5DV3 | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	272
structure length	263
Chain Sequence	PESADLRALAKHLYDSYIKSFPLTKAKARAILTGKTTDKSPFVIYDMNSLMMGEDKIKFKKEVAIRIFQGCQFRSVEAVQEITEYAKSIPGFVNLDLNDQVTLLKYGVHEIIYTMLASLMNKDGVLISEGQGFMTREFLKSLRKPFGDFMEPKFEFAVKFNALELDDSDLAIFIAVIILSGDRPGLLNVKPIEDIQDNLLQALELQLKLNHPESSQLFAKLLQKMTDLRQIVTEHVQLLQVIKKTETDMSLHPLLQEIYKDLY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3329329976761515__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3329329976761515__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DV3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3329329976761515__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3329329976761515","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DV3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3329329976761515__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00facae74d78509a08bca8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00facae74d78509a08bca8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00facae74d78509a08bca8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00facae74d78509a08bca8/pdb.gz): 2851 ms

reading 263 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

263 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:262});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transcription/transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Human PPARgamma ligand binding dmain complexed with SB1405 in a covalent bonded form rcsb
molecule keywords	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
total genus	97
structure length	263
sequence length	272
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	5dv3A00

3HZFA 3R2AA 2ZK6A 3W0HA 5KRMA 1XLSA 2Q70A 3MNOA 4OGHA 5DIGA 4OZTU 1Y9RA 4J5WC 1XP9A 4RE8A 1Y0XX 1PDUA 4OARA 3ET2A 4MG8A 3UU7A 1XVPA 3H52A 2QA6A 4MGDA 5HJPA 4NIEA 3VT9A 1T63A 1ILHA 5HCVA 4OZRU 3WMHA 2P1TA 3ADWA 2P15A 5DWLA 3RVFA 4DK8A 5KCDA 2YHDA 2PIRA 2XKWA 4ZJWA 1R5KA 3PEQA 2AMAA 3K8SA 2AA6A 2YLOA 3AZ3A 3BC5A 1UOMA 5DIEA 5KR9A 5E19A 5KROA 3G0WA 2QGTA 1MV9A 1A52A 3A78A 5DL4A 3G8IA 4M8EA 5DRJA 4ZNWA 4QJRA 4ZJRA 5L7EA 5L7GA 2XYWA 1SJ0A 5APKA 4OJ9A 2AYRA 1T5ZA 2POBA 5ETHA 2VV0A 2IHQA 4PP5A 3FEJA 2VV2A 2GIUA 3MNPA 4XT9A 3ET0A 2J14A 4OEZA 4MGCA 2ZVTA 5DY8A 5C4SA 2Q7IA 3VRUA 4Q50A 3VHWA 3WFGA 4G20A 3FXVA 3NSQA 5DX3A 3A2IA 4CI5A 3HC5A 4BCRA 1I7GA 5K13A 2NPAA 1VJBA 4XHDA 3F5CA 4IA7A 2QMVA 5AYGA 2VSTA 3FLIA 2YJAB 3OLSA 4DM8A 3IXPD 5DKGA 4QE8A 3SP6A 2HCDA 1NQ1A 1XPCA 3OLLA 4OKWA 5DMFA 4OIVA 2W8YA 5DXPA 1G5YA 3W0JA 2IOGA 3ADVA 5APHA 3V9TA 1MVCA 3WTQA 1XDKA 4ZNTA 1UPVA 4J5WA 3P0UA 2QXSA 4MG7A 5DV8A 3Q95B 2AWHA 3WJ5A 4IW8A 1M13A 3RY9A 3TX7B 1QKMA 1FCZA 2YLYA 4RUOX 5KCCA 5E0WA 5AVLA 4FHIA 2PNUA 5G45A 4RMCA 5APJA 2POGA 3CQVA 2ZMIA 4PRGA 3OS8C 3DCUA 3OMMA 5AZTA 3VJTA 3ZRAA 1GWXA 5KRIA 4K4JA 1YIMA 5DYBA 3FS1A 5DXKA 4J5XA 3OMQA 5DUGA 2E2RA 5DX3B 3GWSX 3DZYD 4OZRE 2BAWA 1R1KA 3OGTA 2J7YA 3F5CB 4L98A 1UHLB 4RMDA 2XYXA 3VSPA 3UUDA 3VRVA 2J4AA 4XUHA 2R40A 5DU5A 2ZXZA 1SR7A 3AZ1A 3D24A 1ZDTA 2AA7A 3PRGA 4TV1A 3HQ5A 2I0JA 4HEEX 5DV3A 5DXBB 1ERRA 1T7MA 2XHSA 4E4QA 1NAVA 3ERTA 3KBAA 1I7IA 3L1BA 5LWPA 1XDKB 2NXXE 3K23A 1ZH7A 2B23A 4MG9A 3B1MA 3V9VA 1M7WA 3AFRA 2R40D 4JYGA 4PWLA 4N5GA 5AWKA 4M8HA 2Q7LA 2XYJA 1SKXA 1X7BA 3O1DA 2B50A 1DKFA 4LBDA 4WPFA 2ZNNA 3HM1A 3KMZA 3K6PA 2P1UA 4OC7A 4OEYA 1KV6A 5DXMA 3B5RA 4QL8A 3U9QA 2HC4A 1FM9D 5DIDA 3W5PA 2ATHA 3A40X 3F7DA 4S0SA 1ZKYA 4FHHA 4OFRA 3W0AA 4K6IA 1QKNA 3GYUA 2ZMHA 3ET1A 5DZ3A 5DXEA 5EI1A 3WT7A 3E7CA 4G2IA 2JFAA 3DZUA 3W5QA 4OFUA 4YPQA 1ZUCA 2OAXA 3FEIA 1P93A 3KMRA 3OSAA 3UUDB 3WJ4A 1A28A 3WGPA 1FM6A 4RZEA 2AAXA 5CJ6A 1S9PA 3OS8A 4TV1B 5HZCA 3W0GA 4E4KA 2GPOA 1XZXX 3VTDA 5KCUA 3FALA 2GTKA 2YLPA 4XI3A 1K74D 3DZUD 2ZY0A 3E00D 3B65A 3L03A 3WT6A 2QPYA 3UUCA 5KCFA 3OS9A 1FM6D 2PIUA 5KRLA 3A9EA 3CDPA 1DKFB 3RLJA 2ABIA 2JF9A 4UDAA 3CS4A 3FC6B 2F4BA 5KRCA 2Q3YA 3WWRA 2O4JA 3TY0A 4POJA 1NUOA 3UP3A 5C4OA 4P6WA 2H79A 3HO0A 5DZ0A 5GICA 1NHZA 4PP3A 3D90A 3P8XA 4OKTA 3KDUA 3ZR7A 4IWFA 1R6GA 4L96A 5AWJA 5C4UA 5JJMA 2G0HA 4MGBA 2FSZA 4DORA 5IZ0A 4J5XC 2ZLAA 1YP0A 3B0WA 2QW4A 4IWCA 3KPZA 2HB7A 1XP6A 3B0QA 4G21A 3V3QA 1X76A 3OZJA 2Q59A 2P7ZA 5AAUA 5DKBA 1ZAFA 2A3IA 4ZN9A 4JGVA 3N00A 4WHFA 4K7AA 4ZOMA 1T7FA 5DLRA 4E2JA 2ZNQA 1EREA 2Q7JA 3DY6A 5I4VA 1NYXA 1U3SA 2QNVA 3CJWA 4RZFA 4X1GA 5DZ1A 4S14A 5G42A 3VT4A 1WM0X 5GIEA 5IAWA 5JY3A 3GWXA 5DRMA 1T74A 2ZFXA 4OKBA 5DMCA 4ZN7A 4MG8B 5DTVA 3UU7B 3V49A 1XVPB 4FNEA 5IXKA 4DM6A 3VSOA 4MGDB 5HJPB 2ZK5A 4TUZA 5EJVA 3OKIA 5AVIA 3VHVA 1S9QA 3JZCA 2PIOA 1L2JA 3OMPA 5KYJA 4IA3A 4CSJA 2AX6A 3EYBA 3L0EA 1H9UA 2ACLA 2VV4A 3M7RA 4MGBB 5DXQA 3ZRBA 5KRFA 2QABA 4OILA 3PO9A 5DWEA 2QTUA 3ERDA 4OLMA 4WHGA 3PLZA 1YY4A 3ADSA 1E3GA 4IUIA 5DXGA 4PXMA 3IPSA 2YLQA 5G46A 3ZQTA 5F9BA 5DSHA 3VTBA 5E0XA 5A86A 1HJ1A 4KZMA 2PJLA 4RZGA 1XAPA 1UPWA 1NQ7A 5AK2A 2Q1HA 2GWXA 5FQPA 2NXXA 2ZK2A 5DVSA 1TXIA 2I4PA 3V4AA 1E3KA 4QE6A 5DI7A 4IVWA 3VHUA 1YA3A 2HVCA 3CWDA 5LGAA 1XIUA 1Z5XE 1YMTA 4PPSA 2Q5PA 4UDDA 2QA8A 2H77A 4TUZB 3VT5A 3HLVA 3VTCA 3R29A 2P7GA 2ZMJA 4HLWA 1I38A 1R20A 1FCYA 3B0RA 3B0TA 3NSPA 1T7RA 4MGAA 3W5RA 4APUA 3FURA 3DCTA 3QT0A 2V7CA 1XB7A 2ZKCA 1RKHA 4ZI1A 3X31A 2Q7KA 4OKXA 3P88A 4LTWA 1GWRA 2G0GA 5M96A 2G44A 1R1KD 2OVMA 3KDTA 4MG7B 4ZNHA 1R20D 5JI0D 2PKLA 5ACCA 3V9YA 5FQVA 1OVLA 4Q0AC 2LBDA 3VT8A 1PQ9A 1S0ZA 1XQ3A 2V0VA 3W0IA 5H1EA 4ONIA 3KFCA 1G1UA 2HARA 2O9IA 3G9EA 4EM9A 2HFPA 2ZK3A 1RK3A 3H0AA 4S0TA 4XTAA 4OJ4A 5FQTA 1XQCA 3R8AA 2R6WA 2IOKA 2Q8SA 1YINA 2AX7A 3VJHA 1RDTA 3A2JA 4N1YA 1X78A 4LSJA 4REEA 3LMPA 2QH6A 2ZXMA 4RFWA 2AX9A 4S15A 2QA8B 2PRGA 3D6DA 1N83A 3DT3A 2I0GA 1PZLA 1YJEA 3OOKA 2G5OA 4MGAB 2YFEA 5DZHA 2VV1A 1YYEA 4DQMA 4A4VA 4R06A 3UP0A 1T65A 1K4WA 3GYTA 4MG6A 4FN9A 2P4YA 3IMYA 4NUFA 3VT3A 4MG9B 3RUTA 4KZJA 4EMAA 5DKSA 3R5MA 4XLDA 3V3EA 4LNXA 2GPVA 3BQDA 4RAKA 2AA2A 4MG5A 5C4TA 1I37A 4DOSA 2Q6JA 5DV6A 2PIWA 3P89A 4ITFA 3OMOA 1Z5XU 2P1VA 3ADTA 4OH5A 3WT5A 4OH6A 3VRTA 1Q4XA 4ZO1X 3CDSA 2NW4A 2Q61A 2Q1VA 4WVDA 1NRLA 1IE9A 3AURA 5EGVA 4OJBA 3OOFA 5AAVA 3B68A 1Z95A 1K7LA 1KNUA 2B1VA 2JFAB 4ZNVA 4QM0A 1PK5A 5KCTA 1T79A 2ZASA 4LNWA 4YNKA 4IQRA 5G5WA 2ZNOA 1LV2A 3D57A 5DWIA 2PIPL 3R5NA 1DB1A 2GP7A 2VSRA 4G1YA 4IV2A 4PLDA 3X36A 1ILGA 2ZXNA 2Q60A 5DVCA 3FALB 3ET3A 3FUGA 3X1IA 2GPPA 2QGWA 2OZ7A 1XV9A 2QZOA 3L3XA 2HASA 4IS8A 3B67A 4JL4A 4RMEA 2ZK4A 1FBYA 1X7RA 2GL8A 4F9MA 2YJDA 1EXAA 3A9EB 3PBAA 4KZIA 4PVUA 1PQCA 1ZDUA 1FCXA 2OVHA 4G1ZA 3R8IA 1IE8A 1BSXA 3ILZA 3OSIA 3GBKA 4NB6A 5G43A 2ZK1A 2ZK0A 4ITEA 2AB2A 4NY9A 4OIUA 4XUMA 3OKHA 3BEJA 4G1DA 3CS6A 5KRAA 1T76A 3Q95A 3AX8A 4WLBA 1G2NA 3A3ZX 2PIXA 1XLSE 1PCGA 3KYTA 4G2HA 4J24A 5AAVB 2QSEA 3OSWA 3W0YA 3RLLA 5JJMB 3GN8A 4FGYA 5SYZA 2HWRA 2HWQA 2Q5GA 2ZBSA 2ZLCA 3GZ9A 1ZGYA 3IA6A 5DP0A 3LBDA 1U3RA 3K22A 4P6XA 3G8OA 5DUEA 5B5BA 1PQ6A 2AM9A 2AA5A 2Q6RA 3GD2A 4IA2A 4MDDA 4ZO1B 1HG4A 1RKGA 3IXPA 4RWVA 3L3ZA 5E7VA 5FQSA 4PP6A 1EXXA 3CTBA 2Q59B 3AUQA 3DR1A 5AZVA 4YMQA 1X7JA 2BJ4A 5KYAA 1T7TA 1XV9B 2QZOB 5GIDA 2FAIA 4O8FA 1GS4A 3OAPA 1NDEA 1MZNA 1UHLA 1XNXA 5KCWA 1G50A 5ICKA 1QKUA 2EWPA 2ZL9A 4REFA 2FVJA 3W5TA 3UUAA 1Y0SA 3HODA 1KKQA 4A4WA 5DXBA 4R6SA 4J26A 1T73A 4DK7A 1XP1A 2OCFA 5HYRA 2YATA 3AZ2A 5KRKA 4XAOA 2P54A 4POHA 3VJSA 3JZBA 2NV7A 3KMGA 1YOKA 3W0CA 3NOAA 3S9SA 3VJIA 2ACLB 2VV4B 2Q6SA 2B1ZA 3KWYA 4OEAA 4R2UA 3ADUA 3DZYA 4CI4A 5DK9A 5DVVA 3WFFA 4ZNSA 4X1FA 4OZTE 2R6YA 1QKTA 3T03A 2I4ZA 2AXAA 4PLEA 4ZNUA 5DXRA 5FQRA 3A2HA 5KRHA 1NQ2A 1U9EA 2GPUA 1N46A 2AX8A 2BJ4B 4Y29A 5G3JA 4B7WA 3AN3A 2Z4JA 3L0LA 4DMAA 4YT1A 5DKEA 1RJKA 5KD9A 2REWA 5B41A 1P8DA 1M2ZA 1OSHA 2AO6A 2PIVA 2VV3A 3VT6A 3VI8A 3UVVA 3TKCA 4WQPA 3SP9A 3TKMA 3R8DA 3UUAB 3D5FA 4NQAB 5HYKA 3B3KA 5GT4A 3HC6A 1GWQA 5DWGA 3H0AD 4RUPA 5G44A 2OM9A 2Q5SA 4PF3A 1LBDA 3X1HA 3RUUA 4N73A 1FD0A 5E14A 1FM9A 2PITA 2OUZA 2QE4A 3AUNA 3MNEA 4IV4A 1RDTD 3VN2A 3O1EA 4IU7A 3OZ0A 5EHJA 4A2JA 5L7HA 4PPPA 2QXMA 5HJSA 2HB8A 3VRWA 1NAXA 3FC6A 4N8RA 3B66A 2J7XA 1S19A 2Z4BA 5EITA 2PINA 2AMBA 2ZNPA 3L0JA 3SZ1A 5E1CA 4OEDA 5E15A 3CLDA 5DWJA 5EC9A 1OVLB 5DUHA 4RUJA 1SQNA 1L2IA 1NQ0A 3VT7A 2PIQA 2QR9A 3ADXA 5L11A 4JYIA 1XOWA 4JAZA 1K74A 4OHAA 3IPQA 4QK4A 3E00A 3AN4A 3IPUA 2P7AA 1XJ7A 3UVVB 3CS8A 1PRGA 5KCEA 3E94A 2HAMA 1TFCA 4IVYA 2I4JA 2JJ3A 3OLFA 4JYHA 2O4RA 3PCUA 4IW6A 4OK1A 1XNNA 4Q13A 5DYDA 4UDCA 1OT7A 1N4HA 1OSVA 3OMKA 4IA1A 1YOWA 1ZEOA 1S0XA 3HVLA 5DZIA 2HBHA 1YUCA 4UDBA 1X7EA 1U3QA 2VV1B 5KRJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HZF A;  3R2A A;  2ZK6 A;  3W0H A;  5KRM A;  1XLS A;  2Q70 A;  3MNO A;  4OGH A;  5DIG A;  4OZT U;  1Y9R A;  4J5W C;  1XP9 A;  4RE8 A;  1Y0X X;  1PDU A;  4OAR A;  3ET2 A;  4MG8 A;  3UU7 A;  1XVP A;  3H52 A;  2QA6 A;  4MGD A;  5HJP A;  4NIE A;  3VT9 A;  1T63 A;  1ILH A;  5HCV A;  4OZR U;  3WMH A;  2P1T A;  3ADW A;  2P15 A;  5DWL A;  3RVF A;  4DK8 A;  5KCD A;  2YHD A;  2PIR A;  2XKW A;  4ZJW A;  1R5K A;  3PEQ A;  2AMA A;  3K8S A;  2AA6 A;  2YLO A;  3AZ3 A;  3BC5 A;  1UOM A;  5DIE A;  5KR9 A;  5E19 A;  5KRO A;  3G0W A;  2QGT A;  1MV9 A;  1A52 A;  3A78 A;  5DL4 A;  3G8I A;  4M8E A;  5DRJ A;  4ZNW A;  4QJR A;  4ZJR A;  5L7E A;  5L7G A;  2XYW A;  1SJ0 A;  5APK A;  4OJ9 A;  2AYR A;  1T5Z A;  2POB A;  5ETH A;  2VV0 A;  2IHQ A;  4PP5 A;  3FEJ A;  2VV2 A;  2GIU A;  3MNP A;  4XT9 A;  3ET0 A;  2J14 A;  4OEZ A;  4MGC A;  2ZVT A;  5DY8 A;  5C4S A;  2Q7I A;  3VRU A;  4Q50 A;  3VHW A;  3WFG A;  4G20 A;  3FXV A;  3NSQ A;  5DX3 A;  3A2I A;  4CI5 A;  3HC5 A;  4BCR A;  1I7G A;  5K13 A;  2NPA A;  1VJB A;  4XHD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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5DV3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN

pfam database annotations