4FPKA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(3-methylbenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 190
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpkA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpkA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpkA02
2V5YA 2R16A 3W09A 5GZCA 4XHXA 2P3IA 5LK5A 4MWQA 3BODA 4Q8LA 1W6PA 3OBRA 1NXD1 4M4NA 4NN9A 1INHA 3GVKA 3BIWE 3AZVA 1Z50A 2A7AA 2WT2A 4M3CA 4PBOA 5E88A 4YW2A 2ES3A 4DFSA 4LBKA 1ENSA 2QWJA 1C1LA 2XZIA 4GXLA 2NZ9A 3AP6A 2A5ZA 2CMLA 4B7JA 5GLWA 2D6NA 4K21A 4XIKA 2XG3A 1VLNA 1LU1A 1PZ8A 2VW2A 4Z8BA 3UJQA 1SLAA 2P2KA 1UL9A 3ALWA 2VK6A 4MWLA 4XJAA 1SCSA 3FUOA 1LOAA 5M1ZA 5T54A 2C9AA 4B7QA 3NV1A 1VALA 4XJQA 4UW4A 4XMAA 1AXYA 3O9JA 4OZXA 3M3CA 2DWRA 3OYWB 3ZVXA 1C1FA 4FPKA 3NV4A 3ILFA 3V64A 1V6NA 1HLCA 4UW6A 4DGRA 4MWJA 1ULCA 3B9CA 4MJUA 1VAVA 3FLTA 1LOFC 3ZSLA 5IK7A 2ARXA 1Q8OA 3AX4A 2AYHA 2CWSA 4M3CB 2HT8A 4MWVA 1BJQA 1INYA 3VKLA 5DXDA 2VW0A 1GV9A 3RRDA 3AZXA 2ZHKA 4M3CE 2R0FA 4LBQD 1V3BA 5HX0A 2F10A 4XMIA 2GMEA 1ULGA 4IQPA 1GZCA 2ZGMA 3GVJA 4FPGA 3WG1A 2BATA 1G7YA 1NMAN 5GLZA 2W68A 1SBDA 5KXDA 4XXAA 1A8DA 2PHUA 1IS4A 2DVDA 2ZB6A 5HUGA 4FOWA 1S0GA 5HUKA 3AFKA 1HDKA 1EUTA 4AWDA 1Y7BA 1AXKA 4FVKA 2VK7A 1N3PA 3UJOA 4XIOA 1F31A 1MS8A 3AXDA 4BOWA 1S0FA 2V73A 3POSA 4HIZA 2YDTA 2W39A 1MS9A 1ZM1A 2A6WA 1N1YA 4X4AA 2XB6C 1INFA 1PZ7A 4YG6A 2OUHA 2EXJA 3W59A 4NC5A 1DLLA 4YM0A 4XILA 5IUQA 1LGBA 4XBLA 2KM2A 1MS3A 4BQ1A 1UKGA 1LHVA 2HTRA 1WW7A 2JD4A 2WNEA 1NSDA 1IKPA 4KS3A 2TEPA 4FJ6A 1R1ZA 2HU0A 3K39A 3B69A 4FP2A 2DVGA 5BYNA 3FLRA 1WLCA 1SLLA 1DHKB 1WLDA 1KDKA 2DUQA 1FNYA 2HTYA 1UZZA 3VKMA 1NNBA 4Q2FA 4YZ1A 3ZXEA 1DZQA 1VCUA 1I1EA 4CPMA 1YI7A 5KXBA 4R9DA 4LBQA 1FYUA 2NP0A 2YA8A 5T50A 3B7EA 2VUAA 4KS1A 4LBLA 4KBBA 4MWUA 2A71A 4M3CF 4WEFA 1NNAA 1Q8VA 1BYHA 1O4YA 4Y1XA 2A6YA 1KJLA 3R4UA 3K36A 5H9QA 5H9PA 4XTPA 1NCDN 4Q26A 2A3WA 4HL0A 3FUQA 2GDFA 2YROA 1GANA 3N7LA 1QNYA 4YM3A 3TI6A 4GKXA 3AJYA 3DGTA 1CR7A 1ENQA 1SBEA 2JDZA 4YGDA 2W38A 1NMCA 1W6OA 3NN9A 3UL2A 2ZHNA 4GZXA 1EUSA 2GMPA 1V2IA 3CL2A 3A72A 4YGEA 1CJPA 2WT0A 1WLWA 4XZPA 1ENRA 2PHRA 2ZGQA 1WBLA 1V6LA 1DYPA 4HZZA 2ZGUA 3TI5A 1INXA 2HU4A 2QWDA 2NM1A 3RS6A 2QWHA 3OBTA 4MX0A 4M00A 1NN2A 1IVDA 1CPMA 3M3OA 4M3MA 5SV8A 2CTVA 2WQZC 4CPYA 3TI3A 3APBA 4J9TA 1Z78A 3VKNA 1USRA 4HANA 4LBQB 4K20A 3H71A 1XOGA 3ZXJA 4MWWA 1SLCA 2YV8A 2D6LX 3IKWA 4FPOB 2LALA 3WDTA 1V6IA 2ZGRA 3CYEA 2DUPA 2P37A 1W6MA 5DZEA 3AYAA 3WV6A 2DV9A 3QLQA 3WHTA 4FOQA 2RKCA 1YYNA 2D3RA 2P34A 1G9FA 4FPFA 1GLHA 3A0NA 2UWBA 4M4UA 3KM5A 4XJ9A 3H72A 3ZSJA 1GSLA 2WJSA 1UPSA 1SACA 2DVBA 1GBGA 2A70A 1LCLA 1G86A 4MYEA 1LULA 4LBJA 1W6QA 1V6JA 2VK5A 3AP9A 3QCWA 2PELA 4LBOA 4H53A 3A0KA 5F5QA 2DVAA 4BM8A 3TAYA 4F83A 2WKKA 1TEIA 2HTVA 2UWAA 2VY0A 4QN4A 4QN5A 2CY6A 3V0BB 5KXCA 1N3QA 5DUWA 1NCAN 2QWCA 1F8BA 2E7QA 1G8WA 1WD3A 1AZDA 3KQRA 5T52A 1S0IA 1UX6A 3OPZA 1VCJA 3MEPA 3HMYA 1C4RA 1N1VA 2YA7A 5HCAA 1BQPA 2D3SA 2AR6A 4XBNA 4KS2A 1HQLA 4GA9A 1CIWA 2AREA 4K1ZA 3N3HA 5T5LA 2D7FA 4X47A 4Y1ZA 1S0CA 1GZ9A 1ULEA 1UZYA 1B09A 5JOZA 4C1XA 5H9RA 4WV8A 2QWIA 4GJTA 1YIFA 4TZDA 3WDWA 3TIAA 1LHNA 3V65A 4Y20A 1DQ6A 4GZQA 1GZWB 4FOVA 1OFSA 1SCRA 1V3EA 1AVBA 1CQ9A 4YM2A 3AXEA 1W6QB 4Y1UA 3RQ0A 3ZSMA 4B7MA 1WBFA 1C57A 4HZYA 3SITA 1H9PA 1I3HA 2I2SA 2DTYA 1Z4VA 5JDBA 4FPCA 3VUOA 3ILRA 2YZ4A 1N1SA 5T5JA 4XOGA 4XJ8A 1EUUA 1RITA 4B7RA 4ITCA 4YZ3A 2D3PA 1O4ZA 3V0AA 1W6PB 1CVNA 3T1MA 1B9SA 2JJ6A 2F12A 1H30A 3VV1A 4ISQA 1QU0A 4DQAA 4ZKTB 2ZGPA 5B2CA 1DIWA 4FPHA 3TI4A 1AF9A 1QDOA 4GKYA 1NCBN 4Y24A 1MZ5A 1IVGA 2VW1A 2YDPA 4MZEA 3AZYA 3INAA 4ISRA 2HTUA 3D5OA 5EXOA 1EPWA 3O12A 1LODA 1G9BA 4MWXA 3W58A 3WUDA 1H9WA 4XTMA 3B3QE 4UW5A 1KDMA 4CZSA 2GN3A 4P14A 3N7MA 3ASIA 3JU9A 4MJVA 1Q8SA 2R1BA 5JMCA 1VIWB 1WCQA 2WSVA 3ZYRA 4Y20B 1V0ZA 2AEQA 1V6KA 1YXWA 2HTQA 1Q8QA 2OVUA 4P9YA 1LGNA 1W8NA 2VSKA 2ZGOA 4DS0A 1LOGA 1A3KA 1SLIA 2YA5A 4K3YA 5HCFA 1G9CA 3TB0A 4FQZA 1E8UA 1MS1A 4ATEA 4Q6KA 2ZGSA 2W5OA 3FBYA 2GNDA 4DRRA 3BEQA 2ZACA 1EURA 3V0AB 4AVSA 1Z4WA 4CPZA 2HT5A 1GICA 1W21A 1MVQA 3I4IA 2PHFA 3TICA 1DFQA 1GNZA 4FPJA 2VH9A 1W6NA 3ZXLA 4AGVA 3WG3A 2HT7A 1CONA 1F8CA 3SNMA 1DBNA 1A4GA 3ZYPA 2H0BA 1WD4A 5IK5A 1CESA 1N47A 1S0EA 3JU4A 2WSUA 1RINA 3NV2A 3GVLA 2NN8A 5DZFA 3FFZA 1NSCA 4YFWA 4P9WA 3PVOA 3WLUA 2RHPA 5IK4A 2CWMA 5E89A 2JE9A 5EYYA 1DGLA 5GZGA 4YZ4A 2D6KA 2ZA9A 3LCPA 1PZ9A 3IN9A 2XCYA 2EF6A 2AUYA 4YM1A 4GB1A 2CYFA 4Y22A 2EXIA 4Q8KA 5JOYA 4XBQA 3C2UA 4YW4A 1DQ4A 4GZPA 1OKQA 4K1IA 3GALA 2F11A 2W5NA 4M4VA 4QN3A 2GNTA 2CL2A 2ZGLA 3SH4A 1A14N 4U36A 3PVEA 3AZWA 3H0OA 1XQNA 4Q1PA 3K37A 2P3KA 1B9VA 2EAKA 3R4SA 1APNA 1F5FA 4AVVA 4Q1RA 1W6NB 3D12A 4CRQA 2E53A 2D6MA 2VSMA 4JF7A 5CA6A 2W08A 1WW5A 2XZKA 1LOBA 4XYXA 2QWEA 2FHRA 4RL7A 4FPYA 1GNHA 2GMMA 1DQ2A 5JYYA 2SLIA 4ASMB 2PHWA 3NSSA 1QOOA 2BZDA 4BMEA 4DPNA 2VVZA 4UF7A 3OGGA 1URXA 5JOXA 4HZWA 1W8OA 5IT6A 3WG4A 4QNPA 3BOPA 5DG1A 3NWKA 1E8TA 1LEDA 1LESA 1UN1A 4L8QA 4HZXA 5AVAA 1S0DA 3IPVA 4FP3A 3RSJA 1RIRA 1IVBA 2YMZA 4KS4A 2P3JA 1JW6A 4Y22B 1LHUA 2F27A 1BXHA 4C1WA 3WCSA 1MR5A 1MS5A 4R9AA 5DZGA 1IOAA 2R49A 2QWGA 2D43A 4WA4A 5NN9A 2WT1A 2UU8A 3MW2A 3U4XA 4XJUA 4U2AA 2VU9A 1LOCA 3M1HA 1GKBA 2HTWA 1INWA 3CKZA 2DU1A 3IM0A 1NNCA 1W6OB 1AX2A 4GZOA 4FZHA 5DUVA 2R1DA 2YA4A 3D11A 3ILNA 3WOGA 1DQ1A 4W65A 4Y1YA 1QDCA 3SH3A 2C5DA 2AGSA 5T55A 4K1HA 1DQ5A 4K1YA 5EWSA 4YW1A 4ATFA 2EALA 2BERA 1V0EA 1L7HA 2CNAA 1KJRA 1AJKA 1FATA 3Q9OA 4ZXKA 5T5OA 2F29A 4PCRA 4XHBA 4NOTA 2GN7A 1QF3A 2QWKA 3WDXA 3VKOA 1YRZA 2F28A 2ZAAA 2A6VA 1BZWA 4PQ9A 2A6ZA 1V6MA 4Q27A 4YGBA 2ZMKA 3OY8A 2F13A 3WVJA 4UW3A 1INGA 5GJ6A 2B8HA 4WVWA 3H6JA 1W6MB 3USUA 1GYKA 5FREA 1SO7A 2LTNA 2XZJA 4BPZA 1Z4YA 2W20A 4GDJA 1LENA 1W1XA 4YGCA 1V0FA 3WUCA 3MW4A 4BLIA 2X9MA 4DRVA 1ULFA 4AGGA 1LU2A 4QN6A 3O0WA 3BTAA 3O0XA 1FAYA 4BMBA 2QWBA 1INVA 2GNMA 2JKBA 4R9CA 3WNXA 4XE9A 4K1KA 3ALXA 2E7TA 3O5SA 1LHWA 5F9TA 1SLBA 3AP5A 2F25A 1LJ7A 4GZTA 1FV3A 2F0ZA 2FMDA 3AYCA 1Z4ZA 3AYDA 2ZBJA 1Q8PA 2ENRA 4LBMA 3R05A 3MW3A 5GALA 4GWNA 3OY8B 2EIGA 2SBAA 3M3QA 1V3CA 3A4UA 4M01A 3TIBA 3PJQA 4YZ2A 2E6VA 1DIMA 4CTEA 5HCBA 2YA6A 3USUB 1MS0A 1LEMA 3OJBA 1DILA 1F8EA 1S0JA 1HQWA 3ZSKA 5GLTA 2DVFA 4GWMA 3K38A 2ZZJA 4YLZA 3B00A 5JVVA 4YG3A 5CAZA 3D4KA 4PF5A 1BJIA 1QOTA 2AH2A 5GM0A 1NCCN 1ONAA 4SLIA 4WZFA 3AJZA 2R0HA 3B01A 1FNZA 4XDQA 3CNAA 4D69A 1IS6A 5L73A 4AYUA 3PVNA 4Y26A 1D0HA 1QNWA 3RG0A 1WW4A 4FQ4A 5HUMA 2Z42A 2BF6A 2GNBA 3ZXFA 1DQ0A 4RA0A 4AGRA 4XJZA 2ZHLA 4GALA 1LOFA 3O0VA 4WVVA 4BLJA 1CN1A 2WLQA 4B7NA 1FX5A 1D2SA 3MPPG 2ZGTA 1DYKA 1AX0A 2JECA 2OW4A 1E8VA 5JOWA 3N36A 2D6PA 3LSEA 1X50A 1V00A 2F24A 3A71A 3K3AA 5EYXA 1AXZA 5KXEA 4YZ5A 4YW5A 3TI8A 4GDIA 5H9SA 4LBNA 2NMNA 3D6EA 1JBCA 1FV2A 1V6OA 1JHNA 2JE7A 2DUOA 4CPOA 3SLIA 2ZGNA 1LOEA 2PHXA 4YW3A 3SANA 2W52A 5JLVA 1QKQA 2VXRA 3AP7A 1WW6A 1CPNA 2B7YA 2ZMNA 3LSDA 3POYA 1JXNA 3AP4A 3T1EA 1NLSA 5IK8A 2ZMLA 2EXKA 1MVEA 2BQPA 3N35A 1IKQA 4XJWA 4BBWA 5GLVA 3AZZA 5DG2A 1LTEA 4GEZA 2DURA 2DYCA 3N7JA 4K1JA 1W0OA 3AYEA 2NYYA 3CL0A 2ZABA 4FPLA 2DTWA 3PMEA 1ZA4A 3ENRA 4P9XA 1OQ1A 3T1LA 2NMOA 2A6XA 1IS5A 1SBFA 1Z0HA 4WA3A 2Q5TA 1NMBN 3RMYA 2ZB5A 5GZEA 3IMNA 3AK0A 3SH5A 3SALA 1Z4XA 3WZ1A 1MACA 1N3OA 1S1AA 4FOYA 3WDVA 1SFYA 3INBA 2GALA 4CPLA 1JN2P 5HUNA 2A3XA 4MC7A 1IS3A 2UURA 1AX1A 1LHOA 4R9BA 4H55A 1VAMA 2VWDA 1MWEA 1NSBA 1F9KA 3L2YA 1JYCA 2D6OX 1IVEA 2HYKA 5E8AA 1V3DA 4D8SA 2AENA 1N1TA 3WDUA 3WHUA 2F26A 3M2MA 1U0AA 1MZ6A 3SILA 2D44A 1USXA 3HN1A 2YY1A 4MWYA 4GZSA 2ZGKA 1WUVA 3I8TA 1JUIA 1IVFA 4CPNA 4Y1VA 3O9KA 2ZKNA 1QGLA 5CNAA 5DUXA 3M3EA 5GZFA 3NV3A 2QWFA 4YG0A 3ZPYA 4GZWA 6NN9A 4TYSA 5CBLA 4PBPA 4KS5A 3T2TA 1UMZA 4X49A 1ULDA 1BKZA 4YFZA 4HZVA 1J1TA 1LGCA 5GZDA 1AJOA 3DUIA 3V0BA 1KRIA 7NN9A 1UAIA 2OUJA 1JYIA 1KITA 2ARBA 1QOSA 5DUUA 4I30A 2SILA 3WDYA 4MZAA 5GLUA 4FPEA 1KQRA 4X6KA 4QN7A 2EXHA 2ERFA 1Q56A 1A4QA 1G9DA 5B2DA 2YXSA 1WCSA 1HKDA 4XXPA 1XOEA 4JRAA 4XJRA 4WEGA 1JOJA 2ZHMA 4FVVA 3FLPA 1W0PA 2AEPA 4JC1A 1B9TA 1SNTA 5CB7A 3N7KA 3GNEA 4MWRA 1W20A 2SIMA 5FRAA 4JCKA 1L7FA 4NCSA 2A3YA 1S0BA 3UK9A 1A78A 2QWAA 2E51A 3H73A 1LECA 2C4LA 2DU0A 1MS4A 3VKFC 2G4IA 1GZWA 3HR9A 1F8DA 4I00A 3ATGA 1IVCA 3SISA 3IPVB 4AVTA 3RMXA 3ZXKA 1G9AA 1QMJA 4H52A 2PHTA 1L7GA 3WG2A 5T5PA 3WCRA 1SLTA 4WA5A 3JUUA 2UWCA 2A75A 4NO4A 2C4AA 3OYWA 1YO8A 3POWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I0BA 3UESA 3EO6A 2V5YA 3JD73 5EQUA 3DXUA 2OKXA 2R16A 4D0QA 1H8TC 3W09A 1X8MA 2QQMA 3OEBA 4GJYA 5GZCA 5KHGA 5I8YA 4XHXA 4EN9B 1RWIA 2OJHA 1VBA2 2P3IA 3H1WA 5LK5A 4LHNA 4MWQA 4QNPA 1W2NA 3KV6A 4JGYA 1XNCA 4AEDB 2XWBB 3BODA 2VXJA 4Q8LA 1WKYA 1W6PA 1QHDA 1QJX3 2Y38A 3M3IA 1C28A 3OBRA 5JMOA 1S2KA 4CUBA 1NXD1 4M4NA 4NN9A 3ZGCA 1INHA 1W99A 5A32B 3WX5A 4BJ0A 3O7OA 5FP8A 4AVCA 1U5YA 2Q0AA 4IV3C 2ZZQA 4XFCA 5F2WA 4CP2A 5F2SA 4EYUA 2FZ2A 1Y9GA 2E32A 3O4PA 3BIWE 3DF0A 3AZVA 1I5ZA 1AR71 1DGRA 4JGZA 2A7AA 2WT2A 2WBKA 1Z50A 5FP7A 1COV2 4M3CA 4PBOA 5E88A 4YW2A 1X8EA 2W91A 3DXTA 4AR2A 1LAJA 3PIGA 2XJTA 2ES3A 4DFSA 4LBKA 4ASLA 4BISA 3K3NA 3ZFGB 4DO0A 5DPNA 4Q1UA 1MQTA 3PL0A 1ENSA 2QWJA 4HW6A 5BY5A 1C1LA 4LE3A 2XZIA 4GXLA 3SC7X 2O8QA 5B4XA 4EWAA 2NZ9A 5BNOA 1QEXA 3AP6A 5FPVA 2A5ZA 4NPMA 2CMLA 1QY4A 2P6HA 4O65A 4B7JA 2FP9A 3ALQA 4JKLA 5GLWA 5GX4A 2D6NA 4K21A 3SCHA 3TNPB 4QM8A 5ANNA 4XIKA 5A3TA 1FOD1 3EQEA 2XG3A 5GKAC 1DYOA 4YNIA 5FYZA 3LI4A 1VBE1 1ZBA3 1VLNA 4OHWA 3ZX7A 1NLQA 4CEYC 5CFCC 4YW6A 3QOPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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