The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
310
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structure length |
306
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Chain Sequence |
GVDLGTENLYFQSMMHILSIGECMAELAPADLPGTYRLGFAGDTFNTAWYLARLRPESRISYFSAIGDDALSQQMRAAMSAAGIDGGGLRVIPGRTVGLYLITLRSFAYWRGQSAARELAGDADALAAAMARADVVYFSGITLAILDQCGRATLLRALAQARATGRTIAFDPNLRPRLWAGTGEMTETIMQGAAVSDIALPSFEDEAAWFGDAGPDATADRYARAGVRSVVVKNGPHAVHFLQDGRRGRVPVPPVAQVVDTTAAGDSFNAGLLDSVLAGQPLETAIAAAAALAGQVVQGKGALVEV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502312) from Oceanicola granulosus, with bound AMP/ADP crystal form I
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Oceanicola granulosus
|
| molecule keywords |
2-dehydro-3-deoxygluconokinase
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| total genus |
102
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| structure length |
306
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| sequence length |
310
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.45: 2-dehydro-3-deoxygluconokinase. |
| pdb deposition date | 2012-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00294 | PfkB | pfkB family carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4S1M A; 1U2X A; 1YGJ A; 2F7K A; 4K8K A; 2ABQ A; 4S1I A; 3RM5 A; 3RRB A; 4E69 A; 1JXH A; 1RFU A; 1L2L A; 2AFB A; 3MBJ A; 2AJP A; 2FV7 A; 3KEU A; 3B1N A; 3KTN A; 1LHP A; 4LBG A; 1ESJ A; 3N1C A; 3UQ6 A; 2DDM A; 3RTB A; 1LIO A; 3RQ6 A; 3DZV A; 3VAS A; 1DGM A; 3RS8 A; 1RKA A; 3NBW A; 3NC2 A; 4U7X A; 1RKS A; 4O1G A; 5C3Z A; 4LC4 A; 4S1I B; 2YXT A; 3W4S A; 1VI9 A; 4B8R A; 3JUL A; 4JKU A; 5COJ A; 5F0Z A; 4O1L A; 4E8Z A; 4JJP A; 2PKF A; 4K9C A; 3RPZ A; 3RU3 A; 1RFV A; 2C49 A; 4EUM A; 3IBQ A; 3RQH A; 4C5K A; 3PL2 A; 1YHJ A; 4XF7 A; 5BYC A; 1VK4 A; 3MBH A; 1V19 A; 2I6B A; 2HQQ A; 1JXI A; 3BF5 A; 3RQ8 A; 4K8T A; 3K9E A; 4C5M A; 4E3A A; 1VM7 A; 4PVV A; 2C4E A; 3I3Y A; 2PKM A; 3Q1Y A; 2A9Y A; 4KBE A; 3RT9 A; 3RTC A; 1ESQ A; 1TYY A; 3RS9 A; 3LHX A; 2YXU A; 5TQI A; 3UQE A; 3RSQ A; 4EN4 A; 3QA2 A; 4LCA A; 1RFT A; 5C3Y A; 3B1R A; 3HYO A; 1TZ6 A; 2AJR A; 2DCN A; 2V78 A; 4KAL A; 5EY7 A; 1C3Q A; 4KAH A; 5F11 A; 3RTE A; 3RRE A; 2VAR A; 2QHP A; 1YGK A; 4K8P A; 2I6A A; 3NL6 A; 2PKN A; 3OTX A; 3RSS A; 3RPH A; 1TZ3 A; 1LHR A; 1V1S A; 5BYD A; 3IE7 A; 3NBV A; 3LKI A; 2XTB A; 3NCA A; 3RQ2 A; 4C5J A; 3RSG A; 4XDA A; 3BGK A; 4K9I A; 5BYE A; 1EKQ A; 3FHY A; 3IH0 A; 3KZH A; 2AX3 A; 1UA4 A; 1GQT A; 3RQQ A; 3UBO A; 1RK2 A; 3ZS7 A; 3GO7 A; 3HIC A; 3IN1 A; 3VAQ A; 5CGA A; 2PKK A; 2QCV A; 4E84 A; 3FHX A; 5CGE A; 2DDO A; 1GC5 A; 4UBE A; 2A9Z A; 1V1B A; 2AB8 A; 3CQD A; 4N08 A; 5C41 A; 4N09 A; 4XCK A; 3LJS A; 2R3E A; 3RTD A; 4KAD A; 3PZS A; 3UQD A; 2JG5 A; 3GBU A; 3NL3 A; 5CM5 A; 3RT7 A; 1UB0 A; 4B8S A; 3NL2 A; 4EOH A; 2Q5R A; 4E8W A; 3B1P A; 3RRJ A; 2HW1 A; 3DRW A; 4YWR A; 3NC9 A; 3LOO A; 4K93 A; 4LBX A; 3KD6 A; 3Q92 A; 3IKH A; 3QAI A; 1KYH A; 3GO6 A; 5C40 A; 5B6A A; 2DDW A; 1LII A; 3RU2 A; 3HPD A; 2HLZ A; 3RY7 A; 1LIK A; 2JG1 A; 4EBU A; 3EWM A; 3H49 A; 4GM6 A; 4K8C A; 2AA0 A; 4S1H A; 5TRW A; 3RRF A; 4JKS A; 3RSF A; 2JGV A; 1WYE A; 3B3L A; 3K5W A; 3H74 A; 4YL5 A; 3NM1 A; 3RO4 A; 3RTG A; 4X8F A; 3RQ5 A; 3B1Q A; 1V1A A; 4DC3 A; 1LIJ A; 1EKK A; 2RBC A; 3RTA A; 2F02 A; 4DU5 A; 4WJM A; 3UMO A; 2NWH A; 5EYN A; 4C5L A; 3NM3 A; 3IQ0 A; 2I5B A; 4KAN A; 1TD2 A; 4C5N A; 3UQ9 A; 4E8Y A; 5BYF A; 3UMP A; 4XF6 A; 2R3B A; 2ABS A; 1RKD A; 1BX4 A; 2AWD A; 3B1O A; 3NL5 A; 3RQX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HV4 A; 2ABQ A; 4S1I A; 3RM5 A; 4E69 A; 1JXH A; 4BUC A; 3N2A A; 3MBJ A; 4LBG A; 4UAG A; 2DDM A; 3DZV A; 3VAS A; 3RS8 A; 1RKA A; 3NC2 A; 4O1G A; 2YXT A; 3W4S A; 5A5E A; 5COJ A; 4EUM A; 2PKF A; 2HQQ A; 3K9E A; 4E3A A; 4PVV A; 2WTZ A; 3RS9 A; 2JFG A; 5C3Y A; 2DCN A; 2V78 A; 4KAL A; 5F11 A; 2Y1O A; 2QHP A; 2PKN A; 1GQQ A; 3ZL8 A; 1V1S A; 3NBV A; 2XTB A; 3NCA A; 3KZH A; 2AX3 A; 3RQQ A; 5CGA A; 1RK2 A; 3GO7 A; 4QF5 A; 1V1B A; 4CVM A; 5C41 A; 1JBW A; 1W7K A; 4N09 A; 2R3E A; 4XCK A; 3RTD A; 3PZS A; 3NL2 A; 4K93 A; 1P31 A; 3IKH A; 3QAI A; 5C40 A; 2DDW A; 3RU2 A; 3RY7 A; 2JG1 A; 3UQE A; 3EWM A; 3RRF A; 5TRW A; 4JKS A; 3RSF A; 2JGV A; 1WYE A; 1O5Z A; 2WJP A; 4X8F A; 3RQ5 A; 4C13 A; 2RBC A; 4WJM A; 2Y68 A; 1E8C A; 2JFH A; 4E8Y A; 5BYF A; 3UMP A; 3RQX A; 1W78 A; 1RFU A; 1L2L A; 2FV7 A; 3KEU A; 3RQ6 A; 1DGM A; 5C3Z A; 4S1I B; 4B8R A; 3JUL A; 4O1L A; 4K9C A; 2GC6 A; 3RPZ A; 3RQH A; 4QDI A; 3PL2 A; 1YHJ A; 2I6B A; 2UAG A; 3BF5 A; 1UAG A; 3Q1Y A; 2A9Y A; 3LHX A; 3RSQ A; 4LCA A; 3B1R A; 3RTE A; 2F00 A; 2I6A A; 2AM1 A; 3RPH A; 1LHR A; 3QCZ A; 3LKI A; 3RQ2 A; 4C5J A; 2GC5 A; 3HN7 A; 3FHY A; 3IH0 A; 1UA4 A; 1GQT A; 4E84 A; 2DDO A; 1GC5 A; 4UBE A; 2AB8 A; 3ZM6 A; 3LJS A; 4KAD A; 3UQD A; 3RT7 A; 3GBU A; 2GCA A; 4E8W A; 2HW1 A; 3NRS A; 4LBX A; 3Q92 A; 3GO6 A; 5B6A A; 3HPD A; 3H49 A; 4GM6 A; 4K8C A; 5BYC A; 2X5O A; 3UAG A; 3RO4 A; 3RTG A; 1FGS A; 1V1A A; 4DC3 A; 2XPC A; 2F02 A; 3UMO A; 3UQ9 A; 4XF6 A; 1RKD A; 1BX4 A; 3RQ8 A; 3NL5 A; 5A5F A; 1U2X A; 1YGJ A; 2F7K A; 2XJA A; 3B1N A; 1LHP A; 1ESJ A; 3UQ6 A; 1LIO A; 1GQY A; 5F0Z A; 4E8Z A; 4JJP A; 2C49 A; 3IBQ A; 4C5K A; 4XF7 A; 1V19 A; 4C5M A; 2UUP A; 2C4E A; 3RT9 A; 4KBE A; 1ESQ A; 1TYY A; 5TQI A; 3HYO A; 1TZ6 A; 2AJR A; 4BUB A; 1C3Q A; 2VAR A; 2UUO A; 1YGK A; 4K8P A; 3NL6 A; 1TZ3 A; 3RSG A; 4K9I A; 5BYE A; 3HJ6 A; 3UBO A; 3HIC A; 2PKK A; 2QCV A; 5CGE A; 4N08 A; 1UB0 A; 4EOH A; 2Q5R A; 4C12 A; 3B1P A; 4YWR A; 3LOO A; 3KD6 A; 1KYH A; 1LII A; 4EBU A; 2HLZ A; 2AA0 A; 4S1H A; 4CVK A; 1J6U A; 3K5W A; 3H74 A; 1JBV A; 3RTA A; 4DU5 A; 5EYN A; 3NM3 A; 4KAN A; 1TD2 A; 3PYZ A; 2ABS A; 2GCB A; 2AWD A; 3B1O A; 4S1M A; 4K8K A; 3RRB A; 2VOR A; 2AFB A; 3EAG A; 2AJP A; 3KTN A; 3N1C A; 3RTB A; 2Y67 A; 3LK7 A; 3NBW A; 4U7X A; 1RKS A; 4LC4 A; 1VI9 A; 4JKU A; 4CVL A; 3RU3 A; 1RFV A; 1VK4 A; 3MBH A; 1JXI A; 4K8T A; 1VM7 A; 3I3Y A; 2PKM A; 4ZIY A; 3RTC A; 2YXU A; 4EN4 A; 3QA2 A; 1RFT A; 1E0D A; 5EY7 A; 4KAH A; 3RRE A; 1P3D A; 2JFF A; 3OTX A; 3RSS A; 1EEH A; 5BYD A; 3IE7 A; 4XDA A; 3BGK A; 1EKQ A; 3ZS7 A; 3VAQ A; 3IN1 A; 3FHX A; 2VOS A; 2A9Z A; 3CQD A; 2JG5 A; 3NL3 A; 4B8S A; 5CM5 A; 2VTD A; 1GG4 A; 3RRJ A; 2AM2 A; 3ZM5 A; 3DRW A; 3NC9 A; 1LIK A; 3B3L A; 4YL5 A; 3NM1 A; 3B1Q A; 1LIJ A; 1EKK A; 2VTE A; 2NWH A; 4C5L A; 3IQ0 A; 2I5B A; 2Y66 A; 4C5N A; 2R3B A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4S1M A; 1U2X A; 1YGJ A; 2F7K A; 4K8K A; 2ABQ A; 4S1I A; 3RM5 A; 3RRB A; 4E69 A; 1JXH A; 1RFU A; 1L2L A; 2AFB A; 3MBJ A; 2AJP A; 2FV7 A; 3KEU A; 3B1N A; 3KTN A; 1LHP A; 4LBG A; 1ESJ A; 3N1C A; 3UQ6 A; 2DDM A; 3RTB A; 1LIO A; 3RQ6 A; 3DZV A; 3VAS A; 1DGM A; 3RS8 A; 1RKA A; 3NBW A; 3NC2 A; 4U7X A; 1RKS A; 4O1G A; 5C3Z A; 4LC4 A; 4S1I B; 2YXT A; 3W4S A; 1VI9 A; 4B8R A; 3JUL A; 4JKU A; 5COJ A; 5F0Z A; 4O1L A; 4E8Z A; 4JJP A; 2PKF A; 4K9C A; 3RPZ A; 3RU3 A; 1RFV A; 2C49 A; 4EUM A; 3IBQ A; 3RQH A; 4C5K A; 3PL2 A; 1YHJ A; 4XF7 A; 5BYC A; 1VK4 A; 3MBH A; 1V19 A; 2I6B A; 2HQQ A; 1JXI A; 3BF5 A; 3RQ8 A; 4K8T A; 3K9E A; 4C5M A; 4E3A A; 1VM7 A; 4PVV A; 2C4E A; 3I3Y A; 2PKM A; 3Q1Y A; 2A9Y A; 4KBE A; 3RT9 A; 3RTC A; 1ESQ A; 1TYY A; 3RS9 A; 3LHX A; 2YXU A; 5TQI A; 3UQE A; 3RSQ A; 4EN4 A; 3QA2 A; 4LCA A; 1RFT A; 5C3Y A; 3B1R A; 3HYO A; 1TZ6 A; 2AJR A; 2DCN A; 2V78 A; 4KAL A; 5EY7 A; 1C3Q A; 4KAH A; 5F11 A; 3RTE A; 3RRE A; 2VAR A; 2QHP A; 1YGK A; 4K8P A; 2I6A A; 3NL6 A; 2PKN A; 3OTX A; 3RSS A; 3RPH A; 1TZ3 A; 1LHR A; 1V1S A; 5BYD A; 3IE7 A; 3NBV A; 3LKI A; 2XTB A; 3NCA A; 3RQ2 A; 4C5J A; 3RSG A; 4XDA A; 3BGK A; 4K9I A; 5BYE A; 1EKQ A; 3FHY A; 3IH0 A; 3KZH A; 2AX3 A; 1UA4 A; 1GQT A; 3HJ6 A; 3RQQ A; 1RK2 A; 3UBO A; 3GO7 A; 3HIC A; 3IN1 A; 3VAQ A; 3ZS7 A; 5CGA A; 2PKK A; 2QCV A; 4E84 A; 3FHX A; 5CGE A; 2DDO A; 1GC5 A; 4UBE A; 2A9Z A; 1V1B A; 2AB8 A; 3CQD A; 4N08 A; 5C41 A; 4N09 A; 4XCK A; 3LJS A; 2R3E A; 3RTD A; 4KAD A; 3PZS A; 3UQD A; 2JG5 A; 3GBU A; 3NL3 A; 5CM5 A; 3RT7 A; 1UB0 A; 4B8S A; 3NL2 A; 4EOH A; 2Q5R A; 4E8W A; 3B1P A; 3RRJ A; 2HW1 A; 3DRW A; 4YWR A; 3NC9 A; 3LOO A; 4K93 A; 4LBX A; 3KD6 A; 3Q92 A; 3IKH A; 3QAI A; 1KYH A; 3GO6 A; 5C40 A; 5B6A A; 2DDW A; 1LII A; 3RU2 A; 3HPD A; 2HLZ A; 3RY7 A; 1LIK A; 2JG1 A; 4EBU A; 3EWM A; 3H49 A; 4GM6 A; 4K8C A; 2AA0 A; 4S1H A; 5TRW A; 3RRF A; 4JKS A; 3RSF A; 2JGV A; 1WYE A; 3B3L A; 3K5W A; 3H74 A; 4YL5 A; 3NM1 A; 3RO4 A; 3RTG A; 4X8F A; 3RQ5 A; 3B1Q A; 1V1A A; 4DC3 A; 1LIJ A; 1EKK A; 2RBC A; 3RTA A; 2F02 A; 4DU5 A; 4WJM A; 3UMO A; 2NWH A; 5EYN A; 4C5L A; 3NM3 A; 3IQ0 A; 2I5B A; 4KAN A; 1TD2 A; 4C5N A; 3UQ9 A; 4E8Y A; 5BYF A; 3UMP A; 4XF6 A; 2R3B A; 2ABS A; 1RKD A; 1BX4 A; 2AWD A; 3B1O A; 3NL5 A; 3RQX A;
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