3W0H | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	258
structure length	247
Chain Sequence	SHDSLRPKLSEEQQHIIAILLDAHHKTYDPTYADFRDFRPPVRMSPLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTSDDQIVLLKSSAIEVIMLRSNQSFTMDDMSWDCGSQDYKYDVTDVSKAGHTLELIEPLIKFQVGLKKLNLHEEEHVLLMAICIVSPDRPGVQDAKLVEAIQDRLSNTLQTYIRCRHPPPGSHQLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRSLSFQPENSMKLTPLVLEVFGN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__983865094640371__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__983865094640371__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W0H/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__983865094640371__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"983865094640371","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W0H/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__983865094640371__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d035e9bec7103c97747067f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d035e9bec7103c97747067f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d035e9bec7103c97747067f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d035e9bec7103c97747067f/pdb.gz): 2623 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription
source organism	Rattus norvegicus
publication title	Structural basis for vitamin D receptor agonism by novel non-secosteroidal ligands. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Vitamin D3 receptor
total genus	97
structure length	247
sequence length	258
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-10-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	3w0hA00

2P15A 2NXXA 3ADXA 1YOWA 5SYZA 4DQMA 2VV1B 3L3ZA 3ET2A 4WHFA 3B0TA 2ZNQA 5E15A 5B41A 1Z5XU 2IOKA 1S9PA 2ZK2A 3HVLA 4PP3A 5AWJA 3VT6A 2QR9A 1GWQA 1XPCA 3OMQA 1XOWA 5DXKA 1K4WA 5DZHA 2GTKA 3VJIA 1E3GA 1NQ2A 2QZOB 2ZK5A 1I37A 1ZGYA 3PO9A 4IV4A 2B1ZA 2J7YA 5GT4A 5HZCA 4G2IA 2PIOA 4PP5A 3M7RA 5DIGA 5DYBA 3SP9A 3S9SA 1G5YA 1QKUA 3P88A 2BAWA 4QL8A 4G1YA 5FQPA 3DY6A 3W0CA 4IA1A 4RAKA 1UHLA 4ZNUA 4ZN9A 5KRIA 3V3EA 3P0UA 3UU7A 1ILGA 1R20D 4RUPA 3OMOA 1SJ0A 1KKQA 1FCXA 2OM9A 5KCCA 4WLBA 4QK4A 2ZLAA 2P1VA 1YMTA 1YJEA 3DCUA 4JYIA 4S15A 1QKTA 2PKLA 4M8HA 3E00A 2VV3A 1N4HA 2QH6A 2GWXA 1X7BA 3WT7A 3VHVA 5DXEA 2P7ZA 3W5PA 1NHZA 3N00A 5G3JA 2ABIA 3ET1A 2YLOA 5E19A 5KRCA 4JYGA 2OAXA 3KFCA 3W5QA 5DIEA 1K74A 3VTBA 3NSPA 1XLSA 2Q7JA 5DXQA 1L2JA 2GPVA 2JFAA 2Q59B 1Z95A 2XYXA 4OC7A 5DRJA 1XV9B 5DWJA 1S9QA 1NRLA 5APKA 5AAVA 3L03A 2OCFA 2PIVA 2QXMA 2Q5GA 4L98A 1ERRA 2OUZA 4RE8A 5G45A 4MG9A 3V9TA 2B50A 2ACLA 3L0LA 3O1EA 5G44A 2HASA 3VRVA 2G5OA 4IW6A 1TFCA 3HC5A 2I0GA 3ZQTA 1ZUCA 4Q13A 5DV8A 4J5XA 1TXIA 2AX8A 3AFRA 3AUQA 2POBA 3CS6A 3TKMA 1HG4A 3SZ1A 1XDKA 4S0TA 3B65A 4OK1A 5EITA 3ZR7A 4OKXA 2Q5PA 4MG7A 2POGA 2Q70A 2A3IA 3L0JA 4X1GA 3H52A 2GPUA 1PQ6A 2QMVA 3LBDA 3VSPA 2ZXNA 2AX9A 4QE6A 3GYUA 5DIDA 3OSWA 3OLSA 3GD2A 3DR1A 2AB2A 4OKWA 1T79A 1XNXA 3A40X 1R6GA 3A9EA 4OZTU 4REEA 4ONIA 2PINA 1NYXA 1OVLB 1T73A 2JFAB 2LBDA 3KDTA 4UDAA 3V49A 5KD9A 3V9VA 3W0HA 3ET3A 4IV2A 4POHA 1YY4A 4NQAB 3CS4A 3HZFA 5DZIA 4RZEA 3VSOA 4MG8A 1Y0XX 5DRMA 4TV1A 3OZ0A 3K8SA 4ITEA 4CI5A 1XVPA 4PLEA 3EYBA 5DXRA 3SP6A 3WTQA 2O4JA 3ADTA 3DZUA 4MGAA 5G46A 3Q95A 4G1DA 4J5XC 4RUJA 3RLLA 4JL4A 2HC4A 1ZDUA 2Q7KA 3NOAA 1SR7A 2VV1A 1U3SA 1FCYA 3UUAB 4RWVA 3DZYD 1RDTD 2QPYA 4RMEA 3WMHA 2AA6A 2HFPA 5E7VA 5DKSA 4XAOA 3WT5A 2O4RA 4NB6A 3IXPA 2PIWA 4YT1A 4PXMA 5DZ1A 4OH5A 2PIQA 5DUHA 4IU7A 3IA6A 1T7FA 5DZ0A 4FNEA 5DLRA 1H9UA 2PIXA 1XP9A 3VTCA 5KCWA 1T63A 4A4VA 2VSTA 5AVIA 2GL8A 4ZN7A 4BCRA 5DWGA 3FALB 2W8YA 1M13A 3G0WA 3KMRA 2I4ZA 2E2RA 2F4BA 1X76A 2QABA 3F5CB 3OGTA 3UVVB 1XP1A 2ZK4A 2PJLA 3VRWA 5IZ0A 4N8RA 1GS4A 2P1UA 4MGAB 2ZXMA 5KRKA 2OVMA 5DUGA 5DXGA 4PP6A 5DK9A 2HWQA 3JZBA 5AVLA 1FM6A 1ZH7A 3A2JA 5E0XA 5AWKA 3FEJA 4E4QA 3ZRBA 5HYRA 5JJMB 3AN4A 4G21A 1R5KA 1NUOA 5DV3A 3F7DA 5DKGA 1XQ3A 4PF3A 4CSJA 4MDDA 1G2NA 1NQ7A 3A3ZX 3R29A 2YATA 3R8AA 2Z4JA 5L7EA 1IE9A 3OS9A 5IXKA 1A28A 3NSQA 4OIVA 1MV9A 4XUMA 3WT6A 3R5MA 2AM9A 3V9YA 2Q59A 3CDPA 2YHDA 1EXAA 1PQ9A 1XV9A 1I38A 2REWA 2VV0A 3ADUA 4LNWA 1YA3A 5HYKA 3VT8A 4K4JA 2ZK6A 1U9EA 1S19A 2ZFXA 4OEAA 2YLQA 2ZXZA 1UPVA 1QKMA 3FUGA 4J26A 3RUUA 2XYJA 5KRMA 1XAPA 3ILZA 4MGBB 5DVSA 3UP3A 1XZXX 1M7WA 4B7WA 1PZLA 3B3KA 1XJ7A 2ZLCA 2QGTA 5DV6A 4OEYA 4XUHA 1NAVA 2Q5SA 3VT5A 3KBAA 2AA7A 3W0GA 3L0EA 4CI4A 2Q7IA 4ZNTA 3D57A 5H1EA 3CTBA 4PWLA 5G43A 1I7GA 3HLVA 2AX7A 1U3RA 3HQ5A 4IWFA 3X31A 1Z5XE 4XTAA 3G9EA 4NY9A 4OEDA 1EXXA 2R40A 2YLYA 2I4PA 2ZNOA 1NQ1A 1KV6A 1PQCA 3GWSX 3OMMA 4K7AA 4OIUA 2Q61A 2VV2A 3CJWA 4PLDA 2Q1HA 3VJHA 3VT4A 5ACCA 3AZ1A 3BQDA 5DYDA 1OVLA 1OSHA 3P89A 3VHUA 3K22A 2PNUA 1R1KA 2JJ3A 4A4WA 2Q1VA 2I4JA 4A2JA 5KCTA 2P7GA 4HLWA 4R06A 4YNKA 5DY8A 3TX7B 4OJ4A 1SQNA 1FD0A 2NPAA 1RKHA 2QGWA 5DTVA 5DX3B 3X36A 5CJ6A 1K74D 1M2ZA 1ZDTA 3D24A 5DWEA 2G0GA 4YPQA 1T7TA 4OARA 3KMZA 4WPFA 1A52A 3MNOA 2QXSA 3H0AA 2ZVTA 1BSXA 3B0QA 3IMYA 2EWPA 5GIDA 1HJ1A 4OJ9A 3B0RA 2GIUA 2QTUA 1FM9A 4LBDA 4LNXA 3UUAA 1OSVA 3ADSA 2ZMHA 3FEIA 3OLLA 3VT7A 4PVUA 5M96A 3BEJA 3G8OA 3U9QA 1S0XA 5L7GA 3AZ3A 4R2UA 3GN8A 2AO6A 4N1YA 5JY3A 4EM9A 5DKEA 2QE4A 1EREA 4O8FA 4ZJRA 5C4TA 2BJ4A 4P6XA 5EJVA 3B68A 3OMKA 4ITFA 1FCZA 2Q7LA 1X7EA 3W0IA 4DORA 4Q0AC 3FALA 3FURA 3F5CA 3RY9A 3UVVA 5APHA 4KZJA 4XHDA 2JF9A 3KWYA 3WFFA 3FS1A 4ZO1B 3WJ5A 4IUIA 4MGCA 2P7AA 3ERDA 3HO0A 2O9IA 5KRHA 2AA2A 2Q6JA 1MVCA 5G5WA 4DMAA 5JJMA 4OH6A 2ZBSA 3OOKA 1VJBA 5F9BA 3O1DA 5DSHA 5E1CA 4WQPA 2AX6A 4MGDB 1XB7A 2J7XA 2PIRA 3K6PA 1QKNA 5ICKA 4N5GA 2ZMJA 2VV4B 3W0YA 3AX8A 5KRJA 1FBYA 1T76A 2FAIA 3R2AA 4G2HA 4IVWA 4RZGA 3OSAA 4TUZB 3OOFA 1IE8A 4ZJWA 3FXVA 2BJ4B 4DM6A 4QJRA 4OZTE 3G8IA 1G50A 1ZKYA 4RFWA 2ATHA 2G0HA 4UDCA 5KYJA 5FQTA 4DK7A 5DKBA 3ZRAA 4IA2A 4ZNVA 5L7HA 4IQRA 4MGBA 1UPWA 2AMAA 4QE8A 3IXPD 3UUDB 3OLFA 4E2JA 5KR9A 4PPPA 2Q8SA 2YJDA 5DWLA 2P54A 5DVVA 2Q60A 3PCUA 1WM0X 2QNVA 4IWCA 4G20A 4DK8A 4YMQA 5KCUA 1N46A 3VJSA 4OHAA 2HARA 2PRGA 1I7IA 1K7LA 3GBKA 4Q50A 2AA5A 3A78A 2PITA 3VHWA 5C4UA 3E94A 2YFEA 3W0AA 3WJ4A 2HB7A 3K23A 2B23A 1P93A 3B1MA 3RVFA 3BC5A 1XIUA 2Q6SA 2ZMIA 1SKXA 4PPSA 3T03A 1FM6D 3A2IA 1S0ZA 4HEEX 4UDBA 3X1IA 5DXPA 2NW4A 2QA8B 5DXBB 2ZK0A 4IA7A 2IHQA 4L96A 3VN2A 2QSEA 3GYTA 3B5RA 3QT0A 2G44A 3HM1A 1X78A 5DX3A 3HC6A 2H79A 4G1ZA 3ADWA 3OS8A 4OFRA 5KRAA 2H77A 2GPPA 5DWIA 3WGPA 5HJPB 4XLDA 2GP7A 5DMFA 4PRGA 5KCDA 5KCFA 4LSJA 4Y29A 1R20A 2GPOA 2HWRA 3A2HA 1PK5A 1PDUA 3KDUA 1YOKA 1YIMA 2HCDA 5B5BA 3AN3A 3R8IA 4IW8A 3CDSA 4KZMA 2XHSA 4OJBA 1XLSE 4S0SA 1YYEA 3AURA 4J5WA 4MG5A 4IVYA 5DL4A 1G1UA 2R6YA 4REFA 2VSRA 4RZFA 2AAXA 1T65A 4APUA 4JYHA 4F9MA 4LTWA 1GWXA 1DKFB 1ZEOA 3AUNA 3VT3A 2FVJA 5ETHA 2HB8A 2ZASA 3KMGA 3PBAA 1UOMA 3GZ9A 2R40D 2PIUA 3KPZA 4UDDA 5DXMA 3VT9A 2ZY0A 5DUEA 1L2IA 3RLJA 3OS8C 4K6IA 3PEQA 3WFGA 4ZNHA 2B1VA 5AZVA 4IS8A 5HCVA 1Y0SA 3B66A 4OILA 5FQSA 1XNNA 4POJA 3DT3A 1R1KD 2IOGA 5KRFA 1LV2A 5EI1A 1LBDA 5LWPA 1X7RA 3CLDA 1YUCA 5AK2A 4MGDA 3VI8A 5E14A 5G42A 3IPQA 1NDEA 5AZTA 4RMDA 5EGVA 2VV4A 3MNEA 4OGHA 5FQRA 3R8DA 1UHLB 4ZO1X 1GWRA 1T74A 4J5WC 1RKGA 4TUZA 1OT7A 4OKTA 5DZ3A 2ZNNA 5AYGA 3H0AD 5DP0A 4RUOX 3TKCA 3UU7B 4ZOMA 3VTDA 3VRUA 3PRGA 2J4AA 1FM9D 2OVHA 3ADVA 3L1BA 2AXAA 4RMCA 3CS8A 3OKIA 5IAWA 2AMBA 3V3QA 3OAPA 5DVCA 3L3XA 5JI0D 3VJTA 5DMCA 4J24A 3OKHA 3D6DA 5EC9A 3IPUA 2J14A 3UUDA 2HAMA 5I4VA 2NV7A 1T7MA 1N83A 1T7RA 2YLPA 2Z4BA 4XT9A 3W5RA 3X1HA 3KYTA 4KZIA 5KYAA 1PRGA 4ZNWA 3IPSA 2HVCA 2XKWA 5FQVA 4XI3A 2OZ7A 5AAUA 4FN9A 3AZ2A 5KRLA 1DB1A 3B67A 3GWXA 5APJA 2ZL9A 3OSIA 4S14A 3TY0A 4OZRU 3DZUD 2PIPL 5AAVB 1RK3A 4JAZA 5GIEA 2R6WA 3RUTA 4MG9B 1RJKA 5DU5A 2ACLB 3DZYA 1PCGA 3MNPA 4WVDA 4FGYA 1RDTA 4E4KA 2Q6RA 2QA8A 3ERTA 4NUFA 3CQVA 4OFUA 4R6SA 5DXBA 2Q3YA 3P8XA 3HODA 3FC6A 4OEZA 2XYWA 5KCEA 2HBHA 2I0JA 3ET0A 3D90A 4MG6A 5K13A 1KNUA 2P4YA 3W5TA 1Q4XA 1P8DA 1XDKB 2ZKCA 5DI7A 1NAXA 3UP0A 1YINA 3UUCA 1E3KA 4N73A 3E00D 2ZK3A 3FLIA 3B0WA 4MG7B 5HJPA 2NXXE 4EMAA 3JZCA 2ZK1A 2V7CA 3OZJA 3R5NA 4WHGA 4X1FA 3LMPA 1NQ0A 2QZOA 2QW4A 1YP0A 4OKBA 3CWDA 1ZAFA 5HJSA 3V4AA 4DOSA 5EHJA 3WWRA 1MZNA 1T5ZA 3A9EB 4QM0A 5A86A 3OMPA 4M8EA 1X7JA 4JGVA 1XQCA 2P1TA 2V0VA 3E7CA 5C4OA 5LGAA 4FHHA 4NIEA 5C4SA 4IA3A 2QA6A 3PLZA 4FHIA 1Y9RA 4OZRE 5KROA 2FSZA 4MG8B 1XP6A 2YJAB 4P6WA 4TV1B 3VRTA 1XVPB 2AYRA 5GICA 4DM8A 3DCTA 1DKFA 3W0JA 4ZI1A 5L11A 3Q95B 1U3QA 5E0WA 2AWHA 4ZNSA 3FC6B 1ILHA 2ZNPA 4OLMA 3D5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P15 A;  2NXX A;  3ADX A;  1YOW A;  5SYZ A;  4DQM A;  2VV1 B;  3L3Z A;  3ET2 A;  4WHF A;  3B0T A;  2ZNQ A;  5E15 A;  5B41 A;  1Z5X U;  2IOK A;  1S9P A;  2ZK2 A;  3HVL A;  4PP3 A;  5AWJ A;  3VT6 A;  2QR9 A;  1GWQ A;  1XPC A;  3OMQ A;  1XOW A;  5DXK A;  1K4W A;  5DZH A;  2GTK A;  3VJI A;  1E3G A;  1NQ2 A;  2QZO B;  2ZK5 A;  1I37 A;  1ZGY A;  3PO9 A;  4IV4 A;  2B1Z A;  2J7Y A;  5GT4 A;  5HZC A;  4G2I A;  2PIO A;  4PP5 A;  3M7R A;  5DIG A;  5DYB A;  3SP9 A;  3S9S A;  1G5Y A;  1QKU A;  3P88 A;  2BAW A;  4QL8 A;  4G1Y A;  5FQP A;  3DY6 A;  3W0C A;  4IA1 A;  4RAK A;  1UHL A;  4ZNU A;  4ZN9 A;  5KRI A;  3V3E A;  3P0U A;  3UU7 A;  1ILG A;  1R20 D;  4RUP A;  3OMO A;  1SJ0 A;  1KKQ A;  1FCX A;  2OM9 A;  5KCC A;  4WLB A;  4QK4 A;  2ZLA A;  2P1V A;  1YMT A;  1YJE A;  3DCU A;  4JYI A;  4S15 A;  1QKT A;  2PKL A;  4M8H A;  3E00 A;  2VV3 A;  1N4H A;  2QH6 A;  2GWX A;  1X7B A;  3WT7 A;  3VHV A;  5DXE A;  2P7Z A;  3W5P A;  1NHZ A;  3N00 A;  5G3J A;  2ABI A;  3ET1 A;  2YLO A;  5E19 A;  5KRC A;  4JYG A;  2OAX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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3W0HA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN

pfam database annotations