4FPOB

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-chloro-4-methoxybenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 193
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
B PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
B PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpoB03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpoB01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpoB02
1W6QA 1YIFA 1B09A 3WDYA 4XIOA 1S0GA 3O12A 1W0OA 2ZGTA 2VK7A 5JOYA 3DUIA 1WUVA 1F31A 2E51A 3BODA 2QWIA 5FRAA 5AVAA 2NMOA 4GJTA 2A3WA 1CONA 1MS5A 4QNPA 4C1WA 3UJOA 1DBNA 2D3SA 2D6PA 3B69A 1NNCA 2DVBA 4LBMA 3TAYA 1WBFA 3SH5A 5FREA 1DQ4A 2GN3A 1LENA 2HTWA 2W5NA 1E8VA 5CB7A 3WUDA 2V73A 4AWDA 4KS4A 4XXPA 1MZ5A 4KS1A 3QCWA 2W68A 3PVNA 4DGRA 2YA8A 1N1YA 4GXLA 1MS4A 5BYNA 1MS8A 1DIMA 4HZYA 1Z50A 1NCDN 2R1BA 1Q8OA 2NN8A 3O0VA 4GZOA 3OYWB 3FLTA 5E8AA 3A72A 3FLRA 5E88A 1ENSA 1JN2P 4HANA 5SV8A 1GZ9A 2HTVA 2BATA 3FUQA 1WCQA 4PF5A 3WG3A 5JMCA 3CL2A 2SBAA 3WLUA 5CAZA 5T5PA 4BLJA 3ZXLA 3OJBA 4DQAA 4QN4A 2CWSA 2F26A 1AJOA 2PHFA 4WV8A 1Z4WA 1TEIA 2GNBA 5F9TA 3BIWE 4RA0A 5T5OA 1V0EA 3VUOA 1IKQA 3QLQA 4YZ2A 2ZHKA 1LESA 1APNA 1NXD1 2EF6A 3ZSLA 2SLIA 2GNMA 2YV8A 1LHWA 4AVVA 4MWQA 2R0FA 2R49A 1Z4ZA 4P14A 4GEZA 1WCSA 1F8CA 2XZJA 1BXHA 3IM0A 1BKZA 4ZXKA 2TEPA 5JOXA 1H9PA 2OVUA 1LHNA 5HUKA 2P3KA 2WSVA 1V6JA 3CL0A 1ZA4A 3ILNA 2VW0A 4H55A 2VW1A 2B8HA 1AX2A 2QWAA 1G7YA 3UL2A 2JDZA 2GNDA 3V64A 3OY8B 4OZXA 3A0NA 4YW2A 4Y1VA 2A70A 3GVKA 2D6OX 2ES3A 1SLTA 3LCPA 2JJ6A 2ZACA 1B9TA 3ILRA 1NLSA 4BQ1A 1B9SA 1YXWA 4K3YA 1W6PA 1LTEA 3SISA 1VCJA 4WA3A 4DRRA 3ENRA 3V0BB 1L7FA 1MVQA 2XZIA 2VUAA 2DTYA 1LGCA 5HCBA 4TYSA 3HMYA 3MW2A 2DVGA 4R9AA 3CNAA 4GDJA 3ALXA 2ZGNA 1BQPA 3WDXA 3POYA 1Q8VA 4MWXA 1FV2A 5CBLA 1UX6A 1KRIA 2OUJA 1PZ8A 2ZHNA 3WDVA 4FPHA 4X4AA 2EXIA 1GYKA 1SLLA 3B9CA 2EXKA 1NSCA 3ZXJA 4FOWA 1AXZA 2CL2A 4XXAA 1CJPA 3PVEA 1INYA 4Y20A 1IOAA 3AXDA 2ARBA 3A71A 3TB0A 1S0FA 4LBLA 3NSSA 3INBA 3AYCA 2E7QA 4H53A 1DZQA 1VAMA 5DUUA 1SNTA 3NWKA 7NN9A 2ZBJA 3WHTA 1Z4XA 2HT7A 1A14N 3AK0A 4PBPA 4UW4A 1EURA 2HTQA 6NN9A 3NV1A 2DUQA 1ONAA 4CPOA 2D6KA 4CPNA 4D8SA 3INAA 1BJIA 4HIZA 3NV2A 2Q5TA 3PMEA 4XMIA 4YGDA 4GZSA 4WZFA 4I00A 3B01A 4Y22B 1QU0A 3WCRA 2YXSA 1D2SA 3AYEA 1Z4YA 2EXJA 3BTAA 5T52A 4R9CA 1CPMA 4WA5A 4MZEA 3B00A 4M00A 1IVBA 3N36A 3CKZA 4YW5A 2ZHMA 2BERA 2NMNA 4BLIA 2AGSA 2EIGA 3W59A 3RRDA 2DUPA 1UKGA 1LHOA 1KDMA 1N3PA 4XDQA 1AF9A 3AZZA 1V00A 1F8BA 1SCSA 1OQ1A 1LGBA 4CPLA 1W8OA 1KDKA 4FP2A 5DUXA 2FHRA 2WSUA 1EUTA 4DFSA 5JVVA 1V3EA 3BOPA 3MPPG 5DZFA 3MW3A 4GB1A 3M2MA 1W6QB 2LALA 2VU9A 5T55A 2Z42A 4HZXA 3JU4A 1JXNA 2QWFA 3HN1A 4HL0A 4FPGA 2XZKA 4U2AA 2ERFA 5HUGA 1VIWB 3IN9A 1QF3A 1INGA 1AXKA 1G86A 4YG0A 3AJYA 2F27A 4BMBA 2BZDA 4Q27A 3O9KA 5IK8A 2ZMKA 1F9KA 3I8TA 2DTWA 4Y1XA 2WNEA 2AH2A 1SBDA 4YM1A 4XTMA 3TI6A 1IS6A 2F12A 3VV1A 1CN1A 3IPVA 4D69A 3WDUA 1JHNA 2QWGA 3V0AA 1INWA 1GBGA 4B7JA 4YG3A 4TZDA 2RHPA 4NC5A 1Y7BA 4ISRA 4AGRA 2DURA 4X6KA 1W20A 3JUUA 3SANA 2W38A 4PQ9A 5IK4A 5HX0A 2WLQA 1LOFA 1LU2A 4QN5A 5GZEA 1LECA 5T54A 4Y24A 1KITA 2QWJA 1IS3A 1V6NA 2AR6A 4F83A 2PHWA 3WG2A 4GZPA 1W6MA 1R1ZA 1Z0HA 4Q2FA 4FPOB 3UK9A 5GM0A 3ZXKA 1DILA 4B7QA 2DV9A 2P3IA 3O0XA 4M3CE 1A4GA 1G9AA 2GDFA 5DXDA 2BF6A 4XBNA 2ZAAA 5IK5A 4GDIA 2YZ4A 4XJZA 4B7MA 2DUOA 1XQNA 2F29A 1S0DA 1QMJA 5DG2A 1USXA 1BYHA 4KS3A 2PHUA 1QNWA 2W5OA 3DGTA 4JRAA 2ZMLA 2I2SA 1RITA 1UMZA 4YG6A 2A6ZA 2D6NA 1VLNA 2UU8A 4YZ5A 3PVOA 2NZ9A 3M3EA 4MYEA 1VAVA 4FPEA 2R0HA 2XG3A 5CNAA 4XJUA 1V6MA 3K37A 2X9MA 4FOYA 1LOAA 1LEDA 4ASMB 4MWLA 2ZGKA 4XBQA 3T1MA 4BOWA 1CVNA 2CMLA 2E6VA 4GWMA 3WUCA 1W6PB 4IQPA 3D5OA 1NN2A 3FUOA 1Z4VA 4MC7A 5DZGA 1URXA 2CNAA 3TI5A 4GALA 1HQLA 1V6IA 1PZ9A 1RINA 2W20A 5GLTA 3OBTA 1S0IA 3WDWA 1L7GA 3WG1A 3Q9OA 1INHA 1DGLA 4YZ3A 1IVCA 3AP6A 2UWAA 4XIKA 1DQ2A 4XILA 2C5DA 2W52A 1V3CA 2YA6A 2C4AA 2UURA 4WEGA 1ZM1A 2JD4A 1V6OA 4QN7A 4M3CF 4Q26A 2UWBA 2A75A 3AP5A 2YA5A 3W09A 1H9WA 4FZHA 5GLWA 2EALA 1MS9A 2QWDA 2HU4A 1IKPA 1DQ5A 2C4LA 4YM0A 4Y20B 1V2IA 1W6OA 4DRVA 3ZXEA 3OPZA 1QOOA 3AZXA 2D6LX 1WW7A 2GMPA 1LODA 2ZGUA 4LBJA 3SH3A 1CIWA 5GZCA 1AXYA 4JF7A 1G9CA 1GV9A 4FPKA 1WLDA 3M3OA 1QOTA 4WVWA 4ATEA 1YO8A 3N35A 1LOGA 1WW4A 1SLAA 1E8UA 3RSJA 4ITCA 1MS0A 1GZWA 2ZA9A 3WHUA 3ASIA 1ULCA 1NMBN 4LBQA 2ZGLA 4I30A 3WDTA 1F8EA 5M1ZA 2VXRA 4M4NA 1MR5A 4XYXA 1F8DA 4FVKA 2WJSA 1NNAA 4YGBA 4AGVA 4MWYA 2DU1A 4WA4A 2A3XA 3H72A 3USUA 2GALA 1NMAN 1W21A 5KXBA 1CESA 4KS5A 2ZB6A 2DVAA 2ARXA 3N7MA 1UPSA 3R4SA 5JLVA 1LULA 1C1LA 3M3CA 4FPYA 4GZQA 4H52A 2P3JA 4CPZA 2DVDA 2AREA 2QWKA 2JKBA 4XJAA 4YW4A 1DHKB 4MJUA 2SILA 2HT5A 3WZ1A 1IS4A 2ZB5A 4XJRA 4MZAA 1GANA 2E53A 1O4YA 4GZWA 4R9DA 4K1IA 1MZ6A 1KJLA 4YZ1A 4FJ6A 5JDBA 1INVA 4PBOA 5H9SA 3SNMA 3GNEA 5EWSA 1AX1A 2F24A 4FOVA 1V0FA 2QWBA 4K1JA 1DIWA 2ZGPA 1A78A 1LGNA 3ZPYA 1DYKA 4XOGA 5HCFA 4P9YA 2LTNA 1LOBA 2A3YA 1W6NA 3N3HA 3NV3A 3AZWA 5NN9A 4SLIA 3ZSMA 1YI7A 4RL7A 1ULEA 2ZZJA 2YA4A 3RS6A 3OGGA 1FNYA 1LHUA 2AEPA 1LCLA 1FV3A 1JUIA 4LBOA 1JYCA 2CYFA 3AP7A 3IKWA 1INXA 4W65A 2A7AA 2SIMA 1N47A 1MS3A 4L8QA 2YDPA 5IUQA 3SALA 3IPVB 3V65A 1HKDA 3V0AB 1ENRA 1JBCA 5T5LA 4R9BA 2C9AA 1OKQA 2PHRA 1G8WA 4WEFA 2ZHLA 4P9XA 4BPZA 1DQ0A 1C4RA 1IVDA 2F25A 1EUUA 2WQZC 3K38A 3AP9A 2EAKA 3A4UA 3H71A 4K1YA 3R4UA 1IVGA 1YRZA 4XJ8A 2V5YA 3M3QA 3GALA 4MJVA 2F13A 3GVLA 4DS0A 1HQWA 1INFA 2QWEA 1LOEA 2WKKA 3U4XA 1W6MB 2WT0A 5DZEA 5EXOA 1CR7A 4MWWA 1LU1A 1QNYA 1AZDA 3AFKA 5IK7A 4FPFA 1U0AA 4YFZA 3ZXFA 1GICA 2D6MA 3LSDA 1WW5A 3SH4A 4Z8BA 4Q1RA 1GNHA 2VSMA 4M01A 1WW6A 1XOGA 1FAYA 4XMAA 4HZWA 4U36A 2P2KA 1KJRA 5B2CA 4YGEA 3AXEA 2PHTA 1UN1A 4AVTA 4YW1A 3AP4A 1NNBA 3TI4A 1Q8PA 2GMMA 2VH9A 5KXEA 3O5SA 1SLBA 3ZYPA 2VK6A 2ENRA 1MWEA 5H9QA 3TIBA 2JE9A 2XCYA 2EXHA 1IS5A 2CWMA 1FYUA 4NCSA 2AENA 1SO7A 1LHVA 2F28A 2D44A 3FFZA 5GJ6A 4C1XA 1FATA 4KS2A 5E89A 4Y1YA 3O0WA 4XHXA 4YFWA 4YW3A 4M3MA 3D6EA 5H9PA 1X50A 1N1VA 3UJQA 3ZVXA 4K1ZA 5L73A 1JW6A 4XZPA 1FNZA 2YROA 1MVEA 4GKYA 4M3CA 3WVJA 5B2DA 2WT1A 2D7FA 4LBNA 3VKFC 3D4KA 1WD4A 1CQ9A 2P34A 1ULDA 3T1EA 1QOSA 3KM5A 5DUWA 2JE7A 1HLCA 1DQ1A 1SBEA 1V6LA 1V3DA 1JOJA 1SACA 3H0OA 2NYYA 4WVVA 4AYUA 1PZ7A 3IMNA 2NM1A 1SBFA 1WD3A 3HR9A 1IVFA 3T2TA 2AEQA 4GZXA 4CPYA 3SLIA 2G4IA 2WT2A 1LOFC 2YA7A 1DLLA 1W6OB 5CA6A 5JYYA 4MWVA 3A0KA 1GSLA 4JC1A 4NO4A 1NCAN 1RIRA 1NMCA 4UW3A 2DU0A 4NOTA 3WV6A 3H73A 3JU9A 1G9BA 2DYCA 3KQRA 1HDKA 4Q1PA 1IVEA 2ZGOA 1L7HA 4K1KA 1UL9A 1N3QA 1NSBA 1F5FA 4XE9A 1NSDA 1A8DA 2KM2A 3C2UA 2OW4A 4XHBA 4MX0A 4FOQA 3NV4A 1S1AA 3ATGA 3OYWA 3PJQA 5HUMA 1GZWB 1DFQA 4GKXA 1O4ZA 1VALA 4ISQA 4M4VA 3GVJA 2HTUA 4Y1UA 3M1HA 4LBQB 2HYKA 1Q8QA 3VKOA 4CZSA 3AZVA 5IT6A 1S0BA 4CTEA 5EYYA 4CPMA 3O9JA 2H0BA 3LSEA 3APBA 5DG1A 4FPJA 5EYXA 3NN9A 1AVBA 4GA9A 4LBKA 4ZKTB 4FQZA 3OBRA 2F0ZA 1QDCA 3USUB 1G9DA 5GZGA 3CYEA 2ZABA 1WBLA 4QN6A 3WCSA 1W0PA 3ZSKA 2QWHA 4K1HA 4ATFA 1E8TA 4YZ4A 1N1TA 1SFYA 5GLUA 3POWA 2XB6C 3FLPA 3POSA 1NCBN 4FPCA 3WG4A 2FMDA 2ZMNA 3FBYA 5GZDA 2A71A 2VVZA 2YDTA 2P37A 1LJ7A 2HT8A 1I1EA 4QN3A 5T50A 3OY8A 4YGCA 2AYHA 3SITA 2A6XA 3B7EA 1EUSA 2DVFA 4PCRA 1AJKA 3B3QE 3N7LA 2R16A 2VK5A 1UZZA 1H30A 1LOCA 3ZYRA 1UAIA 3L2YA 1BZWA 5KXDA 1VCUA 1ENQA 3ILFA 2ZGQA 1GKBA 1CPNA 1QDOA 1C1FA 4MWJA 1FX5A 2HTRA 1W6NB 2E7TA 3RMXA 3V0BA 3N7JA 4XBLA 4K21A 5GALA 4MWRA 2HU0A 2JECA 3MW4A 1WLWA 3K36A 2A6YA 2R1DA 1EPWA 1SLIA 2PELA 4XJ9A 1I3HA 4FPLA 1UZYA 4M4UA 1DYPA 2B7YA 3W58A 2VW2A 2NP0A 1DQ6A 3H6JA 2QWCA 1W8NA 1SLCA 5DUVA 3TICA 2W08A 4FVVA 4AVSA 4FP3A 4GZTA 4BM8A 2F10A 3I4IA 5GLZA 2RKCA 4J9TA 4B7NA 1GZCA 2VY0A 4HZVA 1Q56A 4GWNA 4Q6KA 1WLCA 1S0EA 1KQRA 4NN9A 3TIAA 3AJZA 3RG0A 4BMEA 2YY1A 1C57A 5GZFA 4FQ4A 3AX4A 2ZGSA 2UWCA 1V6KA 3D11A 1N3OA 2ZGMA 5HCAA 1QGLA 4P9WA 3VKMA 2D43A 3TI3A 2CTVA 1ULFA 2ZGRA 4JCKA 1NCCN 2D3PA 4DPNA 5KXCA 1S0JA 4HZZA 5HUNA 4XJWA 3MEPA 1LEMA 2W39A 4YM3A 1Q8SA 2AUYA 3D12A 1MACA 1XOEA 1BJQA 5JOWA 4MWUA 4Q8KA 4Q8LA 2YMZA 5GLVA 5T5JA 2OUHA 4Y1ZA 1QKQA 2CY6A 2BQPA 3TI8A 4LBQD 1A4QA 3VKLA 1SCRA 5H9RA 1S0CA 1V3BA 3N7KA 1OFSA 4Y22A 1N1SA 2HTYA 1YYNA 3R05A 1JYIA 2F11A 4XJQA 2ZKNA 4YM2A 2GMEA 4XTPA 3BEQA 4X49A 4UF7A 1G9FA 5F5QA 1ULGA 1GNZA 2A5ZA 4YLZA 4B7RA 4Y26A 1V0ZA 1GLHA 3WOGA 2A6VA 3ALWA 1AX0A 4BBWA 2D3RA 1A3KA 3T1LA 3SILA 4CRQA 1D0HA 3RQ0A 1USRA 2PHXA 3RMYA 3AYAA 4KBBA 3K39A 1W1XA 2GNTA 4UW5A 2VWDA 3AYDA 2DWRA 4AGGA 4K20A 3K3AA 2GN7A 4UW6A 1MS1A 1J1TA 3AZYA 5JOZA 1Z78A 5LK5A 4X47A 3VKNA 3ZSJA 2A6WA 1B9VA 2VSKA 3WNXA 4M3CB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V1SA 4CXYA 5FUIA 1W6QA 1YIFA 1B09A 1PO12 4XIOA 1S0GA 4ONUA 4QGLA 2RS13 3WDYA 4A6OA 3O12A 5CZKA 2BVVA 4BJ0A 5CISA 1W0OA 2D40A 2VK7A 2ZGTA 2OYZA 1RYYA 5JOYA 1WLTA 1KS4A 2QQLA 2Z69A 4E2QA 3RZHA 4ZLRA 3DUIA 4IEVA 1WUVA 1F31A 1NYWA 1XSQA 2WNUA 1POQA 2E51A 3BODA 4KWUA 4J25A 4PT6A 1BK1A 1MZFA 2QQWA 2QWIA 5FRAA 5FMOL 5AVAA 1Q5OA 4QXBA 3J4UH 4PLNA 5J96B 5A3UA 2NMOA 1TG7A 2A3WA 4GJTA 1CONA 3PJYA 3N9OA 1CZVA 4DXTA 1MS5A 3VHRA 2WZEA 4AQTA 1UW8A 2G1MA 2PA7A 2WR9A 3W21A 4C1WA 2GVXA 4QNPA 3UJOA 3SOQA 1DBNA 2HEVF 1RTVA 2MEV2 3CU7A 2D3SA 1PJXA 4JZRA 4YVWC 5A32A 2D6PA 5C9AA 5FPZA 2VPVA 4QPGB 4CP9B 1OOPB 4RD7A 3B69A 1NNCA 2BJSA 4MGSA 2DVBA 4ZU5A 1OPMA 1XE8A 4LBMA 3TAYA 3X29B 3UNPA 4H3WA 4UFIA 1VBE3 5ABJB 4UYBA 1JYNA 3ZFGB 2IVZA 1WBFA 3SH5A 1QY4A 2DSOA 5EO8A 2XWBB 5FREA 4EQVA 1H8TC 1DQ4A 3AKSA 2GN3A 1LENA 2HTWA 2W5NA 4JGZB 5LBEA 1E8VA 5FMCA 5CB7A 4C8DA 3WUDA 2V73A 4NHLA 4AWDA 4QB2A 3LPGA 4C91A 2V5DA 4GWJA 1R1A3 4IEOA 1SHWB 4PJYA 5FP3A 3HVDA 1K3IA 5FO8B 1HB2A 4KS4A 4XXPA 4RYDA 1YFUA 1XNAA 4AEMA 3O4PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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