1K6YA

Crystal structure of a two-domain fragment of hiv-1 integrase
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
210
structure length
192
Chain Sequence
FLDGIDKAQEEHEKYHSNWRAMASDFNLPPVVAKEIVASCDKCQLKCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Structure of a two-domain fragment of HIV-1 integrase: implications for domain organization in the intact protein.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 65
structure length 192
sequence length 210
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.200 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 1k6yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1k6yA02
2R7YA 4IBNA 4FJNA 3ISNC 3KLGA 1KLNA 3NE6A 4BWJA 4CJLA 3AVIA 1T8EA 4KTZA 1CZ9A 1IKYA 1GOCA 1YT3A 5KGXA 1WSHA 1QHTA 3NF9A 4CEEA 2PYJA 2JLEA 1SKRA 1ZBLA 5HP1A 1ZBIA 3LZIA 3HL8A 2YNIA 4OVLA 2B5JA 2HHVA 4DS5A 4AILC 4LY7A 1D9DA 1S1VA 4DLEA 3QESA 4CJQA 1KRPA 1QSLA 4FJKA 1IO2A 2D0CA 3DM2A 4KTWA 2F8SA 2QXFA 3DRPA 4N5SA 1D9FA 3VA3A 1JLQA 4W5OA 2KZZA 5T7BA 3QEWA 1T03A 4B9LA 1WJFA 1JLGA 4B8CA 5KRTA 1JLBA 1ZBFA 4AHTA 4CESA 1Z26A 3D45A 3OYHA 4I9QA 2IGIA 4CF0A 3ZSXA 4L8RB 3C6TA 1NK0A 1CZBA 3VQEA 4AHCA 5I42A 3NHGA 1XC9A 3AVGA 1BHLA 3KK2A 1RT1A 3AVNA 1VRUA 5HRRA 4DQRA 4DTUA 1QSSA 2VWKA 4LH4A 4B9MA 4NCAA 4Z4EA 4EP5A 2DFEA 1HYZA 3K5MA 2WOMA 1J53A 1NJZA 3AVBA 3QEXA 4E7JA 1Y97A 1U47A 1NJWA 3OVNA 2PYLA 3SYZA 2G8VA 1UAXA 4BE1A 3ZCMA 2VG6A 3IS9A 1JXEA 4DTSA 2FBTA 4CF2A 3B6OA 3OYDA 3K57A 2XY6A 1NK8A 1S1WA 2OPSA 4CEQA 1RBUA 4I9LA 2D5RA 3L8BA 4FJMA 3HT3A 3JSMA 2FBXA 3OY9A 1XI1A 1SKWA 3QINA 3SI6A 1W0HA 4KAZA 4I2QA 3O3GA 1C0UA 4DQSA 1BL3A 4DQIA 3NH2A 4F3QA 2KQ2A 2PZSA 4F4KA 4NYNA 1HQUA 4CFDA 2A1SA 4CEFA 4CHOA 1SL2A 3TAPA 3U3YA 1L3UA 2YKMA 4OKEA 4CJRA 3KJVA 4AHVA 1NKBA 1REVA 3NFAA 2BDPA 5KGWA 4JRQA 1IG9A 2Y1IA 3MXJA 4DFMA 4FZXC 5D3GA 1RT7A 1MU2A 3CFOA 4CF1A 2P5GA 4FM0A 5HRSA 3LWMA 3S9HA 4M3WA 1BGXT 3NCIA 1ASVA 3OYJA 4BDZA 3OYEA 4DSJA 3KLIA 1NJXA 3HYFA 1HYVA 3ZSQA 3CFRA 4W5RA 5HROA 3AVLA 3VA0A 4MQ3A 4TSXA 4E7KA 4NCGA 1RDDA 1WSFA 4CECA 4CF8A 4CHNA 4FLYA 1DTTA 1U49A 4N76A 4OLAA 1KVAA 2XY8A 1KSPA 3CM5A 1S6PA 3O4QA 1I3AA 2DFHA 3RRGA 4LD0A 4QCLA 1CXUA 5J2NA 1C0MA 1JXBA 3C95A 1RILA 4Q5VA 3LDSA 3ZSYA 5C42A 5C24A 3E01A 2G8FA 5E41A 4ZTFA 4RW8A 1KVCA 4CK2A 2A1RA 3O3HA 1WJBA 2XY5A 3VQQA 1YTUA 2Z1JA 3BGRA 1YTAA 2IDOA 4BDYA 4HUEA 2PY5A 3PY8A 4MFBA 4IFYA 1E0EA 4RW4A 3SCXA 1U48A 1YVUA 3NF6A 4HUGA 3PX6A 4KV8A 1JLCA 1EXQA 1GOBA 1ASUA 3ZT0A 4N41A 4KPYA 1KVBA 1RDAA 1WLJA 3ZSRA 4OKKA 3QERA 1SUQA 4OKJA 4QAGA 4CK3A 4FLTA 1NK4A 4F2RA 4KB1A 1L5UA 4J2BA 5SWMA 2QK9A 1S1UA 1QSYA 1CLQA 1TL3A 2WONA 3ALYA 4IDKA 2OZMA 1UA0A 5CY4A 4CJVA 1X9WA 3LPUA 2GBZA 1TV6A 3NH1A 2ZD1A 3VQCA 1NK9A 4W5NA 1Z25A 1U45A 3WNEA 1RDCA 4O55A 3P83D 2G8HA 3BDPA 4DSIA 3OS2A 3LALA 1W9HA 4M3RA 1RT2A 4DQQA 4FZZA 3CFPA 3AVHA 3AO2A 4DTMA 3L2UA 1WJCA 3SJJA 3OS1A 1HMVA 5KRSA 3QNNA 2KW4A 1RNHA 4H8KA 4GVMA 4CJEA 1C1BA 4FCYA 3F9KA 5J2PA 4CEDA 4E1MA 3NH0A 4C8LA 2KZMA 2HMIA 1ITGA 1RBRA 1VSIA 4CEZA 4DFPA 2IOCA 1S5JA 3LP0A 5KTQA 2P51A 4W5TA 1J9AA 3T1AA 4E89A 3MXIA 4C8NA 4KRFA 4W5QA 3VQ9A 3TAQA 3NGYA 2E6LA 3ZSOA 4RW9A 4AHSA 1C1AA 5J1EA 3CYMA 1S1XA 2RN2A 3LAKA 3ZSVA 3OS0A 3SZ2A 1QTMA 1J54A 3L2VA 2VWJA 1SL1A 4FJ8A 2DTUA 4CJKA 4ZTJA 3OYNA 3K2PA 3DLBA 4F3OA 3MEDA 3K59A 3TANA 1ZBHA 4C8OA 3VQ5A 4C8KA 3KIOA 4DU3A 1Q9YA 2HHSA 1RTIA 1WAFA 4E0DA 3C94A 4IG3A 5CZ1A 4M42A 4M3UA 4F3TA 2HVIA 3RMCA 4OGEA 5FROA 1VSHA 4HUFA 4FJLA 3KKSA 1BCOA 2HB5A 4EP4A 3KK1A 4FK2A 4Q0BA 1R0AA 1I39A 3L3UA 2YNFA 3S3NA 5HLFA 3AVCA 4KKOA 1HYSA 1FXXA 3SPYA 3L2RA 3HPOA 4RG8A 4FJ9A 1Q8IA 3MEGA 1WNSA 4E7LA 4FLUA 4CFBA 1TKXA 5JS1A 1VSMA 1ASWA 4KREA 1MW7A 3VQDA 4CFAA 5CYMA 4R5PA 3K5OA 2XY7A 3SQ2A 1HJRA 1VSEA 1U4BA 3SQ0A 1K6YA 3PX0A 1LV5A 2YKNA 4DSKA 3RTVA 4CHPA 3SUPA 4KB0A 1WSIA 3AA5X 4E19A 4KI6A 2Q3SA 4DMNA 2XO7A 4FLVA 3V9ZA 2Z1IA 2HNZA 3ZSZA 3RMDA 1SL0A 4HVJA 3OYKA 4FK4A 1RTHA 4KI4A 2KFZA 1VSLA 1TKDA 3DYAA 1FK9A 1QQCA 4FVMA 3DLEA 4K8XA 4LH5A 4M3TA 1QE1A 4FLXA 3HM9A 3V6DA 1D8YA 3T19A 3SUOA 1RBVA 2XRIA 2O4IA 3KKRA 4CGFA 3MECA 2X6SA 3V4IA 3LPTA 3HVRA 3S3OA 4BACA 2X6NA 1VK0A 1JKHA 1TK8A 4KTQA 1BQMA 4CJFA 3V81A 3JYTA 4CGDA 4DSFA 1B9DA 4FM2A 3SUQA 1DTQA 1NK5A 4RW7A 4H4MA 4PY5A 4DLGA 3SQ1A 1BCMA 5FDLA 1X9SA 2RKIA 1S9GA 3HSTB 3TARA 3OYCA 4M3YA 1WN7A 3QIPA 4JS5A 3CG7A 3V9SA 4CIEA 1KCFA 3TWHA 4DU4A 3TAGA 3QEPA 4NYFA 4FJGA 2QKKA 2KTQA 3DRRA 2IC3A 5CZ2A 4C8MA 3VQPA 3L2WA 1IKXA 1WJDA 1F21A 2YNGA 3AVMA 2VG5A 4AH9A 3PV8A 3EZ5A 1CXQA 2IAJA 2G8KA 3CQ8A 2HNYA 3NBPA 3ULDA 3SV4A 4CJ5A 1NK6A 1L3VA 4CCHA 4KHUA 4DQPA 1WJAA 2B6AA 2YNHA 4FLWA 3U6FA 4FK0A 1RBTA 1VSFA 1JLAA 3DLGA 2JGUA 4N56A 1QS4A 3L2QA 4KHWA 3G10A 1A5WA 3MAQA 1LAWA 3AO1A 4Z4GA 1TKZA 4KHYA 4KFBA 5HRNA 1G15A 3FFIA 3HVTA 4I2PA 3V1OA 3AO3A 3K5LA 3MXMA 1HQEA 4CGJA 1IKVA 5DMRA 4CGGA 3V9XA 1C0TA 5J2QA 1NKCA 4PUOA 1BIZA 2Y1JA 4LSNA 3NGZA 3T3FA 4FXDA 1EP4A 4GMJB 1RT4A 1B9FA 1TGOA 3SQ4A 4Z4HA 1RTDA 3U3GA 4F8RA 1TAUA 3NF8A 1ZBUA 1RDBA 4DG1A 3KD1E 1TK5A 4CJ4A 4DTRA 4DTOA 3HP9A 3PX4A 3QEVA 3QIOA 4DS4A 3OYBA 3OYAA 3O4NA 1A5VA 3KTQA 4PWDA 3QETA 4O0IA 3VN5A 3DLHA 1X9MA 1IH7A 2G8IA 1HNVA 3HO1A 2EHGA 1HNIA 4ELVA 3K5NA 4ICLA 1WJEA 2RF2A 3ZT2A 3K58A 4FW1A 4EZ9A 1SKSA 3KLHA 3SPZA 1NOZA 4B9VA 4M3XA 4OPJA 1VSDA 1TAQA 2O4GA 3D0PA 3PO5A 4Z4FA 1LW0A 1FKOA 3OYFA 3HP6A 1J5OA 3OYGA 4HCCA 3KLEA 1N6QA 1JL2A 3IRXA 4UQGA 1JL1A 3THVA 1O1WA 4KO0A 2YHBA 1TL1A 4N47A 4J2DA 1SV5A 4BE0A 1VSJA 3AV9A 4PQUA 5K14A 3AO5A 3WNHA 1T05A 4J2EA 1IKWA 1LWEA 3LP3A 4O0JA 4PA1A 4DF4A 4E1NA 4NCBA 2FBVA 4KHSA 2HHQA 3DOKA 5C25A 3AVKA 1NKEA 1NOYA 2Z1GA 1BI4A 3HK2A 4O4GA 2Z1HA 1RT3A 2RPIA 3DOLA 4CHZA 4CHQA 2ZE2A 1S9EA 3TABA 3OJUA 1B92A 4CE9A 3M8RA 4JLHA 1UA1A 1UWBA 1FKPA 1WSEA 4OLBA 3OYMA 2P5OA 1BISA 4IFVA 4B08A 4YFUA 3RRHA 1N5YA 2G8WA 4JS4A 3HPHA 1HRHA 3OJSA 3ZT1A 1BIUA 4RW6A 4CFCA 5FRNA 1S6QA 3DLRA 4CJUA 2XHBA 2OYQA 1S1TA 1DLOA 1D5AA 3DI6A 4O44A 1Q9XA 2F8TA 1L3TA 1L3SA 4DTJA 4J2AA 1BQNA 3SNNA 3AA4A 4HHTA 1XWLA 4E7IA 2YV0X 4KHQA 3WNFA 2HNDA 2D0BA 4H4OA 3DRSA 4DWIA 2BE2A 3LZJA 5J2MA 2HVHA 3TI0A 1T7PA 3RMBA 4F2SA 4Y1DA 4FLZA 3V9WA 1TK0A 2BGGA 3I0SA 4BE2A 4E3SA 4HCBA 3AA2A 1RCHA 4M3ZA 2ZQBA 4FJJA 4Z4CA 4DU1A 5CYQA 1TKTA 4FJHA 2G8UA 3TAMA 1LAVA 2HHUA 3NGIA 3KLFA 2BANA 3LAMA 4FW2A 4CJSA 1VSKA 5I3UA 4OGCA 2F96A 3AO4A 4CJ3A 3IAYA 3OYLA 1GOAA 3PO4A 1UOCA 3VQBA 2IS3A 4FZYA 4OPKA 4CJWA 4ZHRA 1HPZA 1KFSA 4DTXA 5FRMA 5KI6A 1WSGA 3LWLA 1XHXA 4CGIA 3VQ4A 3AA3A 4CHYA 3QNOA 3A2FA 4CIFA 3S3MA 1KTQA 3VQ6A 2DY4A 3HXMA 1NJYA 2OZSA 2D0AA 4CEOA 2I5JA 2X78A 5HBMA 3I8DA 4E7HA 4DF8A 3LP1A 3NDKA 3SV3A 3RR8A 2QKBA 3ITHA 4FM1A 3HJFA 3HPGA 3PUFA 2B4JA 4B8AB 3DLKA 2FBYA 1TVRA 3M8SA 1WSJA 3ZT3A 4FYDA 4CK1A 2ETJA 4CGHA 4AHRA 1RBSA 1C1CA 1EKEA 4BWMA 4B9TA 2W42A 3UIQA 2HHXA 3M8PA 4FJIA 2OPPA 1LW2A 4KHNA 1U04A 3LP2A 1KFDA 2ITGA 4OJRA 4GW6A 4JRPA 3IG1A 4DSLA 3L3VA 3V1QA 4EZ6A 2HW3A 1RTJA 2OA8A 2OPRA 2YHAA 3RR7A 3RWUA 4FJ7A 5DK5A 1XHZA 4XIUA 3P1GA 3M8QA 4I7FA 3NF7A 3V1RA 3EYZA 4DFKA 4CERA 4QOZB 3B6PA 3V9UA 4Z0UA 3VQAA 1EETA 1RT6A 4ID5A 4B9NA 4G1QA 4CJTA 4DFJA 2E6MA 2LSNA 2FC0A 3P5JA 1BI4B 3VQ7A 5HRPA 4ELUA 1EX4A 4CEBA 1KONA 5EU7A 3OYIA 3EY1A 1NK7A 2KFNA 4CEAA 1JLFA 4CF9A 4HTUA 3QEIA 2ATQA 3AVFA 4B9SA 3RMAA 4ELTA 3SUNA 2GV9A 2DFFA 3TR8A 4CJPA 4FJXA 4IKFA 3TAEA 1KLMA 4B9UA 4FJ5A 3VQ8A 3CM6A 2EX3A 3F73A 1ZYQA 3AVAA 4Y1CA 4AHUA 4LSLA 1LWCA 2VG7A 4WE1A 1C6VA 2NUBA 3KK3A 3NAEA 3ZSWA 2X74A 1RT5A 3I0RA 1A5XA 1LFPA 5SZTA 3TAFA 2P1JA 1JLEA 3O3FA 4Z4IA 3KD5E 4M41A 5JS2A 3H08A 3LANA 3QLHA 3G0ZA 4B3OA 2HHTA 4CIGA 3DMJA 4ID1A 3WNGA 4IG0A 4DSEA 3ZT4A 4YNQA 2E4LA 4M45A 2OPQA 4DTPA 1X1PA 4DTNA 2HHWA 2AJQA 2GUIA 3C6UA 4O5BA 4BDPA 4K8ZA 3ASMA 3AVJA 1WAJA 1VRTA 3QO9A 1LWFA 3MEEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LL6Z 1HW5A 1GOCA 3RPUD 1QHTA 3LZIA 1PUFA 4OVLA 4YOVA 4WXCA 1ZYRF 1EA3A 4FJKA 2FSWA 1O7LA 5M1QA 1U0JA 5F04A 4B8CA 2JWKA 3C2HA 3BG3A 2IGIA 3C6TA 1ZRCA 3ZXSA 1BHLA 1P9QC 1VRUA 1VQLI 1W2BM 1R5HA 1UHSA 3QOPA 3I9V2 4B47A 4WWCA 4JN4A 2XY6A 5J6XA 2R5YA 1HLUA 1XI1A 1YJWN 2QUFA 4JX4A 5J1YA 1W7PB 5AQUA 5FKLA 1IG8A 4DZPA 4JYAK 4P96A 3N4PA 3WUHA 2VT2A 2E34A 4A2UA 4RBOA 4FZXC 2DLLA 2FNPA 1OQYA 2O8XA 3SJHA 4XEIA 4ETSA 1B9NA 3MN6A 5J2NA 1JXBA 3O3KA 4HF1A 2LKXA 2FXAA 2RN7A 1YTAA 3GF2A 2W00A 3N05A 4XLCA 2M2EA 1VQMI 2FSNA 2QQBA 3ML6A 2R0QC 1FYLA 2GXGA 1ZBSA 1WLJA 3DKYA 3D1NI 3S1QJ 2E35A 3BG6A 4EJUA 1OKJA 2L7MP 1Z25A 3VEPA 3G1OA 1YHQI 3SJJA 4C8LA 5EOYA 4FOEA 2E2OA 1RBRA 1VSIA 4FL9A 1IW7F 2ETHA 3ZX2A 3HL2A 5EXWA 5AZIB 3OYNA 2FJ1A 4IHVA 4C8OA 3VQ5A 4EM0B 3KIOA 2R7RA 1Q9YA 2L01A 4FK2A 3S3NA 3L3UA 5IPAA 3SPYA 1XNRK 5B1AH 3ZLJA 2HDDA 3EE9A 5H20A 4CZFA 2CH6A 4O3MA 1YS6A 1ON2A 4DR4K 2Y48A 3DXKB 3GFJA 4MDBA 2JA8J 3N97A 1VTNC 2HNZA 4BAYA 2KFZA 1T33A 2WB1N 3VEYA 1LNWA 3E3VA 2R7ZJ 2E2JJ 2QWPA 4CGFA 1K79A 3DWLE 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2LYCA 2K02A 5J1UA 4A3KJ 1MBEA 3OOUA 5E1ZB 4X6AJ 2VGNA 2I8DA 3AARA 4JI2K 5KRTA 3VPZA 1VQ6I 4CF0A 3UNGC 2WADA 4LH4A 1XCVA 4H03B 1NJZA 4N9HA 2JN6A 3K9KA 3T7ZA 1SANA 2NZTA 4I9LA 2X9DA 1ZQ3P 5F6FA 2D0PA 1NTCA 2NRXA 4BRLA 3THXA 3FE1A 3HTSB 1J59A 2YKMA 2F5VA 3MXJA 3CETA 2BZTA 4FM0A 2A61A 2VXZA 2HWVA 2LKSA 3WODF 1KQSM 4EJWA 3MCZA 2LH9A 4WF9L 4P9FA 2ECCA 2ZGZA 1PUFB 2WC9A 2DCEA 3BGRA 1VQ8I 2Q8KA 3M3YJ 3ZT0A 3QAHA 2K9MA 3QERA 5LLQA 5DV5A 4J2BA 2ZB9A 4Y3OA 2ADUA 1TL3A 4AF1A 2NS8A 2GBZA 1NK9A 1G3SA 4O55A 4N4OB 2OTLI 4IO8A 3AVHA 4CXFA 5JVHL 1VQKN 5J2PA 4FHTA 1GLBG 2KLAA 2P51A 4JI3K 3CO6C 4KRFA 1CZAN 3ZSOA 2RN2A 4O8UA 1UCRA 4ZTJA 5AQOA 2OC6A 2JVHA 2WBNA 1W36D 4ZYAA 4LG0A 3O8GA 4IOAL 3IH2A 2QQAA 2E1YA 5ADXH 2M4GA 3E9LA 2Y2ZA 1WNSA 4UB8C 4A12A 2W85A 3K5OA 3SQ2A 3DLAA 1V5EA 4FLVA 4HF2A 2XGCA 1VSLA 3KZBA 2GOXB 1RESA 3KKRA 1LKXA 3THWA 1XC3A 5ICEA 2BXYA 3DTIA 4RW7A 3GDQA 5IT3A 1KZHA 1ETOA 3U4LA 1YYVA 3CG7A 1VQ6N 4CIEA 1VAZA 4RWTA 2FMYA 2KTQA 3L2WA 4FWQA 4IOCL 5C2FA 4OPAA 4MO4A 1O3QA 1S3JA 4N56A 3VESA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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