2P7G | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	222
structure length	222
Chain Sequence	NKIVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHMEDPRRAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__030618000826818__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__030618000826818__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2P7G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__030618000826818__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"030618000826818","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2P7G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__030618000826818__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd6ba783b673413d544a93/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd6ba783b673413d544a93/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd6ba783b673413d544a93/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd6ba783b673413d544a93/pdb.gz): 3363 ms

reading 222 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

222 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:221});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hormone receptor
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural determination of estrogen-related receptor gamma in the presence of phenol derivative compounds. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Estrogen-related receptor gamma
total genus	86
structure length	222
sequence length	222
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-03-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	2p7gA00

1ERRA 1IE8A 5KCWA 5DZIA 1LV2A 1XNNA 4MG9A 3UVVB 4NB6A 1NQ7A 5DWJA 2OAXA 3ADTA 3ILZA 4MGAB 5EJVA 1XNXA 2VV1A 1XDKA 2ACLA 3VRVA 2Q70A 2PKLA 1RKHA 1T65A 1T76A 2AX8A 3QT0A 4K4JA 4R6SA 5DXEA 4APUA 1XJ7A 3P8XA 4QE8A 1X78A 5GT4A 5DZ3A 3B1MA 1R1KA 1U3SA 3H0AA 2ZK6A 4PWLA 2ZMHA 4PPSA 3KBAA 2POGA 4J5XC 3GYUA 4WPFA 2ZXMA 3FC6B 4XI3A 1YY4A 4JGVA 3VJIA 2IOKA 4UDCA 1QKNA 3NSPA 1E3GA 3M7RA 1OSVA 2ZL9A 4EMAA 3A2JA 2QXMA 2Q3YA 4S15A 4PRGA 3S9SA 4IV4A 3KDTA 5DUEA 2ZLAA 5DMFA 4XUMA 1Y0XX 5B5BA 5F9BA 1XQCA 3W0YA 1ZGYA 2XHSA 3FXVA 1P8DA 1XZXX 1K74A 4WLBA 4X1FA 1DB1A 3GZ9A 1T5ZA 4J26A 1NDEA 2AA5A 3DCUA 3FEJA 4HEEX 4DORA 2QZOA 4OKBA 3W0IA 4L96A 5DK9A 2Q7JA 2FSZA 2QTUA 3TX7B 2HARA 5AZVA 1N4HA 1T73A 4CSJA 3KMZA 5AVIA 5AAVB 3FURA 3K6PA 5DL4A 5E15A 1KNUA 1Z5XU 2GP7A 5KCDA 1XVPA 5GIDA 4KZIA 5L11A 1EXAA 3OSIA 1N83A 2BAWA 2ABIA 4IV2A 3BEJA 1LBDA 3F7DA 3WWRA 4WHFA 3OMMA 2OVHA 4WHGA 5DY8A 3OZJA 1NQ0A 3ZQTA 1XV9A 4MG7A 4ZNUA 3F5CA 3AX8A 3OMQA 4REEA 2G5OA 5AZTA 3A9EB 2G0GA 4RMDA 3OMPA 2AAXA 2AYRA 2JFAB 2YATA 2AMAA 3K22A 2PIQA 4IUIA 5DP0A 3W0AA 3UUAA 5FQTA 4OHAA 3B0QA 1FM6D 3IPSA 4IA1A 4LNWA 4OKXA 1NQ2A 2J14A 2E2RA 4ZJRA 5DXGA 3B0RA 3OOKA 5A86A 3V4AA 3CS6A 4OKWA 2GWXA 1E3KA 2AO6A 5DYDA 1YJEA 4QJRA 1UOMA 5DXMA 3X31A 3OLFA 2AA6A 2QPYA 2ZNPA 1G2NA 1XAPA 3FUGA 5HJPA 5SYZA 2ZVTA 3G0WA 4A2JA 1RKGA 3DT3A 3G9EA 1X7JA 2VSTA 4IQRA 2QABA 5DXKA 4LNXA 3VSOA 3ERDA 4PP3A 2QH6A 2HB7A 3D5FA 3A2HA 3VTCA 5JJMA 1UPWA 3E7CA 5DV6A 3AUNA 3BQDA 2Q59A 4R06A 5AVLA 1NUOA 2BJ4B 4JYHA 4G1YA 2HB8A 1T7FA 4ZNTA 3LBDA 3DZYD 3DZUA 1PRGA 1FCZA 3B0WA 1I7IA 3FALA 1FM9D 4RUPA 4REFA 4YMQA 5KROA 1PQ9A 3ERTA 2B23A 1TFCA 2YJAB 4E4KA 2R40D 1YP0A 3VJSA 4DOSA 3OSAA 4N73A 5DKGA 4ZNSA 2Q5SA 3L0EA 4LTWA 2ZK5A 3LMPA 4ZNWA 4DK7A 2I4ZA 3ADSA 1R20D 5APJA 4IA2A 5ICKA 4KZJA 5DVCA 4E2JA 2OUZA 3CJWA 5APHA 5IXKA 2NW4A 1XOWA 4G2IA 4JL4A 3JZBA 4OZTE 1X7BA 5IAWA 5C4TA 2VV3A 4OEDA 3ADVA 3AZ1A 3VJHA 4N1YA 4RUJA 5DWIA 4QL8A 2G44A 2P1TA 3L0JA 3D24A 4TUZA 2FAIA 5E7VA 5EHJA 2PIWA 3CS8A 4RMEA 2IHQA 5KRJA 4A4WA 3MNEA 1TXIA 2HFPA 2OM9A 4RMCA 2VV1B 2ACLB 3IPUA 5L7HA 3W5TA 5KRIA 3IXPD 1YOWA 1QKTA 2ZNNA 3E94A 3OS9A 5FQSA 3UP0A 2AWHA 2I4JA 4LSJA 4IWFA 3AN3A 2P7ZA 2XYWA 3KDUA 4S14A 1GWQA 2AX9A 1HG4A 2A3IA 1RJKA 2QMVA 4OZRE 5G42A 3UUDA 3VRUA 5B41A 4OKTA 5KRCA 3PBAA 1UPVA 2P1UA 2O9IA 2GPOA 4UDDA 5DUHA 2GTKA 4TV1A 4ONIA 3V49A 3VHVA 4A4VA 4PXMA 2ZNQA 2HCDA 1G1UA 4O8FA 4MGBA 2Q61A 3A78A 5KCCA 4OIUA 4DM8A 3EYBA 4FNEA 5HYKA 2YFEA 4QE6A 3UP3A 1NHZA 2NPAA 2QGTA 3DR1A 2ZASA 2Q6JA 3RVFA 3ET0A 1BSXA 1SR7A 4IW8A 4PPPA 2QZOB 3B68A 4ZNVA 1KKQA 2XYJA 5KRAA 3ZRBA 5KRFA 1VJBA 2IOGA 2QW4A 2QGWA 1EXXA 4XHDA 3W5RA 5DX3A 1ILGA 2QA8A 4G20A 1U9EA 1XLSE 1YUCA 2PIUA 3CWDA 1NYXA 5DUGA 3WT7A 5FQVA 3X36A 1XVPB 2O4JA 3X1IA 3B5RA 1S19A 2QE4A 2AA2A 3W0JA 5HZCA 2QR9A 1R5KA 4ZJWA 1SKXA 1T63A 3W5PA 2OVMA 3FEIA 4UDBA 2YHDA 4MG7B 5DMCA 1Z95A 3F5CB 1K7LA 1ZH7A 2AX7A 4FN9A 4YNKA 5KYAA 3SP9A 2ZLCA 5DTVA 3VHUA 5EGVA 3D90A 1R1KD 5DKBA 3SZ1A 3H0AD 3UU7A 2PIXA 4PLEA 1ZUCA 4J5WA 4RZFA 2V7CA 2HASA 4F9MA 3VRWA 4YT1A 5DXRA 3Q95A 5DZ0A 2Q6RA 4Q50A 2Q7IA 5C4UA 3ET2A 3CLDA 3NSQA 4OJ9A 4X1GA 5GIEA 5L7EA 4PF3A 5JI0D 3WGPA 1Z5XE 4FGYA 1PQCA 3AURA 4G1ZA 3WT5A 2PITA 3VT7A 1OT7A 4NQAB 4N8RA 3OGTA 5EI1A 3HC6A 1FCYA 1EREA 1R6GA 3HLVA 2FVJA 4J5WC 1K74D 1XLSA 5DLRA 1ZAFA 3RUUA 4ITEA 5JJMB 1SJ0A 1YIMA 1PQ6A 2ZK3A 2VV4A 2POBA 2Q1HA 3OS8A 1NQ1A 2Q59B 2ZK4A 4M8HA 4QM0A 5DKSA 3R8AA 4NUFA 3RLLA 4ZO1B 5C4OA 5AAVA 5DKEA 4DK8A 4PP5A 3OLLA 2GPUA 2J7YA 4B7WA 4POJA 1OVLA 3KPZA 1YYEA 4BCRA 3FALB 2ZK2A 5HCVA 3CTBA 3D57A 3RUTA 1ZDUA 1I37A 3WFFA 1IE9A 5G44A 1Y9RA 2ZKCA 1S0XA 2P54A 3HZFA 3TY0A 4IU7A 3L3ZA 1QKUA 3PCUA 3MNPA 3RLJA 5DZHA 3O1EA 2Q1VA 5FQRA 5G3JA 3G8OA 5G45A 2YLYA 2GL8A 2P7GA 2QNVA 3CQVA 1SQNA 2PNUA 4OC7A 5EC9A 4IVYA 3W5QA 5AYGA 3UUCA 3K8SA 5AAUA 3E00A 2JJ3A 4M8EA 4MDDA 4OH5A 1XB7A 2PRGA 3R5NA 4MGDB 2QSEA 3PEQA 3KMGA 1YA3A 2W8YA 3CS4A 4TUZB 5DWEA 3VN2A 1QKMA 1A28A 3OAPA 3VRTA 2YLOA 3P89A 3DY6A 2J4AA 5DRMA 3L03A 4HLWA 4L98A 1P93A 1XP9A 2YJDA 1OSHA 2HWRA 5EITA 1MZNA 4OZTU 2ZY0A 4ZI1A 1FD0A 3ADWA 3OOFA 5DV8A 4FHHA 4LBDA 1UHLA 4ZNHA 4MG9B 4ZN9A 1A52A 4XAOA 2HVCA 5AWKA 4NY9A 1I38A 4OJ4A 4R2UA 3VTBA 2GPVA 4DQMA 1NAXA 5CJ6A 2J7XA 1XDKB 5E1CA 4JYIA 4OARA 5I4VA 2HAMA 3VI8A 1DKFA 4XLDA 1I7GA 1RDTD 5DXQA 3MNOA 1PZLA 2I0GA 5E19A 4MGBB 3L0LA 2YLPA 3OMKA 2QXSA 1MVCA 4FHIA 5DV3A 5L7GA 2ZXZA 5DXPA 2I0JA 5G5WA 4PVUA 4XTAA 3VTDA 2PJLA 2Z4BA 4G21A 1Y0SA 3AZ3A 1XIUA 4YPQA 3A3ZX 3AUQA 3BC5A 3PRGA 1ZEOA 5G43A 4WVDA 1XPCA 1GWRA 2ZNOA 4MG8A 4WQPA 5DIEA 1L2IA 1ZKYA 5KRMA 4DMAA 5HYRA 3IPQA 5DX3B 3A2IA 2AX6A 4CI5A 1MV9A 2AXAA 2QA8B 3GBKA 4OILA 1HJ1A 4ITFA 2AB2A 3N00A 3B0TA 5DWGA 2NXXA 4G2HA 5K13A 4J5XA 5DWLA 3HC5A 5DXBA 4OH6A 3KYTA 4Q0AC 5KCEA 3U9QA 1WM0X 3G8IA 5DVVA 5JY3A 4OLMA 2Q7KA 5AK2A 4XUHA 4IS8A 3V3EA 3HO0A 3FS1A 2PIOA 1T7MA 3UVVA 3ZRAA 5DIGA 5KCUA 5GICA 1X7EA 2ZFXA 4MGAA 4RZEA 2O4RA 3PLZA 1G5YA 4QK4A 3VT5A 5C4SA 2JF9A 3R2AA 3CDSA 3WMHA 1XV9B 3UU7B 2PIRA 1FM6A 4OIVA 4UDAA 3WJ4A 3Q95B 5DZ1A 3OKHA 3OSWA 4N5GA 4IW6A 4OFUA 3UUAB 2Q5PA 4Q13A 2AM9A 4Y29A 4IA7A 5APKA 3TKCA 4S0SA 5LWPA 2ZXNA 4OFRA 3FC6A 3TKMA 1XP1A 5DI7A 1XP6A 2H79A 3ET3A 2P1VA 3W0GA 2REWA 2GPPA 3B67A 2PIVA 4DM6A 4IA3A 1N46A 3NOAA 5AWJA 3GWSX 4MG5A 5HJPB 1U3RA 2VV4B 3JZCA 5LGAA 1K4WA 2EWPA 3B3KA 4ZO1X 4S0TA 2PINA 1T74A 4K6IA 5KR9A 3A40X 4IVWA 5ETHA 5KRKA 1GWXA 1OVLB 2Q60A 3PO9A 1YMTA 1KV6A 1X7RA 3R29A 2AA7A 3ET1A 3DCTA 1FCXA 4MG6A 3W0HA 3WFGA 3X1HA 3DZYA 1NRLA 1S9QA 3P0UA 4OEYA 1G50A 1T7TA 2ZK0A 3HM1A 1FM9A 2H77A 2ZBSA 5DIDA 4ZN7A 2Z4JA 3GWXA 2R40A 4RUOX 1PCGA 1U3QA 1FBYA 4PP6A 4ZOMA 3GYTA 4RWVA 5HJSA 2XKWA 5E0WA 4PLDA 5E0XA 4OJBA 1XQ3A 3L3XA 4KZMA 4RFWA 1YOKA 3OS8C 3K23A 4EM9A 1PDUA 3A9EA 4RAKA 2Q6SA 1Q4XA 5IZ0A 4K7AA 2JFAA 1R20A 3WJ5A 1T7RA 2HC4A 3V9VA 1NAVA 3R8IA 5KRHA 3ADXA 3HQ5A 3GD2A 4CI4A 4POHA 2B1VA 1X76A 2HBHA 4JYGA 1ZDTA 4J24A 3VHWA 3VT3A 3VT6A 2P4YA 1S0ZA 1L2JA 2P7AA 5FQPA 3VSPA 2ZMJA 2B1ZA 4OEAA 1YINA 3V3QA 1M7WA 2G0HA 3D6DA 3OZ0A 3RY9A 1S9PA 2ATHA 3SP6A 4MGCA 1UHLB 3KFCA 3KWYA 2AMBA 3R8DA 3ADUA 2GIUA 3KMRA 3IXPA 3V9YA 2Q5GA 2I4PA 2Q8SA 5KYJA 5KD9A 1RDTA 3R5MA 2BJ4A 2P15A 5DYBA 1ILHA 2HWQA 3OMOA 1DKFB 2NXXE 3P88A 3HODA 3O1DA 2YLQA 3B66A 3GN8A 4IWCA 2V0VA 2OZ7A 5G46A 3VT8A 4OK1A 4E4QA 5H1EA 5KRLA 4RE8A 3UUDB 3VT9A 2PIPL 2VV0A 3DZUD 5DSHA 2QA6A 2F4BA 4P6XA 5ACCA 1RK3A 3AN4A 4NIEA 4TV1B 2XYXA 2LBDA 1GS4A 4OGHA 4JAZA 1T79A 4P6WA 5DU5A 2VSRA 1H9UA 2B50A 4MG8B 4MGDA 1PK5A 2OCFA 2ZK1A 5KCFA 4RZGA 4XT9A 5KCTA 3CDPA 3E00D 5DRJA 3T03A 3WT6A 3IMYA 2NV7A 3AFRA 3L1BA 3IA6A 2VV2A 3OLSA 2R6YA 4OZRU 3ZR7A 5M96A 2ZMIA 1M13A 3AZ2A 4OEZA 4G1DA 5E14A 3OKIA 3W0CA 5DXBB 2Q7LA 3WTQA 3HVLA 3H52A 3VT4A 3B65A 2R6WA 3V9TA 3VJTA 1M2ZA 5DVSA 3FLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ERR A;  1IE8 A;  5KCW A;  5DZI A;  1LV2 A;  1XNN A;  4MG9 A;  3UVV B;  4NB6 A;  1NQ7 A;  5DWJ A;  2OAX A;  3ADT A;  3ILZ A;  4MGA B;  5EJV A;  1XNX A;  2VV1 A;  1XDK A;  2ACL A;  3VRV A;  2Q70 A;  2PKL A;  1RKH A;  1T65 A;  1T76 A;  2AX8 A;  3QT0 A;  4K4J A;  4R6S A;  5DXE A;  4APU A;  1XJ7 A;  3P8X A;  4QE8 A;  1X78 A;  5GT4 A;  5DZ3 A;  3B1M A;  1R1K A;  1U3S A;  3H0A A;  2ZK6 A;  4PWL A;  2ZMH A;  4PPS A;  3KBA A;  2POG A;  4J5X C;  3GYU A;  4WPF A;  2ZXM A;  3FC6 B;  4XI3 A;  1YY4 A;  4JGV A;  3VJI A;  2IOK A;  4UDC A;  1QKN A;  3NSP A;  1E3G A;  3M7R A;  1OSV A;  2ZL9 A;  4EMA A;  3A2J A;  2QXM A;  2Q3Y A;  4S15 A;  4PRG A;  3S9S A;  4IV4 A;  3KDT A;  5DUE A;  2ZLA A;  5DMF A;  4XUM A;  1Y0X X;  5B5B A;  5F9B A;  1XQC A;  3W0Y A;  1ZGY A;  2XHS A;  3FXV A;  1P8D A;  1XZX X;  1K74 A;  4WLB A;  4X1F A;  1DB1 A;  3GZ9 A;  1T5Z A;  4J26 A;  1NDE A;  2AA5 A;  3DCU A;  3FEJ A;  4HEE X;  4DOR A;  2QZO A;  4OKB A;  3W0I A;  4L96 A;  5DK9 A;  2Q7J A;  2FSZ A;  2QTU A;  3TX7 B;  2HAR A;  5AZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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2P7GA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations