The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
286
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structure length |
278
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Chain Sequence |
MTKNVLSIQSHVVFGHAGNSAAVFPMRRLGVNVWPLNTVQFSNHTQYGHWTGGAIDATQMVELVDGIGAIGMLPRCDAVLSGYLGTPEQAQSVLEIVKAVKAANPRAWYFCDPVMEPGIQEFLVRTMPGVADAMAPNHTELQRLVGREIETLEEAVTACRELIARGPKLVLVKHLLDRNSPADRFNMLVVTEREAWMGQRPLYPFARQPVGVGDLTSAVFVARTLLGDSIRAAFEHTLAAVNAVVKATWQAGRYELELVAAQSEIAQPREWFDAWVGD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Pyridoxamine kinase PDXY from Burkholderia xenovorans
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Burkholderia xenovorans (strain lb400)
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| molecule keywords |
Pyridoxal kinase PdxY
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| total genus |
92
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| structure length |
278
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| sequence length |
286
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.35: Pyridoxal kinase. |
| pdb deposition date | 2016-10-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08543 | Phos_pyr_kin | Phosphomethylpyrimidine kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RKD A; 2QCV A; 2V78 A; 4O1L A; 3UBO A; 4K93 A; 3IH0 A; 3RM5 A; 1BX4 A; 1RK2 A; 2R3B A; 3H49 A; 3Q92 A; 1VI9 A; 3HYO A; 4UBE A; 3VAQ A; 4X8F A; 3RQ5 A; 3DZV A; 3MBH A; 3RU2 A; 2AB8 A; 1UA4 A; 2AJP A; 2PKN A; 3RTA A; 4GM6 A; 3RSG A; 3RSS A; 3NM3 A; 3RQ2 A; 1GQT A; 4KAH A; 1EKK A; 3H74 A; 2ABS A; 1UB0 A; 3GBU A; 3IE7 A; 4B8R A; 4JKS A; 2I6A A; 3VAS A; 3RQX A; 3NC9 A; 4E69 A; 1VK4 A; 3UQE A; 3RY7 A; 2JG5 A; 3KEU A; 3NL2 A; 1LIJ A; 1TZ6 A; 4YL5 A; 5TQI A; 3UQ9 A; 1V1B A; 1L2L A; 3RO4 A; 2C4E A; 3RTE A; 3QA2 A; 4LBG A; 3UMO A; 3RQQ A; 2C49 A; 2DDW A; 3B1R A; 4N08 A; 4B8S A; 3RPH A; 3B1N A; 4KBE A; 3PL2 A; 2ABQ A; 3EWM A; 4S1I A; 3RSF A; 3RTD A; 2YXU A; 3B3L A; 2F7K A; 3B1O A; 4C5M A; 3UQ6 A; 3HPD A; 4E84 A; 1RFU A; 4C5K A; 1TZ3 A; 3LKI A; 1YGJ A; 4K8K A; 4EOH A; 2I5B A; 2NWH A; 2A9Y A; 2FV7 A; 3MBJ A; 1YGK A; 3LOO A; 1LII A; 2I6B A; 4JKU A; 3W4S A; 5F0Z A; 5CM5 A; 3RRE A; 3GO6 A; 2XTB A; 2Q5R A; 4KAL A; 1YHJ A; 1KYH A; 1LIK A; 3N1C A; 3RTB A; 2HW1 A; 4KAD A; 4LCA A; 4WJM A; 3NM1 A; 4S1I B; 3BGK A; 3RU3 A; 1C3Q A; 3LHX A; 4PVV A; 3RSQ A; 3B1Q A; 2JGV A; 4YWR A; 2AX3 A; 1LIO A; 2A9Z A; 3B1P A; 4DU5 A; 4E8W A; 3BF5 A; 4O1G A; 4XF7 A; 3RQH A; 3NCA A; 2F02 A; 2HQQ A; 3RPZ A; 3RTG A; 2DDM A; 3QAI A; 2PKM A; 4S1M A; 5EY7 A; 1JXH A; 2DCN A; 4LBX A; 3RRF A; 4U7X A; 5EYN A; 4KAN A; 2YXT A; 3IN1 A; 2DDO A; 1WYE A; 4N09 A; 3NBV A; 4C5J A; 2AWD A; 4EBU A; 1RFV A; 3K5W A; 3RTC A; 3RRJ A; 4XF6 A; 3IKH A; 3Q1Y A; 4K9C A; 3RQ6 A; 3NL3 A; 3NL5 A; 1LHR A; 3UQD A; 1TYY A; 4K8C A; 1RKA A; 1GC5 A; 4JJP A; 3ZS7 A; 5BYF A; 3FHY A; 5BYE A; 2RBC A; 4S1H A; 3KD6 A; 3KZH A; 1EKQ A; 4K8T A; 3OTX A; 3UMP A; 5C3Z A; 4DC3 A; 3JUL A; 3CQD A; 3NL6 A; 5C40 A; 5CGE A; 3RT9 A; 3HIC A; 4E8Y A; 1V1A A; 3NC2 A; 3LJS A; 3RRB A; 3RS8 A; 5BYD A; 1V1S A; 5C3Y A; 4K8P A; 1VM7 A; 1V19 A; 1U2X A; 3DRW A; 1ESJ A; 3RQ8 A; 4XDA A; 1DGM A; 5F11 A; 1ESQ A; 2AA0 A; 4EUM A; 3FHX A; 4XCK A; 2PKK A; 3I3Y A; 2VAR A; 3KTN A; 4E8Z A; 2QHP A; 2AJR A; 1JXI A; 4EN4 A; 1RFT A; 4LC4 A; 3GO7 A; 1RKS A; 5CGA A; 4C5N A; 2HLZ A; 1LHP A; 3PZS A; 5C41 A; 3NBW A; 4E3A A; 2JG1 A; 5COJ A; 4C5L A; 1TD2 A; 2AFB A; 5BYC A; 4K9I A; 2PKF A; 5B6A A; 3RS9 A; 3IBQ A; 3K9E A; 5TRW A; 2R3E A; 3RT7 A; 3IQ0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UBO A; 1RK2 A; 3VAQ A; 4QDI A; 3MBH A; 3RQ2 A; 1EKK A; 4BUC A; 1UAG A; 4CVK A; 3UQE A; 3RY7 A; 5TQI A; 1V1B A; 1L2L A; 3UMO A; 4LBG A; 2UUP A; 3B1R A; 1GQY A; 4KBE A; 3EWM A; 4C5M A; 3B3L A; 4EOH A; 1TZ3 A; 4K8K A; 2A9Y A; 2I6B A; 2Y66 A; 4CVL A; 1LIK A; 3UAG A; 4LCA A; 3QCZ A; 4S1I B; 2VOS A; 4ZIY A; 3B1Q A; 2JFG A; 2A9Z A; 2F02 A; 3QAI A; 2PKM A; 5EY7 A; 1JXH A; 2DCN A; 2DDO A; 1J6U A; 3LK7 A; 1RFV A; 3RTC A; 2GC5 A; 3Q1Y A; 3RQ6 A; 3NL3 A; 3NL5 A; 3UQD A; 1GQQ A; 5BYF A; 3FHY A; 3KD6 A; 1FGS A; 3OTX A; 3UMP A; 5C3Z A; 3HIC A; 1V1A A; 5BYD A; 5A5E A; 1U2X A; 3FHX A; 3I3Y A; 2VAR A; 1RFT A; 1O5Z A; 2XJA A; 1LHP A; 2AFB A; 2UUO A; 4K9I A; 4HV4 A; 2PKF A; 3IBQ A; 3K9E A; 3IQ0 A; 4QF5 A; 1RKD A; 3EAG A; 2V78 A; 4O1L A; 1GG4 A; 1VI9 A; 2Y68 A; 4X8F A; 4EBU A; 2PKN A; 3RSG A; 4KAH A; 1UB0 A; 3RQX A; 4E69 A; 1LIJ A; 4YL5 A; 3RO4 A; 3QA2 A; 1E8C A; 3RPH A; 3PL2 A; 3LKI A; 1YGJ A; 2FV7 A; 3LOO A; 5A5F A; 2XTB A; 2Q5R A; 4KAL A; 1KYH A; 3N1C A; 2HW1 A; 3NM1 A; 3RU3 A; 3ZL8 A; 3LHX A; 1W7K A; 1LIO A; 4E8W A; 4DU5 A; 4O1G A; 3RPZ A; 4S1M A; 2XPC A; 5EYN A; 4KAN A; 4C13 A; 1WYE A; 3NBV A; 4C5J A; 2AWD A; 4XF6 A; 4K9C A; 2JFF A; 3ZS7 A; 1RKA A; 1GC5 A; 4JJP A; 5BYE A; 2RBC A; 4S1H A; 3KZH A; 1EKQ A; 4K8T A; 4DC3 A; 3NL6 A; 5C40 A; 4E8Y A; 3NC2 A; 5C3Y A; 3LJS A; 3RRB A; 3RS8 A; 1V1S A; 3RQ8 A; 1DGM A; 3HN7 A; 1EEH A; 2AA0 A; 2PKK A; 3KTN A; 1JBW A; 4EN4 A; 4LC4 A; 3GO7 A; 5CGA A; 2HLZ A; 3PZS A; 3NBW A; 1TD2 A; 2UAG A; 3RS9 A; 2VTE A; 3RT7 A; 2GCB A; 4CVM A; 2QCV A; 4K93 A; 3IH0 A; 3RM5 A; 1BX4 A; 3H49 A; 3HYO A; 3RQ5 A; 3RU2 A; 2AB8 A; 2AJP A; 1UA4 A; 3RTA A; 4GM6 A; 3RSS A; 3NM3 A; 3HJ6 A; 2VOR A; 2ABS A; 3GBU A; 4JKS A; 2JG5 A; 3NL2 A; 3RTE A; 2C4E A; 2C49 A; 4N08 A; 3B1N A; 2ABQ A; 3UQ6 A; 1RFU A; 4C5K A; 2NWH A; 3MBJ A; 3NRS A; 2F00 A; 1LII A; 5CM5 A; 3RRE A; 1YHJ A; 4KAD A; 2AM2 A; 2WJP A; 3BGK A; 4PVV A; 2JGV A; 4YWR A; 3B1P A; 3NCA A; 2HQQ A; 3RTG A; 3ZM6 A; 3RRF A; 4U7X A; 3IN1 A; 4BUB A; 1LHR A; 4K8C A; 3N2A A; 3CQD A; 3RT9 A; 1VM7 A; 1V19 A; 3DRW A; 1E0D A; 2X5O A; 4E3A A; 2JG1 A; 4C12 A; 4C5L A; 3ZM5 A; 2R3E A; 2JFH A; 3Q92 A; 2R3B A; 3DZV A; 1GQT A; 3H74 A; 3IE7 A; 4B8R A; 2I6A A; 3VAS A; 3NC9 A; 1VK4 A; 2AM1 A; 3KEU A; 1TZ6 A; 3UQ9 A; 3RQQ A; 2DDW A; 4B8S A; 4S1I A; 3RTD A; 3RSF A; 2YXU A; 2F7K A; 3B1O A; 3HPD A; 4E84 A; 2I5B A; 1YGK A; 4JKU A; 3W4S A; 5F0Z A; 3GO6 A; 3RTB A; 4WJM A; 1P31 A; 1C3Q A; 3RSQ A; 2WTZ A; 2GC6 A; 2AX3 A; 1P3D A; 3BF5 A; 3RQH A; 4XF7 A; 2DDM A; 4LBX A; 2YXT A; 4N09 A; 1W78 A; 3K5W A; 3RRJ A; 4UAG A; 3IKH A; 1TYY A; 1JBV A; 3JUL A; 5CGE A; 2Y1O A; 4K8P A; 1ESJ A; 4XDA A; 5F11 A; 1ESQ A; 4EUM A; 2VTD A; 4E8Z A; 3PYZ A; 4XCK A; 2QHP A; 2AJR A; 2Y67 A; 1JXI A; 1RKS A; 2GCA A; 4C5N A; 5C41 A; 5COJ A; 5B6A A; 4UBE A; 5TRW A; 5BYC A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1RKD A; 2QCV A; 2V78 A; 4O1L A; 3UBO A; 4K93 A; 3IH0 A; 3RM5 A; 1BX4 A; 1RK2 A; 2R3B A; 3H49 A; 3Q92 A; 1VI9 A; 3HYO A; 4UBE A; 3VAQ A; 4X8F A; 3RQ5 A; 3DZV A; 3MBH A; 3RU2 A; 2AB8 A; 1UA4 A; 2AJP A; 2PKN A; 3RTA A; 4GM6 A; 3RSG A; 3RSS A; 3NM3 A; 3RQ2 A; 1GQT A; 3HJ6 A; 4KAH A; 1EKK A; 3H74 A; 2ABS A; 1UB0 A; 3GBU A; 3IE7 A; 4B8R A; 4JKS A; 2I6A A; 3VAS A; 3RQX A; 3NC9 A; 4E69 A; 1VK4 A; 3UQE A; 3RY7 A; 2JG5 A; 3KEU A; 3NL2 A; 1LIJ A; 1TZ6 A; 4YL5 A; 5TQI A; 3UQ9 A; 1V1B A; 1L2L A; 3RO4 A; 2C4E A; 3RTE A; 3QA2 A; 4LBG A; 3UMO A; 3RQQ A; 2C49 A; 2DDW A; 3B1R A; 4N08 A; 4B8S A; 3RPH A; 3B1N A; 4KBE A; 3PL2 A; 2ABQ A; 3EWM A; 4S1I A; 3RSF A; 3RTD A; 2YXU A; 3B3L A; 2F7K A; 3B1O A; 4C5M A; 3UQ6 A; 3HPD A; 4E84 A; 1RFU A; 4C5K A; 1TZ3 A; 3LKI A; 1YGJ A; 4K8K A; 4EOH A; 2I5B A; 2NWH A; 2A9Y A; 2FV7 A; 3MBJ A; 1YGK A; 3LOO A; 1LII A; 2I6B A; 4JKU A; 3W4S A; 5F0Z A; 5CM5 A; 3RRE A; 3GO6 A; 2XTB A; 2Q5R A; 4KAL A; 1YHJ A; 1KYH A; 1LIK A; 3N1C A; 3RTB A; 2HW1 A; 4KAD A; 4LCA A; 4WJM A; 3NM1 A; 4S1I B; 3BGK A; 3RU3 A; 1C3Q A; 3LHX A; 4PVV A; 3RSQ A; 3B1Q A; 2JGV A; 4YWR A; 2AX3 A; 1LIO A; 2A9Z A; 3B1P A; 4DU5 A; 4E8W A; 3BF5 A; 4O1G A; 4XF7 A; 3RQH A; 3NCA A; 2F02 A; 2HQQ A; 3RPZ A; 3RTG A; 2DDM A; 3QAI A; 2PKM A; 4S1M A; 5EY7 A; 1JXH A; 2DCN A; 4LBX A; 3RRF A; 4U7X A; 5EYN A; 4KAN A; 2YXT A; 3IN1 A; 2DDO A; 1WYE A; 4N09 A; 3NBV A; 4C5J A; 2AWD A; 4EBU A; 1RFV A; 3K5W A; 3RTC A; 3RRJ A; 4XF6 A; 3IKH A; 3Q1Y A; 4K9C A; 3RQ6 A; 3NL3 A; 3NL5 A; 1LHR A; 3UQD A; 1TYY A; 4K8C A; 1RKA A; 1GC5 A; 4JJP A; 3ZS7 A; 5BYF A; 3FHY A; 5BYE A; 2RBC A; 4S1H A; 3KD6 A; 3KZH A; 1EKQ A; 4K8T A; 3OTX A; 3UMP A; 5C3Z A; 4DC3 A; 3JUL A; 3CQD A; 3NL6 A; 5C40 A; 5CGE A; 3RT9 A; 3HIC A; 4E8Y A; 1V1A A; 3NC2 A; 3LJS A; 3RRB A; 3RS8 A; 5BYD A; 1V1S A; 5C3Y A; 4K8P A; 1VM7 A; 1V19 A; 1U2X A; 3DRW A; 1ESJ A; 3RQ8 A; 4XDA A; 1DGM A; 5F11 A; 1ESQ A; 2AA0 A; 4EUM A; 3FHX A; 4XCK A; 2PKK A; 3I3Y A; 2VAR A; 3KTN A; 4E8Z A; 2QHP A; 2AJR A; 1JXI A; 4EN4 A; 1RFT A; 4LC4 A; 3GO7 A; 1RKS A; 5CGA A; 4C5N A; 2HLZ A; 1LHP A; 3PZS A; 5C41 A; 3NBW A; 4E3A A; 2JG1 A; 5COJ A; 4C5L A; 1TD2 A; 2AFB A; 5BYC A; 4K9I A; 2PKF A; 5B6A A; 3RS9 A; 3IBQ A; 3K9E A; 5TRW A; 2R3E A; 3RT7 A; 3IQ0 A;
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