1W0PA

Vibrio cholerae sialidase with alpha-2,6-sialyllactose
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase.
pubmed doi rcsb
total genus 192
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0pA02
4Y20B 5IK4A 1W6QA 1WUVA 3O0XA 1QKQA 4L8QA 3CYEA 4M3MA 3OBRA 3TB0A 3NV3A 1V00A 3I8TA 1C4RA 5T5OA 3APBA 1IVCA 4XJ8A 4WEFA 4B7MA 3ZSKA 3AYEA 4XMAA 2XZJA 5GZDA 3K38A 1W8NA 2CMLA 2BZDA 1Q8QA 3T1MA 3IMNA 1V3EA 1INWA 4Q26A 1AZDA 4U2AA 1LHNA 1KQRA 1MS5A 3W59A 5DXDA 3M3QA 4X49A 4FJ6A 2VUAA 3RS6A 4GZQA 2AYHA 1JYIA 1NCBN 1W1XA 3PVNA 4R9AA 4XJZA 2JD4A 2QWAA 4XXAA 4FPEA 1DQ0A 5DZGA 1LGNA 2YY1A 2BQPA 5GM0A 2PHTA 1QNYA 4Q27A 2W52A 4K1ZA 2AEPA 4FZHA 4FQ4A 4XJ9A 2DVFA 4YM2A 1DQ5A 1IVFA 4ZKTB 1Z0HA 1N3PA 1SLIA 4C1XA 1N3QA 4H55A 1NXD1 1GLHA 3N7LA 5T55A 3BODA 3VV1A 2VVZA 3RG0A 1DFQA 4YFWA 4NN9A 1NNAA 2JE9A 4HZZA 1NMBN 1S0JA 1AJOA 4D69A 1QMJA 1DZQA 2F0ZA 3GALA 2QWFA 1S0EA 2ZKNA 2H0BA 3V65A 2HU4A 5JOWA 4J9TA 3RRDA 3ZSLA 1BJQA 1OKQA 2NMOA 2YA5A 3SNMA 3FLTA 5L73A 3LSDA 4X47A 1VIWB 2QWEA 1LHVA 3D11A 2D6PA 3VKLA 4WVWA 3AP7A 2X9MA 5F9TA 1V6JA 2F25A 2PHUA 1X50A 1KITA 3V0BB 1APNA 1IVDA 3WHTA 4QN7A 1WLCA 4AYUA 4FPKA 1V6LA 4GWMA 1JXNA 4Y1YA 3M3CA 4M3CF 2VWDA 2YA7A 2UWCA 1UMZA 1SO7A 1G7YA 2HU0A 1Q8SA 1ULCA 3PVOA 2HTVA 3AP9A 3IKWA 2ENRA 4FOWA 1DYPA 3WV6A 2YMZA 2F26A 1IS5A 4XTPA 5H9PA 3WZ1A 2F29A 5KXDA 4DGRA 4QNPA 3VKNA 4Y20A 1D0HA 1GNZA 1V6OA 4YFZA 4FP3A 1DQ6A 1BXHA 2ZGTA 1GYKA 2CL2A 1IKPA 4MWQA 5HUMA 3FUQA 3B3QE 4K1JA 1JOJA 3VUOA 4ISRA 5T52A 4FPJA 2A3WA 3VKOA 4B7RA 1LENA 2HTRA 1U0AA 4MJUA 2DU0A 3B01A 1MZ5A 5DG1A 4HZVA 3N36A 1NNCA 1WCSA 3BEQA 2CWSA 2VW1A 4Y26A 1G8WA 4CRQA 4Q1PA 3ALXA 4LBJA 1SBDA 1WCQA 5CBLA 2ARBA 4HL0A 4XIKA 5GLTA 3TIAA 5KXBA 1B09A 2ZMNA 3OBTA 1DHKB 2E6VA 3JUUA 1Q8OA 4Y1UA 2QWHA 3SILA 1JHNA 3RMXA 1GZWB 5T50A 2OVUA 3UL2A 2NN8A 4MWUA 5T54A 1SCSA 4DRVA 4MJVA 3FLPA 1IKQA 1ENSA 2DVAA 3BOPA 4QN4A 5T5JA 4FPLA 1VALA 2A6ZA 4K21A 1MACA 2UURA 1USXA 4K1HA 1L7FA 5GZEA 1IS3A 4H52A 3K37A 4JCKA 4MWRA 3K36A 2ZHLA 5JOYA 2D6MA 2QWGA 3WG1A 3D5OA 4GB1A 1ENRA 1Z4ZA 1AX2A 1UL9A 4YM3A 2GNDA 2SLIA 3ZSMA 1A78A 2SILA 1UKGA 1E8UA 3AXEA 1UZZA 2V73A 3M1HA 4HZWA 1LTEA 3PJQA 5KXEA 1W0PA 3SANA 3OJBA 3A4UA 4P14A 3AXDA 3HN1A 1JYCA 3N7MA 2BATA 4K1IA 2D6LX 2QWIA 3RQ0A 2C9AA 4UW6A 4CPNA 1ULDA 1ONAA 1Z4XA 4KS3A 4Q8KA 5DG2A 5DUXA 3NSSA 1E8TA 2VK7A 1MVEA 5AVAA 1W0OA 1SCRA 2XG3A 4FPYA 1BKZA 4WA4A 2NP0A 1H30A 2DVGA 1MS1A 5IT6A 3I4IA 1WW7A 1SFYA 1UX6A 3N7JA 1V6KA 3ZXFA 5JOZA 2YA8A 3V0BA 1B9VA 1DGLA 4NO4A 2R16A 3N7KA 3AK0A 1JBCA 1CPMA 5GLVA 1G9AA 3SITA 1CQ9A 3AJYA 2F27A 4M4NA 4GKYA 4GZTA 4MX0A 2E53A 2D3PA 1JUIA 2JJ6A 3ILNA 2W39A 5T5PA 2OUJA 2WT2A 5JLVA 2D7FA 1INXA 4M00A 3JU9A 4GZPA 5F5QA 1LHOA 1WD4A 3GVJA 3TIBA 1ZM1A 1V6NA 1NCCN 1Q8PA 3OGGA 1W6OB 1W6MB 4DS0A 1IVEA 1INVA 5IK7A 1AX1A 1MWEA 3WDYA 4NOTA 2DTYA 2XZKA 3KQRA 4XIOA 3GVLA 1CN1A 1YO8A 2XB6C 1G9BA 4UF7A 4LBQD 5B2CA 4Q2FA 4MWJA 5NN9A 2ZGRA 1Y7BA 5CAZA 1GKBA 1S0IA 3INBA 2AGSA 1EUTA 3ATGA 2YXSA 3FUOA 3POWA 2P2KA 5H9SA 3WUDA 1LGBA 2GMPA 2ZAAA 5GLWA 3WDVA 1N1TA 2G4IA 4UW4A 1UAIA 3ZSJA 1LOAA 2ZHNA 5CNAA 1XQNA 4GDIA 4XXPA 5E88A 2I2SA 1LOCA 2HT8A 2VW0A 3NV4A 2HT5A 4ASMB 1GBGA 1GZ9A 4XYXA 2ZB5A 1CONA 1AXYA 2EF6A 4ATEA 2DUOA 3IN9A 2D43A 4YGCA 1FYUA 1FNYA 1MS3A 1Z4WA 2HTYA 3WHUA 3CL2A 3Q9OA 1MS8A 4Y1XA 4YZ3A 1QDOA 1V6MA 4K1YA 1GZWA 4FOYA 3AP5A 3AYCA 1JW6A 3SH4A 1LOBA 1N1SA 3SH5A 3CKZA 3POSA 1Z4YA 2EAKA 4CPZA 3PVEA 4IQPA 2YA6A 3UK9A 3ILRA 4TZDA 2AREA 1BQPA 2PHXA 1SLCA 4PQ9A 1NNBA 4XBNA 3N3HA 1CPNA 2E7TA 3AP4A 1VCJA 3MW2A 3O12A 2XZIA 2GNTA 4FOQA 3R05A 3O0VA 3WOGA 1RINA 1YIFA 1V0EA 1S0FA 1WD3A 1YYNA 1DLLA 4YW4A 3O5SA 4AGRA 1O4YA 5DUWA 2W38A 1A8DA 1CESA 5LK5A 6NN9A 1FAYA 4X4AA 2ZHKA 2VXRA 1GANA 1OQ1A 3AJZA 4FOVA 1DILA 3O9KA 1LOGA 2A6WA 2VK6A 1NSDA 1N47A 4JRAA 3A0KA 1GNHA 4GWNA 2WQZC 3W58A 2JE7A 3PMEA 5E89A 2R0FA 1INGA 2P37A 1HDKA 2D44A 3B00A 3CNAA 2WT0A 4HANA 3A71A 2E7QA 5HX0A 4GJTA 3BTAA 4KS4A 2DUPA 4YM1A 1LHUA 5GZFA 2BERA 1YXWA 4FPGA 1FV2A 2VSKA 2HT7A 3R4SA 4KS2A 4M4UA 1FV3A 1L7HA 3JU4A 4GDJA 1GICA 3L2YA 4WV8A 1UPSA 1W6PB 1MR5A 4KBBA 3O9JA 4M3CB 4I30A 1DYKA 4KS5A 1V3BA 1W6OA 4PF5A 1W6MA 1NMCA 3H6JA 2QWBA 1F8CA 2ZABA 1IVGA 1WLWA 2WJSA 3POYA 3WCRA 5JOXA 1V2IA 1LOFA 3ZPYA 2LALA 4CPYA 1YRZA 4YLZA 3NWKA 2CNAA 2GN7A 4DQAA 3V0AB 1KJLA 4QN3A 3IM0A 1F8BA 2W68A 1GSLA 4R9DA 4WVVA 4XHXA 4NCSA 2R1DA 1SNTA 4WA3A 4BLIA 4DFSA 5KXCA 5B2DA 3AZXA 1LEDA 4B7JA 4GZOA 3GNEA 3A72A 3WVJA 4W65A 2WSVA 3H73A 3M3EA 2OUHA 4P9YA 1QOTA 5DZEA 2ES3A 3QLQA 2Z42A 4XJAA 2QWDA 4XBQA 4YZ1A 1SACA 1INYA 2SBAA 4GZXA 4HIZA 4YGBA 4B7QA 4R9CA 1LHWA 2GNMA 1PZ9A 2AENA 4YG6A 1V6IA 1QGLA 2DVBA 5E8AA 3AZYA 4MZAA 1WBLA 2QWJA 4BPZA 4PCRA 5M1ZA 1H9WA 1VLNA 4CPOA 2A70A 4YG3A 1F9KA 3SH3A 3AZVA 3WDXA 2QWCA 2JECA 2A6XA 1WW4A 4XE9A 4M01A 1WW6A 4XBLA 1J1TA 5HCAA 1BYHA 2DTWA 3NV2A 4LBMA 3MW3A 2EXIA 3ZXLA 3ASIA 1BJIA 5FRAA 2PHFA 4D8SA 2F12A 3LCPA 4LBKA 1CR7A 4K3YA 1D2SA 5EWSA 2F11A 4MWVA 3A0NA 2EIGA 3TI3A 3INAA 4K1KA 2D6NA 1HLCA 3B69A 4LBQB 5IK8A 5EYXA 4GEZA 1LOFC 2A3XA 1KRIA 3TI4A 2D3SA 1HQWA 3VKFC 1PZ7A 3T2TA 3ZXKA 4Y24A 5DZFA 3WG4A 2DYCA 1E8VA 1DQ2A 1A3KA 4QN6A 3H0OA 2B7YA 2JDZA 2ZACA 5JMCA 1RITA 5DUUA 2VY0A 1WLDA 3DUIA 3KM5A 3CL0A 1V0ZA 3O0WA 4P9XA 2C5DA 3SISA 3T1EA 4GZWA 2HYKA 1EURA 4UW5A 7NN9A 5BYNA 4CPLA 2HTWA 2WLQA 3AYAA 2W08A 1EPWA 2CWMA 5JDBA 3ALWA 2YDPA 1W6PA 3WG3A 1S0GA 3WNXA 3OY8B 5HCFA 2R1BA 4I00A 4M3CA 1TEIA 1Q56A 4X6KA 4CPMA 4ITCA 2R0HA 1NMAN 4XJWA 4Y1ZA 4GALA 4OZXA 2ZGKA 2ZGPA 1FX5A 2P3KA 1W20A 3ZXEA 4JC1A 3WG2A 4C1WA 1A14N 1QNWA 3K3AA 1INHA 3V64A 4FVKA 4JF7A 2FMDA 4GKXA 1YI7A 1XOEA 5IUQA 2UWBA 3V0AA 5EYYA 3H72A 1LODA 1O4ZA 2A3YA 1LU2A 4AWDA 1SLAA 4FPOB 4BM8A 4ISQA 2Q5TA 2CTVA 2NYYA 4MZEA 2YZ4A 4AVTA 3FBYA 5DUVA 3N35A 3AP6A 2NZ9A 1B9SA 2GALA 2NM1A 3C2UA 4BBWA 1EUSA 3AZZA 1AVBA 1Z50A 3SLIA 2W5NA 2D3RA 1L7GA 2ZB6A 4MWLA 1W6NB 3R4UA 1Z4VA 3WDTA 2F28A 4RA0A 2A6VA 4Q8LA 1Q8VA 2WNEA 4BMEA 2AEQA 2VK5A 1DIMA 2DWRA 3WCSA 3UJQA 1WW5A 1C1FA 1I3HA 3MW4A 2RKCA 4MC7A 5GZCA 2DV9A 1QOSA 1SBFA 2YROA 3OYWB 1LECA 3ZYRA 2JKBA 1LEMA 4HZYA 4XJUA 1F31A 4XZPA 1Z78A 5H9QA 4LBLA 2GMEA 2PHRA 2D6KA 1S0BA 3UJOA 2GDFA 3FLRA 4XDQA 4Q6KA 2SIMA 4TYSA 4UW3A 1UN1A 2FHRA 1MVQA 5HCBA 3AZWA 3IPVB 1F8DA 1S0DA 2AR6A 5JYYA 1A4GA 1QU0A 2DUQA 3USUB 2VSMA 1QDCA 3D12A 4B7NA 1S0CA 4CZSA 1ZA4A 3RSJA 3MPPG 2VW2A 4LBQA 2HTUA 2P3JA 1LOEA 3TAYA 4YW5A 3ZVXA 1JN2P 2ZZJA 1PZ8A 4GXLA 2A6YA 1NLSA 5CA6A 4PBPA 2F13A 2W20A 2WT1A 4SLIA 2QWKA 2DURA 1ULFA 5IK5A 5GLUA 1SBEA 2HTQA 4XJQA 3K39A 2WKKA 1F5FA 5GALA 2A5ZA 2D6OX 1G9DA 2E51A 1DQ4A 5H9RA 4FPHA 2ZGMA 1GV9A 1QOOA 1LGCA 3D6EA 1URXA 2KM2A 4ATFA 2ZGNA 2UU8A 4Z8BA 3OY8A 1SLBA 4BQ1A 2VH9A 1IS4A 1AX0A 1AXZA 1SLLA 3BIWE 2GMMA 1MS4A 4K20A 4M3CE 4KS1A 1NN2A 1AJKA 4XMIA 3B7EA 4FQZA 3VKMA 2WSUA 4P9WA 2ZGSA 1N1YA 4HZXA 3NN9A 2CY6A 2RHPA 4YW3A 4Y1VA 2ZGQA 4Y22B 2AH2A 1R1ZA 2PELA 2OW4A 1OFSA 4H53A 3DGTA 4YZ5A 4M4VA 5SV8A 2BF6A 2ARXA 4XTMA 3OPZA 1LU1A 2CYFA 2F24A 1NCAN 1ULEA 4AVSA 2LTNA 4LBNA 1N3OA 1W6QB 5JVVA 4YGDA 2C4AA 4LBOA 2A75A 4GZSA 4MWYA 3LSEA 1RIRA 5CB7A 4R9BA 1W6NA 2ZGOA 4XILA 1G9CA 4FVVA 3TI8A 2GN3A 4YGEA 1MZ6A 2EXJA 4YZ2A 2YV8A 5FREA 2A7AA 1UZYA 2C4LA 3ZYPA 1IOAA 3SALA 4AGVA 1FATA 4XJRA 2EXHA 1MS9A 2YDTA 1AXKA 3TICA 1VAVA 3OYWA 2R49A 4U36A 4FPCA 3ENRA 2ZGLA 1A4QA 4AVVA 2ZA9A 1VCUA 5HUKA 1KJRA 1ULGA 2ZMKA 1INFA 1W21A 1VAMA 2EALA 1KDKA 4BOWA 4XHBA 5GJ6A 1G86A 2P34A 2A71A 1MS0A 1S1AA 4QN5A 3MEPA 3IPVA 4BLJA 1GZCA 4RL7A 4AGGA 1IVBA 4WZFA 3USUA 3WDUA 3WLUA 1KDMA 4BMBA 4YG0A 2ZHMA 1NSBA 4CTEA 1USRA 3AX4A 4XOGA 3AFKA 3W09A 1EUUA 3TI6A 4F83A 1W8OA 4WEGA 5GZGA 4DPNA 2XCYA 2DVDA 2PHWA 1QF3A 2ERFA 1IS6A 3HR9A 2ZGUA 4YM0A 1FNZA 2W5OA 3WDWA 1HQLA 3H71A 4DRRA 2UWAA 3GVKA 3NV1A 1XOGA 2NMNA 1DBNA 1BZWA 3U4XA 1LESA 4MYEA 1WBFA 2AUYA 2GNBA 4GA9A 1LCLA 2ZMLA 3HMYA 2TEPA 3M2MA 4YZ4A 4MWXA 2VU9A 2F10A 3B9CA 3ILFA 1LJ7A 1DIWA 1AF9A 2EXKA 3T1LA 4YW1A 1CIWA 5GLZA 4ZXKA 4MWWA 1DQ1A 1NSCA 4YW2A 4WA5A 4FP2A 1V0FA 1I1EA 1B9TA 5HUNA 4Q1RA 1CJPA 1NCDN 1HKDA 1F8EA 3RMYA 3AYDA 2ZBJA 2DU1A 3D4KA 1H9PA 1LULA 3FFZA 5EXOA 5HUGA 4NC5A 2YA4A 5T5LA 3TI5A 1SLTA 4Y22A 1V3CA 2B8HA 1ENQA 1N1VA 3ZXJA 1V3DA 1CVNA 3QCWA 3M3OA 4FPFA 3WUCA 2V5YA 1G9FA 4PBOA 2P3IA 1C1LA 1C57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RYDA 4LA3A 3T2OA 4Y20B 1C3HA 4LUMA 1IQDC 5IK4A 5FY4A 1W6QA 4O9EA 1TQ5A 3OSDA 4K6BA 4C0HA 5B4NA 3S8VA 2WYSA 1UYZA 1WUVA 3O0XA 1QKQA 4L8QA 2VOWA 3CYEA 4UOJA 1K42A 3K3NA 4M3MA 5EX7A 3MGUA 1VAKA 3OBRA 1JODA 1SPPA 1WKYA 2R061 2F4PA 3POIA 4XUPA 3TB0A 5A7OA 3NV3A 3U78A 5JSRA 3P6BA 1V00A 3I8TA 4QU2A 1C4RA 4A3XA 5T5OA 3APBA 2FMYA 4AK3A 2IARA 1IVCA 5C8WA 4XJ8A 2WAOA 5FO8B 4WEFA 4B7MA 3MBWA 4HN1A 3K3OA 4LO5B 5F5AA 3ZSKA 3VD9A 2VCCA 3ZFEA 1J83A 4LQRA 2WLPA 2YBSA 3OPTA 5FZBA 2JICA 3AYEA 5DAXA 2Q8CA 1YI9A 3OGSA 4XMAA 1B35C 4QB6A 4BU2A 4XACA 2XZJA 5GZDA 3P5BL 1W8NA 1SEFA 2WN2A 3K38A 2CMLA 2BZDA 4A45A 3KT4A 5FZLA 1Q8QA 3IDAA 3Q8BA 2XKOA 2F4LA 3T1MA 5FYMA 2NLRA 3Q8AA 3IMNA 4AFDA 2QQLA 2GVWA 3T4HB 1V3EA 4IQKA 2X05A 1VBD3 2HBUA 2W9XA 1INWA 4Q26A 1AZDA 1VBA1 4BXFA 4P9JA 3MI8A 4U2AA 1UU5A 1HB2A 1ZZBA 2D40A 3VBOA 1LHNA 1PK6C 1ZVFA 2WIIB 4LK6A 1ACCA 3DV8A 2X5IB 1KQRA 2GZWA 3LEGA 1MS5A 5LATA 3W59A 2ZS6B 3M3QA 5DXDA 2WZPP 3TNPB 5F1RA 4X49A 2QQVA 3LA3A 2HEYF 2VUAA 5JSPA 3FN9A 4Q4V2 3J9SA 3RS6A 4FJ6A 2AYHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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