2JKPA

Structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron in complex with castanospermine
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
705
structure length
687
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 237
structure length 687
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkpA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkpA02
1HTIA 1O5XA 3LM7A 1SW3A 1GJPA 3UQNA 3GDMA 1K1XA 1KM1A 3PULA 3UXDA 5I3IA 1S5VA 1Q6LA 4CNNA 2QCDA 5BOOA 1Q45A 3E0IA 4Z0JA 2J9YA 2ZRZA 1LOQA 2WV8A 5I3JA 1MSSA 5KTLA 4FF7A 3OVRA 4FNPA 1H7XA 4N2YA 1GVSA 1GVRA 1OX6A 2C6QA 2E24A 3PUDA 3TU9A 3BLEA 1XBZA 1KFLA 5U4NA 3LRKA 1K7FA 1K1YA 4RXGA 3TMLA 4M6VA 2YDAA 3M1ZA 4QIUA 5K9XA 3H53A 2CLMA 2YX0A 3W87A 2FQIA 4JEQA 4MZ1A 2JKEA 4QISA 2P0OA 4EF8A 1OYBA 4TMCA 2Q8ZA 2PE4A 3O63A 1DBTA 3R13A 3U8GA 1HMWA 4HNVA 2O7SA 1FWTA 2V5LA 4UCGA 3IGUA 1IIHA 1TPFA 3OVQA 4WY0F 3W1UA 4E2DA 2NUYA 1O95A 4K36A 4NJIA 2QR6A 1MMUA 3I7SA 3RF9A 1OFPA 3LCWA 4EF9A 3S1WA 3AJXA 3BLIA 1EIXA 4LNYA 2R14A 1E51A 4GFSA 5J5DA 4NZJA 1GOXA 1WYIA 4UFKA 5CPMA 2Y6ZA 3GXTA 4UUIA 5DXYA 4MVAA 1RWCA 4M5PA 3HG5A 3M16A 1OFDA 4O15A 3QMSA 5C55A 1VYRA 3DFSA 4MYXA 3R5EA 2TSYA 4JTFA 2AGKA 2WDAA 2WNZA 3V75A 1FDZA 4M19A 3LHTA 4PFMA 1W54A 2VENA 4JY9A 4IXHA 3W85A 1TYGA 3SEPA 3I3EA 3Q94A 4DBEA 4O14A 2G5WA 2EAWA 3LCGA 4CLMA 5LHFA 1N7PA 2NWSA 1JCYA 2CLFA 2Y85A 1K8YA 4UTKA 3MMTA 1VS1A 1F74A 1TQJA 3BGGA 4O16A 2X30A 4QSHA 1NKGA 4IMEA 1HN1A 4IPJA 4HPJA 2ZZ5A 3HB9A 2Y7FA 1XKYA 3TJXA 4JDBA 4ZQRA 3S42A 3S5OA 1LURA 2QDHA 3TE9A 2KZHA 3CPRA 4I9AA 5IBXA 2X1RA 5GVJA 1H7NA 1VC4A 1QWGA 5AHEA 4B5NA 2YGYA 5H2ZA 3KRUA 4M6PA 2ZZ1A 4JTHA 4BZGA 1KM3A 1XUZA 4N9CA 1NSXA 3LBCA 4K38A 1JZ3A 5AYZA 4HNTA 4QNWA 3L5MA 1PX3A 3TNOA 3ATZA 4MY9A 4NUWA 1R47A 1GVQA 5FF0A 3UNDA 3P84A 1G7UA 1J2WA 3UY8A 5K9CA 2YR1A 4MJZA 3G1HA 2ZQ0A 3KVMA 3N3MA 3DYOA 4AH7A 4S2BA 4X2RA 1JZ8A 4MOZA 1W31A 3NREA 1FWNA 4GUHA 3ZR4A 5LNWA 1JYNA 3TQ0A 1PVNA 2W0UA 4QAIA 3L5LA 4LV9A 3G24A 3TIMA 3QRHA 1T96A 3BO9A 1N7QA 3W2LA 5CZJA 2EF9A 3CHVA 3IVSA 2BRWA 3W7NA 3S0CA 1OJXA 1U5JA 2VFHA 1WBHA 1YDNA 4IX2A 1XDLA 3N2MA 2YCEA 5I3FA 4Z1BA 5K7JA 3QSTA 5C5YA 1TB3A 3EWYA 1XUUA 2B7PA 2QUUA 2ZDRA 5A8GA 4YWIA 4JTJA 4FEZA 3GX9A 2OT1A 5AHFA 1TO3A 1JRBA 2NXHA 4R34A 1XBVA 3UZ5A 3SIZA 3O15A 4BZFA 2VXNA 1ICSA 2EKCA 2CLLA 1Q6OA 1LOSA 1D9EA 1W5NA 1H7PA 2F7FA 1W5QA 4DEFA 2RH9A 3GAYA 4LVBA 1A5CA 3QW4B 1FUYA 2BX7A 1ME7A 2J6XA 3TSMA 3I7QA 4GWEA 5AN7A 4Z1CA 4NVTA 5KSWA 1G4EA 3FKKA 1L9WA 5FEPA 2J88A 3W70A 3TDFA 3O06A 3IAPA 1A5AA 3A5FA 3LXAA 4KFOA 1NS2A 3MP4A 1SFLA 4AVFA 1EGUA 2WQPA 1JJKA 1WOAA 1TPWA 3P8JA 1RW9A 5K4XA 3HQ1A 2FB2A 4UMAA 3S5ZA 1BKSA 1GVFA 2E1DA 1S3HA 4FXRA 4MJMA 2WVZA 3CQ0A 1KFBA 2A5HA 4O0ZA 4A2SA 4DO5A 3C2OA 2BWGA 1MO0A 5HWMA 3HGRA 5KITA 1N7OA 5KMYA 2Y70A 4QNEA 2QAPA 3N14A 1FCBA 1RWFA 2G97A 1H62A 1N55A 3S1XA 2A4AA 1CB8A 4JTEA 5DY2A 3A21A 2X03A 4XBKA 4WJEA 4UR7A 3T2OA 4EVZA 1GT8A 1WXJA 5AHIA 2ZZ3A 6TIMA 3IIPA 1JULA 1LM1A 4NJGA 5CZSA 3HJZA 5EA9A 1TPVA 2V0TA 1YGAA 1NSMA 2C18A 5I3GA 1JZ7A 1UJPA 5HR6A 2ALDA 3N19B 1F7BA 2FFCA 3LRMA 3W7HA 1CX9A 5AHNA 2WVXB 1RQEA 3NPVA 1YDOA 3W7RA 3NJVA 2HTAA 1KTNA 4O1CA 3WJWA 4FX7A 1YTKA 4LS1A 5AFDA 1SZEA 3NQ6A 3W73A 3PC0A 4ZL1A 2VEKA 2Y89A 3H55A 1B9BA 3DYPA 5K4ZA 1OF8A 1FX6A 2Y63A 3W3OA 3TQKA 4X9SA 3W83A 3C52A 2I1OA 1O5KA 3BGJA 4RZ5A 3C2EA 1FQ0A 4G1KA 1JZ5A 1NSJA 2BXVA 2GVJA 3W2MA 4ADUA 1I8JA 3EXSA 3QQ0A 4UTWC 1N7RA 3P82A 1LP6A 1OHLA 4DO4A 3VD9A 1LBMA 3W1MA 3LHUA 3LV5A 4C1LA 4IMGA 4JNMA 1P4CA 1MXSA 3NR0A 3QFEA 1M5WA 1WA3A 3GNNA 3ABOA 4OU1A 4DPQA 1OYCA 3BGAA 4NJKA 3UPWA 4N9BA 2ZZ6A 1TPUA 3A24A 3TX9A 4YMZA 1AW1A 4GUIA 3ANYA 3TXVA 1FY6A 4Z08A 3TSDA 5HUPA 5EL1A 1K03A 4O1DA 2FIQA 2Y62A 2J24A 1K8XA 3VCRA 3R89A 2IQTA 5FF4A 1QAPA 3MO7A 1EP2A 4RKAA 3TROA 1SFJA 3G18A 5J5RA 1QPNA 4LRTA 5F2LA 3GIYA 2VFEA 3LHVA 3KVJA 3C8FA 2RDWA 5D2WA 1JCLA 3W7GA 2GJLA 3L21A 1FWWA 3T2QA 4DF0A 4ZQMA 2C14A 4CCCA 2C1HA 5E0KA 1M7PA 3B0UX 2WKJA 4IWWA 4L4LA 4LUJA 5F4XA 3NNTA 1OFOA 3P62A 3P60A 3C0JA 1I8QA 1N7KA 1CI1A 3VDAA 2G96A 3FEMA 3MI6A 1W1ZA 3CWOX 3NL5A 4RR4A 3T0AA 3W7PA 1W5PA 4DPPA 1LLZA 3S1VA 4YLWA 3T78A 4PA8A 4TU1A 1J4EA 2WSRA 3B05A 1J5TA 2TPSA 4XKYB 4XQ6A 2DP3A 4LT9A 2AAMA 1MMXA 3W7CA 2G95A 1UG9A 3ELFA 2VFFA 3IAQA 4JTTA 3T0BA 1SUXA 1H1YA 3FFSA 1SZFA 5HUOA 1NVMA 1H61A 1R46A 2VEPA 3MI3A 1Z44A 4UTTC 1L6YA 2WVYA 5G2IA 2GOUA 3FKRA 1QMLA 3IEBA 1ZALA 1R2SA 3F4WA 1JOVA 4BWLC 4Y9AA 4QM1A 1R30A 2ZZ2A 4A21A 3HPSA 2Y7EA 3PY2A 4KFPA 1JZ4A 1XCFA 5HNRA 1TREA 3NAVA 1QNVA 1X7FA 2FTPA 3B4UA 2OT0A 3Q1NA 1JQVA 1X1IA 1HO1A 1LDCA 3C4UA 2A7RA 3QPZA 4IPIA 3O07A 5BMXA 3BW4A 3DHFA 1JZ2A 1YYAA 1SNZA 4P2VA 4RXFA 3L0GA 4Y8FA 2VEIA 2ISVA 3W7JA 2R8WA 3EWWA 3V1PA 4X22A 4RCXA 3TV8A 3STCA 3VE7A 5BRBA 1SQ7A 2ZFAA 1NS8A 1IXOA 3G1SA 1KLYA 5U7SA 3KRSA 1XFBA 3TCEA 5LNVA 1WAUA 3M41A 5KZMA 1EA0A 5D03A 1W3TA 4N9EA 2HTMA 4GNJA 1KTCA 3OA3A 3L0KA 1ADOA 4GC4A 1VHNA 1SR9A 1EUAA 3HPZA 1MEIA 1MEHA 3SSJA 1JUBA 3PF3A 4AHQA 3EKLA 3NQFA 2C13A 4DQWA 4N9DA 3NA8A 3W88A 1PS9A 2B4GA 3TA6A 4M7TA 3M44A 3WJYA 3TC6A 4UR8A 3IIXA 3GB6A 1R2RA 2Y7DA 1OX5A 2R91A 4K7YA 2JBMA 1MMZA 2X1SA 4DO6A 4LOCA 1TTQA 4YXGA 3R12A 1A50A 4AEOA 3EWBX 1I2PA 1A5BA 3C61A 5CPNA 4AAJA 3W23A 3E1F1 1PX4A 5DLCA 3T55A 4JY8A 1QR7A 2QEZA 1G6CA 1XBYA 3NQ2A 1GWJA 2DZSA 5EYWA 1TJRA 2H8XA 3DECA 1HO4A 3A23A 3BPWA 3KXQA 3PVFA 1YQ2A 4AWTA 4Q33A 3TSBA 4NXKA 3UZJA 2QCGA 3O05A 4LVDA 2ZRVA 1VR6A 1P0KA 3NPUA 2ABAA 3I65A 3ABRA 4I7WA 1OVDA 1OFRA 1MMYA 2WCOA 1V7YA 3W1QA 1M7OA 1D3GA 5D32A 3BLFA 3PM6A 2ZYFA 5K2ZA 4O52A 8TIMA 1NS4A 1DJNA 2CLIA 1W5OA 1PCKA 4HHPA 3HG2A 3M0ZA 2YW4A 4GE8A 5F4SA 1ME8A 3USBA 4FB7A 4XUGA 1IIGA 3HBLA 3PBWA 3PG9A 3TFXA 3QMRA 5AC6A 1DOSA 3LXCA 3UYCA 4HSNA 2H3DA 3PS7A 3QEZA 3G0SA 3T7VA 4JYFA 3WJZA 1SSDA 4XTIA 3GLCA 5IM51 4NU7A 3CWNA 3H54A 1YTDA 2R94A 4N6EA 4JS3A 3LCLA 3O16A 1L2UA 3NQAA 5CZTA 3FOKA 1EB3A 4HT3A 5CGQA 3CLMA 5KZDA 4IXXA 1OJMA 5CSRA 5MHBA 1J0NA 1ICQA 4K7VA 1QFEA 2FDSA 4PODA 1OX4A 4DELA 1UASA 1XC4A 2HS6A 2WW0A 3BVJA 2FPVA 3W1TA 2FLIA 1B4KA 1LCOA 3T08A 4LWWA 3ZS4A 5D30A 1H51A 4AMAA 5CSSA 4FNRA 3GYEA 1N8FA 3EX3A 5C54A 2RDTA 2CIRA 3DENA 1TMHA 3O6DA 3T0DA 5DXXA 3J7HA 3M5ZA 5C6MA 1ZENA 4K8EA 5AHMA 3UWWA 1DQWA 5DCDA 3T2PA 2W79A 1NS7A 3MYPA 2NX1A 5CG7A 3DFOA 3NYZA 4HKPA 5AHLA 5D38A 1X1JA 1JZ6A 3W1LA 4DBDA 2ZBTA 2VELA 1ME9A 1TIMA 4XZ9A 3W2NA 1TCDA 2CZ5A 4O57A 4N4QA 4MLJA 1IXNA 2CW6A 3UWVA 4JTUA 2PC4A 3FIGA 3MP3A 2VKZG 4HSOA 4LS0A 1LBFA 3DGRA 3P61A 4JXCA 3MHGA 3GDLA 3PAJA 4WZHA 4TIMA 1H60A 1SO5A 1ZFJA 2Q3OA 3G1XA 1MEWA 2EPHA 3PUOA 3QF0A 2H90A 4QJ1A 3B0VC 4POCA 3VDCA 2E6DA 3FYOA 3ABSA 3VFLA 3VKJA 1VCGA 5LHEA 4KKXA 2QCEA 3G8RA 1PCWA 1Z48A 2QCCA 4KWWA 3ZWSA 1AL7A 1G4TA 3NQ8A 2QCDB 3M5VA 4RK8A 3F1QA 4BWLA 1UUOA 4N4PA 3W7OA 3OBKA 3STEA 1JCXA 3WJXA 1YPFA 3T40A 3UD6A 3NL6A 5HQEA 3LTPA 3NQDA 1LRNA 3W6YA 3P5YA 3QMTA 5FESA 2D73A 4MY1A 2WZSA 3W76A 2YFOA 4PH6A 3VE9A 1TV5A 3NL3A 1YPIA 3NM1A 3W1NA 1IXPA 4JN6A 2QCLA 3F03K 2B7QA 4O11A 4JDYA 4Q32A 2DJXA 3M43A 4XWUA 5FF7A 4CQAA 1TTJA 2ZCGA 3RK8A 3MWAA 5D2YA 3TJLA 3L2IA 1EX5A 4IUOA 1KW1A 1SU5A 1VPXA 1HUVA 2TYSA 3MBFA 2OZ0A 3GDKA 1F6PA 3A9IA 3FJLA 3DYMA 1NSUA 2CFFA 3Q37A 3DFQA 1F4HA 4UFMA 3Q58A 1JYXA 3SI9A 4UTHA 4EWND 1SZGA 4HNNA 5HR7A 3F4NA 3L9CA 1UBSA 3TAKA 2JGYA 1R2TA 3L68A 4LS2A 5A5WA 1ZJIA 2Z0IA 3FA5A 3K30A 4ZQPA 4O10A 3G1VA 3BG9A 1FCQA 4IX0A 1F4AA 5E1QA 1KA9F 3B0PA 3R8RA 3NO5A 2GQAA 1IGSA 3NQCA 1FCUA 4UTMA 4H6KA 3NQMA 1THFD 3LI0A 4NX5A 1OJPA 1LZOA 3BG5A 4JICA 1O60A 3KFTA 2NUXA 1WQ5A 3C3NA 3KHJA 3MI2A 1W8SA 1ZY9A 2V9DA 3G0UA 3UY7A 2ZRWA 5D2TA 3W2KA 2C16A 1DJQA 4YCOA 4RZ4A 2YPIA 3ABQA 4R7JA 4WXYA 5HINA 1OG0A 2NZLA 4GUJA 4JYDA 2ZZ4A 3NGJA 1YXDA 1K02A 1OJNA 2QF7A 1LRTA 1ONRA 2WOQA 3TQVA 5HWNA 5FEZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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