5SYZ | Genus

Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	239
structure length	237
Chain Sequence	SIPHLILELLKCEPDEPQVQAKIMAYLQQEQANRSKHEKLSTFGLMCKMADQTLFSIVEWARSSIFFRELKVDDQMKLLQNCWSELLILDHIYRQVVHGKEGSIFLVTGQQVDYSIIASQAGATLNNLMSHAQELVAKLRSLQFDQREFVCLKFLVLFSLDVKNLENFQLVEGVQEQVNAALLDYTMCNYPQQTEKFGQLLLRLPEIRAISMQAEEYLYYKHLNGDVPNLLIEMLHA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__715692798878135__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__715692798878135__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5SYZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__715692798878135__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"715692798878135","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5SYZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__715692798878135__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01a073a43f683d6fddbfb4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01a073a43f683d6fddbfb4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01a073a43f683d6fddbfb4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01a073a43f683d6fddbfb4/pdb.gz): 2798 ms

reading 237 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

237 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:236});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Nuclear protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structures of the Nuclear Receptor, Liver Receptor Homolog 1, Bound to Synthetic Agonists. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
total genus	96
structure length	237
sequence length	239
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-08-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	5syzA00

3OLFA 3VT6A 3AUQA 2POGA 5APHA 2AB2A 4F9MA 3W0HA 3ERTA 4UDDA 4OILA 2PIPL 3UUDA 1FM6D 3A3ZX 3ADWA 2GTKA 1N83A 3B1MA 3ET2A 4B7WA 4NY9A 5F9BA 3PRGA 3TX7B 5AZVA 4MG9A 3ZQTA 1T73A 1NYXA 2Q6JA 5DZ0A 5EI1A 3DZYA 2AX6A 1T74A 3R5NA 3CWDA 3UU7B 2ZK5A 2ZNNA 3CJWA 4WHFA 3HZFA 1EXXA 2GPOA 2VSRA 5DVSA 3FUGA 2B1VA 1FBYA 4XT9A 5AK2A 3AX8A 1T7MA 5EITA 5JJMB 3VRTA 2PNUA 1G50A 5DIDA 4RZFA 1YOKA 5GT4A 2IHQA 3G9EA 2G44A 3VRUA 2JJ3A 4REFA 4KZJA 5KRKA 4POJA 1DB1A 3ADXA 1YY4A 1XQCA 3B67A 4QJRA 2HB8A 3OZ0A 2I0JA 4L98A 2J7YA 4XTAA 1UOMA 4IS8A 3T03A 2PIXA 3A40X 5AVIA 5GIEA 4PPSA 3R8AA 3GWXA 2P4YA 3Q95B 1M7WA 2VV4A 3HC6A 5KR9A 3VJTA 4PLDA 3ET0A 5FQTA 4MG8B 4K6IA 1GWQA 4OK1A 3R8DA 4PLEA 1XDKB 2Q61A 4XUHA 2Q6RA 4OC7A 5DL4A 3OMQA 2AA5A 5JY3A 1YOWA 4MGDB 5HJPB 3RLLA 3VSOA 2QA8B 3OSIA 1RK3A 1K4WA 4J5WC 2YLPA 2ZLCA 4TUZB 5DI7A 5KD9A 1ZEOA 2P1UA 3R2AA 3KFCA 5C4TA 4IW6A 2YLQA 3TKCA 4PXMA 1RDTA 4OGHA 2HCDA 2P7GA 1G2NA 3DCUA 2NXXE 2AM9A 5DWEA 4XI3A 3SP9A 1OSHA 4E4QA 5KRAA 4HLWA 3PCUA 2GWXA 1HG4A 2Q59B 2AWHA 4J5XA 4WHGA 3D57A 4P6WA 3W0YA 2Q1VA 4L96A 2AA2A 2NW4A 4E2JA 2ZK4A 4IA2A 3VHUA 3FURA 3K8SA 2QXSA 3ZR7A 3OOKA 1OVLA 2Q7JA 1FCZA 2PIUA 3VI8A 1XZXX 4MGBB 1BSXA 1QKNA 3V4AA 3H0AA 5KYAA 2I0GA 4OEYA 5DZ3A 4M8EA 2ZASA 3DZYD 3MNPA 5E0XA 5FQVA 1IE9A 3VTCA 3KPZA 2B50A 1RKHA 2ZXMA 4IVYA 2AMBA 3KMGA 5DXBA 2AXAA 5DK9A 2O4RA 4G20A 5DMCA 4G1DA 3ILZA 4CI5A 2QGTA 2GPPA 2PRGA 5A86A 3W0AA 1IE8A 1Y9RA 3FALA 3UVVA 3WFFA 2H79A 1XJ7A 4MG6A 4LTWA 1T76A 2ACLA 1S9QA 2NXXA 2ZKCA 3OMOA 4P6XA 4E4KA 1YP0A 1ZUCA 4ITEA 4DM8A 2XHSA 3NSQA 1ZKYA 4YNKA 3AN4A 4G2HA 3IPQA 1G5YA 1L2JA 3RVFA 5DKEA 2REWA 4IW8A 5L7HA 3VHVA 3UUDB 4TV1B 1YUCA 3EYBA 2E2RA 4QL8A 4ONIA 1MV9A 3GN8A 4N5GA 4FN9A 3MNEA 4EMAA 3OSWA 3A2IA 1EXAA 5KRHA 2GL8A 4FHIA 4RUJA 4APUA 1A52A 1S0XA 4MG9B 4RZGA 2P15A 3WFGA 1DKFA 2YATA 2Q8SA 1XIUA 3KDUA 5DV6A 5G3JA 5GICA 1RDTD 2OZ7A 1M13A 4ZO1X 3L0LA 3TY0A 1N4HA 1YMTA 4PP3A 1ZGYA 4DORA 1XV9A 3OSAA 4XUMA 1LV2A 5DTVA 4G1ZA 4KZMA 1NAXA 5AVLA 4IQRA 3UUCA 2Q60A 3HQ5A 1TXIA 3FXVA 1X7BA 5IXKA 2IOGA 3F7DA 3B68A 3AN3A 2VV0A 4RE8A 3V9TA 2B1ZA 5M96A 4OZRU 5DYBA 3F5CB 5DV3A 5HYKA 5CJ6A 1XVPA 4OEZA 2ZY0A 3R8IA 1X7JA 3V9YA 4IWFA 4G21A 3H0AD 3FC6A 4WQPA 1VJBA 2OVMA 2AX9A 2VV4B 1XNNA 3DY6A 1YYEA 2P1TA 5K13A 2GIUA 3P89A 3L03A 3ADVA 2HAMA 2V7CA 5DLRA 3ET3A 5DMFA 4DMAA 3CLDA 1YJEA 4RAKA 5HJSA 2ZNOA 1QKMA 1T79A 1A28A 1FM9A 3B5RA 3VTBA 1T5ZA 5KRCA 1S19A 4ZNSA 5KROA 1K7LA 3E7CA 5AZTA 2ZBSA 3A2JA 5DVVA 5DXEA 3A9EA 3BQDA 1UPWA 3ERDA 3VHWA 1E3KA 2A3IA 3KMZA 5KCDA 4OH6A 2AX7A 1G1UA 1FCYA 2HBHA 3P88A 5KCFA 4OZRE 5DX3B 1R6GA 2BJ4A 1SQNA 2ZLAA 4LSJA 3RUUA 3NSPA 3B0RA 3O1EA 5DU5A 2QW4A 5JI0D 2ZNPA 3ADSA 1OVLB 1RJKA 2ZXNA 5EJVA 5EC9A 1XP9A 2ZL9A 3GZ9A 3KWYA 5C4OA 1E3GA 3G0WA 5DXGA 4K4JA 3AFRA 5DIGA 4Q13A 5KRLA 3ZRAA 2OCFA 5DXPA 4RWVA 4IA3A 5EHJA 4ZN9A 5C4UA 3BEJA 3HODA 1PQ6A 3WJ5A 3CS8A 1WM0X 5DXBB 2I4PA 4PP6A 1YA3A 4KZIA 2AAXA 4QE8A 4ZNTA 3W5TA 3H52A 1XNXA 1UPVA 2XYWA 2QZOA 5G44A 5DUGA 2R40A 4DQMA 4HEEX 3UVVB 3ADTA 2PIQA 3FS1A 5ETHA 5AAVB 4OH5A 2Q6SA 3IXPA 1P8DA 2ATHA 4IA7A 1NUOA 3L0JA 4BCRA 2PIOA 1QKTA 3QT0A 2OUZA 3DZUA 1T7FA 5C4SA 1HJ1A 1PDUA 4IV4A 3B0TA 1FCXA 2QGWA 4S0TA 5L11A 5IZ0A 2Q5SA 4JYGA 1ZH7A 2Q1HA 5DUHA 2ABIA 1OSVA 3FEJA 1NQ0A 1PQCA 3LMPA 5DWGA 2QMVA 5DZHA 2P1VA 4N73A 1XQ3A 4A4WA 5KCTA 1GS4A 5DSHA 2ZXZA 3AZ3A 4OZTU 5EGVA 5DXQA 2W8YA 3WMHA 4OARA 5G43A 5IAWA 3PLZA 1FM9D 2VV2A 3PEQA 4ZJRA 3Q95A 4PRGA 3RUTA 3VSPA 5APKA 2OAXA 4CI4A 4UDCA 5DKGA 5DKSA 2AA6A 2PKLA 3AZ2A 3K22A 4OKTA 2ZFXA 4R2UA 5DP0A 3R29A 1XV9B 4RUOX 3VT7A 2JFAB 4PF3A 1S0ZA 2GP7A 3OS9A 4MGDA 5H1EA 2PINA 3R5MA 3VJHA 3VJIA 2GPVA 4OJ9A 3WT5A 4MG5A 3X31A 2B23A 3AURA 4J26A 1MZNA 2LBDA 3HLVA 4XLDA 5KYJA 2VV1B 2OVHA 1UHLA 3SP6A 4REEA 3TKMA 3OKIA 4UDBA 1X7EA 4R6SA 2ZVTA 2AMAA 3L3ZA 1L2IA 2BAWA 4OFUA 4ZOMA 4ZNUA 4PP5A 4G1YA 3NOAA 4OHAA 2Q5PA 2PITA 1U9EA 2O9IA 1S9PA 3CDPA 3P8XA 1T63A 2QA6A 3GWSX 1T7TA 4QM0A 1R1KA 3VN2A 3JZCA 3OKHA 2I4ZA 3HC5A 3OS8C 1PRGA 4OEAA 1NQ2A 4M8HA 4OZTE 5DY8A 4PPPA 1T7RA 2NV7A 3KDTA 4J5XC 4JL4A 5E7VA 3GYUA 4R06A 2Q7KA 2QXMA 3L3XA 4OJBA 3VT5A 1Z5XE 1Y0XX 2R40D 3D6DA 3W0GA 2PIRA 1MVCA 3PBAA 3P0UA 4RFWA 3VRVA 3IXPD 4FHHA 2YJAB 4IU7A 3X36A 1P93A 3N00A 2PJLA 4RUPA 1X78A 5APJA 3W5QA 2QSEA 3A78A 1LBDA 3A9EB 1GWRA 4MG7A 4OIUA 5KRIA 3DZUD 4EM9A 2G0GA 5HCVA 5E0WA 1RKGA 2ZMIA 1U3SA 2ZK6A 3OOFA 3KYTA 1PK5A 2YJDA 4OEDA 5DWLA 2R6WA 3W5PA 3WT6A 2BJ4B 3DT3A 4OKXA 2PIWA 1XP6A 3B66A 1Z95A 2Q70A 2JF9A 4WPFA 4YT1A 2AA7A 2Q7IA 3CS6A 4OLMA 3L1BA 2HC4A 2QE4A 4J5WA 3HO0A 4G2IA 5E15A 2HVCA 2G0HA 3VRWA 4ZNHA 4QE6A 1QKUA 5ICKA 3CTBA 5E1CA 3WWRA 5DWJA 4LNWA 2FAIA 2PIVA 2YFEA 2EWPA 1FD0A 3BC5A 4TV1A 3SZ1A 2AX8A 2HWQA 3HM1A 5DIEA 3VT4A 3X1HA 5KCCA 2QTUA 2O4JA 3GD2A 4NUFA 3G8IA 3CQVA 1X7RA 2HARA 2XKWA 3OLLA 3E00D 2QZOB 1Y0SA 4DOSA 4ZNVA 3S9SA 2J14A 5DXRA 1KKQA 1ZDUA 1EREA 2ZK3A 3UUAA 1XB7A 4Y29A 3KMRA 4A2JA 4N1YA 2ZK0A 2VSTA 3ET1A 4K7AA 4MGAA 4RZEA 3W0IA 1X76A 3DCTA 1R5KA 3UP0A 4MDDA 3W0CA 4DM6A 1M2ZA 4X1FA 3DR1A 5KRFA 5B5BA 4S0SA 5HZCA 1R1KD 1KNUA 2ZMHA 4YPQA 3IA6A 2ZMJA 3IPUA 4WLBA 5L7GA 3ADUA 3VT8A 1U3QA 3IPSA 3LBDA 4LBDA 5DRMA 1SKXA 4QK4A 3OLSA 5KRMA 2FSZA 3CDSA 3F5CA 4IA1A 5DXMA 2QNVA 3V49A 2QR9A 5DWIA 2AYRA 2YLYA 3U9QA 4PVUA 3FALB 3RY9A 1K74A 1GWXA 1R20A 1N46A 2FVJA 4NB6A 5DXKA 3K23A 4XHDA 2HWRA 4CSJA 2ACLB 3WTQA 3UU7A 1I7IA 4UDAA 1Q4XA 3V3EA 2ZK1A 3L0EA 1YINA 2H77A 1ILGA 3VT9A 5L7EA 1ERRA 2P54A 3FEIA 5JJMA 3AZ1A 1UHLB 1SR7A 4J24A 3W0JA 4A4VA 1XAPA 3AUNA 2YLOA 3WGPA 4X1GA 4S15A 3W5RA 5DZ1A 2I4JA 1YIMA 3VT3A 3B0WA 1ILHA 2OM9A 2V0VA 5KCWA 2GPUA 2IOKA 3OS8A 5AWJA 1T65A 3K6PA 5FQRA 3HVLA 5SYZA 2J7XA 3X1IA 1NRLA 4NIEA 4LNXA 4IVWA 2QABA 5DX3A 3GYTA 5G42A 4XAOA 5E14A 4YMQA 3E00A 4NQAB 5GIDA 3IMYA 1DKFB 3O1DA 2HB7A 4FNEA 4JAZA 3CS4A 4MG8A 1XDKA 1FM6A 1Z5XU 1ZAFA 1NQ1A 1SJ0A 2HASA 3RLJA 3V3QA 3GBKA 4Q50A 4IWCA 1I38A 5HJPA 5DRJA 4JGVA 2AO6A 2QA8A 5LGAA 2ZNQA 1XLSE 2NPAA 5FQPA 3ZRBA 1KV6A 4TUZA 5ACCA 5KCEA 5DVCA 1PZLA 5LWPA 3D5FA 1H9UA 3JZBA 3B3KA 4MG7B 4ZI1A 5DUEA 4RMDA 5AWKA 5FQSA 5HYRA 3OMKA 4IUIA 4JYHA 1NDEA 3OZJA 3V9VA 5AAUA 5KRJA 3B0QA 1ZDTA 4N8RA 2XYXA 4ITFA 1XVPB 4ZJWA 4OKBA 5E19A 4MGCA 4OJ4A 1I37A 5I4VA 3FC6B 3G8OA 5AAVA 1XP1A 4O8FA 1XOWA 1OT7A 2Q59A 4PWLA 2J4AA 2XYJA 4ZO1B 5DV8A 5G46A 5G45A 2POBA 2Z4BA 5DZIA 4ZNWA 5KCUA 1NHZA 4FGYA 4S14A 3OAPA 2F4BA 2Q5GA 3FLIA 1NQ7A 1XPCA 2ZK2A 3A2HA 4MGBA 4JYIA 1PQ9A 1TFCA 3PO9A 3UP3A 4Q0AC 1U3RA 3OMMA 3KBAA 3VJSA 1K74D 3WJ4A 1R20D 2R6YA 3OGTA 3B65A 3MNOA 3D24A 4WVDA 2QPYA 4IV2A 4RMCA 1XLSA 4OIVA 4OFRA 3UUAB 4ZN7A 2Q7LA 1NAVA 3M7RA 4DK8A 4MGAB 3WT7A 2Z4JA 2P7AA 4DK7A 2P7ZA 2G5OA 2JFAA 4POHA 5AYGA 2Q3YA 4OKWA 2QH6A 5G5WA 3D90A 2VV3A 3E94A 3VTDA 4RMEA 2VV1A 1PCGA 5B41A 5DYDA 5DKBA 3OMPA 1I7GA 2HFPA 2YHDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OLF A;  3VT6 A;  3AUQ A;  2POG A;  5APH A;  2AB2 A;  4F9M A;  3W0H A;  3ERT A;  4UDD A;  4OIL A;  2PIP L;  3UUD A;  1FM6 D;  3A3Z X;  3ADW A;  2GTK A;  1N83 A;  3B1M A;  3ET2 A;  4B7W A;  4NY9 A;  5F9B A;  3PRG A;  3TX7 B;  5AZV A;  4MG9 A;  3ZQT A;  1T73 A;  1NYX A;  2Q6J A;  5DZ0 A;  5EI1 A;  3DZY A;  2AX6 A;  1T74 A;  3R5N A;  3CWD A;  3UU7 B;  2ZK5 A;  2ZNN A;  3CJW A;  4WHF A;  3HZF A;  1EXX A;  2GPO A;  2VSR A;  5DVS A;  3FUG A;  2B1V A;  1FBY A;  4XT9 A;  5AK2 A;  3AX8 A;  1T7M A;  5EIT A;  5JJM B;  3VRT A;  2PNU A;  1G50 A;  5DID A;  4RZF A;  1YOK A;  5GT4 A;  2IHQ A;  3G9E A;  2G44 A;  3VRU A;  2JJ3 A;  4REF A;  4KZJ A;  5KRK A;  4POJ A;  1DB1 A;  3ADX A;  1YY4 A;  1XQC A;  3B67 A;  4QJR A;  2HB8 A;  3OZ0 A;  2I0J A;  4L98 A;  2J7Y A;  4XTA A;  1UOM A;  4IS8 A;  3T03 A;  2PIX A;  3A40 X;  5AVI A;  5GIE A;  4PPS A;  3R8A A;  3GWX A;  2P4Y A;  3Q95 B;  1M7W A;  2VV4 A;  3HC6 A;  5KR9 A;  3VJT A;  4PLD A;  3ET0 A;  5FQT A;  4MG8 B;  4K6I A;  1GWQ A;  4OK1 A;  3R8D A;  4PLE A;  1XDK B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5SYZA

Total Genus

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Chain Sequence

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