The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
241
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structure length |
231
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Chain Sequence |
KIPTLTIAGSDSSGGAGIQADLKTFSAIGTYGMSVITAITAQNTKGVFAVEDLNKKIIKKQIEAVFEDIPPRAVKIGMVSSPEIILEIVENLKKYNPKYLVVDPVMISKSGYYLLKPEAKENLIKYLIPLAYIITPNIPEAEEITGIKIHNVDDMKRVGEEILQLGPKFVLMKGGHLDGEAVDILVGKNIFKVYKSEGCTLSSAITSYLALGYEITEAVNLSKIYITEAIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
2.06 Angstrom resolution crystal structure of phosphomethylpyrimidine kinase (thiD)from Clostridium difficile 630
rcsb |
| molecule keywords |
Phosphomethylpyrimidine kinase
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Clostridium difficile
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| total genus |
78
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| structure length |
231
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| sequence length |
241
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.4.7: Phosphooxymethylpyrimidine kinase. |
| pdb deposition date | 2013-03-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08543 | Phos_pyr_kin | Phosphomethylpyrimidine kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JJP A; 3ZS7 A; 3RT7 A; 1V1A A; 4EBU A; 2AFB A; 3I3Y A; 4C5K A; 4K9I A; 5TRW A; 2C4E A; 3LKI A; 3CQD A; 3NC9 A; 3VAS A; 2PKM A; 1LII A; 2QCV A; 3NL3 A; 3PZS A; 4U7X A; 4KAD A; 3RRE A; 3RS8 A; 2RBC A; 3Q92 A; 3MBJ A; 2DDW A; 3RS9 A; 4E3A A; 3LJS A; 4DU5 A; 4E69 A; 3LOO A; 3H49 A; 1TZ6 A; 3B1Q A; 4XF6 A; 4KAH A; 3RQQ A; 1RKD A; 2YXT A; 1VK4 A; 3H74 A; 3RQH A; 4E8Y A; 2PKK A; 5F11 A; 4N09 A; 3BGK A; 4KBE A; 1GQT A; 2DDM A; 3IN1 A; 2FV7 A; 3KD6 A; 3KEU A; 4GM6 A; 3BF5 A; 3HYO A; 4YWR A; 3N1C A; 4K8K A; 3UMO A; 3UMP A; 1UA4 A; 3W4S A; 3NL6 A; 3RU3 A; 1JXI A; 4S1I A; 3RRF A; 4K8T A; 2Q5R A; 3UQ6 A; 5CGE A; 2AX3 A; 5C41 A; 4XF7 A; 4YL5 A; 3RTD A; 5BYF A; 3RPZ A; 3NM3 A; 3RPH A; 3RQ8 A; 3UQD A; 2AJP A; 1WYE A; 3RSQ A; 2PKF A; 1RKS A; 2VAR A; 3LHX A; 4JKU A; 2C49 A; 2XTB A; 3RTG A; 3IH0 A; 4S1M A; 4E84 A; 3OTX A; 3B3L A; 5BYD A; 4JKS A; 4C5N A; 3NC2 A; 1KYH A; 4KAL A; 3DRW A; 3IBQ A; 4WJM A; 4XCK A; 2R3E A; 3RO4 A; 3NBV A; 1GC5 A; 1YHJ A; 3NCA A; 4XDA A; 5CM5 A; 4B8S A; 2NWH A; 3DZV A; 1RFV A; 1L2L A; 3RY7 A; 1UB0 A; 3RM5 A; 2JGV A; 2I5B A; 4LC4 A; 2HW1 A; 2JG5 A; 2QHP A; 3K9E A; 3B1P A; 1YGJ A; 3RU2 A; 4EOH A; 3B1N A; 5TQI A; 1RFT A; 3GBU A; 3RRB A; 3UQ9 A; 4UBE A; 1RFU A; 4LBX A; 4EN4 A; 5C3Y A; 1JXH A; 1DGM A; 1V1B A; 1TZ3 A; 2DCN A; 4K9C A; 4K8P A; 4N08 A; 3RSF A; 3K5W A; 5CGA A; 3B1O A; 5EY7 A; 3HIC A; 3KTN A; 1BX4 A; 4X8F A; 5F0Z A; 5EYN A; 1C3Q A; 1RKA A; 2R3B A; 3IQ0 A; 3MBH A; 3RT9 A; 1RK2 A; 1U2X A; 3EWM A; 3RRJ A; 3PL2 A; 5C40 A; 3RTB A; 1TD2 A; 1LIK A; 2I6A A; 1VM7 A; 4C5J A; 5C3Z A; 3GO7 A; 4S1I B; 3UBO A; 2A9Y A; 4DC3 A; 3IE7 A; 2AA0 A; 3NBW A; 4O1L A; 3NL5 A; 3IKH A; 3RQ2 A; 2AWD A; 2F02 A; 3GO6 A; 1LIJ A; 2HQQ A; 1LIO A; 1EKQ A; 5BYE A; 4KAN A; 5B6A A; 1ESJ A; 3FHX A; 3Q1Y A; 1VI9 A; 4K93 A; 4PVV A; 3RQ5 A; 4S1H A; 3RQX A; 5BYC A; 4LCA A; 3RSS A; 1ESQ A; 3RTC A; 4C5M A; 2JG1 A; 3NM1 A; 1V1S A; 2F7K A; 3QA2 A; 2AB8 A; 4C5L A; 4EUM A; 4E8Z A; 2A9Z A; 2PKN A; 3VAQ A; 4LBG A; 2DDO A; 2YXU A; 5COJ A; 3B1R A; 2ABQ A; 3HPD A; 3RSG A; 3RTA A; 4E8W A; 3JUL A; 1EKK A; 1LHR A; 3KZH A; 1V19 A; 3NL2 A; 3RTE A; 2HLZ A; 2ABS A; 3RQ6 A; 2I6B A; 4B8R A; 1LHP A; 4O1G A; 1TYY A; 2V78 A; 3QAI A; 4K8C A; 3FHY A; 2AJR A; 3UQE A; 1YGK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JJP A; 1W78 A; 3LKI A; 3VAS A; 4KAD A; 4E3A A; 4CVK A; 1RKD A; 1UAG A; 1VK4 A; 4E8Y A; 2XJA A; 5F11 A; 3KEU A; 4YWR A; 3BF5 A; 3UMO A; 1W7K A; 3N1C A; 4K8K A; 4QF5 A; 4C13 A; 1UA4 A; 3W4S A; 3RRF A; 5C41 A; 4XF7 A; 3RTD A; 2UUP A; 3RPH A; 1WYE A; 4JKU A; 5BYD A; 4S1M A; 3OTX A; 2GC6 A; 3PYZ A; 4KAL A; 4XCK A; 2Y68 A; 5CM5 A; 1RFV A; 2F00 A; 2JGV A; 4EOH A; 5TQI A; 3NRS A; 4UBE A; 1RFU A; 1E8C A; 1JXH A; 2DCN A; 3RSF A; 3B1O A; 5EY7 A; 3N2A A; 5F0Z A; 5EYN A; 1C3Q A; 1GQQ A; 1RK2 A; 3PL2 A; 3RTB A; 1TD2 A; 1GG4 A; 2VOS A; 2A9Y A; 4DC3 A; 3NL5 A; 3IKH A; 3RQ2 A; 2F02 A; 1LIJ A; 2HQQ A; 1EEH A; 1EKQ A; 3Q1Y A; 4C5M A; 3NM1 A; 1P3D A; 2WJP A; 2YXU A; 1GQY A; 3RSG A; 1V19 A; 2ABS A; 1TYY A; 4BUC A; 3FHY A; 3UQE A; 4EBU A; 2C4E A; 3CQD A; 3NC9 A; 3RRE A; 3MBJ A; 3LJS A; 4E69 A; 3LOO A; 3RQQ A; 1JBW A; 3H74 A; 2AM1 A; 2PKK A; 1GQT A; 2FV7 A; 3HYO A; 3NL6 A; 4YL5 A; 5BYF A; 3RPZ A; 3RQ8 A; 3UQD A; 2AJP A; 3RSQ A; 2VAR A; 1RKS A; 1KYH A; 3DRW A; 1J6U A; 1GC5 A; 3NCA A; 1L2L A; 3RM5 A; 3K9E A; 3RRB A; 3GBU A; 3UQ9 A; 4LBX A; 4EN4 A; 5C3Y A; 1DGM A; 4K9C A; 4CVM A; 4N08 A; 3K5W A; 5CGA A; 4X8F A; 2R3B A; 1U2X A; 3EWM A; 1VM7 A; 4C5J A; 3QCZ A; 3UBO A; 3IE7 A; 2AA0 A; 4BUB A; 5BYE A; 1ESJ A; 4S1H A; 2VOR A; 2AB8 A; 4EUM A; 2PKN A; 2DDO A; 3RTA A; 3KZH A; 2JFG A; 2I6B A; 4B8R A; 4C12 A; 2V78 A; 1YGK A; 3ZS7 A; 3LK7 A; 2AFB A; 3I3Y A; 4K9I A; 5TRW A; 4ZIY A; 3HN7 A; 3NL3 A; 4U7X A; 3RS9 A; 2DDW A; 4HV4 A; 3H49 A; 1TZ6 A; 2UUO A; 4KAH A; 2YXT A; 3RQH A; 4N09 A; 3BGK A; 4KBE A; 2DDM A; 3KD6 A; 4GM6 A; 3RU3 A; 1O5Z A; 4K8T A; 2Q5R A; 2Y1O A; 2AX3 A; 5CGE A; 3NM3 A; 1E0D A; 1JBV A; 2PKF A; 2XTB A; 3RTG A; 2GC5 A; 3ZL8 A; 4C5N A; 3NC2 A; 3IBQ A; 4WJM A; 2R3E A; 3NBV A; 1YHJ A; 4B8S A; 2NWH A; 1UB0 A; 1FGS A; 2JG5 A; 2QHP A; 3EAG A; 3B1P A; 3B1N A; 1RFT A; 1V1B A; 1TZ3 A; 3HIC A; 3KTN A; 2X5O A; 2XPC A; 1BX4 A; 3MBH A; 3RRJ A; 2I6A A; 4S1I B; 4O1L A; 3NBW A; 2AWD A; 3GO6 A; 1LIO A; 3FHX A; 1VI9 A; 4K93 A; 3RQ5 A; 5BYC A; 3UAG A; 2JG1 A; 2F7K A; 3QA2 A; 4E8Z A; 2A9Z A; 3VAQ A; 5COJ A; 3B1R A; 4E8W A; 3JUL A; 3NL2 A; 3RQ6 A; 1LHP A; 4O1G A; 3RT7 A; 1V1A A; 4C5K A; 5A5F A; 2PKM A; 1LII A; 2QCV A; 3PZS A; 3RS8 A; 2RBC A; 3Q92 A; 4DU5 A; 3B1Q A; 4XF6 A; 2JFF A; 3IN1 A; 5A5E A; 3UMP A; 1JXI A; 4S1I A; 3UQ6 A; 3ZM5 A; 3LHX A; 2C49 A; 3IH0 A; 4E84 A; 1P31 A; 3B3L A; 4JKS A; 2GCB A; 3RO4 A; 4XDA A; 2Y66 A; 4CVL A; 3DZV A; 4QDI A; 3RY7 A; 2I5B A; 4LC4 A; 2HW1 A; 1YGJ A; 3RU2 A; 4K8P A; 2VTE A; 2UAG A; 4UAG A; 1RKA A; 3IQ0 A; 3RT9 A; 3ZM6 A; 5C40 A; 2GCA A; 2JFH A; 1LIK A; 2VTD A; 3HJ6 A; 5C3Z A; 3GO7 A; 2WTZ A; 2Y67 A; 4KAN A; 5B6A A; 4PVV A; 3RQX A; 4LCA A; 3RSS A; 1ESQ A; 3RTC A; 1V1S A; 4C5L A; 2AM2 A; 4LBG A; 3HPD A; 2ABQ A; 1EKK A; 1LHR A; 3RTE A; 2HLZ A; 4K8C A; 3QAI A; 2AJR A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4JJP A; 3ZS7 A; 3RT7 A; 1V1A A; 4EBU A; 2AFB A; 3I3Y A; 4C5K A; 4K9I A; 5TRW A; 2C4E A; 3LKI A; 3CQD A; 3NC9 A; 3VAS A; 2PKM A; 1LII A; 2QCV A; 3NL3 A; 3PZS A; 4U7X A; 4KAD A; 3RRE A; 3RS8 A; 2RBC A; 3Q92 A; 3MBJ A; 2DDW A; 3RS9 A; 4E3A A; 3LJS A; 4DU5 A; 4E69 A; 3LOO A; 3H49 A; 1TZ6 A; 3B1Q A; 4XF6 A; 4KAH A; 3RQQ A; 1RKD A; 2YXT A; 1VK4 A; 3H74 A; 3RQH A; 4E8Y A; 2PKK A; 5F11 A; 4N09 A; 3BGK A; 4KBE A; 1GQT A; 2DDM A; 3IN1 A; 2FV7 A; 3KD6 A; 3KEU A; 4GM6 A; 3BF5 A; 3HYO A; 4YWR A; 3N1C A; 4K8K A; 3UMO A; 3UMP A; 1UA4 A; 3W4S A; 3NL6 A; 3RU3 A; 1JXI A; 4S1I A; 3RRF A; 4K8T A; 2Q5R A; 3UQ6 A; 5CGE A; 2AX3 A; 5C41 A; 4XF7 A; 4YL5 A; 3RTD A; 5BYF A; 3RPZ A; 3NM3 A; 3RPH A; 3RQ8 A; 3UQD A; 2AJP A; 1WYE A; 3RSQ A; 2PKF A; 1RKS A; 2VAR A; 3LHX A; 4JKU A; 2C49 A; 2XTB A; 3RTG A; 3IH0 A; 4S1M A; 4E84 A; 3OTX A; 3B3L A; 5BYD A; 4JKS A; 4C5N A; 3NC2 A; 1KYH A; 4KAL A; 3DRW A; 3IBQ A; 4WJM A; 4XCK A; 2R3E A; 3RO4 A; 3NBV A; 1GC5 A; 1YHJ A; 3NCA A; 4XDA A; 5CM5 A; 4B8S A; 2NWH A; 3DZV A; 1RFV A; 1L2L A; 3RY7 A; 1UB0 A; 3RM5 A; 2JGV A; 2I5B A; 4LC4 A; 2HW1 A; 2JG5 A; 2QHP A; 3K9E A; 3B1P A; 1YGJ A; 3RU2 A; 4EOH A; 3B1N A; 5TQI A; 1RFT A; 3GBU A; 3RRB A; 3UQ9 A; 4UBE A; 1RFU A; 4LBX A; 4EN4 A; 5C3Y A; 1JXH A; 1DGM A; 1V1B A; 1TZ3 A; 2DCN A; 4K9C A; 4K8P A; 4N08 A; 3RSF A; 3K5W A; 5CGA A; 3B1O A; 5EY7 A; 3HIC A; 3KTN A; 1BX4 A; 4X8F A; 5F0Z A; 5EYN A; 1C3Q A; 1RKA A; 2R3B A; 3IQ0 A; 3MBH A; 3RT9 A; 1RK2 A; 1U2X A; 3EWM A; 3RRJ A; 3PL2 A; 5C40 A; 3RTB A; 1TD2 A; 1LIK A; 3HJ6 A; 2I6A A; 1VM7 A; 4C5J A; 5C3Z A; 3GO7 A; 4S1I B; 3UBO A; 2A9Y A; 4DC3 A; 3IE7 A; 2AA0 A; 3NBW A; 4O1L A; 3NL5 A; 3IKH A; 3RQ2 A; 2AWD A; 2F02 A; 3GO6 A; 1LIJ A; 2HQQ A; 1LIO A; 1EKQ A; 5BYE A; 4KAN A; 5B6A A; 1ESJ A; 3FHX A; 3Q1Y A; 1VI9 A; 4K93 A; 4PVV A; 3RQ5 A; 4S1H A; 3RQX A; 5BYC A; 4LCA A; 3RSS A; 1ESQ A; 3RTC A; 4C5M A; 2JG1 A; 3NM1 A; 1V1S A; 2F7K A; 3QA2 A; 2AB8 A; 4C5L A; 4EUM A; 4E8Z A; 2A9Z A; 2PKN A; 3VAQ A; 4LBG A; 2DDO A; 2YXU A; 5COJ A; 3B1R A; 2ABQ A; 3HPD A; 3RSG A; 3RTA A; 4E8W A; 3JUL A; 1EKK A; 1LHR A; 3KZH A; 1V19 A; 3NL2 A; 3RTE A; 2HLZ A; 2ABS A; 3RQ6 A; 2I6B A; 4B8R A; 1LHP A; 4O1G A; 1TYY A; 2V78 A; 3QAI A; 4K8C A; 3FHY A; 2AJR A; 3UQE A; 1YGK A;
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