2JKBA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanb in complex with 2, 7-anhydro-neu5ac
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
661
structure length
661
Chain Sequence
LSISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
molecule keywords SIALIDASE B
publication title Structural and Functional Studies of Streptococcus Pneumoniae Neuraminidase B: An Intramolecular Trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 197
structure length 661
sequence length 661
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2jkbA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2jkbA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2jkbA02
3IMNA 3VKLA 3TICA 4LBOA 5CNAA 5GLWA 1C4RA 1QDOA 1ENSA 2OUHA 4CZSA 1EPWA 2DVGA 3ILFA 4LBQB 2PHFA 1G9CA 4AYUA 1MR5A 1IVCA 1LOAA 2C4AA 1Z4VA 3O12A 2A3YA 1LODA 1E8TA 1L7HA 2HTVA 2HT7A 5DUXA 2P37A 2DVFA 4KS4A 1NMCA 1H9PA 4ATFA 2P2KA 4YG3A 1AX2A 4LBQA 1U0AA 2P3JA 3O9KA 2HU0A 1AVBA 3NV4A 1Q8PA 2DUPA 4YZ5A 2I2SA 5T5OA 1S0BA 4HANA 4SLIA 2E53A 4M3CE 4AGVA 4AVTA 4ISRA 1NXD1 4Y20B 3AZYA 1ENQA 1CPNA 3AP4A 1F8BA 1A8DA 1SLLA 3TIBA 3H6JA 2CWMA 5DUWA 1MS1A 4MWUA 2Q5TA 1N1VA 1WBLA 3SISA 3CKZA 5M1ZA 4PQ9A 1MS5A 4L8QA 1PZ9A 2YA4A 3MW3A 4Y20A 2XZJA 2YMZA 4XJ8A 1FV3A 3AK0A 4GZQA 1QMJA 2PHUA 4Y1ZA 4MWXA 3D5OA 1NCBN 1H30A 3IN9A 1GANA 2ENRA 1KJRA 3TB0A 3NSSA 3DGTA 4Z8BA 4M3CB 4ATEA 2E7TA 2P3KA 3BIWE 4P9WA 1NNBA 4MZEA 2ZKNA 1FNZA 1WW5A 1YIFA 2F25A 5GLTA 2AH2A 1A14N 2GN3A 1FYUA 4PBOA 1LOFA 4M01A 4Y1VA 5HUKA 5EYYA 1V6OA 3VUOA 1ZM1A 3TI8A 1IOAA 3ATGA 3WG4A 2AENA 2D7FA 2HTQA 4K1HA 1LESA 3CNAA 1N1YA 1LHWA 4TZDA 1WBFA 4NC5A 1H9WA 5T52A 4MYEA 2E6VA 2ZGLA 3O5SA 5GJ6A 2WJSA 2E51A 1LOFC 4GDIA 1G9FA 3SH5A 4MX0A 1IVGA 1JYIA 2EF6A 2D3SA 1HQWA 3WCRA 2XCYA 2CY6A 3BOPA 3WOGA 2PHTA 2AUYA 2HTUA 2W52A 3O0XA 1B9VA 3U4XA 5DXDA 2NM1A 1SNTA 3JU9A 1JUIA 4Y24A 2UWBA 1LHOA 4KBBA 4XJAA 1LEMA 4GZXA 5DZGA 4RL7A 2A6VA 4HIZA 5AVAA 3WHUA 2W08A 3ILNA 1LGCA 4Y1UA 3PVNA 3MPPG 3M1HA 2HYKA 3VKOA 1V3EA 1SLTA 1N1TA 4CPYA 1CR7A 1Z4XA 2BQPA 3KM5A 4FQ4A 2C4LA 4XBQA 1G8WA 1BXHA 5E88A 3ZVXA 1B9TA 3TI6A 2WT2A 3V0AB 5T50A 4K21A 4FZHA 1LECA 2XG3A 1JW6A 4NCSA 3ZSLA 4HZYA 4BMBA 2BZDA 3OJBA 2PHXA 3WCSA 4XYXA 2R1BA 3V0AA 3H72A 1O4ZA 2JD4A 2GMEA 3VKFC 2OUJA 4GZOA 2SBAA 1UL9A 3WNXA 4X4AA 2D43A 2EXHA 5EWSA 2JECA 4BBWA 4TYSA 1S0JA 1YXWA 3A0KA 2PHWA 2HTYA 1INGA 4WEFA 3T1EA 3N35A 1Y7BA 1DBNA 3SLIA 3IKWA 4PBPA 1N3OA 2D3RA 3N3HA 4XJ9A 2CL2A 4XJWA 3R4UA 4CRQA 4XHXA 3IPVB 4CPLA 2ZBJA 3AP5A 3R4SA 4BPZA 4DS0A 2JDZA 2VY0A 1MS3A 1DYPA 1NSCA 4I30A 1MWEA 3AZVA 4X6KA 2EAKA 3VKMA 4B7JA 3AYEA 3H71A 4MWYA 1S0DA 4NN9A 1W20A 3IPVA 1MS8A 2B8HA 5T54A 3BODA 1TEIA 3FUQA 2RKCA 3APBA 1L7GA 3RS6A 3M3QA 5E89A 4XIKA 2C9AA 2ZB5A 4DQAA 5HX0A 3WUCA 1KDMA 4P9YA 1F8DA 4JCKA 1BQPA 1DQ2A 1EUTA 1W6PB 2R49A 4BOWA 4I00A 1AXYA 4WVVA 1PZ7A 3KQRA 4FQZA 2VH9A 4XTPA 2VK5A 4GZPA 2ERFA 2A6YA 1GBGA 3A4UA 2DU1A 1VALA 1NNAA 2UWAA 3N7LA 4KS2A 3UL2A 2VK6A 2NN8A 3POWA 5FRAA 3M3EA 4YGDA 1W6PA 2R1DA 5GLVA 1ULDA 1CONA 1UZYA 2YDPA 2F11A 1C1FA 4YM0A 2D6KA 2AGSA 1ULCA 1A4QA 5B2CA 3OY8B 4KS5A 1MZ6A 1WLDA 1Q8VA 3ALWA 2AR6A 3QLQA 1S0EA 1V6MA 1Q8SA 5JMCA 5T5PA 2A3XA 3D4KA 1IS3A 4K1IA 2H0BA 1SLIA 4LBMA 5NN9A 2E7QA 3USUB 4YM2A 3WDUA 3OY8A 1FNYA 2A6ZA 1MACA 4HZWA 3SILA 4FOQA 3M3OA 4MZAA 4ISQA 2DWRA 2W38A 3AP6A 4DRVA 3OBRA 4YLZA 1SCRA 2V5YA 5DZFA 4YG0A 1LOGA 5CBLA 1QOSA 3K37A 3USUA 5E8AA 1NCCN 1QOTA 4ITCA 1JXNA 1USXA 3WG3A 3W09A 2NMNA 4FVVA 1UX6A 1WD4A 2UURA 2KM2A 2QWKA 4AWDA 3POSA 3QCWA 5HUNA 1KRIA 3GNEA 5JLVA 3PMEA 3LCPA 3H73A 4F83A 1ONAA 2AYHA 3IM0A 4FJ6A 2QWBA 4GDJA 5JOZA 2GMPA 4LBQD 5HCBA 3LSEA 2QWFA 5HUGA 4YW1A 1YI7A 1WLWA 5EXOA 3RG0A 4MWRA 2C5DA 4GXLA 1LCLA 2ZGNA 1G9BA 4XBNA 1IS5A 3ZXEA 4FP3A 3WZ1A 3AZWA 4DGRA 3INBA 5KXCA 2DTWA 4XJRA 4NO4A 1V00A 5IK7A 1NMAN 3N7JA 1O4YA 1IKQA 1LULA 4HZZA 5T5JA 2V73A 3GVJA 3BEQA 4XHBA 3SH3A 1MS4A 1EUSA 2W20A 5JOXA 4M00A 3FFZA 4YG6A 4D8SA 3AZZA 4QN4A 5GZDA 2D6LX 4Q8KA 2R0FA 1LGNA 3POYA 4FPGA 5JOWA 4NOTA 4H55A 1N3PA 4ZXKA 2ZGSA 1G86A 3N36A 2QWCA 4GZWA 2FMDA 3UJQA 1DYKA 3I4IA 2JJ6A 2GMMA 3UJOA 3JU4A 1LJ7A 1XQNA 1QF3A 3NV3A 1GNHA 1INHA 4LBJA 3D11A 1KJLA 1UZZA 4IQPA 4M4UA 1OFSA 2QWGA 2VUAA 5DG2A 3AX4A 2ZGKA 3K36A 3GALA 4MJUA 1Q56A 4M3CF 2HT8A 4FPOB 1G7YA 1GNZA 1NMBN 1FATA 4YFZA 2QWIA 1GYKA 1AJOA 1CVNA 1JHNA 1G9DA 4XOGA 2VSKA 1CJPA 2DU0A 2R0HA 4GKXA 1S0GA 3ZPYA 3T1LA 2DYCA 2VXRA 1GZWB 3ENRA 5SV8A 4FPLA 3LSDA 4YZ4A 4GZTA 3R05A 2ZGUA 2ZGRA 5CB7A 5GM0A 1DHKB 3H0OA 2WSUA 1AXZA 3RRDA 2ES3A 2ZHLA 4DPNA 4FOYA 2ZZJA 1J1TA 4M3MA 1NSDA 4AGGA 1GZWA 1XOEA 4MWWA 1FAYA 2ARXA 5H9PA 1UAIA 2A70A 3B7EA 1JBCA 5IK4A 1DQ1A 2SLIA 4BLJA 1WUVA 4U36A 2VW2A 4MWLA 1RIRA 4PF5A 4QN7A 3I8TA 3L2YA 2WSVA 3ZSJA 3B9CA 3O0WA 4LBKA 1NCAN 3FBYA 1EUUA 1UN1A 4XTMA 4XDQA 1SBDA 4Q1RA 2ZHMA 3OBTA 1YRZA 4B7RA 1HDKA 2YA5A 2RHPA 1QU0A 5HCAA 1W6QB 1Z78A 3NV1A 4AGRA 2LTNA 1KDKA 1SLCA 3TI4A 3O0VA 1V0EA 4WA4A 2ZA9A 3GVLA 4YZ1A 1VCJA 3FUOA 1F9KA 4UW5A 1WW7A 2WLQA 3K38A 1VAVA 4YW2A 1SFYA 4C1WA 2WQZC 2NYYA 3UK9A 4Y1XA 1W6QA 3PVOA 2ZAAA 1ENRA 4MJVA 1BKZA 5GZFA 2CWSA 3DUIA 3WLUA 2GNBA 1G9AA 3AJZA 2EIGA 1APNA 2D6MA 1SBFA 4XILA 3AYDA 3A71A 1AX0A 3JUUA 2TEPA 1DLLA 4QN6A 2XZKA 4XMIA 1Z4YA 1V6LA 2NP0A 4D69A 1B9SA 1JN2P 1DIMA 2ZGQA 3OGGA 4FOVA 2GALA 2PHRA 5GALA 1Q8OA 4DRRA 1NN2A 3MW4A 2UWCA 1GV9A 5JVVA 1ZA4A 4FPYA 4XBLA 1DZQA 2SILA 1OKQA 1V0FA 2YROA 1W8OA 1I3HA 3B01A 2R16A 4ZKTB 5GZGA 1S1AA 4JRAA 3HR9A 3K3AA 1LTEA 3VKNA 2BF6A 3V64A 1LENA 5IT6A 3TI3A 1C57A 3MW2A 3WVJA 1HQLA 2BERA 1DFQA 5DZEA 1USRA 4YZ3A 1ULFA 3RSJA 4UW3A 5GLUA 5F5QA 6NN9A 2VK7A 1IS6A 3WDVA 4K1YA 4YM3A 1JYCA 2DVBA 4FPHA 4GEZA 5DG1A 3FLPA 4H53A 1QNWA 3ZYPA 2ARBA 1W6OB 1QOOA 2DUQA 2HTRA 4BM8A 4CPMA 1Q8QA 3N7MA 4CTEA 2VU9A 1I1EA 4DFSA 4MWVA 1F5FA 4GALA 2ZB6A 1GZCA 5HCFA 5GZCA 4Q1PA 1VIWB 1HKDA 1X50A 4XJUA 3ASIA 4AVSA 3SALA 1W6OA 2DV9A 1INYA 3PJQA 4UW4A 2ZMKA 1LOEA 2Z42A 1Z0HA 1ULGA 1IS4A 1BYHA 5IK8A 2JKBA 2PELA 3NV2A 1V6NA 2B7YA 1V3CA 1N1SA 2HT5A 1NSBA 2HTWA 2VW1A 4GZSA 1INWA 4Y26A 3TI5A 1Z4WA 2W5NA 1A78A 3AXDA 1IKPA 3HMYA 1BJIA 4XZPA 1F8EA 4H52A 1R1ZA 3ZXKA 1QNYA 4PCRA 1CQ9A 1D2SA 4C1XA 1V6IA 3D12A 4Q27A 4AVVA 3HN1A 2WNEA 4XIOA 3TIAA 3W58A 4FPFA 2YZ4A 1AX1A 2GNDA 1BJQA 1CN1A 1W6NB 3ILRA 1EURA 4FOWA 4R9DA 2UU8A 1Z50A 4WVWA 4K1KA 1URXA 1SLAA 3RQ0A 3AJYA 1W6MB 1MVEA 3M2MA 3NWKA 3RMXA 1MVQA 1WW6A 2AEPA 4BQ1A 2WT0A 1VCUA 1AF9A 3VV1A 1A3KA 3WG1A 3SANA 1ULEA 1JOJA 1W6NA 4Y1YA 2D44A 4RA0A 3M3CA 2ZACA 4QNPA 1SLBA 1V0ZA 4BMEA 3AYCA 5JYYA 4M4VA 3ZXFA 1LOCA 1W6MA 2OVUA 3A72A 4OZXA 1LU1A 2F29A 1BZWA 1IVDA 4YZ2A 5JDBA 4W65A 2WT1A 2GN7A 1GSLA 3B69A 1DQ6A 4CPNA 1OQ1A 2G4IA 4MWQA 2X9MA 2DVAA 4U2AA 1KQRA 1LEDA 4MC7A 1D0HA 3AP7A 1S0FA 1LHNA 3FLRA 4B7QA 3WG2A 4Q2FA 1DQ0A 1GZ9A 3ZSKA 4R9BA 5B2DA 2GNMA 1V2IA 1Z4ZA 7NN9A 4GWNA 3AP9A 1W21A 5LK5A 4XXPA 2CNAA 4M4NA 1WD3A 2OW4A 3SNMA 4X49A 3WV6A 3B3QE 3ZXJA 3ALXA 3D6EA 4HL0A 4Q6KA 1LGBA 5F9TA 2F24A 2F26A 2F0ZA 1LHVA 3N7KA 1C1LA 3GVKA 1W0OA 4M3CA 1SBEA 3WUDA 1LHUA 4Y22B 3SH4A 4LBLA 1SCSA 1KITA 2YA6A 3CL2A 2NZ9A 1WLCA 2JE9A 4P9XA 4XJQA 4FPKA 4K20A 2SIMA 3AZXA 1XOGA 4FVKA 2P3IA 4WZFA 1RINA 3C2UA 2A71A 2ZHNA 1DGLA 1W1XA 4WA5A 2D6OX 3AXEA 2D6NA 4BLIA 1NLSA 4Y22A 1F8CA 2ZGOA 1FV2A 4R9AA 4JC1A 4R9CA 4YM1A 1VLNA 1QDCA 4YGBA 2CYFA 4KS1A 1CPMA 1MZ5A 1GKBA 1DQ5A 2FHRA 5JOYA 5KXEA 4YFWA 5FREA 2YA7A 4ASMB 2CMLA 2BATA 1QGLA 5CA6A 2DTYA 3V0BB 2A3WA 1N47A 4YW4A 4YW3A 2YDTA 2W39A 5DUVA 4GB1A 5KXDA 2ZMNA 1S0IA 1B09A 1V3DA 2YA8A 3B00A 3NN9A 5GLZA 4WEGA 2YXSA 1E8VA 1AJKA 4MWJA 3V0BA 2DURA 4FPCA 2ZGPA 1MS0A 1L7FA 1NCDN 2WKKA 4XJZA 3WDXA 3RMYA 4KS3A 3BTAA 1GLHA 1DIWA 4B7MA 1SO7A 3Q9OA 1FX5A 2VVZA 2F13A 1UKGA 4XXAA 3OYWB 2HU4A 2NMOA 1V3BA 3PVEA 5GZEA 4Q8LA 1YYNA 2CTVA 2A75A 3O9JA 5T55A 3WDYA 1DILA 2VWDA 2F27A 2QWDA 4XMAA 1QKQA 4X47A 4YGEA 1V6JA 3WDTA 2P34A 3FLTA 3SITA 3OYWA 1SACA 2LALA 1WCSA 1INVA 1W8NA 2ZABA 2GNTA 3CL0A 3T1MA 4CPZA 3MEPA 4HZVA 1YO8A 3TAYA 3INAA 3AYAA 2EXKA 1A4GA 4YGCA 3A0NA 1IVFA 4GKYA 4FPEA 2A7AA 4WA3A 4QN5A 2ZGTA 2AREA 5IUQA 4YW5A 1LU2A 5H9QA 4UW6A 4LBNA 1V6KA 1NNCA 1LOBA 1INXA 3WDWA 4B7NA 1CESA 5DUUA 5IK5A 4GA9A 2JE7A 4FPJA 2D6PA 5T5LA 2EXJA 1RITA 5BYNA 4K3YA 1E8UA 5HUMA 1AXKA 1PZ8A 2XZIA 2F10A 5KXBA 2A6XA 2QWJA 2EXIA 2ZHKA 2DVDA 2YV8A 4UF7A 2VSMA 1IVEA 4WV8A 1WW4A 2F12A 4XE9A 2YY1A 1UMZA 3OPZA 2W68A 5L73A 3T2TA 4HZXA 4K1JA 3ZSMA 1DQ4A 2ZGMA 5H9SA 1UPSA 2QWAA 4JF7A 1HLCA 1W0PA 1F31A 3W59A 2W5OA 1N3QA 5H9RA 1IVBA 3AFKA 3K39A 1GICA 4K1ZA 5CAZA 4P14A 1AZDA 2AEQA 2VW0A 5EYXA 2XB6C 2D3PA 2A6WA 2ZMLA 2QWHA 4GWMA 1WCQA 2DUOA 2GDFA 4QN3A 4Q26A 3ZYRA 3V65A 3WHTA 1VAMA 4FP2A 1MS9A 2EALA 4GJTA 2QWEA 4CPOA 1INFA 2A5ZA 3ZXLA 1S0CA 4J9TA 3CYEA 2F28A 1CIWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EXUA 4HKOA 3IMNA 3ZN6B 3ACIA 3DKWA 4MHUA 3VKLA 3ZO0B 3TICA 3PIJA 4JDOA 4LBOA 5CNAA 2H0VA 5EV7A 5JXJA 5GLWA 1C4RA 4MGIE 1QDOA 4HKWA 2E26A 2VMCA 4OVEA 2HLEA 4LLOA 2YG0A 5SV5A 1ENSA 2OUHA 3ETPA 2PN5A 4PDWB 4N43A 4CZSA 1ODNA 1CAVA 1EPWA 4LO6B 3LDKA 5FYHA 4ZPIA 2DVGA 2VZ1A 3ILFA 3VHOA 5C33A 4LTAA 4KWJA 4CCMA 1VB4A 1QXJA 2JEMA 3O1PA 2XL9A 4LBQB 2PHFA 5FPBA 3HPNA 4CEYC 4XUOA 1YFUA 4OLLA 3CBNA 4OI1A 1XE7A 1G9CA 1FI2A 4AYUA 4AEKA 1MR5A 5A3LA 1OUSA 4A6OA 1IVCA 1LOAA 5HXMA 5FFOC 3DPRB 4LHKA 2C4AA 3WW1A 5F5AA 1Z4VA 4AGTA 1UYYA 3O12A 1WMXA 3PU8A 4AG4A 4R52A 2B9UA 4E4SA 2A3YA 5KHIA 5LW9A 2BNNA 1PX4A 3MLJA 1LODA 2ADDA 1NCRB 1NQJA 4LA3A 1ZRDA 5J1XA 2ZOEB 4PDWA 1E8TA 4HFSA 2HBUA 1L7HA 1VBD1 5EJZB 2HTVA 5JWPA 2HT7A 5DUXA 1OOPB 2P37A 2DVFA 2QVSB 4QQPA 4KS4A 3EBRA 1NMCA 1H9PA 4IFJA 4ATFA 2P2KA 2IXKA 4YG3A 3LEIA 1AX2A 1YQCA 4O5TA 2PAMA 4LBQA 1U0AA 2BOIA 3OTFA 2P3JA 4N8MA 3WY6A 4N43C 3SKVA 3AMQA 5I93A 1COV2 1H1AA 5A7SA 3O9KA 4EWEA 3NO0A 2HU0A 5FKBA 1AVBA 1YQ6A 3T0AA 3DPRA 1Q8PA 3NV4A 3POJA 4EWAA 2DUPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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