1MESA

Hiv-1 mutant (i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mesA00
3RTHA 3S7LA 2VIJA 3C9XA 3K1WA 1AJXA 5P71A 4CKUA 1ZAPA 2VJ9A 5SY2A 3BHEA 3FV3A 1EPNE 1SGZA 2P83A 3QN8A 4FAFA 1B5FB 4EQ0A 5KQXA 3KDCA 3KF0A 3O9DA 2VA5A 2PSGA 3Q4BA 5P6IA 1D4LA 2G94A 4F76A 3TPJA 1K6TA 4Y36A 4FM7A 1ER8E 2QU2A 3EL5A 3R0WA 5P0KA 5OZXA 3S43A 1LEEA 3UDJA 4DFGA 3UDNA 3L59A 5DR7A 4Y4BA 1TQFA 4FAEA 3QS1A 3N3IA 2V11C 4A4QA 1FKNA 2NR6A 4DQHA 1FQ8A 5P4VA 5P61A 4Y5LA 5P2RA 3URIA 3ZKXA 5AH9A 2G1NA 5P4EA 4Y3SA 1D4JA 2FDDA 5P8BA 2J9JB 3ZPSA 2QD7A 5P3WA 1HPVA 4LXKA 2AOEA 1IDBA 3KFNA 4MC9A 1F7AA 3UDKA 5P35A 1TZSA 2B60A 1SMRA 2VA6A 2P8HA 4RCFA 5OZHA 3FX5A 4OC6A 3DCRA 1B6MA 4APEA 4CPSA 1CZIE 1IZIA 3EBZA 1IIQA 2B7FA 4PEPA 3NDXA 4LAPA 3NLSA 3IN4A 5IVQA 1FQ7A 3AIDA 5P7BA 2R43A 4L7GA 1APVE 2AVMA 4ZE6A 5P7NA 5P15A 2CEJA 5P2JA 1AM5A 3DV5A 2XYEA 4RVJA 1T6GA 4CPWA 2ER0E 3PWMA 3HLOA 1EC2A 1FMXA 5F00A 4RYCA 3FNUA 5P5DA 3D1ZA 4OBJA 5P31A 4Y5KA 3T7XA 5P2YA 4D83A 5P64A 4B78A 1GNOA 2R9BA 5OZIA 1YT9A 3OOZA 5P1UA 2BPWA 2ASIA 3KT5A 3HAWA 4Y3RA 5P87A 2WHHA 5P5PA 5P5ZA 3CYXA 1YTGA 3S56A 5P3MA 1HEFE 5SY3A 3PI5A 4GZFA 4QJ9A 1GVUA 1LF4A 1K2BA 1LS5A 1ODYA 3UTLA 4Y4TA 5P7OA 2BBBA 1GVVA 3VYFA 5P0DA 5P0RA 3U71A 4NJUA 4S1GA 4H1EA 1E82E 3OUDA 5P7ZA 3NU6A 2H6SA 4HZTA 5P24A 3HDKA 3QP0A 5P3ZA 4QJAA 3D1XA 4YHQA 2VIYA 5P8SA 4H3JA 2J9KA 2WEAA 3EMYA 5COPA 5P6CA 3GI5A 4Y3GA 3KMXA 4ZSPA 4NJTA 3INDA 3DJKA 5P4UA 5P5RA 5BWYA 5P0SA 4LXAA 5TOLA 4DQFA 1XL5A 1MESA 5P28A 1HXWA 3K5CA 4CPXA 3SPKA 4EPJA 1FMUA 4DQCA 1RNEA 1ZSFA 5P6HA 5P3HA 4YOAA 5OZYA 2V12C 5P3BA 4D8CA 4LL3A 3INEA 2IENA 3SM1A 3APPA 2G20A 3T7PA 5HU1A 1HVLA 4U7QA 1AIDA 2AZCA 3KFPA 2ZJKA 1T6EX 5OZ5A 1IZDA 1IDAA 1HRNA 5P8FA 5P6XA 2F3EA 4J0TA 1ZSRA 5P1CA 1MRXA 5P55A 5P3VA 2JJIA 5P5QA 2RMPA 1BXOA 5P2BA 1J71A 5P19A 2H6TA 4Y38A 1UH9A 2PSVA 4Y3AA 1BDRA 5P5BA 1FQ4A 4Y47A 4DJYA 4TRZA 5IE1A 4B1EA 1JLDA 5P72A 5P7EA 4GB2A 3SA7A 2EWYA 3PSYA 3S43B 5P7LA 3PCZA 5P43A 4PYVA 1Z1HA 4J0ZA 1EBZA 1IBQA 1G35A 3BVAA 3SAAA 4A6BA 2ZJMA 5P2WA 2ZHVA 4CPUA 4Y3HA 4YCTA 5P05A 3DV1A 5P1RA 2ZHTA 5P1AA 1BVGA 2P3AA 3QI1A 5P2MA 4K4QA 2BPVA 5OZJA 5P38A 3KFSA 5AHBA 1RPIA 5OZ0A 4EWOA 5P17A 3EL0A 4RYGA 5P7IA 5OZDA 4PHVA 3QROA 1PSAA 5AHCA 4Y3MA 5P0WA 3LPIA 3OTSA 1EBKC 2WEBA 3MSJA 1SP5A 1D4HA 2OHLA 5I3WA 5HVPA 4Y4ZA 4Y3WA 2R8NA 5OZQA 3ZLQA 3OQDA 6FIVA 3PHVA 3PCWA 2OF0A 4AA8A 5P7FA 5P46A 1MEUA 3TH9A 5OYWA 3SO9A 4B0QA 3MXEA 4N00A 4OC6B 4OBKA 3K5FA 5P3PA 3QBHA 3VV8A 1BWAA 4DJRA 1BBSA 5P5LA 2O4LA 2QNNA 4YA8A 4EJ8A 1OD1A 5P8PA 3TKGA 3EKVA 1NH0A 3KFRA 4Y51A 2R38A 3OK9A 3LIYA 3OUBA 5P8OA 4EJKA 5P8QA 1B6JA 4Y58A 2PYMA 3VYDA 5P11A 5HCTA 2VS2A 5P4RA 5HE7A 3EL9A 5P4HA 5HDUA 4I0ZA 2QK5A 5COOA 2O4SA 2BPXA 5P1ZA 2AVQA 8HVPA 3PSUA 1UH8A 1KJHA 2QMDA 3NUOA 5KR1A 2XFJA 5P4LA 5P16A 5P49A 4JP9A 5P7MA 4Y3TA 4YCYA 5P83A 4J0PA 4OBHA 2VIZA 4DQEA 5OYUA 4Y56A 3RSVA 3K5GA 1PFZA 3LINA 2IS0A 1D4IA 5P6JA 4ER4E 2Q64A 4YD7A 5OZ8A 2WF1A 5B18A 3LZUA 1FG6C 2PMAA 3Q3TA 5UPJA 4J1HA 4Q1XA 4DV9A 3OUDB 3O9GA 3TOHA 2I4XA 1MTRA 4Y41A 3G70A 4Y4UA 2ZDZA 3PWWA 4J5JA 3TL9A 1LYWA 3DUYA 2AQUA 3OGQA 7UPJA 3S53A 4F73A 2PQZA 5P6AA 1WBKA 2F80A 2QCIA 1GVTA 3PGIA 4NJSA 1OEXA 3ZPUA 1HBVA 2ANLA 5P2QA 5P2TA 5P1HA 1BILA 5OYYA 5JFUA 4PZXA 1PPLE 3O9EA 2XYFA 4Y5PA 2HB4A 3F9QA 3TOGA 4RCDA 1FQ5A 2ER7E 4GIDA 3FNTA 4I0EA 1BAIA 2ZJNA 4JPCA 1ZBGA 5P1IA 2IKUA 6APRE 3K4VC 4Y5EA 2Q11A 1QBUA 3QRSA 4QJ6A 3SA5A 4WTUA 5P54A 2QI6A 1BVEA 3WZ8A 2FXDA 1G2KA 5ENKA 3HD8A 3OQAA 5P4BA 5P4YA 3ER5E 3UDHA 2MIPA 1APTE 3OXXA 3UQPA 3Q70A 4YDGA 1HVCA 3VV7A 1LYBA 4YD3A 1F34A 3BVBA 3N4LA 3EKTA 1ENTE 5P6VA 5EZXA 3OY4A 4Z50A 2Q54A 1FB7A 2BJUA 5P33A 4H3GA 1HOSA 1B6KA 1HIVA 3OGPA 1FIVA 2I0DA 3PI0A 1RV7A 1HPSA 5P14A 4J1FA 2AOHA 4HDPA 3EL1A 2QD6A 1C6YA 4HVPA 5P8EA 4ZSRA 1HIHA 4FRIA 5P5EA 5P5WA 1T7JA 3GI0A 4DQBA 1MT9A 2RKFA 5P2DA 2PYNA 5P4QA 3OXCA 2I4VA 4U7VA 4YD6A 3MSKA 5P4IA 1HVSA 3URLA 4ER1E 4FRSA 5P0UA 5P3IA 4KE0A 5P4TA 5P1OA 2IDWA 2JYSA 5J25A 3MSLA 4RROA 2QD8A 2HIZA 4EP2A 3FIVA 3A2OA 2QNPA 2ZJJA 2AVVA 4B70A 4Y4XA 4RLDA 5OZ7A 2OHKA 1GVXA 2HPFA 4EHCA 5OZGA 3SACA 2AODA 3SA9A 1PROA 1PSNA 5P3KA 1IZHA 1KZKA 5P1FA 4OD9A 5P4SA 4Y5MA 5P0HA 3B7VA 4Y3LA 1YTJA 2BPYA 3DOXA 2G22A 4I0JA 1RQ9A 3R0YA 4J0VA 5P1NA 5P7UA 5P1MA 4BFDA 1AVFA 2QP8A 1DP5A 3HVPA 3JVYA 3H5BA 1MIQA 5P5JA 5OZ2A 2IRZA 2O40A 4J1KA 3SKFA 9HVPA 5C9FA 5P37A 1DPJA 5OYSA 3NSHA 4FCOA 4DJXA 1T3RA 5P26A 1FF0C 5P8TA 3MXDA 4Y37A 5P53A 5DR1A 5P75A 3PMUA 5HE4A 5OZEA 4FM6A 2QI0A 2WF3A 5P1DA 1XE6A 1A9MA 5DGWA 4ZEAA 2F3KA 2AOCA 4I0IA 4Y5NA 5P62A 1Z8CA 5P1EA 3EXOA 5HDZA 1EEDP 3TPPA 2WKZA 1W5XA 3O9LA 5P12A 1VIKA 5P50A 5OZUA 4J55A 5P7RA 1OEWA 2V16C 4QGIA 3UDYA 5P2FA 4QJ7A 1MVPA 3S2OA 5DQ1A 4J54A 4ZPFA 1YM2A 4J17A 2Q55A 2I4WA 2Q63A 2IL2A 4Y9WA 5AGZA 1M43A 5P6FA 3S85A 3PMYA 3KT2A 5P5KA 3UQRA 1LYWB 5P5TA 1K6PA 3BXRA 4XX4A 3OU1A 1GVWA 5HDXA 3EM4A 4RRNA 3QAAA 3FKTA 3ZOVA 5P8NA 5P1TA 3KA2A 5OZVA 4PZWA 3T3CA 4LXMA 3L5CA 2G1SA 2V13A 3NYGA 2PK6A 4FL8A 5C9DA 5P47A 3OUAA 1HVHA 4HEGA 4R93A 3Q6YA 5P09A 4CP7A 4RCEA 5P18A 4JECA 1MT8A 4J1IA 5P3EA 5P10A 4Y6MA 3ZKQA 2FNTA 4RGHA 5P34A 3DCKA 3JW2A 5P77A 3VSWA 2UPJA 1FQXA 5P6UA 4J1CA 2CENA 3R4BA 1MTBA 3ZKMA 2RSPA 1U8GA 4LC7A 4Y3EA 4YCKA 5P4AA 2OHTA 1LYBB 4EXHA 1XL2A 2P3BA 4ZPGA 2QI1A 2ZJLA 5P29A 2QI3A 4E43A 3IVIA 1K6CA 4DJVA 4HDBA 5P2VA 4EXGA 5P2CA 5P2XA 3I25A 2G1OA 5COKA 3T11A 5ISKA 4Z4XA 3BUFA 3CKRA 5P02A 2NTRA 5P6ZA 3UQXA 1IVPA 3OXVA 5KQYA 3NU5A 1QDMA 2BKTA 3IA9A 5SZ9A 5ER2E 1HTFA 3SM2A 3UQWA 5JODA 4R91A 5P7PA 3UDMA 1SGUA 3EKXA 4FLGA 2VIEA 4LHHA 3TKWA 5P0NA 5OYQA 5P5SA 4ZIPA 3BGBA 5P70A 3VF3A 3EKQA 1FG8C 4M8XA 4DI2A 1T7KA 3D3TA 5KR0A 1NPVA 4R8YA 5P7TA 5DR4A 2XFKA 2QNQA 1PPME 3LPKA 5P1KA 2WECA 5OYVA 1SDUA 2OHPA 5P0JA 5P42A 3IAWA 5P8GA 1PPKE 4Y53A 3OOTA 4OD9B 1PSOE 5P8VA 2NXDA 2OHMA 4DJOA 3SA4A 2I0AA 2OHRA 2FIVA 5P7AA 3IN3A 5P65A 2BKSA 5OZ4A 5P8LA 1ZLFA 5OZLA 1G0VA 4LP9A 3TPRA 4Y4WA 5ER1E 4FRJA 5P3RA 4Q1YA 5P7QA 5P4PA 1N49A 1GNNA 3HAUA 1W6HA 3I6OA 3ZL7A 3OHHA 4Y5AA 5P3AA 4Y45A 5APRE 2QHZA 4B1DA 1C70A 3UPJA 3RTNA 1DMPA 1W50A 2R3TA 3G6ZA 3O9AA 1EPOE 1FEJC 1HPOA 4DVFA 2HM1A 1B11A 3LIVA 5P1BA 5P0OA 3ZKIA 3QPJA 3PB5A 3OXWA 2UXZA 3KMYA 5P58A 3RVIA 4D85A 5P3UA 4IVTA 5P5NA 1EC1A 3WZ7A 1BV9A 2WL0A 5P2ZA 3O9LB 2QAKA 5P7YA 3OQKA 3ECGA 3OADB 5P5IA 5P3OA 5OZKA 3NDTA 2AOFA 5P57A 4I1CA 3VV6A 5P8DA 2IKOA 5P27A 2ZHSA 2IEOA 2QZKA 3IGBA 5P20A 3O9BA 1YTIA 1APWE 4D89A 3LIXA 4XXSA 4Y3JA 3WB5A 2Q5KA 5P4DA 1AZ5A 4Y54A 3OU1B 5P6NA 5P2EA 4ZLSA 5P7WA 4MC6A 4PPHA 4GJCA 2ZJHA 5P0AA 4Y3PA 5P6YA 5AH8A 1AXAA 3GI4A 1G6LA 3INHA 5P4NA 4DPFA 4KB9A 5P3JA 1EBWA 2AIDA 3GGXA 5IVSA 1W6IA 2IGXA 2BQVA 4HE9A 4EJDA 3QVIA 5ENMA 5P0EA 1DW6C 2F81A 5P6OA 4Y5GA 1K2CA 3BUHA 5P1VA 1ZTZA 4GMIA 2CEMA 5PEPA 1K1UA 1SIPA 4COEA 2ZJIA 5P6DA 1EPRE 5P6KA 2JJJA 5P4MA 1HTEA 3Q5HA 4GJDA 7HVPA 5ISJA 1HVJA 1CPIA 4IVSA 2PSUA 1HXBA 3QVCA 2P4JA 1Z1RA 3QBFA 3T7QA 3CKTA 3I2LA 4A6CA 2P3BB 4BEKA 5P6BA 1WBMA 5P89A 5OZ1A 1FMBA 1B6PA 5KR8A 1YX9A 5P7KA 2B8LA 3QRVA 1W5WA 1TCWA 3NXNA 2AZ9A 5P1XA 5P5MA 4TRYA 6UPJA 3VG1A 1ME6A 1EAGA 4HA5A 4Y5BA 2HB3A 5OYRA 3D20A 5P4KA 3NU4A 5KQFA 3NU3A 2I1AA 2AVSA 3L38A 1AAQA 1EPPE 3RTMA 2AZ8A 3D1YA 4EP3A 1KJGA 5P6PA 3PRSA 2NNPA 3VYEA 2OHUA 1SMEA 5P4WA 3LZSA 3QRMA 1HSGA 4FIVA 4FGXA 4X2LA 1LF2A 1E81E 5P51A 2ZGAA 3UDQA 1GNMA 3EKPA 5P2SA 5P6GA 2AOGA 1TCXA 5P22A 5P3YA 2FXEA 3L3AA 4HLAA 1HSIA 2WF0A 1UPJA 5P8KA 2WEZA 5P8CA 2G69A 2NMZA 5P2KA 1EBYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTH A;  3S7L A;  2VIJ A;  3C9X A;  3K1W A;  1AJX A;  5P71 A;  4CKU A;  1ZAP A;  2VJ9 A;  5SY2 A;  3BHE A;  3FV3 A;  1EPN E;  1SGZ A;  2P83 A;  3QN8 A;  4FAF A;  1B5F B;  4EQ0 A;  5KQX A;  3KDC A;  3KF0 A;  3O9D A;  2VA5 A;  2PSG A;  3Q4B A;  5P6I A;  1D4L A;  2G94 A;  4F76 A;  3TPJ A;  1K6T A;  4Y36 A;  4FM7 A;  1ER8 E;  2QU2 A;  3EL5 A;  3R0W A;  5P0K A;  5OZX A;  3S43 A;  1LEE A;  3UDJ A;  4DFG A;  3UDN A;  3L59 A;  5DR7 A;  4Y4B A;  1TQF A;  4FAE A;  3QS1 A;  3N3I A;  2V11 C;  4A4Q A;  1FKN A;  2NR6 A;  4DQH A;  1FQ8 A;  5P4V A;  5P61 A;  4Y5L A;  5P2R A;  3URI A;  3ZKX A;  5AH9 A;  2G1N A;  5P4E A;  4Y3S A;  1D4J A;  2FDD A;  5P8B A;  2J9J B;  3ZPS A;  2QD7 A;  5P3W A;  1HPV A;  4LXK A;  2AOE A;  1IDB A;  3KFN A;  4MC9 A;  1F7A A;  3UDK A;  5P35 A;  1TZS A;  2B60 A;  1SMR A;  2VA6 A;  2P8H A;  4RCF A;  5OZH A;  3FX5 A;  4OC6 A;  3DCR A;  1B6M A;  4APE A;  4CPS A;  1CZI E;  1IZI A;  3EBZ A;  1IIQ A;  2B7F A;  4PEP A;  3NDX A;  4LAP A;  3NLS A;  3IN4 A;  5IVQ A;  1FQ7 A;  3AID A;  5P7B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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