4FPLA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3,4-dichlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 198
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fplA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fplA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fplA02
2EF6A 2NN8A 1F8EA 4HANA 3NV2A 3V0AB 2GNDA 2ZHNA 4GA9A 4Y1ZA 2YDTA 1JBCA 3AK0A 3T2TA 3O9KA 1NLSA 3QLQA 4XBLA 4FPJA 2AR6A 3WUCA 4ASMB 4WA4A 3VKOA 4XHBA 4SLIA 3FBYA 3ZXKA 4BPZA 5FREA 3SISA 1HDKA 1LOCA 1G9BA 4HIZA 4XJZA 1UX6A 2JDZA 2ZACA 3OJBA 1SCSA 3SALA 2ZBJA 4XMAA 4GWNA 2PELA 4XZPA 4TYSA 3A0KA 3DGTA 4FVKA 2VUAA 3TI6A 2P2KA 4UF7A 3H0OA 4LBQD 1UPSA 4OZXA 3CKZA 1QGLA 1QNWA 4K20A 1WBLA 3D11A 5GLWA 1QU0A 2DWRA 3AJZA 4FPKA 4DQAA 2V5YA 4FOWA 4GZTA 4KS2A 1V6JA 2ZAAA 5T54A 3CL0A 1MS1A 2D6MA 3WV6A 2YDPA 3AFKA 2NM1A 1SLTA 1LCLA 1GNHA 1AX2A 3ENRA 4FPFA 3MPPG 2SBAA 2F26A 1CJPA 1UN1A 3M3CA 3NWKA 4YW5A 1H9PA 2ARBA 4CTEA 6NN9A 3INAA 3VUOA 3VKMA 4LBJA 1S0FA 2A6WA 3N7MA 2WSUA 2ZGQA 3AXDA 1Q8VA 3B00A 1V0FA 2HYKA 1W6MB 4FP2A 5F5QA 3AP7A 3T1EA 1I3HA 2DVFA 2XB6C 4XBQA 1LU1A 1Z4XA 2YA7A 4PBPA 1L7GA 1GZ9A 5LK5A 4Q8KA 4YLZA 2W52A 4B7RA 1RIRA 1UZZA 2ZGLA 2QWEA 4LBMA 2A3WA 1S0CA 3VKFC 3V64A 5E88A 2OUHA 2DU1A 2Q5TA 1INVA 2UWBA 4K1HA 1LHOA 4KS5A 1AJOA 2GNMA 2DUOA 2F10A 2FHRA 1V6NA 3WZ1A 2F28A 1W0OA 3UJQA 1XOEA 2D6NA 1AX0A 1GV9A 1LHWA 4K1IA 3USUA 4X4AA 1FNZA 4MWXA 2XZKA 2YA4A 3L2YA 3WDYA 1YIFA 2HTVA 4XTPA 3I4IA 2W38A 2OW4A 4KS4A 4GDJA 1DQ2A 3POSA 1SNTA 1DLLA 2VWDA 5T55A 2VSMA 2QWKA 2GMPA 3H6JA 2BERA 5KXBA 4K3YA 3GVLA 1IS6A 4CPMA 2A5ZA 1NSCA 3IPVA 4LBQB 4UW3A 2W08A 1IKQA 5GZEA 2HTUA 7NN9A 5GM0A 3RSJA 4QN5A 4XXPA 3ILRA 4WEFA 1J1TA 1W20A 4XTMA 2HTWA 1INWA 1AVBA 5CBLA 1QDOA 4DRVA 5L73A 2HT5A 3W09A 4KS3A 2AYHA 1MACA 4MZAA 2P3KA 2PHUA 4DPNA 1V2IA 4DFSA 3RMXA 5T50A 1W6PA 2P34A 3V65A 2QWCA 2E6VA 5HCFA 2C4AA 1KQRA 1N3QA 4BMEA 4DS0A 3R05A 1N1VA 1AJKA 2ZZJA 4F83A 1NSDA 1ZM1A 4XE9A 1LENA 3VKNA 1KRIA 2ES3A 4Q26A 1IS5A 4YM2A 4K1YA 1B9TA 1G9FA 1F8BA 1INXA 2EAKA 2HT7A 2ENRA 4Q1RA 2AEQA 3PJQA 2PHFA 3B9CA 2VK5A 3Q9OA 4UW5A 2DUPA 1RITA 4HZWA 3FUOA 1LHUA 2W5NA 5SV8A 4MWLA 2NMOA 3M3EA 1G86A 1DBNA 4HL0A 2EIGA 1CN1A 3VKLA 4K1KA 3GVJA 2YY1A 4YGCA 3FLRA 2D6KA 1UZYA 1NNAA 1LHVA 1VAVA 4GALA 4GDIA 3V0BB 2JE9A 5B2CA 3CL2A 2DVAA 1LULA 2QWFA 4X47A 2PHRA 3W58A 4U2AA 1PZ9A 4CPYA 3SILA 3AP4A 4H52A 1FV3A 2CWMA 1QOOA 2RKCA 1JN2P 1PZ8A 1LOEA 4CPOA 2ZA9A 1UMZA 4J9TA 4R9AA 2C5DA 4BOWA 2OVUA 5GALA 5B2DA 4QN6A 3HN1A 1A8DA 3BTAA 5T5OA 2ZMNA 2E51A 4Y22B 4UW6A 1BYHA 3B7EA 5T5JA 5HUKA 5M1ZA 3WG3A 2VSKA 3T1LA 1V0ZA 1URXA 4XJ9A 1NCDN 2RHPA 4FPGA 4R9CA 2DTWA 2SLIA 2D3PA 3B01A 4GZWA 2F25A 2A3XA 1DYPA 1KJLA 2BF6A 2ZABA 3ILNA 4JF7A 3UK9A 1ENSA 3MW2A 3MW3A 3GVKA 5DG2A 3VV1A 1IOAA 3LSDA 1O4YA 5IUQA 1SLIA 2GMEA 4FPOB 4Y1VA 4YG3A 2ZHMA 4H53A 1QOTA 2TEPA 4WVVA 1AXZA 2QWIA 3ALXA 1MZ5A 1OFSA 3H73A 3TI5A 4YZ1A 4JCKA 1DQ5A 4MZEA 4B7MA 5IK5A 4XHXA 2CY6A 1LODA 2DURA 2CL2A 1DGLA 1DZQA 2ZKNA 4WZFA 3WHTA 1SLAA 1MS8A 1SFYA 5HCAA 3CNAA 3USUB 4C1WA 4WEGA 3FFZA 4FPYA 4LBLA 3O9JA 3AZZA 4XJRA 2P37A 1N47A 2EXIA 1DYKA 2ZMLA 2VY0A 2ZGPA 3IPVB 5DXDA 1V3DA 4Q27A 4M01A 3M1HA 4NCSA 3OBRA 4GZXA 2PHWA 1CPNA 2LTNA 4M4NA 2D3RA 4YW1A 4GWMA 3NN9A 2P3JA 3ZPYA 2QWHA 3N7KA 1IVFA 1V3EA 3CYEA 1LOFC 1IKPA 2BATA 2D3SA 1ULCA 1DFQA 3POWA 1H9WA 3H72A 1GSLA 5GJ6A 3W59A 2D6PA 2CNAA 2W20A 3WDWA 5E8AA 1IS4A 1MS4A 1NCAN 1IS3A 3A72A 4MJVA 2AREA 1INFA 4PCRA 5FRAA 3D12A 2VXRA 2FMDA 1HQLA 1W6OA 1BKZA 3JU9A 1SLLA 1N3OA 1V0EA 2A75A 4K1ZA 3NSSA 3BEQA 2CMLA 4LBNA 1GZCA 1YI7A 4FOVA 3B3QE 4HZZA 1PZ7A 1SBFA 2VVZA 3PVOA 3PVNA 4MWQA 1W6QA 4Y20A 4AVVA 5NN9A 1JUIA 4MX0A 4GJTA 1F31A 2ZGMA 1S1AA 2NMNA 2ZB5A 1MS9A 1A4GA 1GLHA 3I8TA 4QN4A 1LU2A 2D43A 4M3CF 2A71A 2NZ9A 3IKWA 3OY8A 3ZYPA 4Q1PA 1G9CA 4YGEA 3OBTA 5DUXA 4X6KA 1CESA 4PF5A 1Z4WA 3LCPA 2PHTA 1Q8SA 4M3MA 1WLCA 3JU4A 5CB7A 1R1ZA 1EUSA 3N36A 1O4ZA 3WVJA 1USRA 3IM0A 4Z8BA 4XOGA 2P3IA 3N3HA 1Z4YA 1SLBA 2DUQA 1UAIA 1V6OA 3ZYRA 5DUUA 1GZWA 2DU0A 3AP5A 3K3AA 2F27A 4YG6A 2ZB6A 3UL2A 2DYCA 3JUUA 5DUWA 3GALA 3M3OA 1VIWB 3O0VA 4QN3A 1LTEA 2F12A 1BXHA 3INBA 2ZGSA 4IQPA 1WCQA 3N7LA 2EXHA 2QWAA 4AWDA 2A6ZA 4C1XA 1AF9A 4AVSA 5T5LA 4AVTA 4AYUA 1HKDA 1FATA 4FPEA 2F29A 4XDQA 2VU9A 1MVEA 1L7FA 5H9PA 2UWAA 5IT6A 5GLZA 3V0AA 4BBWA 3WNXA 4Q6KA 1ONAA 1S0EA 1WD4A 3A71A 4XXAA 1A14N 2XG3A 2ERFA 4B7JA 2A6YA 2E7QA 4XJ8A 2D6LX 3B69A 4XYXA 4M3CA 4CZSA 2WT2A 4YM1A 2C4LA 4UW4A 3HMYA 4MWYA 3WDUA 4YW2A 1GYKA 1AZDA 5BYNA 1H30A 1GKBA 5H9QA 5JMCA 4FJ6A 4NO4A 1WUVA 3APBA 2WNEA 5EWSA 1JYCA 4YM3A 1YRZA 2C9AA 1DIWA 2R0HA 2ZGNA 2QWGA 1LHNA 2WKKA 1FNYA 1G9AA 1EUTA 1C4RA 2QWDA 2VW1A 1LECA 1E8TA 3AXEA 3A4UA 3SH3A 2CTVA 2UURA 1NCBN 5EYXA 2R16A 1Q8QA 4PQ9A 1MR5A 3AX4A 2ZHKA 4BLJA 3TIAA 5HUNA 1W6NA 2F24A 1CR7A 3OGGA 1LGCA 1LEDA 1V3CA 4YFWA 1CVNA 2DV9A 3U4XA 1HQWA 1GICA 4P9YA 2JJ6A 3WDVA 1N3PA 2AEPA 1A3KA 2EXKA 1V6IA 1IVEA 1WBFA 2A6XA 3BIWE 4Q8LA 3M2MA 4CRQA 3FLTA 5EXOA 4GXLA 3AZXA 1Z78A 3AP9A 5DUVA 1LGBA 3N35A 1MS0A 3TI8A 4FPCA 2WT1A 3ZXFA 1Z4ZA 4XJWA 4WA5A 1MVQA 4TZDA 4XBNA 2ZGRA 4P9XA 4U36A 1LOFA 2B7YA 1SCRA 1W6QB 4Y20B 1CONA 1Y7BA 2ARXA 5IK7A 1G7YA 5GZGA 3D6EA 1V6MA 3IMNA 1IVDA 2XZJA 2GALA 2GN3A 2CWSA 1C57A 1X50A 1INYA 3K36A 1AXYA 3AJYA 1IVCA 3AP6A 3N7JA 4QN7A 5JLVA 3OY8B 2A70A 1JXNA 4D8SA 2GMMA 2V73A 5DZGA 3K39A 1QMJA 3ZSMA 3WDXA 1IVBA 1ENQA 3O12A 1W8OA 5GLVA 5T5PA 3MEPA 4FPHA 2JD4A 4YM0A 4JC1A 1D2SA 3PVEA 3AZWA 1CIWA 3WDTA 1GZWB 4Y24A 1OQ1A 1GANA 4R9DA 4CPNA 1YO8A 1LOBA 4XIKA 2HT8A 1E8UA 1ZA4A 4DRRA 3WOGA 2AENA 4YGDA 1EURA 3RMYA 3FUQA 4FOYA 1GBGA 1WW7A 5GLUA 3TAYA 1DHKB 3O5SA 1W21A 4CPLA 5JVVA 2DVDA 2VH9A 2H0BA 4K21A 1XQNA 2VK6A 2VK7A 2HU0A 2NYYA 4M4VA 2F11A 2D44A 4NC5A 2QWBA 1ULFA 1C1LA 1Q56A 4YW4A 1SACA 4FZHA 1FV2A 5T52A 1KDKA 1W6PB 3T1MA 2HTQA 2G4IA 2XZIA 4YGBA 2HTRA 3PMEA 2A6VA 4JRAA 5GZFA 1LESA 4XJAA 2DTYA 4M3CB 3V0BA 4ISQA 4MWUA 3WLUA 1YXWA 4FP3A 5JOWA 4FQ4A 3IN9A 2ZMKA 5DZFA 4YW3A 3SNMA 3TIBA 5HUGA 4YZ3A 1LOAA 2A3YA 1NMCA 1UL9A 3NV3A 4FPLA 3MW4A 5DZEA 3ATGA 3OYWA 4M3CE 2VW0A 4MWJA 1WW4A 2AGSA 1G8WA 4ATEA 4I30A 4MWRA 1DQ0A 1KITA 1KJRA 4BM8A 2R1BA 4B7QA 2JECA 1S0BA 1U0AA 1ULEA 1C1FA 3ZVXA 4GKXA 2YROA 3AZYA 4MC7A 2WJSA 4Y22A 4LBOA 5E89A 3TB0A 2E7TA 4WV8A 1AXKA 3DUIA 4XMIA 3ILFA 2ZHLA 5EYYA 4RA0A 4XIOA 2AH2A 4GB1A 4NN9A 1S0IA 5H9SA 3AZVA 2EXJA 1W6NB 1WCSA 2UU8A 1NNCA 4XJUA 1W8NA 1MZ6A 4RL7A 1QDCA 4AGRA 1TEIA 3C2UA 2W39A 1F8CA 1WLDA 1E8VA 2GDFA 3SH5A 1V6KA 5AVAA 2OUJA 5IK4A 2CYFA 5KXEA 1WW6A 3POYA 4P9WA 2NP0A 2R1DA 1EUUA 2LALA 3ZXLA 4M4UA 3GNEA 3WG4A 5HUMA 2YXSA 1GNZA 3WHUA 1CQ9A 4PBOA 4HZXA 3O0WA 3O0XA 1IVGA 1SLCA 3ZSLA 4MWVA 1W0PA 2HU4A 4GZOA 5HX0A 2YA6A 2BZDA 2WQZC 1JHNA 1VCJA 2A7AA 1DQ1A 1HLCA 5JOYA 2EALA 5IK8A 4LBKA 1QOSA 1NN2A 1S0DA 3WCSA 1INHA 1NMAN 2YV8A 3K38A 1SBEA 1BJIA 5GLTA 2UWCA 1NMBN 3RQ0A 1N1YA 1QKQA 1MS3A 1LGNA 1V00A 1YYNA 4M00A 3SANA 3D5OA 2F0ZA 3RG0A 4Y1XA 1Z50A 4GZPA 2Z42A 2JKBA 1NXD1 4FQZA 3K37A 3WG2A 2ZGOA 1MWEA 4YZ2A 1LEMA 4WA3A 3TI4A 1DILA 2W68A 1F5FA 3BODA 1JOJA 4Q2FA 2JE7A 3ZSKA 1VAMA 2ZGUA 4KS1A 1BZWA 4H55A 1A4QA 4HZVA 2GNTA 4ITCA 2PHXA 3BOPA 1VLNA 1DQ4A 4I00A 3WUDA 1VALA 3WG1A 5GZDA 1FX5A 4HZYA 3AYDA 1N1TA 1NSBA 4DGRA 5GZCA 1BJQA 2ZGKA 4BQ1A 5CNAA 1LOGA 4FVVA 5CA6A 3R4SA 5HCBA 1B9SA 5JDBA 3HR9A 4Y1YA 3WCRA 4BLIA 4YG0A 4BMBA 4MWWA 5CAZA 4ZKTB 2WSVA 1A78A 1DIMA 4GEZA 3ZXJA 1W1XA 4GZSA 3ZSJA 4ISRA 1W6MA 3TICA 1XOGA 2I2SA 4R9BA 1AX1A 2BQPA 5H9RA 1SBDA 4AGVA 1ULDA 4Y1UA 2YA5A 3AYAA 5JOZA 3FLPA 1L7HA 2XCYA 2GNBA 1VCUA 2F13A 1SO7A 2ZGTA 3ZXEA 4GKYA 4L8QA 5JOXA 2YMZA 1G9DA 4NOTA 1WD3A 4YZ5A 3LSEA 4B7NA 3OYWB 3TI3A 4YFZA 2WLQA 3RS6A 1Z0HA 1W6OB 1QNYA 1NNBA 1OKQA 4MYEA 3KM5A 3AYCA 4AGGA 4ZXKA 1DQ6A 2SIMA 1EPWA 1WLWA 1UKGA 3KQRA 3OPZA 1USXA 1B09A 4YZ4A 3ASIA 1LJ7A 2SILA 2YA8A 2YZ4A 4CPZA 2B8HA 2DVGA 4LBQA 4ATFA 4XJQA 1BQPA 4W65A 1CPMA 1ENRA 5KXDA 1MS5A 3A0NA 1D0HA 1V6LA 4KBBA 2E53A 4FOQA 4X49A 2X9MA 5KXCA 2D6OX 3SLIA 1Q8OA 3NV4A 3H71A 2W5OA 5DG1A 2KM2A 4Y26A 1WW5A 2AUYA 1QF3A 4QNPA 4WVWA 1V3BA 5F9TA 4XILA 3SITA 1RINA 2WT0A 1F8DA 1NCCN 4GZQA 4K1JA 1KDMA 2GN7A 1FAYA 4D69A 2R0FA 4MJUA 3RRDA 1S0GA 1ULGA 5JYYA 2VW2A 1I1EA 1JYIA 1INGA 1APNA 3D4KA 1B9VA 1FYUA 3R4UA 2D7FA 2R49A 2HTYA 1F9KA 1JW6A 2DVBA 4P14A 3QCWA 3NV1A 3AYEA 1N1SA 1Z4VA 3M3QA 1Q8PA 2QWJA 3SH4A 3UJOA 3ALWA 1S0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F35A 2EF6A 1RHI1 2I07B 4QKDA 2VQ0A 5BNOB 1W9SA 5LEJA 5DDJ1 5FZ8A 3QACA 3CL1A 4DUWA 2NN8A 1ND3C 5LA9A 1CZTA 5FYSA 3AFGA 1RUI2 4AFCA 2K9ZA 4JHZA 3BPSA 1CD3G 4QX1A 1F8EA 5J96B 4HANA 1AL23 3CBNA 5FXWA 3O1OA 2WNVC 3NV2A 3B94A 3V0AB 4ARYA 2DF7A 2YC4A 2GNDA 3KSCA 1AR62 2ARAA 5KC6A 1YJKA 3U37A 1COV3 5JSOA 1W39A 4HG6B 2ZHNA 1QXJA 1H4HA 2FP8A 1H8VA 4UYBA 2WUHA 3TWIA 2OJHA 4GA9A 4Y1ZA 2YDTA 3N9QA 4BWOA 1GP6A 5FMOL 1JBCA 3POEA 4QD2A 2R043 3AK0A 3LPGA 2RR13 5FJHA 3T2TA 3O9KA 4HKLA 4PWZA 1NLSA 3QLQA 4XBLA 1PM4A 2HWF1 4FPJA 4CXXA 2VM9A 2AR6A 3WUCA 4ASMB 3THPA 5CB7A 4WA4A 4ZLRA 2XGXA 4GZ9A 2VMIA 3BN6A 3VKOA 1QJY3 3S94A 3ZX7A 4AAPA 4XHBA 4SLIA 4ASKA 2RS33 2HEVF 3FBYA 3ZXKA 1NZIA 3MO4A 4BPZA 5FREA 1BVP1 5BPXA 2BVBA 3SISA 2R071 1HDKA 1LOCA 4I09A 1JTZX 4L2NA 3HEIA 3RJ2X 4MH0E 1QLGA 2IARA 1PX3A 3JXSA 1G9BA 4HIZA 3V1SA 4XJZA 1UX6A 2JDZA 3S30A 5A1FA 2ZACA 3KCCA 5HPOA 2IFWA 3OJBA 4CCJA 1ULOA 1SCSA 2WO7A 3VD3A 2ZBJA 3SALA 5D8AB 4XMAA 4GWNA 2PELA 4XZPA 1RC6A 3LGRA 4TYSA 1CAXB 2FZ1A 3A0KA 3DGTA 3THCA 3P3NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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