5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
2W20A 1PZ9A 3INAA 3JUUA 1MZ5A 3NN9A 2CWMA 2DTYA 4WZFA 2UWBA 3H0OA 2Q5TA 1QOSA 2DUPA 1WCQA 1Z4VA 3SH5A 4KBBA 2F24A 3SISA 3FLPA 2QWIA 1CR7A 1A78A 1W0PA 1ULGA 1IVGA 4GWNA 1S0FA 4U2AA 4NN9A 4YG0A 3MW2A 4LBQA 1Z50A 3M3OA 5NN9A 1LECA 4DPNA 4GALA 4LBQB 4GDJA 2A6VA 3UJQA 2ZGLA 4Y1VA 2D43A 5CAZA 5HUNA 3WZ1A 1OKQA 3ZSKA 1OFSA 2DVFA 1W6NA 4XJUA 4WVVA 5H9SA 1S0JA 1MZ6A 3AP4A 2PHXA 4GZXA 1W6NB 3PVEA 3WG1A 5CNAA 1IS3A 1FV2A 4CTEA 4K1ZA 4FPHA 4FZHA 1V2IA 1AXYA 1N47A 3CL2A 2HTRA 4R9CA 4XHBA 1JYIA 2WKKA 3WG2A 1FYUA 3OY8A 3IPVA 4XXPA 1WD4A 3Q9OA 5JOXA 1LGNA 3N7JA 3OY8B 3IPVB 1CJPA 2WSVA 3QCWA 1LHNA 3H71A 2D6OX 2WNEA 1LULA 2SLIA 3AZXA 3HN1A 1H9WA 1XOGA 4HZXA 1IKPA 1Z4WA 2ZGUA 3TI6A 1DQ6A 1H30A 1VALA 3FLTA 1N1YA 4GZWA 3WHTA 5DUUA 3ILFA 3AP6A 2QWEA 1Q56A 5BYNA 1QKQA 3D4KA 1L7HA 3OBTA 1MACA 4WA3A 3WDVA 5GZGA 1DGLA 3L2YA 3FBYA 2VK7A 2D6KA 2ZACA 1SCSA 2YA8A 1RIRA 4Q26A 5EYXA 4Y24A 4AGRA 5GZFA 5DUVA 1W8OA 4WVWA 3INBA 1IVDA 1UX6A 2HTWA 5T50A 4FPKA 3D6EA 2D6MA 4B7QA 4TZDA 1MR5A 2NMNA 3AZVA 3SH4A 2YA4A 1DIMA 4TYSA 1V6NA 1INFA 4U36A 4MWRA 3SNMA 1GNHA 2DVAA 4CPYA 4R9BA 4CPMA 4JCKA 2E53A 2FHRA 4ZKTB 1F9KA 3JU4A 2WT0A 4YG3A 2VW2A 2YV8A 4LBKA 4B7MA 1LHUA 3GVKA 3UL2A 3K36A 2W08A 4FPLA 3BIWE 3ZSJA 4LBOA 1BJQA 4B7NA 1V00A 4FPEA 3DUIA 3AJZA 4DGRA 5HUKA 1RINA 3V0AA 1G9AA 1AVBA 4HZWA 1V6IA 1WBLA 3OGGA 4XTPA 4H55A 1W6MA 3AYCA 1FV3A 3W59A 4YM1A 2ZMKA 1BXHA 1U0AA 1MS0A 1W6OB 1HQWA 2BATA 4MWWA 4XIOA 5E8AA 1N1SA 2PHFA 2WQZC 3AFKA 3AP5A 1JOJA 4MWUA 4KS1A 2JECA 1ULCA 2HYKA 3AZWA 1MS1A 2ZA9A 1XQNA 2NMOA 2D3SA 1OQ1A 4X47A 1BQPA 1A3KA 4XE9A 1B9SA 1LOGA 2A75A 5IT6A 2XZKA 1NSBA 1SFYA 1V0FA 4M3CF 5DG2A 2CL2A 4ISQA 4Y20A 1B09A 3D11A 1EUUA 4Y20B 5JOZA 4YGDA 1V6KA 1SO7A 3AZYA 5H9QA 3D5OA 4JF7A 3VKMA 4YW3A 2X9MA 4IQPA 3VKNA 1G9CA 2W5NA 3W58A 3A0NA 2A5ZA 5GLZA 2ERFA 2ZB6A 5GLWA 1HKDA 4C1XA 1WD3A 4NC5A 5JDBA 5KXCA 2WLQA 3B01A 1ULDA 3HMYA 4LBLA 4GZPA 3O0WA 2OUHA 2GNBA 1GV9A 3AP9A 5FRAA 4BM8A 4XBLA 3GNEA 2VK5A 1UZZA 3ZSMA 1H9PA 1JUIA 1N1VA 1I3HA 3M3EA 1CESA 1LOCA 3TI8A 1LENA 4WA4A 2GMEA 3K39A 3CNAA 4YGBA 5HUMA 3ZSLA 4HZYA 4FPJA 4Q8LA 3WLUA 1QDCA 5T5OA 2G4IA 4AVVA 1APNA 2C4LA 2C5DA 4Y22A 4Y1XA 4AWDA 3PJQA 2DU1A 1GKBA 5M1ZA 3WUCA 1W21A 1CPNA 3N36A 1QNYA 1WW7A 1LOFA 2SILA 2DTWA 1PZ7A 3ASIA 4DFSA 1LCLA 4HL0A 1IS6A 3NV3A 4H53A 1V3BA 1O4YA 1D0HA 4YW4A 3RRDA 2QWHA 1S0DA 3WCSA 2ZGQA 1URXA 3ENRA 2VVZA 2HTUA 3RSJA 5IK4A 1SNTA 1KDMA 2OUJA 2YDPA 3BEQA 4K1HA 3AYAA 1UAIA 1Z4ZA 2F26A 5JVVA 2CYFA 4CPOA 1KJLA 2UU8A 6NN9A 5AVAA 4H52A 4FOWA 1L7GA 2UURA 2D6LX 2ZGSA 1HDKA 1DZQA 1ZA4A 4DQAA 2PHUA 2QWJA 2QWCA 4Y1UA 1INWA 1LGCA 5JOYA 1SLBA 3NV2A 4BBWA 1LESA 4XJQA 4QN4A 1UN1A 2GN3A 2ZAAA 1X50A 2B8HA 2ZHLA 2HU0A 2ZMNA 5KXEA 1CVNA 4MWJA 5H9RA 2ZB5A 2A7AA 3OBRA 3AXEA 2QWAA 3AK0A 1CONA 2PELA 5F5QA 1GBGA 1S1AA 4PQ9A 4XIKA 3K37A 1LU1A 1ULEA 1SLLA 3RMXA 4GZOA 4M00A 3T2TA 1V3CA 1GICA 1XOEA 2PHWA 4XHXA 1AZDA 1S0BA 3SLIA 4YLZA 2AUYA 3PVOA 1V3EA 4Q1PA 4PBOA 3ALWA 3B9CA 2D7FA 4FPCA 2E7QA 1KITA 4FPOB 2QWDA 2GNTA 2CTVA 1R1ZA 2W5OA 2F27A 4BLIA 1J1TA 2A71A 4BMBA 1IVCA 4YGEA 4UW5A 4XZPA 1ENSA 1LODA 3AYDA 3R4SA 5DZEA 4YZ2A 3O5SA 1C57A 3ZYRA 4K21A 3LCPA 2BERA 1MS3A 2JE7A 2DURA 4LBNA 1INYA 1WLCA 3KM5A 1VIWB 1LGBA 1BJIA 1Q8QA 4HZZA 5DZGA 3WNXA 2DUOA 1C1LA 3VKLA 4JRAA 3I8TA 4MWLA 4W65A 4WEFA 1BYHA 1QF3A 1SACA 2ZGTA 3VV1A 1LHOA 1SLTA 2NP0A 4BPZA 4ITCA 3H6JA 4X4AA 4P9XA 3TI5A 3V64A 1AXZA 5KXDA 4FQ4A 5T55A 1AX2A 7NN9A 2F10A 5GM0A 4XMIA 3CL0A 5DXDA 2P3IA 3SITA 1EUSA 2F11A 4UW3A 2H0BA 4X49A 1MS4A 1GSLA 1EPWA 2ZGMA 2E6VA 2ZMLA 3ZYPA 1QU0A 2P34A 2EXJA 2SBAA 1ZM1A 1KDKA 1W0OA 4XJRA 4ATEA 4NO4A 1CIWA 1GNZA 4K20A 4UW4A 5B2CA 2HTQA 2ZHKA 1WW4A 4UF7A 1GZCA 4MWYA 4K3YA 3JU9A 3U4XA 4D8SA 1YI7A 3B3QE 3OJBA 2D44A 4XJ8A 1A4QA 1YYNA 5IUQA 4ASMB 2D3RA 4GEZA 5IK7A 1Q8OA 4GJTA 4MYEA 3POWA 4CRQA 2A6XA 3AP7A 4Y1ZA 4QN6A 4K1YA 2I2SA 3I4IA 4M4VA 1ENQA 2CWSA 1SLIA 2AR6A 1V0EA 2EIGA 2GN7A 3ZVXA 2C9AA 5GALA 2AH2A 1NLSA 2DWRA 5KXBA 4AGVA 3RQ0A 1V6JA 2GMMA 1WBFA 2VUAA 1AXKA 5LK5A 4OZXA 4LBQD 1V0ZA 1MS8A 4K1JA 1W6OA 3NV4A 1IVEA 2YDTA 4ZXKA 5JOWA 3TIAA 3WUDA 4Q6KA 2TEPA 1ENRA 2LTNA 3O0VA 3TI3A 1E8VA 1CN1A 2OVUA 2UWCA 1N3QA 2EAKA 2ARXA 4I30A 1G9BA 2R16A 1Q8SA 3QLQA 4BLJA 2ZZJA 4YGCA 4AVSA 2QWBA 4KS4A 1S0CA 4RA0A 2CY6A 5HCBA 2GALA 4PCRA 3A0KA 3WDTA 2BQPA 1A8DA 4K1IA 2RKCA 2A3WA 1Q8VA 4CZSA 1O4ZA 1INHA 2A3XA 2C4AA 1IVBA 3M1HA 1IS4A 4NCSA 2CMLA 3DGTA 1QGLA 1DQ0A 3VUOA 2P3KA 4I00A 4FVKA 4LBJA 1LEDA 4XXAA 3ZXKA 4BMEA 2XZJA 2R1DA 2ZHNA 4QN7A 1USRA 1AJKA 4QNPA 1HLCA 2HT8A 4ISRA 2DVDA 3WVJA 3GVJA 3V65A 4L8QA 1BKZA 4XYXA 4C1WA 2F12A 2Z42A 2DVBA 3ILRA 1AJOA 1B9VA 2JD4A 5FREA 4XILA 1WLWA 5DG1A 1Z78A 1Z4YA 1INGA 1A4GA 1JBCA 2ZHMA 1NCAN 4MZAA 1GZWA 1FATA 4LBMA 1KQRA 2WJSA 1I1EA 1NMAN 3AXDA 2A6ZA 4R9AA 1GZWB 2VH9A 3FUQA 1SBEA 2VY0A 3MW4A 2ARBA 2ZGOA 4HZVA 1FX5A 1G9DA 2NN8A 2YMZA 2SIMA 2VW0A 1NN2A 1N3OA 2XG3A 1EUTA 1TEIA 4FP2A 1INXA 2DU0A 3TIBA 2DYCA 3T1MA 3A71A 2VXRA 2A3YA 3R4UA 2HT5A 1PZ8A 1UL9A 4FQZA 1DLLA 4FPFA 3SILA 2XZIA 4AGGA 4QN3A 1NCBN 4WV8A 3TAYA 1S0EA 4FJ6A 1C4RA 1SCRA 2PHTA 3RMYA 1YIFA 1Z0HA 5L73A 3FLRA 1IVFA 4PF5A 3ZXLA 3K3AA 3A4UA 3TI4A 4FOYA 4XJWA 2AEQA 1V6OA 3N35A 3AZZA 1LOBA 4XJZA 2QWFA 1E8TA 1Y7BA 2VU9A 4QN5A 1VCUA 4XBNA 2QWKA 1VAMA 3AJYA 5CA6A 1W6PB 2JKBA 4Q1RA 1MWEA 2F13A 2OW4A 4MWQA 3IKWA 3N3HA 4YZ1A 5GLVA 1IS5A 4YFWA 3TICA 1G8WA 1F8CA 4YZ5A 2D3PA 1QNWA 2F28A 3O9JA 2GMPA 2B7YA 4GA9A 1DQ4A 1LOAA 3AX4A 3C2UA 1FNZA 3IM0A 1A14N 1ONAA 2ENRA 5H9PA 2YZ4A 4GZSA 4PBPA 5GZCA 2R49A 4M3CE 3W09A 3BTAA 2WT1A 3WCRA 5CB7A 2EF6A 2NYYA 5EWSA 2NZ9A 4GZQA 3KQRA 2W38A 4GZTA 3POSA 2LALA 2QWGA 2RHPA 2VK6A 1DBNA 5HUGA 1N1TA 2YXSA 5GZEA 1DIWA 1JYCA 4MWXA 4FPGA 2YROA 3M2MA 5SV8A 1WUVA 4MX0A 1F8EA 4M4NA 2VWDA 1LJ7A 2ZGPA 1SBDA 5T5PA 4YW2A 4M4UA 4DRRA 4J9TA 1QMJA 4Y26A 4MWVA 4Z8BA 4P9WA 2AENA 2V5YA 5EYYA 1MS5A 5DUWA 3RS6A 1ULFA 1F8DA 1GLHA 4CPLA 3A72A 1W1XA 3K38A 3O12A 2DV9A 4WA5A 2ZGKA 2EXHA 2AYHA 1C1FA 1FAYA 3N7LA 3M3QA 4YM2A 2ZGNA 4M01A 3LSDA 4B7JA 1MVEA 1KJRA 1B9TA 2XCYA 3SANA 3V0BA 2ZGRA 5HCFA 1EURA 1IOAA 3V0BB 3H73A 2E51A 2P37A 4YM0A 2YA5A 3N7KA 3ILNA 1LEMA 3POYA 2F25A 1S0IA 3MPPG 1BZWA 2GNMA 2XB6C 4DS0A 2EALA 1CPMA 4KS5A 3D12A 1MS9A 3WOGA 1G9FA 2JDZA 1KRIA 1G7YA 1SBFA 5JMCA 4XOGA 4YW1A 2R0FA 1FNYA 1AF9A 3VKFC 3WDXA 3MW3A 5T54A 1YXWA 3UK9A 2HU4A 2AREA 3IMNA 1UMZA 4Q27A 3SALA 4ATFA 2BF6A 3UJOA 1QOOA 4MJUA 4CPZA 4YG6A 4NOTA 3WV6A 2GNDA 4XMAA 3PMEA 1NNBA 4YZ4A 3CKZA 2WT2A 4Q8KA 1WW6A 4UW6A 2HTYA 1QDOA 2V73A 3USUA 3O9KA 2EXIA 4MC7A 1LOFC 1F8BA 3IN9A 2AEPA 5T5LA 3OPZA 1G86A 3T1EA 3USUB 4RL7A 1W6QA 2BZDA 5IK8A 1DQ2A 4FPYA 1UPSA 1W6QB 3TB0A 4XJ9A 1DILA 2WSUA 1QOTA 2D6NA 5E88A 2A70A 3B7EA 1YO8A 3V0AB 4FOQA 1SLCA 3NSSA 3ZPYA 2F0ZA 2E7TA 1JN2P 1W6MB 1INVA 1S0GA 3B69A 2ES3A 4SLIA 5GLTA 2P3JA 4D69A 5DUXA 4GDIA 1NCDN 4FVVA 1N3PA 3VKOA 3BODA 1IKQA 2CNAA 3PVNA 3NWKA 3ATGA 3ZXJA 3RG0A 4P9YA 3O0XA 1W8NA 1DYPA 3MEPA 4GB1A 1D2SA 5CBLA 2PHRA 1F5FA 2W52A 4FP3A 2FMDA 4JC1A 2R1BA 4FOVA 1Q8PA 3FFZA 1YRZA 4K1KA 3LSEA 3FUOA 1GANA 5HCAA 4MZEA 2EXKA 4Q2FA 4KS3A 4XTMA 2NM1A 1V6MA 3HR9A 5HX0A 1NNAA 2AGSA 2YA7A 5DZFA 2D6PA 5B2DA 2VSKA 1NSCA 1WCSA 3WDYA 2GDFA 5E89A 1LHWA 3ZXFA 1NMCA 3R05A 2YY1A 1V3DA 2ZABA 1V6LA 2HT7A 1NXD1 3WDWA 1MVQA 4GXLA 1VLNA 1VCJA 1UZYA 4R9DA 5JYYA 1HQLA 4X6KA 4BQ1A 4XDQA 2DUQA 1NSDA 1WLDA 1JXNA 4BOWA 5F9TA 3B00A 2VW1A 3M3CA 4F83A 3AYEA 1JHNA 5JLVA 1NCCN 1UKGA 1VAVA 3H72A 5EXOA 1DYKA 5T52A 1CQ9A 3WDUA 4B7RA 1LHVA 5T5JA 4KS2A 3ZXEA 4CPNA 1NMBN 1RITA 2R0HA 3N7MA 1DQ1A 1NNCA 2JE9A 4Y22B 1LU2A 1E8UA 1Z4XA 3NV1A 1LTEA 3BOPA 2ZKNA 1JW6A 3WHUA 2VSMA 4Y1YA 1DHKB 4XBQA 3CYEA 1GZ9A 3OYWA 4DRVA 1F31A 5GZDA 4M3CA 2HTVA 4YW5A 4AYUA 3OYWB 1L7FA 2KM2A 4GKYA 3WG4A 4YFZA 4M3CB 1DQ5A 1WW5A 2F29A 4YZ3A 3SH3A 4AVTA 2P2KA 1W6PA 2UWAA 3WG3A 3GVLA 2A6WA 4XJAA 2YA6A 2JJ6A 2W39A 3GALA 2ZBJA 3T1LA 5GJ6A 1USXA 1LOEA 3APBA 2DVGA 4MJVA 5GLUA 1GYKA 2A6YA 1AX0A 4M3MA 4HIZA 3ALXA 4GWMA 4YM3A 1W20A 1DFQA 1AX1A 4P14A 5IK5A 4HANA 2W68A 4WEGA 1SLAA 4GKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H1MA 3Q8BA 1Y4WA 4RFRB 5F5IA 3VB9A 2BDRA 2W20A 1PZ9A 3VBSB 5JZGC 3BPSA 3INAA 1VJ2A 2QE3A 1EAH3 3AKRA 3JUUA 1MZ5A 5F72C 1H2MA 1RUI3 4L9BA 5A6XA 3NN9A 3BVCA 5A3UA 1W8UA 2CWMA 1DU3D 2ET1A 5BUVA 4K8RB 4FSJA 2DTYA 3ORJA 3HNYM 3HJRA 4WZFA 2UWBA 3H0OA 2P1BA 4LTAA 4YVWB 1F15A 5CG9A 2Q5TA 1QOSA 1DGWX 2DUPA 4Q4Y2 1WCQA 3NO0A 1Z4VA 3KF5A 1XNBA 3SH5A 4KBBA 2F24A 1XNAA 5FP7A 1OSGA 3Q8CA 1C5HA 2FLUX 4S2GA 3SISA 3FLPA 2QWIA 3PNAA 1CR7A 4FFGA 1A78A 5FPBA 2HWD1 1UMHA 2X10A 2IAXA 4LLOA 2JDAA 2VZ3A 1NLQA 2WO1A 4BQ2A 1W0PA 4JGYA 4UBHA 1ULGA 2ZKLA 3UV9A 2WBKA 3EQEA 3DPRA 2XJRA 3VNGA 1COV3 1IQDC 2WS92 1M06G 1HV0A 4N1BA 3C7OA 1QJY3 4EN7B 1IVGA 4GWNA 1K3IA 3LPFA 1S0FA 4HPKA 4IV1A 4IE5A 4X8PA 1HW5A 5FZCA 5FYHA 2O8QA 4U2AA 5LW9A 4NN9A 3DKWA 5FZ7A 4QWNA 1L7QA 4YG0A 2XHNA 3CKHA 1OH4A 2WDBA 4IV1B 4Q0QA 1WCDJ 3MW2A 1JOPA 4A7ZA 4IN4A 4LBQA 4XUPA 3BB6A 1Z50A 1NA1C 2VNGA 3M3OA 5C3PA 4AW7A 5NN9A 2O0OA 5HV0A 1PNGA 1DP0A 1H0BA 2VVFA 1LECA 2IAQA 4DPNA 4GALA 4O5SA 4AEMA 5LCWL 4LBQB 4GDJA 3DYMA 5AC93 3WDZA 3R6SA 2A6VA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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