The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
288
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structure length |
288
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Chain Sequence |
MPRTPHLLAIQSHVVFGHAGNAAAVFPMQRIGINVWPLNTVQFSNHTQYGRWTGQVLPPEQIPALVDGIAGIGELGNCDAVLSGYLGSAAQGRAILDVVARIKQANPRALYLCDPVMGHPEKGCIVAPEVSDFLLEEAAAVADYLCPNQLELDSFCDRQPNSLADCVEMARSLLARGPRAILVKHLNYPGKAGDTFEMLLVAADQAWHLQRPLLAFPRQPVGVGDLASGLFLSRLLLGDDLRNAFEFTGAAVHEVLLETQACGSYELELVRAQDRIAHPRVRFDAVRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure and catalytic mechanism of pyridoxal kinase from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228)
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| molecule keywords |
Pyridoxal kinase PdxY
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| total genus |
92
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| structure length |
288
|
| sequence length |
288
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| ec nomenclature |
ec
2.7.1.35: Pyridoxal kinase. |
| pdb deposition date | 2016-05-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08543 | Phos_pyr_kin | Phosphomethylpyrimidine kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VAR A; 3UQ6 A; 4EBU A; 5F11 A; 3PL2 A; 4U7X A; 5EY7 A; 5C3Z A; 3W4S A; 4O1G A; 3RPH A; 1EKK A; 2A9Z A; 3NC9 A; 3RT9 A; 3Q92 A; 3KEU A; 2JG1 A; 3B1Q A; 5BYD A; 1LIK A; 4C5N A; 4KAH A; 5TQI A; 5CGA A; 2NWH A; 2QCV A; 3UQD A; 2V78 A; 3BGK A; 4LCA A; 1YHJ A; 3HIC A; 3RQX A; 3RS8 A; 2AFB A; 3DZV A; 1UA4 A; 3LOO A; 3NL2 A; 4S1M A; 1GC5 A; 3IQ0 A; 3PZS A; 4KAN A; 3UQ9 A; 4JKU A; 3RU2 A; 3QAI A; 3VAS A; 2ABS A; 3RQ5 A; 4KBE A; 2PKM A; 3RRF A; 2HQQ A; 3RY7 A; 2A9Y A; 1DGM A; 3NL6 A; 1TZ3 A; 2C49 A; 1RFT A; 4LBX A; 3RS9 A; 4LBG A; 3RTG A; 3QA2 A; 1BX4 A; 2YXT A; 3I3Y A; 4KAL A; 5EYN A; 4JKS A; 5TRW A; 5COJ A; 2F02 A; 4XF7 A; 4B8S A; 2AB8 A; 3LJS A; 3Q1Y A; 4O1L A; 3RPZ A; 1LIJ A; 3CQD A; 3RQ6 A; 3GO7 A; 3RQQ A; 3UQE A; 2JG5 A; 3RSG A; 2ABQ A; 4E84 A; 5BYC A; 1VK4 A; 2I6B A; 3B1P A; 4YWR A; 3RQ2 A; 3RTE A; 1V1B A; 1U2X A; 1LHR A; 4S1I B; 5CM5 A; 4C5L A; 3IKH A; 2HW1 A; 1EKQ A; 3IH0 A; 4S1H A; 3HPD A; 3RRE A; 1RFV A; 3UBO A; 4C5M A; 2PKN A; 2QHP A; 2DDW A; 2PKF A; 1LII A; 3B3L A; 4K8P A; 4N09 A; 4GM6 A; 3RSQ A; 3RTD A; 4K9I A; 4PVV A; 1V19 A; 5C40 A; 3RRJ A; 3RQ8 A; 1RFU A; 1TYY A; 1YGK A; 4XCK A; 3RO4 A; 3GO6 A; 2DDO A; 5BYF A; 4K8K A; 2I6A A; 1RKD A; 4X8F A; 1ESQ A; 1V1A A; 4E8Y A; 3HYO A; 1ESJ A; 3NBW A; 2DDM A; 2YXU A; 3RTC A; 4B8R A; 1YGJ A; 3NL5 A; 3GBU A; 3RRB A; 3LHX A; 5F0Z A; 3RTB A; 4E69 A; 2R3B A; 3IBQ A; 3NCA A; 3B1R A; 2PKK A; 3RM5 A; 3ZS7 A; 3H74 A; 4UBE A; 3LKI A; 3NL3 A; 4EN4 A; 1TZ6 A; 2AA0 A; 3N1C A; 3OTX A; 2AX3 A; 4C5K A; 2C4E A; 4K9C A; 2DCN A; 2RBC A; 4LC4 A; 1TD2 A; 5C41 A; 1GQT A; 3VAQ A; 3RU3 A; 3FHY A; 3KZH A; 4DC3 A; 2R3E A; 4K93 A; 1RK2 A; 2AJP A; 4KAD A; 3H49 A; 1JXI A; 3JUL A; 1RKA A; 3EWM A; 3RT7 A; 4N08 A; 3IN1 A; 2Q5R A; 5BYE A; 1L2L A; 3IE7 A; 5CGE A; 3RTA A; 1UB0 A; 3KD6 A; 3DRW A; 3RSF A; 4E8W A; 1LHP A; 2XTB A; 3MBJ A; 4YL5 A; 3K5W A; 4S1I A; 3NM1 A; 3UMO A; 4K8T A; 2AWD A; 5C3Y A; 1VI9 A; 3FHX A; 4XDA A; 1C3Q A; 1JXH A; 4EOH A; 3BF5 A; 4JJP A; 4E3A A; 2FV7 A; 4C5J A; 2F7K A; 4XF6 A; 2HLZ A; 3NM3 A; 5B6A A; 3MBH A; 3UMP A; 4EUM A; 1V1S A; 3K9E A; 4WJM A; 3B1O A; 4K8C A; 3RQH A; 4E8Z A; 1WYE A; 1RKS A; 3RSS A; 2JGV A; 4DU5 A; 2I5B A; 3NBV A; 3NC2 A; 1LIO A; 3KTN A; 2AJR A; 1VM7 A; 3B1N A; 1KYH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EY7 A; 5C3Z A; 3RPH A; 1EKK A; 2A9Z A; 3RT9 A; 2QCV A; 2AFB A; 3LOO A; 4S1M A; 4KAN A; 4JKU A; 2ABS A; 3RQ5 A; 4KBE A; 3RRF A; 2A9Y A; 3NL6 A; 1TZ3 A; 2C49 A; 1RFT A; 4LBG A; 3QA2 A; 4XF7 A; 3LJS A; 3UAG A; 2GC6 A; 2ABQ A; 3RQ2 A; 2GC5 A; 3RTE A; 2HW1 A; 1EKQ A; 4C5M A; 4K8P A; 1E0D A; 2GCA A; 2F00 A; 1TYY A; 3RO4 A; 2DDO A; 4QDI A; 4E8Y A; 3HYO A; 3RTC A; 4CVK A; 1YGJ A; 3NCA A; 3B1R A; 1J6U A; 2PKK A; 3NL3 A; 4EN4 A; 3OTX A; 4C5K A; 2X5O A; 2RBC A; 1GQT A; 3VAQ A; 3RU3 A; 4K93 A; 1RK2 A; 2Y1O A; 3FHX A; 4C13 A; 2F7K A; 3NM3 A; 2Y68 A; 1LIO A; 1P31 A; 2VOR A; 3ZM5 A; 5F11 A; 4U7X A; 4O1G A; 3Q92 A; 5BYD A; 2JG1 A; 4KAH A; 3UQD A; 3RS8 A; 3VAS A; 3UQ9 A; 3RU2 A; 1UAG A; 2PKM A; 3HJ6 A; 3I3Y A; 4KAL A; 3ZL8 A; 2F02 A; 2AB8 A; 3Q1Y A; 4O1L A; 3CQD A; 3RQ6 A; 2JG5 A; 3RSG A; 2I6B A; 3B1P A; 3HPD A; 1RFV A; 2Y67 A; 2QHP A; 2VOS A; 4K9I A; 4XCK A; 3GO6 A; 5BYF A; 4K8K A; 1JBV A; 2YXU A; 3NL5 A; 4BUC A; 3LHX A; 1P3D A; 3ZS7 A; 4UBE A; 3LKI A; 2UUO A; 1O5Z A; 4LC4 A; 4C12 A; 3KZH A; 2R3E A; 4KAD A; 3H49 A; 3IN1 A; 4QF5 A; 1UB0 A; 3KD6 A; 4E8W A; 1LHP A; 3K5W A; 2AWD A; 5C3Y A; 2XJA A; 2UUP A; 1GG4 A; 2HLZ A; 5B6A A; 3MBH A; 2WJP A; 3UMP A; 3K9E A; 4WJM A; 4HV4 A; 4K8C A; 3RQH A; 4E8Z A; 1WYE A; 2JGV A; 4DU5 A; 2JFH A; 3NBV A; 2WTZ A; 3UQ6 A; 4EBU A; 3PL2 A; 3W4S A; 3NC9 A; 3B1Q A; 5CGA A; 2NWH A; 1EEH A; 1YHJ A; 3HIC A; 3NL2 A; 3PZS A; 1DGM A; 3RTG A; 4LBX A; 2YXT A; 2VTE A; 5TRW A; 1W7K A; 1GQQ A; 1LIJ A; 3GO7 A; 3UQE A; 4E84 A; 3QCZ A; 1FGS A; 3HN7 A; 4YWR A; 1U2X A; 4C5L A; 5C41 A; 3RRE A; 3UBO A; 2PKN A; 2PKF A; 1JBW A; 1E8C A; 5C40 A; 1YGK A; 2I6A A; 4X8F A; 1ESQ A; 1ESJ A; 3NBW A; 2DDM A; 4B8R A; 3PYZ A; 3RTB A; 4E69 A; 2R3B A; 3IBQ A; 3RM5 A; 3H74 A; 2JFF A; 1TZ6 A; 3N1C A; 2AM1 A; 2C4E A; 2DCN A; 3FHY A; 2AJP A; 1JXI A; 4ZIY A; 5BYE A; 1L2L A; 2GCB A; 5CGE A; 3RTA A; 3RSF A; 2XTB A; 4YL5 A; 4S1I A; 3NM1 A; 3UMO A; 4K8T A; 1VI9 A; 4XDA A; 1C3Q A; 1JXH A; 4EOH A; 3BF5 A; 4JJP A; 4XF6 A; 4EUM A; 1V1S A; 3B1O A; 2JFG A; 2I5B A; 3NC2 A; 3N2A A; 2AJR A; 1VM7 A; 1KYH A; 2VAR A; 3ZM6 A; 2XPC A; 4CVL A; 3KEU A; 1LIK A; 4C5N A; 5TQI A; 2V78 A; 3BGK A; 4LCA A; 3RQX A; 2UAG A; 3DZV A; 1UA4 A; 1GC5 A; 3IQ0 A; 3QAI A; 2HQQ A; 3RY7 A; 3EAG A; 3RS9 A; 2AM2 A; 1BX4 A; 5EYN A; 4JKS A; 5COJ A; 4B8S A; 1W78 A; 3RPZ A; 1GQY A; 3RQQ A; 4CVM A; 5BYC A; 1VK4 A; 1V1B A; 1LHR A; 4S1I B; 5CM5 A; 3IKH A; 3IH0 A; 4S1H A; 4N09 A; 3B3L A; 2DDW A; 1LII A; 4GM6 A; 3RSQ A; 3RTD A; 4PVV A; 4UAG A; 1V19 A; 3RRJ A; 3RQ8 A; 1RFU A; 2VTD A; 1RKD A; 1V1A A; 3GBU A; 3RRB A; 5F0Z A; 5A5F A; 2AA0 A; 3LK7 A; 2AX3 A; 4K9C A; 1TD2 A; 2Y66 A; 4DC3 A; 4BUB A; 3JUL A; 1RKA A; 3EWM A; 3RT7 A; 4N08 A; 2Q5R A; 3IE7 A; 3DRW A; 3MBJ A; 4E3A A; 2FV7 A; 4C5J A; 3NRS A; 1RKS A; 3RSS A; 3KTN A; 5A5E A; 3B1N A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2VAR A; 3UQ6 A; 4EBU A; 5F11 A; 3PL2 A; 4U7X A; 5EY7 A; 5C3Z A; 3W4S A; 4O1G A; 3RPH A; 1EKK A; 2A9Z A; 3NC9 A; 3RT9 A; 3Q92 A; 3KEU A; 2JG1 A; 3B1Q A; 5BYD A; 1LIK A; 4C5N A; 4KAH A; 5TQI A; 5CGA A; 2NWH A; 2QCV A; 3UQD A; 2V78 A; 3BGK A; 4LCA A; 1YHJ A; 3HIC A; 3RQX A; 3RS8 A; 2AFB A; 3DZV A; 1UA4 A; 3LOO A; 3NL2 A; 4S1M A; 1GC5 A; 3IQ0 A; 3PZS A; 4KAN A; 3UQ9 A; 4JKU A; 3RU2 A; 3QAI A; 3VAS A; 2ABS A; 3RQ5 A; 4KBE A; 2PKM A; 3RRF A; 2HQQ A; 3RY7 A; 2A9Y A; 1DGM A; 3NL6 A; 1TZ3 A; 2C49 A; 1RFT A; 4LBX A; 3RS9 A; 4LBG A; 3RTG A; 3QA2 A; 1BX4 A; 3HJ6 A; 2YXT A; 3I3Y A; 4KAL A; 5EYN A; 4JKS A; 5TRW A; 5COJ A; 2F02 A; 4XF7 A; 4B8S A; 2AB8 A; 3LJS A; 3Q1Y A; 4O1L A; 3RPZ A; 1LIJ A; 3CQD A; 3RQ6 A; 3GO7 A; 3RQQ A; 3UQE A; 2JG5 A; 3RSG A; 2ABQ A; 4E84 A; 5BYC A; 1VK4 A; 2I6B A; 3B1P A; 4YWR A; 3RQ2 A; 3RTE A; 1V1B A; 1U2X A; 1LHR A; 4S1I B; 5CM5 A; 4C5L A; 3IKH A; 2HW1 A; 1EKQ A; 3IH0 A; 4S1H A; 3HPD A; 3RRE A; 1RFV A; 3UBO A; 4C5M A; 2PKN A; 2QHP A; 2DDW A; 2PKF A; 1LII A; 3B3L A; 4K8P A; 4N09 A; 4GM6 A; 3RSQ A; 3RTD A; 4K9I A; 4PVV A; 1V19 A; 5C40 A; 3RRJ A; 3RQ8 A; 1RFU A; 1TYY A; 1YGK A; 4XCK A; 3RO4 A; 3GO6 A; 2DDO A; 5BYF A; 4K8K A; 2I6A A; 1RKD A; 4X8F A; 1ESQ A; 1V1A A; 4E8Y A; 3HYO A; 1ESJ A; 3NBW A; 2DDM A; 2YXU A; 3RTC A; 4B8R A; 1YGJ A; 3NL5 A; 3GBU A; 3RRB A; 3LHX A; 5F0Z A; 3RTB A; 4E69 A; 2R3B A; 3IBQ A; 3NCA A; 3B1R A; 2PKK A; 3RM5 A; 3ZS7 A; 3H74 A; 4UBE A; 3LKI A; 3NL3 A; 4EN4 A; 1TZ6 A; 2AA0 A; 3N1C A; 3OTX A; 2AX3 A; 4C5K A; 2C4E A; 4K9C A; 2DCN A; 2RBC A; 4LC4 A; 1TD2 A; 5C41 A; 1GQT A; 3VAQ A; 3RU3 A; 3FHY A; 3KZH A; 4DC3 A; 2R3E A; 4K93 A; 1RK2 A; 2AJP A; 4KAD A; 3H49 A; 1JXI A; 3JUL A; 1RKA A; 3EWM A; 3RT7 A; 4N08 A; 3IN1 A; 2Q5R A; 5BYE A; 1L2L A; 3IE7 A; 5CGE A; 3RTA A; 1UB0 A; 3KD6 A; 3DRW A; 3RSF A; 4E8W A; 1LHP A; 2XTB A; 3MBJ A; 4YL5 A; 3K5W A; 4S1I A; 3NM1 A; 3UMO A; 4K8T A; 2AWD A; 5C3Y A; 1VI9 A; 3FHX A; 4XDA A; 1C3Q A; 1JXH A; 4EOH A; 3BF5 A; 4JJP A; 4E3A A; 2FV7 A; 4C5J A; 2F7K A; 4XF6 A; 2HLZ A; 3NM3 A; 5B6A A; 3MBH A; 3UMP A; 4EUM A; 1V1S A; 3K9E A; 4WJM A; 3B1O A; 4K8C A; 3RQH A; 4E8Z A; 1WYE A; 1RKS A; 3RSS A; 2JGV A; 4DU5 A; 2I5B A; 3NBV A; 3NC2 A; 1LIO A; 3KTN A; 2AJR A; 1VM7 A; 3B1N A; 1KYH A;
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