The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
71
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structure length |
71
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Chain Sequence |
VDAEAVVQQKCISCHGGDLTGASAPAIDKAGANYSEEEILDIILNGQGGMPGGIAKGAEAEAVAAWLAEKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oxidized Bacillus pasteurii cytochrome c553 at 0.97-A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (CYTOCHROME C-553)
|
| molecule tags |
Electron transfer
|
| total genus |
17
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| structure length |
71
|
| sequence length |
71
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-01-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 | Cytochrome c-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NBT A; 2B12 B; 5DF5 A; 1I54 A; 4GED B; 1H1O A; 1C7M A; 1KYO W; 1IZL 0; 4L3G A; 1CIG A; 3ZOY A; 3L4O A; 3O5C A; 451C A; 2BLF B; 3L4M A; 3DP5 A; 1YNR A; 3SWS A; 4WQC A; 1I55 A; 2N9J A; 1DW3 A; 4FA1 A; 1C6R A; 1CHH A; 1F1C A; 1HH7 A; 1GIW A; 1L9B C; 4V2K A; 4WQ9 A; 2GIW A; 1RAP A; 3WFD C; 1RZ5 A; 3M97 X; 3H1L D; 155C A; 4MU8 A; 4XXL A; 2GB8 B; 3SLE A; 4L1Q A; 4P4Q B; 3VRD A; 1C75 A; 1GQ1 A; 1CXC A; 3RN1 A; 3ZOX A; 1ETP A; 3H1I D; 3OCD B; 5C0Z A; 2HV4 A; 1NTZ D; 1FHB A; 1I6E A; 1HZU A; 1YTC A; 1NMI A; 3HQ9 A; 2XTS B; 3O20 A; 1C6S A; 4RSZ A; 2ORL A; 2VHD A; 2YIU B; 3DR0 A; 1N9C A; 2EXV A; 1VYD A; 1H9X A; 2C1D B; 3RN0 A; 3CXH W; 1GJQ A; 1IRW A; 3ZOO A; 1MG3 D; 3ZBM A; 2I8F A; 4O1W A; 1N15 A; 1DW0 A; 1YFC A; 1H31 A; 1CYI A; 1IRV A; 1J3S A; 1FI3 A; 1C52 A; 1QKS A; 2GC4 D; 2D0W A; 3CX5 D; 3MK7 B; 1FJ0 A; 2CXB A; 4H0K A; 351C A; 3ZIY A; 3CYT I; 1BGY D; 1E2R A; 3DMI A; 5B5E V; 1COT A; 2YK3 A; 1N50 A; 1H32 B; 3OA8 A; 1DW2 A; 3VNW A; 2ZOO A; 2PAC A; 1PP9 D; 1CO6 A; 2FYU D; 1NML A; 1AOQ A; 1QL4 A; 5B6Q A; 2ZBO A; 3MK7 C; 2B4Z A; 4QAO A; 5KAI V; 1CRH A; 3L70 D; 5CIG B; 2AXT V; 1CNO A; 4FA9 A; 4FB1 A; 1HJ5 A; 5AUR A; 5E79 V; 1CRJ A; 3WFE C; 3L73 D; 1IO3 A; 1H33 A; 2QJK B; 5DFS A; 1DIQ C; 2C8S A; 2YCC A; 3O0R C; 4WQB A; 1LC2 A; 4WQA A; 1OAE A; 4WQ8 A; 1N90 A; 2N3B A; 2N18 B; 2B10 B; 2ZXY A; 1L0N D; 2C1V A; 1LC1 A; 3H1K D; 1CHJ A; 4PW9 B; 1CXA A; 3KZI V; 1CIE A; 1C2R A; 2CE0 A; 4J20 A; 3JBT B; 1SQP D; 2FWL A; 1P84 D; 3CWB D; 2AI5 A; 5CIE B; 3WFB C; 1AKK A; 3L71 D; 4EIC A; 1CSV A; 1YIQ A; 4EIF A; 1HRO A; 1HRC A; 1YCC A; 2OZ1 A; 3CX5 W; 2N18 C; 1CTZ A; 1HJ4 A; 2MHM A; 3L75 D; 2C1U A; 1EB7 A; 2B0Z B; 2QJP B; 4WQ7 A; 1AOF A; 3HQ6 A; 1WEJ F; 5CIC B; 1C6O A; 5IY5 1; 1KX2 A; 2LIT A; 2GC7 D; 5GTH V; 1GKS A; 5GTI V; 1SQB D; 1DVV A; 1I8O A; 1ZRT D; 2BCN B; 1CED A; 1CRC A; 1GDV A; 3ORV A; 1CRY A; 1YEB A; 1A8C A; 2AIU A; 2N3Y A; 1CYC A; 2ZZS 1; 4H0J A; 1M60 A; 2BGV X; 1DW1 A; 5KLI B; 4N0K A; 1IQC A; 1CYJ A; 1E8E A; 3A0B V; 1FI9 A; 3A0H V; 1K3G A; 1FOC A; 2ZON G; 5KKZ B; 1JDL A; 1S5L V; 1HJ3 A; 3RMZ A; 3A9F A; 1BE3 D; 3TGU D; 1RZ6 A; 1E29 A; 1NIR A; 4AX3 A; 5C9M A; 2DVH A; 3OA8 B; 1BCC D; 4LJI A; 2CE1 A; 3PXS A; 5H2F V; 3ZCF A; 1KV9 A; 1YIC A; 2YQB A; 2BH5 X; 3CU4 A; 5CIF B; 1CCR A; 3C2C A; 1QN2 A; 5KAF V; 4WQE A; 3ZOW A; 1HCM A; 4UB8 V; 1FCD C; 2B11 B; 1H33 B; 3WC8 A; 1MZ4 A; 1CTJ A; 4NFG B; 1NTK D; 2PCB B; 3PH2 B; 1LS9 A; 4JCG A; 1CIF A; 1COR A; 3L72 D; 1CSW A; 2FYN B; 1KX7 A; 1KIB A; 1K3H A; 4XYD B; 1GU2 A; 1SQQ D; 2V08 A; 1KB9 D; 1W5C T; 4KMG A; 1SQX D; 3WFC C; 1YEA A; 3H1H D; 4Q5P A; 1BL9 A; 3WU2 V; 3SJL A; 4YE1 A; 1DVH A; 1NNO A; 5CIB B; 2MTA C; 1I5T A; 4AAL A; 1CTY A; 3VYM A; 5TIS V; 1OCD A; 1B7V A; 2OZ1 B; 4L3H A; 1WVE C; 3HQ8 A; 3H1J D; 3L74 D; 4DY9 A; 1CRG A; 2BCC D; 3SVW A; 1ZZH A; 2PCC B; 1SQV D; 4AAO A; 5KLV D; 2N9I A; 4K3I A; 4PD4 D; 1C2N A; 2L4D A; 1CSU A; 2CA4 B; 2BPB B; 4O1Q A; 3OCD A; 1KYO D; 2A06 D; 4FAN A; 5EXQ A; 1U74 B; 4AAM A; 4EIE A; 2IBZ D; 2D0S A; 3TYI A; 1H9Y A; 1FI7 A; 2DGE A; 2C2C A; 2C1D A; 1CSX A; 1DT1 A; 5CID B; 1H31 B; 4FAV A; 1L0L D; 3PXT A; 5B66 V; 1AYG A; 1I6D A; 3RLM A; 1L9J C; 2C9X B; 3PXW A; 1S6V B; 1NTM D; 4UB6 V; 3WUI A; 4EID A; 1A2S A; 4PWA A; 2LIR A; 3NBS A; 1I8P A; 2JTI B; 1RAQ A; 3BCC D; 1M6Z A; 2CA3 B; 4GYD A; 5CYT R; 1KB0 A; 1QYZ A; 2FRC A; 4U3F D; 2BH4 X; 1QL3 A; 1W2L A; 5DJQ B; 2JQR A; 1R0Q A; 3O1Y A; 5CIH B; 1F1F A; 1DII C; 1LFM A; 2V07 A; 1CC5 A; 1CIH A; 1H32 A; 4WQD A; 1M70 A; 1HZV A; 1CHI A; 4AAN A; 3CP5 A; 1EZV D; 1NU1 D; 3SXT A; 1PPJ D; 3CXH D; 3X39 A; 3NWV A; 1A56 A; 1U75 B; 4D6T D; 1CRI A; 1CCH A; 4IL6 V; 4FA4 A; 4PJ0 V; 1MG2 D; 5DJQ C; 3HQ7 A; 2QJY B; 1LMS A; 4Y5R A; 4FA5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NBT A; 2B12 B; 5DF5 A; 1I54 A; 4GED B; 1H1O A; 1C7M A; 1KYO W; 1IZL 0; 4L3G A; 1CIG A; 3ZOY A; 3L4O A; 3O5C A; 451C A; 2BLF B; 3L4M A; 3DP5 A; 1YNR A; 3SWS A; 4WQC A; 1I55 A; 2N9J A; 1DW3 A; 4FA1 A; 1C6R A; 1CHH A; 1F1C A; 1HH7 A; 1GIW A; 1L9B C; 4V2K A; 4WQ9 A; 2GIW A; 1RAP A; 3WFD C; 1RZ5 A; 3M97 X; 3H1L D; 155C A; 4MU8 A; 4XXL A; 2GB8 B; 3SLE A; 4L1Q A; 4P4Q B; 3VRD A; 1C75 A; 1GQ1 A; 1CXC A; 3RN1 A; 3ZOX A; 1ETP A; 3H1I D; 3OCD B; 5C0Z A; 2HV4 A; 1NTZ D; 1FHB A; 1I6E A; 1HZU A; 1YTC A; 1NMI A; 3HQ9 A; 2XTS B; 3O20 A; 1C6S A; 4RSZ A; 2ORL A; 2VHD A; 2YIU B; 3DR0 A; 1N9C A; 2EXV A; 1VYD A; 1H9X A; 2C1D B; 3RN0 A; 3CXH W; 1GJQ A; 1IRW A; 3ZOO A; 1MG3 D; 3ZBM A; 2I8F A; 4O1W A; 1N15 A; 1DW0 A; 1YFC A; 1H31 A; 1CYI A; 1IRV A; 1J3S A; 1FI3 A; 1C52 A; 1QKS A; 2GC4 D; 2D0W A; 3CX5 D; 3MK7 B; 1FJ0 A; 2CXB A; 4H0K A; 351C A; 3ZIY A; 3CYT I; 1BGY D; 1E2R A; 3DMI A; 5B5E V; 1COT A; 2YK3 A; 1N50 A; 1H32 B; 3OA8 A; 1DW2 A; 3VNW A; 2ZOO A; 2PAC A; 1PP9 D; 1CO6 A; 2FYU D; 1NML A; 1AOQ A; 1QL4 A; 5B6Q A; 2ZBO A; 3MK7 C; 2B4Z A; 4QAO A; 5KAI V; 1CRH A; 3L70 D; 5CIG B; 2AXT V; 1CNO A; 4FA9 A; 4FB1 A; 1HJ5 A; 5AUR A; 5E79 V; 1CRJ A; 3WFE C; 3L73 D; 1IO3 A; 1H33 A; 2QJK B; 5DFS A; 1DIQ C; 2C8S A; 2YCC A; 3O0R C; 4WQB A; 1LC2 A; 4WQA A; 1OAE A; 4WQ8 A; 1N90 A; 2N3B A; 2N18 B; 2B10 B; 2ZXY A; 1L0N D; 2C1V A; 1LC1 A; 3H1K D; 1CHJ A; 4PW9 B; 1CXA A; 3KZI V; 1CIE A; 1C2R A; 2CE0 A; 4J20 A; 3JBT B; 1SQP D; 2FWL A; 1P84 D; 3CWB D; 2AI5 A; 5CIE B; 3WFB C; 1AKK A; 3L71 D; 4EIC A; 1CSV A; 1YIQ A; 4EIF A; 1HRO A; 1HRC A; 1YCC A; 2OZ1 A; 3CX5 W; 2N18 C; 1CTZ A; 1HJ4 A; 2MHM A; 3L75 D; 2C1U A; 1EB7 A; 2B0Z B; 2QJP B; 4WQ7 A; 1AOF A; 3HQ6 A; 1WEJ F; 5CIC B; 1C6O A; 5IY5 1; 1KX2 A; 2LIT A; 2GC7 D; 5GTH V; 1GKS A; 5GTI V; 1SQB D; 1DVV A; 1I8O A; 1ZRT D; 2BCN B; 1CED A; 1CRC A; 1GDV A; 3ORV A; 1CRY A; 1YEB A; 1A8C A; 2AIU A; 2N3Y A; 1CYC A; 2ZZS 1; 4H0J A; 1M60 A; 2BGV X; 1DW1 A; 5KLI B; 4N0K A; 1IQC A; 1CYJ A; 1E8E A; 3A0B V; 1FI9 A; 3A0H V; 1K3G A; 1FOC A; 2ZON G; 5KKZ B; 1JDL A; 1S5L V; 1HJ3 A; 3RMZ A; 3A9F A; 1BE3 D; 3TGU D; 1RZ6 A; 1E29 A; 1NIR A; 4AX3 A; 5C9M A; 2DVH A; 3OA8 B; 1BCC D; 4LJI A; 2CE1 A; 3PXS A; 5H2F V; 3ZCF A; 1KV9 A; 1YIC A; 2YQB A; 2BH5 X; 3CU4 A; 5CIF B; 1CCR A; 3C2C A; 1QN2 A; 5KAF V; 4WQE A; 3ZOW A; 1HCM A; 4UB8 V; 1FCD C; 2B11 B; 1H33 B; 3WC8 A; 1MZ4 A; 1CTJ A; 4NFG B; 1NTK D; 2PCB B; 3PH2 B; 1LS9 A; 4JCG A; 1CIF A; 1COR A; 3L72 D; 1CSW A; 2FYN B; 1KX7 A; 1KIB A; 1K3H A; 4XYD B; 1GU2 A; 1SQQ D; 2V08 A; 1KB9 D; 1W5C T; 4KMG A; 1SQX D; 3WFC C; 1YEA A; 3H1H D; 4Q5P A; 1BL9 A; 3WU2 V; 3SJL A; 4YE1 A; 1DVH A; 1NNO A; 5CIB B; 2MTA C; 1I5T A; 4AAL A; 1CTY A; 3VYM A; 5TIS V; 1OCD A; 1B7V A; 2OZ1 B; 4L3H A; 1WVE C; 3HQ8 A; 3H1J D; 3L74 D; 4DY9 A; 1CRG A; 2BCC D; 3SVW A; 1ZZH A; 2PCC B; 1SQV D; 4AAO A; 5KLV D; 2N9I A; 4K3I A; 4PD4 D; 1C2N A; 2L4D A; 1CSU A; 2CA4 B; 2BPB B; 3D0W A; 4O1Q A; 3OCD A; 1KYO D; 2A06 D; 4FAN A; 5EXQ A; 1U74 B; 4AAM A; 4EIE A; 2IBZ D; 2D0S A; 3TYI A; 1H9Y A; 1FI7 A; 2DGE A; 2C2C A; 2C1D A; 1CSX A; 1DT1 A; 5CID B; 1H31 B; 4FAV A; 1L0L D; 3PXT A; 5B66 V; 1AYG A; 1I6D A; 3RLM A; 1L9J C; 2C9X B; 3PXW A; 1S6V B; 1NTM D; 4UB6 V; 3WUI A; 4EID A; 1A2S A; 4PWA A; 2LIR A; 3NBS A; 1I8P A; 2JTI B; 1RAQ A; 3BCC D; 1M6Z A; 2CA3 B; 4GYD A; 5CYT R; 1KB0 A; 1QYZ A; 2FRC A; 4U3F D; 2BH4 X; 1QL3 A; 1W2L A; 5DJQ B; 2JQR A; 1R0Q A; 3O1Y A; 5CIH B; 1F1F A; 1DII C; 1LFM A; 2V07 A; 1CC5 A; 1CIH A; 1H32 A; 4WQD A; 1M70 A; 1HZV A; 1CHI A; 4AAN A; 3CP5 A; 1EZV D; 1NU1 D; 3SXT A; 1PPJ D; 3CXH D; 3X39 A; 3NWV A; 1A56 A; 1U75 B; 4D6T D; 1CRI A; 1CCH A; 4IL6 V; 4FA4 A; 4PJ0 V; 1MG2 D; 5DJQ C; 3HQ7 A; 2QJY B; 1LMS A; 4Y5R A; 4FA5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3NBT A; 2B12 B; 5DF5 A; 1I54 A; 4GED B; 1H1O A; 1C7M A; 1KYO W; 1IZL 0; 4L3G A; 1CIG A; 3ZOY A; 3L4O A; 3O5C A; 451C A; 2BLF B; 3L4M A; 3DP5 A; 1YNR A; 3SWS A; 4WQC A; 1I55 A; 2N9J A; 1DW3 A; 4FA1 A; 1C6R A; 1CHH A; 1F1C A; 1HH7 A; 1GIW A; 1L9B C; 4V2K A; 4WQ9 A; 2GIW A; 1RAP A; 3WFD C; 1RZ5 A; 3M97 X; 3H1L D; 155C A; 4MU8 A; 4XXL A; 2GB8 B; 3SLE A; 4L1Q A; 4P4Q B; 3VRD A; 1C75 A; 1GQ1 A; 1CXC A; 3RN1 A; 3ZOX A; 1ETP A; 3H1I D; 3OCD B; 5C0Z A; 2HV4 A; 1NTZ D; 1FHB A; 1I6E A; 1HZU A; 1YTC A; 1NMI A; 3HQ9 A; 2XTS B; 3O20 A; 1C6S A; 4RSZ A; 2ORL A; 2VHD A; 2YIU B; 3DR0 A; 1N9C A; 2EXV A; 1VYD A; 1H9X A; 2C1D B; 3RN0 A; 3CXH W; 1GJQ A; 1IRW A; 3ZOO A; 1MG3 D; 3ZBM A; 2I8F A; 4O1W A; 1N15 A; 1DW0 A; 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1GKS A; 5GTI V; 1SQB D; 1DVV A; 1I8O A; 1ZRT D; 2BCN B; 1CED A; 1CRC A; 1GDV A; 3ORV A; 1CRY A; 1YEB A; 1A8C A; 2AIU A; 2N3Y A; 1CYC A; 2ZZS 1; 4H0J A; 1M60 A; 2BGV X; 1DW1 A; 5KLI B; 4N0K A; 1IQC A; 1CYJ A; 1E8E A; 3A0B V; 1FI9 A; 3A0H V; 1K3G A; 1FOC A; 2ZON G; 5KKZ B; 1JDL A; 1S5L V; 1HJ3 A; 3RMZ A; 3A9F A; 1BE3 D; 3TGU D; 1RZ6 A; 1E29 A; 1NIR A; 4AX3 A; 5C9M A; 2DVH A; 3OA8 B; 1BCC D; 4LJI A; 2CE1 A; 3PXS A; 5H2F V; 3ZCF A; 1KV9 A; 1YIC A; 2YQB A; 2BH5 X; 3CU4 A; 5CIF B; 1CCR A; 3C2C A; 1QN2 A; 5KAF V; 4WQE A; 3ZOW A; 1HCM A; 4UB8 V; 1FCD C; 2B11 B; 1H33 B; 3WC8 A; 1MZ4 A; 1CTJ A; 4NFG B; 1NTK D; 2PCB B; 3PH2 B; 1LS9 A; 4JCG A; 1CIF A; 1COR A; 3L72 D; 1CSW A; 2FYN B; 1KX7 A; 1KIB A; 1K3H A; 4XYD B; 1GU2 A; 1SQQ D; 2V08 A; 1KB9 D; 1W5C T; 4KMG A; 1SQX D; 3WFC C; 1YEA A; 3H1H D; 4Q5P A; 1BL9 A; 3WU2 V; 3SJL A; 4YE1 A; 1DVH A; 1NNO A; 5CIB B; 2MTA C; 1I5T A; 4AAL A; 1CTY A; 3VYM A; 5TIS V; 1OCD A; 1B7V A; 2OZ1 B; 4L3H A; 1WVE C; 3HQ8 A; 3H1J D; 3L74 D; 4DY9 A; 1CRG A; 2BCC D; 3SVW A; 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