The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
309
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structure length |
309
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Chain Sequence |
SLIYTITLNPAIDRLLFIRGELEKRKTNRVIKTEFDCGGKGLHVSGVLSKFGIKNEALGIAGSDNLDKLYAILKEKHINHDFLVEAGTSTRECFVVLSDDTNGSTMIPEAGFTVSQTNKDNLLKQIAKKVKKEDMVVIAGSPPPHYTLSDFKELLRTVKATGAFLGCDNSGEYLNLAVEMGVDFIKPNEDEVIAILDEKTNSLEENIRTLAEKIPYLVVSLGAKGSICAHNGKLYQVIPPKVQERNDTGAGDVFVGAFIAGLAMNMPITETLKVATGCSASKVMQQDSSSFDLEAAGKLKNQVSIIQLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of phosphofructokinase (lin2199) from Listeria innocua in complex with ATP at 1.6A
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Listeria innocua
|
| molecule keywords |
Lin2199 protein
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| total genus |
98
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| structure length |
309
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| sequence length |
309
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.-: |
| pdb deposition date | 2009-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B1R A; 1V1A A; 3CQD A; 3IBQ A; 3RSG A; 3RTE A; 4C5K A; 2YXU A; 3KEU A; 3UQ6 A; 3H49 A; 4K9C A; 4LBG A; 5C40 A; 4KBE A; 3OTX A; 2PKK A; 4S1I B; 3KZH A; 1TD2 A; 2FV7 A; 2A9Y A; 1RKD A; 4X8F A; 3UBO A; 1YGJ A; 2C4E A; 2PKM A; 3KTN A; 3MBH A; 2PKF A; 5CGE A; 2AWD A; 2I6B A; 4JKS A; 1U2X A; 3RQ6 A; 4KAD A; 1V1B A; 4C5L A; 1RFT A; 4K9I A; 3UMP A; 3H74 A; 3RTG A; 3B3L A; 5TRW A; 3RSF A; 5BYC A; 4KAN A; 5EY7 A; 3B1O A; 2NWH A; 4KAH A; 3RSQ A; 3HIC A; 2DDM A; 5B6A A; 4K8C A; 1UB0 A; 5TQI A; 3W4S A; 4DU5 A; 3IN1 A; 2JGV A; 4E8Y A; 1GC5 A; 2ABS A; 3B1P A; 4B8R A; 2Q5R A; 3RQ8 A; 3NBV A; 3RRJ A; 2QCV A; 3BF5 A; 3NL2 A; 2XTB A; 2HLZ A; 3GBU A; 3QAI A; 4S1I A; 1KYH A; 5C3Z A; 5BYE A; 5F0Z A; 2AJR A; 3UMO A; 3K5W A; 3LHX A; 5F11 A; 2F02 A; 1VK4 A; 3RQ5 A; 4EN4 A; 3I3Y A; 3RSS A; 4PVV A; 4K8T A; 3RT7 A; 3DZV A; 3JUL A; 4EBU A; 1ESJ A; 4S1H A; 3LOO A; 3N1C A; 1GQT A; 4XF6 A; 3RRB A; 3RTB A; 3RU3 A; 4N08 A; 4YL5 A; 3LJS A; 4K8K A; 3RS8 A; 1JXI A; 1YGK A; 3Q92 A; 2DCN A; 3RTA A; 2DDW A; 3RRE A; 3IKH A; 3NM3 A; 2AX3 A; 1LIK A; 2DDO A; 4B8S A; 1V19 A; 2HQQ A; 3RM5 A; 4E8Z A; 4LCA A; 3RU2 A; 3NL3 A; 3VAS A; 3Q1Y A; 3RQH A; 4E84 A; 1L2L A; 3B1Q A; 1UA4 A; 4DC3 A; 4K8P A; 4XDA A; 3K9E A; 3RTD A; 4LC4 A; 5EYN A; 5BYD A; 4C5M A; 3PZS A; 3NL5 A; 2QHP A; 3RY7 A; 1DGM A; 4EOH A; 1RFU A; 2AJP A; 1RK2 A; 1RKS A; 1LIO A; 2VAR A; 3NL6 A; 3RQQ A; 1TZ3 A; 1EKQ A; 3NC2 A; 3MBJ A; 4U7X A; 3RO4 A; 3PL2 A; 4KAL A; 4YWR A; 4O1G A; 4XF7 A; 1WYE A; 5COJ A; 3RQ2 A; 3RRF A; 1V1S A; 3RS9 A; 3DRW A; 4XCK A; 4EUM A; 1VI9 A; 3HPD A; 1LHR A; 1TYY A; 2HW1 A; 3FHX A; 1LII A; 1ESQ A; 1LHP A; 2R3B A; 3NCA A; 3UQ9 A; 5C3Y A; 2YXT A; 5CM5 A; 3RT9 A; 3FHY A; 4LBX A; 2A9Z A; 2AA0 A; 1VM7 A; 4JKU A; 5BYF A; 1EKK A; 4N09 A; 4JJP A; 3ZS7 A; 3RTC A; 3HYO A; 2AB8 A; 1TZ6 A; 3GO7 A; 3VAQ A; 4GM6 A; 3IQ0 A; 3GO6 A; 4K93 A; 1BX4 A; 2I5B A; 3RPH A; 1JXH A; 3NM1 A; 3EWM A; 3UQD A; 2I6A A; 1RKA A; 3BGK A; 4S1M A; 3QA2 A; 4E3A A; 1C3Q A; 2AFB A; 1YHJ A; 4UBE A; 3LKI A; 3KD6 A; 4WJM A; 4O1L A; 4E8W A; 2JG5 A; 1RFV A; 3RPZ A; 3NC9 A; 3NBW A; 2R3E A; 3B1N A; 3RQX A; 3UQE A; 4E69 A; 2PKN A; 3IE7 A; 5CGA A; 2F7K A; 2ABQ A; 4C5J A; 3IH0 A; 2V78 A; 2JG1 A; 2RBC A; 5C41 A; 1LIJ A; 4C5N A; 2C49 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H49 A; 4S1I B; 2A9Y A; 2C4E A; 2UUO A; 4QF5 A; 4KAD A; 4C5L A; 3B3L A; 4KAH A; 5B6A A; 2ABS A; 4B8R A; 3BF5 A; 2GC6 A; 2VOS A; 3NL2 A; 3QAI A; 5A5F A; 2JFH A; 2UAG A; 3HN7 A; 3RQ5 A; 1VK4 A; 5A5E A; 3RSS A; 4K8T A; 4EBU A; 4S1H A; 1GQT A; 4ZIY A; 3RS8 A; 3IKH A; 1V19 A; 3VAS A; 3Q1Y A; 4E84 A; 3K9E A; 3NL5 A; 1RKS A; 1LIO A; 1GQY A; 4KAL A; 3RS9 A; 3UMO A; 5COJ A; 3LK7 A; 3DRW A; 4EUM A; 1TYY A; 5C3Y A; 3NCA A; 2YXT A; 4QDI A; 4LBX A; 4JKU A; 3HYO A; 1BX4 A; 2I5B A; 3NM1 A; 1GQQ A; 2I6A A; 1RKA A; 1E8C A; 4E3A A; 1E0D A; 2AFB A; 4UBE A; 2JG5 A; 3NC9 A; 3UQE A; 4C5N A; 2C49 A; 1V1A A; 3CQD A; 3IBQ A; 2YXU A; 3UQ6 A; 1TD2 A; 4HV4 A; 4X8F A; 3MBH A; 5CGE A; 2AWD A; 2I6B A; 4JKS A; 1V1B A; 4K9I A; 3UMP A; 3RTG A; 5TRW A; 5EY7 A; 3B1O A; 3PYZ A; 3ZM5 A; 1UB0 A; 4DU5 A; 4E8Y A; 1GC5 A; 3B1P A; 2Q5R A; 2UUP A; 2HLZ A; 3NRS A; 1KYH A; 5C3Z A; 3LHX A; 2F02 A; 3ZM6 A; 4EN4 A; 4PVV A; 3DZV A; 4XF6 A; 3RTB A; 4N08 A; 4YL5 A; 3RTA A; 2DDW A; 1LIK A; 4B8S A; 4E8Z A; 1UA4 A; 3RTD A; 3PZS A; 2QHP A; 2VAR A; 3NL6 A; 3RQQ A; 1EKQ A; 3NC2 A; 3MBJ A; 4U7X A; 3RO4 A; 4YWR A; 1JBV A; 4XF7 A; 4XCK A; 1VI9 A; 1LII A; 2R3B A; 3UQ9 A; 2AA0 A; 1VM7 A; 1EKK A; 4N09 A; 3RTC A; 3VAQ A; 4GM6 A; 3IQ0 A; 3GO6 A; 4K93 A; 4CVM A; 1GG4 A; 1EEH A; 3BGK A; 1YHJ A; 1RFV A; 3RPZ A; 3NBW A; 2R3E A; 3B1N A; 4C5J A; 2V78 A; 2JG1 A; 2VTD A; 1P31 A; 3RSG A; 4K9C A; 5C40 A; 2F00 A; 4KBE A; 3OTX A; 2PKK A; 2FV7 A; 4CVK A; 1RKD A; 3HJ6 A; 3UBO A; 1YGJ A; 2PKF A; 2GC5 A; 1U2X A; 3RQ6 A; 1RFT A; 5BYC A; 3RSQ A; 4UAG A; 3IN1 A; 1J6U A; 3NBV A; 3GBU A; 4S1I A; 4BUC A; 2VOR A; 5BYE A; 5F0Z A; 2AJR A; 2GCB A; 5F11 A; 1ESJ A; 3RRB A; 3RU3 A; 3Q92 A; 1W78 A; 2AX3 A; 2AM2 A; 3EAG A; 1FGS A; 2Y68 A; 2HQQ A; 3RM5 A; 4LCA A; 3RQH A; 4DC3 A; 4K8P A; 1JBW A; 4LC4 A; 5BYD A; 1DGM A; 2Y67 A; 2AM1 A; 1TZ3 A; 3RRE A; 3RQ2 A; 3RRF A; 3PL2 A; 2WJP A; 4O1G A; 1V1S A; 1O5Z A; 2X5O A; 3HPD A; 2HW1 A; 3FHX A; 1ESQ A; 1LHP A; 3RT9 A; 3FHY A; 5BYF A; 3ZS7 A; 3QA2 A; 3KD6 A; 4WJM A; 2GCA A; 3RQX A; 4E69 A; 3IH0 A; 2RBC A; 1LIJ A; 1W7K A; 1UAG A; 3B1R A; 4C5K A; 3RTE A; 4CVL A; 3KEU A; 4LBG A; 3KZH A; 2PKM A; 3KTN A; 2Y66 A; 3H74 A; 3RSF A; 4KAN A; 2NWH A; 3HIC A; 2DDM A; 4K8C A; 5TQI A; 3W4S A; 4BUB A; 2JGV A; 3RRJ A; 1P3D A; 3RQ8 A; 2QCV A; 2XTB A; 3K5W A; 2VTE A; 3I3Y A; 3RT7 A; 3JUL A; 3LOO A; 3N1C A; 2JFG A; 3LJS A; 4K8K A; 1JXI A; 1YGK A; 2DCN A; 3NM3 A; 2DDO A; 2Y1O A; 3RU2 A; 3NL3 A; 1L2L A; 3B1Q A; 2XPC A; 4XDA A; 4C12 A; 3QCZ A; 5EYN A; 4C5M A; 3RY7 A; 4EOH A; 1RFU A; 2AJP A; 1RK2 A; 1WYE A; 2XJA A; 1LHR A; 3ZL8 A; 5CM5 A; 2A9Z A; 4JJP A; 2AB8 A; 1TZ6 A; 3GO7 A; 4C13 A; 3RPH A; 1JXH A; 3EWM A; 3N2A A; 3UQD A; 4S1M A; 3UAG A; 1C3Q A; 2JFF A; 3LKI A; 2WTZ A; 4O1L A; 4E8W A; 2PKN A; 3IE7 A; 5CGA A; 2F7K A; 2ABQ A; 5C41 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3B1R A; 1V1A A; 3CQD A; 3IBQ A; 3RSG A; 3RTE A; 4C5K A; 2YXU A; 3KEU A; 3UQ6 A; 3H49 A; 4K9C A; 4LBG A; 5C40 A; 4KBE A; 3OTX A; 2PKK A; 4S1I B; 3KZH A; 1TD2 A; 2FV7 A; 2A9Y A; 1RKD A; 3HJ6 A; 4X8F A; 3UBO A; 1YGJ A; 2C4E A; 2PKM A; 3KTN A; 3MBH A; 2PKF A; 5CGE A; 2AWD A; 2I6B A; 4JKS A; 1U2X A; 3RQ6 A; 4KAD A; 1V1B A; 4C5L A; 1RFT A; 4K9I A; 3UMP A; 3H74 A; 3RTG A; 3B3L A; 5TRW A; 3RSF A; 5BYC A; 4KAN A; 5EY7 A; 3B1O A; 2NWH A; 4KAH A; 3RSQ A; 3HIC A; 2DDM A; 5B6A A; 4K8C A; 1UB0 A; 5TQI A; 3W4S A; 4DU5 A; 3IN1 A; 2JGV A; 4E8Y A; 1GC5 A; 2ABS A; 3B1P A; 4B8R A; 2Q5R A; 3RQ8 A; 3NBV A; 3RRJ A; 2QCV A; 3BF5 A; 3NL2 A; 2XTB A; 2HLZ A; 3GBU A; 3QAI A; 4S1I A; 1KYH A; 5C3Z A; 5BYE A; 5F0Z A; 2AJR A; 3UMO A; 3K5W A; 3LHX A; 5F11 A; 2F02 A; 1VK4 A; 3RQ5 A; 4EN4 A; 3I3Y A; 3RSS A; 4PVV A; 4K8T A; 3RT7 A; 3DZV A; 3JUL A; 4EBU A; 1ESJ A; 4S1H A; 3LOO A; 3N1C A; 1GQT A; 4XF6 A; 3RRB A; 3RTB A; 3RU3 A; 4N08 A; 4YL5 A; 3LJS A; 4K8K A; 3RS8 A; 1JXI A; 1YGK A; 3Q92 A; 2DCN A; 3RTA A; 2DDW A; 3RRE A; 3IKH A; 3NM3 A; 2AX3 A; 1LIK A; 2DDO A; 4B8S A; 1V19 A; 2HQQ A; 3RM5 A; 4E8Z A; 4LCA A; 3RU2 A; 3NL3 A; 3VAS A; 3Q1Y A; 3RQH A; 4E84 A; 1L2L A; 3B1Q A; 1UA4 A; 4DC3 A; 4K8P A; 4XDA A; 3K9E A; 3RTD A; 4LC4 A; 5EYN A; 5BYD A; 4C5M A; 3PZS A; 3NL5 A; 2QHP A; 3RY7 A; 1DGM A; 4EOH A; 1RFU A; 2AJP A; 1RK2 A; 1RKS A; 1LIO A; 2VAR A; 3NL6 A; 3RQQ A; 1TZ3 A; 1EKQ A; 3NC2 A; 3MBJ A; 4U7X A; 3RO4 A; 3PL2 A; 4KAL A; 4YWR A; 4O1G A; 4XF7 A; 1WYE A; 5COJ A; 3RQ2 A; 3RRF A; 1V1S A; 3RS9 A; 3DRW A; 4XCK A; 4EUM A; 1VI9 A; 3HPD A; 1LHR A; 1TYY A; 2HW1 A; 3FHX A; 1LII A; 1ESQ A; 1LHP A; 2R3B A; 3NCA A; 3UQ9 A; 5C3Y A; 2YXT A; 5CM5 A; 3RT9 A; 3FHY A; 4LBX A; 2A9Z A; 2AA0 A; 1VM7 A; 4JKU A; 5BYF A; 1EKK A; 4N09 A; 4JJP A; 3ZS7 A; 3RTC A; 3HYO A; 2AB8 A; 1TZ6 A; 3GO7 A; 3VAQ A; 4GM6 A; 3IQ0 A; 3GO6 A; 4K93 A; 1BX4 A; 2I5B A; 3RPH A; 1JXH A; 3NM1 A; 3EWM A; 3UQD A; 2I6A A; 1RKA A; 3BGK A; 4S1M A; 3QA2 A; 4E3A A; 1C3Q A; 2AFB A; 1YHJ A; 4UBE A; 3LKI A; 3KD6 A; 4WJM A; 4O1L A; 4E8W A; 2JG5 A; 1RFV A; 3RPZ A; 3NC9 A; 3NBW A; 2R3E A; 3B1N A; 3RQX A; 3UQE A; 4E69 A; 2PKN A; 3IE7 A; 5CGA A; 2F7K A; 2ABQ A; 4C5J A; 3IH0 A; 2V78 A; 2JG1 A; 2RBC A; 5C41 A; 1LIJ A; 4C5N A; 2C49 A;
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