The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
300
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structure length |
300
|
Chain Sequence |
MDYTIENNMIKVVISDHGAEIQSVKSAHTDEEFMWQANPEIWGRHAPVLFPIVGRLKNDEYTYKGKTYHLGQHGFARNADFEVENHTKESITFLLKDNEETRKVYPFKFEFRVNYNLMNNLLEENFSVVNKSDETMIFGVGGHPGFNLPTDHGENKEDFYFDMHPSVTRVRIPLKDASLDWNNRSLAPTDSLIALSDDLFKDDALIYELRGNDNKVSLRTDKNKFHVNVWTRDAPFVGIWSQYPKTDNYVCIEPWWGIADRDDADGDLEHKYGMNHLKPGKEFQAGFSMTYHSTTDEVKL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
X-ray structure of the galactose mutarotase related enzyme Q5FKD7 from Lactobacillus acidophilus at the resolution 1.9A. Northeast Structural Genomics consortium target LaR33. (CASP Target)
rcsb |
| molecule keywords |
Galactose mutarotase related enzyme
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| total genus |
68
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| structure length |
300
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| sequence length |
300
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01263 | Aldose_epim | Aldose 1-epimerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HTA A; 3DYM A; 1RWC A; 2JKE A; 4BZG A; 1K1X A; 1YGA A; 3IAQ A; 1NSR A; 1J0N A; 1HN1 A; 2WW0 A; 3SEP A; 1YQ2 A; 1JYV A; 1JYN A; 3MUY 1; 1NS8 A; 1UG9 A; 2BRV X; 4BZF A; 3MV1 1; 3T08 A; 3DCD A; 2JKP A; 2JKA A; 3VD9 A; 2BRW A; 1MMY A; 1JZ2 A; 3VD7 A; 1OJO A; 1I8Q A; 1ULV A; 1F4A A; 3I3D A; 1K1Y A; 4BZH A; 4BZE A; 1LOH A; 1JZ4 A; 1F4H A; 3VD5 A; 3WFA A; 2WVX B; 3ECQ A; 4DUX A; 2WCO A; 4AQ0 A; 3T2P A; 1MMX A; 2WDA A; 3NJX A; 1MMZ A; 1DP0 A; 1HM3 A; 3T0A A; 4DUW A; 1K1W A; 1NS7 A; 3IAP A; 2CIS A; 3Q1N A; 1F9G A; 1L7K A; 1F1S A; 1MMU A; 1NS0 A; 1NS2 A; 1SNZ A; 1JYW A; 1NSM A; 1NKG A; 2HTB A; 1RWA A; 2WVX A; 1PX3 A; 2CIR A; 1C82 A; 1JZ5 A; 1LUR A; 1NSZ A; 1X1J A; 3VDA A; 3A24 A; 3VDC A; 1TXK A; 1X1H A; 2XSG A; 3E1F 1; 3J7H A; 2WW1 A; 1N7P A; 1LXM A; 2E22 A; 3DEC A; 1HN0 A; 1RWG A; 1J0M A; 3I3E A; 3OBA A; 1JZ7 A; 1JOV A; 2E24 A; 3T0B A; 3MUZ 1; 3T2O A; 2WVY A; 2ZXQ A; 3VDB A; 3VD4 A; 2XHN A; 1NSU A; 3I3B A; 1LF9 A; 1X1I A; 4TTG A; 1EGU A; 1LXK A; 1JZ3 A; 5A1A A; 1N7N A; 1CB8 A; 1SO0 A; 1N7Q A; 3VD3 A; 1NSS A; 3CZJ A; 1JZ8 A; 2WVZ A; 3NJV A; 2WW3 A; 3NRE A; 3MWX A; 3OS7 A; 1W3Y A; 1NSX A; 1N7O A; 1PX4 A; 2CIQ A; 3DYP A; 1RW9 A; 1L7J A; 1RWH A; 1RWF A; 3T0D A; 1JYX A; 1N7R A; 3MV0 1; 3T2Q A; 3IMH A; 2Q1F A; 4RNL A; 2ZQ0 A; 1NSV A; 3BGA A; 5E1Q A; 2WW2 A; 3OB8 A; 1OJN A; 2D73 A; 1HM2 A; 1OJM A; 1HMU A; 4DUV A; 1MN0 A; 1Z45 A; 3K25 A; 1NS4 A; 2BRP A; 3DYO A; 1OJP A; 2X03 A; 3T09 A; 1HMW A; 2WZS A; 1JZ6 A; 1LF6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HTA A; 1RWC A; 4KFE A; 1TU5 A; 3MI6 A; 1NSR A; 3X42 A; 3MUY 1; 1N9E A; 1NS8 A; 2BRV X; 3MV1 1; 1R33 A; 2Y73 A; 2EAB A; 3DX4 A; 2BRW A; 2WOH A; 2E2V A; 1PS3 A; 2RDY A; 1ULV A; 3RRS A; 1F4A A; 4BZH A; 1W6G A; 1AVK A; 2XN1 A; 3VD5 A; 3WFA A; 3ECQ A; 3S4C A; 2W0Q A; 2WCO A; 2WDA A; 1D6Z A; 3EJR A; 3SX1 A; 4BTX A; 1IQX A; 1NSM A; 1W6C A; 3A0O A; 1RWA A; 1RKY A; 3D52 A; 3VSN A; 2D1W A; 5JMD A; 2OQE C; 4KFF A; 3KII A; 2CQS A; 1X1H A; 1V7V A; 2F1B A; 1LXM A; 2E22 A; 4MMI A; 3OBA A; 3W7X A; 2EAE A; 1DYU A; 1HTY A; 3EJU A; 3VD4 A; 2XHN A; 1NSU A; 3EJP A; 3WIQ A; 1LXK A; 2OW7 A; 4FNT A; 2PNC A; 1SO0 A; 2CQT A; 3VD3 A; 1NSS A; 3CZJ A; 1JZ8 A; 2WVZ A; 3NJV A; 3NRE A; 3DDG A; 1TQV A; 1NSX A; 1PX4 A; 2XN0 A; 1RWH A; 1TQU A; 1RWF A; 3T0D A; 3AMO A; 3S4A A; 3EJS A; 3X40 A; 4RNL A; 4UFC A; 3NBB A; 1HM2 A; 5KBP A; 3NBJ A; 3K25 A; 1D6Y A; 1IU7 A; 5CA3 A; 3BVV A; 1AVL A; 2WZS A; 1JZ6 A; 3EJT A; 3DYM A; 2OW6 A; 3N9H A; 4BZG A; 1YGA A; 1JYV A; 1YQ2 A; 1JYN A; 1UG9 A; 3T08 A; 1QAF A; 2XN2 A; 1QAL A; 3VD9 A; 3HII A; 4J5T A; 3VD7 A; 3W7T A; 3I3D A; 1WMN A; 3K5T A; 4FNP A; 3CV5 A; 1LOH A; 2F7O A; 1QWN A; 1F4H A; 3D51 A; 2CFD A; 2F7R A; 1W4N A; 1D6U A; 3E80 A; 4AQ0 A; 3W7U A; 3T2P A; 1MMZ A; 3T0A A; 4DUW A; 3WVF A; 1AV4 A; 1SNZ A; 3WA2 X; 2HTB A; 2OOV A; 1W7C A; 2WVX A; 2ALW A; 3BVT A; 4K3A A; 1LVN A; 1R34 A; 3SXX A; 3A24 A; 2XSG A; 3E1F 1; 2WO0 A; 1N7P A; 3X3Z A; 1JRQ A; 3X3X A; 3I3E A; 4FNU A; 1JOV A; 3CZN A; 2E24 A; 3T2O A; 3MUZ 1; 2F7Q A; 2ZXQ A; 3LOY A; 4KTR A; 1EGU A; 3D3I A; 4NEI A; 5A1A A; 1WMO A; 1N7Q A; 2WW3 A; 3MWX A; 3OS7 A; 3PGB A; 1W3Y A; 2CIQ A; 1N7R A; 3MV0 1; 2Q1F A; 1H54 A; 1OAC A; 3BVX A; 5E1Q A; 4DUV A; 3BS6 A; 4FNR A; 2F7P A; 1NS4 A; 4KFD A; 2BRP A; 3T09 A; 3VSM A; 2JKE A; 3IAQ A; 1J0N A; 1HN1 A; 2CFW A; 4MMH A; 1SPU A; 4BZF A; 3DCD A; 2JKP A; 1TQT A; 3AFL A; 4BTY A; 1I8Q A; 1TQW A; 2C10 A; 3HIG A; 1K1Y A; 2E2T A; 4BZE A; 2C11 A; 2CG0 A; 1IQY A; 3QFZ A; 1MMX A; 1DP0 A; 1HM3 A; 3BUB A; 1K1W A; 1NS7 A; 2E2U A; 3IAP A; 3Q1N A; 1F9G A; 1L7K A; 3BVU A; 1F1S A; 1MMU A; 2CFG A; 3ACS A; 2EAD A; 1NS2 A; 1JYW A; 3BUI A; 3WA3 A; 1IVU A; 1PX3 A; 5GW7 A; 1C82 A; 3DDF A; 4FNS A; 1LUR A; 1KSI A; 1NSZ A; 1X1J A; 1PU4 A; 4EV5 A; 3VDC A; 1TXK A; 3HI7 A; 2WW1 A; 2OQE A; 3CZS A; 1HN0 A; 1RWG A; 3DEC A; 3S4B A; 1JZ7 A; 3DX3 A; 1US1 A; 2FUQ A; 1LF9 A; 1X1I A; 4TTG A; 3W7W A; 1N7N A; 3W7S A; 3BUD A; 3QG0 A; 3LVT A; 3S4D A; 1N7O A; 3DYP A; 1RW9 A; 2F1A A; 1JYX A; 3T2Q A; 1WMP A; 1QWU A; 2ZQ0 A; 2WOF A; 2WW2 A; 3OB8 A; 3TY1 A; 2D73 A; 1SIH A; 1W5Z A; 2Y74 A; 1MN0 A; 2WYI A; 3T0U A; 3DYO A; 1OJP A; 3E7J A; 2X03 A; 3RSY A; 1HMW A; 4BTW A; 1V7W A; 3BUP A; 1SII A; 4EV2 A; 1K1X A; 4OK2 A; 2F18 A; 2WW0 A; 3SEP A; 3ACT A; 2YFN A; 1V7X A; 3BLC A; 2JKA A; 1MMY A; 3D50 A; 1JZ2 A; 3BVW A; 1OJO A; 3DX0 A; 1HWW A; 1UI7 A; 1JZ4 A; 3AFJ A; 1A2V A; 3EJQ A; 3DX2 A; 3BUQ A; 2WVX B; 4DUX A; 2CG1 A; 1RJO A; 3NJX A; 2OOV C; 2WGQ A; 2CIS A; 1NS0 A; 4OK4 A; 1W2Z A; 2BT3 A; 1NKG A; 1IVW A; 1IVX A; 2CIR A; 1JZ5 A; 3KN4 A; 2WYH A; 3VDA A; 1O7D D; 3J7H A; 2CFK A; 3ALA A; 1IVV A; 1J0M A; 4FNV A; 3T0B A; 3WIR A; 2WVY A; 3VDB A; 2FUT A; 3I3B A; 4OJZ A; 2ZL8 A; 1HXK A; 1QAK A; 3X3Y A; 1JZ3 A; 3X41 A; 1CB8 A; 1QX1 A; 2YX9 A; 2YFO A; 3QFY A; 4FNQ A; 3DX1 A; 3D4Z A; 1L7J A; 1TQS A; 3IMH A; 1NSV A; 3BGA A; 3D4Y A; 4KTP A; 1OJN A; 2CWT A; 2CFL A; 5JMF A; 1OJM A; 1HMU A; 1Z45 A; 2FYV A; 2EAC A; 3AMO B; 1EKM A; 3BLB A; 1UI8 A; 3QDE A; 3MPH A; 2CWU A; 4K35 A; 1LF6 A; 2CWV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2HTA A; 3DYM A; 3VSM A; 1RWC A; 2JKE A; 4BZG A; 1K1X A; 1YGA A; 3IAQ A; 1NSR A; 4OK2 A; 1J0N A; 1HN1 A; 2WW0 A; 3SEP A; 1YQ2 A; 1JYV A; 1JYN A; 3MUY 1; 4MMH A; 1NS8 A; 1UG9 A; 2BRV X; 4BZF A; 3BLC A; 3MV1 1; 3T08 A; 3DCD A; 2JKP A; 2JKA A; 3VD9 A; 2BRW A; 1MMY A; 4J5T A; 1JZ2 A; 3AFL A; 3VD7 A; 1OJO A; 1I8Q A; 1ULV A; 1F4A A; 3I3D A; 1K1Y A; 4BZH A; 4BZE A; 1LOH A; 1JZ4 A; 1F4H A; 3VD5 A; 3WFA A; 2WVX B; 3ECQ A; 4DUX A; 3E80 A; 2WCO A; 4AQ0 A; 3T2P A; 1MMX A; 2WDA A; 3NJX A; 1MMZ A; 1DP0 A; 1HM3 A; 3T0A A; 4DUW A; 1K1W A; 1NS7 A; 3IAP A; 2CIS A; 3Q1N A; 1F9G A; 1L7K A; 1F1S A; 1MMU A; 1NS0 A; 4OK4 A; 3WVF A; 1NS2 A; 1SNZ A; 1JYW A; 1NSM A; 1NKG A; 3A0O A; 2HTB A; 1RWA A; 2WVX A; 1PX3 A; 2CIR A; 1C82 A; 3VSN A; 5JMD A; 1JZ5 A; 1LUR A; 1NSZ A; 1X1J A; 3VDA A; 3A24 A; 3VDC A; 1TXK A; 1X1H A; 2XSG A; 3E1F 1; 3J7H A; 2WW1 A; 1N7P A; 1LXM A; 2E22 A; 3DEC A; 1HN0 A; 1RWG A; 4MMI A; 1J0M A; 3I3E A; 3OBA A; 4FNV A; 1JZ7 A; 1JOV A; 2E24 A; 3T0B A; 3MUZ 1; 3T2O A; 2WVY A; 2ZXQ A; 3VDB A; 3VD4 A; 2XHN A; 2FUT A; 1NSU A; 2FUQ A; 1LF9 A; 1X1I A; 3I3B A; 4OJZ A; 1EGU A; 1LXK A; 4TTG A; 1JZ3 A; 4NEI A; 5A1A A; 1N7N A; 1CB8 A; 1SO0 A; 1N7Q A; 3VD3 A; 1NSS A; 3CZJ A; 1JZ8 A; 2WVZ A; 3NJV A; 2WW3 A; 3NRE A; 3MWX A; 3OS7 A; 1W3Y A; 1NSX A; 1N7O A; 1PX4 A; 2CIQ A; 3DYP A; 1RW9 A; 1L7J A; 1RWH A; 1RWF A; 3T0D A; 1JYX A; 1N7R A; 3MV0 1; 3T2Q A; 3IMH A; 2Q1F A; 4RNL A; 2ZQ0 A; 1NSV A; 3BGA A; 5E1Q A; 2WW2 A; 3OB8 A; 1OJN A; 3TY1 A; 2D73 A; 1HM2 A; 5JMF A; 1OJM A; 1HMU A; 3BS6 A; 4DUV A; 1MN0 A; 1Z45 A; 3K25 A; 1NS4 A; 2BRP A; 3DYO A; 1OJP A; 3E7J A; 2X03 A; 3T09 A; 1HMW A; 2WZS A; 1JZ6 A; 1LF6 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
