2AGSA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2-keto-3-deoxy-d-glycero-d-galacto-2,3-difluoro-nononic acid (2,3-difluoro-kdn)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
MASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPATPPSKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords sialidase
publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 634
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2agsA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2agsA01
1SBDA 4DRVA 4CPLA 1L7FA 1QKQA 2F13A 3ILNA 1V6NA 2F28A 3LCPA 4FPGA 4HZWA 3AP4A 4AWDA 2QWJA 3RSJA 2F26A 4KS3A 6NN9A 3VKFC 3T2TA 2TEPA 4NN9A 2DUQA 3QCWA 1V0ZA 3H73A 1LGNA 3WCRA 3M3QA 3B7EA 4FQ4A 2QWKA 5GLWA 4ZXKA 1WW7A 3B3QE 1JW6A 1MS9A 2FHRA 5T5OA 4YW4A 1DZQA 2H0BA 1H9PA 3L2YA 2ZGTA 2BERA 4HZXA 4RA0A 1YIFA 3LSDA 4ATEA 4NO4A 4XXAA 1XQNA 5DUXA 2UWCA 2ZABA 4LBQB 1W6OB 1IS3A 3W59A 2CTVA 1V2IA 2ZZJA 3BEQA 4FPFA 3AJZA 4CPNA 5GLUA 1SCSA 1L7GA 3WG4A 3GVKA 2D6LX 3ILFA 5T5PA 1VCJA 1N1VA 2R1DA 1Z4XA 1WCQA 3SLIA 1SBFA 4YFZA 4Q8LA 4MWQA 1SBEA 3AXDA 2WNEA 1Z4YA 1VAMA 3INAA 1BQPA 4CRQA 3TAYA 1IVGA 2ZHMA 3GVJA 1WW4A 1USRA 2F11A 3ZXFA 1W6QB 1DYKA 2NMOA 1WW6A 2QWGA 1F8DA 1YRZA 2QWIA 2A70A 1EURA 2XZJA 5T50A 2EXIA 2E7TA 4M3CA 1LOFA 4JC1A 2EAKA 1VIWB 4XBLA 5JOWA 3V64A 5M1ZA 1JHNA 3SH4A 2YA5A 5DUVA 3TI3A 1Z0HA 1LULA 1V0EA 4ATFA 3H72A 3V65A 2SILA 3AZWA 4WVWA 4UW3A 3TIAA 4LBKA 1W1XA 1DQ5A 1HQWA 1XOGA 4IQPA 3FBYA 3T1EA 7NN9A 2W20A 4GZOA 3RQ0A 3H0OA 1Z4ZA 3OY8B 3K37A 1ONAA 2ARXA 1NLSA 1VCUA 1LHVA 1SNTA 4CZSA 2W5NA 3PVEA 2F12A 1JN2P 1H30A 1V6MA 1LOFC 1JXNA 4Y1UA 2ZHKA 4YZ4A 3UK9A 1CR7A 3BTAA 2XCYA 3CNAA 1MS0A 2VWDA 2GNBA 2P34A 1MACA 4SLIA 4RL7A 5CA6A 2A75A 2GALA 2VK6A 3WCSA 1LHWA 2CYFA 4K1KA 1S0DA 2G4IA 1B9TA 4X4AA 1MZ5A 4OZXA 1OFSA 2BATA 1LTEA 3BOPA 3AXEA 3ZSKA 4Y20A 1SFYA 3ZXEA 2A7AA 2VU9A 2ZGKA 3B69A 1X50A 3AZZA 5T5LA 1N3QA 2DTYA 1S0FA 1KDKA 4K1HA 1Y7BA 3IPVB 1ULCA 3TIBA 5HCAA 2QWHA 1V6IA 4Y22A 2ZMNA 2VW2A 2W39A 4QN6A 1N1TA 3WDUA 2XZIA 1EPWA 4PQ9A 4FPEA 4ASMB 5HUMA 3I4IA 3OYWB 3NV3A 3RMXA 5GZGA 1DILA 1EUTA 2EALA 1FATA 1INHA 1SLLA 1CESA 1V6JA 3SNMA 2OVUA 1QF3A 3AP5A 3H71A 4Y1ZA 1QOTA 1VAVA 3K39A 3FUOA 4YG3A 3N7KA 4YLZA 4CPYA 2GMPA 5CBLA 1DHKB 3NWKA 1NMAN 3FLTA 4XJUA 2AEQA 3V0AB 2YZ4A 3V0BA 3D4KA 4FOYA 1LU2A 3GALA 2ZMKA 1W6MB 1G8WA 4R9DA 1IS4A 5HCFA 5DG2A 3AZVA 1A4GA 1WCSA 4XXPA 2YA4A 4BMEA 2A6YA 3R05A 1MR5A 3QLQA 3K36A 1RITA 1AX2A 1S1AA 2HTYA 2SBAA 4D69A 3PJQA 2D6MA 2ZB6A 3WDTA 2I2SA 3WDVA 2YA7A 1UL9A 2GNTA 2CNAA 2WT0A 2CWSA 4Q1RA 1MVEA 3SITA 4I00A 3R4UA 1V0FA 1DYPA 3JU4A 1NN2A 1CN1A 1DQ0A 4CPMA 3DGTA 4YGCA 1IOAA 1FNZA 4WV8A 2ZGLA 2WLQA 2DV9A 1PZ9A 2BZDA 4XILA 1AXKA 4H55A 1V6OA 2DYCA 4B7QA 2NMNA 2DVGA 4YZ1A 2W5OA 2OUJA 4P9XA 3O0XA 1NMCA 1GBGA 1GV9A 3NV4A 4P9YA 3OPZA 4HZVA 2WT1A 3RMYA 1UKGA 1N1SA 1YI7A 4QN7A 4M4VA 3U4XA 2HTUA 3W09A 1INGA 2V73A 2ZGUA 2ES3A 1W6NB 1AX0A 1QNYA 4YW5A 4MWUA 4MJVA 3AYAA 2PHTA 5JYYA 1UN1A 1CPNA 2NN8A 2QWDA 1TEIA 2E7QA 3ZPYA 1NCCN 4WEGA 4K21A 3PMEA 2NP0A 2R49A 3MEPA 4YW3A 3ZSJA 1URXA 4XIKA 2WQZC 3AK0A 1IS5A 4GKXA 4U36A 3M1HA 2X9MA 3FFZA 4HZYA 1HDKA 1WBLA 1BJIA 3K3AA 4UW5A 1GZCA 4BQ1A 3ZXLA 5T54A 2XZKA 4YGBA 2VVZA 4FPKA 3B9CA 3WLUA 4CPOA 2AGSA 4K1IA 4YG0A 2DURA 3WOGA 4L8QA 2YMZA 2UU8A 4YGDA 4XYXA 1YXWA 1GZ9A 3APBA 2R0FA 1DQ1A 2P37A 2CY6A 3NN9A 1UAIA 3O9JA 2E51A 1UX6A 4HANA 4K1JA 4H53A 3JU9A 4I30A 5GZCA 3NV1A 1V6LA 3RS6A 2AREA 3N7LA 3DUIA 4XMAA 2EF6A 3RG0A 1NSCA 4Q2FA 1RIRA 4FP3A 1S0IA 3A71A 2R1BA 4YG6A 1ZA4A 2AH2A 4DQAA 1N1YA 3MPPG 4Q27A 1CJPA 4Q1PA 1VALA 4MJUA 2UWBA 1ULFA 1UZYA 1OQ1A 1GKBA 5DZGA 3VKNA 1QDOA 5GJ6A 2JKBA 2ZA9A 1G9CA 5JLVA 4Y1VA 3BIWE 1Z78A 1ENRA 4ITCA 1W6QA 3IM0A 2KM2A 1SLIA 5F9TA 1UZZA 3O0WA 2RKCA 3PVOA 4WVVA 1IVFA 4UW4A 2AEPA 3IMNA 4LBMA 4BPZA 5GM0A 3T1LA 5JVVA 2CL2A 2CWMA 2GN7A 2ZKNA 2VH9A 2D43A 3IKWA 2D7FA 1VLNA 3ENRA 1A14N 1W21A 4KBBA 4FP2A 1FYUA 4MWWA 3OGGA 1SLBA 5GALA 4AVSA 2OUHA 1OKQA 4K1YA 4WA3A 1NCBN 3I8TA 4WA4A 4FOQA 5HUKA 1LJ7A 2VK7A 4H52A 2YROA 4NC5A 5GLVA 1LGCA 4M3CB 2LALA 3TB0A 3PVNA 2XB6C 4KS1A 1LCLA 4M4UA 1IVCA 1SLCA 2E6VA 4AVVA 1WW5A 4M3CF 4LBOA 4C1WA 5GZFA 2P3IA 1Z4WA 4XJ8A 1D2SA 2C4LA 2D6NA 4LBNA 3M2MA 2F24A 3FUQA 4MZAA 1KQRA 3MW3A 4MYEA 5JDBA 3AP7A 4BOWA 1NMBN 4XBQA 4HIZA 1N47A 3HR9A 3GNEA 1MZ6A 2GN3A 4AVTA 4W65A 2JD4A 2QWFA 2ZGQA 1NCAN 2AYHA 1GANA 2F0ZA 1DQ2A 1F8BA 4YGEA 2ERFA 3LSEA 1LOBA 1V3EA 2ZB5A 3SANA 5IUQA 4PF5A 5FREA 4JCKA 1S0CA 5FRAA 2YY1A 4Q6KA 4TZDA 2ZMLA 3AX4A 4C1XA 2WSUA 4X47A 1LENA 3N35A 2ZGRA 4AGRA 1JUIA 1V3DA 5DXDA 4F83A 1INYA 2AR6A 1NNCA 3M3CA 2FMDA 2F10A 4YW1A 4DPNA 4BM8A 1AVBA 3AZXA 4WZFA 1W20A 1INXA 5CAZA 1BZWA 1LECA 3OJBA 1Q8VA 4X6KA 2WSVA 4PBOA 3OYWA 1LOGA 2GNMA 4FPCA 2YA8A 2NYYA 5HUGA 1IVEA 1UPSA 4FVKA 2C5DA 4B7RA 2DUOA 1FV2A 5B2DA 2D44A 1DIMA 3ALWA 4XJRA 2VSMA 3WDWA 3TICA 1I3HA 4LBLA 1AF9A 1LOCA 1WBFA 3H6JA 4Y26A 1A4QA 4GDJA 2HTWA 2Z42A 3N7JA 3WG2A 5EYXA 4XJWA 4Y22B 3JUUA 2QWCA 2ZAAA 1A78A 3AZYA 2ZHLA 3V0AA 4M4NA 5E8AA 2ZGMA 1BYHA 1DFQA 1FV3A 4FPYA 1IKQA 2W68A 4FQZA 1GYKA 1S0EA 3SH5A 4HZZA 3CKZA 4GDIA 2AENA 2EXKA 2ZGSA 3HMYA 3NSSA 3ZSLA 4Y1YA 1YO8A 2D6OX 3RRDA 5L73A 1C1LA 1W0OA 5HUNA 1LGBA 1F8EA 2OW4A 4P9WA 4AYUA 4FVVA 1LEDA 1Q8PA 5E89A 2HTVA 4YM3A 1WUVA 4FPHA 1F9KA 2DWRA 3V0BB 4CTEA 1LOEA 1MS8A 5H9SA 2A3XA 5GLZA 2DU1A 1DGLA 2AUYA 1EUSA 1G9BA 2QWBA 3K38A 5GZEA 1AXZA 3B00A 3AP6A 4GXLA 1B9SA 3NV2A 1LESA 1WD4A 4FJ6A 2EIGA 3MW4A 2HT7A 3ATGA 1NSDA 3Q9OA 1GICA 1MS1A 3AP9A 2JE7A 2WKKA 4DRRA 1F5FA 2F29A 1L7HA 5EYYA 4XZPA 1BXHA 5GZDA 3N36A 4AGGA 1JOJA 4Q26A 4DFSA 3GVLA 3WZ1A 5HCBA 5H9QA 3M3EA 3O5SA 4FPOB 3CL0A 3VKLA 1W6NA 1FAYA 3ZVXA 3D12A 1CVNA 1GZWA 4JRAA 1Q8SA 3B01A 4KS5A 4MZEA 5JMCA 4QNPA 1GNHA 1BJQA 2A71A 3ZXKA 2F25A 2JE9A 1WLWA 2R0HA 1O4ZA 4XJAA 4GKYA 1AXYA 1QU0A 1C4RA 3O0VA 3ZYRA 1E8TA 3ASIA 4R9BA 3ALXA 3USUB 1QOOA 1W6PB 2PELA 1V00A 1W0PA 5IK8A 3AYDA 1AJOA 2XG3A 1IKPA 1APNA 4B7NA 3SISA 3VKOA 1QMJA 2NM1A 1CQ9A 1FX5A 1WD3A 2P2KA 1KDMA 1J1TA 5NN9A 3POYA 2A6VA 2HT5A 4AGVA 3POSA 4YW2A 2DUPA 4XJ9A 2DVAA 1NNAA 1G9FA 2EXJA 1CPMA 5E88A 4GZQA 1G7YA 3M3OA 2BQPA 2D3SA 1I1EA 4XE9A 4LBQA 1W6OA 5KXBA 1ZM1A 1B09A 2HTRA 3D5OA 3VV1A 1NCDN 4NCSA 4UF7A 1MS4A 3TI4A 4GEZA 2C9AA 4YZ5A 1AX1A 4R9CA 4XJQA 3BODA 2Q5TA 4DS0A 4MWRA 2ZGPA 1LEMA 2A6WA 1XOEA 3ZXJA 1KRIA 3KQRA 1SCRA 2YV8A 3TI6A 1Z4VA 2QWEA 2LTNA 4KS4A 4Q8KA 1KITA 2EXHA 3A72A 3TI8A 1NSBA 2HTQA 4MWJA 5JOZA 2ZBJA 5GLTA 1DQ6A 3R4SA 4Y1XA 4YM0A 2D6KA 1E8VA 4XTPA 2DTWA 2P3JA 3SALA 4DGRA 1W8NA 2YXSA 4UW6A 1RINA 4M01A 1JYCA 4XOGA 1HLCA 3W58A 4BMBA 3HN1A 2A6ZA 1Q56A 2YDPA 2DVDA 5JOXA 1W8OA 2HU4A 4M3MA 4PCRA 1GSLA 2W08A 4TYSA 4M3CE 1KJLA 2A3WA 1QDCA 1JYIA 1A8DA 4K20A 3SH3A 1IVBA 2P3KA 2UURA 1Q8OA 3OY8A 4PBPA 4MWXA 4YZ3A 4B7JA 3UJOA 2WJSA 4FPLA 1HQLA 5T5JA 1GNZA 2GMEA 5DUWA 5DG1A 2A3YA 1D0HA 4HL0A 5EXOA 1INWA 4D8SA 1G9DA 3TI5A 3WDXA 1LODA 2DU0A 1H9WA 2YDTA 2GDFA 3WNXA 2YA6A 3IN9A 2PHFA 2NZ9A 3AJYA 1GLHA 2ZACA 3ILRA 2CMLA 1SO7A 5DZFA 1R1ZA 1U0AA 3AYEA 1SACA 3FLRA 1ENQA 1WLDA 1EUUA 1B9VA 2B7YA 3ZSMA 1CIWA 2V5YA 4YM2A 5IK5A 4QN4A 4GZPA 1QGLA 1N3OA 3WV6A 4BLJA 4GJTA 4GZWA 1LOAA 2PHRA 2C4AA 1ENSA 4FPJA 1V3CA 2PHUA 4B7MA 4XHXA 4MWYA 2ZGNA 1AJKA 2PHXA 2SLIA 3IPVA 4ISQA 4WEFA 4X49A 2SIMA 1Q8QA 3MW2A 3D11A 5SV8A 1S0JA 2GNDA 2R16A 4BLIA 1INFA 2A5ZA 4LBJA 4GALA 4BBWA 4K3YA 4FZHA 2ZGOA 3POWA 1MWEA 5H9RA 4ISRA 4YZ2A 1NNBA 4Y24A 2F27A 4WA5A 1LHOA 4K1ZA 4Y20B 4XBNA 4P14A 1LHUA 4XIOA 4XJZA 2ARBA 4GZTA 5AVAA 3AYCA 2VSKA 5DZEA 5EWSA 4MX0A 2D3PA 1IS6A 4XHBA 1Z50A 5LK5A 4Z8BA 1E8UA 4GA9A 2JDZA 2HU0A 3OBTA 4NOTA 1S0BA 4GZXA 3WUCA 5CB7A 4YM1A 5DUUA 5IK7A 3FLPA 5H9PA 5HX0A 3O9KA 1W6MA 2VW0A 3D6EA 1KJRA 4ZKTB 1V3BA 2DVBA 3T1MA 3VUOA 1HKDA 3A4UA 2BF6A 4YFWA 4CPZA 4FOWA 2D6PA 3INBA 2ZHNA 3C2UA 3WHUA 3A0NA 4GZSA 4GWMA 5T55A 1DQ4A 5B2CA 1IVDA 4M00A 5T52A 1ULEA 1WLCA 2VUAA 1G86A 1DBNA 5KXCA 1F31A 4JF7A 1FNYA 1NXD1 1QNWA 1UMZA 1V6KA 1BKZA 3VKMA 2W38A 4QN5A 4J9TA 3CYEA 5CNAA 2D3RA 3O12A 4KS2A 4QN3A 1USXA 2JJ6A 3WUDA 5KXDA 1SLTA 1C57A 1A3KA 1F8CA 3A0KA 3SILA 1DLLA 4R9AA 2JECA 3WG1A 1MS3A 4MWVA 1QOSA 2WT2A 3N7MA 2VXRA 5F5QA 1C1FA 2ENRA 5BYNA 1PZ7A 5KXEA 3WHTA 3AFKA 2VY0A 2VK5A 4XDQA 3UJQA 2DVFA 4FOVA 1LHNA 2E53A 1YYNA 1G9AA 1INVA 1ULGA 1SLAA 2W52A 1DIWA 2HT8A 5IT6A 1MS5A 2GMMA 3WVJA 5IK4A 1PZ8A 1LU1A 1JBCA 1AZDA 3USUA 3OBRA 3ZYPA 4XTMA 1ULDA 1W6PA 2PHWA 4LBQD 3KM5A 3WDYA 5JOYA 2RHPA 2VW1A 4MWLA 4XMIA 2HYKA 3UL2A 1GZWB 4GWNA 2QWAA 3N3HA 3CL2A 1MVQA 1N3PA 3WG3A 2B8HA 4GB1A 2A6XA 4MC7A 1O4YA 1S0GA 4U2AA 2UWAA 1CONA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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