2JKAA

Native structure of a family 97 alpha-glucosidase from bacteroides thetaiotaomicron
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
705
structure length
688
Chain Sequence
QQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKELDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Divergence of Catalytic Mechanism within a Glycosidase Family Provides Insight Into Evolution of Carbohydrate Metabolism by Human Gut Flora.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-GLUCOSIDASE (ALPHA-GLUCOSIDASE SUSB)
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 239
structure length 688
sequence length 705
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2008-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 2jkaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2jkaA02
1H7RA 2V2HA 1MN0A 1KBIA 5CPNA 5D30A 1KTCA 2H90A 3TW6A 3GNDA 4XUGA 1X6UA 3PG9A 4O1DA 3CEUA 1RQBA 3G0SA 1BWLA 5EBUA 2A21A 1RZMA 1OFOA 5CSSA 4O16A 2R94A 3QJAA 4FHAA 1LF6A 4AF0B 1ZALA 1A5AA 3CZJA 2Y88A 2Y62A 2JKAA 2QCNA 5LHFA 4MVAA 2J27A 1W8SA 4GUHA 2E24A 3STCA 4AWSA 3W7GA 5DXYA 2O7SA 3OG3A 3FFSA 1SO0A 2RH9A 4GJ1A 4FX7A 4KWVA 4MKNA 5LNWA 4ML9A 1MO0A 2GUUA 3PUEA 2VENA 5GVJA 1AW2A 4LC8A 5FEWA 2PCQA 1YQ2A 4Q32A 3N2MA 1FCUA 1H62A 1I8JA 3J7HA 4QM1A 2GJNA 4MPQA 1SPQA 4UTHA 3W7NA 1ICPA 1H63A 1E51A 3W7QA 5L9FA 3UZ5A 5FESA 1L6YA 1D9EA 4GWEA 3UYCA 5A5WA 1PL9A 1AK5A 3IGXA 3P81A 4JTKA 1KM6A 4IMEA 1P5BA 3CEPA 3M9YA 1O60A 4IGHA 2YCEA 5C54A 1QDSA 5KINA 3DYPA 2WOQA 5E93A 3JR2A 3E0IA 2WW1A 3P5ZA 1MMXA 3CWNA 3EEGA 4MY1A 3BLIA 4UTUA 1BEUA 3MUZ1 2QCCA 4HN4A 3L9CA 4FNRA 1GYLA 3THAA 3SEPA 3G1HA 1HM2A 3NOEA 4Q33A 3NO5A 2B7QA 3OB8A 3W22A 1L2UA 3KRSA 3TXVA 2YFOA 3NL6A 4JIPA 3LV6A 3M16A 5F1VA 4QITA 3LCGA 4ZZ9A 1F5ZA 3EKZA 1VCFA 1Q6LA 1QAPA 4N9BA 5EKYA 3P84A 3L21A 1NS0A 2PC4A 3W2LA 3TK7A 1QO2A 4HSOA 4JTIA 4IX0A 3ANYA 4CCCA 3M7WA 1GVOA 4AWTA 2ZTJA 4KWWA 3W2UA 4S2BA 3IAPA 3TCEA 5HWJA 4MJZA 4EOUA 2WSQA 4FX6M 2HSAA 1K8ZA 3M6YA 3I65A 5E0KA 3BGJA 4DBEA 1L9WA 2NUWA 2VEMA 1JZ6A 4N02A 3FIGA 4UTWA 3G18A 4LUJA 1JYWA 3G3MA 3W76A 3NL5A 4LS0A 4L4LA 1DL3A 3I3DA 4O15A 2YZRA 1OJOA 3SECA 3W1PA 2H6RA 1HFBA 2DZPA 2G96A 4XQ6A 1H5YA 1KFLA 2GQ9A 4O19A 4JY9A 4S1FA 3P5YA 4MYXA 2WNZA 1Z45A 3W70A 4O4VA 3L67A 2A85A 3P74A 2FPYA 2Q3RA 4JNMA 1EWEA 3LGEA 2YW4A 5LNRA 3T2PA 1YDNA 5D2VA 5MHBA 3LRMA 1EWDA 3C4UA 4P61A 1VZWA 1OX4B 1IIGA 4WD0A 4Z1BA 2HTMA 2NV1A 2QCMA 3MMTA 1TTIA 1G67A 1QPOA 3EWYA 3S0CA 3S1XA 3CQ0A 1LOHA 3UWYA 4HNTA 3M5XA 4KFNA 4PFMA 3IVUA 2QUVA 3DI0A 1W5MA 3E9AA 4JGDA 3CPRA 3Q1NA 1LCOA 2YR1A 3NPVA 3W2KA 1LRTA 1ALDA 5D2WA 3W1QA 5D09A 3NQ6A 2BRPA 1UASA 5FF0A 1BTMA 3OEXA 3FOKA 3E12A 5EA9A 1KFEA 2A6NA 4O18A 2C18A 2EPHA 4XBSA 4DF0A 2QCDB 3LERA 1JCMP 1R30A 1HG3A 3G24A 4EVZA 3KXQA 4I7UA 3P8JA 3IVTA 3EX4A 3WJYA 4PEKA 4QISA 5IM51 2H3DA 3MUXA 3VDCA 1NF7A 1JCLA 1N7KA 2DZTA 4JX5A 1XDMA 1YPIA 4QIUA 3VNDA 3BV4A 1NSJA 3HF3A 4IMFA 1SNZA 1ME7A 1A50A 2FIQA 3W6YA 4RZ4A 4UTKA 3O8AA 4PL1A 1P4CA 3GDLA 1SSDA 2J24A 4LNYA 5FF3A 2UV8G 1GG1A 3EX1A 5DCDA 3QSRA 1F4HA 3OS7A 2CZFA 2X1SA 1F6PA 3W84A 2YX0A 1LRNA 3K30A 3R8RA 3KVKA 2TPSA 3WJXA 2Q3OA 2YDAA 1ICQA 1YDVA 4RJEA 1F4AA 4QAIA 5K3VA 1HN0A 1KFKA 1M7OA 2JBMA 3I7SA 4AXKA 5FF2A 4O11A 1N55A 2E5CA 3SY5A 3W1TA 4TMCA 3HGRA 1XFBA 5FEZA 3VCRA 5CGQA 5K9CA 1K1XA 3C2FA 4FXSA 1J2WA 1QFEA 5DBTA 1HO4A 1BKSA 3MP3A 5T26A 1XXXA 4WXYA 1BWKA 1JZ4A 1LOSA 1W54A 4JYDA 3QMRA 4BF9A 3G1YA 1Q45A 3CU2A 3IGSA 1OFEA 3B05A 3DI1A 2QUTA 3DGRA 4GUIA 1VLWA 5H2ZA 1FWSA 2XFWA 1W56A 1GEQA 4O1CA 4GC4A 2OCZA 1AW1A 4O14A 3VD3A 1SW7A 3LM7A 3DHDA 1JYVA 4AAJA 3B8DA 3NQ8A 3PBYA 3TU9A 3NGJA 5CPLA 3BPWA 4WJEA 2V2DA 5DN1A 5KITA 4IQLA 3TX9A 1T0OA 3UY7A 3LHYA 2NX9A 3QFEA 3O15A 4AH7A 4Y8FA 3TUUA 4OGZA 5I3HA 1MSSA 4NX0A 4IJBA 3NREA 1P1XA 5KZEA 3W85A 3LCFA 4WOZA 4HHPA 3UWVA 3TFCA 2PE4A 3FLUA 5D2XA 2JKEA 1VLIA 2QCFA 5DY2A 3LTPA 4JY8A 5AC6A 5A8GA 1I2PA 2JGQA 4DF2A 1LORA 1X8FA 1XUZA 3NG3A 2E77A 4YXGA 1X1ZA 4PC8A 2BWGA 4WZHA 3C2OA 3A5VA 3TJXA 1QPNA 2V5BA 1MMUA 4JTLA 1H50A 4MJMA 2B7PA 3G1DA 2P1FA 4HKPA 3T0AA 2ISWA 4E2BA 3E49A 4UFKA 1F73A 2ZTKA 4AHPA 4XTIA 1F1SA 3C3NA 4ADSA 1OX4A 1AL7A 3PS7A 4OE7A 3GDMA 1PVNA 4OQVA 5C5YA 5HR6A 4EF9A 1F76A 1B4EA 1A53A 3CIWA 1YXDA 2HS8A 4AMAA 1YXYA 2RDUA 3IIZA 3O07A 2F7FA 3BG9A 4AQ0A 1FX6A 2XN1A 1N8FA 1PHQA 3DECA 3F4NA 1U83A 5AHNA 3WJZA 5FEXA 1W5QA 3VDBA 3PULA 3VE9A 2HTAA 1NEYA 2ZZ2A 4JIQA 3NQCA 3NA8A 3NM3A 1OG0A 4EIVA 5IBXC 5D38A 2ZRVA 5I3GA 1EP2A 1RD5A 3W73A 1SW3A 2ZRZA 1ZFJA 1TTQA 2OJPA 3TIMA 5TQLA 2Y61A 3IMHA 3LCXA 1AL8A 1PX4A 3NQDA 3SW6A 2QCDA 5BMWA 1OABA 1R47A 5EYWA 4IXHA 3I3EA 3GDRA 3IVSA 2ZRYA 2VFDA 3HGOA 2HTBA 3N73A 3TSDA 3MYPA 4CCEA 2FB2A 2ZZ3A 4CNNA 4O53A 4IMDA 1PS9A 2C13A 4ZQOA 3KHJA 1RVGA 4IPIA 1PHWA 2A7NA 2QJIA 3FKKA 1F05A 2RDTA 3LV5A 2BRVX 2A0NA 4JTUA 5HQEA 5LSMA 2WJZA 2CLOA 1SZFA 3GAYA 3NYZA 3GXTA 5U4NA 3VDAA 1KM1A 1YDOA 4ZQCA 3B0VC 1MMYA 4NVTA 1TV8A 3MHUA 1HTIA 1ICSA 4IPJA 3EWBX 1ME9A 4PA8A 3BG5A 2DZWA 5I3FA 1W3NA 3LCLA 4E0CA 2C3ZA 1LURA 4JX6A 1NSUA 1WOBA 1NFBA 1RWHA 4PTNA 4MLJA 4Y96A 3NPUA 3TV8A 5DCEA 2NX3A 1WA3A 1J4EA 1TCDA 1DJQA 3EWXA 1W5PA 1LYXA 1H7PA 2RHGA 5F2LA 3NJXA 4UCGA 2E6AA 4NJIA 2P0OA 1RPXA 3HO8A 1HM3A 5HUPA 1WBJA 3VI2A 3M1ZA 1KM2A 1JCYA 5H91A 3LRLA 3JS3A 4A21A 2WDAA 4MY9A 3W7LA 1QOQA 2J88A 1NSXA 1OJNA 1HMWA 3TAKA 3O05A 3QC3A 3G1XA 4RR4A 3BW2A 3NEVA 1OYAA 1QPRA 3S8HA 2BX7A 1ULVA 4TTGA 4C1KA 1TIMA 1K8YA 3PBVA 4FEZA 4LY8A 5DLCA 2FPTA 4QQ3A 3STFA 3T08A 2VFFA 1X1IA 2W79A 1J0MA 3AJXA 3HG5A 4ZQMA 3C2VA 2E68A 1TPVA 3LXAA 1S5VA 1WX0A 4LU0A 4O0KA 3UWWA 4DEFA 4X3ZA 5HR7A 3PF3A 2Y85A 3R89A 2PRHA 1DOSA 7TIMA 2H8ZA 4ONVA 4O13A 4K37A 1EUAA 4Z0JA 4A29A 5D04C 3L66A 3OIXA 3W7DA 2WKJA 1VHCA 4K7YA 3A22A 4N6FA 1ZY9A 3TE9A 1OX6A 3MHFA 4W9TA 4FNSA 1LBFA 4NJJA 2GJLA 1CB8A 1G4TA 4WY0F 5F4SA 3I7RA 2FQIA 2R14A 1HN1A 5CKSA 1JZ2A 3PC0A 3QW4B 3SGZA 3WJWA 2ZCGA 1L6WA 3TC6A 4CQ9A 2ABAA 4ZQNA 3N9RA 5LHEA 2NXIA 3PUOA 1DHPA 3UXDA 3HG3A 1JRCA 1FWTA 4Y9AA 5AYXA 2ZZ1A 3CTLA 5G2IA 3QMSA 2CWNA 3GB6A 3NXFA 1DBTA 2EKCA 1R2SA 5K4XA 5LKYA 1O4UA 3BW4A 1SO6A 1NSZA 2X1RA 1QWGA 2E5DA 3DZ1A 1WXJA 4FNTA 1ME8A 2Y7GA 2ZRXA 1TTJA 3W2JA 2DZUA 2CLEA 1T8XA 2WW3A 1MEWA 1TPB1 3QF0A 3WJSA 3TH6A 2DORA 4NJKA 3ZFHA 3DCDA 3NPWA 3GXPA 3NZ1A 3BK0A 1KM4A 2A1YA 3W2NA 3P82A 1FWRA 3ELFA 1OF8A 4GXMA 1WQ5A 4OV9A 3DKLA 1EX5A 5BNKA 5KZMA 2ZA1A 1QPQA 3INPA 1VPXA 5DCBA 3W7HA 3A24A 3MYOA 2XSGA 2VEIA 4AEOA 1K03A 3MO7A 2ALDA 2QAFA 3TMLA 1JUEA 5IBXA 1VGAA 2NWSA 4NJGA 3RLUA 3IEBA 1JYXA 1EPXA 5K9XA 3THQA 4Z1CA 4N4QA 3T40A 1JZ3A 3AO0A 4UTJA 4FNUA 3T4CA 5G4WA 1L6SA 1XBVA 2J6XA 2AQWA 4H3DA 2CZDA 2V9DA 3DU0A 1I2NA 2VFEA 2X03A 2X1UA 3LHTA 3W1UA 4GE8A 1K7XA 3D0CA 1VCVA 5FEPA 4M7SA 2WVZA 3S42A 4UFLA 4UFMA 4GBUA 3FYOA 4WY0B 1ZAHA 3PB0A 5CZJA 3NQVA 3JRKA 3O16A 2GQAA 3HGSA 4UTTC 1W3IA 5HMSA 1GVFA 3G8RA 3M47A 3NM1A 2QDHA 5D32A 1JCNA 2NXGA 3OBKA 4UFIA 3S5NA 3A21A 3EXRA 2HMCA 5DBUA 3PB2A 1OF6A 2JK2A 3LBMA 1QCWA 1Z41A 3W9ZA 2TSYA 1RWAA 3O06A 1YADA 1OVDA 3TQVA 2NV2A 2YSWA 3B06A 3MBFA 2FFCA 3U6WA 2TMDA 4LWWA 4JS3A 3LHUA 2PRMA 3M0ZA 3MW7A 5E1QA 4WOQA 4GNJA 1VH7A 1ZNNA 3PBUA 1TSIA 4NZJA 3T0DA 1KTBA 1KLYA 3PSWA 3S6DA 1JCJA 3MI6A 4HT3A 4JTFA 5F4XA 1TXKA 4M7TA 3WK0A 2ZDRA 4IWWA 4IMCA 3BLEA 3CWOX 3KFTA 4RX0A 3LLDA 4K8EA 1CX9A 2B0MA 3CC1A 1LBMA 4K8HA 3F4WA 1JR1A 3TW7A 3LI0A 1H51A 3DFPA 2NZLA 3M5VA 4QNWA 2C1HA 3V1PA 3PAJA 3M43A 4OHQA 2C16A 3EX6A 4LTSA 4MIMA 3WK2A 4IMGA 1OJPA 3PG8A 1LM1A 4DUWA 4FIRA 3SSJA 4C1LA 1TPWA 3W1XA 2WVXB 4A3UA 1W3TA 4N9EA 3LX9A 3VD7A 4MFEA 2A7RA 2QJGA 1S3HA 1FCQA 3ABRA 3EWZA 1T96A 3UWUA 2BRWA 4H4IA 4NJHA 1FXPA 1JJKA 2CIQA 4AF0A 1MXSA 1DQXA 4GUFA 3TJLA 5C2XA 1ONRA 1KTNA 4O28A 5HWNA 4LVGA 3Q37A 3VD9A 4BZHA 3NR0A 4DO6A 3OA3A 5HULA 3W87A 5AOUA 3IRDA 3CM4A 4M6QA 4CCDA 4MY8A 2JGYA 4LV4A 3MP5A 1WOAA 3DAQA 4JX4A 3PSVA 2RDWA 2Y6ZA 3ABOA 2VFIA 1JZ8A 3B0UX 4ICNA 1RQEA 3DKJA 5G4EA 4E2DA 5AFDA 2PRLA 3O6DA 2CU0A 2ZZ5A 2J9XA 2QKFA 2WCOA 5K7JA 3IGUA 5U7SA 4LT9A 3R12A 1NS2A 2I9EA 2B7NA 3NJVA 1KFBA 2H3BA 1TV5A 1FUYA 2C19A 1K7FA 1VQTA 2QDGA 4O8RA 2FLIA 3LCIA 5TBOA 2V81A 3PM6A 2ZFAA 4IUOA 3I7QA 1SSGA 1S5WA 1M7PA 2A7PA 2DJLA 1FDZA 3SFKA 2E09A 3K25A 5KTLA 1C8VA 3KX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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