4FP3A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(furan-2-ylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp3A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp3A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp3A02
4P9YA 5GZDA 1LULA 4MWVA 2HU4A 2PHTA 4AGRA 3SALA 1UN1A 3D6EA 3CNAA 4GKYA 3RRDA 2WKKA 1SLBA 1QDCA 2HTVA 3ILRA 4KS1A 2A5ZA 2HT7A 1NNAA 1N1VA 4MZAA 2EXIA 3MW3A 2DVBA 1DHKB 1BJQA 1URXA 1BYHA 3M2MA 3WDTA 2F24A 2D3SA 1SLTA 2UWCA 1SBEA 2YMZA 2H0BA 4LBQD 3K37A 4BQ1A 3N7JA 3WUDA 3WHUA 1I3HA 2XCYA 1CVNA 4KS5A 1FATA 2WNEA 4DRRA 4P9XA 2R1BA 3AZYA 4MJVA 2ZHLA 5HUNA 4XJ8A 4LBKA 3SLIA 3ZXKA 4WEGA 3CKZA 5DZGA 3QCWA 1W6PA 3AJYA 2CNAA 4XJWA 3N36A 5CBLA 2HTQA 1V0ZA 1W6NA 2P3IA 1A78A 2DVGA 1S0GA 1MS5A 4MYEA 4YM2A 3R4SA 1YXWA 1Z0HA 3KQRA 3V65A 2EAKA 1C57A 1WW7A 4UW4A 3BEQA 1LOAA 1V6JA 4XOGA 1N1SA 4U36A 1BQPA 1V3CA 4K1YA 1IVFA 1J1TA 3A71A 1MACA 4ATEA 4KBBA 4BBWA 1SLLA 3OYWB 4LBNA 2C4LA 2W52A 1WCQA 3PVOA 4DRVA 1VIWB 4KS4A 1ZM1A 1W0PA 2ZHKA 1NNCA 4FQ4A 5E88A 3HN1A 4Y1ZA 1O4ZA 4C1XA 3M3OA 1S0FA 4YG0A 4R9BA 2JE7A 4XIKA 4K1ZA 3RMXA 3POWA 4SLIA 1SFYA 1ZA4A 1WD4A 4LBQA 2GNBA 1B9SA 4FQZA 3TIAA 3RS6A 2DWRA 2P37A 3WCSA 3K36A 3OY8A 2YDPA 2YXSA 5JOWA 4H53A 3N7MA 2A7AA 2D7FA 1CPMA 5B2DA 3WDXA 1MVEA 4XE9A 1OKQA 1KDMA 4I30A 5CAZA 3AP6A 2ARBA 5E89A 4Q8LA 1W6QB 4XXAA 1N3QA 4YGEA 3AZWA 1LOFC 5M1ZA 3WNXA 1AX1A 3VUOA 1QKQA 2RKCA 1NSBA 2A3WA 1H30A 1G9DA 4GDIA 4MX0A 1F31A 1MS9A 2WQZC 3K39A 5L73A 4DQAA 7NN9A 1IVBA 1HDKA 2C4AA 4Y20B 3MPPG 4PBPA 1V6IA 1LESA 2P34A 4R9DA 1Z4ZA 1JBCA 1WBLA 2VK6A 5T54A 2VK7A 1JYIA 4B7RA 5GZFA 2ZMNA 4ZKTB 1W0OA 1N47A 2AUYA 3IPVB 2A3XA 1G7YA 3V0AB 2ZKNA 2DVFA 1Y7BA 2XZIA 3OPZA 4FP3A 2QWEA 1VALA 1V6KA 5T5PA 1G9FA 4GWNA 1LECA 4NO4A 3USUB 4L8QA 1HKDA 1V6OA 4XILA 4JF7A 1SLAA 5HUKA 5JLVA 4YW2A 3ZXJA 3CL2A 4XJUA 3SH5A 4CZSA 4M3CF 1IS5A 4QNPA 1ULEA 2EALA 2ZB6A 2ZGPA 1ENSA 4FPHA 5IK8A 1INFA 4YW4A 2ZGRA 3OBTA 1Q8OA 4XJRA 1DQ1A 1VAVA 4YGDA 1FV3A 3H73A 2ZMKA 5F5QA 3UJOA 2ZGOA 1VAMA 1W6OA 2ZMLA 4Y22A 1MS4A 1FYUA 2CL2A 2D3RA 2XB6C 3TAYA 4H55A 5FRAA 3WDWA 2C5DA 3UL2A 1UKGA 2GMMA 4YW5A 1KJRA 3FBYA 4UF7A 4CPNA 3O0WA 1AJKA 2P2KA 1F9KA 2OW4A 4CPLA 2G4IA 1ULFA 2GNTA 5JOYA 5T5JA 3B00A 4Y1XA 1SCSA 3ZSKA 4W65A 1SLIA 4K1KA 4XMAA 3IMNA 4YZ2A 1ULCA 1BJIA 3D5OA 1V3BA 1F8EA 5DXDA 2F11A 1B9VA 1NSCA 3ENRA 2TEPA 3A4UA 4K1IA 3TB0A 3MEPA 1AXKA 4PF5A 2V73A 3POYA 2D3PA 3O5SA 3ALWA 3AX4A 4M3MA 1NCBN 3T1MA 3AP9A 3IM0A 1S0EA 4GZQA 4PBOA 1UMZA 3IN9A 5DZEA 1WLWA 4YGBA 3QLQA 2BF6A 4RL7A 1DQ6A 1F8DA 1LHVA 2YA7A 3GVJA 4BPZA 2PHRA 2JJ6A 4R9CA 2P3KA 4GDJA 6NN9A 1Z4WA 1VLNA 2QWFA 5GZEA 4NN9A 3WDUA 1AX2A 1V3DA 5JYYA 5GM0A 1QDOA 2W5NA 4WA4A 1RITA 1A4QA 1GYKA 2NN8A 4YM3A 2DUPA 2D6OX 3WG2A 2DTWA 3DGTA 3ATGA 2LALA 4ATFA 2Z42A 1E8VA 2W38A 2GALA 1MS8A 4R9AA 4K20A 3WVJA 1Q8VA 2VW2A 3TIBA 2W68A 2HTWA 3WG3A 3O9JA 2D6KA 4JCKA 4FPEA 3AXDA 2C9AA 1AVBA 3O0XA 2UWAA 4CPOA 1G9AA 2JD4A 1QOOA 4Y1YA 5IK4A 1Z78A 1FAYA 1BZWA 4HL0A 4Y1VA 1LOGA 2D6MA 4TZDA 1INHA 5F9TA 4AGGA 2FHRA 5HX0A 2F27A 1ONAA 1ULDA 1KQRA 1INVA 3FLRA 3SNMA 1EUTA 1Z4VA 4WA5A 1XOGA 1EUUA 2F13A 3INBA 4AVTA 4FOWA 1D0HA 1W6PB 1NCDN 1GANA 1LHUA 3VKNA 5EYYA 1PZ7A 1X50A 1W6NB 1V3EA 5GZGA 4C1WA 1SCRA 2A70A 5HCFA 2D44A 1AXZA 3M1HA 2ZHMA 1INYA 4FPOB 1I1EA 4GZTA 1IVDA 3VKFC 4FOYA 4MWRA 2CYFA 3AP5A 4H52A 1JN2P 2R49A 1KITA 3ZSMA 2E7TA 2KM2A 3D4KA 3O0VA 1C1LA 2VSMA 2XZJA 4LBOA 4AWDA 4GZWA 2WT0A 3N35A 3H6JA 3LSEA 1LENA 3AYEA 4FJ6A 2VXRA 2SLIA 1FX5A 2ZGSA 5JMCA 1WW4A 1SO7A 4QN5A 3H0OA 4KS3A 3RSJA 2QWGA 3NWKA 3SISA 1W6MA 4LBQB 3WV6A 3OY8B 2LTNA 2VW1A 1H9WA 5GLWA 1CONA 2E53A 2SBAA 1F5FA 2VSKA 4YZ5A 2CY6A 2EF6A 1A14N 1NMCA 2NZ9A 1LEDA 5IT6A 1C1FA 4Q27A 4JC1A 1Z50A 1MVQA 4K1JA 1DQ2A 2X9MA 2WT1A 3WG1A 3B7EA 1DZQA 4BMBA 4Q26A 2OUHA 4M3CB 1BKZA 2YA4A 1V6LA 3K38A 4DPNA 3ASIA 3I8TA 2D6PA 3WUCA 2F0ZA 1DBNA 2HTRA 5CB7A 4DGRA 3PMEA 2EIGA 1GBGA 1EPWA 1NMAN 3AP7A 1QGLA 3BTAA 4XHXA 1W20A 1AJOA 5EWSA 3V0BA 2QWKA 1WW6A 4Q8KA 1IS4A 1Q8SA 1S0JA 5H9RA 2BQPA 4CPYA 4HZXA 1TEIA 3ZYRA 1U0AA 3SANA 5T52A 1EURA 4M3CA 1H9PA 3ILNA 1NMBN 2SIMA 4GKXA 1IVGA 3TI6A 3WHTA 1YYNA 4U2AA 4I00A 4XDQA 1QU0A 1XOEA 4WA3A 3NV4A 2W5OA 5T5OA 1V0EA 4M4VA 4Q2FA 3SILA 1W21A 5JOZA 3B9CA 3N3HA 2JECA 5DG1A 3B3QE 2F26A 2VW0A 2A6YA 2E51A 2HT8A 3Q9OA 2GN3A 3ZPYA 1W6OB 4BOWA 4Y22B 2R16A 4ISRA 2BERA 3HMYA 1V00A 1GZWA 2ENRA 3TI5A 2QWCA 5T5LA 3VKMA 2DTYA 1FV2A 1QOSA 4HZVA 2BZDA 5HUGA 5BYNA 1OFSA 2VWDA 5JVVA 3H72A 4J9TA 4B7QA 1ULGA 1UX6A 1R1ZA 3OBRA 4CPMA 3GVKA 5JOXA 4OZXA 4YGCA 1LHOA 4B7NA 4Y26A 1Q56A 1NLSA 4Y24A 2NMNA 3HR9A 3C2UA 2VK5A 4X6KA 1DGLA 1GKBA 1IKPA 1L7HA 2OUJA 2QWJA 2CMLA 2YV8A 4FP2A 3A72A 3W09A 2JDZA 3T2TA 2YROA 5GLZA 4HANA 2ZGTA 4XJAA 2PHFA 2QWBA 2SILA 4GEZA 3APBA 1MZ6A 4X4AA 4XJZA 3SH3A 1UPSA 3CL0A 5IK5A 3WCRA 5NN9A 5KXBA 3VV1A 1IVEA 1B9TA 3OGGA 3LSDA 5CNAA 2QWHA 1F8BA 2DVAA 3WDYA 2ZA9A 1LTEA 2NMOA 3GNEA 3N7LA 2W20A 4YZ4A 4GWMA 4XMIA 3INAA 2UU8A 1DIWA 5GLTA 1WD3A 3B69A 1V0FA 3RQ0A 1YRZA 3AK0A 1USXA 4YFZA 2DURA 4XYXA 4HIZA 1OQ1A 4XTPA 5DG2A 4D8SA 3CYEA 5HCAA 1PZ9A 4YZ3A 2A6VA 4LBLA 1YI7A 3U4XA 1LOEA 3W58A 1VCUA 4FPGA 4FVVA 4WZFA 4FVKA 4ASMB 3NV1A 5DUWA 2E6VA 1JW6A 2EXKA 4FZHA 1WCSA 2V5YA 3DUIA 2YA8A 1JHNA 5H9QA 1GZ9A 4YM1A 3AFKA 1S0IA 4XIOA 1RIRA 3TICA 1LODA 3NN9A 4YZ1A 3AJZA 1Q8QA 4CRQA 1Q8PA 4Y1UA 5GJ6A 1DQ0A 1MWEA 2HU0A 4FPYA 4XHBA 3KM5A 3ZXEA 2ZGNA 1LOBA 4GXLA 4D69A 1LGNA 4MWWA 1G86A 4Z8BA 3WDVA 4QN7A 1W1XA 4WV8A 1UZZA 2NM1A 2HTUA 4P9WA 2F25A 4YG6A 1S0CA 2YZ4A 2R1DA 1DYPA 1Z4YA 1N1YA 4UW6A 5AVAA 4CPZA 2I2SA 3NV2A 4BM8A 3FFZA 2ZGUA 3R4UA 1KJLA 1INXA 1LGCA 2UWBA 4GZOA 2DUQA 3MW4A 4P14A 1LHWA 2XZKA 5KXCA 5H9PA 5DUUA 2VVZA 4DS0A 1DLLA 4IQPA 2BATA 3JU9A 2YA5A 3M3QA 1CIWA 4XBQA 3N7KA 4FPCA 3RG0A 1VCJA 4YM0A 1GICA 4LBMA 2R0FA 3IKWA 2NYYA 3FUQA 3ZXLA 1CQ9A 2GNDA 3FLTA 2QWDA 1NN2A 4QN4A 1N3PA 2DVDA 3GVLA 1APNA 1NXD1 1W6MB 2AEQA 3LCPA 2AR6A 1WUVA 1IVCA 1HQLA 1GLHA 1IKQA 2F10A 1A3KA 4GALA 4BMEA 2EXJA 2ZAAA 2F29A 4DFSA 2PHWA 5B2CA 3ZSLA 1SBDA 2A6WA 2DUOA 2PHXA 4MJUA 2RHPA 2FMDA 1KDKA 3D12A 1AF9A 3B01A 1W8NA 2YA6A 2WJSA 1NSDA 4B7JA 5H9SA 3M3CA 5DZFA 1LU2A 3AZZA 1C4RA 4FOVA 1NCAN 2HYKA 4UW5A 3V0BB 1CN1A 3PVNA 4YW1A 4K1HA 4MWYA 4ZXKA 5LK5A 1JUIA 4AYUA 4HZWA 4HZZA 3O9KA 5EYXA 3BOPA 3WZ1A 4MWJA 1QOTA 3NV3A 1DFQA 1DYKA 5CA6A 4XZPA 2WSUA 1AZDA 2QWIA 1SACA 4MWQA 2DV9A 4XBNA 3ILFA 4QN6A 1UZYA 3TI4A 4MWLA 4Q1RA 1JOJA 1UL9A 1G9BA 4X47A 5FREA 2GN7A 1GNZA 4Q6KA 1QNWA 1DILA 1DIMA 3A0NA 1V2IA 3V64A 5E8AA 3OYWA 4MWUA 4FOQA 4AVSA 3O12A 4GZPA 3WOGA 5HUMA 2DYCA 2P3JA 4YLZA 3AP4A 2R0HA 3D11A 1BXHA 2YY1A 1GZWB 1RINA 2ARXA 4NC5A 3RMYA 3PVEA 1EUSA 3FUOA 2ZABA 3PJQA 1GNHA 5JDBA 4WVVA 3TI8A 2YDTA 3AZVA 4TYSA 4GJTA 1G8WA 3NSSA 1JXNA 4M3CE 3SITA 2ZGLA 1W8OA 4FPJA 2A6XA 2F12A 2XG3A 1WLDA 3TI3A 3JU4A 2AEPA 1CJPA 4K3YA 5GLUA 2NP0A 2GDFA 3AXEA 1ENRA 3L2YA 2ZB5A 2B8HA 1Z4XA 4WEFA 4M4UA 5DUVA 1CPNA 2AREA 1MS0A 2AENA 5GLVA 4XJ9A 1QNYA 2A6ZA 3H71A 1W6QA 2WT2A 4K21A 2CTVA 5KXDA 1GV9A 1S0BA 3VKLA 3AYCA 3T1EA 4AVVA 1NCCN 1MS1A 2ERFA 1LU1A 4XXPA 4Q1PA 4UW3A 2E7QA 2D43A 5IUQA 1LEMA 1IS3A 4Y20A 2VU9A 2A3YA 4QN3A 2WSVA 1PZ8A 1V6NA 3W59A 4F83A 2QWAA 3WLUA 2W08A 3MW2A 4NCSA 2GMEA 1HQWA 3IPVA 2HT5A 2ZGMA 3V0AA 2DU1A 1GZCA 5HCBA 2WLQA 4NOTA 1IS6A 1A8DA 3GALA 4GZSA 1MZ5A 5SV8A 4XBLA 4XJQA 4CTEA 2AYHA 1V6MA 3USUA 5GALA 4KS2A 2VH9A 4ITCA 1WBFA 1AXYA 2CWMA 4M01A 2DU0A 1D2SA 1MS3A 2ZHNA 4FPKA 4FPLA 1LGBA 2JKBA 1CR7A 4YW3A 4M4NA 3A0KA 5KXEA 3SH4A 2JE9A 1E8TA 2HTYA 4X49A 1O4YA 1XQNA 1LOCA 2D6NA 1IOAA 4AGVA 4GA9A 1DQ4A 4MWXA 5T50A 4BLIA 4YFWA 2B7YA 2GNMA 3T1LA 4RA0A 1AX0A 1E8UA 2CWSA 4PQ9A 1SLCA 2ZGKA 4JRAA 3UK9A 1MR5A 3AZXA 3WG4A 2VY0A 2UURA 1JYCA 1F8CA 3FLPA 1N3OA 3VKOA 3I4IA 3ZVXA 3AYDA 2OVUA 3ZXFA 2W39A 3JUUA 1QF3A 4BLJA 4WVWA 1L7GA 2Q5TA 1LJ7A 1A4GA 4GB1A 3BODA 4ISQA 2ZBJA 1USRA 4MC7A 5EXOA 1ENQA 1DQ5A 1WLCA 2ZGQA 1G9CA 3R05A 2PHUA 3K3AA 1NNBA 3ZSJA 3POSA 2F28A 2A75A 1S0DA 1FNZA 3UJQA 1INWA 1KRIA 3BIWE 1YO8A 1FNYA 2ES3A 2D6LX 4YG3A 1B09A 2VUAA 2A71A 2AGSA 4GZXA 1CESA 1SBFA 5GZCA 1L7FA 1UAIA 4M00A 3OJBA 1GSLA 4B7MA 2GMPA 2PELA 3M3EA 1INGA 4HZYA 3AYAA 4PCRA 1SNTA 5T55A 4MZEA 1YIFA 1WW5A 2EXHA 1HLCA 1LCLA 1LOFA 3ZYPA 3ALXA 1S1AA 2ZACA 1QMJA 4XTMA 1N1TA 2ZZJA 5DUXA 1LHNA 2AH2A 4FPFA 4LBJA 5IK7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P9YA 3I3EA 5FUIA 5GZDA 2NPIA 1LULA 4MWVA 1W9FA 4H14A 4B7KA 5KC5A 2HU4A 4DY5A 2PHTA 4AGRA 5KC6A 1VBD3 3SALA 1XBFA 1UN1A 4FFFA 2Y6HA 3POIA 3HLHA 3RWNA 1A34A 1CGPA 3KV6A 3VBUC 3D6EA 3CNAA 1AHSA 4GKYA 4MGYE 3POGA 4NHKA 3RRDA 4RYDA 2B39A 2WO7A 2WKKA 1NE4A 1SLBA 1L7QA 1J84A 1J3RA 3R4DB 1QDCA 1VPHA 4YVWA 2HTVA 2X10A 5LBEA 5E1RA 3ILRA 4MV2A 3VDCA 4FXKB 1C3HA 2XJPA 4KS1A 4DG6A 2B5HA 5SV5A 5CGJA 1VBD1 2EA7A 3ACGA 2A5ZA 2BBAA 2VOVA 2LM3A 4LLFA 3UT0A 1IPSA 2HT7A 3VBRA 3ZMNA 3NO0A 4HKOA 1NNAA 4DUWA 1JU3A 1N1VA 1GOFA 1AR82 4MZAA 2EXIA 1RUH3 4CPBA 3JXSA 5C3PA 2BGPA 4OUEA 4FI9A 3MW3A 4CSWA 2DVBA 1AR61 3PNAA 2VQTA 2YUEA 3TNQA 4DXRA 1DHKB 1BJQA 2VAUA 5IVJA 1JH5A 4OHVA 5FZ3A 1URXA 1BYHA 2VTXA 1RUNA 1WKYA 3M2MA 3MIBA 1XE7A 4RS5C 5DDJ2 5FZEA 3WDTA 2TNFA 2R6QA 2F24A 2GH2A 4IUGA 1E5IA 1AR91 4JGZB 2D3SA 4E4ZA 5F6KA 1J59A 1REDA 2ZTNA 1CRUA 3GBFA 1SLTA 1RUH1 4Q4X2 2R042 4AF9A 4FBFA 2UWCA 4RHV1 1HXS2 1SBEA 1IQDC 2VZSA 2YMZA 2GC3A 5FPZA 2H0BA 3GGLA 3USSA 2GHSA 4LBQD 2JG9B 2ZZKA 1O8SA 4A45A 3HD8B 3K37A 4BQ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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