4OZR | Genus

Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	197
structure length	197
Chain Sequence	KPISPEQEELIHRLVYFQNEYEQPSDEDFRHITEITILTVQLIVEFAKRLPGFDKLLREDQIALLKACSSEVMMLRMARRYDVGSDSILATVDDLLRFCRQMYGMKVDNAEYALLTAIVIFSERPSLIEGWKVEKIQEIYLEALKVYVDNRRKPRSGTIFAKLLSVLTELRTLGNLNSEMCFSLKLKNKKLPPFLAE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__525946311887149__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__525946311887149__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4OZR/E/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__525946311887149__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"525946311887149","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4OZR/E/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__525946311887149__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d008de11bf47761a7059217/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d008de11bf47761a7059217/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d008de11bf47761a7059217/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d008de11bf47761a7059217/pdb.gz): 2823 ms

reading 197 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

197 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:196});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transcription
source organism	Pediculus humanus subsp. corporis
publication title	Unprecedented conformational flexibility revealed in the ligand-binding domains of the Bovicola ovis ecdysone receptor (EcR) and ultraspiracle (USP) subunits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ecdysone receptor
total genus	65
structure length	197
sequence length	197
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-02-18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	4ozrE00

2JFAA 5E0XA 1L2JA 3V9VA 5LWPA 2VV4B 5E15A 3OOFA 4IW8A 2XKWA 4RZFA 1XV9B 1YMTA 2ZNNA 3P89A 1G50A 2P7GA 4QL8A 1Z5XE 2ZL9A 3HQ5A 2PINA 4A4WA 3W5RA 1TFCA 1G1UA 2ACLA 2AX7A 2R40A 2AO6A 2XYJA 4G2IA 4IVWA 4XHDA 4MG6A 5DYBA 2BJ4A 2PNUA 5AAVA 2B50A 1N46A 1HJ1A 2QSEA 4M8HA 5C4TA 2P1TA 4RFWA 4RUOX 1YOWA 5DXGA 3NSPA 3WMHA 3ET3A 3L03A 3D90A 1XIUA 1R6GA 4R2UA 5G46A 4OIUA 3VJSA 5DXMA 4XT9A 3OAPA 4OKXA 2AA7A 2AA2A 4IV2A 1T74A 2ZMIA 3WFGA 5HZCA 1N4HA 5ACCA 3PO9A 3UVVA 3F5CA 1YINA 4P6XA 3TKMA 4CI4A 3B66A 5DXBB 1X76A 1U9EA 4JGVA 2VV4A 1T65A 4OK1A 2AMAA 2AB2A 5SYZA 1K4WA 2B1VA 1XV9A 5DVCA 5L7HA 1UPWA 3RUUA 1PQ6A 4G1DA 4UDDA 4PPSA 1X7EA 4R6SA 3AFRA 5DVSA 2QPYA 4NIEA 4ZO1B 2VV0A 2GP7A 3W0HA 2BAWA 3OZJA 4WLBA 3ZR7A 3L3XA 1YYEA 5C4UA 3OMMA 3WJ4A 1Y9RA 4S0TA 4LTWA 2Q60A 4DM8A 4MGBB 2YHDA 1Y0SA 5APKA 3VSOA 4LBDA 3GYUA 4WPFA 5KCFA 3RLJA 2IOKA 4CI5A 2AAXA 1FM6D 3AN4A 2ZK2A 3MNEA 2PITA 3P0UA 3B0RA 2IOGA 2QE4A 4ZNSA 2AX8A 4JL4A 4DOSA 5EC9A 1ILHA 1R20A 1YP0A 5DXBA 5AWJA 1NYXA 4N5GA 4RZEA 3VJTA 4OKTA 2QH6A 3KWYA 2ZMHA 2I4PA 3GYTA 4KZMA 2P4YA 3SP6A 3GD2A 3G0WA 1FM9A 2ZXMA 5DKSA 3PLZA 1PQ9A 3AURA 4F9MA 2AWHA 2GPUA 5KD9A 4X1GA 1XPCA 5DX3B 5E14A 4E4QA 5DXQA 5DZIA 3VT4A 5KCWA 4DK7A 3KMGA 3VTCA 1GS4A 2ZKCA 3AUQA 2GWXA 1XVPB 2GPPA 3F7DA 3GWSX 4QK4A 3OGTA 4MGBA 5LGAA 2HB7A 2NV7A 4DM6A 1UOMA 2G5OA 2ZK3A 4J24A 1QKUA 1NQ1A 3FLIA 5FQTA 4IUIA 3OOKA 4OGHA 5GIEA 5DV8A 1MV9A 5B5BA 3U9QA 4RMEA 4M8EA 2AMBA 2HBHA 4KZIA 5FQVA 4MG7B 5DZ1A 2PIQA 1FD0A 2Q1HA 2P54A 4IWFA 1R20D 5DK9A 3O1DA 5ICKA 2ZASA 3L0JA 4RUPA 1RDTA 3WTQA 1NAXA 5DYDA 5G44A 3ADTA 1U3QA 4IW6A 1YIMA 1X7BA 1PK5A 1FM9D 5DX3A 5G3JA 5DXEA 2Q59B 2ATHA 1E3KA 5HYRA 2Q5GA 1PZLA 2ZY0A 1NRLA 5B41A 4OH6A 1SKXA 4LNXA 5L7EA 1KNUA 3ERDA 1U3RA 3G8IA 3B3KA 3CQVA 3FEIA 4MG5A 3G9EA 1T63A 4ZJRA 4ZN7A 1EXXA 5HJPB 1XQ3A 1NHZA 3K6PA 4OLMA 5EJVA 2V0VA 3B0WA 3HM1A 3A40X 3S9SA 3V9YA 3VT6A 3ZRBA 1YY4A 1T76A 4OEDA 5M96A 3UP0A 4QM0A 4MG7A 1NQ2A 1DKFB 2O4JA 2Q70A 3ET1A 3OSAA 3FS1A 3ADSA 1FCXA 3D24A 5DXPA 3WT7A 2NPAA 5FQRA 4OKWA 1X78A 3VJIA 5DV6A 3CS8A 4MGDB 3CS4A 4RZGA 4ZNUA 3X31A 2ZNOA 5HCVA 3N00A 1I38A 3E00D 2Q59A 2PIXA 3HZFA 3VRWA 2ZNPA 3WFFA 2ZLAA 1XB7A 1FBYA 2OVHA 3B67A 3CS6A 3OLSA 2YLYA 5CJ6A 1QKMA 3IPSA 4G1ZA 1ZUCA 5DL4A 4QJRA 2QTUA 3M7RA 5HJPA 4FN9A 4S0SA 5DKEA 3R8IA 3FALB 3UUCA 5DP0A 1GWRA 3PRGA 3OMOA 3OMPA 3K23A 3W0JA 1DKFA 4FGYA 4RE8A 3VT5A 1I7IA 5KRFA 1XNNA 3A2JA 5DKGA 3W0YA 4Q13A 4NQAB 1IE9A 4EMAA 5EHJA 2VSTA 4REEA 4MGDA 3RUTA 1P93A 1XP1A 2PIWA 2AM9A 5AVLA 1XJ7A 2PJLA 1PDUA 3ADUA 3FC6B 3QT0A 2I4ZA 4RWVA 4FHIA 1YJEA 4JYIA 4OZRU 5DTVA 1ZDUA 3E7CA 1ILGA 3ADWA 2F4BA 4ZJWA 3A3ZX 4LSJA 4XAOA 5DWIA 2PRGA 2ZLCA 5EGVA 4WHGA 5DSHA 3FALA 2OZ7A 4NY9A 3A78A 4OZTE 3PCUA 1K7LA 2I0JA 4DMAA 5DUGA 2JJ3A 3GWXA 4XTAA 2R40D 4G2HA 4IA1A 1SQNA 1U3SA 3AZ1A 3O1EA 3ADVA 3T03A 1NUOA 1TXIA 4OIVA 5L11A 3W5PA 1XQCA 1NAVA 2G0HA 4G20A 3V4AA 4FNEA 3CWDA 3KBAA 1R5KA 1S19A 5APHA 2HWRA 3FC6A 1XP9A 1RKGA 1SJ0A 4XLDA 1S9QA 1S0XA 5JY3A 2ZXZA 4ZN9A 1UPVA 5KRMA 2Q6SA 2Z4JA 4TUZB 2R6YA 3R2AA 5HYKA 3W5QA 2FVJA 1KV6A 3ET2A 5G42A 3EYBA 3DZYA 2H79A 1ZH7A 4XI3A 5F9BA 5DIEA 2J14A 2GL8A 1XNXA 1XAPA 1ZAFA 3MNOA 4UDCA 4NUFA 2AA5A 4L96A 5FQPA 2HASA 5DIGA 2E2RA 3K8SA 1G2NA 3VJHA 2GTKA 3ILZA 5DXKA 1XLSE 1LBDA 4PPPA 3JZBA 2HB8A 4PXMA 3R8DA 5KCTA 4XUHA 5JJMB 3FXVA 5DI7A 4OJ9A 4X1FA 5DIDA 1XZXX 5KRAA 2AA6A 4YNKA 4WQPA 5IAWA 2QZOA 4QE8A 5DWJA 2Q7LA 4ZOMA 1Q4XA 3TY0A 5L7GA 2JF9A 4TUZA 5KRIA 4HEEX 4PP5A 2NW4A 5DWLA 3IXPA 4MGCA 1I7GA 3OKHA 4IS8A 4OH5A 1G5YA 3X36A 4DK8A 4PRGA 2HFPA 3LMPA 4MGAB 3FEJA 4G1YA 5E1CA 3WJ5A 2QA6A 3B0TA 2G0GA 3V9TA 3BC5A 5KCCA 5KROA 2PKLA 4CSJA 2H77A 5E19A 5KYAA 3P88A 2I4JA 5G45A 3AN3A 1MVCA 1PRGA 2AXAA 2EWPA 3IPUA 3IPQA 1QKNA 3OS8C 4JYGA 4ZNVA 5A86A 5JJMA 3OS8A 5DRJA 3CJWA 3B68A 2GIUA 5K13A 2P15A 4WHFA 1S9PA 2ZK4A 2QMVA 1ZEOA 3CTBA 2G44A 2J4AA 3IA6A 3L3ZA 5AWKA 3UP3A 2Q1VA 4UDBA 4OHAA 2HARA 2QW4A 2REWA 4IA2A 3VHWA 4N1YA 3W0GA 5EITA 3W0IA 1T7RA 2FAIA 3AX8A 3OLFA 2ZK5A 2QXSA 2W8YA 3A2HA 3DCUA 3PBAA 3NOAA 5AK2A 5GT4A 4MGAA 5DY8A 1QKTA 5H1EA 3L0LA 4PF3A 1S0ZA 3IMYA 2Q5PA 5DXRA 3RLLA 3OS9A 1RDTD 3H0AA 4B7WA 1T7MA 2ZVTA 1XOWA 4ZNHA 2VV2A 3VTBA 2ZFXA 3HC6A 1GWXA 3AZ2A 4IA3A 4IA7A 2HAMA 2XYXA 1R1KA 2OAXA 1FCYA 3ADXA 4APUA 2J7XA 4PWLA 4MG8B 3RVFA 5KCDA 2PIOA 3ET0A 3OZ0A 2P1UA 2FSZA 3R5NA 1RJKA 5DMCA 2QXMA 1NQ7A 4FHHA 4IWCA 4OFUA 1XDKB 4UDAA 2AX6A 2ZK6A 4Q0AC 4QE6A 1XLSA 3R5MA 3D57A 5E7VA 3RY9A 2ABIA 2XYWA 3NSQA 4IVYA 1DB1A 3TX7B 1RK3A 3JZCA 2R6WA 1M13A 4PLEA 5DU5A 1FCZA 3A2IA 3UUAB 3KDUA 4OC7A 5AZTA 3B65A 3G8OA 3BQDA 2Z4BA 3OMKA 3VTDA 1M7WA 4OEZA 4A4VA 3VHUA 3AUNA 2B1ZA 2YLQA 1M2ZA 3H0AD 1Z95A 5APJA 2P1VA 3L1BA 5FQSA 2ZMJA 4OJBA 1T7FA 3WT6A 5KRHA 3DCTA 4HLWA 2GPOA 4PP6A 4O8FA 3D6DA 4JAZA 1ZKYA 4POHA 1OSHA 5DUEA 3VSPA 1R1KD 5DKBA 4MG8A 1H9UA 4PLDA 3FURA 5E0WA 2NXXE 1X7JA 2VV3A 5AVIA 1FM6A 5JI0D 5DVVA 4IU7A 5DWEA 1WM0X 1XDKA 4OEYA 2ZXNA 3OKIA 5G5WA 3VI8A 4KZJA 5GIDA 2AX9A 1YA3A 2YLPA 2A3IA 4TV1B 2P7AA 4RMCA 5KRKA 2Q5SA 1HG4A 5GICA 3P8XA 3UUAA 5KRLA 4RMDA 1XP6A 1I37A 2QZOB 4ONIA 3VT3A 3B5RA 2Q8SA 3X1HA 4YPQA 5KYJA 4XUMA 3HO0A 2HWQA 3GBKA 4BCRA 3AZ3A 1IE8A 3K22A 1N83A 4POJA 3HVLA 3TKCA 3WWRA 3CDPA 1PCGA 2Q7KA 5DRMA 2VV1B 2LBDA 3VT7A 2J7YA 1BSXA 3VT8A 2QA8B 4PP3A 4ZO1X 1YUCA 4R06A 3VT9A 3D5FA 2HC4A 2QABA 3VN2A 1ZGYA 3MNPA 4PVUA 3E94A 3UUDB 4ITEA 1EREA 3KMZA 4ZNTA 1NQ0A 2HCDA 3HC5A 3Q95B 3ERTA 4NB6A 2YATA 3GN8A 3W0CA 1OSVA 5ETHA 2GPVA 2ZK0A 4N73A 4TV1A 4WVDA 4K6IA 4REFA 5IZ0A 3V3EA 5AAUA 2PIPL 5KRCA 1UHLB 3PEQA 5C4OA 3DT3A 4ITFA 3V3QA 2OVMA 2QR9A 4L98A 2Q7JA 1T79A 3OLLA 3VHVA 3LBDA 1Z5XU 2AYRA 1ERRA 3KMRA 4RUJA 5EI1A 2O9IA 5AYGA 3UU7B 2OCFA 4EM9A 4YMQA 3VRTA 4K7AA 3B1MA 3OSWA 4RAKA 5IXKA 4ZNWA 3ZQTA 3WT5A 2VV1A 1NDEA 3A9EB 3VRVA 2QA8A 3VRUA 3DZYD 5KCEA 1E3GA 2Q3YA 2ZK1A 1OVLB 2XHSA 2O4RA 4Y29A 3SZ1A 4A2JA 5KR9A 3UUDA 2OM9A 4E4KA 5I4VA 3SP9A 1T7TA 1RKHA 2YJDA 3HLVA 3Q95A 4MG9B 5DZ0A 1EXAA 3R29A 5G43A 4OZRE 3V49A 2PIUA 1UHLA 2B23A 2YFEA 3OMQA 1OT7A 3DZUA 4Q50A 3KFCA 3H52A 5DZHA 4IQRA 4S15A 3X1IA 4OZTU 1PQCA 2Q61A 1A28A 3UU7A 5DZ3A 1T5ZA 3KYTA 4OKBA 1LV2A 2QGWA 2Q6JA 4LNWA 2IHQA 1VJBA 2NXXA 2PIVA 3KPZA 1GWQA 1X7RA 2YJAB 3E00A 2QGTA 4DORA 1Y0XX 3A9EA 3CDSA 2VSRA 3GZ9A 1K74A 3IXPD 4J26A 5HJSA 2V7CA 1OVLA 3HODA 1SR7A 2JFAB 4YT1A 1A52A 4K4JA 1YOKA 5AZVA 1XVPA 2POBA 2HVCA 3DY6A 3KDTA 5DLRA 4JYHA 4OFRA 3OSIA 2Q6RA 5DUHA 3W5TA 4MG9A 1L2IA 3DR1A 2POGA 4OJ4A 5DWGA 5C4SA 4J5XC 3R8AA 2ZBSA 2P7ZA 1P8DA 5KRJA 4DQMA 4J5XA 1ZDTA 4N8RA 1MZNA 4E2JA 2ACLB 4MDDA 2BJ4B 5AAVB 1KKQA 5DV3A 4J5WC 2QNVA 4G21A 4P6WA 4OARA 5KCUA 3DZUD 2PIRA 4IV4A 4J5WA 4OILA 4S14A 3FUGA 4ZI1A 3ZRAA 3CLDA 2OUZA 3B0QA 3BEJA 3L0EA 2Q7IA 3WGPA 4OEAA 5DMFA 3W0AA 2YLOA 1T73A 2ZNQA 2I0GA 3UVVB 3F5CB 1K74D
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JFA A;  5E0X A;  1L2J A;  3V9V A;  5LWP A;  2VV4 B;  5E15 A;  3OOF A;  4IW8 A;  2XKW A;  4RZF A;  1XV9 B;  1YMT A;  2ZNN A;  3P89 A;  1G50 A;  2P7G A;  4QL8 A;  1Z5X E;  2ZL9 A;  3HQ5 A;  2PIN A;  4A4W A;  3W5R A;  1TFC A;  1G1U A;  2ACL A;  2AX7 A;  2R40 A;  2AO6 A;  2XYJ A;  4G2I A;  4IVW A;  4XHD A;  4MG6 A;  5DYB A;  2BJ4 A;  2PNU A;  5AAV A;  2B50 A;  1N46 A;  1HJ1 A;  2QSE A;  4M8H A;  5C4T A;  2P1T A;  4RFW A;  4RUO X;  1YOW A;  5DXG A;  3NSP A;  3WMH A;  3ET3 A;  3L03 A;  3D90 A;  1XIU A;  1R6G A;  4R2U A;  5G46 A;  4OIU A;  3VJS A;  5DXM A;  4XT9 A;  3OAP A;  4OKX A;  2AA7 A;  2AA2 A;  4IV2 A;  1T74 A;  2ZMI A;  3WFG A;  5HZC A;  1N4H A;  5ACC A;  3PO9 A;  3UVV A;  3F5C A;  1YIN A;  4P6X A;  3TKM A;  4CI4 A;  3B66 A;  5DXB B;  1X76 A;  1U9E A;  4JGV A;  2VV4 A;  1T65 A;  4OK1 A;  2AMA A;  2AB2 A;  5SYZ A;  1K4W A;  2B1V A;  1XV9 A;  5DVC A;  5L7H A;  1UPW A;  3RUU A;  1PQ6 A;  4G1D A;  4UDD A;  4PPS A;  1X7E A;  4R6S A;  3AFR A;  5DVS A;  2QPY A;  4NIE A;  4ZO1 B;  2VV0 A;  2GP7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4OZRE

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