1A9MA

G48h mutant of hiv-1 protease in complex with a peptidic inhibitor u-89360e
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIHGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structure of a G48H mutant of HIV-1 protease explains how glycine-48 replacements produce mutants resistant to inhibitor drugs.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a9mA00
3RTMA 5P0KA 5P5VA 3D91A 5P1JA 3EL9A 4B72A 2BPXA 5P1BA 3TOGA 3U71A 5P7KA 1BVGA 5P1EA 2SAMA 3PRSA 3OGQA 2IENA 4QJ6A 2AOHA 5P5AA 3UDKA 3VFAA 2F8GA 1ENTE 4Q1WA 2QI5A 4B00A 3EM3A 1B6PA 1G2KA 5P1KA 5P6NA 2H6TA 5P87A 3VYFA 2HS1A 3D20A 4PHVA 2AVOA 2WEAA 4HA5A 2AZ9A 3EL0A 1IVPA 1QBTA 3FNUA 2QNNA 4Y3GA 3NWQA 5P3NA 3K5FA 5P3XA 1FKNA 4XX3A 2V00A 5P8NA 3UQRA 4Y3MA 4B0QA 2QZWA 5P5PA 5P5LA 3NYGA 5P7HA 5P3TA 5P7XA 2ZJIA 2P3DA 4YD3A 4EWOA 3PVKA 4K9HA 5P8JA 4OBKA 4Y44A 4JPEA 5ISJA 2OHPA 4IVSA 5DR3A 3INEA 4BEKA 1OEXA 5F01A 1MIQA 4QLHA 3I7EA 1D4LA 1BIMA 5P0VA 2VA5A 5P75A 5P6MA 2AZBA 3OXXA 4RCFA 2UY0A 5P4MA 1E80E 1XS7D 3VF3A 3L5CA 5P7AA 5P38A 3D1YA 3BVAA 2I4DA 1D4YA 4Y43A 1AXAA 1YM4A 4Y3NA 5HDZA 3KDDA 5P4IA 4H1EA 2Q3KA 4I0HA 1T7KA 4ER2E 1HTRB 1AIDA 3ST5A 1K2BA 5OZNA 1IZDA 1PSOE 3NDUA 2ZJJA 5P5QA 3OQKA 5ENMA 3NU4A 1B6MA 1TSUA 1W51A 5DR1A 2FNSA 2RENA 4NKKA 3PSUA 4Y3EA 3EMYA 5P80A 3KT2A 5P79A 1G0VA 3GGVA 4TRYA 4EQJA 4FAEA 4EQ0A 2PWCA 4E43A 4TRZA 2AZ8A 4RRSA 3TKWA 3DK1A 5KQYA 5P3MA 5DGUA 1HOSA 5JFPA 4RYCA 1M4HA 2PH8A 5P3QA 1BDLA 1MT8A 5DR8A 3KFRA 1EC1A 2NMZA 5P09A 2FDEA 4CPQA 3Q5HA 1JLDA 5DQ4A 2VJ6A 5P4JA 5P5IA 1APVE 2NMYA 4DQHA 5P49A 5OZRA 3M9FA 5P45A 1FQ7A 2PSUA 3OQFA 1HXWA 3ZPUA 2AOGA 5APRE 3LPJA 5P7NA 5P2BA 2FGVA 4ZEAA 2G27A 5P6HA 1MSNA 5P18A 2WHHA 5P3VA 3PSYA 2QK5A 3SM1A 4ACUA 5HE7A 4CPRA 4RZ1A 3VV7A 4GJ7A 3ZKSA 2I4QA 3K4VA 4Q1YA 4Y4JA 1EC2A 4GJ9A 4J1EA 5P3FA 5P8EA 3RTHA 5KR1A 2B60A 4RYGA 4JP9A 4YHQA 4RCEA 3U6AA 5OYTA 1KJHA 4ACXA 2QNQA 5OYYA 2P3AA 1XE5A 5FIVA 2BKTA 2AVQA 4Y3PA 5P3KA 4GJ6A 5P2IA 5P13A 2VIEA 1META 5OZGA 5OZMA 2AZCA 3OQ7A 4I0JA 4Y5NA 3TPJA 5OZAA 4DPIA 5OZ0A 3OOTA 3RVIA 1AAQA 2P83A 3EKPA 2FMBA 3SLZA 1NPWA 5OZKA 5P4AA 5P7LA 2BPWA 3LZUA 5P68A 3EM4A 4K4PA 5CLMA 4ZLSA 4Y3QA 3G70A 1C6ZA 1N49A 3PWMA 4LAPA 5HDUA 1B5FA 2QU2A 3R0YA 4OC6A 5P8GA 1XN3A 5P7PA 2Q64A 5P5RA 5P6FA 4Y3TA 2I0AA 2P4JA 8HVPA 3MSLA 2Z54A 3OHFA 1EBWA 2QHZA 3UDYA 2ZHSA 1M0BA 4CPUA 1D4KA 1RQ9A 5DR7A 4DPFA 2B7ZA 3WZ7A 4OD9B 1VIKA 5AH7A 1TQFA 5P7DA 1MSMA 2Q54A 1FG6C 2AOEA 1DIFA 1EPOE 3DCRA 5P8PA 1FF0C 5P84A 5P40A 5P0YA 1BAIA 3EC0A 1APWE 5P7BA 3B80A 4AA8A 5BRYA 5P05A 3HD8A 2J9KA 4RVJA 5OZJA 2ZJHA 3JW2A 5P4RA 5OYVA 5P0IA 1D4HA 2I4WA 3RSXA 5P1WA 2B8VA 2G22A 3L3AA 5OZ7A 1MT7A 3O9EA 3QN8A 2RKGA 5P3CA 4JPCA 5P6LA 5ER2E 5P4FA 1HHPA 2WF0A 3OU1A 5P43A 2ER0E 4Y5EA 1ZSFA 3QIHA 4LC7A 1LYBA 5P7OA 3S7LA 2FDDA 2QI6A 3URLA 5P4OA 3TOFA 3NXEA 5P1QA 4NPTA 1QBRA 1RV7A 3UFLA 4DJVA 3PM4A 1FQ5A 2G24A 2R8NA 4TRWA 1W6HA 3BGCA 5P37A 4GJ8A 5COOA 1FQ8A 3TPPA 2VJ9A 3O9GA 1W5WA 4NJSA 5P31A 5P1UA 5P30A 4B05A 1HPVA 5P1CA 1HPXA 3I8WA 5P2CA 4F76A 4TVGA 4I8WA 5P2OA 3L59A 2JXRA 2ZE1A 4LL3A 2O4PA 3L5EA 4GJAA 4YOBA 4B1EA 1HVRA 3OAGA 3OUCA 3MWSA 1BILA 5OZIA 1B5FB 1K6CA 5KR2A 5P1TA 4OC6B 5P0DA 4HZTA 1HVHA 5P3OA 3H0BA 5P4ZA 3EKWA 5P1DA 3UPJA 4I0GA 3ZKIA 3EKQA 4Y9WA 4A6CA 2Q5KA 3MXEA 3SA4A 5P73A 4Y36A 1DAZC 1FFFC 1GVTA 5P3WA 4Y3YA 3TKGA 3ECGA 4AUCA 4FLGA 1IIQA 2APRA 3RTNA 1OHRA 5P1PA 5P78A 3UDRA 1BXQA 4Y3RA 1PPLE 4R95A 1ODYA 5P8KA 5P41A 4K4RA 3JVWA 5EZZA 5OYQA 2QU3A 4FRIA 4RGHA 3SA3A 5SY3A 2OF0A 3NU5A 2RKFA 3SABA 1YM2A 5ISKA 3OU1B 3Q3TA 4AMTA 1LF2A 4OBHA 5P12A 5KQFA 1SIVA 2AOJA 5OZCA 1LYBB 5P7IA 4Y58A 3KMXA 5P83A 3PI0A 3NXNA 1LF4A 5T4SA 3OU4A 1FGCC 5P0TA 5P0SA 3OADA 5P52A 3KDCA 5P0QA 1EC3A 2H6SA 3CKRA 4Y3WA 4L1AB 3D1ZA 3LPIA 4J1IA 3G72A 5P6EA 2UXZA 3K5GA 4R8YA 4Y54A 1OEWA 4I0DA 5P0NA 4MC9A 5P7ZA 5P7WA 1T3RA 5P0FA 3PBDA 3EKXA 5C9FA 5P3HA 1WBKA 5OZ8A 5DQ2A 4ZIPA 3IXKA 1UH9A 5P00A 2OHSA 3OAGB 3KM4A 3WB4A 4Y39A 4Y3LA 3FNSA 5OZ3A 3IXOA 5P4VA 5KQXA 4L6BA 5P2LA 2VNMA 2QMFA 5AH6A 3NUJA 5P23A 1KJ7A 3H5BA 3UQWA 3S2OA 5P4WA 5P74A 3IVIA 1QS8A 3UDJA 2J9JA 1MTBA 3QS1A 5P2RA 5P4HA 1XE6A 3VSXA 3O9CA 2FDPA 3BRAA 2P3CA 5OZ9A 5P3AA 1NSOA 4MC6A 3LITA 5P25A 2FGUA 5P0ZA 1G6LA 4FAFA 1EEDP 4DJRA 5IVQA 5ENKA 5KOQA 5P82A 1GKTA 3AIDA 3EKTA 4FRJA 6UPJA 2CEMA 2XFJA 1EPQE 1HPOA 3ZL7A 5DR4A 5DQ5A 1TCWA 5P69A 3OUAA 3UQPA 5P02A 3TPLA 4H3FA 5I70A 5P5MA 1XL5A 5P4QA 4COEA 1YX9A 3OGPA 3PB5A 5P2NA 4FCOA 3PMUA 2VIJA 3OTYA 3T6IA 2NPHA 4Y48A 2P3BA 5P58A 5P16A 5OYSA 3OU4B 5P1RA 3G6ZA 3OADB 5P64A 4DJXA 2QI7A 4EPJA 2HB3A 3KFNA 2UPJA 4XXSA 3T7XA 5P5KA 1KJFA 3LHGA 4KUPA 3IAWA 3BUGA 2NNKA 1MERA 4DI2A 5OZ1A 4Y4AA 3ZMGA 1RPIA 2OHMA 5KQZA 4R93A 5OZZA 5P7RA 4F75A 4Y5AA 1VIJA 1BXOA 3SA6A 4FIVA 5P28A 2QMPA 1T7JA 2RSPA 5P5EA 5EZXA 3FNTA 5P50A 1A94A 3EL1A 4XKXA 1W5YA 1IZEA 3SPKA 3O9BA 4A4QA 3CKPA 4J0PA 4KE0A 1FMUA 2F81A 1HBVA 4J0YA 2HIZA 5P2YA 2JYSA 2FIVA 3DV5A 4DQFA 5P4XA 3SQFA 4B1CA 2J9JB 2QD7A 1MVPA 3GGUA 2BPYA 3EL4A 2OHRA 4ZPGA 3ZPTA 3O9FA 3SKGA 4CMSA 2G26A 2NTRA 4FL8A 5P3GA 1HRNA 3PMYA 4Y3FA 5P0OA 5P01A 5AH9A 5P10A 4I0EA 1PSNA 3QBFA 3N4LA 3SA8A 4Q1XA 1SIPA 2VS2A 5P3EA 5SY2A 1ER8E 3PLDA 1PSAA 1BVEA 3BHEA 4FM6A 2FNTA 3VUCA 5P19A 2WF1A 5P8DA 3Q4BA 4WY6A 4D89A 3HBOA 1HIHA 3OQAA 2R5QA 2XFKA 3EXOA 3Q6YA 2OHQA 1FFIC 2Q55A 5P7YA 4K8SA 2PYMA 3HW1A 4Y4TA 2R3TA 3HDKA 2PSVA 5BS4A 1IBQA 4I0ZA 3D3TA 2O4KA 2P3BB 5COKA 1A8KA 4Y5BA 3INFA 4B70A 5P5UA 5P5DA 4Y3JA 5B18A 5I3WA 5KOSA 2QMDA 1PROA 5P5XA 5P35A 4PZXA 5P6PA 4J0TA 3PBZA 2QI0A 2CEJA 3TOHA 4YA8A 2IDWA 5P0BA 1K1UA 1ODWA 2V16C 5P6QA 2VJ7A 5P6IA 4MC1A 4I8ZA 4Y37A 5P66A 4U7QA 5P11A 4YCKA 5P3LA 3VV6A 2BBBA 4I1CA 3IGBA 5AH8A 2WEDA 1EPNE 5P5BA 1YTHA 1BDRA 5P2EA 3R2FA 4GIDA 4GJ5A 5P61A 1RL8A 3WZ8A 5P03A 1EBKC 1LYWA 5P4DA 4YBFA 4DJOA 3S43A 1GVUA 5P27A 3Q70A 5P15A 4FGXA 3PWRA 1DP5A 2WF3A 3DUYA 3HLOA 4H3JA 5P53A 3IA9A 1CMSA 5P6UA 1SDUA 5P1FA 3ZPSA 5P5GA 4DV9A 2G1YA 3NUOA 2PSGA 5P2SA 3QPJA 5P22A 2BKSA 4B1DA 1AZ5A 1GVWA 2WECA 2ZHTA 2AOCA 1UH7A 3F9QA 2ZGAA 5P2XA 5P2HA 4ER1E 2ER9E 2QNPA 4WY1A 3GI4A 2PWRA 1FG8C 1J71A 5P56A 1APUE 5HU1A 4YD5A 5P46A 5P6XA 4D88A 4JECA 5P6VA 1E81E 1PFZA 3UFNA 3ZKNA 5P26A 1Z1RA 2AVSA 1FQ6A 5P63A 3EBZA 4PZWA 4HLAA 4Y35A 4TVHA 4KB9A 3VG1A 5OYZA 4HEGA 3LZVA 5OZXA 3OXVA 4I12A 5P5FA 4MC2A 2AODA 2QD8A 4Z2ZA 3L38A 3UF3A 3WZ6A 1MTRA 2ER6E 5OZVA 2CENA 2ZYEA 5P0PA 5P36A 2NXMA 1HVJA 2AQUA 1DMPA 5DQ1A 4L7GA 3VF7A 1SDVA 2R3WA 4Y5GA 4Y3HA 5P2WA 5P77A 1ZAPA 1TZSA 5P1AA 4NJVA 1F34A 5P2JA 1E5OE 4I10A 1LYWB 1U8GA 4JOOA 5E5JA 3LIVA 2F3EA 5P6WA 1DPJA 4N00A 5P2UA 3S43B 1FLHA 1K1TA 4D83A 3UCBA 4DFGA 3LPKA 5P2KA 4CPSA 4HVPA 1SBGA 2G1NA 5P3BA 1APTE 3DJKA 3GI6A 5P0XA 5P0CA 5P1LA 2R9BA 4CPXA 1T7IA 1EPRE 2PK6A 5P2TA 5P6TA 5P24A 2QI4A 2ZJKA 3KFPA 1IVQA 1UPJA 4CKUA 3CYXA 4EJLA 2ZJNA 3U7SA 2QZLA 4H3GA 3APPA 5P72A 3ZKXA 3VLBA 3UHLA 5IS4A 4Y4WA 3KN0A 2IS0A 3O9DA 2HPFA 5P1GA 3GW5A 5P4TA 5P70A 5CONA 1AM5A 3ZOVA 5P6CA 5P6RA 1BWBA 3EM6A 4YD6A 2HPEA 1C6XA 5P62A 3RU1A 3GGXA 1SP5A 3ER3E 5P4KA 1C6YA 3UTLA 3L58A 5P2AA 2P8HA 5P54A 3OQDA 4EXGA 5P6BA 4Y53A 1UH8A 2V13A 4CPWA 5OZ4A 4YD7A 2BB9A 5F00A 2JJIA 4FSEA 1HWRA 4EXHA 4J5JA 4RLDA 4Y3SA 2FXEA 1AVFA 2IEOA 3O9LA 2WJOA 1GVXA 4J0VA 4R91A 3UDMA 5C9DA 2IRZA 1ODXA 2JE4A 1HXBA 5E5KA 5P81A 5P32A 4KE1A 4FM7A 4ER4E 2V0ZC 5P8HA 3UDPA 1BWAA 5P8MA 2AVMA 5OZWA 4CPTA 1BV9A 3BUHA 4FS4A 4FE6A 4YDGA 1YG9A 2B7FA 4Y4BA 4I11A 3URIA 2OHUA 5HDVA 1MT9A 5OZFA 3SA9A 2I0DA 3T7QA 4CP7A 2ZHVA 1EAGA 4J1KA 4OBJA 3T11A 4RVXA 3PGIA 4BFBA 3IN4A 4I0IA 1BV7A 4RROA 4YD4A 3SO9A 5OZUA 5P88A 1BDQA 5P2VA 1XDHA 5P4EA 1IDBA 5P8UA 3UDNA 3OUDA 5P33A 5P3IA 2ER7E 4X2LA 5P8FA 1ZJ7A 1ZBGA 3KYRA 4I0FA 3BXSA 3QVCA 3DCKA 5P51A 3FX5A 4YDFA 4OBZA 3MSKA 3T3CA 5P1ZA 2V11C 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTM A;  5P0K A;  5P5V A;  3D91 A;  5P1J A;  3EL9 A;  4B72 A;  2BPX A;  5P1B A;  3TOG A;  3U71 A;  5P7K A;  1BVG A;  5P1E A;  2SAM A;  3PRS A;  3OGQ A;  2IEN A;  4QJ6 A;  2AOH A;  5P5A A;  3UDK A;  3VFA A;  2F8G A;  1ENT E;  4Q1W A;  2QI5 A;  4B00 A;  3EM3 A;  1B6P A;  1G2K A;  5P1K A;  5P6N A;  2H6T A;  5P87 A;  3VYF A;  2HS1 A;  3D20 A;  4PHV A;  2AVO A;  2WEA A;  4HA5 A;  2AZ9 A;  3EL0 A;  1IVP A;  1QBT A;  3FNU A;  2QNN A;  4Y3G A;  3NWQ A;  5P3N A;  3K5F A;  5P3X A;  1FKN A;  4XX3 A;  2V00 A;  5P8N A;  3UQR A;  4Y3M A;  4B0Q A;  2QZW A;  5P5P A;  5P5L A;  3NYG A;  5P7H A;  5P3T A;  5P7X A;  2ZJI A;  2P3D A;  4YD3 A;  4EWO A;  3PVK A;  4K9H A;  5P8J A;  4OBK A;  4Y44 A;  4JPE A;  5ISJ A;  2OHP A;  4IVS A;  5DR3 A;  3INE A;  4BEK A;  1OEX A;  5F01 A;  1MIQ A;  4QLH A;  3I7E A;  1D4L A;  1BIM A;  5P0V A;  2VA5 A;  5P75 A;  5P6M A;  2AZB A;  3OXX A;  4RCF A;  2UY0 A;  5P4M A;  1E80 E;  1XS7 D;  3VF3 A;  3L5C A;  5P7A A;  5P38 A;  3D1Y A;  3BVA A;  2I4D A;  1D4Y A;  4Y43 A;  1AXA A;  1YM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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