3WFAA

Catalytic role of the calcium ion in gh97 inverting glycoside hydrolase
Total Genus 246
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
246
sequence length
718
structure length
702
Chain Sequence
MQQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDLDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEVKDKSEAKGLKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Catalytic role of the calcium ion in GH97 inverting glycoside hydrolase
rcsb
molecule keywords Alpha-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 246
structure length 702
sequence length 718
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 3wfaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wfaA02
1EPXA 1VRDA 1F7BA 4IJBA 4O1CA 2ZRYA 2VFGA 1XFBA 4JTSA 1RW9A 4Z1DA 4XQ6A 4DBDA 1KW1A 3FIGA 2ZZ1A 1LXMA 1MSSA 2RDTA 4QM1A 4O18A 1H7PA 4K37A 3OHIA 1IXNA 1G7VA 3MP3A 3G0UA 1PCKA 5AHNA 5A5WA 1R2SA 3LCLA 4FXSA 3TW6A 2WNNA 3CPRA 3N73A 1G69A 4AAJA 2C16A 5HWJA 4CNPA 5FF2A 4OV4A 1OFDA 1AG1O 1ME8A 4A21A 4AXKA 3TU9A 3STFA 3PAJA 4JTHA 3T2QA 3O06A 1VYSX 2CLOA 5EBUA 1SZNA 4FNUA 4AF0B 5F2MA 3OIXA 3F4NA 1V5XA 3PSVA 5D2WA 3HGRA 3UPWA 4DEFA 4GUIA 3DFSA 3ATZA 4GUHA 3QSTA 1PS9A 3PM6A 3INPA 3LM7A 5KZDA 3N14A 4JTGA 3E9AA 3M5YA 2I1OA 1H62A 2TSYA 2Q8ZA 1XKYA 4BZGA 1YTKA 2ZXQA 3MI3A 2WSQA 2VXNA 4MLJA 4MYXA 4MZ8A 3BARA 3PG8A 3EKZA 4RK8A 5LNSA 3N3MA 3C8FA 1O4UA 2QAFA 4YL2A 4WQ6A 3CZJA 4LVGA 2OCZA 4E2DA 2J27A 4QQ3A 1FXQA 3PY2A 1K8XA 3LHWA 4LY8A 1YDOA 2NXGA 1K7EA 3IAPA 1U5JA 2DZSA 3TW7A 1ZENA 3W07A 3OBAA 5F2IA 1S5VA 3DYPA 3QPZA 1DJNA 4ONVA 1H51A 3QRHA 3QW3A 1UG9A 5CG7A 1PV8A 1HN0A 4MJMA 4O57A 1RR2A 3UWZA 2NX1A 4YLWA 5G2WA 1GOXA 1GTEA 3W2UA 4JXCA 4LRSA 4NQ1A 3C2FA 4MLRA 3E1F1 2Z6IA 1GZGA 3CTLA 3TKFA 1AL7A 4JN6A 2WPBA 4N6EA 1ZALA 3W1TA 1I4NA 5AC7A 2FDSA 3STCA 5BNKA 3GB6A 5FEXA 3H55A 1I2OA 4YMZA 4AEOA 1N7NA 3W86A 1JUEA 3CWNA 3PC0A 1DBTA 2PCQA 1JCJA 1QPQA 1RVGA 4IGHA 3NDOA 1W5NA 4UR7A 1JZ6A 3TA6A 3R13A 3I3EA 1NSZA 4JY8A 5J5DA 3SZ8A 3TMQA 2QAPA 3W7HA 3UYCA 1RQBA 3RLVA 3DKJA 4Y8FA 1NS0A 3W7RA 2ZZ4A 5D30A 4Q33A 1IGSA 3BG9A 5KMYA 3NYZA 4MY1A 4O15A 3UXAA 5F4SA 4Y9AA 4N2YA 3C0JA 1O5XA 4H6KA 1DL3A 1KM1A 3NQGA 3Q2DA 4ZQCA 2JKPA 3GVGA 4FNTA 4AWUA 2E09A 4WD0A 1JCYA 3UWQA 1RWCA 1GJPA 5K9XA 1C9DA 3T2PA 3TFXA 1IIGA 5I3HA 4TO8A 3DZ1A 5CZJA 3W3OA 2YFNA 4Q4KA 5HUOA 3I3BA 2V8ZA 3AJXA 4O4VA 3PUEA 2D73A 3TUUA 3BPWA 1TTIA 4O11A 1C29A 3FYPA 1KTBA 1N7QA 1W54A 3MYOA 3G22A 1J4EA 2X30A 2QDHA 3WJXA 3VD3A 3DFNA 1QFEA 1SW0A 3PB0A 4WY0F 1OFAA 3VDCA 3NJVA 1F6KA 1Q45A 2WDAA 2VENA 3UPBA 1ADOA 5FF0A 2A1YA 1O60A 3UQNA 3HGJA 5MHBA 4LVFA 3DFPA 1DKWA 5K7JA 2Q8LA 1NSSA 1AK5A 2HTMA 3IIXA 2GQ9A 1L7JA 3B0VC 2CZFA 3IIVA 2QR6A 4UNLA 1W3YA 3NNTA 2E6AA 1MEIA 3QM3A 4WXYA 2TRSA 1VC4A 4ZQMA 2A6NA 4ORIA 1JR1A 3EWUA 2J9ZA 4HHPA 4O4WA 4I7UA 1G4TA 1I8QA 2R8WA 2W79A 2H3BA 3BV4A 5HR7A 5KINA 5BMXA 2B0MA 1GVQA 5L6UA 1W5PA 4GWEA 2I14A 1JYWA 2C0AA 3NPXA 3PG9A 1NFBA 1VHCA 1NSVA 3E96A 3CQ0A 1W3IA 3S1UA 2QUUA 1JYNA 5CPLA 2H8XA 3VD5A 1QO5A 5F4WA 1A5SA 4YCPA 4AWTA 2FJKA 4JDBA 4IQLA 1MMZA 3I7QA 5HMSA 4NJGA 3NQMA 2WKJA 4TX9A 1KM4A 5CKSA 1MMYA 4C1LA 1ZHAA 2V2HA 1AW2A 3DBPA 3CIXA 4GXMA 3ABOA 1KFEA 2ZYFA 3TK7A 5C2XA 4PCFA 3GXNA 3NL2A 2G96A 4AB4A 2A6LA 4IMGA 4GJ1A 1Q6LA 4PTNA 4AH7A 2PC4A 3G3DA 1HFBA 1XUZA 4K8EA 1J0MA 5E0KA 4XKYA 4O1AA 1H61A 4KWVA 2C15A 3QC3A 3DGRA 1OX5A 1X1IA 2QCHA 1VH7A 1EX5A 2FPYA 3B05A 1EP3A 2B7PA 3N9RA 5AYXA 3W83A 3MYPA 4FX7A 3RNDA 1G6CA 3LV5A 5LSMA 1K7XA 1L6WA 1GWJA 1DP0A 3GX9A 3FA5A 3NA8A 3HG2A 3IVSA 2RKXA 1JCLA 3EX2A 1Z45A 3LXBA 1OK4A 5LHEA 5HULA 4K38A 3W7EA 3LB0A 3E12A 2WZSA 3H53A 4LV9A 2E6FA 3IMHA 3UY8A 1M7OA 4OQVA 2ATSA 3GZ3A 5H91A 1A5CA 4JX4A 3QW4B 1OJXA 4HKPA 3GDRA 3W7MA 4ADUA 4ADTA 3EXSA 2Y63A 1WBJA 3LXCA 3VE9A 1UCWA 1T8XA 4X9SA 5HUPA 3G0XA 4RZ5A 3N2MA 1F5ZA 1GT8A 2VFEA 3F03K 5FF7A 4HNTA 2YR1A 1N7KA 1M6JA 1H50A 2H90A 1PE1A 4WOQA 2DZVA 3HBLA 5DY2A 1LOSA 2EPHA 3O05A 1VS1A 3LX9A 1LBFA 3B0UX 2FTPA 5D2XA 5LNVA 2P0OA 1GG1A 1ZNNA 2H8ZA 5DBTA 5F4XA 4S2BA 3UNDA 2DJXA 1KLZA 3S5OA 1F4AA 1R2TA 3T0BA 2V82A 1YXCA 2QKFA 4WXZA 2WV8A 4C1KA 4FNQA 3L66A 5EA9A 3NQ6A 1LRQA 1UUOA 5HQEA 4BZEA 1GVFA 2Y62A 1A5BA 3NQEA 5KSWA 1R30A 3PS7A 5KITA 5I3GA 3ANYA 8TIMA 2V0TA 4UTWC 3P7YA 1W1ZA 4NNAA 4JTEA 3LHYA 1OHLA 2C18A 4OT7A 1CB8A 1FBAA 5BMWA 3NQCA 1LF6A 1U83A 2B7QA 1H60A 5IBXA 4CQ9A 1L2UA 3IV3A 3K30A 3P60A 1SSDA 4P61A 3WFAA 3QQ0A 1ICQA 2C19A 2BRWA 3HJZA 1FWTA 1ZAHA 4Z0JA 3THQA 4WY0A 4UMCA 3NM3A 3MHGA 1UB3A 3JS3A 1YDVA 4HN4A 5HINA 3JR2A 4CNNA 4M19A 2NV2A 1PX3A 2X1UA 3NOEA 1HO4A 1TPC1 4IPIA 4UTWA 1TV5A 3W2JA 4KFNA 3AO0A 3J7HA 4LTSA 3KVLA 3VDAA 1GVSA 4GRSA 4BI5A 1VLIA 3QMRA 3I68A 5G2HA 5K9DA 5EY5A 1H1ZA 3ABQA 3BVJA 2QCMA 3T09A 1JZ5A 1KM0A 1K02A 1W31A 4K8HA 2RFGA 4UTLA 1QOPA 1OFRA 3EXRA 1VGAA 2WW0A 1MMUA 3ZWSA 1LBMA 2ZFAA 3L68A 2NUXA 2Z1BA 3W1NA 3VE7A 3W23A 1X6UA 4ZQOA 4WX2A 3TJXA 4IUOA 4MIMA 5K4ZA 1BEUA 3DI1A 1WXJA 3FS2A 2V5BA 3OA3A 2BLEA 3BW4A 4KFOA 5G5IA 3WK1A 4FF7A 2EAWA 3B04A 1G4PA 3T4CA 1DQWA 2NX3A 3C3NA 2Y70A 3VI2A 2X03A 1KM3A 3S0CA 2GVJA 6TIMA 4O54A 3MWXA 1UJPA 4Z1BA 2F7FA 2BZNA 2ZA1A 4UTMA 4BF9A 4KFPA 1KFKA 4O10A 3C61A 2RH9A 1O5KA 5E1QA 5C6MA 1XI3A 1TTJA 3M47A 3QFEA 3FJLA 4MFDA 3Q94A 4JTTA 3W7OA 1EIXA 3QPYA 2NZLA 2XFWA 1MEHA 3W22A 1XBZA 4N9BA 4O1DA 1OG0A 3NO5A 5HJLA 3LHZA 2G95A 3O6YX 4UMBA 2X2GA 3KFTA 4DXVA 3H54A 3CM4A 4IWWA 2E6YA 3L0GA 4UC5A 4KWWA 3N19B 3IVTA 1DV7A 3DH7A 1L9WA 3LCXA 3GR8A 4DO4A 2QCDB 3NZRA 4QITA 1LCOA 2BXVA 5CPNA 2WW1A 4UFJA 3S6DA 4RJEA 3R12A 4RZ4A 1FWRA 2WQPA 1RD5A 3DXIA 4UTTC 5EL1A 1L6SA 3G1HA 1SU5A 3TNOA 3A5VA 4M7SA 3M16A 4TTGA 4R7JA 1RWAA 3HIJA 4Z0SA 1EEPA 2NUYA 4CCEA 3O8AA 3KX6A 4FNPA 4NU7A 3O1NA 2CLEA 4PL2A 4TU1A 1OF6A 4BZFA 3IGUA 2C6QA 2A2IA 4O50A 3C6CA 4NUWA 4YCOA 1TJRA 1XC4A 1ME7A 3RMJA 3LRMA 2GQ8A 4BFAA 5FESA 3GDKA 1H1YA 2CZ5A 4HNUA 4UTTA 5AHFA 2F84A 2ZDRA 3R8RA 4BK9A 4GFSA 2ABBA 3W71A 4A2RA 1R2RA 5TBOA 4M6QA 3V75A 4Z1CA 1N55A 1RV8A 5LNRA 1FDJA 4XWUA 2VC6A 1K1WA 1F9GA 2Y7FA 6ALDA 1BKSA 3SFKA 3V1PA 2FIQA 1LZOA 1UBSA 3GNNA 2EHHA 4L4MA 3T0DA 1OJNA 3G1SA 3T78A 3PVFA 3EWYA 1SUXA 5DCBA 4NNCA 4LVBA 1SO4A 2X1RA 4JYFA 5CSRA 2ATMA 5FEZA 2Z0IA 2GUUA 2BTMA 3CLMA 2C1HA 1W5MA 3TXZA 4EWND 4X22A 3VDBA 2BX7A 5ABTA 3G1FA 1YDNA 1SNZA 4JTIA 3WJYA 3C4UA 1MXSA 3G18A 2Z2UA 4MUZA 5I3FA 1WDWA 1TCDA 4O16A 2W0UA 3D0CA 4DF0A 3BW2A 3LDVA 5DCDA 4BR1A 3DHFA 4ALDA 2E5CA 4K36A 3MI2A 2WOQA 3LI0A 1ZCOA 4RX0A 5AYYA 4D2JA 5C55A 5L9FA 1PCWA 3S1VA 2WSYA 4RLIA 1FCBA 4MZ1A 2PRHA 1WQ5A 2WNZA 5DY3A 3W1MA 3W74A 3RU6A 4LUIA 1NS8A 5F1VA 1JJKA 2QCNA 3KVKA 3NR0A 4NXKA 3I7RA 1N8FA 2BWGA 5AHIA 1FCQA 5F2LA 2FB3A 1YTEA 1WYIA 3SJ3A 1TXKA 4ZMGA 5LGXA 4I7VA 2Y7GA 1LXKA 1TPVA 3HGOA 1W56A 2DJLA 1P1XA 1UASA 5T26A 1WOBA 1TPFA 3M43A 1K8ZA 1QO2A 1XUUA 1EP2A 1X7FA 3GNDA 2Y85A 2E77A 2TYSA 5CPMA 3VD4A 3NPWA 3BG3A 1W8SA 4MFEA 2QEZA 4NVTA 1WX0A 3TFCA 2NLIA 1SFLA 1FWSA 4JTKA 1V7YA 2H6RA 1TPDA 3HO8A 1KTNA 3LOTA 3PB2A 1EB3A 4UFMA 3UWYA 3IIPA 2ZA2A 2ZZ7A 3GK0A 1A53A 1DHPA 2WJZA 3UWUA 1LRTA 3LV6A 1JQXA 4PL1A 1L6YA 2GJLA 4UR8A 1YADA 4DPQA 1KV8A 3W1PA 3TQKA 3A24A 4G1KA 4N4QA 1EP1A 1GVOA 1TPB1 4M6PA 1LBLA 3M5VA 2VEIA 4AQ0A 1YLVA 3NEVA 2FPVA 4Y90A 3SECA 3FKKA 3W88A 1UUMA 1NS2A 5U7SA 3G1DA 1A50A 3L67A 1DQXA 5I3IA 3LBMA 4NX0A 1OFOA 4FX8A 3W87A 1TPH1 4UTUA 3E0IA 1KFBA 4XZ9A 3GAYA 5HWNA 3W2KA 1MZHA 4O28A 1G4SA 4K7VA 3O6CA 3S5NA 3STEA 2GQAA 4QNWA 1YXDA 2V30A 3L21A 1YGAA 1M7PA 4GC4A 3W1AA 3A23A 4EF9A 3FLUA 4UIOA 2CW6A 2B7NA 1JCNA 3EWBX 3QH2A 3WK2A 1TTQA 1JULA 3GDLA 3U2OA 1NEYA 1HMUA 4HPJA 4J9JA 2CLKA 3W1RA 3NL5A 3PWAA 3HQ1A 4UMAA 5EYWA 4ZL1A 1AL8A 3HPZA 1LURA 1IIHA 3OS7A 4WOZA 3L2IA 2YSWA 1F6PA 2NV1A 5CZ0A 3TC7A 3GXTA 3L0KA 3B8DA 1FY6A 2I9EA 4CQ8A 2GVLA 5FF4A 3THAA 3UWWA 1ML1A 3KOFA 3SY5A 5C5YA 4OWGA 4O8RA 1ZY9A 2X1TA 1GQNA 2A21A 3DENA 3L9CA 1TPWA 2YX0A 3LCIA 1TV7A 3NPUA 5KZEA 5KZMA 3PBYA 3NVTA 4H3DA 4L4LA 1XM3A 4I9AA 4N9CA 1J2WA 3MWAA 2J88A 2YPIA 4ZQRA 3T08A 2WSRA 5AOUA 1NSRA 1PVNA 3NXFA 2Y89A 1JZ2A 4FNRA 5LNWA 3W7NA 2YYTA 3DYMA 2E1DA 2Q3RA 5J5RA 3NZ1A 3F1QA 2FQIA 4ZVJA 3TMLA 2GVGA 3W72A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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