The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
324
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structure length |
289
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Chain Sequence |
KHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRANEDMPVERILEAELAVEVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEML
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the intact PPAR-gamma-RXR- nuclear receptor complex on DNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription/dna
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Retinoic acid receptor RXR-alpha
|
| total genus |
79
|
| structure length |
289
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| sequence length |
324
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-07-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00104 | Hormone_recep | Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor |
| A | PF00105 | zf-C4 | Zinc finger, C4 type (two domains) |
| A | PF11825 | Nuc_recep-AF1 | Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Retinoid X Receptor | Retinoid X Receptor | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A | Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CN3 A; 1EXA A; 3OZJ A; 3P88 A; 4CN7 A; 3WWR A; 1PCG A; 4YMQ A; 1UPV A; 1YIN A; 5B41 A; 2PIN A; 3G9M A; 1DKF A; 3AX8 A; 3UUA A; 3W5Q A; 1NDE A; 2Q61 A; 4ZNH A; 3KDU A; 5DY8 A; 1R0O B; 1WM0 X; 3OGT A; 4ITE A; 4PRG A; 3WT7 A; 1T7R A; 4O8F A; 4IWF A; 5AAV B; 2PKL A; 5KCU A; 3G97 A; 1T7F A; 1N4H A; 5E19 A; 2ZK2 A; 2I0J A; 2VUU I; 2W8Y A; 3W0G A; 4S0T A; 2NV7 A; 5KRB B; 1ZGY A; 2HAN B; 1Z95 A; 4IUI A; 5DWE A; 2VUT I; 2Q6J A; 2POG A; 3CTB A; 5EC9 A; 4TUZ B; 2ZK5 A; 4PXM A; 3CDP A; 5EMQ A; 5CBZ A; 5EJV A; 3WFF A; 2AAX A; 3L0L A; 2AMB A; 4QE6 A; 3G6P A; 3A40 X; 5DXG A; 3L0J A; 2XKW A; 3A3Z X; 5DUH A; 1XZX X; 5E14 A; 3Q95 B; 5AAV A; 3AN4 A; 3UP0 A; 5L7E A; 1YJE A; 4RMC A; 2ZNO A; 4YNK A; 1XAP A; 4MDD A; 4MGB B; 5E69 A; 4N73 A; 2GWX A; 5DK9 A; 3CS6 A; 3HO0 A; 4S0S A; 1MZN A; 4A2J A; 4M8E A; 3EYB A; 3R5M A; 1XV9 B; 2VV2 A; 3ADU A; 5DIG A; 3X36 A; 4UDA A; 2ZY0 A; 3BQD A; 4G1D A; 1SQN A; 1KKQ A; 2PNU A; 2XYJ A; 3Q95 A; 3UUC A; 5DMF A; 2QPY A; 5DVV A; 1I7I A; 4S14 A; 4PP6 A; 2XHS A; 3WMH A; 4GAT A; 1MVC A; 3VT3 A; 1X78 A; 4JYH A; 4ZNS A; 3OAP A; 3W5T A; 1XJ7 A; 5L7G A; 4MGD B; 3VHU A; 5L11 A; 3F7D A; 2ZXM A; 3G9J A; 1XV9 A; 4OH5 A; 3W5P A; 3G6R A; 3V3Q A; 2HFP A; 3VT8 A; 4JAZ A; 3ZRA A; 2FSZ A; 3G6U A; 3K22 A; 5LWP A; 3GD2 A; 5DXE A; 1XDK A; 3X31 A; 4UDB A; 4IA7 A; 4REF A; 2QNV A; 3VT9 A; 1U3Q A; 1XQ3 A; 2GAT A; 3VJH A; 5M96 A; 5GIE A; 3IPS A; 1KB2 A; 5KRH A; 5E0X A; 2OVH A; 3KWY A; 4LBD A; 5DID A; 4IQR A; 5GAT A; 1XPC A; 2NXX A; 5DIE A; 4P6X A; 3DY6 A; 3ZQT A; 3A2H A; 2V7C A; 2HVC A; 1SR7 A; 3V3E A; 4E4Q A; 3B0W A; 1ERE A; 3VRW A; 1FM6 A; 5HYR A; 2Q7J A; 1FCY A; 3ZRB A; 5KCE A; 1R1K A; 4NQA B; 3FXV A; 3W0Y A; 1FD0 A; 5KCF A; 3R2A A; 2HBH A; 4G2H A; 4RUJ A; 3KPZ A; 1OVL B; 1DB1 A; 5ACC A; 2QGW A; 3BC5 A; 4OC7 A; 5AWK A; 4CN5 A; 4F9M A; 1N46 A; 2P7G A; 1PDU A; 3KDT A; 3O1E A; 5KRO A; 4J26 A; 1QKN A; 5DRM A; 1T79 A; 1LAT A; 3VSO A; 5DI7 A; 1KB6 A; 3AZ1 A; 4HN5 A; 4K4J A; 3GN8 A; 2ZK6 A; 3OMP A; 3VT6 A; 3G6T A; 4RFW A; 4OKB A; 5JJM B; 5KD9 A; 3UU7 B; 4FHI A; 3K6P A; 2Q8S A; 3RLL A; 3VTD A; 1M7W A; 3G99 A; 2ZK3 A; 5DVS A; 5EIT A; 1OVL A; 2ZKC A; 1TXI A; 3A9E B; 1RJK A; 3ET3 A; 3CS4 A; 3B5R A; 2Q6R A; 3B0T A; 3HVL A; 3KBA A; 5FQR A; 1YOW A; 3D5F A; 4XTA A; 2Q6S A; 3CJW A; 2AMA A; 2ZK1 A; 3OOF A; 4ZN9 A; 1EXX A; 2Q70 A; 1E3K A; 3AUN A; 5KRI A; 2QZO B; 4QL8 A; 2I4P A; 3OZ0 A; 4TV1 B; 4XHD A; 5DXK A; 3S9S A; 3KMG A; 1XLS E; 3VJI A; 2YLQ A; 4MG5 A; 2YJD A; 5DWL A; 4ZO1 B; 3V4A A; 3IMY A; 2BJ4 A; 3A9E A; 3B67 A; 4PF3 A; 3ADT A; 2ZMJ A; 4OZT E; 5C4U A; 3B1M A; 3K23 A; 4IS8 A; 3H52 A; 3E7C A; 4FNE A; 4NUF A; 4OIU A; 3TKC A; 1XQC A; 4OOR A; 2Q5S A; 4Q0A C; 3SP9 A; 3TY0 A; 4IV2 A; 4APU A; 5EMP A; 4OZR U; 3RVF A; 3V49 A; 2AX7 A; 5CC0 A; 3DZU D; 2NLL A; 1GWQ A; 2QZO A; 4QJR A; 4IV4 A; 2LBD A; 2O9I A; 3OSA A; 1E3G A; 1X7R A; 2Q7I A; 2ZXN A; 5FQT A; 3SP6 A; 2ZMH A; 5H1E A; 1GA5 A; 2AO6 A; 2GDA A; 4IW8 A; 4CN2 C; 1ZEO A; 5CBX A; 3HC5 A; 1U3R A; 5DTV A; 3DZY A; 1I37 A; 1T76 A; 3W0H A; 5DKS A; 2ZFX A; 3HM1 A; 1BY4 A; 2VV0 A; 2Q1H A; 2Q1V A; 5E1C A; 4CN3 D; 4L96 A; 1H9U A; 3NSQ A; 4X1F A; 3VRT A; 4MG9 B; 3WFG A; 1LBD A; 3FUR A; 1UOM A; 4IWC A; 2B50 A; 2Q60 A; 2HAS A; 3M7R A; 3U9Q A; 5KCW A; 3VRV A; 3W0I A; 2ZAS A; 4PPP A; 1R20 A; 2OAX A; 5IZ0 A; 3B68 A; 1UHL A; 4AA6 A; 5GID A; 5E7V A; 5DU5 A; 4DK7 A; 5IXK A; 2QH6 A; 5EHJ A; 2ABI A; 3OLS A; 2A66 A; 3ADV A; 5K13 A; 1TFC A; 4MG9 A; 1P8D A; 2AX9 A; 3WT5 A; 3N00 A; 5C4T A; 5E6C A; 2J14 A; 1Q4X A; 3R29 A; 3JZB A; 4PPS A; 5DKB A; 4YPQ A; 5IAW A; 1GWX A; 5DLR A; 3ZR7 A; 5G45 A; 2E2R A; 4QE8 A; 4EMA A; 3W5R A; 2QXM A; 4BCR A; 5B5B A; 5E0W A; 3A2I A; 1KV6 A; 1FCZ A; 4LSJ A; 4WVD A; 1ZUC A; 2PIR A; 4ZO1 X; 4DM8 A; 1XB7 A; 1Z5X U; 2GPV A; 2G0G A; 2GPU A; 2XYW A; 2ZK4 A; 4M8H A; 4Q50 A; 1YP0 A; 3G8X A; 5DZ3 A; 3ADX A; 3FC6 B; 1QKM A; 6GAT A; 5FQV A; 2VSR A; 5AK2 A; 5E6B A; 4OEA A; 2NPA A; 5L7H A; 3SZ1 A; 3P89 A; 3WT6 A; 5KCC A; 4MG6 A; 3UP3 A; 1G50 A; 1XDK B; 3ADS A; 2JJ3 A; 2ZVT A; 2AWH A; 5JI0 D; 2ZL9 A; 4WHG A; 4PLE A; 2P1T A; 2H77 A; 3IA6 A; 2P1U A; 4PP3 A; 1GWR A; 4G20 A; 3FC6 A; 3DCU A; 4LTW A; 4DM6 A; 4OND A; 2QW4 A; 3VTC A; 5HJP B; 1FBY A; 1R4I A; 1RGD A; 3AUQ A; 3VT5 A; 3ET0 A; 5KRL A; 2VUS I; 3RUT A; 5EI1 A; 3BEJ A; 2YJA B; 2P54 A; 1NQ1 A; 5AWJ A; 5LGA A; 4TMA I; 3OMM A; 4A4W A; 1YUC A; 3VT4 A; 1FM9 A; 1X7B A; 4XLD A; 2VV3 A; 4E4K A; 2HWR A; 1FM9 D; 5JY3 A; 5KRK A; 1YA3 A; 3PO9 A; 3D6D A; 2OZ7 A; 2F4B A; 3G9O A; 4NB6 A; 4HEE X; 1RKG A; 5SYZ A; 5HJP A; 3G9E A; 1ILG A; 1ZDT A; 4HC7 A; 3CWD A; 3K8S A; 4P6W A; 2YLY A; 5AZT A; 5HCV A; 5DYB A; 3PCU A; 2VV1 B; 1FM6 D; 4WLB A; 4HC9 A; 4QK4 A; 2AX8 A; 3RLJ A; 2FAI A; 1R1K D; 2OUZ A; 2AA6 A; 5L0M A; 4RE8 A; 3B3K A; 5ICK A; 4OZR E; 3UVV B; 4RME A; 1RKH A; 4PLD A; 2NLL B; 4N8R A; 3FEJ A; 1ERR A; 3L03 A; 3OMQ A; 4G1Z A; 1GS4 A; 5DUG A; 5FQS A; 3E94 A; 5KRA A; 2VV1 A; 3NSP A; 3MNP A; 3OMO A; 3OSW A; 3OKI A; 4MG7 A; 4PVU A; 1PRG A; 4FN9 A; 4ITF A; 4ZNW A; 4ZI1 A; 3B65 A; 4HCA A; 4J5W C; 3WTQ A; 2HWQ A; 2OCF A; 1M2Z A; 3IXP A; 3HLV A; 4OKX A; 3UVV A; 5DXM A; 3G8U A; 3IXP D; 2BJ4 B; 1UPW A; 1Y0S A; 4OIL A; 3T03 A; 2EWP A; 1Y0X X; 4J24 A; 2AM9 A; 2P7Z A; 3PLZ A; 4ZNU A; 1NYX A; 1R4R A; 1P93 A; 4RZG A; 3GZ9 A; 2AX6 A; 1ILH A; 4OJ4 A; 2P4Y A; 4OKW A; 4OLM A; 4RUP A; 1QKT A; 4XT9 A; 3OSI A; 3CQV A; 5G42 A; 3WGP A; 5HZC A; 5KYJ A; 1RXR A; 2NXX E; 2ZNQ A; 4ZN7 A; 4NY9 A; 5G5W A; 5APK A; 5E15 A; 5E6D A; 2AA2 A; 3DCT A; 1HCQ A; 4YT1 A; 1S9P A; 2R40 A; 5KRC A; 4HN6 A; 1R0N A; 2G0H A; 2ZLC A; 4OIV A; 2ACL A; 1XOW A; 3G8I A; 1YYE A; 3P8X A; 1CIT A; 3IPQ A; 3O1D A; 3PBA A; 2VV4 A; 1SKX A; 3L1B A; 3FYL A; 5DWJ A; 3OS9 A; 1K74 A; 3L0E A; 2HCD A; 3ERT A; 2AA7 A; 3D90 A; 4PP5 A; 1K74 D; 4OKT A; 4QM0 A; 4RAK A; 5F9B A; 3FS1 A; 4IU7 A; 2BAW A; 3R8I A; 3AUR A; 2PIQ A; 3AN3 A; 4OV7 A; 4OEZ A; 4KZJ A; 4B7W A; 5KCD A; 1HRA A; 3A2J A; 1Z5X E; 2ZXZ A; 1RK3 A; 2GIU A; 3FAL B; 4XI3 A; 5DWG A; 4RUO X; 3E00 A; 4JL4 A; 4G21 A; 1YNW A; 2GPP A; 4ZOM A; 1HJ1 A; 4OED A; 5DV3 A; 3DZY D; 2M9W A; 2IHQ A; 1Y9R A; 1UHL B; 1YY4 A; 2ATH A; 5DZH A; 2QA6 A; 3AZ2 A; 3W0J A; 2H79 A; 5A86 A; 5C4S A; 3KMR A; 1PQ9 A; 4K6I A; 2HC4 A; 4IA1 A; 5AVL A; 3WJ4 A; 3R5N A; 4DQM A; 3MNO A; 1NQ2 A; 3VTB A; 2ZBS A; 3FUG A; 3L3X A; 3DFX A; 2ZNP A; 1HLZ A; 1U9E A; 3CLD A; 3FAL A; 4RWV A; 5ETH A; 2QAB A; 4Q13 A; 5C4O A; 4OLN A; 5KRF A; 5CBY A; 4FGY A; 1R20 D; 1ZKY A; 1XIU A; 2IOG A; 2Z4J A; 1G1U A; 4RZE A; 2AA5 A; 2QSE A; 1OSV A; 1ZAF A; 2QA8 A; 4OH6 A; 5DWI A; 5DX3 A; 1R4O A; 3D24 A; 1A6Y A; 2P7A A; 2O4J A; 5DXQ A; 3CS8 A; 3VD6 C; 4J5X C; 3FEI A; 2YLP A; 5KRJ A; 3TKM A; 4K7A A; 2QTU A; 1R6G A; 5KRM A; 2PIO A; 2Q7L A; 3OLL A; 5DZ1 A; 2PIP L; 3OS8 C; 5KYA A; 3GWX A; 3OMK A; 3ERD A; 1HCP A; 4DOS A; 2ZK0 A; 1S9Q A; 3HOD A; 1T7M A; 2G44 A; 2GPO A; 3OLF A; 4R6S A; 5CC1 A; 2G5O A; 4MGA A; 4TNT A; 4G2I A; 1NAX A; 3D57 A; 4N5G A; 3CBB A; 3VEK C; 2AXA A; 1XVP B; 1M13 A; 4OJ9 A; 1LO1 A; 1A28 A; 2FF0 A; 1K7L A; 3B0Q A; 4OZT U; 5DXR A; 4UDD A; 3PRG A; 3RY9 A; 3AZ3 A; 3GYU A; 4IW6 A; 1GNF A; 2A3I A; 4XUM A; 3X1I A; 2VST A; 1R0O A; 3MNE A; 3HQ5 A; 1NQ7 A; 1YMT A; 1S0Z A; 3M9E A; 1XVP A; 1L2J A; 3KFC A; 3KMZ A; 1NAV A; 4JYG A; 4OAR A; 4ZNT A; 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