The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
216
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structure length |
211
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Chain Sequence |
LPALKLALEYIVPCMNKHGICVVDDFLGKETGQQIGDEVRALHDTGKFTDGQLVSSKDIRGDKITWIEGKEPGCETIGLLMSSMDDLIRHCNGKLGSYKINGRTKAMVACYPGNGTGYVRHVDNPNGDGRCVTCIYYLNKDWDAKVSGGILRIFPEGKAQFADIEPKFDRLLFFWSDRRNPHEVQPAYATRYAITVWYFDADERARAKVKY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
Egl nine homolog 1
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| publication title |
Cellular oxygen sensing: Crystal structure of hypoxia-inducible factor prolyl hydroxylase (PHD2).
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
59
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| structure length |
211
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| sequence length |
216
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.29: Hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase. |
| pdb deposition date | 2006-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13640 | 2OG-FeII_Oxy_3 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | q2cbj1_9rhob like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NHX A; 5DAW A; 5EQU A; 2FCV A; 2JIJ A; 3NNM A; 4ZPI A; 3GJA A; 4Y5S A; 3HQR A; 4MHR A; 2RDR A; 4Q5O A; 4NHM A; 4JZR A; 4XCA A; 4XAA A; 5L9B A; 3OUJ A; 3W21 A; 5ERL A; 2G19 A; 5IAT A; 3GJB A; 5DAP A; 5A3U A; 3BVC A; 2RG4 A; 4NMI A; 3HQU A; 5L9V A; 2HBT A; 5IAV A; 3KT7 A; 5IAX A; 4NHL A; 4KBZ A; 4XAB A; 4BQX A; 5C5T A; 3NNJ A; 3MGU A; 4XCB A; 3PL0 A; 5LAT A; 5HV4 A; 5EPA A; 3GZE A; 4BQW A; 2Y34 A; 2JIG A; 3EMR A; 4IW3 A; 3KT4 A; 3KT1 A; 4BQY A; 4NHY A; 2RDN A; 5C5U A; 3ITQ A; 4Y5T A; 5EP9 A; 2V4A A; 4NHK A; 2RDQ A; 5LBE A; 4ZON A; 2FCU A; 5LA9 A; 2OPW A; 3W20 A; 5LBC A; 5LBB A; 2RDS A; 3OUH A; 4UWD A; 5DAV A; 3DKQ A; 5LAS A; 2FCT A; 4NAO A; 5L9R A; 5DAQ A; 5DAX A; 2A1X A; 4XC9 A; 3OUI A; 3NNL A; 2G1M A; 5M0T A; 2HBU A; 3OBZ A; 5LBF A; 4J25 A; 3NNF A; 5HV0 A; 4MHU A; 4XAC A; 5LB6 A; 2Y33 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZZ8 A; 3WLU A; 4QU2 A; 1PVC 1; 1VBD 2; 2BW8 A; 1KRI A; 2RS5 1; 4Z92 B; 5DZG A; 5GLZ A; 3VKM A; 1CJD A; 3Q9O A; 4TSV A; 1OXC A; 4MOA A; 1H4H A; 4IV1 B; 4P02 B; 5ACA 2; 1SBD A; 2UY8 A; 4FPC A; 1NCR B; 2ZEX A; 4XJZ A; 1C57 A; 4QPI A; 5APA A; 1ASJ 2; 3WXP A; 5FYC A; 4XFH A; 1GBG A; 5FY1 A; 2VU9 A; 1DZQ A; 3O5S A; 1NAE A; 1N3P A; 1F4H A; 2VGD A; 2BP6 A; 5F7U A; 4NID A; 3H1Y A; 3S7E A; 4EJR A; 4EZH A; 3J4U H; 1MQT C; 4JV4 A; 2NLR A; 1XSQ A; 4CCM A; 3ZDV A; 1QJX 3; 1S2K A; 4G9S B; 4IEU A; 4XBQ A; 4KWJ A; 3AZV A; 4RS5 B; 1OPM A; 1X36 A; 1GAN A; 4JKM A; 5BYN A; 5IK5 A; 3I59 A; 3BVC A; 2QDN A; 1QXP A; 2PHF A; 2ZHN A; 1V00 A; 4KQ7 A; 4XF4 A; 4R9B A; 4JDN A; 4FQ4 A; 1WCU A; 3DEM A; 1EV1 1; 1AR6 3; 1UW8 A; 2DBI A; 4J1X A; 3HWJ A; 4UFK A; 4Y3O A; 5F6K A; 4XUT A; 4CEY B; 1LJ7 A; 3DV8 A; 5J3U A; 4JGZ C; 3VZM A; 1R64 A; 3A0K A; 5FWE A; 2XB6 C; 4X8N A; 2WLP A; 1CZS A; 1FMD 1; 2BDR A; 1FV3 A; 3AXD A; 1YC6 1; 1PX3 A; 4MGZ E; 4YW7 A; 3LDB A; 2Z5W A; 3ZR5 A; 4AI1 A; 3P3N A; 2PAE A; 1IOA A; 4XHB A; 5A32 B; 1PGW 1; 1AYN 3; 1W8U A; 4BQ5 A; 1MS1 A; 3O0W A; 3AL6 A; 3ELN A; 1RUN A; 1YUD A; 3KSC A; 1WA4 A; 2IVI B; 2R32 A; 3D82 A; 5GLT A; 4IW3 A; 4C91 A; 1VBE 1; 3CNA A; 2CU5 A; 4AL9 A; 2D7F A; 4JTN A; 4W65 A; 4NIG A; 3J26 N; 3O12 A; 4LUM A; 5BXX A; 4BHP A; 4M0N A; 4FPE A; 1K3I A; 1RJ7 A; 1H8T C; 4LA2 A; 2H6C A; 2Y6L A; 5IK7 A; 1HB1 A; 1AYM 3; 1AXY A; 4RGG A; 3AJZ A; 4Q4X 1; 3LDK A; 1QJU 2; 1DZT A; 5I93 A; 4HT1 T; 2XUE A; 1TME 2; 3LPF A; 3B5L B; 4QPY A; 4MGS A; 1XE7 A; 1VAL A; 3NJV A; 5DQ0 A; 5KXE A; 3IB3 A; 4QM9 A; 3L9J T; 1X33 A; 4FAH A; 3H3L A; 1KS5 A; 4NN0 A; 2ZGU A; 4P14 A; 4RL7 A; 3CZU A; 5FJH A; 2JEC A; 3T0A A; 1KQR A; 1KEX A; 1PM7 A; 1DGR A; 1S1A A; 2A71 A; 3J9S A; 4CU8 A; 5AFE A; 2H0B A; 1PO1 2; 3DKQ A; 4URT A; 2BVV A; 1CZV A; 3JU9 A; 5BNO A; 2VD7 A; 1DHK B; 2WNU A; 5F3C A; 2P3K A; 4O61 A; 2D5H A; 5FPL A; 3RWK X; 1VAV A; 4BXS V; 4E8D A; 1HJG A; 3ZFG C; 3LD8 A; 5CG9 A; 5C9A B; 4FPJ A; 5A80 A; 4ZU4 A; 5A7W A; 2PHD A; 4CDW C; 2XLA A; 4FP3 A; 4WZF A; 2WWJ A; 5FZC A; 1S0E A; 2DVG A; 4F8A A; 4CCN A; 4K3U A; 4K6B A; 4IGP A; 1YQ5 A; 5EQU A; 3I49 A; 4R52 A; 3TBD A; 5L36 A; 3VKF C; 2UY9 A; 5KC6 A; 2DCT A; 3OD0 A; 5F39 A; 2WNE A; 4DNY A; 1AL2 3; 4RYD A; 3SC7 X; 4XUN A; 1GIC A; 4XXA A; 4COW A; 1SLL A; 4MGI E; 3H7Y A; 3K51 A; 5JXJ A; 4QHB A; 4BJ0 A; 2RDR A; 2VZ3 A; 4IUG A; 4V2W A; 4AAP A; 1HB4 A; 4DEV A; 5KXD A; 5K4L A; 2YBP A; 3H8U A; 4NHM A; 4TZD A; 1C8M 3; 4N7U A; 3USS A; 1CIW A; 1OVP A; 5CVR A; 4LLF A; 2CAV A; 5J98 B; 5KC5 A; 3NW4 A; 4FPO B; 3TYJ A; 4LE3 A; 3ZFF A; 4DRR A; 4GA9 A; 3K75 B; 4GKX A; 5A7S A; 1VRH 1; 2LW8 A; 5I0T A; 5A3L A; 3S5A A; 3TEZ A; 1M06 G; 1NCQ B; 2ZMN A; 2G19 A; 3UK9 A; 1DF0 A; 1HB3 A; 4IES A; 4D7S A; 2WII B; 1SFN A; 1YI7 A; 2EVX A; 2XJR A; 5FMB A; 3U4X A; 2XHN A; 1KGY A; 1WW6 A; 3C7F A; 5A3U A; 4DB5 A; 2IFR A; 2PHT A; 2P2K A; 4DQA A; 1VMJ A; 4HK9 A; 2MPF A; 2C4X A; 1GZW A; 1X8M A; 1RUC 2; 4A6S A; 3MLK A; 4LUL A; 5FRA A; 4CVU A; 1RUG 2; 3O1R A; 1EAH 2; 1W3V A; 1GP5 A; 3WW2 A; 1ND2 C; 3TN9 1; 5AC9 3; 4AED C; 3HEI A; 4BIF A; 1N47 A; 2HWB 1; 4GB3 3; 4K8F A; 4LOT A; 4MLO A; 1DP0 A; 1Q3E A; 2VTX J; 3ZXE A; 3B02 A; 3WSO A; 2XQX A; 4NRM A; 5EJ1 B; 5JIA A; 1UY2 A; 4WBB A; 1O4T A; 1RHI 3; 1ZBA 2; 3AVS A; 2W47 A; 4BIO A; 2LUW A; 1TNR A; 2RM2 1; 3LE0 A; 3A21 A; 2JD9 A; 4CXX A; 2DV9 A; 1FV2 A; 2RE9 A; 2WZ8 A; 1W2A X; 2ZEY A; 3ILF A; 1IPS A; 1WD3 A; 3R05 A; 3TNQ A; 3EMR A; 4M3C F; 3GYD A; 4ZS3 A; 2JX9 A; 5JOX A; 4ZZ5 A; 2ZEW A; 1UAI A; 1BEV 1; 2QDR A; 3M8L A; 4MX3 A; 5FDB A; 5EIY B; 3B00 A; 2BGC A; 4XMA A; 3QH7 A; 1UZZ A; 2ZGM A; 2QJV A; 4D6R A; 1D4M 2; 3J7L A; 2GMP A; 3N9Q A; 1S0C A; 4W6Y A; 2QZ2 A; 2JIC A; 2QQN A; 2AZ5 A; 5FCC A; 1KFX L; 1HLC A; 3OYW B; 4WV8 A; 1PIV 2; 1UYZ A; 1POQ A; 2RVA A; 1V6M A; 4UFI A; 3MZH A; 2BPA 2; 1DLC A; 2BOJ A; 1O59 A; 4UYB A; 2DVB A; 3FUQ A; 5LBB A; 1RMU 2; 2VZS A; 5FXV A; 2FDI A; 3RZH A; 3LEK A; 4N53 A; 4OZX A; 1DQ2 A; 1ZBE 2; 5DUW A; 1DBN A; 4HN0 A; 4BLI A; 3O1M A; 4Q8L A; 1UMI A; 3WNO A; 3AB0 A; 4H14 A; 3RZK A; 2BGP A; 3VD7 A; 2OXB A; 2XDV A; 3WF2 A; 1JYT A; 2QQV A; 1C4R A; 2IXL A; 2XGX A; 3SHR A; 4BH9 A; 3CIH A; 3T2T A; 2O8Q A; 2C1F A; 3TEY A; 2YMZ A; 2LTN A; 4IEZ A; 4CDU A; 4Y24 A; 2VTX A; 2V72 A; 1WBF A; 1CGP A; 2FDH A; 5GM0 A; 5FO7 B; 2D3R A; 1WW7 A; 4BMB A; 4FPL A; 1W6O A; 2W08 A; 2XKP A; 4KG8 A; 1XE0 A; 4Z82 A; 5FY9 A; 1UU4 A; 1VBA 3; 2W87 A; 5IVE A; 2E33 A; 5CKN A; 1EYB A; 1UN1 A; 1WGP A; 4JQR A; 1N3Q A; 3ZM8 A; 2X5I C; 4NAM A; 1XYN A; 1LCL A; 1O5U A; 2NPI A; 4QKB A; 4HK8 A; 2WYF A; 1RUH 2; 3C7E A; 4W8J A; 3HR9 A; 5FZE A; 3S5Q A; 3ZXF A; 4LHN A; 5CZK A; 1R1A 1; 3N3H A; 3QOP A; 1TZO A; 4OVE A; 2V09 A; 2VVD A; 5FLH A; 4PLO A; 1IKP A; 4UFM A; 4CCK A; 3H3Z A; 1W06 A; 2TUN A; 2E9Q A; 3CQO A; 4QXK A; 1U0A A; 3RRD A; 5J37 A; 2BZD A; 3DPR B; 1HW5 A; 1QJX 1; 5FY4 A; 3N35 A; 4MGT A; 5GZE A; 3ABZ A; 1DGW A; 4QQO A; 4EWE A; 4OHY A; 4I3G A; 5BNO B; 2ILM A; 2QQK A; 2WNU B; 4P9G A; 1Z78 A; 1GSL A; 1L3J A; 3AYD A; 1JHJ A; 1AR6 1; 3PUI A; 4PJY A; 4Q4V 2; 3WEZ A; 1FX5 A; 4AQT A; 2HWF 1; 4CDX C; 4NWV A; 3U75 A; 4AFD A; 2A5Z A; 2KR2 A; 4IV3 C; 4XF9 A; 5FZ7 A; 4AI8 A; 2C24 A; 4CCO A; 4I30 A; 4WVM A; 4C90 A; 4BM8 A; 1UYY A; 4D0Q A; 2VPV A; 4NVP A; 4AAX A; 2VBB A; 5E88 A; 4YW1 A; 3S57 A; 4L11 A; 1OH3 A; 3Q8F A; 5KHI A; 4E9K A; 4JRL A; 1AYN 1; 3EQE A; 1AR9 3; 2IXK A; 4P5H A; 2D98 A; 2DVA A; 4YVS A; 3UJQ A; 4S2D A; 1XNA A; 5A3N A; 3NL1 A; 1W9T A; 4QKD A; 3ILN A; 1MS5 A; 3IPV A; 4JKK A; 5HXM A; 1Y9G A; 1W8O A; 3TNP B; 3WR0 A; 4JDM A; 5IVJ A; 2BNO A; 3WV6 A; 3VKL A; 3HD8 B; 3ZFF B; 1PO2 2; 2JDM A; 3IDB B; 4FCA A; 4XQ4 A; 1B35 C; 1WBL A; 4QX0 A; 3VLB B; 5L7O A; 4XFB A; 2A6W A; 3BCW A; 5FFO C; 3I3D A; 4H7L A; 5C5U A; 3H1M A; 5D1I A; 1LHW A; 3AFG A; 2P5B A; 4AVS A; 4P08 A; 2EF6 A; 4WVV A; 4A4A A; 3VZK A; 2JD4 A; 1LOF C; 4IL7 A; 3N36 A; 1JZ2 A; 1IG0 A; 5FPU A; 3OEB A; 5A7Q A; 4XDP A; 3O0V A; 5JCT A; 2J1V A; 1G8W A; 3EO6 A; 1ZZB A; 2JDA A; 4NIH A; 3MBW A; 4ISQ A; 1OOP C; 3BGA A; 3DEC A; 1LGB A; 5FJK A; 1GZW B; 2AR6 A; 1NX9 A; 1Y4W A; 3MF6 A; 3O1T A; 4XUP A; 1XNK A; 1J84 A; 4DIQ A; 3FE5 A; 4RFT 0; 2WLQ A; 2X8K A; 1SFP A; 3NKG A; 2BGO A; 5CFD C; 4Q4Y 2; 3RJ2 X; 2WO1 A; 3UET A; 3K4A A; 4A44 A; 2EA7 A; 3NJY A; 4I3P A; 3HIF A; 4AR2 A; 1UU5 A; 1WA6 X; 4S2G A; 1HJF A; 4TLG A; 3WDT A; 4AVV A; 4Q1P A; 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4ES9 A; 2ZS6 B; 3B69 A; 1W6O B; 1FXZ A; 1CPN A; 3AKS A; 5AC9 1; 1FPN 2; 5DPN A; 5FTT C; 1BVV A; 1SG3 A; 2BBA A; 2IXI A; 1JZ3 A; 1OBN A; 2FD8 A; 3OPW A; 5FZ3 A; 4CA9 A; 1SBE A; 4LO5 B; 3MW2 A; 5ABJ C; 4GQ7 A; 1RUD 1; 3CLP A; 2RS5 3; 1NA1 C; 4M3C A; 4CUC A; 2PHL A; 3AZZ A; 5LK7 B; 1RHI 1; 4LBN A; 1YFU A; 3AZX A; 5JXG A; 2SBA A; 4E2G A; 2I07 B; 4HMZ A; 5FMD A; 4QX2 A; 5CG8 A; 4NRO A; 3IBM A; 3SMH A; 4YVW C; 3VL9 A; 4PBP A; 1VBC 2; 3MFC A; 4AK3 A; 1HN1 A; 4CCL A; 1LR5 A; 2OQ7 A; 3VBU C; 4IQP A; 4DXR A; 4ZXK A; 3FLP A; 3WW1 A; 4N43 C; 4PI0 A; 4LBJ A; 5FPB A; 3VBS A; 4KBB A; 1UY1 A; 4DOU A; 5JSP A; 2BBV A; 1CON A; 4EWA A; 2BVB A; 4H7M A; 1LOD A; 5EP9 A; 2PA7 A; 3CHX A; 2OX0 A; 1TG7 A; 3R6S A; 1UX6 A; 5HXV A; 2R1D A; 2W1Q A; 5IVB A; 2HEV F; 2WFF 2; 4HKO A; 4ITC A; 5BNN B; 2YB7 A; 1ODN A; 4IE0 A; 3KQR A; 4WVM B; 2ZGN A; 4QX1 A; 1WMX A; 2JG9 B; 1LED A; 2QQW A; 4YZ3 A; 5BPX A; 4ZHN A; 1QH6 A; 3DXT A; 2W5F A; 2D97 A; 5FY0 A; 4YW4 A; 1ULC A; 3HN3 A; 1QDC A; 1IKQ A; 1H2M A; 3KV4 A; 2J1T A; 1U5X A; 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