The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
306
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structure length |
306
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Chain Sequence |
MNKLVVLGSVNADHVLQVPSFPRPGETLHGRNYQVIPGGKGANQAVAAARMQADVGFIACVGDDSFGINIRESFKLDGINTAGVKLQPNCPTGIAMIQVSDSGENSICISAEANAKLTAAAIEPDLAAIRDARYLLMQLETPLDGILKAAQEAKTAKTNVILNPAPARELPDELLKCVDLITPNETEAEVLTGITVYDDSSAQQAADALHCKGIEIVIITLGSKGVWLSQNGRGQRIPGFVVKATDTTAAGDTFNGALVTGLLQEMPLESAIKFAHAAAAISVTRFGAQTSIPTRAEVEAFLAEHS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Apo and Ligand
Bound Vibrio choleraeRibokinase (Vc-RK):
Role of Monovalent Cation Induced Activation
and Structural Flexibility in Sugar
Phosphorylation
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ribokinase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Vibrio cholerae serotype o1 (strain atcc 39541 / classical ogawa 395 / o395)
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| total genus |
66
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| structure length |
306
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| sequence length |
306
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.15: Ribokinase. |
| pdb deposition date | 2014-12-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C49 A; 3RU3 A; 4C5J A; 3RRE A; 4E8W A; 3NC9 A; 4LBX A; 3RM5 A; 3LHX A; 3UQ9 A; 3K9E A; 3VAQ A; 4KAD A; 4LC4 A; 4O1G A; 5F11 A; 4E84 A; 5TRW A; 3RPH A; 4JKS A; 4K8T A; 2JG5 A; 3GBU A; 1RFU A; 2XTB A; 3I3Y A; 2ABQ A; 1RKD A; 1VI9 A; 3Q92 A; 3IQ0 A; 2PKN A; 3KEU A; 2DDM A; 4UBE A; 4EUM A; 2YXT A; 3KTN A; 3NBW A; 2JG1 A; 3NL3 A; 3RQ6 A; 3RQH A; 3ZS7 A; 4B8R A; 2PKK A; 3B1N A; 3DRW A; 4K93 A; 5COJ A; 1YGK A; 1V1B A; 5EYN A; 1GQT A; 2YXU A; 1UB0 A; 4N08 A; 3B1Q A; 2VAR A; 2I5B A; 3RT7 A; 2PKF A; 2AB8 A; 3RTA A; 2RBC A; 1YGJ A; 5C40 A; 3UQ6 A; 3JUL A; 3KZH A; 2FV7 A; 3RSQ A; 3RTE A; 5F0Z A; 1YHJ A; 4E69 A; 1RK2 A; 2F7K A; 1BX4 A; 1GC5 A; 3VAS A; 4KAL A; 3RTC A; 3RSF A; 4LCA A; 3RPZ A; 4LBG A; 3RSS A; 3IH0 A; 1EKK A; 4C5M A; 2Q5R A; 2AJP A; 4B8S A; 1KYH A; 4JJP A; 4EOH A; 1TD2 A; 5BYD A; 1LII A; 4S1I B; 3RQQ A; 2C4E A; 1V1A A; 3LKI A; 3RQ8 A; 3W4S A; 2DDO A; 3PL2 A; 2DCN A; 5EY7 A; 3RTD A; 3QA2 A; 3DZV A; 3RRB A; 5CGA A; 1TYY A; 1LIJ A; 1C3Q A; 2QHP A; 3BGK A; 3IE7 A; 2JGV A; 3NCA A; 3NL2 A; 2HLZ A; 3RY7 A; 3HPD A; 1V19 A; 4DC3 A; 3RQ5 A; 4XDA A; 3GO7 A; 3NM1 A; 3RRF A; 5C3Z A; 2AA0 A; 5C41 A; 3UMP A; 2R3B A; 3HIC A; 4YWR A; 1LHP A; 3UBO A; 3B1P A; 1ESJ A; 2HW1 A; 1EKQ A; 2ABS A; 2AFB A; 2PKM A; 3H49 A; 3IKH A; 4C5N A; 5BYE A; 5BYF A; 3NC2 A; 1ESQ A; 1DGM A; 3IBQ A; 4KAH A; 4E3A A; 3K5W A; 1RFT A; 2I6B A; 3MBJ A; 1TZ3 A; 4K9I A; 3RRJ A; 4E8Y A; 4XCK A; 5CGE A; 3LJS A; 3MBH A; 3NBV A; 4K8C A; 1VK4 A; 1L2L A; 1LIO A; 2A9Y A; 3CQD A; 4DU5 A; 4U7X A; 3GO6 A; 4C5L A; 1RFV A; 2R3E A; 4X8F A; 3UQE A; 3RQX A; 1WYE A; 5BYC A; 5CM5 A; 1RKA A; 2A9Z A; 3FHY A; 4N09 A; 4C5K A; 3LOO A; 4WJM A; 4S1H A; 4S1I A; 5B6A A; 1VM7 A; 4XF6 A; 3OTX A; 1JXI A; 3B1O A; 1LHR A; 2I6A A; 3NL6 A; 3NM3 A; 3RSG A; 2AJR A; 2HQQ A; 4KAN A; 4S1M A; 1U2X A; 1JXH A; 4PVV A; 4YL5 A; 3RT9 A; 2NWH A; 4XF7 A; 3RS8 A; 4EN4 A; 4K8K A; 4K8P A; 3N1C A; 3HYO A; 3FHX A; 2V78 A; 3QAI A; 1LIK A; 4KBE A; 3PZS A; 4E8Z A; 3EWM A; 4O1L A; 3B1R A; 3RTB A; 3UQD A; 3BF5 A; 4EBU A; 3RO4 A; 2DDW A; 2AWD A; 4K9C A; 3B3L A; 3UMO A; 1UA4 A; 3Q1Y A; 3RS9 A; 2AX3 A; 2QCV A; 3IN1 A; 4JKU A; 5TQI A; 3RQ2 A; 3RTG A; 5C3Y A; 3KD6 A; 3RU2 A; 3NL5 A; 4GM6 A; 1TZ6 A; 3H74 A; 2F02 A; 1V1S A; 1RKS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5A5E A; 3PYZ A; 3VAQ A; 1GQY A; 4E84 A; 3RPH A; 4K8T A; 2ABQ A; 2XPC A; 4CVM A; 2DDM A; 2YXT A; 3RQH A; 3NL3 A; 3RQ6 A; 1YGK A; 1V1B A; 4N08 A; 2I5B A; 3RT7 A; 2AB8 A; 2UUP A; 2Y1O A; 1YGJ A; 4CVK A; 3VAS A; 4LCA A; 3RPZ A; 4LBG A; 3RSS A; 1W7K A; 2Q5R A; 4B8S A; 4UAG A; 1KYH A; 5BYD A; 2C4E A; 3W4S A; 1O5Z A; 3LKI A; 2DDO A; 2DCN A; 3NCA A; 1C3Q A; 2HLZ A; 4DC3 A; 3LK7 A; 4XDA A; 5C41 A; 3UMP A; 4YWR A; 3HIC A; 3QCZ A; 4ZIY A; 3H49 A; 5BYE A; 2ABS A; 1DGM A; 3IBQ A; 4E8Y A; 1JBV A; 4X8F A; 3RQX A; 3EAG A; 4WJM A; 5B6A A; 1VM7 A; 2I6A A; 4KAN A; 1UAG A; 2NWH A; 3RS8 A; 4EN4 A; 3N1C A; 3HYO A; 3ZM5 A; 4O1L A; 2DDW A; 1UA4 A; 3Q1Y A; 2JFH A; 3IN1 A; 5C3Y A; 3GO7 A; 2C49 A; 4BUB A; 4C13 A; 3UQ9 A; 1P3D A; 4CVL A; 4KAD A; 2JFF A; 4O1G A; 5TRW A; 1RFU A; 2XTB A; 2X5O A; 3Q92 A; 3IQ0 A; 2PKK A; 3DRW A; 5COJ A; 1GQT A; 2GCA A; 3JUL A; 2AM2 A; 2AM1 A; 3KZH A; 5F0Z A; 1YHJ A; 4E69 A; 4JJP A; 1LII A; 3QA2 A; 3DZV A; 5CGA A; 3NRS A; 2JGV A; 3NL2 A; 3HPD A; 3RQ5 A; 5C3Z A; 1ESJ A; 1EKQ A; 1GQQ A; 2PKM A; 5BYF A; 3NC2 A; 1TZ3 A; 5CGE A; 4XCK A; 3NBV A; 1VK4 A; 1LIO A; 3CQD A; 4C5L A; 2R3E A; 4QF5 A; 1WYE A; 1RKA A; 4C5K A; 4S1H A; 3NL6 A; 3NM3 A; 2AJR A; 2HQQ A; 1JXH A; 4PVV A; 1E0D A; 3RT9 A; 2V78 A; 3PZS A; 2WJP A; 2VOS A; 3RO4 A; 2AWD A; 3RQ2 A; 3KD6 A; 1EEH A; 4XF6 A; 2F02 A; 1LHP A; 3RU3 A; 2Y66 A; 4C5J A; 3RRE A; 4LBX A; 3RM5 A; 3K9E A; 4JKS A; 3GBU A; 1RKD A; 2PKN A; 3KEU A; 3ZS7 A; 2JG1 A; 4K93 A; 3RTA A; 2RBC A; 3UQ6 A; 1GG4 A; 3RSQ A; 3RTE A; 1RK2 A; 1BX4 A; 1GC5 A; 3RTC A; 3RSF A; 3IH0 A; 2AJP A; 2WTZ A; 4S1I B; 3RQQ A; 3RQ8 A; 3ZL8 A; 5EY7 A; 3RTD A; 1TYY A; 2JFG A; 3RY7 A; 1V19 A; 2AA0 A; 4C5N A; 2AFB A; 1ESQ A; 4KAH A; 4E3A A; 2VTD A; 3K5W A; 2I6B A; 3MBJ A; 4K9I A; 2Y68 A; 4K8C A; 1L2L A; 2A9Y A; 4DU5 A; 3GO6 A; 1RFV A; 3UQE A; 2GC6 A; 2A9Z A; 3LOO A; 4S1I A; 3OTX A; 1LHR A; 2XJA A; 1U2X A; 4XF7 A; 4K8P A; 3FHX A; 3QAI A; 4QDI A; 1LIK A; 3EWM A; 3RTB A; 4EBU A; 1FGS A; 4K9C A; 3UMO A; 5TQI A; 3RTG A; 3UAG A; 3NL5 A; 1V1S A; 4E8W A; 3NC9 A; 3LHX A; 2GC5 A; 2UAG A; 2GCB A; 4LC4 A; 5F11 A; 2JG5 A; 3I3Y A; 1VI9 A; 4UBE A; 4EUM A; 1E8C A; 3KTN A; 3NBW A; 4B8R A; 3B1N A; 5EYN A; 2YXU A; 1UB0 A; 3B1Q A; 2VAR A; 2PKF A; 3HJ6 A; 5C40 A; 2FV7 A; 2VOR A; 2F7K A; 4KAL A; 2UUO A; 4C12 A; 1EKK A; 4C5M A; 4EOH A; 1TD2 A; 1V1A A; 3PL2 A; 3RRB A; 1LIJ A; 3IE7 A; 2QHP A; 3BGK A; 1J6U A; 3NM1 A; 3RRF A; 2R3B A; 4HV4 A; 3UBO A; 3B1P A; 3IKH A; 2HW1 A; 1RFT A; 5A5F A; 3HN7 A; 3RRJ A; 3LJS A; 3MBH A; 1W78 A; 3N2A A; 4U7X A; 5BYC A; 5CM5 A; 3FHY A; 4N09 A; 1P31 A; 1JXI A; 3B1O A; 2VTE A; 3RSG A; 4S1M A; 4YL5 A; 4K8K A; 2F00 A; 4KBE A; 4E8Z A; 3B1R A; 2Y67 A; 3UQD A; 3BF5 A; 3B3L A; 3RS9 A; 2AX3 A; 4JKU A; 1JBW A; 3RU2 A; 4BUC A; 3ZM6 A; 4GM6 A; 1TZ6 A; 3H74 A; 2QCV A; 1RKS A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2C49 A; 3RU3 A; 4C5J A; 3RRE A; 4E8W A; 3NC9 A; 4LBX A; 3RM5 A; 3LHX A; 3UQ9 A; 3K9E A; 3VAQ A; 4KAD A; 4LC4 A; 4O1G A; 5F11 A; 4E84 A; 5TRW A; 3RPH A; 4JKS A; 4K8T A; 2JG5 A; 3GBU A; 1RFU A; 2XTB A; 3I3Y A; 2ABQ A; 1RKD A; 1VI9 A; 3Q92 A; 3IQ0 A; 2PKN A; 3KEU A; 2DDM A; 4UBE A; 4EUM A; 2YXT A; 3KTN A; 3NBW A; 2JG1 A; 3NL3 A; 3RQ6 A; 3RQH A; 3ZS7 A; 4B8R A; 2PKK A; 3B1N A; 3DRW A; 4K93 A; 5COJ A; 1YGK A; 1V1B A; 5EYN A; 1GQT A; 2YXU A; 1UB0 A; 4N08 A; 3B1Q A; 2VAR A; 2I5B A; 3RT7 A; 2PKF A; 2AB8 A; 3RTA A; 2RBC A; 3HJ6 A; 1YGJ A; 5C40 A; 3UQ6 A; 3JUL A; 3KZH A; 2FV7 A; 3RSQ A; 3RTE A; 5F0Z A; 1YHJ A; 4E69 A; 1RK2 A; 2F7K A; 1BX4 A; 1GC5 A; 3VAS A; 4KAL A; 3RTC A; 3RSF A; 4LCA A; 3RPZ A; 4LBG A; 3RSS A; 3IH0 A; 1EKK A; 4C5M A; 2Q5R A; 2AJP A; 4B8S A; 1KYH A; 4JJP A; 4EOH A; 1TD2 A; 5BYD A; 1LII A; 4S1I B; 3RQQ A; 2C4E A; 1V1A A; 3LKI A; 3RQ8 A; 3W4S A; 2DDO A; 3PL2 A; 2DCN A; 5EY7 A; 3RTD A; 3QA2 A; 3DZV A; 3RRB A; 5CGA A; 1TYY A; 1LIJ A; 1C3Q A; 2QHP A; 3BGK A; 3IE7 A; 2JGV A; 3NCA A; 3NL2 A; 2HLZ A; 3RY7 A; 3HPD A; 1V19 A; 4DC3 A; 3RQ5 A; 4XDA A; 3GO7 A; 3NM1 A; 3RRF A; 5C3Z A; 2AA0 A; 5C41 A; 3UMP A; 2R3B A; 3HIC A; 4YWR A; 1LHP A; 3UBO A; 3B1P A; 1ESJ A; 2HW1 A; 1EKQ A; 2ABS A; 2AFB A; 2PKM A; 3H49 A; 3IKH A; 4C5N A; 5BYE A; 5BYF A; 3NC2 A; 1ESQ A; 1DGM A; 3IBQ A; 4KAH A; 4E3A A; 3K5W A; 1RFT A; 2I6B A; 3MBJ A; 1TZ3 A; 4K9I A; 3RRJ A; 4E8Y A; 4XCK A; 5CGE A; 3LJS A; 3MBH A; 3NBV A; 4K8C A; 1VK4 A; 1L2L A; 1LIO A; 2A9Y A; 3CQD A; 4DU5 A; 4U7X A; 3GO6 A; 4C5L A; 1RFV A; 2R3E A; 4X8F A; 3UQE A; 3RQX A; 1WYE A; 5BYC A; 5CM5 A; 1RKA A; 2A9Z A; 3FHY A; 4N09 A; 4C5K A; 3LOO A; 4WJM A; 4S1H A; 4S1I A; 5B6A A; 1VM7 A; 4XF6 A; 3OTX A; 1JXI A; 3B1O A; 1LHR A; 2I6A A; 3NL6 A; 3NM3 A; 3RSG A; 2AJR A; 2HQQ A; 4KAN A; 4S1M A; 1U2X A; 1JXH A; 4PVV A; 4YL5 A; 3RT9 A; 2NWH A; 4XF7 A; 3RS8 A; 4EN4 A; 4K8K A; 4K8P A; 3N1C A; 3HYO A; 3FHX A; 2V78 A; 3QAI A; 1LIK A; 4KBE A; 3PZS A; 4E8Z A; 3EWM A; 4O1L A; 3B1R A; 3RTB A; 3UQD A; 3BF5 A; 4EBU A; 3RO4 A; 2DDW A; 2AWD A; 4K9C A; 3B3L A; 3UMO A; 1UA4 A; 3Q1Y A; 3RS9 A; 2AX3 A; 2QCV A; 3IN1 A; 4JKU A; 5TQI A; 3RQ2 A; 3RTG A; 5C3Y A; 3KD6 A; 3RU2 A; 3NL5 A; 4GM6 A; 1TZ6 A; 3H74 A; 2F02 A; 1V1S A; 1RKS A;
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