K9M 4; 1GY5 A; 1RKY A; 1RCK A; 2CIQ A; 1X1W A; 4NHF A; 4OVM A; 3PS8 A; 3S67 A; 1GYB A; 3B4O A; 3F14 A; 4DUW A; 3K5T A; 3EX9 A; 1BSB A; 3BVV A; 5M18 A; 3W7U A; 3OWY A; 3I3D A; 2FUQ A; 2YFN A; 1VQ4 3; 3W7X A; 1Q81 4; 1BNI A; 3VSM A; 1VQQ A; 3B8L A; 1TRP A; 1GY6 A; 4WYK B; 1OUN A; 1W6G A; 4K35 A; 3UJM A; 1Q9E A; 1NDO B; 3BGA A; 3K9M C; 4N6T A; 1JBS A; 2HMN B; 2C11 A; 3JUO A; 1LNH A; 3BNC A; 3CCV 3; 3DX4 A; 2C10 A; 5A0O B; 1TFO A; 1BAN A; 4KFE A; 1BRI A; 3VD5 A; 3SLU A; 1LVN A; 1V7W A; 1MMZ A; 4R80 A; 1I8Q A; 2W9Q A; 1JOV A; 1Y4K A; 3CC2 3; 1IDP A; 3F8X A; 2BRV X; 4HM1 B; 5AIF A; 1VQO 3; 2WCO A; 1C54 A; 3NUV A; 3D5G A; 5EVH A; 3FG1 A; 1YQ2 A; 1JB5 A; 3CCR 3; 3S4B A; 1KSI A; 1NJI 4; 1N5P A; 1X1H A; 3KN4 A; 1LOX A; 2KF4 A; 2GSP A; 1UI8 A; 3RRS A; 2CIS A; 1RGK A; 4UFC A; 1SO0 A; 3GWR A; 3BNE A; 2FUT A; 4MMH A; 2ZL8 A; 2KCD A; 1EKM A; 5IF6 A; 2ML6 A; 5BU4 A; 4AKZ A; 1WMO A; 4HYZ A; 1G96 A; 1PX4 A; 1GD3 A; 6STD A; 4R4K A; 3D5I A; 3E1F 1; 3QK9 A; 4EYC A; 3VDC A; 3WA3 A; 3BU4 A; 3BLC A; 1BNE A; 1A90 A; 1VQN 3; 3DX1 A; 4DUX A; 1NS4 A; 1GOV A; 3X3Y A; 1OF5 A; 3D51 A; 1MGW A; 4FCM A; 5ELU A; 4GHO A; 1BNF A; 1RCL A; 2CWV A; 3FKA A; 3H51 A; 1JRQ A; 2P09 A; 2R41 A; 2D73 A; 1YIJ 3; 2CHC A; 3CNX A; 1I8V A; 1TP6 A; 3CXC 2; 3SED A; 1SAR A; 2H0G A; 4MJD A; 1NS0 A; 1IT8 A; 4BIR A; 4MMX B; 4EBG A; 4O02 B; 3RGR A; 2ZA4 A; 4NRE A; 1RW9 A; 4O8S A; 1B2Z A; 4HM3 B; 1JZO A; 4JF8 A; 1TXK A; 1A2V A; 2ML5 A; 1W6C A; 1NS7 A; 6RNT A; 4XM4 A; 3I3B A; 1VQP 3; 3X42 A; 1LF6 A; 5TGN A; 3FF0 A; 3JUQ A; 4J5T A; 2XSG A; 1UCI A; 2EAE A; 1W01 A; 3F8H A; 1N7R A; 1VQ7 3; 1TQU A; 4OUQ A; 1FA3 A; 2CFL A; 2INX A; 1F1S A; 1HU9 A; 1JNQ A; 3MWX A; 1FUT A; 1B20 A; 5D82 A; 3KCH A; 1B3S A; 2W6J H; 4O2H A; 1UUG B; 1K73 4; 1Q42 A; 4RNY A; 1IK3 A; 4FNP A; 4NEI A; 2F1A A; 2RGQ A; 2CFG A; 1K8A 4; 3OS7 A; 1UGI A; 3BUD A; 3GZX B; 1O7N B; 3FGY A; 3IAP A; 1JZ4 A; 4CCV A; 1S5A A; 1AVK A; 3CMA 3; 1B21 A; 3DDF A; 3BVW A; 1QMA A; 4FNQ A; 1QVG 2; 4N3V A; 1W5Z A; 3NQZ A; 3G0K A; 3WFA A; 3VD4 A; 2RBI A; 1I2G A; 4BZG A; 4OJZ A; 4G1M B; 1U8C B; 1ISK A; 3MI6 A; 3S5C A; 1BIR A; 1X1J A; 7GSP A; 3NJV A; 1W02 A; 3D50 A; 3JUN A; 4FNU A; 1TQW A; 4N6O B; 3NHX A; 3DGL A; 2BNG A; 2IUK A; 2KRT A; 2YFL B; 2WYH A; 1DYU A; 1WMP A; 2JKE A; 1BUQ A; 1AV4 A; 3AGO A; 2CWT A; 4FCZ A; 2F98 A; 3L0R A; 3WDG B; 3DX2 A; 5DRV A; 1IQ8 A; 3BS6 A; 5EQL A; 3OV4 A; 3CZJ A; 3LZA A; 4K61 A; 2W56 A; 3GZB A; 1YJW 3; 5CF1 A; 1RN7 A; 4EW5 A; 3A0O A; 3W7S A; 3DYO A; 1RRL A; 1N7N A; 5IW9 A; 2CQS A; 3FG3 A; 3OW2 2; 1W00 A; 1CH0 A; 3BND A; 4N6M A; 1ULJ B; 1HM2 A; 1YGW A; 2P38 A; 2GEY A; 5AIH A; 2JQ5 A; 1FGO A; 2HMO B; 3FF2 A; 3CCJ 3; 2KF3 A; 3WOE B; 1IVV A; 3BB9 A; 5IEP A; 3K7C A; 4IIA A; 2R4I A; 3DEC A; 1JZ5 A; 1F8N A; 3MHE A; 3MWZ A; 2GBW B; 1GOU A; 4BTX A; 2RSX A; 1PYL A; 4STD A; 1T5Y A; 3SX1 A; 3IMA B; 3ER7 A; 1DP0 A; 1MMU A; 3AGN A; 4XDV A; 1RNT A; 1YVB I; 2EAB A; 2KF6 A; 2IUJ A; 3LOY A; 2BMQ B; 2K3D A; 1BRS A; 1JYX A; 1RGE A; 2UUG C; 3DGN A; 2F5W A; 2F86 B; 1WMN A; 1NSS A; 2W03 A; 3RSY A; 3VSN A; 2WDA A; 2CQT A; 8RNT A; 1BSD A; 2J8X B; 1WQL B; 1E3R A; 4R9L A; 1V7V A; 4LEH A; 3T08 A; 2GU1 A; 1LQG C; 1DMN A; 3EN8 A; 1US1 A; 4GSP A; 1A67 A; 1T3B A; 3D4Z A; 5HGR A; 1N8Q A; 3G6E 3; 4WP5 A; 5CA3 A; 2E24 A; 1LXE A; 2W56 B; 4HOH A; 2RCD A; 1K1X A; 1FGM A; 1IQX A; 5IG5 A; 1FUW A; 2OTJ 3; 1JJ2 2; 2KAA A; 1YI2 3; 4WHA A; 3JUM A; 3QFY A; 3T2P A; 1YJN 3; 3QFZ A; 1ROV A; 1I0X A; 4J9A A; 3VDA A; 3EHC A; 2H0H A; 2F56 A; 3SYU A; 1F4A A; 2E22 A; 4HM6 B; 1L7J A; 3Q90 A; 2Y73 A; 4BTW A; 3CCM 3; 2XN2 A; 2E2V A; 1X1U A; 1BVI A; 1FW7 A; 2WVY A; 2CKF B; 1TQV A; 1JB2 A; 1YJ9 3; 1JYN A; 1NSV A; 1JN5 A; 3S29 A; 3W7T A; 1ULI B; 1VQ5 3; 2M7O A; 2F18 A; 3RGA A; 4JRF A; 1LOW A; 1LXM A; 4FMB A; 1RGG A; 3VSY A; 2QIY A; 3CZS A; 1NB3 I; 3MG1 A; 4HM2 B; 1BNJ A; 1QWN A; 1O7P B; 1STF I; 3DGY A; 2HMM B; 3U97 A; 1B27 A; 3ZG5 A; 1MMX A; 2WVZ A; 1BRN L; 3DH2 A; 1EUI C; 2ZXQ A; 3E99 A; 3T0U A; 1TQS A; 5AYR B; 1JYV A; 3S27 A; 1GOY A; 1TRQ A; 3OBA A; 2YFO A; 1YGE A; 2Z6B A; 2PZV A; 3X40 A; 1VZZ A; 1JZ8 A; 2CG1 A; 1VQ9 3; 4HBR A; 1T2H A; 4AKY A; 2XFS A; 3KSE D; 3PGB A; 3I0Y A; 4FNR A; 2CC3 A; 5I97 A; 2W0Q A; 1MOL A; 1JYW A; 4WFO A; 3CC4 3; 2OWP A; 1LUR A; 2JDI H; 3CCE 3; 1HKX A; 4HM5 B; 3X41 A; 1W4N A; 1TUH A; 2CX0 A; 3KE7 A; 3CZN A; 1ROA A; 4TTG A; 5RNT A; 1QJG A; 3Q2P A; 2D1W A; 3MPH A; 4OK0 A; 1D6Z A; 1IV7 A; 3EBT A; 3WIR A; 4NPB A; 1JN5 B; 3ALA A; 1B2U A; 1I0V A; 2QGU A; 2P0X A; 1NU3 A; 4I5Q A; 2XFT A; 3S4A A; 5FW5 A; 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