3HPHA

Closed tetramer of visna virus integrase (residues 1-219) in complex with ledgf ibd
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
210
structure length
194
Chain Sequence
NIPLAEEEHNKWHQDAVSLHLEFGIPRTAAEDIVQQCDVCIDHWQVDYTHYEDKIILVWVETNSGLIYAERVKGETGQEFRVQTMKWYAMFAPKSLQSDNGPAFVAESTQLLMKYLGIEHTTGIPWNPQSQALVERTHQTLKNTLEKLIPMFNAFESALAGTLITLNIKRKGGLGTSPMDIFIFNKEQQRIQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
pubmed doi rcsb
source organism Maedi visna virus
total genus 64
structure length 194
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3hphA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hphA02
2P1JA 4K8ZA 1GOBA 5JS2A 4DQQA 4KHNA 4KHWA 1VSDA 1BQMA 4AILC 4KHYA 1LAWA 4E7HA 3O3GA 3V9UA 3AVFA 4LY7A 1HPZA 4CHZA 4DMNA 3K58A 4B9NA 2HHSA 5KRTA 3OS2A 3VQ9A 3DRSA 4ELUA 3SV4A 4DFJA 4C8KA 1C0UA 2IS3A 3I0SA 1IKYA 2FBVA 3VQAA 1HYZA 3ZSXA 1TVRA 3DLHA 4DLEA 2X6SA 3SV3A 5DK5A 1SKSA 2G8WA 2QKKA 2RF2A 1UA1A 4M3YA 3AA2A 1S5JA 2XHBA 3LAKA 3NF9A 3L8BA 3SPZA 3OYDA 4OGEA 3V1OA 4CE9A 4N56A 4B8AB 3NGYA 3TR8A 4E7LA 4ZTJA 2HHUA 1Z25A 1X1PA 3B6PA 3VA3A 1F21A 3HL8A 1VSHA 5J2NA 4F3QA 1KONA 1C1BA 2YNHA 3AV9A 3DM2A 3M8PA 1UAXA 4C8LA 3HJFA 3D45A 4CEEA 4OPKA 1NKEA 1TKXA 3L3VA 4DSLA 3TAEA 3DOLA 4BDPA 4CHYA 3DMJA 2XY5A 3TANA 5SZTA 1LW0A 3PY8A 1RTIA 1QHTA 1RT3A 1LW2A 1DLOA 1VSLA 2PY5A 4L8RB 4FJKA 4HTUA 1TK5A 4CF2A 2B4JA 4HVJA 4W5RA 1A5XA 4AH9A 3ULDA 2PYJA 4DTXA 3JYTA 5E41A 4H4OA 2KFZA 4O5BA 1JKHA 2HB5A 5I42A 4F2SA 3M8QA 3ZT3A 5CYMA 1JLFA 2IC3A 2A1RA 1VRTA 3AA4A 5J2PA 2G8KA 3EYZA 3WNHA 3E01A 2P51A 2PYLA 1WSJA 2I5JA 2X6NA 1UA0A 2DY4A 4M3XA 4FLTA 4Z4IA 1VRUA 1XC9A 1LV5A 3QEWA 3IRXA 4KI6A 2KZZA 4Z4GA 4JS4A 3DLKA 4H4MA 4AHUA 1VSMA 4DFMA 2Y1IA 3CYMA 3K59A 3C95A 3AVMA 3L2VA 1RT1A 4B8CA 4DU3A 4EP4A 2DTUA 1NK9A 1YVUA 4FJIA 2YNGA 4C8NA 2Q3SA 3ZSRA 5FROA 1ITGA 4OKKA 1XHXA 1ZYQA 4MQ3A 1RBSA 1QQCA 3QEIA 4CGHA 2QXFA 4CJ3A 3VQ5A 1TKDA 2OZMA 4C8MA 2OZSA 1KTQA 3QO9A 4ZTFA 3AA5X 4CGIA 5J2QA 4EZ6A 4FZXC 1S9EA 4DF8A 2IOCA 1T03A 2OA8A 3IG1A 3VA0A 4DSEA 1LWFA 3RRHA 1S1VA 3FFIA 4E7KA 4FJ7A 3BGRA 1N5YA 1TL1A 2VG6A 3AO3A 4CEFA 4Q0BA 3AVNA 3HO1A 1RDDA 3KK2A 3NAEA 4DTRA 3V6DA 1NKCA 4FZZA 3VQQA 4FM1A 5KGXA 4O0IA 2VG5A 3PUFA 4DFKA 4CJSA 3F9KA 1GOAA 1SL1A 4KB0A 4FJHA 3JSMA 1TKZA 1JL2A 1NK8A 3AO4A 3TI0A 2HHWA 4KTWA 3OYHA 1TV6A 1UWBA 4E89A 5CYQA 3OYCA 1NJYA 1RT4A 4B9TA 4FM0A 3AVBA 4NCAA 1RTHA 2G8HA 1RT5A 1VSJA 4JRQA 2HHTA 3I8DA 4RW9A 4DSFA 1KLNA 2D0BA 4CJ4A 5KTQA 3LP3A 1BIZA 4BE1A 2HHQA 1HYSA 1J53A 1G15A 5KRSA 5HRSA 3AO2A 4G1QA 4E0DA 1HMVA 2BE2A 4J2DA 3NFAA 4BE2A 5HROA 2HW3A 1B92A 1BCMA 4LD0A 4M41A 4IFYA 1TGOA 2QK9A 1WSIA 2Z1IA 2XY8A 3OS1A 2XO7A 4DU4A 3L2UA 1QE1A 1LAVA 3MEEA 3QINA 4CFAA 4NCGA 3LZJA 3QEXA 1Q9XA 4DWIA 4M3TA 3ZSVA 4AHCA 2HNDA 4DQIA 1BI4A 4HUGA 4CGGA 4NYNA 2NUBA 3PV8A 4AHSA 3SNNA 3OYAA 4OVLA 3SUQA 1BI4B 3QNNA 4KO0A 4DTSA 3PX6A 3T1AA 3VQPA 1TK8A 4ID5A 3OYGA 3UIQA 4GW6A 4CJKA 1L3VA 3TARA 2FC0A 2GV9A 3KJVA 2ATQA 4ELTA 4FLVA 4Z4EA 4Y1CA 4CECA 4OLAA 4YFUA 4CESA 3O4NA 3KLGA 1RDAA 4DS4A 2G8UA 4CJTA 3OVNA 1QSLA 2YV0X 3TABA 4CF0A 4CHQA 4FJ5A 3CM6A 2KZMA 3PO4A 1KLMA 3AA3A 3V4IA 5K14A 1SKRA 2OPPA 4B08A 4QCLA 3ITHA 3TAPA 4ICLA 1WJFA 1YT3A 2O4GA 4FJNA 4DQPA 3NDKA 2ZQBA 2WONA 2D5RA 5J2MA 1SL2A 4GVMA 3CG7A 3DRRA 5T7BA 3DLGA 3VQCA 3NH2A 2W42A 3TAFA 3AVLA 1IG9A 4RW4A 4KHQA 2XRIA 1IO2A 3ASMA 1JLAA 1HQEA 4CF9A 3NE6A 4F2RA 1C0MA 4FZYA 2F96A 2FBTA 3PX4A 4B9LA 4DU1A 3RMCA 1CLQA 1SUQA 3T3FA 4FK4A 3QIOA 4I7FA 4DS5A 3RMBA 3RMAA 3OYMA 1TK0A 4DSIA 3ISNC 1IKVA 1S1XA 4OKJA 3NH0A 1J9AA 4DTJA 2XY6A 4FK2A 1E0EA 3SQ2A 2ZE2A 3AO5A 4I9QA 2YNIA 1NK5A 2HNYA 1QSYA 3O4QA 1A5WA 1RDCA 1I39A 3OJUA 3L2RA 4KRFA 2OPQA 3PX0A 4B9VA 1I3AA 1JLEA 1ZBLA 4CK3A 4CFDA 3CFPA 4F4KA 3SUNA 4MFBA 2HHVA 1RT7A 2A1SA 4FVMA 4C8OA 1BQNA 1HRHA 3AO1A 3QETA 1WJBA 4CGFA 1R0AA 1RBRA 1TAQA 1WSFA 3KLEA 5FRMA 1WN7A 4CEBA 1IKXA 3OYNA 3SZ2A 2WOMA 2YHBA 4FK0A 3LAMA 3ZT1A 4I2QA 4DSJA 3HPGA 1XHZA 1KSPA 4Z4FA 1WAJA 2RN2A 1T7PA 3OYIA 1QS4A 4QOZB 2O4IA 4GMJB 4BDZA 3HT3A 4CF8A 2AJQA 3LP1A 4HHTA 5HLFA 2HVIA 3K2PA 4CEOA 1D5AA 4CFCA 3CQ8A 1NK0A 4UQGA 5DMRA 1ASWA 3LZIA 2P5GA 3AVGA 3SUPA 1NOZA 1WSGA 4CHPA 2GBZA 5CZ2A 3MAQA 3B6OA 3G0ZA 4KB1A 4M3UA 1BHLA 1NK6A 3WNFA 1SV5A 4XIUA 3OYBA 2F8TA 2VWKA 3ZSYA 3QEVA 2DFEA 4BACA 3HK2A 2HHXA 3RTVA 2OPSA 3SQ0A 3QIPA 3KK1A 4DQRA 1GOCA 3TAGA 1VSFA 4DTUA 3K57A 1QSSA 1HQUA 3OYLA 2R7YA 4W5OA 4DLGA 4N41A 3CFOA 1B9DA 4CGDA 4O4GA 4E1MA 4RW8A 1VK0A 3DLRA 4CIEA 3G10A 5CY4A 4N76A 3CM5A 4F8RA 3KKSA 4FCYA 4OJRA 1W9HA 3VQEA 4CGJA 1BISA 3L2WA 5FRNA 1EP4A 3ZT0A 4E3SA 1EETA 4DFPA 2G8FA 5SWMA 3DRPA 3K5MA 4IG3A 1RBTA 4E7JA 3S3NA 3OYFA 3KIOA 4CEQA 4DQSA 2OPRA 3HYFA 3EZ5A 4W5QA 4YNQA 3SQ4A 4TSXA 3DLBA 2LSNA 3KKRA 3I0RA 1C0TA 1EX4A 4J2BA 1NK4A 3D0PA 1Q8IA 4KKOA 1L3TA 4CHOA 1TL3A 1NOYA 1JXEA 4BDYA 1A5VA 4KPYA 3V81A 1CXUA 3VQBA 1S6QA 3P5JA 1MU2A 3S9HA 4E1NA 3QESA 4PA1A 5CZ1A 3KD1E 1KVAA 4N47A 2B5JA 3VQ8A 4FJ9A 4CJRA 1S9GA 2FBXA 3C6UA 4BWMA 4M45A 4AHVA 2QKBA 3MXIA 1ZBUA 3U3GA 1U47A 5FDLA 4F3OA 4IDKA 1S1WA 3LANA 4RW7A 3HM9A 2FBYA 4W5NA 1XI1A 1CZBA 1RBUA 2E6LA 1U4BA 1QTMA 1JLCA 2PZSA 3L2QA 2G8VA 5KI6A 1RILA 4W5TA 3RWUA 3VQ6A 2KW4A 1KFSA 3P83D 2JLEA 2F8SA 4IG0A 4WE1A 1IKWA 3DYAA 4NCBA 2YNFA 3HVTA 4O44A 1Y97A 4CERA 1L5UA 4B9UA 2DFHA 2Z1JA 4O0JA 3H08A 3OY9A 1J54A 3ALYA 1D9FA 1RTJA 4FJMA 4PWDA 3NH1A 3RMDA 1RDBA 4OGCA 4J2AA 4FJJA 3HVRA 2GUIA 1D8YA 2DFFA 1NJZA 1IH7A 3O3HA 4CK1A 1RNHA 3PO5A 3WNGA 4CHNA 4FJXA 1HNVA 2D0CA 2BGGA 3KTQA 5C25A 1C1AA 3K5LA 3V9WA 4KFBA 5HBMA 1U04A 4DG1A 3OJSA 1X9MA 3HP9A 1C1CA 3AVHA 4KAZA 1CXQA 1SL0A 1ASUA 2ZD1A 1KFDA 2RKIA 4CJUA 5HP1A 1BIUA 1JL1A 1O1WA 3AVIA 1VSIA 2BANA 1NJWA 2Z1GA 4F3TA 1FKPA 4RG8A 3MECA 2X74A 3AVJA 1LWEA 3TWHA 2RPIA 4CEAA 4R5PA 3A2FA 3U3YA 1J5OA 4Z4CA 3OS0A 3HPOA 1FKOA 2IAJA 4CJPA 3V1QA 2JGUA 4M3RA 4HCBA 3ZSOA 2HVHA 4Q5VA 1CZ9A 4FLXA 3V9ZA 4FLUA 1Z26A 2P5OA 2HNZA 1WJDA 1RCHA 1RT6A 1FXXA 4FJLA 2IGIA 3SQ1A 1T8EA 4CFBA 4DF4A 3VQ7A 3VQ4A 3NGZA 2X78A 3NF8A 3SI6A 3KD5E 3OYEA 4DTOA 1RTDA 4FLZA 2BDPA 1KVBA 3RRGA 4EZ9A 4IBNA 3NHGA 3RR7A 1RT2A 1WSEA 3VN5A 5J1EA 1EXQA 4BE0A 3NF7A 4FXDA 3OYKA 3P1GA 1NK7A 4KREA 4FM2A 1X9WA 4I2PA 5EU7A 2Y1JA 4CCHA 3V9XA 1BGXT 3ZT2A 1JLQA 2ITGA 3HXMA 1BCOA 3LALA 2IDOA 1JLBA 4JRPA 4IFVA 5JS1A 4CK2A 4Z4HA 4E19A 3BDPA 2KTQA 4LSLA 2XY7A 3SCXA 4I9LA 2EHGA 1N6QA 3KK3A 3ZSQA 4KHSA 2E4LA 2KFNA 5D3GA 5HRRA 3V9SA 4FYDA 3KLFA 1L3UA 4KI4A 3QNOA 1Q9YA 1FK9A 3MXMA 1HNIA 3F73A 1YTUA 1ASVA 1JXBA 1REVA 4H8KA 3LWMA 1C6VA 3DI6A 3WNEA 2YKMA 4KHUA 1ZBHA 2YKNA 4LH5A 1U45A 4K8XA 4CJVA 4OLBA 4CJLA 3SYZA 3L3UA 3LWLA 1S1TA 3S3MA 3KLIA 4OKEA 3DLEA 4FW1A 3T19A 5HRPA 3QEPA 4IKFA 1KCFA 3RR8A 4RW6A 3IS9A 4ID1A 3CFRA 3TAQA 4KV8A 4LH4A 4J2EA 4FJ8A 4DTPA 3LPTA 1X9SA 3EY1A 2VWJA 1WJEA 2VG7A 4AHRA 4JS5A 4DSKA 1HJRA 3NBPA 1L3SA 3S3OA 3THVA 1LFPA 1W0HA 3K5OA 4HUFA 4FW2A 1U49A 2B6AA 3NF6A 1SKWA 1S1UA 1KVCA 4CJQA 1MW7A 3ZSWA 3NGIA 4M3ZA 3SJJA 4Y1DA 3QERA 3O3FA 3M8SA 3HPHA 4Z0UA 3QLHA 4ZHRA 4CJWA 4B3OA 5C42A 4OPJA 4N5SA 1WSHA 4JLHA 4PUOA 4CEDA 4FLWA 1NKBA 1XWLA 5C24A 3AVKA 3C6TA 1WLJA 1JLGA 1WJCA 1B9FA 1KRPA 4M3WA 1RBVA 1YTAA 4CF1A 3NCIA 3ZT4A 3LDSA 4HUEA 4E7IA 2KQ2A 2YHAA 1WNSA 3HP6A 4BWJA 1T05A 1EKEA 2Z1HA 1WJAA 1BL3A 4B9SA 3SPYA 4CJFA 1HYVA 1ZBFA 1LWCA 4ELVA 4AHTA 4DTMA 3IAYA 1ZBIA 3TAMA 4CIFA 3KLHA 5KGWA 3M8RA 4PY5A 4QAGA 3ZSZA 1TAUA 1DTQA 4B9MA 1S6PA 4DTNA 4CJEA 3K5NA 1K6YA 2D0AA 3C94A 4EP5A 4HCCA 4PQUA 3LP0A 4NYFA 2E6MA 3OYJA 1NJXA 4FJGA 5I3UA 3MXJA 4CEZA 1U48A 5HRNA 2EX3A 4CJ5A 2ETJA 3SUOA 2G8IA 1DTTA 1UOCA 1VSEA 3LP2A 4LSNA 3MEDA 2OYQA 2HMIA 4KTZA 3DOKA 3AVAA 1WAFA 4O55A 3VQDA 1D9DA 4M42A 1VSKA 3U6FA 3HSTB 1TKTA 4FLYA 3V1RA 4KTQA 3AVCA 3ZCMA 4CIGA 3LPUA 3MEGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS2A 1T8IA 3SDBA 2PJRB 1W0UA 3FR0A 3AL0C 2CQXA 2RDPA 4BU2A 5KRTA 2YX4A 3CD6I 3GTKJ 4Y7NJ 3HOSA 3DTEA 2AS5F 1AA7A 3V1OA 1WQ2A 1R23A 5LGNA 1Z25A 3K9JA 4C8LA 1RKWA 1ON2A 2YNHA 1SS6A 3DOLA 3VODA 3TANA 3QWLA 1VI0A 1R5GA 1IN4A 1Z7UA 4UHTA 3CJBA 2HKOA 1MMGA 1WVRA 1XGNA 3VEWA 2ACJA 4IXCA 2JUCA 2XB5A 1VTNC 1V5EA 1VQMI 3J8AA 3CCYA 4PJNA 2QSFX 2P5KA 4HYEA 4LFUA 1JCGA 4CGIA 5J2QA 2CO5A 2A3ZA 3FZVA 2KT0A 1VQNI 5EXWA 1IRXA 5FPNA 2CH6A 3H92A 2JWTA 2GLOA 4IQJA 1G3WA 1BIBA 1ZREA 2VG5A 3JRBA 3WTUC 4DFKA 3F9KA 4UNOA 1FLIA 4H0XB 2F6CA 3KVGA 4B9TA 1IRGA 1NH3A 2MD5A 3OIQA 3BG9A 1POGA 2XHKA 1N75A 1SD6A 4AM3A 1S72I 1WSIA 2QA4I 2XO7A 3WODF 1GV5A 1MH4A 2MLKA 3HOXJ 3OYAA 3S32A 2L7KA 4WWCA 3OIPA 3LL3A 3I8BA 3HSRA 3I4NJ 2VYPA 2WB1A 2DI3A 5GADP 3AA3A 2XF5A 1R71A 1YI2I 1U78A 4BY9C 3JRFA 3VGLA 4EJTA 1D8KA 2FXAA 1HQEA 2RVCA 4N4NB 1D1BA 5J4VA 3R60A 3RMAA 2OPQA 2L54A 1ZBLA 2QXLA 3SUNA 2ZF5O 3ZN0A 1BQNA 1QPIA 3N4PA 1QGPA 2L2OA 2G9WA 3C3WA 4FX0A 3DTKA 3KYDB 2R7UA 4UVAA 1JUSA 4BDZA 1QU3A 5IYBJ 1J9IA 5TRDA 3T8TA 3BTJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4KHW A;  5JS2 A;  2GOM A;  1VSD A;  3SDB A;  1LAW A;  2PJR B;  3AL0 C;  4CHZ A;  4BU2 A;  2QKL B;  5KRT A;  3VQA A;  3HOS A;  4DLE A;  3SV3 A;  1SKS A;  2QKK A;  4RLF A;  2R7R A;  3DTE A;  1AA7 A;  4OGE A;  3V1O A;  4CE9 A;  2L9S A;  4XNF A;  2V1N A;  4ZTJ A;  1Z25 A;  4XKV A;  5J2N A;  3DM2 A;  3M8P A;  4C8L A;  2YNH A;  1UAX A;  4OWR B;  4BXF A;  3DOL A;  3DMJ A;  3TAN A;  2WY7 Q;  2XF6 A;  1RT3 A;  1TK5 A;  2B4J A;  3ULD A;  1MMG A;  4DTX A;  2K9M A;  4P1W A;  3ZT3 A;  2A1R A;  1VRT A;  3EYZ A;  1V5E A;  3WNH A;  3VYU B;  4N4O B;  1Z3Y A;  2X6N A;  4FLT A;  1XC9 A;  4JS4 A;  3DLK A;  4AHU A;  3CMM A;  4HEA 2;  4PJN A;  4LG3 A;  1BR4 A;  2VQL A;  1LVK A;  4XLH A;  2E5N A;  2QXF A;  3VQ5 A;  4C9Y A;  2OZS A;  3QO9 A;  4ZTF A;  4CGI A;  5J2Q A;  4EZ6 A;  1IRX A;  4Y33 A;  4HRI A;  4FJ7 A;  4Q0B A;  3V6D A;  4IQJ A;  2VG5 A;  4DFK A;  3F9K A;  3JSM A;  2E5Z A;  3RSN A;  2F6C A;  3TI0 A;  1TV6 A;  5CYQ A;  1RT4 A;  4B9T A;  2G8H A;  2HHT A;  3OIQ A;  5KTQ A;  4BE1 A;  1BIZ A;  2HHQ A;  1J53 A; 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