3HPGA

Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd: examples of open integrase dimer-dimer interfaces
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
209
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCQENKMGIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 66
structure length 194
sequence length 209
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hpgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hpgA02
1IKWA 4M42A 4FW1A 3OJUA 3NF8A 1NOZA 4CFAA 4DSKA 3DLHA 3S3OA 3MXIA 1C0MA 3CG7A 4I7FA 3HP6A 4DMNA 1QQCA 4E89A 1IKYA 3K57A 2XY7A 3LZIA 2A1SA 4DSFA 1CZBA 1G15A 2P5GA 3C6TA 3QO9A 4OLBA 4W5RA 5CY4A 4FJ7A 4CIFA 2G8WA 1Q9XA 5J1EA 4M3ZA 2G8FA 2F8TA 3ZSOA 4OVLA 4PA1A 4CEQA 3LP0A 4ICLA 3AO4A 3NE6A 4JS4A 3SZ2A 3TAGA 5EU7A 3S9HA 4C8LA 2VG7A 3NH1A 1S6QA 2B5JA 1RBTA 4DSEA 1JXEA 1WNSA 3L2VA 4FLWA 4IDKA 1CZ9A 1C1AA 4DTNA 1S9GA 1WSJA 4CE9A 3ITHA 3LANA 5I3UA 3AVAA 1ASVA 3AVNA 1F21A 3L3VA 3K59A 1MU2A 3RTVA 4DTUA 5J2QA 3L3UA 4E0DA 1YTAA 3WNHA 3RMBA 4LD0A 1QE1A 2Z1JA 3QIPA 2O4GA 1VRUA 3SI6A 2IOCA 1UAXA 3AA2A 4CHPA 3KLFA 4CERA 3OYEA 1LWEA 1GOCA 1VSLA 4CJ5A 1ZBIA 2HHUA 4LSLA 4Z0UA 3ZSYA 5CYMA 3OYBA 3L2QA 3NAEA 1BQMA 2R7YA 3VQQA 1KFSA 4R5PA 2G8VA 1XHZA 1U4BA 3HP9A 3LPTA 4UQGA 1Z25A 4HCBA 5FDLA 3AO2A 4I9QA 3DM2A 5E41A 1HYZA 3NF6A 4AHTA 3VA3A 2OZMA 4FJLA 3QESA 1J5OA 4OKEA 3AVIA 1X1PA 2DFEA 3CM6A 1DTQA 1UA1A 2OYQA 4L8RB 4HHTA 1HQUA 1T05A 3B6PA 3ZSXA 3L2WA 1BL3A 1KTQA 4KI4A 1X9SA 1JLFA 4CECA 4FK0A 3KKSA 1WAJA 3ZT0A 4FZZA 2HHTA 3O3FA 1HPZA 3LWMA 1JLGA 2LSNA 4C8NA 3F73A 4NCAA 4JRPA 3RR8A 4FXDA 2JGUA 1EKEA 3QERA 1ZBHA 4OGCA 3DLKA 1NJYA 4OLAA 2YHAA 4MFBA 4N5SA 4XIUA 1WSFA 3M8PA 4EP4A 1KONA 4BACA 3AV9A 3CFOA 4O0IA 1IO2A 4KHNA 2GBZA 5HROA 1TV6A 3M8QA 4CGFA 1S6PA 4C8OA 3OYGA 3L2RA 1RTJA 4O44A 3TWHA 1IH7A 4E19A 3SV3A 2XHBA 1B9DA 3NH2A 4BE2A 2D0BA 3DMJA 4CJLA 3OYMA 2RN2A 3WNFA 4Z4FA 3MXMA 3HK2A 1JLCA 1KVAA 2HNDA 3LDSA 3P5JA 4CEBA 3NHGA 3IAYA 1RTIA 4HCCA 4W5NA 1VSMA 3V1RA 3VQCA 1TKDA 4M3RA 1WJEA 4B8AB 4CJRA 2HHXA 4DQSA 4OJRA 4GW6A 3SUPA 2HHWA 1XC9A 4RW8A 3NF7A 3ASMA 2E4LA 5DK5A 3V4IA 2XO7A 1HYVA 3DOKA 1KRPA 3NBPA 4FLYA 1BCOA 4O4GA 4BDZA 4CEEA 2G8IA 1TK0A 4NCGA 1FK9A 3HVTA 4IBNA 4AHRA 3HXMA 4DTXA 1L3TA 1IG9A 4HUEA 2AJQA 2IDOA 4CHYA 4ELTA 3HVRA 1HRHA 3ALYA 1BGXT 2KZZA 4DFJA 1RDDA 1JLBA 3C95A 5DMRA 1NJWA 1NK0A 5FRNA 3C94A 4LH5A 1UWBA 3SQ1A 3OYHA 3NGYA 3AVBA 1W0HA 1TGOA 2ATQA 2YNGA 2OPPA 3OYJA 3RWUA 3TI0A 3V81A 1TKXA 4KB1A 1WAFA 4KAZA 4GMJB 2YNHA 4OPKA 3KTQA 1WSIA 1FKOA 2P1JA 1RT2A 4E1MA 3M8RA 3AO5A 1ASWA 3H08A 4FLZA 3DRRA 4B9MA 4H4MA 4IKFA 1TL3A 2OPRA 3VQEA 1CLQA 4EZ6A 1XWLA 4FZYA 3ZT4A 3OJSA 3K5LA 4FM1A 3TAEA 3OYKA 4F3TA 4KHWA 4DLGA 4GVMA 3QEWA 3VA0A 2OPSA 3V9ZA 3MEDA 4OKKA 4FJ8A 3TAPA 2G8KA 3PUFA 1TVRA 4ID5A 1NJXA 3VQ5A 1B9FA 3DI6A 3OS2A 3L2UA 2XY6A 3QEPA 1T8EA 3LP1A 1L3SA 4CF1A 3SJJA 3O4NA 1WJDA 2D5RA 4JS5A 1NOYA 3RRGA 1KVCA 4KTQA 2YNFA 3KD1E 2VWJA 1DTTA 1TK8A 3AVFA 1SKWA 1EP4A 3MECA 4QCLA 2F8SA 2ETJA 2HNYA 1WJAA 1ZBFA 3OYCA 1JLQA 3DOLA 1U45A 3IRXA 3LAKA 3U3GA 4FJKA 1LAVA 1RILA 4OGEA 2B4JA 4CF9A 3HJFA 4Z4GA 1A5XA 3TAQA 1C1CA 1U47A 4IFYA 4E7IA 3LP3A 1X9WA 1EETA 4AHSA 4CJTA 4F2RA 4DTMA 3ZT1A 3KKRA 3OYIA 1JKHA 3TAMA 3LWLA 2KTQA 1BISA 4N47A 3K5OA 4J2BA 4O5BA 1HMVA 4RW7A 3AA4A 1FXXA 4KHSA 1GOBA 4KI6A 2HVIA 2P5OA 1RT5A 1KSPA 3S3NA 4B3OA 3MEGA 2EX3A 4FJ5A 1BCMA 2EHGA 2PY5A 1X9MA 4DWIA 1QHTA 3AA5X 5KRSA 4Z4HA 2E6MA 1VSEA 3U3YA 4ELVA 1A5WA 2HW3A 1RT6A 4I2QA 4ZHRA 3KD5E 4CJUA 4PUOA 3HPOA 1L3VA 2Z1HA 3OS1A 1I3AA 3U6FA 3AVCA 1LAWA 1BIUA 4CFCA 4DG1A 4HTUA 4J2AA 1E0EA 3TARA 4M3UA 1S1VA 3VQBA 3VQ4A 2F96A 3PO4A 4M45A 5SWMA 3HPGA 1RBVA 2ZQBA 4E7HA 3HO1A 3HL8A 4B9NA 3M8SA 4MQ3A 4Q0BA 4AH9A 2RKIA 1RDCA 1D9FA 1EX4A 1S5JA 3ULDA 3VQ8A 5HLFA 2Z1IA 1D8YA 1I39A 2HHQA 3PY8A 4B9TA 3DLRA 3SQ4A 3RMAA 4CF8A 3KK2A 1ITGA 1L3UA 3DLGA 4DLEA 4FCYA 3TANA 3D0PA 4DFKA 4JLHA 3HM9A 2I5JA 4O0JA 4DSIA 1DLOA 3F9KA 2X74A 4IG3A 3HSTB 5FROA 3V1QA 2BANA 4CJSA 3KJVA 1SL0A 3PO5A 4KHQA 5D3GA 3WNEA 4IG0A 2HB5A 4G1QA 5JS1A 4FM2A 3LALA 3OYDA 3MEEA 3SPZA 2YKMA 3KLIA 3O3HA 1T7PA 2BDPA 4KKOA 4K8XA 1FKPA 2YNIA 4CGJA 3OYFA 3MXJA 4N56A 4AILC 3TAFA 1KLMA 4F2SA 1JL1A 1IKXA 3IG1A 3V9WA 4BDYA 1NK9A 3OY9A 2PYLA 2PZSA 4CF0A 3VQDA 4ZTJA 4BDPA 4KRFA 1NK7A 3SCXA 2KW4A 2GUIA 3AVLA 3T19A 4DU4A 1WJCA 5J2PA 4DQIA 1RT7A 2E6LA 2X6SA 3G0ZA 3MAQA 4CJEA 1WSGA 1LW2A 4E7KA 4KTWA 5JS2A 1LWCA 4AHCA 1VK0A 4CGDA 2RF2A 3LAMA 5KI6A 3NCIA 4PWDA 1NK6A 3DRPA 3QEVA 1IKVA 5KGWA 1XI1A 5FRMA 1NJZA 3I0RA 1Q9YA 3SPYA 1UA0A 5T7BA 4H4OA 4CHQA 4WE1A 3SNNA 1VRTA 2HNZA 2RPIA 3CYMA 1TKTA 4E7LA 1ZBLA 4Z4EA 4CFBA 3PX4A 1VSKA 1LFPA 1RT3A 3VQ7A 4CJQA 3K58A 1Y97A 3SQ2A 3AO3A 4BWJA 1RT4A 4KHYA 1UOCA 4LH4A 5HRNA 3VQAA 2IGIA 4FJMA 4OKJA 1ZBUA 4FLXA 1WSEA 4CF2A 3NGIA 3K5MA 4FJXA 1RTDA 3V6DA 4M3YA 3NF9A 1LW0A 1N5YA 4DSLA 4YFUA 4DTPA 4JRQA 1TKZA 1TAQA 1CXQA 2IS3A 4B08A 2WONA 3KK3A 4Q5VA 3LZJA 3HYFA 5C42A 4F8RA 4CK2A 3DRSA 4F3QA 4NYFA 2ZD1A 1VSHA 2WOMA 3AVMA 3LPUA 1S1WA 3WNGA 1VSIA 4J2EA 1WSHA 5CYQA 1C6VA 1ZYQA 1C0UA 3NFAA 2XY5A 1QSYA 1B92A 3QEIA 1SL2A 2FBVA 4HUFA 1U49A 1YVUA 4CEFA 3THVA 4DF4A 4E1NA 2QKKA 4M3TA 2O4IA 2HHSA 4CGIA 4BE0A 3ZT3A 3KIOA 2KFZA 5KRTA 4RW4A 3ZSRA 1QS4A 1NK8A 1HJRA 3T3FA 4FJJA 2YV0X 4BE1A 4DQPA 1CXUA 2KZMA 4IFVA 3ISNC 2XRIA 1JLEA 3A2FA 3D45A 4DS4A 4Y1CA 1NKEA 1XHXA 5HRSA 1S1TA 3DLEA 4FW2A 1RBUA 2Q3SA 2YKNA 1BQNA 3OS0A 1ASUA 1J53A 3AVJA 2DY4A 4KO0A 3LP2A 4FLTA 4B9LA 2YHBA 1JXBA 4CHOA 1EXQA 3RRHA 3SUNA 1KLNA 1RTHA 4I2PA 2VG5A 4O55A 1YTUA 1Z26A 5HBMA 5HRRA 2BE2A 2ITGA 2HVHA 4PQUA 3HT3A 3C6UA 3PX0A 3SQ0A 4CGGA 1NKBA 4FJHA 3ZT2A 3CQ8A 4RW9A 2KFNA 3CM5A 2HMIA 5CZ1A 4Z4CA 4CHNA 1RBSA 1K6YA 5CZ2A 1HYSA 1WJFA 1RBRA 1SUQA 3EZ5A 1NK5A 2HHVA 3I8DA 3ZSVA 4CGHA 1RNHA 4AHVA 3VN5A 1SKSA 2DFFA 4CJKA 4OPJA 3VQ6A 1MW7A 4CJPA 1C1BA 1S9EA 3AO1A 3V9UA 1O1WA 2W42A 1SKRA 3P83D 3CFPA 3BDPA 3UIQA 1C0TA 1QSSA 1D5AA 1SV5A 1RT1A 4CJFA 4W5TA 4DTRA 2FBXA 3AVHA 3IS9A 4EP5A 3VQ9A 3JSMA 4LY7A 1REVA 4CJWA 4KHUA 3QLHA 3B6OA 3QIOA 4RW6A 4FM0A 3QEXA 4N76A 1KVBA 2FC0A 5KTQA 1Q8IA 1J9AA 1JL2A 2A1RA 4FK4A 2VG6A 2QXFA 5SZTA 3TABA 1WJBA 3KLGA 3L8BA 3QNNA 1VSJA 4FK2A 3I0SA 3O4QA 3V9XA 1HNIA 2ZE2A 4DU3A 4FZXC 4HVJA 4HUGA 4CIGA 4CIEA 1GOAA 1W9HA 3KLEA 4CK3A 4DS5A 4K8ZA 3AA3A 2P51A 3ZSQA 1NKCA 4B9SA 4KTZA 3AVKA 4W5QA 2D0AA 3RMDA 4QOZB 3NDKA 2OZSA 2IC3A 4CJ4A 1A5VA 3DYAA 4Z4IA 2XY8A 3SV4A 3CFRA 3RR7A 4F3OA 1S1UA 4PY5A 4DTSA 1S1XA 1WN7A 1VSDA 4FVMA 4QAGA 3PV8A 3SUOA 1HNVA 1T03A 1R0AA 3ZCMA 2OPQA 4BWMA 3EY1A 3K5NA 1BI4B 5C25A 4N41A 3PX6A 2X78A 4KV8A 4ID1A 1WLJA 4AHUA 4CJVA 4E3SA 4CJ3A 4DTJA 4CCHA 3QETA 4M41A 1KCFA 4H8KA 3QINA 4J2DA 1HQEA 2GV9A 3S3MA 2JLEA 1QTMA 4B8CA 3NH0A 3SYZA 4M3XA 4ZTFA 1YT3A 4C8MA 3ZSZA 3RMCA 2VWKA 3OVNA 1U04A 4KREA 2D0CA 3NGZA 4I9LA 3V1OA 1BI4A 3EYZA 5HP1A 2G8HA 4B9UA 3E01A 4DF8A 3V9SA 4CEDA 4CFDA 4YNQA 4FJIA 3KK1A 1QSLA 5I42A 1RCHA 4CHZA 4FJ9A 5K14A 3OYAA 4CEAA 4KPYA 4DQQA 1BHLA 3O3GA 1N6QA 2QKBA 4CEOA 4CK1A 3OYNA 5J2MA 2DTUA 1U48A 4FJGA 5HRPA 4M3WA 2NUBA 4NCBA 4FYDA 3JYTA 4ELUA 3AVGA 4DU1A 1TK5A 1L5UA 5C24A 2IAJA 2OA8A 2FBTA 1JLAA 1LV5A 3G10A 1TAUA 1BIZA 4Y1DA 2Z1GA 1NK4A 1LWFA 1SL1A 3BGRA 4KB0A 5J2NA 4CEZA 1KFDA 3K2PA 4FJNA 5KGXA 1TL1A 2DFHA 4FLVA 4E7JA 3DLBA 4DQRA 2BGGA 1D9DA 4FLUA 4B9VA 3VQPA 2QK9A 4NYNA 1VSFA 4W5OA 2FBYA 3SUQA 4RG8A 4DSJA 3ZSWA 1RDAA 4KFBA 3KLHA 4LSNA 4DTOA 1J54A 1RDBA 4CESA 2KQ2A 4TSXA 4DFPA 2PYJA 4F4KA 3P1GA 2G8UA 2B6AA 3T1AA 3TR8A 2X6NA 2Y1JA 4DFMA 4EZ9A 2Y1IA 4C8KA 3QNOA 3HPHA 3OYLA 3FFIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S3OA 3CG7A 3M1FA 4A3IJ 1G15A 3WTSC 1NG9A 2AO9A 3THWA 1ZGWA 4OIOF 3SQ1A 3SZ2A 2B0LA 3LAPA 3O1BA 3S41A 1IV0A 2M0CA 5JFRA 3S2HJ 1RESA 2Z1JA 3SI6A 1R36A 3GX4X 3KWGA 3HP9A 1IN5A 3VA3A 1J5OA 5A2QO 1P2FA 1T05A 3ZQCA 5EZHA 3KKSA 2H94A 2HHTA 4A2BA 5JLXA 2A07F 1W7PD 3S16J 2YHAA 3R0JA 1KONA 3SV3A 2XHBA 1ETXA 3K1MA 3FMSA 2ID6A 4PGGA 3RCOA 1VTNC 3LDSA 4B8AB 1MIJA 3J7AY 3A1YA 3VYSB 5A2QZ 3KEQA 2NYXA 1A36A 2CGKA 3OWTA 1YITI 4DV5K 1ZBSA 2K7LA 1D0XA 3BF3A 1SVMA 5FO5A 4R8HA 2PMUA 1NLVA 3VTIA 3FISA 2ASMA 3RWUA 1TKXA 3OOUA 2GX9A 2E36A 2VQFK 1OVQA 3EDPA 3HBLA 4B9MA 1V5EA 4CHUA 3IL2A 4M6YA 1Z77A 1DEJA 1VQ9I 3TAEA 4DLGA 1W7AA 4HQMA 2I10A 4HA8A 4QCLA 2QENA 1CF7B 1U45A 1JKPC 4BR9A 1A5XA 4E7IA 3N4MA 4IO9L 1BI0A 1YJWN 2DJIA 2F2EA 4DTMA 4F2RA 5E8GA 3IFRA 2GZWA 3SXYA 2M8EA 3LSJA 1BA5A 3H9GA 4G6DA 3CCQI 4RBOA 4M63C 4BC3A 2UUBK 4DWIA 2VN2A 2KP6A 4ETSA 4BL0B 4HYEA 4B1WB 3KP7A 5J6XA 4WX9A 2VC1A 3WXMB 1FZPB 1RBVA 4MQVA 1MDMA 3V4GA 3IDHA 2ZFWA 3LAJA 3ENOA 4RB0A 4RB3C 4GV9A 4FWMA 2O8KA 3Q0WA 3SJHA 3MMYB 1ZXOA 4G94A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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