5P3ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 188
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3zA01
2IGXA 5OZJA 1EC0A 4L6BA 2F81A 3PJ6A 1GVTA 5HTZA 3FNUA 5DQ1A 5P8IA 4OBHA 5P6WA 1BBSA 3KYRA 4Y4UA 2IGYA 2QP8A 5P85A 5P02A 4Y4WA 2OHNA 5P8NA 5P0SA 2PK5A 4CPTA 2VJ9A 2QMDA 2AOIA 3IVHA 3OK9A 5P2BA 5APRE 5P23A 4DJOA 1ZJ7A 3KT5A 3OXWA 4F75A 3QBHA 2VA6A 2QNPA 3MXDA 1IDAA 3EL1A 4LXMA 2O4LA 5P12A 1OEWA 3TOFA 2FDPA 3INHA 3DUYA 1W6IA 3OADA 4TRZA 2QZXA 4H3JA 5OYUA 1B5FB 5HVPA 4NKKA 1HVHA 1FQ7A 2NNKA 4DI2A 5P15A 4Y5BA 2WF0A 3O9IA 3PSUA 5OYXA 5P7UA 3I6OA 5P7RA 2XFKA 3VV7A 1FQ4A 2P3BA 3QRMA 5P1MA 1APUE 1B6JA 1IZHA 5OZVA 5P2QA 4ZEAA 3WB4A 2VS2A 5P0AA 3KFNA 1YT9A 5DGUA 1KJHA 3I25A 1K6TA 5P0YA 2O4PA 5HDXA 5SY3A 5P4QA 4HDBA 5P0JA 1DAZC 4DQCA 5P2UA 3S54A 1QBUA 1FIVA 3PWWA 1FFFC 2PYNA 2OHLA 4Y54A 4OBKA 4X2LA 5OZ1A 1TW7A 1LS5A 4GYEA 5P2YA 5P7CA 5P7KA 3IVIA 3K5CA 1MERA 4YBIA 5P46A 4CPUA 3O9DA 5IS4A 2I4VA 4AUCA 2JXRA 3HVGA 5P7QA 1B11A 5OYRA 1EAGA 2P3AA 4EJDA 4F74A 1HVIA 5C9DA 4APEA 5P1FA 4Y3HA 5OZ2A 1DPJA 1BXOA 1BV9A 5P6KA 4MC6A 2G94A 3UDHA 2HM1A 4K8SA 1LYWB 2JYSA 1AIDA 3L5BA 5P86A 3O9FA 1BVEA 3NU3A 1B6KA 5P4RA 5OZIA 3IN4A 1HSGA 5P06A 1APWE 5P4SA 5P5BA 4Y5KA 5P79A 5P81A 5P35A 3O99A 1FMUA 5P4JA 1DW6C 3UDQA 2A4FA 2R3TA 3OAGB 3VSXA 2ZHRA 5P1AA 3R4BA 2B42A 4Y43A 1XL2A 1SIPA 3UQUA 4RCFA 1E80E 5OZ0A 4B1DA 5P4MA 4YD3A 3EC0A 1LF3A 4J54A 5P1KA 3K5FA 3K5DA 2FS4A 3B80A 5JFUA 2H6TA 3BUFA 3EKWA 3ZLQA 5P48A 1SIVA 2Z54A 1E82E 2NTRA 3NLSA 2ZJNA 4EJKA 2RKGA 1M0BA 1CMSA 1GNOA 5P37A 3D20A 4Z4XA 3KFRA 4CMSA 1B5FA 4FM8A 5P3XA 4DJPA 4HVPA 1K1TA 4ER4E 2F8GA 1YTGA 2XFIA 5P5CA 3BGCA 3SACA 4HE9A 1QS8A 5P10A 5P2KA 1SH9A 4A6CA 5P6UA 1MESA 4EQJA 5P7TA 2G20A 3TPRA 3PHVA 3VF7A 4J1CA 5P7VA 5P1LA 5P3CA 2NXDA 1AJVA 5OZ6A 5P6DA 3EM4A 3QRVA 5P0GA 1FFIC 2ZJMA 3IXOA 3VLBA 3GGUA 2ZE1A 1FB7A 4FRIA 4Y9WA 4AZYA 5OYTA 2OHSA 4ZLSA 4IVTA 5DR7A 5P8TA 5P24A 1GVXA 5P01A 3PMUA 5P3OA 5OZCA 3RSVA 4CPXA 3AUPA 2ER6E 5P3KA 4J0PA 3BXSA 2ZJIA 6UPJA 5P3PA 5P1WA 2Q3KA 4L1AB 5P2AA 1T7JA 1BXQA 5I3YA 3S43A 2O4NA 1PROA 3EBZA 2WEAA 2MIPA 5HDZA 4Y35A 2PWCA 4EJLA 5P6QA 4FRJA 1SGUA 1XL5A 2H6SA 4IVSA 3GI0A 3I8WA 5P7ZA 2ER7E 3NDUA 2BBBA 5P1NA 2QI6A 3MSLA 5P51A 2ZGAA 3OY4A 5P4DA 1QBRA 5P8HA 3SA6A 4NJTA 3OAGA 4QJ7A 1EPQE 2QAKA 5P3FA 5P2FA 3EKXA 5P6IA 2JJIA 3VV6A 3VCMA 5P36A 4I8ZA 2V13A 1WKRA 5P7AA 4Z22A 1QDMA 5P1XA 1F34A 3QBFA 3URLA 5KR8A 5P1RA 3SA4A 5P84A 1FQ6A 1D4YA 4KE0A 1MRXA 3DV5A 4N00A 5OZ4A 3O9LB 1FLHA 2IQGA 4R93A 3UQWA 5P04A 4GJ6A 1WBKA 3SA9A 4H3FA 4YHQA 3LIZA 4YDFA 3TOHA 5P69A 4Y3WA 2WECA 3FNSA 5OZXA 2NPHA 5I3VA 4RVIA 4Y5CA 5P75A 2HB4A 3PI5A 1PSAA 2WL0A 3EM6A 1ZSFA 1HVCA 5P6JA 4AA8A 5BWYA 3M9FA 4FSLA 3PI0A 3LIVA 5EZXA 4RVJA 5P5SA 5P6HA 2ANLA 3UDYA 4I0ZA 3NYGA 1FG8C 3FSMA 1OHRA 1HVJA 4D88A 2AOGA 5COKA 5P19A 3UQXA 2BPYA 4Y57A 4HEGA 3U71A 5P83A 2VA5A 5EZZA 1T7IA 4YD5A 5DR4A 4DQBA 3U7SA 4JP9A 4AMTA 2R9BA 2AVMA 4FCOA 2AOCA 1HVSA 3VYFA 5P0ZA 3PEPA 4RLDA 5P2JA 5P5VA 1BDQA 4Y4DA 2P4JA 5P7FA 3GW5A 3TNEA 3D1ZA 3SABA 4EP3A 3OXVA 5P17A 3BVAA 4OBZB 5P3UA 4BFBA 2FGUA 1LEEA 2QI3A 3UPJA 1XE5A 4I0IA 1DP5A 1GNMA 2AVSA 5P0UA 3UFLA 3ZOVA 5P7YA 1F7AA 2F80A 4R5NA 3T7XA 1HTFA 1IVQA 2AOEA 4Y48A 1A30A 1HSHA 5P1EA 1XS7D 4L1AA 3LPJA 2PMAA 4J1FA 1EPPE 1WBMA 4XX4A 1IBQA 5HDUA 4YD4A 5P2LA 8HVPA 2XFJA 1DIFA 4Y3AA 4FAEA 3VYEA 5P07A 2R5PA 2OAHA 5ENMA 5P5UA 3L5FA 1APTE 2FXDA 1XN3A 3EKQA 3TPLA 1BIMA 5P62A 3BUGA 2I0DA 5P0VA 2P3CA 3VFAA 1JLDA 1HWRA 1T6GA 3QI1A 1ZAPA 3LIYA 4L7JA 5P43A 4OBDA 4LP9A 2ER9E 1SDTA 1K2BA 5HCOA 5ISKA 4YCKA 2OHMA 2VIJA 5P2MA 4XKXA 1PPLE 1HPOA 3D91A 5P54A 5DQ2A 5P05A 4ER2E 1W51A 3EL0A 3O9LA 1ZTZA 4PZXA 4QJAA 3L5CA 1PFZA 2WEDA 3LZUA 5OZFA 5P20A 4DQFA 1GNNA 5P8DA 2F3EA 3SLZA 4Y4BA 2EWYA 4J17A 3S7MA 4QJ6A 4DUSA 3TLHA 3WZ8A 5CONA 3NWQA 3SKGA 1G35A 1BDLA 3IGBA 2ZYEA 3C9XA 5P09A 4R91A 2QI5A 2VIYA 3SQFA 4HZTA 2I4WA 1LYBB 2Q64A 4OD9B 5P3TA 3ZPTA 4B1CA 3FNTA 5OZDA 4EJ8A 1KJFA 1E5OE 1QRPE 5OYYA 5P26A 5P16A 2A1EA 1MT8A 5HD0A 3CIDA 1CZIE 5P28A 3EMYA 2J9JB 1LF4A 4Y3DA 3CMSA 4WTUA 5P2HA 2B60A 1YTIA 5ENKA 5AH8A 1OEXA 3PWRA 2ZHVA 2WEZA 4ZSRA 4RGHA 2G1RA 1HIVA 1BV7A 5HU1A 5P4AA 4Y5LA 2IKUA 1VIJA 3OU4B 4LHHA 4OBZA 4GIDA 5P64A 1G6LA 5P6SA 4K4RA 2WF1A 4H3IA 5OYQA 3ER5E 4FIVA 2OHPA 3HVPA 1XN2A 2IKOA 5P7BA 3URIA 5P80A 2ZJHA 5B18A 5P3QA 2CEJA 3UFNA 4EP2A 2Z4OA 5OZGA 3LINA 4LAPA 5P0RA 5P0PA 3NXEA 1IIQA 1EBZA 3K4VC 5P3WA 4YOAA 4OBFA 3UTLA 2QD8A 5P5QA 5P7NA 3SO9A 3APRE 5P71A 1IDBA 5OYWA 3RTNA 2IEOA 5P8LA 2OHTA 1EPRE 3PM4A 4ZPEA 1AVFA 5P6EA 5SZ9A 2P83A 3VG1A 3QP0A 3SA7A 5P3VA 2QMFA 5P7WA 5P7IA 3CKRA 3EL9A 1PPKE 6APRE 3OOTA 5P1PA 1D4SA 3DV1A 5DQ5A 3QPJA 4Y56A 5P4WA 5P8CA 3Q3TA 3HBOA 4Y3GA 5P6RA 3ZMGA 3UQRA 5P59A 3I2LA 2VA7A 3L59A 3GGAA 5P5IA 5SXNA 2R38A 3DM6A 3T6IA 4J0VA 2V0ZC 3OOZA 5P68A 5J25A 3BC4A 4B05A 4R95A 4EHCA 4DVFA 4Y5AA 5P5PA 5P50A 5P03A 4LL3A 5OZ8A 5P3IA 3FV3A 5P29A 5P56A 4YD6A 2NXMA 3Q6YA 2BKSA 3PGIA 2BPVA 5P00A 2G1OA 4KUPA 4LXAA 5F00A 3VF5A 5P6CA 1LYBA 5P0CA 4OD9A 2OHRA 3CYXA 3SFCA 3CYWA 5P1TA 3S7LA 4H1EA 4Y3EA 2O40A 5P8FA 3OHFA 4K4PA 3PVKA 2HB3A 2PYMA 3GI6A 4ZPGA 3S43B 4XX3A 4S1GA 4Y5PA 2J9JA 2I0AA 3VUCA 2PC0A 1A9MA 1MT9A 5P5DA 3O9AA 2HB2A 2WKZA 5P47A 1HPSA 4I10A 4TRYA 3OU4A 1MSMA 4Q5MA 3KF0A 5P2GA 5P4KA 2O4KA 3SA8A 3T11A 1TSQA 3SA5A 1HXWA 4Y4GA 5P5EA 5DQCA 1W6HA 2AVVA 1HIHA 3UDNA 5DR0A 5P3EA 1FQ5A 5HE4A 3URJA 2R43A 2JE4A 4Y39A 1D4LA 3I7EA 2HPEA 1HEFE 2AQUA 2ZJJA 2WHHA 5C9BA 1BAIA 4FS4A 6FIVA 2CENA 3O9CA 4Q1NA 3UF3A 4R8YA 5UPJA 3NUOA 4I11A 3UDJA 4D89A 5P8JA 1GKTA 4LBTA 1ZLFA 3MXEA 2FDDA 1FEJC 2BB9A 3F9QA 3OU1A 1XE6A 4EYRA 4APRE 2WJOA 2PWRA 5P3DA 1TCXA 5P89A 3WSJA 1LV1A 4M8XA 3K4VA 5P3HA 4FAFA 1M43A 4Q1XA 5P25A 9HVPA 1C70A 2AZBA 3R0YA 5P4EA 1ER8E 3AIDA 4TVHA 2BPZA 2UPJA 3FX5A 5OZAA 3T7PA 5P88A 2B8LA 5OYVA 5BS4A 5P4BA 3PBZA 2G24A 2VJ6A 5P5OA 3G72A 1K6VA 2ER0E 3QAAA 2PH6A 5P1UA 2R5QA 4NJVA 2WF4A 5P3BA 1EPME 1SDUA 5P22A 3INEA 5P87A 3FIVA 5KQXA 1IVPA 3EKYA 3T3CA 4YE3A 4GZFA 5P1HA 5P3JA 5P6LA 1SP5A 1MSNA 3SAAA 2APRA 4YD7A 5P7MA 3QVCA 4TVGA 1AAQA 1SBGA 4Y4AA 1KZKA 2Q15A 5P44A 5ER2E 2VIEA 5DPZA 3PSYA 2CEMA 5P8QA 1FQXA 5P2WA 2FDEA 1GVVA 5P53A 5P57A 3R0WA 3MSKA 3D3TA 2I4XA 1YM2A 3KA2A 5DR8A 5KR1A 5P3ZA 2VKMA 4AA9A 3DK1A 3EKVA 3OGPA 2QD7A 5HU0A 4DJYA 5P0XA 3PMYA 4EXGA 1C6ZA 5P1DA 1J71A 4DQHA 5P7PA 5P2DA 5KQFA 4Y4TA 2IENA 5P4TA 2ZDZA 5ISJA 4NJSA 4M8YA 1B6PA 4NPUA 4Y3PA 4TRWA 5P8BA 5E5JA 4DJQA 1HEGE 2HC0A 2G26A 2NNPA 5P6BA 1K2CA 5P5LA 4NPTA 3TPJA 1MPPA 5P1GA 1PSOE 5P08A 3QIHA 2AODA 5P2RA 2O4SA 4D8CA 5T4SA 3SM2A 2OHQA 2QHZA 3OHHA 2Q54A 4Z50A 2QCIA 3LPIA 4Y58A 2HIZA 2AOFA 2BQVA 3TOGA 4ZE6A 2AOJA 3JVYA 4HLAA 5HE7A 5P7LA 5P8OA 1EBWA 3SPKA 1META 1FF0C 1Z1HA 4Y6MA 1FKNA 3KN0A 3IN3A 5P7GA 1EBYA 1NPWA 2FIVA 4Y4JA 5P5GA 3PB5A 3WZ7A 5P52A 4E43A 4FE6A 2AZ8A 4OBGA 2VJ7A 5COPA 4L7GA 1T3RA 3H0BA 5KR2A 5P3SA 4GJ8A 5P66A 3OUDB 3KMXA 5P2VA 5P3YA 3IXJA 3H5BA 2UY0A 4GMIA 1YTJA 5P5FA 1TQFA 1PPME 1FMBA 4Y51A 4Y5EA 5F01A 5P7HA 4QGIA 5P0NA 1AZ5A 4B0QA 2QZKA 4PZWA 3KFPA 4PHVA 3RVIA 2AZCA 1LYAB 3LZSA 4LC7A 1U8GA 4KB9A 1T6EX 4HA5A 1RL8A 3A2OA 1HTGA 3UCBA 1FQ8A 4PYVA 2BKTA 5P6ZA 4DQGA 5P1CA 5P4CA 3LNKA 3L5EA 4I0DA 1HHPA 5P2SA 5P6VA 3DCRA 3NU4A 3UDKA 5P8KA 1BWBA 5P1IA 2G69A 5P7XA 1Q9PA 4DFGA 3NXNA 3K1WA 3U6AA 1HSIA 4U7QA 2FNSA 3JVWA 3VF3A 3ZKNA 3Q70A 5AHAA 3UDMA 4RRSA 5P8SA 1W5YA 3TL9A 4MC2A 5TOLA 3NU9A 2F3KA 1MEUA 3BVBA 4J0ZA 1TSUA 2F3FA 5P5XA 1EC2A 5I3XA 3OXCA 5P8VA 5P5NA 4B70A 4H3GA 1PSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IGX A;  5OZJ A;  1EC0 A;  4L6B A;  2F81 A;  3PJ6 A;  1GVT A;  5HTZ A;  3FNU A;  5DQ1 A;  5P8I A;  4OBH A;  5P6W A;  1BBS A;  3KYR A;  4Y4U A;  2IGY A;  2QP8 A;  5P85 A;  5P02 A;  4Y4W A;  2OHN A;  5P8N A;  5P0S A;  2PK5 A;  4CPT A;  2VJ9 A;  2QMD A;  2AOI A;  3IVH A;  3OK9 A;  5P2B A;  5APR E;  5P23 A;  4DJO A;  1ZJ7 A;  3KT5 A;  3OXW A;  4F75 A;  3QBH A;  2VA6 A;  2QNP A;  3MXD A;  1IDA A;  3EL1 A;  4LXM A;  2O4L A;  5P12 A;  1OEW A;  3TOF A;  2FDP A;  3INH A;  3DUY A;  1W6I A;  3OAD A;  4TRZ A;  2QZX A;  4H3J A;  5OYU A;  1B5F B;  5HVP A;  4NKK A;  1HVH A;  1FQ7 A;  2NNK A;  4DI2 A;  5P15 A;  4Y5B A;  2WF0 A;  3O9I A;  3PSU A;  5OYX A;  5P7U A;  3I6O A;  5P7R A;  2XFK A;  3VV7 A;  1FQ4 A;  2P3B A;  3QRM A;  5P1M A;  1APU E;  1B6J A;  1IZH A;  5OZV A;  5P2Q A;  4ZEA A;  3WB4 A;  2VS2 A;  5P0A A;  3KFN A;  1YT9 A;  5DGU A;  1KJH A;  3I25 A;  1K6T A;  5P0Y A;  2O4P A;  5HDX A;  5SY3 A;  5P4Q A;  4HDB A;  5P0J A;  1DAZ C;  4DQC A;  5P2U A;  3S54 A;  1QBU A;  1FIV A;  3PWW A;  1FFF C;  2PYN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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