4FPCA

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae in complex with 2-[(4-chlorobenzyl)ammonio]ethanesulfonate
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Sialidase B
publication title Synthesis and structural characterisation of selective non-carbohydrate-based inhibitors of bacterial sialidases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 191
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2012-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 4fpcA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 4fpcA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 4fpcA02
2VH9A 1N3QA 3AX4A 1NSCA 2WKKA 5E88A 1MZ5A 2XB6C 2HU4A 1NCAN 3H72A 3CL2A 1INYA 4BQ1A 3N35A 1W6OB 2F13A 1V3DA 2ZGLA 1G9DA 4MYEA 2P2KA 1NNBA 2GMEA 2ZGQA 2AEPA 3VKNA 1SLAA 2WSUA 2JDZA 4Y1YA 1F8EA 3N7JA 1RIRA 1NCDN 1WLWA 1ULEA 1C57A 1B9SA 1W6MB 1DBNA 1DYKA 4JCKA 4MWRA 5FRAA 5EYYA 3CKZA 1Z4WA 4UW5A 2EALA 3MW3A 4XJ8A 2ZKNA 2AGSA 2VUAA 2WQZC 2SLIA 3H71A 2ENRA 1KJRA 4AGVA 3T1MA 2X9MA 4H55A 3CYEA 4ZKTB 5H9QA 1L7HA 4FQ4A 1JUIA 4FOVA 4YM2A 1F8DA 1UL9A 1INXA 3UJQA 4FPEA 1GKBA 4OZXA 1WW4A 1GBGA 1NMCA 3W09A 1Z4YA 2VK7A 2F26A 2GDFA 1UAIA 1AJKA 4B7RA 3UL2A 5EYXA 1SBFA 3ZXFA 5HUNA 5B2CA 2AYHA 4C1WA 4QN4A 2UWAA 3OBTA 2GN7A 4YZ2A 5IK8A 3WUCA 2C5DA 2W52A 2OVUA 3V65A 1F5FA 1IS6A 2WT2A 4XIOA 4RL7A 1JOJA 3WCSA 1W0PA 5GLZA 2CNAA 4K1YA 1S0FA 1S0DA 1I3HA 1LODA 3BODA 2V5YA 4M3CF 4Y26A 2F25A 1GZWB 4Z8BA 4JF7A 3CNAA 3W59A 3SITA 1LTEA 1J1TA 5JOWA 2E51A 4GEZA 4CPMA 3T1EA 4YFWA 1WCSA 2F10A 1LESA 2A6XA 1AXKA 3WDWA 3PVNA 2H0BA 2YA4A 5CA6A 2UU8A 1SCSA 4FPKA 4XXPA 1HLCA 2W5NA 4IQPA 3TICA 4Q27A 2D6LX 4BOWA 5HCBA 2F24A 1Y7BA 1SLCA 1ZA4A 4D8SA 1VCUA 2YDPA 1GSLA 3VV1A 4AWDA 2A7AA 1UKGA 5T50A 2HTVA 2ZMKA 2ZZJA 2KM2A 4B7JA 2CWMA 5T5PA 1GZCA 4YGCA 2F27A 1AXZA 3ZSLA 3O9KA 1V6MA 4GKXA 2VSKA 3B69A 2E6VA 3V0AA 4DS0A 2ARBA 4Y1VA 4Y22A 1SO7A 2E7QA 1LU1A 1R1ZA 3M3OA 1UMZA 1Z78A 1H9WA 1DYPA 4CPOA 5JYYA 5T5OA 3OBRA 1QGLA 2PHXA 3D12A 1GLHA 1FYUA 4LBLA 1N1TA 1MWEA 3ILFA 4M4NA 1W6PA 3WVJA 1WLDA 4XJWA 1L7GA 1VIWB 5JLVA 4M01A 5DG2A 3FBYA 4XMAA 5IT6A 4CPNA 2RHPA 3USUA 2DVAA 1DIMA 1V3EA 4PQ9A 2ZGKA 4YLZA 5DG1A 4Q8LA 1AX2A 2GNBA 1MVQA 2NZ9A 1QOTA 1USXA 2ZGTA 3OGGA 2D3PA 1LEDA 2FMDA 4GZTA 2R49A 3ENRA 3WG3A 5JOYA 4DGRA 5CAZA 2R1DA 2HTUA 2F11A 1F31A 3R4UA 3I8TA 2A70A 2EF6A 1WLCA 3PMEA 1SNTA 3DGTA 4CZSA 1E8UA 1GANA 3RSJA 2ZBJA 4PBOA 1V2IA 2ZAAA 2F12A 4J9TA 4M4UA 4FPLA 2HT5A 3SH3A 4FQZA 1G86A 1A78A 4XTPA 3ZXLA 4ATFA 1Q8VA 4WA3A 3AYDA 4YW3A 5GZFA 4Q1RA 2JD4A 4FPOB 4XJRA 5HUMA 5T5LA 1ULGA 1LOEA 2JE9A 4Q8KA 4FP2A 1DQ4A 1LHVA 2OUJA 1CESA 2NMOA 3K3AA 3SNMA 1N1YA 2DU1A 1AX1A 2ZGNA 4GZWA 3PJQA 4WEGA 2QWGA 3OYWA 5KXCA 4UW4A 2D43A 2UWCA 5EWSA 5GZCA 1W6QA 1KJLA 2DUPA 3D11A 2PHWA 3ZSMA 4Q6KA 2EXHA 1SACA 2OUHA 1D0HA 1HKDA 1TEIA 3NSSA 1IVBA 4YG6A 2D6PA 1QKQA 4SLIA 4ITCA 3T2TA 1N47A 2GN3A 4GWMA 3AP5A 3M1HA 3FUOA 2HU0A 4YG0A 3WHUA 4ASMB 1DQ2A 4DPNA 5HUGA 1W6NA 1JBCA 1A4QA 1NSBA 3ZXEA 3USUB 4FPFA 5JMCA 2D3SA 4FZHA 3AZYA 1SCRA 1INGA 5DXDA 4B7MA 3H6JA 1E8TA 2R0FA 2BATA 2V73A 4MZEA 5GM0A 2Z42A 4FOYA 1NMAN 2CYFA 1RINA 3C2UA 2P3JA 2NM1A 1O4ZA 3I4IA 4HZXA 1Z4XA 4K1HA 3WUDA 4AVSA 2RKCA 3VKMA 3A0NA 1V6JA 4M00A 3B3QE 4XHBA 4AGGA 4XBQA 1MS9A 4B7QA 1EUUA 2HT8A 3AJZA 1A14N 1H9PA 2HTWA 3WDYA 5KXBA 2XG3A 3OY8A 5IUQA 1EUSA 4GZSA 3AYAA 1ENSA 4Q2FA 2NYYA 3NWKA 3LSEA 1INFA 3N36A 1F9KA 1ENQA 1AVBA 2EIGA 1JYCA 4MWLA 4P9YA 2VY0A 1V0ZA 1UN1A 1WW5A 3AZVA 3ZSKA 4F83A 3RG0A 4NC5A 4FPYA 2W39A 3GALA 5B2DA 1FX5A 1QU0A 4DRRA 3N7LA 1NNAA 1WW6A 1W20A 3M2MA 3ATGA 3TB0A 3UJOA 1Z4ZA 1QNYA 4B7NA 1D2SA 4HZWA 4U36A 1V6OA 3ALWA 1W6QB 4Y1ZA 1C4RA 3RMXA 3RS6A 3OJBA 2DV9A 2D6NA 1S0BA 3FUQA 1AX0A 4Q1PA 4FOWA 1HDKA 3PVOA 4KS5A 3FFZA 1CJPA 4U2AA 4K20A 1IKQA 1JYIA 4YZ5A 2QWDA 4XJ9A 2GMPA 5T52A 1HQWA 4QN5A 1F8BA 3WG2A 4XJQA 4GWNA 1G8WA 5H9RA 3JUUA 4CTEA 4W65A 1G9BA 3O0VA 2VU9A 4YW5A 3W58A 2WLQA 4UW6A 2ZHLA 2A6WA 4LBNA 3AXDA 5GLWA 4WVVA 3SALA 4XIKA 3UK9A 2R16A 4RA0A 1USRA 3B00A 1LU2A 1YXWA 2A3XA 3IN9A 1CONA 1WUVA 2YA5A 3TI4A 2VK6A 1UZYA 2CL2A 4X4AA 3OPZA 4M3CB 4H52A 3IPVA 4XXAA 4LBKA 2D6OX 1MS4A 2ZGUA 1LGCA 4K1KA 1QF3A 3BIWE 1LHUA 3ZVXA 1QMJA 3RQ0A 1DLLA 4YGBA 3WG4A 5HX0A 5T55A 4HZVA 2ZB5A 2LTNA 1DFQA 1Q8OA 4XMIA 1V3BA 1CVNA 1FNZA 1IVDA 1LHWA 3NV4A 3MPPG 3AXEA 2F29A 1JN2P 2QWJA 2UURA 3TI5A 1BKZA 3HN1A 3RMYA 1XOEA 4YZ4A 3M3CA 2BF6A 4PF5A 1LHOA 2QWEA 4YM3A 5KXDA 4GZXA 2ZABA 2WSVA 5HCFA 1Q56A 4LBJA 1CIWA 1INWA 4BM8A 1N1SA 1BJIA 1VAVA 1A8DA 2ZGSA 2A3YA 2DURA 4XTMA 2G4IA 2EXJA 4ZXKA 4X49A 3O5SA 1JHNA 1V0EA 2XCYA 3TIAA 1GNZA 2EXKA 1SBEA 1DQ0A 3MW2A 1NCCN 2HTQA 3TI6A 4MWQA 2B8HA 1ENRA 5AVAA 2A3WA 1SLLA 3O9JA 3VUOA 4NN9A 2HTRA 2QWHA 3RRDA 1N3OA 1URXA 5GZGA 1WCQA 3WDUA 1G9FA 2VW2A 1KDKA 3AYEA 1AXYA 3WDVA 5DUWA 4XHXA 4XBNA 4AVTA 1NNCA 1IS5A 1I1EA 3K38A 2VW1A 3NV3A 3VKOA 1Q8SA 2YROA 4DFSA 1MZ6A 3D6EA 3AFKA 4XJZA 2DUQA 3K37A 4Q26A 1X50A 3ASIA 2D6MA 3SH5A 1IKPA 3FLRA 3AZWA 4X47A 4MC7A 1SLIA 1XOGA 3CL0A 3B01A 2DTWA 2DVDA 4WEFA 4GZPA 4AGRA 2XZIA 3IPVB 3MEPA 5CB7A 1DGLA 1A4GA 1KDMA 2ARXA 4NOTA 4ATEA 4ISQA 4UW3A 1S0IA 2FHRA 2ZHKA 4WV8A 1W6OA 4QN6A 6NN9A 5JOXA 1G7YA 3SILA 3BOPA 2DUOA 1LOBA 1V6IA 3H73A 4XJUA 2NMNA 4I00A 1LCLA 4YM1A 1FATA 3D5OA 1JW6A 1FAYA 4QN3A 4GA9A 4HANA 1IS3A 4R9BA 5F9TA 1W6MA 1OFSA 4M3MA 5DUUA 1OQ1A 1B9TA 2PELA 2ZGRA 4X6KA 3K39A 1ULDA 4GZQA 2C4LA 1MVEA 1SFYA 2CY6A 1QDOA 3BTAA 3POSA 4K1JA 1MS5A 3A4UA 4XYXA 3INBA 1WD4A 3T1LA 4CPYA 2DU0A 4Y1XA 4YG3A 4TZDA 1Q8PA 2ZMLA 3IMNA 1S0JA 4YGEA 1Z50A 1YIFA 2JECA 3BEQA 1LENA 4PBPA 1APNA 1V3CA 3V0AB 1S0EA 5JVVA 4H53A 4K3YA 4Y22B 2A6VA 2VW0A 1NLSA 1NMBN 2DVFA 2VXRA 4Y20A 3ZXJA 3WHTA 3A71A 4KS1A 2YDTA 1QDCA 4P9WA 5GLVA 4HZYA 2GNMA 3ZYPA 4AYUA 2P37A 1W6PB 3KQRA 2JE7A 4GDJA 3ZYRA 4AVVA 3VKFC 3DUIA 4WA5A 1IVCA 1DILA 2LALA 2QWIA 3HR9A 3O0XA 4MWWA 3NN9A 4XBLA 2CWSA 3INAA 2TEPA 2F28A 4P9XA 1UPSA 1KITA 1GYKA 3AP6A 1MS1A 4K1ZA 2YY1A 1PZ9A 2XZKA 1WBLA 4NCSA 1CN1A 1GNHA 2D6KA 5GZEA 5GALA 1L7FA 5T5JA 4PCRA 3NV2A 1LOFA 1GZWA 3LCPA 4YM0A 1GV9A 3ZSJA 1E8VA 4GALA 5M1ZA 4BMBA 4MJUA 2B7YA 2A71A 2SIMA 1LOCA 3N3HA 5CNAA 4KS2A 4YFZA 1UX6A 2JJ6A 2ZHNA 1LULA 4JC1A 1LHNA 1LGBA 1RITA 4Y24A 1DQ5A 1CPNA 1S0GA 5CBLA 1MS3A 1W21A 3WCRA 3SH4A 3AZZA 4FJ6A 3ILRA 1C1LA 3SLIA 1ONAA 3JU4A 2SBAA 3A72A 1NSDA 2HYKA 3OYWB 2YA6A 1WD3A 2WNEA 1V0FA 2ES3A 1IVEA 1DZQA 1VALA 5DZGA 5DUXA 4MX0A 3KM5A 2NN8A 1BYHA 2ZA9A 2AUYA 2HT7A 2W08A 4CPLA 4BMEA 3TI8A 2C4AA 2VWDA 1KQRA 3D4KA 2EXIA 1MS8A 4C1XA 5E8AA 1V6KA 5SV8A 3WNXA 2YXSA 3TIBA 2BQPA 3GVJA 2ZGMA 5H9SA 1NXD1 4XDQA 2DYCA 2ZB6A 1W0OA 5DZFA 2PHRA 4Y20B 1O4YA 1YYNA 4HIZA 2PHFA 1Z4VA 4GZOA 1U0AA 4GB1A 1ULFA 1A3KA 3H0OA 1W6NB 1YI7A 5GLUA 5DUVA 1QNWA 2OW4A 5BYNA 3K36A 1H30A 5GJ6A 1UZZA 3NV1A 2GMMA 3N7MA 2W20A 2A5ZA 2D44A 4Y1UA 5IK5A 1QOOA 2E7TA 5GLTA 4XILA 4NO4A 4I30A 1SBDA 3WZ1A 2QWCA 2W68A 3POYA 4P14A 3WV6A 2ERFA 3ZPYA 1MS0A 1S1AA 4L8QA 2E53A 3N7KA 1SLBA 1W1XA 3SANA 2A6ZA 2YA8A 4BLJA 2AENA 3ALXA 2QWAA 1AF9A 5F5QA 3OY8B 4LBQD 2VK5A 2QWKA 3AP9A 2GNTA 4M3CE 2WT0A 3AJYA 4LBQA 4YZ3A 4TYSA 2P3KA 4FVKA 3WLUA 2AEQA 2R0HA 1OKQA 4K21A 2WT1A 2YA7A 4GDIA 4GKYA 5KXEA 3JU9A 1V00A 4FPCA 1IS4A 2GNDA 4MWVA 4FPHA 1DQ1A 1AZDA 5JDBA 3AP4A 4FPJA 1CPMA 3WDXA 2VSMA 3FLPA 1C1FA 2A6YA 3APBA 3U4XA 4R9DA 4MWYA 4MJVA 1ZM1A 3PVEA 1YRZA 4CRQA 1LECA 3R4SA 3R05A 3TI3A 2PHUA 2C9AA 2D7FA 3ILNA 3AP7A 4YW2A 4LBMA 2P3IA 2DVBA 2YZ4A 5HCAA 1IVGA 4MZAA 1Q8QA 4GJTA 4MWXA 3FLTA 4KBBA 2DWRA 1B09A 3B7EA 1DQ6A 2A75A 1AJOA 4MWUA 3AK0A 3AYCA 3V0BA 2AREA 2JKBA 4BPZA 2ZMNA 5HUKA 1W8OA 5EXOA 2GALA 1FNYA 1XQNA 1B9VA 5E89A 4JRAA 4YW4A 4KS3A 1FV2A 2P34A 2AH2A 3GNEA 3IKWA 4QN7A 2QWFA 3Q9OA 5NN9A 2F0ZA 1MACA 4BBWA 4KS4A 2YMZA 1MR5A 4R9AA 1VCJA 2W38A 2PHTA 1EUTA 3IM0A 2DVGA 4GXLA 1BZWA 2AR6A 1SLTA 1FV3A 2WJSA 7NN9A 3GVLA 1LOFC 2ZHMA 3SISA 2QWBA 1S0CA 5DZEA 1Z0HA 4XE9A 3ZXKA 1LEMA 1EURA 4MWJA 4M4VA 2D3RA 4YW1A 4XJAA 3LSDA 3POWA 3O12A 4FPGA 1V6NA 2I2SA 4BLIA 4FOQA 3VKLA 2Q5TA 1VLNA 2ZGPA 4LBQB 3AZXA 2CTVA 1GICA 2R1BA 1LOAA 1EPWA 3MW4A 1PZ8A 3WG1A 2VVZA 1KRIA 5T54A 2DTYA 1IVFA 4XZPA 1W8NA 2W5OA 1F8CA 3A0KA 5LK5A 4CPZA 4LBOA 4WZFA 4DQAA 1NCBN 2XZJA 1ULCA 2NP0A 1DIWA 5JOZA 3M3EA 4YZ1A 1V6LA 1LOGA 5GZDA 4WVWA 1BQPA 5H9PA 3O0WA 2UWBA 1WW7A 3QCWA 4K1IA 4HZZA 1BJQA 3TAYA 3L2YA 5FREA 1N1VA 1CR7A 4UF7A 1CQ9A 5IK7A 4FVVA 1INVA 1G9CA 1PZ7A 3B9CA 3WOGA 1DHKB 1LGNA 2HTYA 4XOGA 1WBFA 1YO8A 1VAMA 3GVKA 3HMYA 4ISRA 4QNPA 4FP3A 4HL0A 1G9AA 3V64A 1HQLA 1IOAA 4YGDA 1NN2A 3V0BB 4D69A 1QOSA 2YV8A 3WDTA 5IK4A 2EAKA 4R9CA 2ZGOA 4WA4A 2BZDA 1N3PA 4M3CA 5L73A 1JXNA 2BERA 3M3QA 1LJ7A 4DRVA 3QLQA 2SILA 2ZACA 1GZ9A 1BXHA 2CMLA 1INHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VH9A 5J36A 1D4M1 4EWEA 1N3QA 3AX4A 1NSCA 2AEZA 2V72A 2ZAHA 4NHXA 1FPN3 2WKKA 1HRV1 4HG6B 5E88A 2DCZA 1MZ5A 1VMJA 2J1UA 5F6LB 2F17A 1QY4A 3U0ZA 1QQP2 3VB9A 4D7YA 1D4M3 2W1SA 3OGRA 2XB6C 2HU4A 3H72A 1NCAN 3CL2A 4OI0A 1ZGKA 3VNGA 2HH9A 3VLBB 1INYA 4BQ1A 2P5BA 4JGZC 1I6XA 3N35A 1POV0 1W6OB 2F13A 3LQCA 1YCIA 4AHXA 1DGWA 4B7KA 1V3DA 2ZGLA 1G9DA 4MYEA 4CCMA 2P2KA 3IDAA 3ZFGC 1NNBA 1UQXA 1EAH1 4CDUB 4QB6A 1CX1A 3OG2A 1K5MA 4HKOA 4XFCA 2G9ZA 4BXSV 2GMEA 2ZGQA 3I49A 2AEPA 2DCKA 3VKNA 4HONA 5AVPA 2RG4A 1SLAA 2WSUA 3UT0A 4AI1A 1RUG2 2QJVA 2JDZA 4Y1YA 4DO0A 2LRPA 3N7JA 1RIRA 1F8EA 3NSTA 4HPKB 1RMU1 3URFA 1WLWA 4N53B 3T0DA 3JBG1 1NCDN 2YHJA 4N43B 5EZWA 1U5IA 1W2NA 3SHRA 2QQOA 2WNUA 1ULEA 1OI6A 1C57A 3ST7A 1B9SA 4LHNA 1W6MB 4BQ2A 5BNOC 4LKDA 5C3OA 4Q4W2 1DBNA 3KVAA 1DYKA 4IEWA 1SFPA 3VBOA 5JSPA 2FDIA 3JBG3 4JCKA 5FZ4A 2WZ8A 4QDRA 2H2UA 2O8QA 3HT1A 4LOTA 4MWRA 1AUYA 4NIDA 4ZY3A 5FRAA 3G4EA 1LKNA 1EV12 5EYYA 3CKZA 4UFKA 2VPJA 3VHNA 1Z4WA 4UW5A 4XQWA 1OURA 2EALA 5FMBA 2X53S 3HAGA 1GUIA 4XCAA 3VBUB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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