4E2J | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	PTLISLLEVIEPEVLYSGYDSTLPDTSTRLMSTLNRLGGRQVVSAVKWAKALPGFRNLHLDDQMTLLQYSWMSLMAFSLGWRSYKQSNGNMLCFAPDLVINEERMQLPYMYDQCQQMLKISSEFVRLQVSYDEYLCMKVLLLLSTVPKDGLKSQAVFDEIRMTYIKELGKAIVKREGNSSQNWQRFYQLTKLLDSMHEMVGGLLQFCFYTFVNKSSVEFPEMLAEIISNQLPKFKAGSVKPLLFHQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__392151713246919__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__392151713246919__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4E2J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__392151713246919__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"392151713246919","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4E2J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__392151713246919__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03b362a0419d54da0d0450/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03b362a0419d54da0d0450/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03b362a0419d54da0d0450/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03b362a0419d54da0d0450/pdb.gz): 2690 ms

reading 246 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

246 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 35 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:245});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hormone/hormone activator
source organism	Synthetic construct
publication title	Deciphering Modern Glucocorticoid Cross-pharmacology Using Ancestral Corticosteroid Receptors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ancestral Glucocorticoid Receptor 2
total genus	93
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-03-08

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	4e2jA00

1YINA 3IMYA 2I0JA 1KKQA 4F9MA 5KD9A 3KWYA 3R29A 4YT1A 1ZUCA 1T74A 2HWRA 2JF9A 4KZIA 1ZAFA 5AWKA 3TX7B 3DY6A 1YOWA 5DXPA 4A4WA 2XHSA 3P89A 2I0GA 2QA6A 5DMFA 2YLOA 3PO9A 3W0CA 3F7DA 3KYTA 4CSJA 2AA5A 5CJ6A 3D57A 2ZLAA 3OMOA 3TY0A 5APKA 1XQ3A 2NV7A 3WT5A 4OEDA 3RUTA 1X7BA 2P1VA 5DIGA 2ZXMA 4RFWA 1EXXA 4MGDB 1N83A 5AVIA 4RE8A 3AUNA 4XTAA 4LBDA 3GBKA 3E00A 1PDUA 3N00A 5KCFA 2LBDA 4OC7A 1T79A 4LSJA 1FM6A 1WM0X 4RUPA 3G8OA 5DIDA 1L2JA 5DWGA 3K8SA 1Z95A 1R20A 4N5GA 3WMHA 3L0LA 5ACCA 4R2UA 3OLLA 1NRLA 3VSOA 5KRCA 1XVPB 4WHGA 3ET0A 3L0EA 4OJBA 2GL8A 2AB2A 3PRGA 1OSHA 5DL4A 3VHUA 4PLEA 2PIOA 1PK5A 2AWHA 3UVVA 3VT6A 1UHLA 5K13A 4ZOMA 3GYUA 1ILGA 1ZDTA 5DZIA 2I4PA 5DLRA 5DSHA 5AVLA 3U9QA 2QH6A 1NDEA 1NQ2A 3G8IA 1XDKB 2QSEA 5DZ1A 5HZCA 3L03A 2PIUA 2YJDA 1NQ1A 5AWJA 3R8IA 1TXIA 2O4RA 1P8DA 1NQ7A 5APHA 1OVLA 4MDDA 3VT9A 2VV4A 2FSZA 2VV1B 1L2IA 2R6YA 2ZK0A 1TFCA 2Q5SA 3DCTA 3O1DA 4TV1B 5HJSA 2Q3YA 2B50A 4N73A 2P7ZA 2Q6JA 5G46A 2HB7A 3NSQA 5LWPA 4R6SA 3SP6A 1XV9B 2QNVA 1N4HA 3RY9A 5DXMA 3DT3A 3G0WA 2Q8SA 3IPQA 4POJA 4ONIA 4POHA 4TUZA 3AURA 3PEQA 5DV3A 3ADTA 3GN8A 3MNEA 4G2IA 2ACLA 4S15A 3ZRAA 5DKBA 4DM6A 3KMRA 5G44A 4XHDA 2QXSA 3WT7A 2YATA 4NB6A 5DUGA 3W5QA 3CWDA 2Q5GA 4IUIA 4P6XA 1A28A 4QK4A 2P4YA 3P8XA 2POGA 2HCDA 4X1GA 1T5ZA 4ZNSA 5DTVA 2FVJA 2AM9A 4ZJRA 4IA2A 3UU7A 1YP0A 2QGTA 3VJSA 2A3IA 4PPSA 3GYTA 3L0JA 3OLSA 3V3QA 4XAOA 5E0WA 2AA6A 2REWA 1YY4A 3HC6A 3VJHA 1XNNA 3B1MA 5DI7A 3B0TA 4IS8A 2QZOB 5DVCA 5G45A 1DKFA 3L1BA 1K7LA 4RUOX 4EM9A 4IA1A 1I37A 3IPUA 3A2HA 1M13A 3BC5A 4OEYA 3A9EB 2QA8B 3CQVA 1YJEA 4IVYA 3FC6B 5GICA 3E00D 3W0HA 2HARA 4PP3A 3VN2A 3ET3A 2Q60A 1FM6D 4R06A 1ERRA 4RMCA 4ZNHA 1NUOA 3UUDB 4ZNTA 4MGDA 3FUGA 4ZNWA 1FCZA 1RJKA 3MNPA 1G50A 5HYRA 1R20D 3HQ5A 3W5RA 4MG7A 2IHQA 5C4TA 5DV6A 4UDCA 4LNWA 4MG8B 3VT3A 4ZNUA 5KRIA 2PIQA 5LGAA 3R8DA 4OJ9A 4XT9A 3RVFA 3VTCA 2P7AA 3OMQA 1S9PA 4WQPA 5KCEA 1XAPA 2OCFA 4Y29A 1P93A 4ITFA 5DK9A 5DXKA 4OARA 2ZK3A 3H52A 1EXAA 3HLVA 3AUQA 4B7WA 4Q13A 1XVPA 2AMAA 1Q4XA 2B23A 4RMEA 2OM9A 2QE4A 4WVDA 3W0GA 2PINA 1S9QA 5AAVB 4A4VA 1R6GA 1ZH7A 4MGBB 5HJPB 3IA6A 2ZXNA 3CTBA 3CS8A 3FEJA 1YMTA 4IV2A 1GWQA 4UDBA 1U9EA 1K74A 2J14A 2R40A 1UOMA 3B3KA 3QT0A 3A2IA 4NUFA 3UUAA 2ZFXA 4OZTE 1U3RA 3OZ0A 1I7IA 1ZKYA 4MGCA 4YMQA 1VJBA 5C4OA 1GWXA 4PXMA 3L3ZA 1YIMA 2HASA 3P0UA 5FQTA 2GPOA 5L7HA 2JFAB 5IXKA 4OZTU 2VV1A 3ADXA 2EWPA 3UUCA 5DWEA 3KDUA 1XLSE 2B1VA 3HM1A 3B0QA 3ADWA 5DWIA 2Q7JA 1NAVA 3FALB 2NXXE 2XKWA 1GS4A 1R1KA 3OAPA 3FEIA 3HO0A 3OLFA 4G20A 5G42A 1XV9A 2QXMA 2AA2A 3E94A 5APJA 3RUUA 2ZNQA 3FS1A 3WJ5A 4QM0A 5DVVA 4OGHA 2P15A 4XLDA 5A86A 1XP6A 4G1YA 5KRKA 2W8YA 3ERTA 5GT4A 2Q7IA 1M7WA 1U3QA 1Z5XE 2J7YA 4ZO1B 5DZHA 2XYXA 1H9UA 2POBA 3AX8A 2ZLCA 2BJ4B 5KRJA 1I7GA 4PF3A 5HCVA 2G5OA 3Q95B 1Z5XU 4OKBA 4XUHA 1K4WA 2QR9A 5DV8A 5L7GA 3SZ1A 1HJ1A 5DVSA 1XOWA 4MG9A 5AK2A 5KCUA 2G0HA 1X76A 5DX3B 4PPPA 5DZ0A 2OAXA 5KRHA 1ZGYA 3E7CA 2ZK1A 2YHDA 3V3EA 2QZOA 4IW6A 4S14A 3A2JA 3JZBA 1XNXA 4K7AA 5EI1A 4E4KA 1YUCA 2ZNPA 3NSPA 4FN9A 5DKSA 3A9EA 3ILZA 2QA8A 4Q0AC 3FC6A 5EGVA 4DOSA 4MGAB 3V9VA 3ADUA 3VJIA 3VRWA 1NHZA 3ADSA 2HWQA 3UUDA 1XP1A 3CS4A 1XB7A 3OS9A 2HVCA 3HZFA 3OMMA 1T65A 3D24A 1XPCA 1XZXX 5DY8A 5KRFA 1E3GA 1YYEA 2XYJA 2Q5PA 2OZ7A 5AAUA 4OH6A 4RZGA 3ERDA 3CDSA 3VRTA 4MG8A 1Y0SA 4M8EA 2PIWA 3VSPA 1SKXA 3ZRBA 2PIVA 4CI4A 2J7XA 4DK8A 1G5YA 4JYGA 4JYHA 4EMAA 1S0XA 3ET2A 4OFRA 4OIVA 4XUMA 2ZMJA 4MG5A 5IZ0A 1ZEOA 4DORA 4IW8A 1S19A 3D5FA 3AFRA 4G1ZA 4J5WA 1FCXA 2AX6A 4REEA 3B0RA 4WLBA 5DXBB 4RZFA 3WJ4A 3X36A 5JJMB 1PQCA 5DZ3A 3H0AA 4IWFA 2ZBSA 5AZVA 5C4UA 5DKEA 2ZVTA 1K74D 4FGYA 2R40D 4K6IA 4MG6A 3VTDA 4E4QA 4ZN9A 2PKLA 2YJAB 4OEZA 3T03A 1HG4A 5JY3A 2GTKA 4RZEA 3TKCA 4MGBA 3G9EA 3BQDA 1XLSA 3DCUA 3LMPA 2VV2A 3D90A 4L96A 4DMAA 3IXPA 5KCTA 3VHWA 1LBDA 1T7MA 2NXXA 4RUJA 1SJ0A 5E15A 3LBDA 2Q6SA 2R6WA 3W0AA 3A40X 2Z4BA 3OSAA 2O4JA 3A3ZX 5B41A 1OT7A 1R1KD 1X7EA 2QTUA 2V7CA 3VTBA 2AX7A 4IA3A 2AA7A 3DZYA 2P7GA 4APUA 1GWRA 4JL4A 1UPVA 3CS6A 1S0ZA 1IE8A 5DYBA 2HC4A 2PIRA 1X78A 1RKGA 3UVVB 5JI0D 2VV3A 5KCCA 1UHLB 3P88A 4YPQA 2JJ3A 4QE8A 3WFFA 3PCUA 3CDPA 2ZK4A 4L98A 4LNXA 1Y9RA 3R5NA 1FM9A 2Q59B 1G1UA 1T7RA 3KPZA 1YOKA 3BEJA 1MVCA 3OKIA 1ILHA 3CLDA 4KZMA 5FQPA 3RLJA 2ZK5A 3S9SA 3L3XA 5KRAA 3VT4A 4G2HA 4LTWA 4ITEA 4N8RA 4PP5A 1OVLB 2BJ4A 1T76A 2VV4B 2PJLA 4E2JA 1XJ7A 2Z4JA 2ZNNA 1Y0XX 3Q95A 3VT5A 5I4VA 2G44A 4QL8A 5DXEA 4NIEA 5E19A 4DQMA 4OZRE 4JAZA 5EJVA 3GWSX 1G2NA 1PZLA 3JZCA 3W5TA 5KCDA 2QMVA 2J4AA 3KMGA 3AZ3A 5H1EA 2AO6A 4IU7A 5EC9A 4OZRU 4Q50A 3ZQTA 1XDKA 3OGTA 4BCRA 2ACLB 1RDTA 2ZK2A 2E2RA 2ZMHA 3X1HA 3WFGA 3OOFA 3B0WA 3ADVA 4ZN7A 2ZNOA 3OZJA 4MGAA 2P1UA 2QGWA 4J26A 1QKUA 4M8HA 1EREA 2AYRA 5DU5A 4G1DA 2XYWA 2NW4A 1SQNA 4OIUA 4KZJA 1MV9A 3UU7B 4TV1A 2VSRA 4RAKA 2Q1VA 4JYIA 3SP9A 2HFPA 2ZK6A 1IE9A 3OMKA 3X1IA 2ATHA 2B1ZA 3R8AA 4OHAA 2YFEA 3H0AD 3PLZA 4ZO1X 4ZNVA 4REFA 3W5PA 2I4JA 2ZY0A 4DM8A 1DKFB 5DXRA 3R5MA 5DP0A 3GD2A 3W0YA 4J5WC 2Q61A 2G0GA 4O8FA 5DWLA 5HYKA 2F4BA 3R2AA 5L7EA 5DIEA 4X1FA 5FQSA 4ZI1A 5DXBA 3W0JA 4S0TA 5JJMA 3IXPD 2HB8A 4UDAA 3UP3A 3WGPA 4HEEX 4OFUA 5DUEA 1T7TA 3M7RA 1PRGA 5M96A 5ETHA 4MG7B 3K6PA 5G43A 3V4AA 4IA7A 3OSIA 3OS8A 4RWVA 3WT6A 3DZYD 2ABIA 1PQ9A 5IAWA 2ZASA 3K22A 4FHHA 5FQRA 1M2ZA 1KNUA 4QJRA 3AN3A 3UP0A 4WPFA 1SR7A 4K4JA 3B67A 1KV6A 5KYJA 2O9IA 4S0SA 3V9TA 2VV0A 3MNOA 4FNEA 1R5KA 5KCWA 4JGVA 1LV2A 3AZ1A 4J5XA 5DRJA 2GPUA 2Q6RA 1FM9D 2ZMIA 3F5CB 3HVLA 5F9BA 4NQAB 5ICKA 4NY9A 1XIUA 3WTQA 3OSWA 5C4SA 4WHFA 5KRMA 4OILA 2V0VA 1NQ0A 2YLQA 3FURA 3VT7A 4YNKA 1FCYA 5FQVA 3KBAA 1T7FA 3KDTA 4J24A 2BAWA 1T73A 1E3KA 2Q59A 4IWCA 4A2JA 4HLWA 5KRLA 4PP6A 2QW4A 3DZUA 5GIEA 5KR9A 3B68A 5DWJA 2HBHA 3GZ9A 2HAMA 2H77A 2VSTA 3UUAB 4ZJWA 2P1TA 1A52A 2GPPA 5AYGA 1PCGA 2NPAA 2AX8A 3O1EA 5E1CA 1QKTA 2H79A 5L11A 2Q7LA 4QE6A 5DYDA 1X7JA 1DB1A 1RDTD 3GWXA 2I4ZA 2AX9A 5AAVA 5HJPA 2YLYA 3PBAA 1FD0A 2Q70A 5G3JA 3V9YA 1QKNA 3VI8A 2AXAA 3FXVA 4IV4A 2GP7A 5E7VA 3KMZA 3V49A 5DXQA 3OMPA 3ZR7A 3B66A 2OVHA 4IVWA 2ZL9A 5DKGA 3OKHA 5AZTA 3A78A 5SYZA 5G5WA 4IQRA 2PRGA 2GPVA 3HC5A 1MZNA 3W0IA 5KYAA 2IOGA 3VHVA 4OJ4A 2JFAA 4OKXA 1UPWA 1BSXA 5DUHA 1ZDUA 2Q1HA 2ZXZA 4PWLA 1RKHA 4MG9B 1XQCA 3FALA 3FLIA 1FBYA 5DXGA 2AAXA 2QPYA 4P6WA 5GIDA 1T63A 4OKTA 3KFCA 5KROA 1N46A 2Q7KA 3K23A 2PNUA 3VT8A 5E0XA 1NYXA 1U3SA 4DK7A 4PRGA 4OK1A 1X7RA 3B65A 4OLMA 3HODA 1I38A 3IPSA 2QABA 4RMDA 3VJTA 2YLPA 3AZ2A 4OEAA 3TKMA 1NAXA 3DR1A 4UDDA 4CI5A 4G21A 1XP9A 3OS8C 2GIUA 3B5RA 2PIPL 2AMBA 4FHIA 4XI3A 2IOKA 5DX3A 5B5BA 2PITA 4PLDA 3X31A 4TUZB 5EHJA 3CJWA 3NOAA 3D6DA 4PVUA 3VRUA 4OH5A 2ZKCA 3AN4A 1QKMA 3OOKA 3VRVA 5EITA 2OVMA 2P54A 2GWXA 2PIXA 5DMCA 1PQ6A 2FAIA 4J5XC 3EYBA 4OKWA 1YA3A 3WWRA 2OUZA 3F5CA 1OSVA 3ET1A 4N1YA 5E14A 5DRMA 3DZUD 3RLLA 1RK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YIN A;  3IMY A;  2I0J A;  1KKQ A;  4F9M A;  5KD9 A;  3KWY A;  3R29 A;  4YT1 A;  1ZUC A;  1T74 A;  2HWR A;  2JF9 A;  4KZI A;  1ZAF A;  5AWK A;  3TX7 B;  3DY6 A;  1YOW A;  5DXP A;  4A4W A;  2XHS A;  3P89 A;  2I0G A;  2QA6 A;  5DMF A;  2YLO A;  3PO9 A;  3W0C A;  3F7D A;  3KYT A;  4CSJ A;  2AA5 A;  5CJ6 A;  3D57 A;  2ZLA A;  3OMO A;  3TY0 A;  5APK A;  1XQ3 A;  2NV7 A;  3WT5 A;  4OED A;  3RUT A;  1X7B A;  2P1V A;  5DIG A;  2ZXM A;  4RFW A;  1EXX A;  4MGD B;  1N83 A;  5AVI A;  4RE8 A;  3AUN A;  4XTA A;  4LBD A;  3GBK A;  3E00 A;  1PDU A;  3N00 A;  5KCF A;  2LBD A;  4OC7 A;  1T79 A;  4LSJ A;  1FM6 A;  1WM0 X;  4RUP A;  3G8O A;  5DID A;  1L2J A;  5DWG A;  3K8S A;  1Z95 A;  1R20 A;  4N5G A;  3WMH A;  3L0L A;  5ACC A;  4R2U A;  3OLL A;  1NRL A;  3VSO A;  5KRC A;  1XVP B;  4WHG A;  3ET0 A;  3L0E A;  4OJB A;  2GL8 A;  2AB2 A;  3PRG A;  1OSH A;  5DL4 A;  3VHU A;  4PLE A;  2PIO A;  1PK5 A;  2AWH A;  3UVV A;  3VT6 A;  1UHL A;  5K13 A;  4ZOM A;  3GYU A;  1ILG A;  1ZDT A;  5DZI A;  2I4P A;  5DLR A;  5DSH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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4E2JA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN