4XMIA

Crystal structure of the k499g mutant of nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
657
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALGSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYGIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase B
publication title The Hunt for Serendipitous Allosteric Sites: Discovery of a novel allosteric inhibitor of the bacterial sialidase NanB
rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain atcc baa-334 / tigr4)
total genus 192
structure length 657
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2015-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4xmiA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4xmiA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4xmiA02
3AJZA 4XBLA 4P14A 2PHUA 2GNTA 1IOAA 5DUXA 4MWRA 1SLTA 3VKFC 2P2KA 3FUOA 2DURA 1W8OA 4FPGA 7NN9A 3M3QA 2UWBA 2WT1A 2ZHMA 4XMIA 3OY8A 2QWBA 3AZWA 3ALXA 4YM3A 1DZQA 2SILA 5GJ6A 1B09A 1CONA 4FPCA 4HZZA 3K38A 4Q6KA 5T50A 3MW2A 4WVVA 3SISA 5HUGA 4XE9A 3BODA 3HMYA 1LOCA 1G86A 2EXHA 3N7LA 5BYNA 4Q1PA 2GALA 4XJZA 2XCYA 1INHA 2VVZA 3AZYA 4HIZA 3A71A 5GZGA 1QNWA 2P34A 4WA5A 1W8NA 1YYNA 3O0XA 3KQRA 2GN7A 1NMCA 3WDTA 2NMOA 5IK7A 2QWCA 1AZDA 1Z4ZA 1GICA 4LBKA 2A3WA 2DVFA 1G9DA 5CA6A 1KRIA 3FBYA 3JU4A 1PZ7A 2OW4A 2HTQA 1LHWA 4CRQA 4TYSA 3O5SA 5KXDA 1V6LA 4Y20B 3ILRA 4J9TA 4JC1A 2H0BA 2A3XA 3OGGA 3M3EA 1NNAA 4YM1A 1GSLA 4WVWA 4XYXA 4YW1A 4GB1A 3A0NA 1ULDA 4K1IA 5CNAA 1LECA 2W39A 3JUUA 1BJIA 1N3PA 5F9TA 4HZXA 1SBFA 2EXJA 4K1YA 5L73A 4MWQA 1DHKB 1NSDA 4M00A 2EALA 4XJAA 2R0HA 1UMZA 3VKOA 3AP6A 3B7EA 5EWSA 4ATFA 3H72A 4UW4A 1LHVA 1CIWA 4QN5A 1O4YA 1AXKA 4XXAA 1MZ6A 2ZAAA 2E51A 2F12A 3ZPYA 4ASMB 4MC7A 3OY8B 3D4KA 3K36A 1USRA 4AGVA 4GZTA 1IVEA 4M3CE 1KDKA 4Q8LA 4XILA 2YA4A 3ZXJA 4K1HA 3A72A 4XJWA 3R4SA 1S0IA 1MVQA 1L7GA 2DTWA 2PHTA 3AP5A 1S0DA 3BEQA 4YZ1A 2YA6A 3ZXEA 1GBGA 3GALA 2AR6A 4Q1RA 1CESA 1V3CA 4HZYA 2X9MA 2QWDA 2ZABA 3FUQA 3USUA 2D43A 1SNTA 4GDIA 1FAYA 1RIRA 2A6YA 2CL2A 4FVKA 1NN2A 1SBEA 3H0OA 1C1LA 4CZSA 3ZYPA 1DYKA 3ENRA 3WHTA 1V0ZA 4QN6A 1KQRA 3N35A 1D0HA 3SANA 3DGTA 1INVA 1S0BA 2NMNA 3R4UA 3V64A 2CMLA 4XOGA 4FZHA 3ZXFA 3O0WA 2ZGLA 1DYPA 2HTWA 2VXRA 5KXBA 4M3MA 1QKQA 3POYA 1C1FA 4KS5A 2UWAA 4XTMA 5HUKA 3POWA 3SH4A 1ULGA 1V6JA 2XG3A 2CTVA 3WG2A 5JDBA 2D6KA 4WEGA 2CNAA 1INYA 2VW0A 4LBJA 1LOFC 4BMBA 1N1SA 1DQ5A 1LGBA 3AK0A 2BQPA 1INFA 1V6KA 5T5OA 5GLVA 4PCRA 1UZYA 2ZMNA 3WDWA 1NLSA 1IS6A 1WLDA 1C4RA 2HTUA 4R9AA 2FHRA 4JCKA 2DU1A 1VIWB 3NSSA 1FX5A 1UL9A 3KM5A 5GZFA 1LU1A 1XOGA 2ZZJA 1MS5A 4Q8KA 1W6QA 2A5ZA 3M3OA 1OFSA 4C1XA 2YDPA 2ZB6A 2SLIA 4ZXKA 2C4AA 2WSUA 4GZWA 1G8WA 2C9AA 3VUOA 3FFZA 4DRVA 5CB7A 3UJQA 2W20A 4YZ4A 4LBQB 2QWKA 1GZCA 1W20A 4P9WA 4FPYA 4AVTA 5DZFA 4HZWA 4Y1UA 1WLCA 5JOXA 2HT8A 4KS4A 1KJLA 3IKWA 3RS6A 2QWEA 2ERFA 4LBNA 4NCSA 2WT2A 1G9BA 4H52A 5H9RA 1AXYA 2A6WA 4MWJA 3OJBA 1SLIA 2TEPA 2AEQA 3PVOA 1GNZA 2UURA 3PJQA 4YW2A 1YIFA 3WCSA 3TIBA 1W6OA 5T55A 1PZ8A 2A71A 3WLUA 3TB0A 3PMEA 1SLBA 4KBBA 4AVVA 1G9FA 2QWJA 2F24A 4BQ1A 1NMBN 5NN9A 3FLTA 2D44A 4Y22B 1Q8OA 1UKGA 4Q2FA 5E89A 2DWRA 4FP3A 2D3SA 3D6EA 2F11A 1DQ2A 3CL2A 1LCLA 5AVAA 4MYEA 1QDOA 3O12A 1KJRA 1SCSA 1ULFA 2G4IA 3LCPA 3I4IA 1QOTA 2ZB5A 5HCFA 3LSEA 4R9DA 2W08A 3K3AA 2GNBA 1W6PB 5DZGA 5DUUA 2VK6A 4FPFA 3GVJA 3AYCA 4YW3A 2DV9A 2ZGUA 3UK9A 1L7FA 1GZWA 3IN9A 3TI6A 1DQ1A 1VAVA 4YG6A 1L7HA 4MJUA 1W6QB 2BZDA 2F28A 1VALA 3TI4A 4NO4A 1S0FA 3AYDA 4LBOA 1MS8A 2ZKNA 5GLZA 5JMCA 4M4VA 1I3HA 3RG0A 4Q26A 2YROA 2BF6A 2ZGPA 4DGRA 1BYHA 1JYIA 2XB6C 2ZGNA 4D8SA 3D12A 1BZWA 1F8EA 3WVJA 1NCDN 3RRDA 1QGLA 3AJYA 2CYFA 1EUSA 5HCBA 1LHNA 5FREA 2W52A 2GNMA 1WBFA 5GLTA 2D7FA 2PHXA 3C2UA 4MWUA 5EYYA 4Q27A 3OPZA 3V0AB 4FPLA 1NNCA 2NZ9A 1NSBA 4MWLA 1ONAA 3RSJA 3PVEA 5HCAA 4MWXA 1BJQA 3ZYRA 4HANA 4X49A 3FLRA 3OYWB 3AZZA 3SALA 2JJ6A 4M3CB 3GVLA 4BOWA 2YZ4A 3O9KA 3N7JA 5DUVA 3QLQA 3OBRA 2D6OX 4GEZA 4YZ3A 5T54A 1NCBN 1W1XA 2ZA9A 2XZIA 4M4NA 4FOWA 5H9PA 4WA4A 1N1VA 1A8DA 1W6MB 2B7YA 4AWDA 2XZJA 2P3IA 2R16A 2CWMA 5M1ZA 2F25A 1LOGA 1Q8PA 3V65A 3AZVA 2PHWA 5FRAA 3U4XA 4QN7A 3R05A 4XHXA 1LEDA 2QWAA 1WD4A 5DZEA 1S0EA 1CPNA 2YY1A 1LOEA 1GKBA 4XBNA 3GVKA 3AXDA 3M2MA 5GZDA 2NN8A 2GNDA 1JYCA 3NWKA 2UU8A 2E7TA 3SITA 4DQAA 2YDTA 2ENRA 1V6MA 3HN1A 1LESA 3WDYA 1DGLA 3TICA 2R1DA 3INAA 4FP2A 4YGCA 1V3DA 1B9VA 4FPOB 3D11A 2EXIA 1DLLA 2YA8A 4FPKA 4XHBA 2D3RA 4Y1VA 2R0FA 2VSKA 1QOSA 1GZ9A 4YG0A 4Y24A 4X4AA 1LOAA 4K1ZA 2F10A 2VSMA 4KS1A 3WG4A 4ITCA 1V6OA 4CPNA 3VKNA 2JKBA 3B00A 2JD4A 1INGA 1S0CA 1V3BA 1YI7A 2YXSA 4KS2A 2NYYA 4WEFA 2DUPA 3SILA 2ZGKA 4QN4A 1CJPA 1O4ZA 4AGGA 3ILFA 2FMDA 1SLLA 4W65A 1V00A 3AFKA 4M3CF 3V0BA 1MS0A 1CR7A 4XMAA 3LSDA 1AJKA 1WW6A 6NN9A 3UJOA 4Y1XA 1KDMA 3B01A 4B7RA 3UL2A 5H9QA 1W0OA 3CNAA 1IKPA 1AXZA 2OVUA 2DTYA 2I2SA 1LODA 1NSCA 2QWIA 1WCSA 2YA5A 5DXDA 3AXEA 1S0JA 2A6XA 3O0VA 1OKQA 4K21A 4K20A 5GLUA 5GZCA 5B2DA 4OZXA 3B3QE 1DQ4A 1ULCA 1VCJA 4FOYA 4XJ9A 4NN9A 2W38A 1I1EA 2A7AA 2DVGA 1LGNA 3VKLA 2ARXA 2A75A 2WKKA 1W21A 2WSVA 5HUNA 4YM0A 1MWEA 5IK5A 4GWNA 3JU9A 3WG3A 1UAIA 3M1HA 3TIAA 4ATEA 1QF3A 1NXD1 4XXPA 1IVFA 2ZGOA 1N3OA 4WA3A 4GZSA 4FQZA 4NOTA 3WUCA 1W0PA 2PELA 5IUQA 1HQLA 1VLNA 5LK5A 3B69A 1DIWA 4C1WA 2HYKA 4YW4A 3WNXA 1GANA 2ZGMA 1GV9A 3ZSLA 2P3JA 4GZOA 3WDXA 4WZFA 1GYKA 1Z4YA 4XJRA 5T5JA 1JXNA 2KM2A 4Y1YA 1ZA4A 1FNZA 2Z42A 2DVBA 1MVEA 3IPVA 2SBAA 4CTEA 5T5LA 2NM1A 4YGBA 4YW5A 2HTVA 5E8AA 4GZXA 1IKQA 4K3YA 1APNA 1U0AA 4LBQD 4Y1ZA 2JE7A 1MZ5A 2AUYA 3HR9A 3I8TA 1WW7A 1MS1A 2OUJA 3RQ0A 1H30A 3H73A 3VKMA 1INXA 4B7NA 3CYEA 3V0BB 4F83A 4K1KA 5E88A 5HUMA 2VWDA 4XIKA 4UW3A 1MR5A 3USUB 2ARBA 3ILNA 1A4GA 2R49A 3ZSKA 4YFWA 3WDUA 1UZZA 1AX0A 1JOJA 4U36A 2C5DA 2VU9A 5DG1A 4MZEA 1QOOA 4FPEA 4M01A 4MWVA 1FATA 3MW4A 2VW2A 2D6MA 1SLCA 1Z4XA 1N1YA 2HTYA 1NMAN 4XJ8A 1WW4A 2WNEA 2Q5TA 4SLIA 1LHUA 2DVDA 1WBLA 2NP0A 1Y7BA 3D5OA 4R9BA 3PVNA 4GKYA 3N36A 2A70A 1LOFA 2ZGTA 4GZPA 3FLPA 3N3HA 4MWWA 3ZVXA 2JECA 4CPMA 2AENA 2WQZC 1Q56A 4Y20A 4BPZA 1EPWA 1QNYA 3W59A 3M3CA 2YA7A 1EUUA 1FV2A 2D6LX 1A78A 5CAZA 2UWCA 4FOVA 4GWMA 1H9PA 4HZVA 1NCAN 3T2TA 1X50A 2V73A 1F5FA 1HDKA 4L8QA 4GKXA 1URXA 3O9JA 2VW1A 1FNYA 1WW5A 4DFSA 3H71A 1WLWA 1J1TA 5B2CA 5GZEA 1F8DA 1IS3A 4DS0A 3H6JA 1IVDA 4GALA 3BTAA 3W58A 4FPJA 4GXLA 1LOBA 1AJOA 4X47A 1V6IA 3IPVB 1INWA 1Q8VA 3MEPA 2VK5A 1E8VA 5KXCA 1LHOA 3VV1A 2F13A 4CPLA 1RINA 2BERA 1AX2A 3WDVA 1EUTA 3IMNA 1SO7A 4AGRA 1A4QA 5SV8A 2A6ZA 2EXKA 4XTPA 3T1LA 5F5QA 3WUDA 4YM2A 1NCCN 4BBWA 2DVAA 2AH2A 1CQ9A 3Q9OA 3NV4A 1JHNA 3N7KA 4RA0A 4D69A 5GALA 2WJSA 1BKZA 2OUHA 3WV6A 2D6PA 1V3EA 2GN3A 2VK7A 3WHUA 1W6OB 1XQNA 5H9SA 1SFYA 1LULA 4YGDA 2F27A 1JUIA 1NNBA 1Z4VA 5IT6A 2F26A 2E53A 3N7MA 1SACA 2ZGQA 1ENQA 1UX6A 4P9YA 1IVCA 3T1EA 3T1MA 2ZHNA 4FOQA 4I00A 1JN2P 4MJVA 3AYEA 4JRAA 4YZ2A 1F9KA 1ENRA 2F29A 3ALWA 2C4LA 2RKCA 4QNPA 1AF9A 1IS4A 1LENA 4DRRA 1DBNA 3CL0A 3ATGA 2AREA 1A14N 1LU2A 4P9XA 1SCRA 4CPOA 1HQWA 3TI5A 1N47A 1V0EA 1WD3A 1V0FA 3IM0A 3MPPG 2CWSA 1HLCA 1YO8A 5IK8A 1AX1A 2DUOA 2F0ZA 3WG1A 1GZWB 3WCRA 3ASIA 3BOPA 2AYHA 2JDZA 2B8HA 2RHPA 2GMMA 3TI8A 4YFZA 2LALA 2VH9A 1S1AA 4DPNA 1LJ7A 1ZM1A 1V2IA 3NV3A 1S0GA 2ZHKA 1WCQA 1SBDA 2W68A 2A3YA 2DUQA 4QN3A 1KITA 3TI3A 4BM8A 2D6NA 3AP9A 2GMPA 1H9WA 1XOEA 4PQ9A 1ULEA 2AEPA 1BXHA 1LEMA 2VUAA 2XZKA 4LBQA 2ZGRA 4XJUA 4PBOA 2A6VA 3DUIA 1D2SA 1MACA 1IVBA 2W5OA 2QWFA 4GA9A 4U2AA 3K39A 1RITA 2WT0A 1W6NA 3A0KA 1Z50A 2EIGA 2LTNA 2HTRA 5IK4A 4R9CA 1F8CA 2D3PA 1EURA 3SH5A 2R1BA 4AVSA 1FYUA 1VCUA 1LTEA 4YZ5A 2ZBJA 3QCWA 1VAMA 3SNMA 4BLIA 2EAKA 1C57A 1GNHA 2ZHLA 4B7MA 4CPZA 1G9AA 4H55A 4WV8A 5GLWA 2V5YA 2ZACA 3OBTA 2W5NA 1AVBA 2E6VA 2DU0A 4Y22A 5DUWA 5JOZA 1E8UA 1G7YA 1CPMA 4B7JA 4YLZA 5CBLA 1YRZA 5HX0A 1JW6A 5GM0A 2PHRA 5JOWA 2BATA 4Y26A 2GMEA 1UN1A 1V6NA 3NN9A 4JF7A 4ISQA 2SIMA 1DFQA 3NV2A 4B7QA 1FV3A 3SH3A 1WUVA 1Z78A 1W6PA 3APBA 4XDQA 4FJ6A 4PF5A 2QWHA 4LBMA 5JLVA 3BIWE 3RMYA 3ZXLA 4MWYA 4KS3A 4LBLA 1B9SA 1GLHA 5JYYA 3GNEA 3WOGA 1CVNA 3POSA 4PBPA 1MS9A 1BQPA 4BLJA 3AZXA 3ZXKA 2HU0A 1QMJA 2EF6A 4UW5A 1E8TA 4CPYA 2AGSA 3AP4A 2HT5A 5EXOA 3NV1A 5JVVA 1R1ZA 3K37A 1Z0HA 4NC5A 1USXA 1MS3A 1IVGA 2E7QA 3A4UA 3SLIA 3WZ1A 4I30A 1A3KA 4FQ4A 1F8BA 4XZPA 1IS5A 2ZMKA 1Z4WA 3ZSMA 4RL7A 2CY6A 4GJTA 2YMZA 1W6NB 4H53A 2P3KA 2HT7A 4X6KA 1QDCA 1JBCA 2JE9A 4FPHA 4MZAA 4YG3A 3B9CA 1YXWA 4K1JA 1N3QA 4AYUA 3AYAA 4UW6A 3V0AA 2DYCA 1B9TA 4XIOA 3RMXA 2GDFA 2VY0A 2HU4A 2P37A 2QWGA 4XBQA 1MS4A 3MW3A 1DQ6A 3OYWA 1F31A 4ZKTB 1QU0A 4M4UA 4MX0A 2WLQA 4Z8BA 3INBA 4M3CA 5KXEA 3AP7A 4BMEA 4HL0A 2ZGSA 1DIMA 1LGCA 5T52A 3ZSJA 3W09A 1ENSA 1PZ9A 1UPSA 1N1TA 4IQPA 1G9CA 2ES3A 2ZMLA 4GDJA 1W6MA 3L2YA 5JOYA 1DQ0A 3AX4A 1Q8SA 5T5PA 4ISRA 1SLAA 1Q8QA 5EYXA 1OQ1A 4FVVA 1DILA 3TAYA 1HKDA 3CKZA 1CN1A 2YV8A 4YGEA 4GZQA 2PHFA 4TZDA 5DG2A 4XJQA 1TEIA 4UF7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VQAA 1RUC1 5HXVA 3AJZA 4A0PA 4XBLA 3LE0A 4TTGA 1QBIA 4P14A 3U0SA 4YVWA 5JI7A 4P08A 2PHUA 1NUKA 2GNTA 1IOAA 4LORA 4PJYA 1F35A 5DUXA 4MWRA 3FVZA 1NA1C 5FXVA 1SLTA 5GX3A 4J25A 1TMF1 3ACGA 3VKFC 3IT8A 2C1FA 5C3PA 3HRPA 4B29A 5FP3A 1AR63 2P2KA 3BPSA 4GH4B 5A33B 2I45A 5A1LA 2C6SA 5C8WA 3FUOA 4IGOA 2DURA 1VBB3 3VBFB 1JZ2A 3NO8A 5CFCB 4A2UA 1W8OA 4R40A 4FPGA 2VMFA 1UYPA 3QACA 4N43B 4CDQA 2FZ1A 3E5ZA 7NN9A 3THDA 3M3QA 5J96B 2DSOA 4ZS2A 2UWBA 2WT1A 5DDJ3 5KHHA 1UY1A 2HWD1 2ZHMA 2JKXA 4XMIA 1H2NA 2YU2A 3FHQA 3OY8A 4YVSB 2QWBA 3ADEA 1HJGA 3Q8CA 3POBA 1RVF3 1NLRA 2PXJA 5A6XA 4N1BA 5FUIA 3IMMA 2YDEA 4C8DA 3AZWA 4ZY3A 1T2XA 5FPAA 1TMF2 1BK1A 3WT3A 3T0DA 3ALXA 4HLTA 4L11A 1NPEA 4PDWB 4ZXEA 3ZPOA 5FNRA 4YM3A 5CG8A 5LCWL 2JDAA 4Y5Z0 1UU6A 1ZBA2 2GVVA 1DZQA 1HJFA 2JWPA 2XHKA 2WO2A 3I2DA 5GJ6A 5JR7B 3BYWA 3ZYGA 2SILA 3WF1A 1B09A 4A6OA 2ARAA 1CONA 4FPCA 1OPOA 3ACLA 2XKPA 2Z32A 4QPIA 3SMHA 4UOUA 3PTYA 4HZZA 3SOBB 4Q6KA 3K38A 5HCHA 5T50A 5IVFA 4NIHA 3FFQA 2JIGA 2R6QA 1CAVA 3MW2A 1NT0A 4WVVA 3SISA 3UETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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