4FPFA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 195
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpfA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpfA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpfA02
3ATGA 3RQ0A 5JVVA 3POSA 1AJOA 2F25A 1INHA 3T2TA 5SV8A 2YXSA 3SH4A 1V6IA 3TI4A 2VSMA 3AYCA 3AK0A 1OKQA 1WLCA 1INXA 4XJ9A 1WBFA 2ZMLA 1NN2A 1QDCA 1G9BA 4XTPA 1E8TA 3ASIA 4BM8A 4Y26A 2WQZC 3ILFA 1LHOA 3AXDA 1E8UA 4X47A 4MWYA 4KS5A 3WG4A 2WT0A 1G7YA 3IKWA 4DS0A 1VAMA 1W6QB 1VAVA 2A6ZA 4R9BA 2ZGKA 1APNA 5GLTA 2A6WA 1FAYA 3WNXA 1BJQA 1SFYA 2P3JA 4M3CB 1LGNA 5H9SA 4NOTA 2A6VA 2QWHA 2F26A 3POWA 1IVBA 1DLLA 2SIMA 4UF7A 2BERA 5KXBA 2DURA 1DFQA 1XOEA 3V0BB 1INWA 5GJ6A 5EYXA 5L73A 4DPNA 2UWCA 5DZGA 2ARBA 1EUUA 1VALA 4I30A 4RA0A 4XILA 1V3CA 4QN4A 2ZABA 2GMEA 1KJRA 4GZOA 4FPEA 4K1ZA 3TI3A 3QCWA 4GALA 2HTUA 2DU0A 2YZ4A 3AX4A 2CY6A 1DQ4A 4K1HA 4M4UA 2ZAAA 1Q8OA 2HU0A 5HCAA 4DRRA 1RITA 4YGBA 1W6MA 2QWEA 4Q27A 1IOAA 3OJBA 2QWCA 3K37A 3ZYPA 4XXPA 4R9AA 2E53A 1W0PA 1MS5A 4LBQD 1GYKA 4DRVA 2ENRA 1AXKA 1WW7A 3WG2A 2A7AA 1CN1A 1INGA 1D0HA 1LOBA 2AR6A 1DHKB 1IS6A 1SACA 2NM1A 4LBQA 4MWWA 1MS3A 2CYFA 5CB7A 4FQZA 1V6NA 1C57A 4GJTA 3FBYA 3RG0A 4ISRA 3OGGA 1QNWA 4XJRA 2NN8A 3TI6A 1CONA 1S0IA 3O12A 3T1EA 1NMCA 2QWBA 1NCCN 2W20A 3IM0A 2DVAA 4ITCA 1V3BA 3T1MA 3TI8A 2Q5TA 3O0VA 1W6OA 3PVOA 1SCRA 3QLQA 3INBA 1GNHA 5GZCA 1N1TA 4MZAA 3NN9A 3DGTA 4YM1A 4K1IA 1F8DA 4R9CA 3PVEA 3PMEA 5GZEA 3N7JA 1NNBA 4CPMA 2ZACA 4LBNA 1QU0A 4HZVA 4KS2A 2ZA9A 1VCUA 3NWKA 1A4QA 4Q8KA 3WCSA 1JYIA 3VKNA 2SLIA 1B09A 1UX6A 1ENSA 3H0OA 3TICA 1PZ7A 1E8VA 4KS3A 1J1TA 3AYAA 3ZVXA 3APBA 4CTEA 1WUVA 2HTRA 2F28A 2QWAA 2ZKNA 4FZHA 1DZQA 3WDTA 4FPHA 5DUXA 3SH5A 5IK5A 2E51A 3DUIA 1B9SA 5JYYA 2WNEA 3MPPG 1BZWA 1IVDA 4LBKA 1V6JA 1GZWB 3FLPA 2A71A 4XHBA 1HDKA 2ZGQA 1A14N 1WD3A 1MS4A 1DYKA 1GV9A 1EUSA 1W6QA 1LENA 1UZYA 4GA9A 1NSCA 2NZ9A 4YW2A 2VW2A 2DUPA 4YGDA 4GZQA 3NV4A 4YGCA 3GVJA 2BATA 2D6KA 1BQPA 4M3CA 4QN6A 2ZHLA 1GBGA 4XMAA 4ATEA 1V6LA 1UZZA 2VW1A 2R16A 4HZYA 3LSEA 4YW3A 4Y22B 2D6NA 3V0BA 1Q56A 5T54A 5HUGA 4B7NA 1RINA 3A0KA 3VUOA 1NSBA 2F0ZA 2ZBJA 1NCAN 3OY8A 4CPLA 3SISA 3KQRA 4JF7A 5IK4A 3T1LA 2E6VA 4YM2A 1MS9A 4HZZA 3TIBA 1F31A 1CVNA 4BLIA 2ZB5A 3U4XA 4FPYA 3AYDA 1NSDA 2JJ6A 2FMDA 1F8EA 2D3RA 1MR5A 1O4ZA 2A3XA 3IPVB 1SBEA 2C9AA 2UWAA 1W8NA 3N7LA 3BIWE 1SLAA 1VLNA 3ZSMA 4B7RA 4BOWA 4FVKA 2CTVA 5HUNA 4PBOA 4BMEA 3BEQA 1NLSA 2VK6A 3M1HA 1KITA 4FPJA 3MEPA 4Y1YA 2F29A 1I1EA 1A3KA 3V0AB 1KQRA 2HYKA 1W1XA 4GXLA 4XYXA 1MVEA 3SNMA 4WVWA 3ALWA 1XOGA 4M00A 3WDYA 1FV2A 1DIMA 3N35A 1ZM1A 3B69A 4GZTA 3C2UA 2W38A 3B00A 1Z4YA 3IN9A 4XJWA 2W39A 4ZKTB 2D6OX 4YG0A 1LCLA 3OYWB 1SLIA 2JE9A 1HQWA 1LHNA 4RL7A 5DG2A 1LGBA 1V6MA 2D6PA 2LALA 3FFZA 2A6YA 4YZ4A 4M3CF 2CNAA 1WD4A 5GZFA 1YXWA 2JE7A 1B9VA 4MYEA 1JYCA 1G9DA 5EXOA 2ZGRA 4X4AA 3V65A 1DYPA 1USRA 2P34A 2P3IA 2HT5A 3GVKA 4XIKA 1NXD1 1YIFA 4Y1VA 1FV3A 2P3KA 1INFA 5F9TA 1NCBN 1Z4XA 2PHXA 3HMYA 1DQ6A 5IK8A 1AXZA 2V5YA 2AEPA 1WW6A 4J9TA 1L7FA 5CAZA 2ZB6A 4GZPA 1DILA 5GZDA 4QN5A 3OBTA 4M3CE 2RKCA 1DIWA 3FLTA 1SO7A 5B2CA 1V3EA 1F8CA 2DU1A 3NSSA 1MS8A 3WZ1A 5KXDA 3ALXA 4Y22A 4FPGA 5DG1A 1MACA 3WDXA 1ULGA 4HZWA 3WUCA 3BODA 4Y24A 2AUYA 1WW4A 2ZGUA 4YM3A 2VW0A 4QN3A 1V0EA 1Z0HA 5GLZA 3AP5A 5E88A 2YA5A 4WEFA 3VKOA 2W52A 2DWRA 3K36A 2OVUA 4MJVA 3M3QA 5T50A 3KM5A 2NP0A 1UMZA 5DZFA 4MWUA 1LU1A 1G86A 4DGRA 3IPVA 4K1JA 2OW4A 1MZ5A 2E7TA 2YA8A 3ZXKA 1QF3A 1LECA 2GMMA 3AZVA 3O9JA 1GANA 3O0XA 1DQ5A 1EURA 3SANA 2EF6A 5GZGA 1W6PB 2JD4A 4Q1RA 5DUVA 6NN9A 1LEMA 5F5QA 1WCQA 4H53A 3V0AA 3BTAA 1V2IA 2G4IA 1S0CA 4D8SA 1Q8SA 3VKLA 1YYNA 2XG3A 4WVVA 2JKBA 4MWLA 2YA6A 5JOZA 4B7MA 1Q8QA 4X49A 4D69A 4K20A 3O0WA 1CIWA 1SBFA 4YLZA 1S0BA 5FREA 3NV3A 2UU8A 5HX0A 1IVCA 4FPFA 2GALA 3OYWA 4FPKA 1S0FA 4Q8LA 2F12A 3CL2A 4LBLA 2W08A 3WVJA 4YFWA 1BXHA 2XB6C 3FUQA 1SNTA 3ZXJA 1OQ1A 1PZ9A 1HLCA 4HIZA 3AP4A 2HTVA 3H71A 4K21A 2AGSA 4U2AA 1EUTA 2RHPA 3AYEA 5GM0A 4YZ1A 1QKQA 1W6NB 1S0DA 1GZCA 4QN7A 4ASMB 3PVNA 4YG6A 5AVAA 2PHTA 1N3PA 1V6OA 3CYEA 1IS4A 1OFSA 1BJIA 4F83A 4X6KA 5H9QA 3WHTA 2DTWA 3B9CA 2EALA 1WW5A 4OZXA 4AWDA 2HU4A 3AZXA 3RRDA 1AX1A 3A4UA 2P2KA 4DQAA 1S0GA 3I8TA 5JDBA 3AZYA 4QNPA 1W20A 7NN9A 1MS0A 3UL2A 1XQNA 2ZGMA 1IKPA 4R9DA 2F24A 2D7FA 3JUUA 1CQ9A 4FPLA 1LOGA 1ULEA 1V6KA 1JUIA 1LHWA 1ULFA 3WHUA 1SLTA 3SITA 4H52A 4BBWA 2ZHNA 1FNYA 1G9FA 1QDOA 4PBPA 4ISQA 4K3YA 1Z4VA 2D6LX 4FVVA 1ULCA 3GNEA 3WG1A 1X50A 3WV6A 2ERFA 5H9PA 5M1ZA 2H0BA 1LGCA 5KXCA 3N7KA 4FP2A 5JOWA 2PHRA 4YW1A 3AXEA 3GVLA 1R1ZA 2GDFA 3AP6A 1SLCA 3UK9A 2VY0A 3MW2A 3INAA 3WCRA 4LBJA 2ZHMA 2B7YA 2VU9A 1AF9A 4M3MA 4MWRA 3AZZA 1F8BA 2YA4A 3ILNA 1LOCA 3HR9A 1UN1A 4FOWA 1FATA 5HCFA 4DFSA 2A3WA 1FX5A 2C4AA 2QWIA 2V73A 1H9PA 2DUQA 1IVFA 4K1KA 3ZPYA 4JRAA 3AJZA 3V64A 4XE9A 1LU2A 2OUJA 1LHUA 2DVBA 2EXJA 3LCPA 5EWSA 1SBDA 1FNZA 1GKBA 1DGLA 4XBLA 3I4IA 4AGRA 4YFZA 2YDTA 2D3SA 4YGEA 1N3OA 4M4VA 4FPCA 4WV8A 3W09A 2YDPA 3RMXA 2EXKA 3CNAA 2BZDA 2CMLA 4KS1A 3N36A 1Z78A 2GNDA 3RSJA 4TYSA 4MWVA 2BQPA 3CL0A 1B9TA 4ZXKA 1MVQA 4WEGA 4PQ9A 4YM0A 1YO8A 3ZXEA 1W6NA 5T52A 4HZXA 1NNAA 3H72A 3WDVA 5CBLA 4MWXA 1CESA 4ATFA 4MC7A 5IUQA 5T55A 1S0JA 1KDMA 4TZDA 1CR7A 4HL0A 1W6OB 2WT2A 3TIAA 1LULA 5CA6A 2D6MA 5JOXA 2EAKA 1UAIA 4AVSA 1D2SA 1ENQA 2EIGA 3AJYA 5E8AA 4XOGA 4Y1UA 4CPYA 4CRQA 4YZ2A 1NMAN 3AP7A 1S1AA 1GZWA 1PZ8A 2DYCA 1N1YA 3RS6A 3ZYRA 2OUHA 4GWMA 3JU4A 1S0EA 4YZ3A 1BKZA 1N1SA 1GICA 1TEIA 2AREA 4YW5A 2W5OA 1GNZA 1HKDA 4H55A 2DV9A 4Y1XA 4FP3A 2JDZA 4P9WA 3ENRA 1ZA4A 3TAYA 2HTYA 1QGLA 4NO4A 3B3QE 1FYUA 3R4SA 1UPSA 1ONAA 2ZGOA 2F10A 4FOVA 2VK7A 1C1FA 1IVGA 3FLRA 1V00A 1LOFC 1HQLA 4GDJA 4WZFA 4FPOB 2QWFA 4FQ4A 4NCSA 4XIOA 2XZKA 2DTYA 4L8QA 5LK5A 1A8DA 1DBNA 2VUAA 2DUOA 4YW4A 1Q8VA 4C1WA 1LEDA 1QOTA 3D5OA 2PHFA 3WOGA 1DQ0A 4B7QA 1A78A 1LTEA 3JU9A 3MW3A 2ZMNA 3K3AA 4NN9A 2XZIA 5JOYA 4MWJA 4XZPA 2WJSA 5JLVA 3HN1A 3USUB 1DQ2A 3N7MA 2R0HA 4UW6A 1Z4ZA 4Q1PA 4AGVA 4CPZA 4FJ6A 3VV1A 2KM2A 2C4LA 1V3DA 3B01A 1G9CA 3VKFC 4HANA 1G8WA 1LOEA 2ZZJA 5T5PA 3TB0A 1GZ9A 5IT6A 1JHNA 4XMIA 2QWKA 2NMOA 2BF6A 2DVDA 1JBCA 4UW4A 3SILA 1NMBN 2NMNA 2VH9A 2YV8A 2UWBA 4XDQA 4XBNA 1L7GA 5HCBA 1MS1A 1LESA 3OY8B 5GALA 5BYNA 2XZJA 4XBQA 3OBRA 2A6XA 2YMZA 1MZ6A 1ENRA 1U0AA 3LSDA 2ZGPA 1UKGA 4GB1A 4XJQA 4Y20B 2GMPA 2WKKA 3W58A 2X9MA 1QOOA 4WA3A 2CWSA 2WSVA 2ZGNA 4GEZA 1AZDA 2ZGTA 4YG3A 1C4RA 1I3HA 3TI5A 1WBLA 3A71A 1LHVA 2DVGA 4P9YA 1N3QA 2F13A 3K39A 1A4GA 3NV1A 1WCSA 2SBAA 4I00A 2A75A 2AEQA 5DUUA 1VIWB 3PJQA 4NC5A 3L2YA 1YRZA 5GLVA 2ZGSA 1QNYA 1V0FA 1JXNA 1RIRA 1Y7BA 4WA5A 3A0NA 1JW6A 2C5DA 5NN9A 1NCDN 4JCKA 3IMNA 1YI7A 5T5JA 4UW3A 4MWQA 2CWMA 5DUWA 2WT1A 1AXYA 3ZSKA 2W5NA 3VKMA 2VK5A 3WLUA 4B7JA 1O4YA 1Q8PA 1IS3A 3WG3A 4JC1A 2ARXA 2AH2A 2XCYA 2VVZA 3K38A 5GLWA 3SALA 1GSLA 4M01A 4P9XA 4XXAA 1LODA 1JN2P 5HUMA 4UW5A 5KXEA 2PHWA 1IS5A 2ZGLA 5JMCA 5HUKA 2ZHKA 1JOJA 1LOFA 4FOQA 1VCJA 4Q26A 1GLHA 1WLDA 5T5OA 4CPOA 3D12A 4MJUA 3WUDA 3O9KA 3Q9OA 1N47A 4AVVA 4KBBA 2DVFA 4IQPA 3M3OA 1QMJA 1LOAA 4AGGA 5CNAA 2CL2A 2QWGA 4GKXA 1USXA 2AENA 4AYUA 3USUA 1NNCA 1V0ZA 3CKZA 3H6JA 4XJ8A 4XJAA 1N1VA 2A3YA 1QOSA 3D6EA 3WDWA 2YY1A 1H9WA 5GLUA 3BOPA 4CPNA 4GZXA 3ZSLA 1KJLA 4Q2FA 1W8OA 4PCRA 5EYYA 2JECA 1Z4WA 4XJUA 5DZEA 3ILRA 4Y1ZA 3R05A 1W6PA 2A70A 4KS4A 3ZSJA 3RMYA 3MW4A 1INVA 1W21A 4WA4A 2GN3A 2F27A 2WSUA 4P14A 2HTQA 4LBOA 1IVEA 4SLIA 2YA7A 2HT7A 3A72A 4Y20A 1WLWA 3SH3A 1CPNA 2YROA 3M3EA 2VSKA 2PHUA 2F11A 1LJ7A 4FOYA 2P37A 1INYA 2R0FA 2EXHA 4MZEA 1F9KA 5H9RA 1SLBA 5T5LA 1AJKA 4BLJA 2QWDA 1SLLA 1UL9A 2NYYA 4XHXA 1AX2A 3AP9A 2UURA 4YZ5A 4CZSA 2I2SA 4BPZA 3UJOA 2GNMA 4MX0A 1W6MB 2EXIA 3GALA 1AVBA 2B8HA 3SLIA 2VWDA 3AZWA 1KRIA 5IK7A 2ES3A 4W65A 1G9AA 1SCSA 4M4NA 3WDUA 2VXRA 4K1YA 1CPMA 4BMBA 5FRAA 4GDIA 3B7EA 4LBQB 1AX0A 4U36A 3W59A 2WLQA 1L7HA 1KDKA 2FHRA 1MWEA 3ZXFA 1F5FA 3ZXLA 2TEPA 4GWNA 4Z8BA 2LTNA 4XJZA 3FUOA 2D44A 1H30A 1CJPA 3N3HA 1ULDA 2A5ZA 1BYHA 1EPWA 5DXDA 2D3PA 3UJQA 2R1BA 3AFKA 4BQ1A 2AYHA 2SILA 2QWJA 1IKQA 3R4UA 3NV2A 2R1DA 3O5SA 4XTMA 5E89A 3D11A 4GKYA 3POYA 2W68A 2R49A 2GNTA 1C1LA 2D43A 2Z42A 4LBMA 4Q6KA 3H73A 1URXA 4C1XA 3M3CA 2HT8A 3OPZA 1Z50A 4AVTA 2E7QA 3M2MA 4PF5A 2ZMKA 4GZWA 4GZSA 3D4KA 5B2DA 2PELA 2GN7A 1W0OA 1DQ1A 2GNBA 2HTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F3IA 1DZTA 3ATGA 4Y5Z0 5FIXA 3RQ0A 1MQTA 3POSA 2VMEA 5JVVA 4G3YC 4OUEA 4EN6B 2YFUA 5CG8A 1FOD1 1FPN2 2W1QA 4TSVA 3E97A 1AJOA 4GNCA 4O5TA 1O59A 1YJLA 2F25A 2IAXA 1INHA 4ZHNA 5C9AB 3VHPA 4CXYA 4XF1A 5KC6A 4KWLA 2VTFA 2P6HA 3T2TA 5SV8A 1W9YA 4AE2A 1I9RA 1UY3A 2YXSA 5FMOS 2C1FA 2ZEYA 4CDQB 3SH4A 1PMJX 2LROA 1O8SA 2VZTA 1V6IA 2QVSB 5C9AC 3TI4A 5BNPB 1NT0A 2VSMA 2FCUA 3AYCA 1J3PA 4P5YA 2P3YA 3AK0A 3KLSA 1OKQA 1WLCA 5A6ZA 1RUOA 1INXA 4XJ9A 1NYWA 1WBFA 2HYXA 1UWWA 1JHJA 2ZMLA 2BU9A 2NPIA 2RS52 3UYJA 1JZ7A 1NN2A 3A9HA 4BQ5A 4Q4X1 1QDCA 1G9BA 1FOD2 4XTPA 2IAOA 1HW5A 2BNNA 3DF0A 3JQWA 3ASIA 3K51A 4NWWA 3OBZA 4TLFA 1E8TA 4IL7A 4BM8A 3OG2A 4UOJA 4IE6A 1YLLA 2WO1A 4IE4A 3P5BL 4Y26A 2WQZC 3ILFA 5KHIA 2GP3A 1LHOA 2XOMA 2VQAA 2QE3A 4QKFA 3AXDA 1UU4A 1E8UA 3LB9A 1W8FA 4X47A 4MWYA 4KS5A 2FQPA 2WT0A 1G7YA 3VBHA 3WG4A 4DEQA 3IKWA 2DBNA 1VAMA 4JDMA 3T4HB 4DS0A 1W6QB 1VAVA 2A6ZA 4R9BA 2XJQA 2ZGKA 1APNA 1W2TA 2RM21 5GLTA 3BUCA 2VZPA 2A6WA 1K5JA 3CIHA 3ZPOA 1FAYA 2WLPA 4LR4A 2WWUA 3WNXA 1BJQA 4AOCA 1XOYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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