1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords trans-sialidase
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
1MS9A 1PZ7A 1GZWB 3ATGA 2AR6A 2W20A 1UZZA 4FVVA 2WNEA 1FYUA 1JXNA 3O9KA 1V3DA 2RHPA 3CL2A 1MS1A 2ZGTA 3OYWB 1LOGA 2HTQA 4KS4A 2D3SA 3SH5A 1IOAA 1Z0HA 4AGVA 2KM2A 1Z4XA 1PZ8A 1DQ1A 3N7JA 1W21A 3O5SA 4Q27A 2QWBA 4YZ5A 4MWJA 4BOWA 2HTVA 1QGLA 5HUNA 1Z50A 3HR9A 4KS5A 4GZTA 4XXPA 1G8WA 2ZGQA 4K1HA 1G9AA 2ES3A 3L2YA 4ITCA 3OGGA 1ZM1A 4W65A 1W0PA 2JE9A 2B8HA 2VSKA 3IKWA 1D0HA 4YW2A 2CY6A 4YW5A 3VV1A 5GJ6A 4KS1A 1ULDA 2NM1A 1F8DA 4QNPA 3M3OA 1LECA 2YY1A 3M3EA 4BMEA 1ULEA 1YI7A 2F10A 1EPWA 1NNAA 5GLZA 2BATA 3FUOA 2ZHMA 4PBOA 1F8CA 2F27A 2DTWA 1MS8A 4GDJA 1ONAA 4MWXA 3AZXA 2F12A 1NSCA 1DLLA 4FPGA 3POYA 4XJRA 3AP6A 4IQPA 4XXAA 1YRZA 1MACA 4Q6KA 1A14N 1DIMA 2A71A 1GYKA 4H53A 4Y26A 2HT7A 2YA5A 3MPPG 1TEIA 5GZEA 4BQ1A 3O9JA 3ZYPA 2ZKNA 5JYYA 2VXRA 1KJLA 3W58A 1OKQA 1AJKA 4XTMA 4MC7A 1LGCA 2D3RA 2VW1A 1BXHA 4M4NA 2W38A 2HT8A 3SLIA 2QWAA 3CKZA 2ZGOA 3IMNA 4HZVA 4WZFA 4YG6A 2WSVA 1JBCA 2F13A 1LHUA 3AXDA 3WCRA 2UWAA 3ZXLA 5DG1A 1IVDA 1APNA 4JC1A 3HN1A 2VW0A 2VK7A 2YROA 1NXD1 1KDKA 2YA8A 4YZ1A 1SACA 3ZSKA 2DVDA 5T52A 5DXDA 1SO7A 5CAZA 3VKMA 1Q8OA 3D5OA 2OVUA 4K1KA 1SCRA 3MW3A 4MZAA 5H9RA 4P14A 4FPEA 2I2SA 4XJAA 2QWDA 1URXA 3V0BA 4U36A 1U0AA 3V0AB 5HCAA 1LU2A 1ULCA 1SFYA 1FX5A 3O12A 4RL7A 1NCBN 1V3CA 2F26A 2A3YA 2ZGNA 2ZHLA 2UU8A 1JN2P 3TI5A 2CL2A 3A0KA 5HUGA 3RQ0A 1ZA4A 1HDKA 3NV2A 2EIGA 5EYXA 3FUQA 5GALA 4LBOA 4LBQD 1Q8VA 1W6OA 2ZHKA 5JOYA 1NN2A 4KS2A 2EXHA 1Z4WA 5DZFA 3TI4A 4YM1A 1W6NB 1INHA 5HCBA 4XMIA 1N3PA 5EXOA 3TICA 1AZDA 4HANA 3MEPA 1KQRA 1CPNA 4BMBA 1AX1A 1MS0A 1V6IA 2R0FA 1GBGA 3SALA 1DBNA 4JCKA 4YG3A 3H72A 3N36A 3WDYA 3VKFC 1IKQA 3AZVA 1F8EA 2C4LA 4JRAA 1QNYA 5T50A 3WDWA 2YDTA 3RMXA 3QLQA 5GZGA 4XJUA 2PHTA 2ZB5A 3AZZA 3RRDA 4K1ZA 1MZ6A 4YW1A 2ZGUA 4PBPA 1WCSA 4GZOA 3K3AA 2UWCA 2P37A 4XMAA 1C57A 3UJQA 1Q56A 1ULFA 5GM0A 4K1JA 3AP7A 4C1XA 4NO4A 2CNAA 1A78A 3IPVA 4JF7A 1HQWA 3ENRA 4DRVA 1KRIA 2AEQA 3AYCA 1LENA 3WOGA 4AYUA 3W09A 4XJQA 4PCRA 2DURA 2UWBA 2E7TA 2BF6A 1NNCA 5JLVA 4QN6A 5H9QA 1WW7A 1LOFC 1D2SA 4Y1VA 3BTAA 1DFQA 4FP3A 2F28A 2DVGA 2ZHNA 1IVCA 4R9DA 3H71A 4MWVA 4CPNA 2D6LX 2XZKA 1JHNA 1DYPA 4Y22B 2DV9A 2GN7A 3FFZA 3B01A 4XJWA 4ZXKA 1VIWB 2QWEA 3RMYA 3SH3A 4GEZA 3NV1A 1I3HA 1W6PB 3D12A 1H30A 5F5QA 2BERA 1AXKA 3POWA 2HU4A 1FNYA 1NMBN 3AJYA 4WVWA 4M4VA 1O4ZA 4Q8KA 4GXLA 4R9CA 4YZ3A 1NMAN 1IVGA 2GMEA 3H0OA 4FOQA 2WLQA 4WEFA 4CZSA 2AEPA 2LTNA 3WG4A 4XJZA 2GNDA 4AVSA 4GDIA 1SCSA 1W6QA 1UAIA 4BLIA 4GZXA 1SLTA 3AXEA 1QMJA 1WCQA 2VSMA 1LHNA 4K21A 3R05A 1E8UA 3AYDA 4MZEA 4FPOB 3WV6A 5JOZA 1KJRA 6NN9A 2DVAA 2PELA 3OY8A 4FPFA 7NN9A 2W5OA 1SBFA 1E8VA 1CONA 1SBDA 2ZGLA 2PHXA 1LEDA 2WT2A 3WG3A 4CPLA 4I00A 3MW2A 1LGBA 3ILRA 2WT0A 4PQ9A 4XTPA 1V0FA 1DGLA 1C1LA 1N3QA 1MS4A 2ZB6A 4AVVA 2BZDA 2HYKA 1GSLA 4QN7A 3CL0A 4LBQA 1N3OA 1NMCA 4FOWA 3W59A 2NMOA 3USUA 2R49A 4HZYA 2ZA9A 1SBEA 1Q8PA 2D43A 2EALA 3ZXKA 4MJUA 1ENRA 2PHFA 1JOJA 3ALXA 3A0NA 1IVFA 1DIWA 5M1ZA 3T2TA 2DWRA 2EXKA 1VCJA 3WG1A 4TYSA 5NN9A 1S0FA 1GANA 3VKLA 3CNAA 1WLDA 2D44A 4XZPA 2R1DA 1GZWA 3N3HA 2AREA 2Q5TA 4K3YA 4CPOA 5GLUA 2ZABA 1V6KA 1BYHA 2A6YA 3OYWA 3ZSLA 1AX0A 1GLHA 1W20A 5E89A 1JYCA 3I4IA 2VWDA 5DUXA 4F83A 3OBTA 3K39A 4XJ9A 1V6OA 1VAVA 4ATFA 2A5ZA 2VK6A 1SNTA 3HMYA 4X47A 2F25A 4FOVA 1WD4A 4MWLA 3A72A 2RKCA 4FQZA 1QDCA 1G9BA 1QOTA 1YYNA 5T55A 1QF3A 1W6MB 1LU1A 4Y20B 3NSSA 1G9CA 1MVEA 1WLWA 1YIFA 3BIWE 4AGGA 4FQ4A 2FMDA 4LBJA 2QWHA 4FJ6A 2EXIA 2HU0A 2GALA 1NNBA 3V0BB 1VLNA 4XHBA 1UKGA 3POSA 3WDVA 4Z8BA 1CIWA 4J9TA 5AVAA 5JMCA 2D6NA 4MWUA 4Q26A 2DUQA 4X4AA 3WZ1A 1XOGA 1INFA 4KS3A 4M3MA 2WJSA 1WLCA 2R16A 4WV8A 2NZ9A 4TZDA 2XG3A 1L7GA 1NSDA 2SILA 4B7RA 1USRA 4FPHA 1B9VA 4Q2FA 5BYNA 2DTYA 2UURA 1NLSA 3PJQA 3K37A 4I30A 3TIBA 4GZQA 1UN1A 3SANA 3I8TA 5GLTA 4C1WA 5H9SA 3AP5A 3ZXFA 3BEQA 1MZ5A 2P34A 1FATA 1LULA 5IK4A 1DHKB 3DGTA 1RIRA 5IK8A 1A3KA 4YFZA 2YV8A 1DILA 1Z4VA 1W8OA 2P3IA 2QWGA 4NCSA 3AZWA 4P9WA 3WVJA 1L7HA 1S0EA 3VUOA 1LCLA 1CJPA 3SH4A 3PMEA 4QN4A 1LOFA 1MS3A 3D4KA 5EWSA 5GLVA 2ZACA 2GNMA 3RS6A 1IKPA 4YW4A 1MVQA 2C9AA 1V6MA 2YDPA 5E8AA 5HUMA 5SV8A 4L8QA 4H52A 4M4UA 4UF7A 4Q1PA 2EAKA 2HT5A 3ALWA 4FPJA 1NCAN 3UL2A 3OBRA 2PHWA 4BM8A 4Y1ZA 2E53A 1V0EA 1FNZA 2B7YA 4BBWA 5JVVA 4YZ2A 2QWCA 3OPZA 4Y1YA 2NYYA 1W8NA 5JDBA 2F11A 1NSBA 3V0AA 4ZKTB 3UK9A 5JOWA 2YA6A 2D7FA 1LHWA 1A4GA 4SLIA 3TAYA 3NWKA 1ULGA 1S0GA 4XYXA 2CTVA 4FPKA 2WSUA 2JJ6A 2GMMA 4YFWA 4DPNA 1C4RA 1GV9A 3IN9A 1CR7A 1FV3A 1V3BA 2ZGKA 4XE9A 4YZ4A 3V65A 2W5NA 1INXA 1DQ0A 2DVFA 2VVZA 5DUVA 1SLCA 5HX0A 1L7FA 2XZJA 5T54A 5KXEA 2F0ZA 1S0IA 2A70A 2ZGMA 4MX0A 1VALA 2PHRA 4X49A 2NMNA 5GLWA 4NOTA 1W6NA 2X9MA 4OZXA 4DFSA 1V00A 3ILNA 5GZFA 2W39A 1LODA 5CBLA 1SLAA 1SLBA 1GNZA 2A3XA 4DS0A 2D6KA 2DVBA 3PVNA 4CRQA 2A6VA 3INBA 1CN1A 2A6ZA 2GMPA 2H0BA 5GZDA 4HZZA 3ZXEA 1BJIA 3ZVXA 3LSEA 1G9FA 4UW3A 2OUJA 1XQNA 4M3CB 4DRRA 2D6MA 3R4UA 2ZZJA 4YGDA 3ZPYA 4FOYA 1IVEA 2ZMLA 3M1HA 1B09A 4XBNA 1YO8A 3O0WA 1IS6A 4YW3A 4PF5A 1RITA 2VUAA 3JU9A 1F5FA 2HTWA 3WDXA 3RSJA 4QN5A 2R1BA 2AYHA 2GN3A 1AJOA 1V0ZA 4YLZA 3SISA 2YZ4A 4FVKA 1USXA 1BJQA 2CMLA 4M01A 5H9PA 3TI8A 3WG2A 3NV4A 2W52A 4H55A 3TI3A 2W68A 5GZCA 4UW6A 2OW4A 5FREA 1EUSA 1LGNA 2ERFA 1A8DA 2AH2A 3D11A 1QNWA 1DQ2A 1EUTA 3LCPA 3M3CA 1ENSA 4UW5A 3B00A 4GA9A 4ATEA 2VW2A 2QWFA 3U4XA 4KBBA 4M3CF 4B7NA 2DUPA 1F9KA 2WT1A 3NV3A 1QDOA 1G7YA 4Y22A 1QOSA 4XIOA 3KM5A 3B9CA 2SBAA 3WUCA 1FAYA 1CESA 4Y24A 1CPMA 3AP9A 4D69A 3OJBA 4GALA 3AYEA 1INYA 4Y1XA 2A7AA 2E6VA 4XHXA 3IM0A 3B7EA 4MWYA 2ZMNA 1W6PA 1BKZA 3M3QA 1INWA 1O4YA 2P3KA 1KITA 4AWDA 4YM3A 3A4UA 3GVJA 5T5PA 3ZSJA 3K36A 5CA6A 1Q8SA 4P9YA 1WBLA 5CB7A 3ASIA 2SLIA 1KDMA 4WEGA 1X50A 4ASMB 3R4SA 2HTUA 5DUWA 3KQRA 1RINA 1DYKA 4FPLA 5KXBA 4B7QA 4P9XA 2YMZA 2HTYA 2V73A 3VKOA 2JE7A 1NCCN 1NCDN 3GVLA 3H73A 3B3QE 1GKBA 3B69A 1S0CA 4GZSA 2EF6A 1HLCA 1V6LA 4MYEA 2E51A 4YG0A 2QWIA 4B7JA 4MWRA 3GNEA 1N47A 2ZGRA 4CTEA 3UJOA 1AX2A 1V3EA 2D6OX 3WHTA 3M2MA 1C1FA 4MWQA 3INAA 2WKKA 5DUUA 2A3WA 4MJVA 2NP0A 3T1LA 2ZMKA 2HTRA 1Z4YA 4XBQA 4DQAA 4GWMA 5F9TA 4X6KA 3FBYA 1AVBA 1B9SA 3ZXJA 2P2KA 1CVNA 1QKQA 4YM2A 3WDUA 2E7QA 2YA7A 1GZ9A 1AXZA 1UL9A 2XB6C 4Y1UA 2DU0A 3ZSMA 1WUVA 2ZBJA 1I1EA 1BQPA 3PVOA 3VKNA 4ISRA 4LBKA 3C2UA 4NC5A 1H9PA 1N1TA 2R0HA 2DYCA 1V2IA 1S0BA 3K38A 3BODA 4BPZA 2GNBA 1LJ7A 2ARXA 3N7LA 2AENA 4GB1A 5DZEA 1W6OB 4MWWA 3WCSA 3T1EA 2JKBA 2TEPA 2YXSA 5IT6A 4CPYA 5IK5A 1PZ9A 3AFKA 3MW4A 2D3PA 4DGRA 2ENRA 2C4AA 1LTEA 5E88A 1WBFA 4R9BA 3TB0A 2DU1A 2WQZC 1W6MA 3WLUA 4GZWA 4Y20A 4R9AA 2ZGPA 2AUYA 1H9WA 1WW6A 3WHUA 1S0DA 1MWEA 4K20A 3N7MA 1GZCA 3BOPA 2FHRA 1LESA 1F31A 1GNHA 1IVBA 1DQ4A 3JU4A 3N35A 3AZYA 3TI6A 5DG2A 2P3JA 3WDTA 1JYIA 4M3CE 1XOEA 2G4IA 4LBLA 1F8BA 1EURA 5EYYA 4B7MA 2Z42A 1J1TA 1IS3A 2EXJA 2BQPA 2GDFA 1DZQA 3H6JA 4WA5A 3IPVB 4AGRA 2NN8A 4YGEA 4HZXA 2GNTA 1MS5A 2CWSA 1G86A 2VY0A 4QN3A 3WUDA 4HIZA 4GWNA 1Z4ZA 1VAMA 3N7KA 2ZGSA 3AYAA 4YGCA 4NN9A 2A6WA 1GICA 4CPZA 1B9TA 4K1IA 1N1YA 1Y7BA 4GKXA 2CWMA 4HZWA 2CYFA 4CPMA 1S0JA 3DUIA 4HL0A 3GALA 5LK5A 1SLLA 1Q8QA 5HCFA 1VCUA 2PHUA 3ILFA 4ISQA 1QU0A 4UW4A 1HKDA 2VH9A 2VU9A 1UPSA 1OFSA 3LSDA 3GVKA 2JDZA 4XBLA 2F29A 4Q8LA 3WNXA 1E8TA 3D6EA 1W0OA 1AF9A 2QWKA 1INGA 1Z78A 1UZYA 2D6PA 4AVTA 2AGSA 5DZGA 4XOGA 3RG0A 5JOXA 3A71A 4GKYA 3SNMA 1UX6A 5T5JA 1AXYA 1UMZA 2YA4A 2C5DA 4LBNA 1MR5A 2A6XA 4M00A 1ENQA 3JUUA 4XIKA 1V6JA 3V64A 1WD3A 1LOBA 1LOEA 5L73A 3QCWA 1LOCA 1EUUA 1N1VA 1SLIA 1W6QB 2QWJA 1WW4A 4FPYA 2XZIA 5T5LA 1G9DA 4FPCA 3FLRA 3FLPA 4WA3A 1LOAA 1DQ5A 3CYEA 3SITA 4YGBA 1IS4A 2F24A 1N1SA 3OY8B 3PVEA 3AX4A 1V6NA 1CQ9A 1WW5A 1QOOA 3AK0A 5B2CA 2V5YA 4LBMA 4RA0A 4YM0A 1W1XA 4FZHA 2OUHA 1LHOA 4U2AA 1JUIA 2SIMA 4WA4A 2LALA 5CNAA 4GZPA 1LHVA 4FP2A 2XCYA 4XILA 4XDQA 1YXWA 4Q1RA 3APBA 4GJTA 3O0VA 1DQ6A 2DUOA 3SILA 1JW6A 4LBQB 1A4QA 5KXCA 3Q9OA 2JECA 5FRAA 1OQ1A 1R1ZA 4K1YA 5IUQA 3NN9A 3USUB 5HUKA 3AP4A 4WVVA 4BLJA 5T5OA 1INVA 3FLTA 5IK7A 1FV2A 2JD4A 3TIAA 5KXDA 1HQLA 4D8SA 4XJ8A 2W08A 4M3CA 1IS5A 3O0XA 2ARBA 3T1MA 3ZYRA 3AJZA 1LEMA 2A75A 5B2DA 2ZAAA 1BZWA 2VK5A 1S1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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