4FP2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2[(cyclohexylmethyl)ammonio]sulfonate
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fp2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fp2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fp2A02
4JCKA 2AENA 5H9SA 4K1JA 1JYIA 1G8WA 4X49A 1V6IA 1ENRA 3TI6A 4FQ4A 2GMEA 2HT8A 2YA4A 2QWHA 4XOGA 5GLWA 1F5FA 3ILNA 1AVBA 3W58A 4Y1VA 2ZZJA 5DUVA 4AGVA 2VK7A 3ZSLA 2DTWA 4ASMB 1LTEA 2W5OA 4BMEA 3CL0A 4JF7A 1SLCA 1JHNA 2UWCA 2V73A 1SLTA 4WA3A 2XCYA 1LOGA 4LBQB 4YG6A 4ATFA 5H9QA 3DUIA 1MR5A 2ZGRA 2JE7A 2BZDA 5GLVA 1IVEA 3N7MA 2C4LA 4GKXA 3M3QA 3FUOA 1RITA 4M3CB 1UZYA 1LHUA 3WHUA 2Q5TA 4RL7A 5E89A 1SACA 3NWKA 2BF6A 1SLBA 1LOCA 3WOGA 2VVZA 2HU0A 5GZCA 2R49A 4X47A 2PHRA 2F25A 1TEIA 5DZGA 2UWBA 1AXZA 3LSEA 4PCRA 1W6NB 4WZFA 2E6VA 1INWA 1GLHA 2D7FA 4FPHA 1YO8A 1LECA 2NYYA 1S0EA 5T52A 1B9VA 4Q8LA 2A5ZA 3WDWA 2ERFA 2HT5A 4GALA 4PBPA 4FPLA 1DQ5A 3ZYRA 2EIGA 4CTEA 3L2YA 3JU4A 2ZACA 4GWMA 3M1HA 1NSBA 4YM1A 1IS6A 4R9BA 2SILA 1CN1A 1Z0HA 3N36A 4YZ5A 2NP0A 1VAMA 4Q1PA 1SO7A 1PZ9A 4KS5A 2F26A 2ZGKA 4MWUA 2YZ4A 4FJ6A 1NCDN 2A6VA 1DFQA 3IM0A 1NNBA 3PVOA 4CPYA 3WZ1A 4Y1ZA 4M4UA 4PQ9A 1WUVA 1A14N 4UW6A 3SISA 2CWSA 2WSUA 3D11A 1KDKA 3OJBA 1H9WA 2PHUA 4P9YA 1INFA 4UF7A 2ZGPA 2HYKA 4OZXA 2HTUA 5IK4A 3CKZA 4FVVA 1LESA 2SIMA 1SLLA 3MW4A 1QOTA 4CPMA 3VKNA 4YM3A 4P9WA 4XIKA 2QWBA 1NLSA 2NM1A 1Z4ZA 1MS9A 1LEDA 2ARBA 4LBLA 4UW4A 1EURA 4K1HA 5HCBA 3MW3A 2YXSA 4AVVA 1Z4YA 3TIBA 1FNZA 2R16A 4AGGA 2PHXA 2D44A 2DUOA 2WQZC 2E53A 3ENRA 3WG1A 3ZSKA 1AZDA 1QOOA 4XXAA 5HCFA 1DHKB 2ZGSA 2FHRA 3GVKA 1GZCA 2VK6A 1NMAN 1LOEA 3ASIA 4DS0A 2F27A 4M01A 1ULDA 3INAA 3D5OA 3PJQA 1E8VA 4U2AA 4GB1A 5LK5A 2C4AA 3AYDA 3RQ0A 1L7GA 4MX0A 4YZ4A 3AZXA 2WT2A 4R9CA 1NCCN 1W8OA 5JOXA 2DVBA 1SCSA 2ZA9A 2WKKA 5E8AA 1QKQA 3K37A 2ZKNA 3ZXEA 3N7JA 1V2IA 5T50A 4MZEA 4CPZA 1DYKA 1C4RA 1LGNA 1W6MA 5GLTA 1CIWA 1V3DA 1LHOA 4K1ZA 1SBFA 1IOAA 3KQRA 4YW2A 1VIWB 1NCAN 1DILA 1BJQA 1JN2P 1ULGA 5JDBA 1MS8A 3BTAA 4Y20A 2F29A 3UJQA 1NXD1 4XHXA 2D6LX 4NO4A 2W20A 4GZXA 4MWWA 3SLIA 1S0DA 1WW4A 1Y7BA 3NV1A 5GZEA 4H55A 1VLNA 3DGTA 1W8NA 1AJKA 1MS5A 2Z42A 2GNMA 1LJ7A 4ATEA 1FX5A 5BYNA 2P3KA 2A3WA 1APNA 1V6NA 4FVKA 4YM0A 3USUA 4J9TA 2VH9A 3AYEA 4U36A 1RIRA 3AYAA 3TIAA 3WUDA 5KXEA 3ZSJA 3K3AA 1IVBA 3SITA 1D0HA 3HMYA 3U4XA 4KBBA 1C1FA 1C57A 4GZSA 1IVGA 2I2SA 2PHWA 2YMZA 1A3KA 4FOWA 3WDVA 4QN3A 2HTRA 2DVFA 3ZXFA 5GZDA 4XHBA 3ALWA 3BOPA 2HTYA 1USRA 4MWRA 4GZTA 1OKQA 1GZ9A 4X6KA 3TI3A 3AX4A 3M3CA 2WJSA 2ZHNA 3SH4A 4XJ8A 4LBQA 4HL0A 3WDYA 3NV4A 4ISRA 5E88A 2A7AA 4FPOB 2OW4A 1XOEA 1ENSA 2QWJA 4YG3A 5EXOA 4M3CA 1HQWA 3VUOA 1ULFA 2CYFA 4K3YA 2ZGMA 3WVJA 4B7QA 3IMNA 1O4YA 1DIWA 1MACA 5GZFA 1WLWA 4R9AA 5FREA 1G9AA 2P3IA 3TAYA 4DRRA 4XIOA 4HZYA 1FNYA 1GANA 4XTPA 3VKLA 1W6NA 3O12A 4GJTA 2CY6A 1F31A 1EUSA 5H9PA 1LU1A 3Q9OA 1YRZA 3H73A 5F5QA 2VSKA 2ZGNA 4X4AA 3PVNA 4YM2A 1MVQA 1WBFA 1G9FA 2D3SA 4YZ3A 3AYCA 1INYA 3O0VA 1RINA 1G9CA 5DZEA 3BODA 2F0ZA 4PF5A 3JU9A 1Z50A 2NMOA 3TI5A 1ZM1A 1I3HA 1INXA 1INGA 2AEPA 3I8TA 3V64A 2R1DA 1FV3A 3AZZA 1E8UA 4HZXA 5DZFA 2YY1A 4XJQA 1R1ZA 5HUGA 4BQ1A 3W09A 1E8TA 2QWAA 4TYSA 2JDZA 3WG2A 4QN4A 2ARXA 1Q8SA 5HUMA 4B7MA 3GVJA 2XZKA 4AYUA 2BERA 1CQ9A 1URXA 4YGDA 3WNXA 4PBOA 2OVUA 3WG3A 3KM5A 2GDFA 1N3OA 5DXDA 1CJPA 4GZOA 5DG1A 5GM0A 1N47A 1USXA 4WEFA 5DG2A 4LBQD 3INBA 3RG0A 1EUTA 3GNEA 3RSJA 1NMCA 2SLIA 4NOTA 1HKDA 2DUPA 4GKYA 5T5LA 3A4UA 1MVEA 4Y24A 1V3BA 1WW5A 2ZBJA 1MS0A 2A3YA 4WEGA 5JOYA 1W0OA 2JE9A 4MJVA 4Z8BA 3T1EA 1V6LA 3A72A 5HUNA 1FAYA 5M1ZA 1DQ6A 3FLTA 1JW6A 2QWCA 4LBMA 1N1SA 3AJZA 4YW3A 4FP2A 2JJ6A 3POSA 2GNDA 1LOFC 2DWRA 2ZMKA 4K1IA 1DIMA 1V0EA 1CVNA 4M3CF 1NCBN 2C9AA 3O0WA 2SBAA 3RRDA 2DU0A 4SLIA 2XG3A 1G7YA 1BKZA 2ZHLA 5IT6A 3AFKA 4M3CE 1GNZA 2EXHA 4ITCA 3D6EA 1BJIA 4XJZA 2P34A 4WA5A 2ZAAA 4XTMA 3R4UA 2A3XA 1V3EA 4YW5A 1JOJA 4MWXA 5CNAA 4NC5A 4AVSA 4GXLA 1LHVA 1J1TA 5GJ6A 1IS4A 1HDKA 1W6QA 4K1KA 1W1XA 4GWNA 3N35A 4AVTA 1NSDA 2DVAA 1D2SA 2C5DA 3OGGA 1CESA 4FQZA 1INVA 5AVAA 5DUXA 1SLAA 1W6OA 4DQAA 2LALA 1DBNA 1W20A 2E7TA 2OUJA 2A6YA 1LU2A 1Z4WA 4HZWA 2YA5A 4QN7A 1QNWA 5KXBA 4FPEA 1INHA 1OFSA 2R0FA 3WV6A 1CPNA 3FBYA 3SH5A 3WCRA 4NCSA 3APBA 5T5JA 2VK5A 2A6XA 2ZABA 3I4IA 4Y1UA 2KM2A 2EF6A 1LOFA 2XZIA 3FLRA 1DGLA 4XBLA 5IUQA 4AWDA 1NNCA 2DVGA 4M00A 5JOWA 2GNTA 1UAIA 4LBOA 1V3CA 4ZKTB 4KS3A 2R1BA 3SALA 2GMPA 5GALA 1DQ4A 2JD4A 1WBLA 3WHTA 5GLUA 3UK9A 2LTNA 1S0FA 4XYXA 2DV9A 2EALA 2W68A 6NN9A 4M3MA 1DQ1A 3R05A 1IS3A 4LBNA 5DUWA 2CNAA 3TB0A 1SLIA 2W5NA 1QOSA 1JXNA 1UX6A 2A71A 4YGCA 3O9KA 4MWYA 1NNAA 1NSCA 5IK5A 1FV2A 3AZVA 1Q8PA 3K38A 1KITA 3D12A 2DTYA 3ATGA 3AP5A 3VKMA 3ILFA 5T5PA 4B7JA 1W6PB 1UKGA 1VAVA 3SH3A 3B69A 3O9JA 2WT0A 1UZZA 2D6OX 4XJAA 2VU9A 3M3OA 4GDIA 2ZMNA 3AJYA 2JKBA 1DLLA 3H72A 1LEMA 4YFWA 3OYWB 3RMXA 1WD3A 3VV1A 1W0PA 2YROA 1A8DA 4FPJA 2DURA 1NMBN 2GN3A 1V00A 2CL2A 4D8SA 5B2DA 4I00A 3POWA 4MYEA 3N3HA 1VCUA 3TICA 1ONAA 2HTVA 4K1YA 3ZVXA 4BM8A 3H6JA 3WUCA 1G9BA 5EYXA 2GMMA 4HIZA 1EPWA 1GZWB 5EYYA 1HQLA 1G86A 2W39A 2CTVA 1IS5A 4KS2A 3TI8A 4DRVA 4YGEA 1WCQA 4WA4A 2VWDA 2ZB6A 4FPFA 4CZSA 3AZWA 2AEQA 1WCSA 1G9DA 4UW5A 1LHNA 5GZGA 2ZHKA 1N1VA 1SBDA 1GKBA 2EXIA 3FLPA 2CMLA 4MWJA 2GALA 2CWMA 2OUHA 3AP6A 2QWDA 2QWKA 4FPKA 4FZHA 2ES3A 3WDUA 3C2UA 4Q2FA 1XQNA 4UW3A 1MS1A 1H30A 3IKWA 5CAZA 5SV8A 2ZGUA 1QDCA 1S0BA 1SBEA 3O0XA 4C1XA 3A0KA 3LCPA 4Y22B 1UPSA 1N3QA 4Q8KA 4YFZA 2AYHA 4M4VA 2D6KA 2GNBA 3OY8B 1V6KA 3ZXLA 2EXKA 3K39A 1Q8OA 2QWEA 4LBJA 5KXDA 1S0GA 4P14A 2AREA 2W38A 1F8BA 1SCRA 4YLZA 3H71A 4B7NA 4NN9A 1N3PA 3MPPG 1DZQA 1QDOA 3ZXKA 3AP7A 1DQ2A 2NN8A 2R0HA 1CONA 3H0OA 1OQ1A 1V6MA 2YDTA 3VKOA 2E51A 2B7YA 4MWVA 4JC1A 3GALA 1WW7A 1MS3A 4HZZA 1Q8VA 4GZPA 4XMAA 2X9MA 2A75A 2ZB5A 4CPLA 1IVDA 3PMEA 1PZ7A 5IK7A 1S0IA 5CA6A 2D3PA 2W52A 3WLUA 4ZXKA 1FATA 3AZYA 2DU1A 1IVFA 3SANA 1JBCA 1LHWA 1MS4A 2ZMLA 4BPZA 4R9DA 1Z4VA 3B00A 3OBRA 2VY0A 4Y1XA 3AP4A 2XB6C 4Q26A 4WVWA 5JYYA 3TI4A 2D6NA 4FP3A 2FMDA 3B7EA 4W65A 4MC7A 1LGBA 4MWQA 4WV8A 1L7HA 3B9CA 3W59A 1QGLA 1GSLA 3MEPA 3V0AB 4Q1RA 1X50A 2F12A 1QF3A 2PELA 5H9RA 1Q8QA 2AR6A 3NSSA 1MZ6A 1VCJA 4HANA 4P9XA 4MZAA 2NMNA 3JUUA 4CRQA 1L7FA 1UMZA 4IQPA 3AXDA 1B9TA 1AX0A 1KJLA 4FOQA 2E7QA 5NN9A 1AJOA 1SNTA 3VKFC 1WD4A 3NV2A 3QCWA 1VALA 4HZVA 2BQPA 3IPVB 4GZQA 4XJWA 2HT7A 5HCAA 4XE9A 1Z78A 3V0BB 3CYEA 1IKPA 1XOGA 3NN9A 2A70A 1KJRA 2P2KA 1LCLA 1A78A 2TEPA 4AGRA 1KQRA 4BLIA 2VXRA 2RKCA 5L73A 3N7LA 2VSMA 1CR7A 3M2MA 4B7RA 2VW2A 1IVCA 2AGSA 4RA0A 1YYNA 5GLZA 5JMCA 1W6PA 1W21A 1V0FA 3FUQA 1F8CA 3K36A 2F13A 4FPGA 4FOVA 4M4NA 4WVVA 4XDQA 3HN1A 3OYWA 1BXHA 3QLQA 5JVVA 3GVLA 2ZHMA 1ULEA 1AXKA 1BYHA 1C1LA 2D3RA 1EUUA 1F8EA 1A4QA 2QWGA 2G4IA 1AX1A 1YI7A 2D6MA 4XJ9A 7NN9A 3HR9A 2ENRA 2YA7A 1JYCA 5T5OA 4L8QA 2ZGTA 2F24A 3ILRA 1WLDA 3T1MA 4D69A 3O5SA 4FPCA 1MZ5A 1FYUA 1GBGA 1ULCA 1JUIA 2P3JA 3FFZA 2YA6A 3CNAA 3MW2A 4H53A 1AX2A 4TZDA 2D6PA 2YA8A 3N7KA 1KDMA 4CPOA 1GZWA 2DYCA 1UN1A 3R4SA 4XJUA 1F8DA 4BBWA 5FRAA 4H52A 1LOBA 2AH2A 5HUKA 4XBNA 2EXJA 1S0CA 2F11A 4DPNA 3B01A 1V0ZA 2AUYA 1S0JA 3V65A 2NZ9A 5CB7A 3UJOA 4BLJA 1DQ0A 2B8HA 1O4ZA 3PVEA 4Y1YA 3BIWE 1LODA 5JLVA 2QWIA 4DGRA 5B2CA 1B09A 1V6JA 3RS6A 2UWAA 1ENQA 1YIFA 3OBTA 1NN2A 1I1EA 2WLQA 3AK0A 4DFSA 1S1AA 3WCSA 2P37A 4XILA 5EWSA 3D4KA 4Y22A 4KS1A 4MWLA 1QMJA 3SILA 2XZJA 4FPYA 4QN5A 4YW1A 2F28A 3ZXJA 4Q6KA 1W6QB 4GZWA 4BOWA 3OY8A 2GN7A 1AF9A 2A6WA 3ALXA 2YDPA 1BQPA 3WDTA 1AXYA 2F10A 2V5YA 4XBQA 1N1YA 1WW6A 4Q27A 4Y26A 1CPMA 2UURA 1W6OB 4JRAA 1MWEA 5HX0A 1LENA 1F9KA 2ZGLA 2HTQA 2JECA 1V6OA 4BMBA 3WDXA 2W08A 1HLCA 5CBLA 2H0BA 2HU4A 1PZ8A 1ZA4A 1KRIA 2WT1A 2HTWA 1LULA 2ZGOA 4XZPA 3NV3A 4CPNA 4LBKA 2YV8A 1WLCA 4YW4A 1H9PA 1U0AA 4GDJA 1B9SA 3WG4A 3LSDA 5T55A 4I30A 2DVDA 3RMYA 1A4GA 3A71A 2RHPA 2ZGQA 1N1TA 4F83A 1GICA 1YXWA 2A6ZA 5IK8A 4MJUA 4XMIA 2BATA 3AP9A 3SNMA 4YZ1A 3CL2A 2PHFA 4YG0A 1SFYA 4QNPA 2DUQA 2UU8A 3T1LA 2VUAA 3B3QE 4K21A 3UL2A 2WSVA 3ZSMA 1GV9A 2QWFA 1W6MB 3BEQA 3ZPYA 1BZWA 1LGCA 2VW0A 1IKQA 4YZ2A 1DYPA 5KXCA 4ISQA 2PHTA 4C1WA 2WNEA 3V0AA 4GA9A 5F9TA 3IN9A 3T2TA 2D43A 4Y20B 4FOYA 1QNYA 4QN6A 1UL9A 3AXEA 4KS4A 3M3EA 4YGBA 1GNHA 4K20A 4XJRA 3POYA 2EAKA 2VW1A 3OPZA 1GYKA 4XXPA 1QU0A 3ZYPA 3IPVA 4GEZA 5DUUA 3USUB 1Z4XA 5T54A 1Q56A 3V0BA 5JOZA 1LOAA 3A0NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QJU1 4C91A 3LDRA 1V9U1 4JCKA 2BGOA 2BVVA 2AENA 3GZUC 1YQ2A 2ZXQA 5H9SA 1JYIA 4K1JA 3DYMA 2B39A 1C5IA 1G8WA 4ES8A 4E8DA 4X49A 4HKWA 3BUCA 4PHZA 2QVSB 1V6IA 2QZ2A 3ZPOA 1ENRA 4E4HA 2Q0AA 3TI6A 4FQ4A 3RYKA 2GMEA 2DBNA 1LB2A 1H8TA 2HT8A 3KF5A 1PO22 3EB7A 2VQ0A 3POBA 2YA4A 5FZNA 2HWD2 2AC1A 2QWHA 4XOGA 5GLWA 3THPA 3VZLA 1F5FA 2EIDA 2K2SA 3ILNA 4A7KA 1AVBA 3W58A 4Y1VA 2ZZJA 1VMJA 3E5XA 1QXPA 1UO9A 2QKDA 4QM9A 4CDWB 3MUY1 5DUVA 2VK7A 4AGVA 3ZSLA 4YVWA 2DTWA 3N9QA 2VMDA 3BVCA 5E1RA 4AOCA 4ASMB 1E1AA 3I2FA 3POEA 3IIIA 1LTEA 1POQA 2W5OA 1UWWA 1XYOA 1IQDC 1PGW1 4LR4A 3DL3A 4BMEA 5D2AA 3OTFA 1VJ2A 3CL0A 1GU3A 4O61A 1SLCA 2IASA 4JF7A 4ZS2A 1JHNA 4XFBA 1IPJA 2YC2A 4I0AA 5LRSA 3CJXA 2UWCA 2V73A 1SLTA 2EICA 4WA3A 2XCYA 1TVGA 5C4WB 4XF0A 4NHMA 3MHZA 1LOGA 4LBQB 4YG6A 4ATFA 2BRTA 2QQWA 5H9QA 4PI0A 2O8QA 5EX7A 1GOGA 1YJKA 2WO2A 2FQPA 4AQSA 3VBSC 4CP0A 5CISA 1QEXA 3DUIA 5BY5A 2P4OA 1L7LA 1MR5A 5FYBA 2ATFA 3SKJE 2ZGRA 1CAXB 2BEOA 4Q5OA 4JDNA 2XHKA 3QBQA 4NWWA 1RMU3 1W8ZA 1OFZA 2JE7A 4IETA 2BZDA 4JQTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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