The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
146
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Knots found |
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sequence length |
402
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structure length |
401
|
Chain Sequence |
STFNRIHLVVLDSVGIGAAPDANNFSNAGVPDGASDTLGHISKTVGLNVPNMAKIGLGNIPRDTPLKTVPAENHPTGYVTKLEEVSLGKDMTGHWEIMGLNITEPFDTFWNGFPEEIISKIEKFSGRKVIREANKPYSGTAVIDDFGPRQMETGELIIYTSADPVLQIAAHEDVIPLDELYRICEYARSITLERPALLGRIIARPYVGKPRNFTRTANRHDYALSPFAPTVLNKLADAGVSTYAVGKINDIFNGSGITNDMGHNKSNSHGVDTLIKTMGLSAFTKGFSFTNLVDFDALYGHRRNAHGYRDCLHEFDERLPEIIAAMKVDDLLLITADHGNDPTYAGTDHTREYVPLLAYSPSFTGNGVLPVGHYADISATIADNFGVDTAMIGESFLDKLI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of phosphorylated phosphopentomutase from streptococcus mutans
rcsb |
molecule tags |
Isomerase
|
source organism |
Streptococcus mutans
|
molecule keywords |
Phosphopentomutase
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total genus |
146
|
structure length |
401
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sequence length |
402
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chains with identical sequence |
B
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other databases |
KnotProt 2.0: S +31
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ec nomenclature |
ec
5.4.2.7: Phosphopentomutase. |
pdb deposition date | 2013-10-16 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF01676 | Metalloenzyme | Metalloenzyme superfamily |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Phosphopentomutase | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Alkaline Phosphatase, subunit A | Alkaline Phosphatase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EW9 A; 3T01 A; 1ZEB A; 1Y6V A; 3B5Q A; 4LRA A; 1KHL A; 1ED8 A; 2IUC B; 4CYR A; 4UOO A; 4UOP A; 5AJ9 A; 1EW2 A; 3NKM A; 5INH A; 2W5V A; 4YR1 A; 1O98 A; 1URB A; 3IDD A; 5C66 A; 5EGH A; 3BDG B; 5LRN A; 1ANI A; 3DYC A; 1SHQ A; 3MK1 A; 3MK2 A; 2GSN A; 4MHX A; 4CXU A; 4LR8 A; 4LR2 A; 3UNY A; 3OT9 A; 3BDF A; 2W5S A; 2IUC A; 1ALJ A; 2W8D A; 3NKQ A; 4KAY A; 4GTZ A; 3T00 A; 3WBH A; 4UPL A; 2GSO A; 4LRC A; 4NWJ A; 3M8W A; 3WAX A; 4KAV A; 1KH9 A; 3BDG A; 4UPI A; 3NKP A; 1E3C P; 5DLW A; 1KH4 A; 3NKR A; 1KHJ A; 3UN3 A; 4LRF A; 3M7V A; 1P49 A; 3T02 A; 2ZKT A; 4LRD A; 1AJC A; 5KXA A; 3IGZ B; 2W5Q A; 1N2L A; 2X98 A; 5GRR A; 4LQY A; 2W5X A; 4MIV A; 4LR7 A; 3DPC A; 1E33 P; 2VQR A; 3E2D A; 3UN5 A; 1ALH A; 1EI6 A; 1FSU A; 5DLV A; 1AJA A; 3WAV A; 1Y7A A; 3LXQ A; 5HRT A; 2XR9 A; 2W5W A; 3CMR A; 1ALK A; 1O99 A; 2W8S A; 3MK0 A; 3NKO A; 3WAY A; 4ZG9 A; 1B8J A; 4QAX A; 3UN2 A; 4ZGA A; 5TJ3 A; 1URA A; 1ELY A; 5L0E A; 3NVL A; 5LRM A; 1EJJ A; 3Q3Q A; 4N7T A; 1ANJ A; 1KH7 A; 3BDH A; 1ELX A; 4KJD A; 4UOR A; 1K7H A; 4CXS A; 2RH6 A; 1N2K A; 4TN0 A; 1HQA A; 1E2S P; 2G9Y A; 2GSU A; 4GTW A; 3SZY A; 3KD8 A; 5DLT A; 4NWX A; 2W5T A; 4MY4 A; 4LRB A; 1HJK A; 1ELZ A; 2GLQ A; 2QZU A; 5K4P A; 4GTX A; 2IFY A; 1AJD A; 5L0K A; 5GOV A; 1ALI A; 2XRG A; 1HDH A; 1EW8 A; 4KM4 A; 2D1G A; 1EQJ A; 4LRE A; 5LQQ A; 3NKN A; 3UO0 A; 1KHN A; 2ANH A; 3TWZ A; 4CYS A; 4GTY A; 3ED4 A; 4B56 A; 3M8Z A; 1SHN A; 4LR9 A; 1KHK A; 5EGE A; 5IJQ A; 3WAW A; 5IJS A; 2GA3 A; 4KJG A; 1KH5 A; 4ZG7 A; 4UPK A; 1ED9 A; 3TG0 A; 1AUK A; 4CXK A; 4ZG6 A; 3TX0 A; 1AJB A; 1ZED A; 4FDI A; 4UPH A; 3SZZ A; 2W5R A; 1E1Z P; 4FDJ A; 3M8Y A; 1ZEF A; 3A52 A; 3IGY B; 5L0B A; 5LIA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L6V 3; 3QAE A; 1J27 A; 2XHW A; 4FP9 A; 4L3N A; 5LRN A; 4QBU A; 3BPS P; 5KOX A; 4EZ6 A; 3PR5 B; 4V19 X; 1NSK L; 1SV5 B; 1WF2 A; 1T9U A; 3TA1 A; 4QIW D; 1S9E B; 3HHL A; 4OX9 F; 2XZW A; 3OPK A; 3X3U A; 1N8R T; 1AFI A; 1AUS L; 3Q8U A; 5GRR A; 4USH A; 2ASD A; 1RI7 A; 1LW0 B; 2WB4 A; 4QWD A; 4KHP F; 2PA3 A; 2G2Y A; 1RKI A; 4URS A; 4K2J A; 2X1A A; 4DPO A; 1KOH A; 2EG1 A; 2KZM A; 3PY8 A; 4NLQ A; 4ZN3 A; 3U7J A; 1M0S A; 1OYE A; 3I5C A; 1F2H A; 4NI2 A; 2IJN A; 2DNY A; 2ANH A; 1QAX A; 4RU9 A; 1EZZ B; 4OYA A; 5I3Q A; 1AXQ A; 4OZL A; 4B3M F; 3W8G A; 2FJV A; 4AUK A; 4AND A; 2QSF A; 2VBW A; 1VK3 A; 1UEV A; 1PYS B; 3GB0 A; 4X4R A; 3QGH A; 1N54 B; 5B08 A; 4OQJ A; 4CT8 A; 1SIZ A; 3W2V A; 3C6T A; 3PYE A; 1TL7 A; 2R8G A; 1URB A; 3EVW A; 4HTJ A; 1X4A A; 4YS2 A; 2XC9 A; 1JQG A; 4JI3 F; 1F2G A; 3OT9 A; 2GHV C; 1R8C A; 2W8D A; 1QSS A; 3BO3 A; 2NZ4 A; 2Z2L A; 2BYC A; 4X64 J; 1OPZ A; 1NSP A; 4ZVF A; 4EO6 A; 4UT4 A; 2NR0 A; 4YUD A; 2C3M A; 3UE2 A; 4LUB A; 4DF8 A; 5K8O A; 3HT0 A; 2Y8Y A; 3CD0 A; 1UJ4 A; 1JLF B; 2I6W A; 3VCD A; 2YQ0 A; 1DUR A; 3V81 A; 4L72 B; 4MYT A; 3GII A; 2HK3 A; 3UD5 A; 4QAX A; 3UD4 P; 1ANJ A; 4CCH A; 3WC2 A; 2EK6 A; 2CJ9 A; 1BUX A; 1KVJ A; 4E2F B; 3CUN A; 2R8I A; 4YR3 A; 1RTH A; 2W24 A; 4F0M A; 1SKU B; 4CTA B; 4DHV A; 3M8Z A; 3OR1 B; 4O4G B; 1YJW S; 3NRB A; 4CO0 A; 3RW7 A; 3EUN A; 2DY9 A; 4WBF A; 5D0G A; 4R8U A; 1NUE A; 3W5Z A; 2XS2 A; 5LT5 A; 1CQN A; 1VJQ A; 3ILO A; 1WAC A; 5EWG A; 3M8W A; 1TAU A; 1RT3 A; 3HKW A; 4DR4 F; 1UWB B; 3LWL A; 3Q2S C; 4OJ1 A; 5DLV A; 3NAH A; 3D3B J; 3WAV A; 3ONQ A; 1VBX A; 3H5Y A; 4FF3 A; 3R5G A; 2HHS A; 3CCS S; 1WEL A; 3HZE A; 1XNQ J; 4IOA Q; 1EAY C; 2HVD A; 5KFX A; 4J5O A; 2I2Y A; 1TK5 A; 1FKA F; 2M0G B; 4ELU A; 3NMR A; 4CM2 A; 3VR1 A; 1RA7 A; 2F40 A; 5AE1 A; 3F0N A; 4Q45 A; 2C3U A; 2A2C A; 4KB7 A; 3BH7 B; 3N4W A; 1HQE B; 1HYS A; 1UPP A; 3C14 A; 2L9D A; 3I0S A; 4CP5 A; 3JQJ A; 1GFW B; 5LMN J; 3GWC A; 2IRY A; 5DDR C; 4I2Q A; 3DXS X; 4QYR A; 3KLG A; 1HR0 J; 3TAN A; 1RGV A; 5CD4 H; 1GXL A; 1ZM4 A; 3QLH A; 3VZI A; 4ZJQ A; 5SUH A; 4QIE A; 3GIL A; 1YQH A; 4YHH J; 1QE1 A; 4DFJ A; 3IRX A; 3PRD A; 3BF4 A; 3OL6 A; 5CYM A; 1RAC B; 4F04 B; 4L76 A; 2IRU A; 5DG7 A; 2OEJ A; 2FVP A; 1T9T A; 1GT8 A; 1RU1 A; 2HZA A; 2HQC A; 4O0N A; 1YBU A; 4EZ9 A; 4PCQ A; 5GAE I; 1LXJ A; 3T6B A; 2KFZ A; 5K14 B; 4AE5 A; 1U1O A; 1EHW A; 3QBC A; 4P2X A; 2W2N P; 3SFG A; 2LU2 A; 1HJK A; 2GMH A; 4CYU B; 1QJH A; 1M5P C; 4M95 A; 2J7U A; 4WIQ A; 4CLP A; 2DNZ A; 1JNR B; 4BHQ A; 5F0U A; 4OI3 A; 1WI6 A; 4DR6 J; 4XO0 A; 4YY3 J; 3OVA A; 2YY3 A; 4A8W A; 3DOM B; 1LWC A; 2FZG B; 1NDK A; 1U26 A; 4EYH B; 2YQ1 A; 4WE1 B; 1EW2 A; 3G4S S; 5D3G A; 4YR1 A; 3HHL B; 4DSK A; 1G1X A; 3NS6 A; 4DL2 A; 5I3U A; 1PIE A; 4QW8 A; 4ANC A; 4KAV A; 3BDG A; 2DGT A; 2CDQ A; 4R5P A; 3MPW A; 1L3U A; 1FXD A; 2FIU A; 2MKI A; 2MKC A; 2NRE A; 3QMQ A; 4IRD A; 3PRV A; 3KHH A; 5DG9 A; 3BH6 B; 1FEH A; 5D4N A; 4WFN Q; 1O99 A; 3PVX A; 4USI A; 1GAO A; 2V6A A; 3SMZ A; 3DLK A; 3WBZ A; 2HGN A; 4ZP7 A; 1WOS A; 3CC2 S; 3MCO A; 3MEK A; 1RJJ A; 3EWG A; 2P6S A; 4NI2 B; 3HFV A; 2U1A A; 4NWX A; 1FER A; 3SV4 A; 3TA0 A; 2HRT A; 4ES1 A; 4Z7C A; 1X7V A; 2FJB B; 3PXG a; 1NSQ A; 2OEM A; 2FGO A; 1IQZ A; 2ZVI A; 2VF3 A; 3W62 A; 3LUY A; 3J7A 1; 1Q0N A; 4TLQ A; 1PGZ A; 1U8S A; 3LWM A; 2JEF A; 4ECV A; 3W2V B; 3C6T B; 1TL7 B; 4HEA 9; 2MEW A; 3QJL A; 3M8Y A; 2WHO A; 3IGY B; 4MK8 A; 3CC4 S; 1IBL F; 2KTQ A; 1HNV B; 1XQI A; 2CPZ A; 4CDI A; 3HI9 A; 2V8G A; 4KAI A; 2J8A A; 3IP0 A; 5D15 A; 2HFN A; 1R8H A; 2AWZ A; 1L3V A; 4RU2 A; 3TP2 A; 2QLX A; 3V81 B; 4E98 A; 3E2E A; 3HVW A; 2CQP A; 2ALZ A; 2MTL A; 5EX0 A; 3R9L A; 4YDX A; 4W92 B; 2W2O P; 1K47 A; 2Y0S D; 3BBB A; 4NZ6 A; 3OQ2 A; 3M6W A; 2AT1 B; 3ISN D; 2Z0G A; 1S9G A; 3BRE A; 3CCQ S; 3RB4 A; 1K73 T; 3RAX A; 5DO2 A; 2XI3 A; 4A8Q A; 4EUV A; 1FJ7 A; 2W9B A; 1RTH B; 2V4Q A; 2RUG A; 4ZVP B; 5F9N A; 1WDT A; 2E9Z A; 4CLL A; 1R89 A; 1HWK A; 3VQS A; 2Z2Z A; 3UR3 C; 1MU2 A; 4DR7 J; 3MD3 A; 4DJB A; 3N6L A; 2ZH3 A; 2IAJ A; 4DPU A; 2H4Y B; 2H5E A; 3FUY A; 2WON B; 2ACY A; 4DXL A; 3V6D A; 1SJR A; 2W2Q P; 3CDW A; 3G6Y A; 3MUT P; 2DVI A; 4RBV A; 4GVL A; 1D8Y A; 3H5S A; 4F4Y A; 3MFH A; 3EX7 B; 4I64 A; 3OSP A; 3BO2 A; 4C8M A; 4KJI A; 3GIJ A; 1KHV A; 2UXD F; 1X5S A; 4TY8 A; 1RAH B; 3CJ5 A; 2VPX B; 3QGP A; 4OHY A; 3UDC A; 1DBD A; 1NJW A; 1B64 A; 1YKW A; 1S0M A; 3N01 A; 1SH3 A; 1NJY A; 1JLC A; 2IMO A; 1XR6 A; 4LF1 A; 1H74 A; 5HRT A; 1X5T A; 1EX8 A; 4LFC J; 4KGM A; 3W2W A; 4ZCI A; 2VBZ A; 5IQ6 A; 5DZ6 A; 5F3Z A; 2XZD B; 2MY7 A; 1U0H B; 1HYS B; 3C14 B; 3RR8 A; 3I0S B; 4ZLP A; 2KRR A; 4NXM J; 3QT5 A; 2MKH A; 2XYG B; 1KNZ A; 3NKN A; 1HFE L; 1T8E A; 4ZCL A; 4I2Q B; 1DAR A; 1U09 A; 3KLG B; 4D3H A; 3QLH B; 1XWL A; 1N32 F; 1NJI T; 1QE1 B; 1S72 S; 3IRX B; 1U2F A; 3H25 A; 1JKH A; 3KUE A; 4P72 A; 3KXD A; 5CYM B; 1JXE A; 1FNX H; 2I1R A; 4ED1 A; 1PJ6 A; 1QLN A; 1OO0 B; 3W65 A; 2ZH8 A; 2Q79 A; 1JXL A; 5A0Y A; 4HL9 A; 1UZH A; 5HP1 A; 3BSA A; 2HHH F; 1HNZ F; 3FSI A; 3O44 A; 4DX7 A; 3D66 A; 4PZV A; 2YPY A; 5LJ5 Y; 3UDL A; 1T9X A; 4DN0 A; 3UI3 A; 3JAM Y; 1R31 A; 2XQC A; 2KZZ A; 1WC0 A; 3UN2 A; 2RH3 A; 5KFH A; 2HRY A; 1WWH A; 3PKM A; 1FJG J; 3NCQ A; 3W60 A; 1TK8 A; 4X65 J; 3PX6 A; 4ATN A; 2ROP A; 2MKK A; 4NYZ A; 1S4E A; 3IWN C; 2DR9 A; 3IBW A; 1W25 A; 3DRS A; 1YHQ S; 3SV3 A; 2LXU A; 1TL1 A; 2V2K A; 4OV6 A; 3CCR S; 3WX8 A; 4ECZ A; 3DI6 B; 3M8Q A; 1NDC A; 3BN7 A; 3GCW P; 3PJ9 A; 3MMJ A; 4ZG7 A; 1AB8 A; 5HMX A; 5D3G B; 2AEF A; 2XB2 D; 2GX8 A; 3AOA A; 3VAK A; 5I3U B; 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3QAT A; 4LF4 F; 4G1Q A; 3BDH A; 3G71 S; 2K1R A; 1MU2 B; 3D3C J; 4J9O A; 4NZ0 A; 3LGM A; 1DLO A; 3EJM A; 4HR2 A; 2DIS A; 1O5J A; 4FVM A; 2IBK A; 3BS9 A; 1RXO B; 2B8P A; 3Q8P B; 4K50 A; 1YK9 A; 4DDF A; 2IAJ B; 4DV5 J; 2Q43 A; 3QGG A; 3V6D B; 2CFX A; 2ASJ A; 2VOO A; 2MB0 B; 2VUG A; 1NCL A; 1HQ2 A; 4RZR A; 4FZV A; 2FHJ A; 1T95 A; 1S1V A; 1YZ6 A; 4UOP A; 1CS4 A; 4IFY A; 4A8Y A; 4PQA A; 2CZ9 A; 2WVD A; 2H48 B; 4OFZ A; 5HJX A; 2PSZ A; 4N56 A; 4CNZ A; 3FCH A; 1JLC B; 2CQH A; 2BQR A; 2OPS A; 3I5A A; 2HQD A; 3IAS 9; 3BO4 A; 5EWE A; 2EFG A; 2A10 A; 5B0B A; 2WAQ D; 4X4T A; 2V2V A; 5AXL A; 2QYG A; 3K0J A; 3W2W B; 1ZM2 A; 4DUZ F; 1Y7A A; 3G82 B; 2HAI A; 1TL3 A; 3HHD A; 3MMB A; 4N47 A; 4B9U A; 3K5P A; 2LA4 A; 4ANE A; 1E2S P; 1CJT A; 1WUU A; 3ZZ0 A; 5HBM A; 3Q2T C; 1VC0 A; 4ZPD A; 4X84 A; 3TOQ A; 2I5J A; 1C0T A; 1QUV A; 2YNG B; 4AXJ A; 4A8K A; 2PI4 A; 4X4N A; 1JKH B; 1TQL A; 2H9Z A; 2V8D A; 4WKR A; 1PBU A; 1A9N B; 1M90 T; 4OZN A; 3TJ9 A; 4ECX A; 4YR0 A; 4O3N A; 5K8M A; 2XYH B; 3I96 A; 5J1N A; 1DTT B; 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