4G1Y | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	299
structure length	239
Chain Sequence	HMLSDEQMQIINSLVEAHHKTYDDSYSDFVRFRPPVRRLSMLPHLADLVSYSIQKVIGFAKMIPGFRDLTAEDQIALLKSSAIEIIMLRSNQSFSLEDMSWSCGGPDFKYCINDVTKAGHTLELLEPLVKFQVGLKKLKLHEEEHVLLMAICLLSPDRPGVQDHVRIEALQDRLCDVLQAYIRIQHPGGRLLYAKMIQKLADLRSLNEEHSKQYRSLSFQPEHSMQLTPLVLEVFGSEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__939507013573059__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__939507013573059__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4G1Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__939507013573059__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"939507013573059","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4G1Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__939507013573059__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d001ab3e2a1dbbd469cb84b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d001ab3e2a1dbbd469cb84b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d001ab3e2a1dbbd469cb84b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d001ab3e2a1dbbd469cb84b/pdb.gz): 1827 ms

reading 239 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

239 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:238});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription/transcription inhibitor
source organism	Danio rerio
publication title	Structural basis for the accommodation of bis- and tris-aromatic derivatives in vitamin d nuclear receptor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Vitamin D3 receptor A
total genus	93
structure length	239
sequence length	299
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-07-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	4g1yA00

5ICKA 5AK2A 3VJIA 5EHJA 4IVYA 3W5TA 5KR9A 4S0SA 1FM9D 1T7RA 1Z95A 2ZK5A 3A2HA 3GZ9A 3D24A 2PIVA 2HCDA 3L0JA 3OZ0A 4MGBA 4OARA 5KCTA 3VRVA 3WWRA 3IMYA 5HYRA 5DZIA 3WJ5A 3AURA 3GWSX 1R20A 5DKSA 2GPUA 3B3KA 1K74A 3W0IA 3SZ1A 5DXKA 1XDKA 2VSRA 4J24A 3WFGA 2HARA 5EC9A 3HODA 2QZOB 3ERTA 3VT5A 1YY4A 3W0GA 3F5CA 2ZMJA 1Y0XX 1ZUCA 2YJDA 3AN4A 3TX7B 3S9SA 3F5CB 3OGTA 3X1HA 1I37A 2P7ZA 3O1EA 2ZL9A 1T76A 4UDDA 5FQVA 2PRGA 5ACCA 4REFA 1G5YA 1T74A 1DKFA 2HB7A 1XOWA 2LBDA 3OS9A 4QE8A 1ZH7A 4G20A 5DWGA 4FHIA 4OEYA 4WPFA 2AA7A 1T7FA 5AVIA 3H52A 4MG7A 2ZK1A 5GT4A 4DK8A 5KCEA 5KRKA 5L7EA 4OEDA 3ZRBA 5EGVA 5JJMA 1L2IA 3B0TA 2PIUA 3F7DA 3OMKA 1S0ZA 3PO9A 4TV1A 2YJAB 4EM9A 1N83A 3OS8C 4IA3A 3E00D 4XUMA 2FVJA 1NAXA 5DU5A 3T03A 2QTUA 2QPYA 2POBA 3L3ZA 3R29A 4R6SA 1R1KD 2ZLCA 4S0TA 4HLWA 3CQVA 3K6PA 3W0HA 1PQ6A 4RMEA 3DT3A 5DUGA 5KCDA 4OKTA 4A4WA 2ZNOA 3L0EA 2GPOA 2ZK6A 2OZ7A 2VV0A 3G9EA 4YMQA 1FCXA 2AX6A 1IE9A 4J5WA 3R5NA 1ERRA 5DVCA 4LNWA 2VV1A 4RMDA 5GICA 4OJ4A 3W5RA 2GPVA 2QXMA 2P15A 4CI4A 2NV7A 3ILZA 5DYBA 4DK7A 2ZASA 3VT9A 2ZK0A 3W0CA 4OFUA 4PLDA 1ZKYA 5DKGA 4RMCA 5DUEA 5DY8A 1P8DA 4XI3A 3M7RA 5DX3B 4EMAA 1MV9A 4IW8A 1R20D 1NQ2A 3D5FA 2VSTA 2PIQA 2Q7KA 2Q59A 4P6WA 1YUCA 5G46A 5EITA 4APUA 2GL8A 1OT7A 3WJ4A 4YT1A 5DXMA 4DORA 3FEIA 4G1YA 4J5WC 3FURA 1YMTA 4PP3A 2YLQA 4ZNSA 2PINA 1RK3A 3B65A 5KCWA 4N8RA 1M7WA 1T73A 3RVFA 1SQNA 1XP9A 5KRHA 4OEZA 4POJA 3GBKA 2P1VA 2GWXA 3AX8A 4X1FA 1NQ1A 3VHVA 5KRCA 1PCGA 3UU7A 4OJ9A 2HB8A 3HVLA 5DXQA 1EXXA 1PQ9A 3W5QA 3V9YA 4RE8A 2QA8A 3B0QA 4XLDA 3V3QA 3DZYA 3N00A 1XP6A 4MGDA 2BJ4B 1PDUA 2G44A 3AUNA 2Q6RA 4PVUA 3UUCA 5DL4A 3UUDB 5DUHA 3ADUA 1G1UA 2Q60A 3CS6A 1N46A 4FHHA 5L7HA 4ZJWA 1EXAA 1HG4A 2AX9A 2ATHA 3G8OA 3LMPA 4OGHA 3H0AA 5DZ0A 4Q0AC 5DXBA 3G0WA 3GN8A 2F4BA 5DXBB 3KMRA 3IPUA 2P1TA 2ZY0A 3PBAA 2BAWA 1Y0SA 2P54A 2IOKA 2YHDA 2ZNNA 2Z4BA 3JZBA 4K6IA 1R6GA 4IUIA 4MG9B 2I0GA 4KZMA 3VSPA 3VI8A 2V7CA 3Q95B 2GP7A 2AMBA 4ZNTA 4PLEA 3ERDA 2AA2A 3A2JA 4L96A 1U3SA 5DSHA 5DXRA 1S9QA 4IWCA 1T7MA 2HWQA 4DM8A 2AAXA 2AO6A 5HCVA 5E0WA 3B0WA 1DB1A 3HC6A 4N5GA 3A9EB 1OVLA 4Q13A 4QE6A 3R8DA 5C4TA 1YA3A 1UOMA 5DXGA 5DVVA 2OCFA 4FGYA 4OILA 4QM0A 2OVMA 3DZUA 3PRGA 2AA6A 1RDTA 1EREA 5M96A 4MG9A 1NQ0A 1BSXA 2GPPA 4RWVA 4HEEX 4ONIA 4ZO1B 4RFWA 5DLRA 3P88A 4A4VA 3OMQA 1H9UA 2Q6JA 4OKXA 2IHQA 4R2UA 2ZMIA 3HZFA 4OIVA 3OMOA 2VV4B 2B1ZA 3K22A 4ITFA 4G2IA 4JGVA 5LWPA 1G50A 2QZOA 1UHLB 2AB2A 2V0VA 3FC6A 4S15A 1GWQA 3DZYD 3OLSA 2QE4A 3FC6B 2J4AA 3OS8A 5HZCA 5DZ3A 3PCUA 4N73A 2Q7JA 3X31A 3BC5A 3VJSA 3ZR7A 3UP0A 4IA2A 4QL8A 5KRMA 3HC5A 4ITEA 4O8FA 2ACLB 3NOAA 4MG5A 3UP3A 3VRWA 3FXVA 3OKHA 4MG8B 1K7LA 3H0AD 5AVLA 1QKTA 4Y29A 1KNUA 3KMGA 3AZ2A 3A40X 2FAIA 5AZVA 3O1DA 1M2ZA 2Q5GA 5E19A 4REEA 2O9IA 4JYIA 4KZIA 2NW4A 1QKMA 3P8XA 3WT5A 3KMZA 4PP6A 5DYDA 4DMAA 3IPQA 4JAZA 2R6WA 4JL4A 1NHZA 4J5XA 3WT7A 1SJ0A 4OEAA 1PRGA 2G0GA 4MGAB 2XKWA 5C4SA 4G21A 3E94A 4YNKA 3VJTA 1YINA 2AYRA 1KKQA 3SP6A 3VJHA 5C4OA 3VRTA 4B7WA 3D57A 3GD2A 1S9PA 3UUAB 5FQSA 3CS8A 3X36A 3V49A 4OZTE 5JI0D 1T5ZA 2AMAA 4RZGA 1XV9B 3B68A 3EYBA 4RUPA 1HJ1A 2I4PA 3DZUD 5DV8A 1RDTD 5DWJA 2QXSA 2ZMHA 5I4VA 2ZVTA 2JF9A 3GWXA 5F9BA 2HC4A 5DX3A 4IV4A 2QGWA 4JYHA 5DI7A 5DRMA 1A52A 3IPSA 3MNOA 3R5MA 2Q3YA 4J5XC 3KWYA 3AZ3A 1ZEOA 1K74D 4UDBA 5DTVA 3TKCA 1RKHA 2JFAB 3CDPA 2B23A 4LSJA 4Q50A 3L0LA 3B5RA 3GYTA 5HJPB 5K13A 1S19A 1NYXA 5G42A 2YLPA 2ZK4A 3DY6A 2Q6SA 2ZK3A 4IV2A 4XTAA 2J7YA 4WLBA 2ZBSA 4MDDA 4E4QA 5L11A 3VHWA 2Z4JA 3RUTA 3ZQTA 3FLIA 5AAVB 2PIRA 3W5PA 5C4UA 4CI5A 4IWFA 1TXIA 5IXKA 3BEJA 5KRAA 2AA5A 3W0AA 3HM1A 3AUQA 4ZNUA 4ZO1X 2QABA 2AM9A 3OKIA 1T79A 5KRFA 3DR1A 2H79A 2YFEA 4POHA 3G8IA 5AAUA 5KCUA 4WHGA 2BJ4A 4CSJA 1X7JA 3UUDA 4LNXA 1RJKA 5FQRA 3OSWA 4E2JA 5KCFA 3B1MA 3OLLA 2HASA 4ZNHA 1FBYA 4OIUA 3P0UA 3W0JA 1XQ3A 5CJ6A 2QNVA 4RUOX 1FCYA 3HQ5A 2ZXNA 1N4HA 2ZKCA 3A3ZX 1S0XA 4KZJA 3CJWA 3NSQA 2REWA 5E14A 1X7EA 5DXEA 2PITA 1ZDTA 2Q7IA 2P7AA 1SKXA 2VV3A 3PLZA 5DIGA 3RY9A 3FS1A 3CS4A 2YATA 1Z5XE 4L98A 1XLSA 2PIWA 3Q95A 5KYAA 4JYGA 5ETHA 1MVCA 5G43A 2O4JA 5DVSA 1ILGA 1T63A 2G5OA 2XYXA 2PKLA 2NPAA 1X7RA 5B41A 4DOSA 1R5KA 4N1YA 3OSIA 3TKMA 4OC7A 5IAWA 5KD9A 5G44A 1XVPB 4MGCA 3A9EA 4OFRA 3ADTA 2A3IA 3VT8A 1RKGA 1ZDUA 2R40A 4OZTU 5E15A 5GIEA 3OOFA 2AX8A 1YYEA 2OUZA 4TUZB 2OAXA 3QT0A 5DRJA 3TY0A 3VHUA 3ADSA 3D90A 3MNEA 4YPQA 3MNPA 4FN9A 2QH6A 5DK9A 2VV4A 1A28A 2AXAA 2OVHA 1UPVA 3OZJA 4PWLA 5L7GA 1GWRA 1UHLA 2H77A 4XUHA 5HYKA 2Q5SA 4IVWA 4RAKA 4RZEA 5APKA 1NRLA 1I7GA 3AZ1A 2JJ3A 3UVVB 4UDCA 1XNNA 1P93A 3U9QA 3L03A 5DXPA 2PNUA 2ACLA 3ET0A 3AN3A 2Q5PA 2XYJA 2I4ZA 3RLJA 2GTKA 4LTWA 3VT4A 3A78A 3NSPA 3V3EA 1NAVA 4MG8A 2XYWA 4OZRU 4RUJA 1UPWA 3KYTA 2FSZA 1LV2A 2QR9A 1YIMA 4PRGA 3VT3A 4MGBB 2P4YA 1G2NA 4OH6A 2HFPA 4UDAA 3ET1A 4J26A 2PIPL 2Q1VA 4NY9A 4PP5A 3KDUA 5DWEA 5E0XA 3K8SA 2P7GA 5B5BA 1XDKB 4S14A 2J7XA 5DWIA 3ET3A 2EWPA 3B66A 3IA6A 4OKWA 4XAOA 1T7TA 5E1CA 2ZXZA 4K4JA 4M8EA 2AX7A 4MGAA 1OSVA 1FD0A 1YJEA 3ET2A 3CTBA 4NUFA 4OK1A 1K4WA 4PPPA 3A2IA 5DMFA 3OMMA 2Q70A 5DMCA 3W0YA 1FM6A 2ZNPA 3K23A 2IOGA 3KBAA 2AWHA 5DKEA 4IQRA 2E2RA 3UUAA 3E7CA 4IS8A 1DKFB 1XV9A 5DKBA 1GS4A 2ZFXA 2R40D 2I4JA 1GWXA 1OSHA 1X78A 4IW6A 4M8HA 4MG7B 3ADXA 5KROA 4MG6A 2QMVA 3LBDA 4NQAB 4ZNVA 1FCZA 3V4AA 3R8IA 1XLSE 1XAPA 2POGA 2OM9A 1E3GA 3KDTA 4LBDA 3D6DA 5EI1A 5EJVA 1Z5XU 3V9VA 3B0RA 4PXMA 1YOKA 5JJMB 1YOWA 3DCTA 4TV1B 5FQPA 4OLMA 4WVDA 5DV6A 5AYGA 3WGPA 2B50A 3WFFA 2JFAA 2YLYA 5HJPA 3OAPA 3CDSA 3IXPA 4WQPA 3ADVA 3BQDA 2ABIA 1ZAFA 2NXXA 5G45A 1WM0X 3VN2A 4ZNWA 5A86A 4R06A 5LGAA 4P6XA 3RUUA 2VV2A 2W8YA 1NQ7A 2VV1B 3VT7A 5AAVA 3X1IA 1PQCA 5KYJA 4OZRE 1PK5A 5AZTA 5G3JA 1NDEA 1X7BA 4DQMA 2I0JA 3VSOA 4DM6A 4PPSA 2HBHA 4QJRA 4ZOMA 5GIDA 5JY3A 1QKNA 2QGTA 4E4KA 3HO0A 2ZNQA 4IA1A 4IU7A 5DIEA 2Q61A 2Q59B 4FNEA 2O4RA 1XPCA 2R6YA 3FALA 3PEQA 4ZN7A 2ZK2A 4NIEA 1XNXA 3FALB 1SR7A 1XB7A 1QKUA 1KV6A 1X76A 4OJBA 1FM6D 5HJSA 3KFCA 1XJ7A 4G1DA 1NUOA 5H1EA 1TFCA 1FM9A 1XZXX 4K7AA 1M13A 1XQCA 4BCRA 3KPZA 5DZHA 5KRIA 4X1GA 2HAMA 2G0HA 1ZGYA 1I7IA 3UU7B 5DWLA 4F9MA 4PF3A 5DZ1A 3VRUA 4ZI1A 1L2JA 4XT9A 2QA6A 3B67A 1XIUA 4NB6A 4A2JA 3L1BA 1YP0A 2QA8B 4XHDA 4OHAA 4G2HA 5SYZA 4RZFA 4MGDB 5APJA 3GYUA 3VTCA 4ZJRA 1XP1A 1XVPA 2PIOA 3R2AA 3V9TA 3VT6A 3VTBA 3WT6A 2B1VA 3R8AA 2PIXA 4QK4A 3AFRA 5DIDA 1Y9RA 3IXPD 5AWJA 5AWKA 2YLOA 2ZXMA 2Q1HA 1U3QA 3ADWA 5DP0A 1Q4XA 4OKBA 3FUGA 2HVCA 5DV3A 2GIUA 3P89A 2PJLA 3OOKA 3OSAA 4IA7A 4TUZA 3FEJA 3RLLA 5G5WA 3CLDA 2QSEA 2XHSA 3SP9A 3WMHA 3DCUA 1PZLA 3CWDA 5IZ0A 5KRLA 2QW4A 5FQTA 1I38A 2P1UA 1U3RA 3E00A 1U9EA 3JZCA 1LBDA 3OLFA 4WHFA 5APHA 4ZN9A 1MZNA 3OMPA 2J14A 1VJBA 1IE8A 1E3KA 1R1KA 4OH5A 3UVVA 3WTQA 3ZRAA 5KCCA 2HWRA 3L3XA 5E7VA 2Q7LA 5KRJA 2NXXE 1ILHA 2ZLAA 2Q8SA 3HLVA 1OVLB 4G1ZA 3VTDA 1T65A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ICK A;  5AK2 A;  3VJI A;  5EHJ A;  4IVY A;  3W5T A;  5KR9 A;  4S0S A;  1FM9 D;  1T7R A;  1Z95 A;  2ZK5 A;  3A2H A;  3GZ9 A;  3D24 A;  2PIV A;  2HCD A;  3L0J A;  3OZ0 A;  4MGB A;  4OAR A;  5KCT A;  3VRV A;  3WWR A;  3IMY A;  5HYR A;  5DZI A;  3WJ5 A;  3AUR A;  3GWS X;  1R20 A;  5DKS A;  2GPU A;  3B3K A;  1K74 A;  3W0I A;  3SZ1 A;  5DXK A;  1XDK A;  2VSR A;  4J24 A;  3WFG A;  2HAR A;  5EC9 A;  3HOD A;  2QZO B;  3ERT A;  3VT5 A;  1YY4 A;  3W0G A;  3F5C A;  2ZMJ A;  1Y0X X;  1ZUC A;  2YJD A;  3AN4 A;  3TX7 B;  3S9S A;  3F5C B;  3OGT A;  3X1H A;  1I37 A;  2P7Z A;  3O1E A;  2ZL9 A;  1T76 A;  4UDD A;  5FQV A;  2PRG A;  5ACC A;  4REF A;  1G5Y A;  1T74 A;  1DKF A;  2HB7 A;  1XOW A;  2LBD A;  3OS9 A;  4QE8 A;  1ZH7 A;  4G20 A;  5DWG A;  4FHI A;  4OEY A;  4WPF A;  2AA7 A;  1T7F A;  5AVI A;  3H52 A;  4MG7 A;  2ZK1 A;  5GT4 A;  4DK8 A;  5KCE A;  5KRK A;  5L7E A;  4OED A;  3ZRB A;  5EGV A;  5JJM A;  1L2I A;  3B0T A;  2PIU A;  3F7D A;  3OMK A;  1S0Z A;  3PO9 A;  4TV1 A;  2YJA B;  4EM9 A;  1N83 A;  3OS8 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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4G1YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN

pfam database annotations