5KYJ | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	260
structure length	251
Chain Sequence	VQLTAAQELMIQQLVAAQLQCNKRSFSDQPKVTPWPLGADPASGSASQQRFAHFTELAIISVQEIVDFAKQVPGFLQLGREDQIALLKASTIEIMLLETARRYNHETECITFLKDFTYSKDDFHRAGLQVEFINPIFEFSRAMRRLGLDDAEYALLIAINIFSADRPNVQEPGRVEALQQPYVEALLSYTRIKRPQDQLRFPRMLMKLVSLRTLSSVHSEQVFALRLQDKKLPPLLSEIWDVKILHRLLQD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__273775007509244__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__273775007509244__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5kyj/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__273775007509244__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"273775007509244","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5kyj/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__273775007509244__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e3feebe3da89c56aa7a4d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e3feebe3da89c56aa7a4d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e3feebe3da89c56aa7a4d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e3feebe3da89c56aa7a4d/pdb.gz): 1129 ms

reading 251 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

251 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:250});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Dna binding protein
source organism	Homo sapiens
publication title	Brain penetrant liver X receptor (LXR) modulators based on a 2,4,5,6-tetrahydropyrrolo[3,4-c]pyrazole core. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Oxysterols receptor LXR-beta
total genus	95
structure length	251
sequence length	260
chains with identical sequence	E
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00104	Hormone_recep	Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.565.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Retinoid X Receptor	Retinoid X Receptor	5kyjA00

3FLIA 5HJPB 5HJPA 2OVMA 5DZ1A 3VRWA 3B68A 2R40D 1XP9A 3TX7B 5AWKA 5KCEA 5SYZA 3P89A 4PPSA 3W5QA 5FQRA 4TV1B 4TV1A 5HYRA 1QKMA 3IPSA 4MG6A 4MGAA 1QKUA 4G2IA 4MGAB 1YA3A 4R6SA 3B3KA 4ZO1B 1Z95A 3OSIA 3KMZA 4UDDA 1FM9D 3P88A 3IXPD 3OLFA 3VJHA 2XKWA 4OIVA 4REEA 2POBA 3DZUD 3IA6A 2GWXA 2ZK4A 4R06A 3X1IA 2H77A 3GZ9A 4OKXA 1X7BA 3Q95B 3Q95A 5EGVA 5AZVA 2ZXMA 4OFRA 4LSJA 4MG9A 1GWXA 4PPPA 4P6WA 2ZK0A 2OZ7A 2VV2A 1ZKYA 2Q5PA 3OSAA 3W0JA 4NIEA 5DIEA 3CS6A 1HG4A 4ITEA 2ZLCA 2QE4A 3V9VA 5DLRA 5E19A 3AZ2A 1U3QA 3UUDB 3UUDA 2AA6A 3LMPA 5FQTA 4A2JA 2Q60A 4ZN9A 3VN2A 3ILZA 1X76A 3ZRAA 4LTWA 5DKEA 2O4RA 1XLSE 4J26A 3FUGA 3W0YA 4APUA 2PNUA 3MNPA 3CTBA 3VJIA 2ZBSA 1UPWA 4ZI1A 1FD0A 4G1ZA 2I4PA 3V9YA 1ZDTA 4A4VA 5APJA 3VT6A 2J4AA 1Y9RA 1FBYA 1N46A 3ERDA 3OMOA 4IWFA 3AN3A 4RUPA 3O1DA 2V0VA 1NAXA 4Q13A 5DZIA 1KV6A 4DK7A 5AAVA 3D57A 3VHUA 2ZKCA 4JYHA 5DXKA 3OS9A 3OOKA 4RAKA 2P1TA 3GYUA 3TKCA 5G43A 3FALB 3FALA 4IA7A 2ZK5A 1ZH7A 2GPUA 2Q7LA 5LGAA 5DV3A 3IPUA 5E15A 1S9QA 2FVJA 1E3KA 3KPZA 1KNUA 3L1BA 4OH6A 2I4ZA 4WVDA 3RLLA 3RUUA 1FCXA 2ZNNA 4Q0AC 3B0RA 3ADVA 4PWLA 3R2AA 1U3RA 3ADXA 4NY9A 4RUJA 2R40A 2AX9A 1YJEA 2HB7A 5EC9A 3X36A 3WMHA 4QE8A 5DKGA 3DCTA 2QABA 4N8RA 2P4YA 2YLQA 3HC5A 4REFA 2QR9A 3TKMA 2QH6A 3V4AA 3EYBA 3UUCA 1FM9A 1OSVA 1GWQA 2OAXA 3U9QA 3DZUA 3VT3A 5GIEA 3W0IA 3AUQA 3H52A 5G42A 3OSWA 1NQ1A 1UPVA 2AX7A 2ZY0A 3KBAA 3B5RA 1H9UA 4IVYA 1PQ9A 4OJBA 2HBHA 5DKBA 5JY3A 1XAPA 3B66A 5K13A 1XLSA 1NUOA 1A28A 1Y0SA 1S19A 3FC6B 3R29A 4OZTE 5DXEA 3ZRBA 4EMAA 4IV2A 1K7LA 3QT0A 5KYAA 2ZNPA 2LBDA 3CDPA 3GBKA 2GPOA 3AX8A 4IW6A 3G8OA 3NSPA 1K74D 3HM1A 4XUMA 3G8IA 4A4WA 5KRFA 4PVUA 2IOGA 3L0EA 3L3ZA 3VI8A 4IUIA 2P15A 2QXMA 5DVVA 3UUAA 3UUAB 1PCGA 4ZNUA 4DMAA 2ZVTA 2VSRA 5DUHA 2QA8B 2AYRA 2QA8A 4OKTA 3KMGA 5DRJA 4FN9A 3UU7A 1ZGYA 5AZTA 4XAOA 4M8EA 3UU7B 1XQCA 3K22A 4HEEX 5EI1A 3OZJA 4RMDA 4CI5A 1X7EA 2HB8A 4RFWA 3HVLA 4X1FA 5CJ6A 1RK3A 4XI3A 2AB2A 5DL4A 2QGTA 1R1KA 3CDSA 4EM9A 3OMMA 2HWRA 5EHJA 4G1YA 3CWDA 4IW8A 2V7CA 1PDUA 4S0SA 3GYTA 1ILGA 1XNXA 1UHLB 2G0HA 4MGDB 1L2IA 4MGDA 3RUTA 3V49A 3H0AD 4K4JA 1DB1A 2Q70A 2Z4BA 3F5CA 2I0GA 4K7AA 4O8FA 4QM0A 4R2UA 5LWPA 3KDUA 4Q50A 2YATA 1XP6A 2QXSA 4PLDA 4JYIA 2O4JA 1R20D 2XHSA 2VV4B 2VV4A 3LBDA 5B41A 4RE8A 4XLDA 1XJ7A 3A3ZX 4WHFA 3L0LA 5IXKA 3IPQA 2Q6RA 4WPFA 2NPAA 2P7AA 2PIRA 5KRCA 4NQAB 2Z4JA 5AYGA 1YOWA 4J5XA 1RDTA 4FHHA 4P6XA 4RZGA 1YIMA 2AA7A 4YT1A 3CLDA 1XB7A 3E00D 1TXIA 1XZXX 5HYKA 3KWYA 2AX6A 3HC6A 1S0XA 5DUEA 1NDEA 2PIXA 2PIUA 4JAZA 3SZ1A 5L7GA 2O9IA 5DZ3A 4PRGA 2JJ3A 4MGBB 1MVCA 1OSHA 4MGBA 5DY8A 3OKHA 5DZHA 4CI4A 3DZYD 4OFUA 5DIGA 1X7RA 4G1DA 4Y29A 3VSPA 3CS8A 4MG7A 2GPVA 1G2NA 4MG7B 4RMCA 4X1GA 1NYXA 5DXMA 5AVLA 3VHWA 3R8IA 2AXAA 4K6IA 4YMQA 3CQVA 1FM6A 2AX8A 3V3EA 1K74A 3W5PA 3PBAA 1NQ7A 1ZUCA 4ZNWA 3WT5A 5DWIA 4RUOX 4QJRA 5M96A 2F4BA 2YJAB 3CJWA 3KFCA 5DYBA 5I4VA 4IQRA 2VV0A 5KYJA 3GN8A 2IOKA 4RZEA 5GT4A 3VRTA 1S9PA 4J24A 2BAWA 2OUZA 5ICKA 1T7FA 3VT9A 3VT8A 3GWXA 2ZNOA 3WJ4A 4DOSA 1G1UA 4IWCA 4ONIA 2QZOB 1DKFB 2QZOA 4MGCA 4OZRU 3PRGA 2ZK3A 4WQPA 5FQPA 3VSOA 1PRGA 3AURA 3W0GA 2QGWA 2QSEA 3UVVB 1QKTA 3UVVA 3AZ3A 1M13A 2AAXA 3H0AA 4ZNSA 5KR9A 5IAWA 4KZMA 3P8XA 4S0TA 3KMRA 4NB6A 4L98A 4N5GA 3W5RA 3A2JA 1R20A 3SP6A 2AO6A 3ZQTA 5IZ0A 3VT7A 4YNKA 5E7VA 2R6YA 5KRMA 5DVSA 3K8SA 4MG5A 5HZCA 1XNNA 1Q4XA 2ZMJA 4IA2A 1SKXA 2JF9A 4PXMA 3WFFA 2YJDA 1PQCA 2YHDA 4NUFA 2AWHA 1M2ZA 2ZMIA 4J5XC 3A78A 5G46A 1T73A 4OJ4A 1ERRA 2Q8SA 2J7YA 3WT6A 3IXPA 3FS1A 4DORA 3L3XA 2ZK2A 1LBDA 3BEJA 4ZNHA 3DZYA 1FCYA 1T65A 2G5OA 3RVFA 2AA2A 4E2JA 4PP5A 1N83A 2G0GA 2ZFXA 1XIUA 4BCRA 1T7TA 1YINA 1YYEA 2AMBA 2B1ZA 3FC6A 2ZLAA 3BC5A 2PIOA 5DIDA 2GL8A 2B50A 2VSTA 3A2IA 4OILA 2Q1HA 5C4OA 2ABIA 3B0WA 2HASA 1VJBA 1NRLA 1EXXA 3E7CA 3A9EB 3A9EA 3WFGA 4E4QA 3OKIA 1K4WA 2PJLA 2OM9A 4QL8A 4XUHA 5E0WA 1T63A 1XP1A 1YMTA 2GIUA 4OHAA 3VJTA 3X31A 1EREA 2FAIA 2PIQA 1Z5XU 2I4JA 5DUGA 3VTDA 2HFPA 1I7IA 4M8HA 1NQ2A 1T5ZA 1LV2A 3AN4A 3OGTA 4CSJA 3W0AA 4XHDA 3ADUA 2B1VA 3OMKA 2GTKA 4DQMA 3R5NA 3VTBA 1L2JA 5DX3B 2OCFA 3WJ5A 2XYWA 5FQSA 4B7WA 1NQ0A 3F7DA 3FEJA 3L03A 1ZDUA 4OARA 3D24A 2HWQA 4DM6A 2VV3A 5G5WA 2Q59B 1UHLA 4OEDA 2POGA 4OGHA 4OZRE 2YLOA 5G44A 3NOAA 2B23A 4RZFA 4WHGA 2Q6JA 3A40X 4ZNVA 1I7GA 1Y0XX 2Q6SA 4HLWA 5GICA 1XV9B 2GP7A 4N73A 4UDAA 5EJVA 2J7XA 3GWSX 2Q61A 3W0CA 5E0XA 4IU7A 5DXGA 3ET2A 2Q1VA 1U9EA 3VTCA 3ADWA 2Q5GA 2YFEA 4ZOMA 5DWGA 2ZK6A 5KD9A 2HC4A 2QA6A 5KCDA 2AM9A 3OAPA 3ET1A 3FXVA 4OEAA 3K23A 3G0WA 3P0UA 1S0ZA 5FQVA 3AFRA 5DVCA 5G45A 2HAMA 3GD2A 4OH5A 3B67A 5KCCA 5DZ0A 1MV9A 5DMCA 3NSQA 4PF3A 4ZN7A 5APHA 2QMVA 3BQDA 1EXAA 3T03A 5KROA 3VRUA 4MDDA 3HODA 1P93A 3OMQA 1PQ6A 3AZ1A 5E14A 3K6PA 5ACCA 1X7JA 3OOFA 4TUZB 3PO9A 4TUZA 2Q5SA 3W0HA 2ZXNA 4IA3A 4POJA 5H1EA 5KRIA 1I37A 4OZTU 1M7WA 1SJ0A 4FGYA 4LBDA 4JGVA 5DI7A 2G44A 3S9SA 1SQNA 5ETHA 3WGPA 4N1YA 1IE8A 1DKFA 4S14A 2VV1B 2VV1A 5DV8A 2HCDA 5L7EA 4MG9B 5B5BA 2EWPA 5DSHA 2PKLA 2ZK1A 2ZNQA 3R8DA 2QPYA 1YY4A 3CS4A 2PITA 2P1VA 2QTUA 3M7RA 1Z5XE 4OKWA 3DR1A 3B0TA 5DXRA 5AAUA 5L11A 1OVLB 1OVLA 1U3SA 3E94A 1MZNA 5KCTA 5A86A 3KDTA 2NXXA 3B65A 3ADTA 4L96A 4ZNTA 5DWJA 2HARA 4ZJRA 1YOKA 1TFCA 1OT7A 1RJKA 3ERTA 1T79A 1RKGA 4J5WA 2YLYA 5DYDA 1XQ3A 3MNOA 4XT9A 5DV6A 1G5YA 1SR7A 4OIUA 3ADSA 3R5MA 3KYTA 2BJ4B 2BJ4A 3RY9A 3G9EA 2AA5A 5KRKA 3D6DA 5AAVB 4JYGA 1NHZA 3OS8A 4IV4A 2H79A 2YLPA 2PRGA 5L7HA 2J14A 2P54A 1PK5A 1T7MA 3E00A 4IVWA 5JI0D 4IS8A 4ZO1X 5G3JA 1R1KD 1T76A 5DP0A 4OLMA 4RMEA 1XPCA 3OLLA 1UOMA 4DK8A 3B0QA 3DT3A 4IA1A 2QNVA 4OEYA 5DWEA 3V9TA 3VT4A 3VHVA 4DM8A 4UDBA 4QE6A 5DXPA 3UP3A 1IE9A 4KZJA 5AK2A 5DRMA 2OVHA 5DWLA 1N4HA 2W8YA 5DXBB 5DXBA 5HJSA 2JFAB 2JFAA 2I0JA 3RLJA 3VJSA 3OLSA 1HJ1A 2Q3YA 5DK9A 4QK4A 4S15A 5DTVA 2GPPA 3TY0A 4FNEA 2Q7JA 2NW4A 4MG8B 3OMPA 4MG8A 2XYXA 2R6WA 5KRHA 1FCZA 4E4KA 3WT7A 3MNEA 2PIWA 4YPQA 2ZXZA 1QKNA 3PEQA 1YP0A 2Q7IA 2ZL9A 5DKSA 3A2HA 4OK1A 4JL4A 1T74A 2HVCA 2P7GA 2E2RA 3HO0A 1RDTD 2Q7KA 5KRJA 3ET0A 3OZ0A 5HCVA 3HLVA 3W5TA 2PIPL 4ITFA 3PLZA 2ZASA 3HQ5A 1GWRA 1YUCA 5C4TA 5AWJA 5C4UA 1E3GA 3X1HA 1NAVA 5KRAA 5C4SA 3VRVA 1WM0X 3D90A 5DU5A 3B1MA 2ACLB 1R6GA 2ACLA 2P1UA 3IMYA 4G2HA 4PP3A 5DX3A 5KRLA 5AVIA 1I38A 4F9MA 4G21A 2NV7A 4KZIA 2P7ZA 4RWVA 1FM6D 1XOWA 2FSZA 3DCUA 2Q59A 3DY6A 4FHIA 1KKQA 5KCFA 2AMAA 2A3IA 5DMFA 2ATHA 1A52A 3AUNA 1GS4A 3FEIA 4LNXA 4WLBA 4J5WC 1XV9A 3WTQA 4UDCA 3JZBA 3N00A 4OC7A 4OJ9A 3ET3A 5KCUA 3JZCA 4G20A 1R5KA 4XTAA 3HZFA 2NXXE 1X78A 3OS8C 3R8AA 1XVPB 1XVPA 1G50A 5EITA 4PP6A 4ZJWA 3V3QA 5APKA 1ILHA 3FURA 3UP0A 1XDKB 1XDKA 2REWA 5DXQA 4OEZA 2IHQA 3F5CB 3O1EA 4PLEA 1ZAFA 4OKBA 1RKHA 2XYJA 3L0JA 1P8DA 3SP9A 2PIVA 2ZMHA 5E1CA 5JJMA 5JJMB 3D5FA 1T7RA 1PZLA 5F9BA 2QW4A 3ZR7A 5GIDA 1ZEOA 2PINA 4LNWA 4POHA 3VT5A 3WWRA 5KCWA 1BSXA 3PCUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FLI A;  5HJP B;  5HJP A;  2OVM A;  5DZ1 A;  3VRW A;  3B68 A;  2R40 D;  1XP9 A;  3TX7 B;  5AWK A;  5KCE A;  5SYZ A;  3P89 A;  4PPS A;  3W5Q A;  5FQR A;  4TV1 B;  4TV1 A;  5HYR A;  1QKM A;  3IPS A;  4MG6 A;  4MGA A;  1QKU A;  4G2I A;  4MGA B;  1YA3 A;  4R6S A;  3B3K A;  4ZO1 B;  1Z95 A;  3OSI A;  3KMZ A;  4UDD A;  1FM9 D;  3P88 A;  3IXP D;  3OLF A;  3VJH A;  2XKW A;  4OIV A;  4REE A;  2POB A;  3DZU D;  3IA6 A;  2GWX A;  2ZK4 A;  4R06 A;  3X1I A;  2H77 A;  3GZ9 A;  4OKX A;  1X7B A;  3Q95 B;  3Q95 A;  5EGV A;  5AZV A;  2ZXM A;  4OFR A;  4LSJ A;  4MG9 A;  1GWX A;  4PPP A;  4P6W A;  2ZK0 A;  2OZ7 A;  2VV2 A;  1ZKY A;  2Q5P A;  3OSA A;  3W0J A;  4NIE A;  5DIE A;  3CS6 A;  1HG4 A;  4ITE A;  2ZLC A;  2QE4 A;  3V9V A;  5DLR A;  5E19 A;  3AZ2 A;  1U3Q A;  3UUD B;  3UUD A;  2AA6 A;  3LMP A;  5FQT A;  4A2J A;  2Q60 A;  4ZN9 A;  3VN2 A;  3ILZ A;  1X76 A;  3ZRA A;  4LTW A;  5DKE A;  2O4R A;  1XLS E;  4J26 A;  3FUG A;  3W0Y A;  4APU A;  2PNU A;  3MNP A;  3CTB A;  3VJI A;  2ZBS A;  1UPW A;  4ZI1 A;  1FD0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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5KYJA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN

pfam database annotations